[CELULAS, GENES Y REGULACIÓN DE LA EXPRESIÓN GÉNICA] March 23, 2012

El Proyecto Genoma del Cáncer

Dr. Elías Campos
Director Proyecto Genoma del Cáncer España
Hospital Clinic, Universidad de Barcelona

El abordaje de una enfermedad es el resultado de un dialogo entre el desarrollo tecnológico que tenemos en
cada momento y el marco en el que se desenvuelve la práctica clínica. El desarrollo del microscopio permitió el
desarrollo de la anatomía patológica y la microbiología, básicos para entender la enfermedad. En la actualidad,
el enfoque está en la aplicación del genoma humano en relación a la enfermedad.

La medicina post-genómica apunta a entregar una perspectiva globalizadora en medicina que finalmente llegue
a ser personalizada. Algunas consideraciones son:

 Interacciones genéticas y ambientales

 Criterios diagnósticos y pronósticos
 Nuevas estrategias terapéuticas

Los desarrollos moleculares se remontan al descubrimiento de la doble hélice de DNA en 1953 por Watson,
Crick y Franklin. La secuenciación del DNA fue desarrollada en 1975 por Sanger, siendo en esa época
impensado secuenciar el genoma humano completo, dado la lentitud y el costo. Los avances incorporados en
los 20 años siguientes llevaron a la secuenciación del genoma humano en 2002.

El desarrollo tecnológico en los últimos 10 años nos ha dejado próximos a una utilidad importante del
conocimiento genómico en relación a la enfermedad. Esto es posible a partir del conocimiento genómico de la
enfermedad. En la actualidad se puede secuenciar el DNA a velocidades y costos impresionantes, dado el
advenimiento de la secuenciación masiva en paralelo.

Los métodos de secuenciación han venido progresivamente disminuyendo el coste del proceso:

 Secuenciación basada en geles

 Secuenciación por capilaridad
 Secuenciación masiva en paralelo

En la actualidad es posible secuenciar un genoma completo en menos de una semana por alrededor de 6.000
euros, en un solo equipo. Próximamente, la secuenciación de un genoma humano no superara los 1.000 euros.

La secuenciación masiva en paralelo consiste en fragmentar el DNA total de la célula en fragmentos de 400-500
bp, los cuales son amplificados por PCR y secuenciados en paralelo (por sus dos extremos). No se secuencian
todos los fragmentos, con una secuenciación parcial es suficiente. Una vez que están secuenciados los
fragmentos, estos se alinenan contra un genoma de referencia humano depositado en bases de datos y se
comparan. No se genera una sola secuencia, sino que muchos fragmentos que engtregan información de cada
sector de DNA en paralelo. La cantidad de fragmentos por sector es lo que se conoce como cobertura de
secuenciación (en el ejemplo usan 30, 30x).

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Esta tecnología nos da información exhaustiva de posibles alteraciones que podemos encontrar en el DNA
(considerando una cobertura de secuenciación de 30x):

 Deleciones homocigotas (no encontramos ningún fragmento que hibride con la zona del DNAref)
 Deleciones heterocigotas (Encontramos solo la mitad de los fragmentos esperados que hibridan con el
DNAref)
 Amplificaciones (hay más fragmentos de los esperados)
 Translocaciones (encontramos fragmentos que hibridan con zonas de cromosomas distintos)
 Inserciones no humanas (fragmentos que no hibridan con DNA ref)
 Mutaciones puntuales: cambios de un nucleótido, inserciones y deleciones
 Cambios en niveles de expresión del DNA

En los últimos 10 años, la tecnología de secuenciación ha evolucionado mucho. Los principales avances son:

 2004: Consorcio Público (Sanger), US$ 300x106 en más de 10 años

 2007: Vender (Sanger), US$ 100x106 en 2-4 años
 2008: Watson (Next Generation 454), US$ 1x106 en 2 meses
 2008: Secuenciaciones diversas (varias etnias/leucemia aguda mieloblástica) (Next Generation Solexa),
US$0,25x106 en 2 meses

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