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Proteinas y Ensamblaje
Proteinas y Ensamblaje
Proteínas y su ensamblaje
Esta clase abordará “las proteínas y su ensamblaje”. Primero, en su condición normal y luego derivará en
cómo algunos problemas en el ensamblaje pueden repercutir desfavorablemente e inducir al desarrollo de
patologías.
Si miramos esta imagen, vemos que tenemos dos proteínas,
una celeste y otra rosada. La 1ra tiene estructura del tipo α
hélice y la 2da de β plegada. Sin embargo, ambas tienen
distintas conformaciones espaciales o estructuras nativas, es
decir, ≠ configuración tridimensional.
Entonces, ¿por qué la celeste no se ensambla como la rosada
y viceversa? Por la longitud, el orden y secuencia
aminoacídica. Esta última va a determinar la estructura de la
proteína y la estructura por ende la función. Entonces,
tenemos que existen ciertos aa que van a favorecer la formación de α hélice y otros de β plegada, como lo
que ocurre en el ejemplo anterior: sus respectivas secuencias no permiten la formación de la estructura de
la otra. La prolina, por ejemplo, no encaja en un alfa hélice. Entonces, evidentemente la secuencia es súper
importante para determinar la estructura de la proteína y como consecuencia su f(x).
Dato extra, para tener una noción: Sabemos que aquí el proceso para desnaturalizar la proteína involucra
urea y mercaptoetanol (a.reductor que rompe los puentes disulfuro). Cuando es removido, quedan trazas
de este último compuesto. Tiene que haber al menos una pequeña cantidad porque cuando la proteína
empieza a ensamblarse no es que inmediatamente la cisteína rosada forme un puente disulfuro con la
otra rosada, puede equivocarse ya que es un proceso complejo que demora también, entonces podrían
formarse enlaces en cisteínas que no corresponden y son estas trazas de poder reductor van a permitir
que los puentes disulfuros incorrectos, se rompan y así finalmente la proteína tenga los p.disulfuros que
corresponden. Si no quedara nada de agente reductor estos enlaces incorrectos quedarían establecidos
y muchas veces no se podrían romper.
Pregunta: “Si el agente desnaturalizante fuese demasiado fuerte, ¿podría ocurrir que la proteína no pudiera
volver a reformarse aunque se removiera ese agente?” Lo que ocurre, por un lado, es que Anfinsen tuvo
suerte porque utilizó una enzima (proteína en el fondo) que era capaz de autoensamblarse. Pero existen
otras que necesitan ayuda, que es lo que veremos a continuación. Por el otro, si uno agrega cierta
concentración salina a una proteína en solución y se satura el sistema, esta va a tender a agregarse y
precipitar, pero si uno la disuelve después y le quita ese exceso de sal, debiera ser capaz de adquirir su
estructura original, siempre y cuando no necesite de otras que le ayuden a esto.
Aquí tenemos un mRNA (ARN mensajero) en
rojo, ribosomas en verde y en violeta una
proteína está siendo sintetizada.
En algunos casos (como con la ribonucleasa),
existen proteínas que tienen la capacidad de
autoensamblarse (ensamblarse ellas
mismas, solitas), es decir, no necesitan
ayuda.
Sin embargo, hay otras que necesitan esa ayuda, no pueden
hacerlo solas. Por lo que existen otras proteínas (las en
naranjo oscuro) llamadas “Chaperonas Moleculares”, que
van a ayudarlas en el ensamblaje. Lo que pasa es que
usualmente cuando se está sintetizando una proteína, van a
haber regiones hidrofóbicas que por lo tanto no les gusta el
ambiente acuoso y van a tender a agregarse. Y eso no va a
ser bueno, ya que las proteínas no van a adquirir su
estructura nativa adecuada. Entonces estas chaperonas
moleculares van a ayudar en el correcto ensamblaje. Se
asocian a las regiones hidrofóbicas de la proteína que está
naciendo, para que esta no precipite, es decir, para que no
deje de ser soluble.
Pregunta: ¿Las chaperonas solo ayudan a las proteínas que tengan regiones apolares?
No es que las otras no tengan regiones apolares, ya que obviamente tienen aminoácidos hidrofóbicos, pero
las regiones son mayores o más continuas digamos el sitio, y necesita apoyo porque o si no esa proteína por
sí sola no va a ser capaz de ensamblarse y necesita cubrir aquellas regiones que podrían llevar a que una
proteína se agregue y forme agregados proteicos, por lo que entonces finalmente no va a llegar a la formación
de la proteína en su estructura nativa.
Entonces ayudan solamente a las que están como en grandes regiones o que resaltan más a su zona
hidrofóbica.
Pregunta: ¿Las chaperonas son las que terminan con una forma “parcial” y después las chaperoninas son
las que terminan con la forma natural que deberían tener?
Solo cuando se requiere la chaperonina en la etapa siguiente, porque cuando no se requiere la chaperonina,
las chaperonas moleculares logran que esta proteína adquiera su estructura nativa apropiada. Hay otro tipo
de proteínas que además de requerir a las chaperonas moleculares, requieren a la chaperonina para tener
su estructura nativa.
A que empiezan a ajustarse, asociarse y formar agregados como placas, ósea a juntarse la una con la otra,
o con regiones más hidrofóbicas asociándose cuando no debieran estar asociadas, y empiezan a tener una
estructura que no es la correcta.
Proteína disulfuro isomerasa
Tienen que ver con la formación de puentes disulfuros de las cisteínas de la ribonucleasa
(experimento de anfinsen). Si esa proteína (la cisteína) la dejamos ahí para que adquiera su estructura
nativa va a tardar más o menos 10 horas en conseguir ensamblarse correctamente, ya que puede
formarse un puente disulfuro que no le corresponde, por lo tanto, tiene que romperse ese enlace, para
que la proteína, es decir la cisteína se una con la cisteína que sí le corresponda. (Esto no es posible,
ya que la proteína no puede tardar tanto tiempo en ensamblarse)
Sin embargo, estas proteínas disulfuro
isomerasa o enzimas hacen que el
ensamblaje de la proteína demore 2
minutos.
Pregunta: ¿La enzima disulfuro isomerasa siempre está presente cuando se vuelve a ensamblar la proteína,
ósea a volver a su estructura ya que ayuda para la formación del puente disulfuro?
Las proteínas disulfuro isomerasa son proteínas que existen en las células, entonces ¿van a estar
funcionando normalmente?, sí.
Ubiquitina
Pregunta: ¿La ubiquitina es la que capta las proteínas que necesitan ser degradadas y llevadas al
proteosoma?
Si, exactamente, así como veíamos las secuencias señales para la síntesis de proteínas, o proteínas que
tenían que ir al núcleo o a la mitocondria, claro que no es lo mismo porque no es que sea una secuencia,
esta es una proteína en sí pequeña que se asocia a la proteína en cuestión, porque va a tener una
configuración espacial distinta que va a ser reconocida por la ubiquitina y la va a poder “marcar”, y con eso
dirigirla al proteosoma para que él la asocie y la degradé (recordar que la ubiquitina sale libre del proteosoma
sin ser degradada).
Pregunta: ¿El proteosoma degrada las proteínas no funcionales y al hacer una hidrólisis parcial, los péptidos
después se reciclan?
Ósea podría haber un reciclaje también, pero podría terminar de degradarse en el lisosoma, que va a ser lo
más usual, ósea obviamente también va a necesitar de algunos aminoácidos, pero ahí lo va a terminar de
degradar que es como sirve, degradado completamente. Ósea del péptido, si tú quieres reutilizar esos
aminoácidos la idea es hidrolizarlo completamente, entonces ahí termina la degradación a nivel de lisosoma.
Es señalizadora en el fondo, porque es reconocida por un receptor que está en el proteosoma, ahí va a haber
un receptor que va a reconocer la ubiquitina, permitiendo la asociación de esta proteína con el proteosoma,
pero después se libera la ubiquitina, no se degrada, no entra a la parte central que es donde está el
procesamiento, es decir la degradación.
La autofagia también es una especie de ayuda para el proteosoma cuando está sobrepasado con
proteínas que requieren ser degradadas, por lo que son derivadas a la autofagia. Sin embargo, en
caso de que la autofagia este afectada, el proteosoma no la podrá ayudar, ya que el autofagosoma
degrada estructuras más grandes, y esas el proteosoma no va a poder degradarlas.
Por lo tanto, hay estos dos mecanismos que van a estar degradando, donde la gran mayoría de las
proteínas es degradada en el proteosoma, y el resto degradadas por la autofagia.
Honestamente, no sé.
Vida media
Las proteínas no están con nosotros toda nuestra vida, sino que estas cumplen su función durante un periodo
para ser posteriormente degradadas y reemplazadas por una nueva. A esto, se le denomina: Vida Media de
una proteína.
Las secuencias de las proteínas van a tener relación con esta vida media. Dependiendo del residuo amino
terminal que posea esta proteína, esta va a tener una vida media
*Residuo amino terminal: primer
mayor o menor.
aminoácido con el grupo amino libre
Secuencias PEST
Si una proteína contiene Secuencias PEST, esta se va a degradar más fácilmente en comparación a una que
no tuviera. Por ende, la proteína que contenga Secuencias PEST, va a tener una Vida Media menor.
- La vida de una proteína tiene que ver con la secuencia amino terminal y la
secuencias PEST. La degradación empieza con la adición de residuos de
ubiquitina (lo más común es que se agreguen varios residuos) lo que la lleva
al proteosoma. Posteriormente la ubiquitina se libera (no se degrada) y se
degrada la proteína en péptidos pequeños.
Pregunta: ¿Se llevan proteínas al proteosoma por su vida media y porque están mal ensambladas?
Respuesta: hablamos de vida media porque la proteína se deteriora después de un tiempo, por la tanto
su configuración se va a ver alterada; es decir que ya no está correctamente ensamblada. Residuos que
deberían estar escondidos, se encuentran expuestos, y son estos los que va a detectar la ubiquitina para
llevarla al proteosoma
El lado oscuro de las proteínas
Las proteínas tienen residuos (aminoácidos) hidrofóbicos que tienden a esconder/proteger del medio acuoso
a través de su ensamblaje, ya que, si quedan expuestos, formarán agregados proteicos amieloides.
Sin embargo, a medida que vamos creciendo, estos sistemas de control también se van deteriorando, por lo
que las proteínas mal ensambladas o agregados proteicos incrementarán en cantidad con el tiempo.
Si esto ocurre de manera exacerbada, llevará a la formación de patologías neurodegenerativas, debido a que
la proteína que era soluble inicialmente, ya no lo es.
Enfermedades Amieloides
Micrografía electrónica de un
agregado proteico en el que se
observan anticuerpos (puntos
negros) que están reconociendo
ciertas proteínas que conforman
este agregado.
Priones: Proteínas ancladas a la membrana, codificadas por nuestro DNA, que tienen residuos de azúcar y
ion cobre asociado.
Por alguna razón, la conformación de esta proteína se ve alterada y se transforma en un “Prion aberrante”
(Descubierto por Stanley B. Prusiner, quien ganó un Premio Nobel en Fisiología por este hallazgo)
- Si bien asociamos las infecciones con virus y bacterias, este mecanismo de infección
estaría asociado a una proteína (priones)
Estas proteínas “infecciosas” se replican en el huésped al copiar su estructura aberrante. Es decir, la proteína
tiene una configuración normal (siendo el prion normal celular), pero si algo ocurre, este prion normal se
transforma en aberrante, el que tendrá una estructura diferente que inducirá a la agregación de más priones
aberrantes que formaran placas.
Estas situaciones llevan a enfermedades neurodegenerativas en mamíferos
Creutzfeldt-jakob
Kuru
Scrapie
ENFERMEDAD CREUTZFELDT-JAKOB (CJD)
En los años 60 se pudo demostrar que la enfermedad era contagiosa, los priones se pueden transmitir en
distintas especies. Algunas especies no se contagian porque son capaces de resistir la infección.
En los años 80 ocurrió un desastre médico, en el que 60 personas murieron por CJD, luego de ser
infectados a través de instrumental quirúrgico. Y otras 85 personas murieron tras adquirir tratamiento con
hormonas del crecimiento que estaban infectadas con priones aberrantes. Los priones a altas temperaturas
no sufren ningún cambio.
Hay variantes de CJD como cuando en el año 2000 ocurre la enfermedad de las vacas locas, tiempo en
que 180.000 vacas fueron infectadas y tuvieron que sacrificarlas. Debido a que, si una persona ingería
vacuno y este estaba infectado con la enfermedad de las vacas locas, el ser humano adquiría la
enfermedad.
Hay priones en la leche, pero no se ha podido determinar si estos pueden tornar a aberrantes.
La secuencia aminoacídica del prión infeccioso (estructura primaria del prión) y las modificaciones post-
traduccionales (proteínas sintetizada de manera normal que después tiene modificaciones que la hacen
funcionales, modificaciones llamadas post-traduccionales), estas dos son iguales a la proteína prion normal
del huésped.
La diferencia entre el priones infeccioso y prión normal es el ensamblaje tridimensional, a pesar de tener la
misma secuencia aminoacídica y modificaciones post-traduccionales.
PrPc proteína prión normal (alfa hélice) y PrPsc proteína aberrante (beta plegada). Proteína prión aberrante
resiste altísimas temperaturas, por lo que los sistemas clásicos de esterilización no sirven, hay que utilizar
otras formas de esterilización.
Cuando esta proteína prión aberrante interactúe con una proteína prión normal, a esta ultima la
transformara en aberrante y de esta forma se comienzan a formar los agregados proteicos dentro de la
célula. Los agregados proteicos pueden terminar por lisar la célula, liberando los priónes infecciosos que
pueden llegar a otras células y así expandir/transmitir la infección.
No-amiloidogénica
Participan 2 enzimas, la α y γ-secretasa, con eso
se libera un péptido llamado P3 que es soluble
y no es perjudicial para la salud.
La amiloidogénica.
Se dice que probablemente la β-amiloide debiera tener alguna función fisiológica normal relacionada con la
sinapsis debido a que todas las personas la poseemos, pero las concentraciones en relación a las personas
con Alzheimer son diferentes. En las personas saludables, la forma predominante es la menos tóxica (de 1
al 40 aminoácidos) que corresponde al 90% y de 41 al 42 aminoácidos corresponderá al 10%, esa razón esta
totalmente revertida en el Alzheimer.
En condiciones normales lo más típico es la ruta no amiloidogénica, aunque de todas maneras podría existir
cantidades de β-amiloide.
Placas amiloides
Si tenemos esta formación en la célula y no puede ser liberado, van a comenzar a deteriorar la célula, la cual
se va a lisar y donde ocurrió la lisis de esta célula es donde se comenzarán a encontrar las placas amiloides,
por lo que son extracelulares, conformada por β-amiloide sino muchas otras moléculas e iones.
Muchos científicos piensan que la placa amiloide no es el problema, sino que es la β-amiloide antes de
comenzar a formar estos agregados y que en el fondo esta placa vendría a ser beneficiosa en el sentido de
que captura estas β-amiloide que siguen siendo solubles y que aún no forman estos agregados debido a que
estos podrían ser más tóxicos que la misma placa.
La integridad neuronal va decreciendo a medida que se empieza a incrementar las placas amiloides, es un
proceso lento que tarda muchos años, por esta razón es característico el Alzheimer en adultos mayores.
Ovillos neurofibrilares
Las placas amiloides no es lo único que está mal en el Alzheimer,
sino que hay otras estructuras llamadas ovillos neurofibrilares
constituidos mayoritariamente, junto a otras moléculas, por la
proteína Tau. Esta proteína es un tipo de MAPs (proteína
organizadora de microtúbulos) y es una proteína especifica dentro
del axón, este estabiliza los microtúbulos pero cuando Tau cambia
su estructura, de parcialmente fosforilado a estar hiper fosforilado,
se disocia del microtúbulo y lo hace más inestable comenzando a
formar agregados proteicos intracelulares llamados ovillos
neurofibrilares.
Mucho de los estudios del Alzheimer se hacen en ratones, debido a que estos no desarrollan la enfermedad
a pesar de tener Tau y APP, por lo que se le introducen los genes alterados para desarrollar Alzheimer.
En base a estas investigaciones hay grupos de investigadores que dicen que el que cumple el rol principal
para desarrollar el Alzheimer es el β-amiloide, pero otros mencionan que es Tau aunque hay un grupo que
dice que en realidad el β-amiloide en su forma de péptido (sin formar el agregado proteico) estaría
asociándose con la proteína Tau hiper fosforilada y esa unión sería la clave para gatillar el Alzheimer, siendo
los ovillos y placas resultado de esta previa interacción.
Por otro lado, se han realizado otros estudios en ratones donde se alteran inicialmente regiones asociadas a
la memoria y que después de este deterioro, al nivel del cerebro, empieza a aumentar a otras regiones. Se
dice que esto se debe a que las regiones iniciales son más susceptibles y las otras son resistentes, por eso
requiere de más tiempo. Al generar los ratones transgénicos con la proteína Tau, estos empezaron a
desarrollar los ovillos y después la muerte celular en las regiones donde estaban las neuronas que habían
incorporado este gen defectuoso. Ellos vieron que se empezó a deteriorar esa región pero al cabo de unos
dos años se pudo observar que se expandió el deterioro a las otras regiones cerebrales donde no están
aquellas neuronas. Lo que estaría indicando que habría una transmisión de esta proteína de una neurona a
otro tipo de neurona, debido a que el otro tipo celular no debería haber sintetizado la proteína.
También se investiga la aparición de placas amiloides en las glándulas pituitaria en aquellos individuos que
habían sido tratados con la hormona de crecimiento, donde podría decirse que habría un mecanismo de
trasmisión para que llegase a tal lugar.
Y esto solamente para comentarle que, bueno,
desafortunadamente el Alzheimer no tiene
tratamiento, pero lógicamente se está enfocando en
estudios para tratar de mejorar, revertir esto. Y hay
algunos que apuntan a la reducción de esta TAU
alterada. Y se logra con un tratamiento determinado
y otro como vemos acá en las imágenes que ayuda
a disminuir la formación de estas placas amieloides,
que son las verdes (tejido afectado y tejido tratado).
Pero lógicamente estas son drogas que no están
claramente utilizadas, que se conozca realmente su
funcionalidad en individuos, son etapas iniciales
que apuntan a un posible tratamiento en el futuro.
-Para que se haga mal la proteína TAU tiene haber un problema en ribosoma o en el ARN.
No, es que se dan las condiciones que inducen a su hiperfosforilación, más residuos de grupo fosfato en su
estructura, que lo normal, y al tener más grupos fosfatos (hiperfosforilada) no puede asociarse al microtúbulo,
se disocia del microtúbulo y empieza a formar estos agregados que son los ovillos neurofibrilares, estado
que se ve alterado por las condiciones en que va a estar en la célula induce a que esta pueda fosforilarse en
residuos que normalmente no va a estar fosforilada.
Enfermedad de Huntington.
Médico que la descubrió en el año 1872, este caso la razón de este trastorno es
que hay una alteración en el gen que codifica para una proteína, la huntingtina,
cuando está esa alteración hay más copias de una secuencia que codifica para
glutamina, es una enfermedad autosómica dominante que afecta toda la
coordinación muscular, las funciones cognitivas, es sumamente terrible, se
conoce también como corea de Huntington, porque los individuos que la sufren
empiezan a tener movimientos como danza. Es tan dramático que estos
individuos pueden demorar mucho tiempo en avanzar un trayecto corto.
El gen codifica para una proteína que es la huntingtina (HTT) y está en el cromosoma 4, cuando está mutada
se le coloca la m antes (mHTT). También es una proteína transmembrana, la función de la huntingtina no ha
sido claramente definida, pero como vimos en los casos anteriores, hay evidencias de acciones, que tienen
que ver en este caso con expresión génica, transporte intracelular, transducción de señales viene siendo
como un mecanismo de trasmisión de una señal del medio extracelular al medio intracelular, apoptosis
(muerte celular programada) y también funciona a nivel de la mitocondria.
Esta proteína huntingtina mutada es toxica en ciertos tipos celulares, pero especialmente a nivel cerebral.
En Venezuela hay una aldea en la cual muchos científicos que estudian Huntington van porque hay muchos
individuos que sufren de Huntington y como es una aldea se casan entre ellos, entonces evidentemente eso
hace que los niños que nacen tengan el problema porque se va trasmitiendo en la herencia
Preguntas.
-En una parte había dicho que la beta mieloide como que
estaba a pH 4 en la membrana.
Lo que yo les decía acá era que tenemos un mayor numero de repeticiones de glutamina, que son el
aminoácido cuando se produce la huntingtina mutada, producto de estas repeticiones en el DNA de los
codones que codifican para glutamina. Entonces, esta proteína normal va a tener un ensamblaje apropiado,
nativo, conveniente, una conformación espacial
correspondiente, que la hace funcional. En cambio, la que
tiene un mayor número de repeticiones la conformación
espacial va a ser diferente, hasta 36 repeticiones es normal,
sobre ese número la proteína está alterada, mayor numero
de residuos de un aminoácido va a afectar el ensamblaje
tridimensional de esta proteína. Esta huntingtina que está
alterada es procesada por enzimas llamadas caspasas, se
los nombro porque van a escucharlas cuando vean
apoptosis, pero estas son las enzimas que las cortan y
forman estos fragmentos o péptidos de huntingtina
mutadas y esos empiezan a formar estos cuerpos de
inclusión, a nivel del núcleo, en el axón, en la dendrita, en distintas regiones. Y esos agregados (cuerpos de
inclusión) van a afectar el funcionamiento de distintas estructuras a nivel celular, la mitocondria, la autofagia,
de la trasmisión nerviosa, etc. Que en el fondo van a llevar que esta neurona muera.
-Me quedo una duda con respecto a la penúltima diapositiva, que eran los niños relacionados con el trastorno,
pero que habían sido heredado por ambos padres que tenían la enfermedad. ¿El niño podría presentar la
enfermedad antes de la edad que sale como regular?
Claro, porque si tienes dos padres afectados, seguro el niño lo va a tener y puede producir problemas también
al replicarse el DNA porque como son pedacitos que están repetidos es más fácil equivocarse si es una
secuencia repetida que no repetida, se puede copiar más veces y eso tiene que ver también por los padres
y por eso yo les decía que si tienen un mayor numero de repeticiones la enfermedad es más dramática y
también tendería a presentarse los síntomas mas tempranamente, de los 30 – 50 es el promedio más común,
pero no quita que pueda empezar incluso antes, antes de los 20 años.