Descargar las secuencias de la proteína DEPTOR de las siguientes

especies: ratón, humano, pez cebra, chimpancé, gorila, gato, rata.

Construir un árbol filogenético estilo NJ (square) utilizando un
alineamiento hecho con CLUSTAL con el programa Seaview. Cuál especie
constituye el grupo externo.

DVL1, buscar isoformas, pb del transcrito más largo y más corto y 10

interacciones (dominios conservados?)

Clustal y muscle se usa principalmente para alineamientos globales

Blast alineamientos locales

Los alineamientos locales son útiles para identificar dominios conservados

Parálogos: Secuencias homólogas que se encuentran dentro de la misma

especie y que han surgido por duplicación génica.

Ortólogos: Secuencias homólogas que se encuentran en diferentes

especies y que han divergido debido a la especiación, pero comparten un
ancestro común.

La representación típica en un alineamiento es la siguiente:

Letra Idéntica (sin marcador): Indica que el aminoácido en esa posición

es idéntico en todas las especies alineadas.

Dos Puntos (":"): Indica que los aminoácidos en esa posición son
similares en propiedades químicas o físicas.

Punto ("."), o Espacio (" "): Indica que no hay similitud apreciable en esa
posición.

Los * que marcan los aminoácidos en los alineamientos de secuencias

indican que estos aminoácidos en las especies analizadas son idénticos

La raíz en los árboles enraizados corresponde a un antepasado común de

todas las especies analizadas

Los alineamientos de secuencias nos permiten identificar SNPs

La secuencia consenso se obtiene calculando la frecuencia de cada base o
aminoácido en cada posición del alineamiento y seleccionando el más
común en cada posición

Las KEGG-pathways nos dan información sobre las interacciones entre

proteínas

Extremo N-terminal: Este extremo corresponde al grupo amino libre

(-NH2) del primer aminoácido en la cadena de la proteína. Es el "inicio"
de la cadena y se denomina "N-terminal" porque está asociado con el
nitrógeno (N) del grupo amino.

Extremo C-terminal: Este extremo corresponde al grupo carboxilo

(-COOH) del último aminoácido en la cadena de la proteína. Es el "final"
de la cadena y se denomina "C-terminal" porque está asociado con el
carbono (C) del grupo carboxilo.