Unidad 4

4.5 Inferencia filogenética

Selección de Inferencia
taxones Hennigiana

Verosimilitud
Selección de Inferencia máxima
caracteres filogenética
Inferencia
Bayesiana
Análisis de los Matriz de
caracteres caracteres Distancia
 a. Análisis de caracteres

4.5
Inferencia b. Inferencia Hennigiana
filogenética
Verosimilitud máxima
c. Métodos Inferencia Bayesiana
estadísticos Distancia
 Examinar la variación
a. Análisis de caracteres entre taxones y
desarrollar un
1. Delimitar caracteres. esquema de
codificación que
2. Identificar estados de carácter. resuma esa variación
3. Polarización
con un número de
estados discretos.
4. Codificar

5. Construir la matriz de caracteres.

3. Polarización
 4. Codificación
La codificación de caracteres es el
método que permite convertir un
carácter de un lenguaje natural en
un símbolo de otro sistema de
representación.

Wikipedia, en el contexto de
Código Morse lenguajes de programación
Codificación en sistemática Identificar estados de carácter
discretos y asignarles números.

CARACTERES BINARIOS
Plesiomórfico 0
Apomórfico 1

Rojo 0
Naranja 1
Caracteres MULTIESTADO Serie de transformación

+Plesiomórfico 0
Intermedio 1
+Apomórfico 2

Azul 0
Rojo 1
Naranja 2
Caracteres MULTIESTADO Transformación no aditiva
0

1 2

Naranja = 0

Azul = 1 Rojo =2 Todos pueden transformarse entre sí.

Caracteres MULTIESTADO Transformación compleja
Apomórfico
Plesiomórfico
Apomórfico

Naranja = 1a
Plesiomórfico
Azul = 0
Rojo = 1b Transformación ramificada.
 5. Matriz de caracteres
Caracteres

Codificación
Raíz o grupo externo del estado de
carácter
Grupo interno Caracteres
faltantes o
inaplicables
Matriz de caracteres moleculares

Sin indels

Con indels
Inferencia filogenética
Estimación de un árbol
filogenético basado en
un conjunto de datos y
un criterio de
optimización.
 b. Inferencia hennigiana
Primer método formal para la
reconstrucción de filogenias.
La distribución de la variación
de caracteres contiene
información sobre las
relaciones evolutivas.
b. Inferencia hennigiana
Premisas:
1. La historia evolutiva es estrictamente con forma de
árbol.

2. No hay homoplasia: cada carácter evoluciona de un

estado ancestral a uno derivado, sin reversiones ni
convergencias.
Reglas de la Argumentación hennigiana

1. Regla del agrupamiento: solo las

sinapomorfías proporcionan evidencia de
relaciones de ancestro común.

Sinapomorfía de Tetrapoda:
extremidades con dígitos
Reglas de la Argumentación hennigiana
Inclusión de C en CDE
2. Regla de la inclusión/
exclusión: la información de dos
caracteres diferentes puede
combinarse en una única
hipótesis de relaciones si
permite la inclusión o exclusión
completa de los grupos
sustentados por estos
3
caracteres.
Reglas de la Argumentación hennigiana
Los grupos se excluyen completamente
2. Regla de la inclusión/
exclusión: la información de dos
caracteres diferentes puede
combinarse en una única
hipótesis de relaciones si
permite la inclusión o exclusión
completa de los grupos
sustentados por estos
caracteres.
Reglas de la Argumentación hennigiana

3. Regla de la homoplasia (o
principio auxiliar de Hennig):
nunca asumir convergencia o
paralelismo; siempre postular
homología en ausencia de
evidencia contraria. Los tres taxones tienen el
mismo estado de carácter
porque lo heredaron de un
ancestro común
Máxima parsimonia
Se acepta la existencia de la homoplasia.
Criterio de máxima parsimonia:
El mejor árbol es el que explica todos los datos observados invocando la
menor cantidad de homoplasia.
Procedimiento:
1. Determinar el número mínimo de cambios de estado de carácter
(pasos) requeridos para explicar los datos.
2. Sumar los pasos: longitud del árbol.
3. El árbol más corto (más parsimonioso) es el elegido.
Procedimiento
1. Polarizar y codificar estados.
2. Construir la matriz de caracteres, .
3. Analizar la matriz buscando taxones que tengan caracteres
compartidos (sinapomorfías).
4. Construir subcladogramas sencillos que unan grupos de especies
de acuerdo a sus sinapomorfías.
1. Construir la matriz de caracteres y polarizar estados.
2. Analizar la matriz buscando taxones que tengan estados de
carácter compartidos.
3. Construir subcladogramas.
Observar si los subcladogramas:
• Coinciden:
• Postulan los mismos grupos monofiléticos
• Están anidados:
• Grupos monofiléticos anidados
• Se superponen parcialmente
Observar si los subcladogramas:
• Coinciden:
• Postulan los mismos grupos monofiléticos
• Están anidados:
• Grupos monofiléticos anidados
• Se superponen parcialmente 4
Observar si los subcladogramas:
• Coinciden:
• Postulan los mismos grupos monofiléticos
• Están anidados:
• Grupos monofiléticos anidados
• Se superponen parcialmente

Carácter discordante, porque

cada miembro pertenece a
5 un clado distinto.

Hipótesis: es homoplástico
3 4
4. Combinar todos los subcladogramas hasta encontrar el
cladograma que implique el menor número posible de pasos
(parsimonia).

3 4
4. Combinar todos los subcladogramas hasta encontrar el
cladograma que implique el menor número posible de pasos
(parsimonia).
 Actividad 4.6 Construir el cladograma más
parsimonioso
Esta es una matriz de datos morfológicos
de 8 especies de reptiles.
1. Identifica las sinapomorfías.
2. Dibuja todos los subcladogramas (uno
por carácter).
3. Construye el o los cladogramas que
resulten.
4. Cuenta el número de pasos en cada
uno.
5. Determina cuál es el más
parsimonioso.
Actividad 4.6 Construir el cladograma
más parsimonioso
Esta es una matriz de datos Raíz
morfológicos de 10 especies de Taxón A
mamíferos.
Taxón B
Repite el proceso descrito en la Taxón C
diapositiva anterior.
Taxón D
Taxón E
Taxón F
Taxón G
Taxón H
Taxón I
Taxón J
¿Estás listo para hacer un ejercicio de
ingeniería reversa?
Polarización y
Matriz Cladograma
codificación

Polarización y
Matriz Cladograma
codificación
 A partir de este cladograma, construye la
matriz de caracteres y el análisis previo.
Actividad 4.7 Entregar 3 cuadros:

Cladograma

Matriz

Identificación,
polarización y
codificación

(Estos datos no son correctos)

• Con base en las especies
hipotéticas de la siguiente
figura, elabora una lista lo
más exhaustiva posible de
caracteres y sus estados
de carácter
correspondiente
• Para cada carácter, identifica los estados plesiomórfico y apomórfico
utilizando los criterios de comparación con el grupo externo y
ontogenético. Considera que a es el grupo externo y que las secuencias
ontogenéticas i y j corresponden a los taxones c y h, respectivamente.

El grupo externo y los estadios

más tempranos de desarrollo
tienen los estados más
plesiomórficos de los caracteres

• Obtén el cladograma más parsimonioso aplicando la argumentación

Hennigiana.
Caracteres anatómicos que deben usarse
 Taxones
Carácter Estado de carácter a b c d e f g h
1. Longitud de los brazos 0= 1=
2. Longitud de los dedos 0= 1=
3. Número de brazos 0= 1= 2=
4. Presencia de pie basal 0= 1=
5. Forma de la cola 0= 1=
6. Puntos en los brazos 0= 1=
7. No. de bandas 0= 1= 2=
8. Espinas en el cuerpo 0= 1=
9. Espinas ext. brazos 0= 1=
10. Espinas todo el brazo 0= 1=
11. Cinturón y anclas 0= 1=
12. Forma del estómago 0= 1=
13. Número de ovarios 0= 1=
14. Forma del testículo 0= 1=