INGENIERÍA DE BIOREACCIÓN.

1
DESDE EL DISEÑO DE BIOPROCESOS HASTA LA BIOLOGÍA DE SISTEMAS.
La biotecnología es un factor clave en el desarrollo e implementación de procesos para la fabricación de nuevos
productos alimenticios, alimentos para animales, productos farmacéuticos y una serie de productos especializados
a través de la aplicación de microbiología, tecnología de enzimas y disciplinas de ingeniería, como ingeniería de
reacción y tecnología de separación. Con la introducción de las llamadas "nuevas" biotecnologías desde 1970, se
hizo posible la manipulación dirigida de la maquinaria genética de la célula a través de técnicas de ADN
recombinante y la fusión celular. Esto ha expandido fundamentalmente el potencial de los sistemas biológicos para
producir moléculas biológicas importantes que no pueden ser producidas por otros medios. Los organismos
industriales existentes pueden ser alterados sistemáticamente para producir productos útiles de manera rentable y
ambientalmente aceptable. Por lo tanto, el progreso en la ingeniería genética ha llevado a cambios genéticos
dirigidos a través de la tecnología de ADN recombinante, lo que permite un enfoque mucho más racional para la
mejora de la cepa que con los métodos clásicos. Esto se conoce como ingeniería metabólica (Bailey, 1991), y en
los últimos años, la ingeniería metabólica se ha aplicado para mejorar muchos procesos de fermentación microbiana
diferentes (Ostergaard et al., 2000; Nielsen, 2001). Inicialmente, la ingeniería metabólica era simplemente la
manifestación tecnológica de la biología molecular, pero con el rápido desarrollo de nuevas técnicas analíticas,
técnicas de clonación y herramientas teóricas para el análisis de datos biológicos, ha sido posible introducir
rápidamente cambios genéticos dirigidos y posteriormente analizar ¡Las consecuencias de los cambios introducidos
a nivel celular! A menudo, el análisis apuntará hacia un cambio genético adicional que puede ser necesario para
mejorar aún más el rendimiento celular, y la ingeniería metabólica por lo tanto implica una operación cíclica con
una estrecha integración entre el análisis de la función celular y la ingeniería genética.
Los científicos, industriales, y políticos en países desarrollados, como también en países con menos desarrollo
industrial reconocen la dominante influencia que la biotecnología tendrá en el siglo XXI, donde la biotecnología
conducirá cambios revolucionarios en las economías agrícolas tradicionales. Sin embargo, a fin de obtener los
beneficios del desarrollo en biología, existe una necesidad urgente de microbiólogos industriales con experiencia
en la resolución de problemas cuantitativos, particularmente aplicados a biorreactores industriales. Dichas personas
se han referido tradicionalmente como ingenieros bioquímicos o ingenieros de bioprocesos. Idealmente, deberían
combinar el conocimiento de un generalista de los temas principales en biología molecular, fisiología microbiana e
ingeniería de procesos con la visión de un experto en un campo en particular.
Tradicionalmente, los ingenieros bioquímicos tenían una función importante en el diseño y la ampliación de los
bioprocesos. Hoy están muy involucrados también en la fase de diseño muy temprana de un nuevo proceso, ya que
se ha vuelto de suma importancia aplicar un diseño de proceso integrado donde en la producción prospectiva el
organismo se adapta a la operación a gran escala incluso en las primeras etapas del desarrollo de la cepa de
laboratorio. Por lo tanto, los ingenieros bioquímicos han sido muy activos en el rápido progreso de la ingeniería
metabólica. Los equipos de ingenieros y biólogos serán responsables de la implementación de un enfoque integrado
para el diseño de procesos. Por lo tanto, es importante que los biólogos de la corriente principal obtengan una idea
del análisis cuantitativo de la función celular y la operación del biorreactor, y que los ingenieros bioquímicos
continúen aprendiendo más sobre los procesos biológicos fundamentales.
Además de su papel en el diseño de procesos y en la ingeniería metabólica, los ingenieros bioquímicos también
deben desempeñar un papel cada vez más importante en la investigación biológica fundamental. El genoma de una
gran cantidad de organismos se ha secuenciado por completo, y se ha convertido en un importante objetivo de
investigación tanto para asignar funciones a todos los genes en el genoma, conocidos como genómica funcional,
como para comprender cómo interactúan todos los componentes dentro del sistema celular. . Esto solo se puede
hacer mediante el uso de modelos matemáticos complejos, y este campo se conoce como biología de sistemas (ver
Fig. 1. 1).

Figura 1.1 Representación esquemática de la biología de sistemas.

Con base en datos empíricos y al conocimiento de la función celular, se propone un modelo matemático. El modelo
se usa para simular la función celular general, y las simulaciones del modelo se comparan con datos experimentales.
Los datos experimentales se pueden obtener de: 1) Genómica; información sobre la secuencia genómica; 2)
transcriptómica; datos sobre la expresión de todos los genes obtenidos mediante la medición del conjunto completo
de ARNm utilizando matrices de ADN; 3) proteómica; datos sobre todas las proteínas disponibles en la célula
obtenidas por electroforesis en gel 2D o chips de proteínas; 4) la metabolómica; los datos sobre los perfiles de
metabolitos dentro de las células se obtienen usando diferentes técnicas analíticas; y 5) Fluxomía; Se cuantifican
los flujos a través de todas las reacciones celulares. Si existe un buen ajuste entre los datos experimentales y las
simulaciones de modelos, es probable que el modelo sea una buena representación del sistema biológico, que, por
lo tanto, puede reconstruirse a partir de sus partes esenciales. Un ajuste deficiente muestra que el modelo necesita
ser revisado y, a menudo, la discrepancia entre las simulaciones del modelo y los datos experimentales indicará
dónde debe revisarse el modelo [Adaptado de Nielsen y Olsson (2002)].

Tabla 1.1 Definición de áreas de investigación donde los ingenieros bioquímicos juegan un papel importante.

Termino Definición
Diseño de El diseño general de un bioproceso. Esto implica tanto el diseño del equipo que se utilizará en
bioprocesos el proceso como la evaluación cuantitativa de cómo se debe operar el proceso de manera más
eficiente. Un elemento clave en la ampliación de procesos desde escala de laboratorio a escala
industrial.
Ingeniería El uso de modificación genética dirigida para mejorar las propiedades de una célula dada,
metabólica ejemplo, rendimiento o productividad mejorados, rango de sustrato ampliado y producción de
nuevos productos. El análisis cuantitativo de la función celular juega un papel importante en
este campo.
Genómica La asignación cualitativa de la función para abrir marcos de lectura (ORF). Esto incluye la
funcional asignación de funciones a ORF que se han identificado pero que no tienen una función conocida,
 así como la asignación de funciones adicionales a ORF con funciones ya asignadas. Con la
interacción de muchos procesos diferentes, es necesario considerar las interacciones entre los
diferentes componentes, y esto puede requerir un análisis cuantitativo.
Biologia de Descripción de la función celular global a través de un estudio cuantitativo de la interacción
sistemas entre todos los componentes individuales del sistema (la célula), p. transcripción génica,
traducción, interacción proteína-proteína, catálisis enzimática de reacciones bioquímicas e
interacción receptor-metabolito. Con una descripción detallada de los eventos moleculares
individuales, también es posible considerar las interacciones célula-célula, y de este modo se
pueden describir de forma completa cultivos completos.

En el futuro, se espera que la distancia sea muy corta entre los descubrimientos fundamentales y el diseño del
proceso, y los ingenieros bioquímicos desempeñarán un papel importante en los diferentes campos de investigación
mencionados anteriormente. La Tabla 1.1 da nuestra definición de estas diferentes áreas.

1.1. La estructura del libro.

El presente texto ha sido nombrado Principios de ingeniería de biorreacción, y es la segunda edición de un libro de
texto que se publicó por primera vez en 1994. El texto se ha reescrito ampliamente y se incluyen muchos temas
nuevos. El objetivo es el mismo que en el texto original: proporcionar a los estudiantes e investigadores industriales
algunas de las herramientas necesarias para analizar, y mediante análisis para mejorar el resultado de un proceso de
biorreacción. El libro de ninguna manera puede pretender presentar la vista integrada deseada de todo el bioproceso
desde la selección de la cepa hasta el procesamiento posterior y más allá del producto comercializable final (los
procesos de separación están completamente ausentes del texto). Nuestro enfoque está en la unidad central del
bioproceso, el biorreactor y los procesos que ocurren en el reactor. Básicamente, una biorreacción se puede dividir
en dos partes: la operación de la fábrica de células y la interacción de las faetonas celulares entre sí y el medio
ambiente impuesto mediante la operación del biorreactor. Con los desarrollos mencionados anteriormente en
ingeniería metabólica y biología de sistemas, una comprensión fundamental de la fábrica celular, es decir, cómo
funcionan las células en diferentes condiciones ambientales, se ha vuelto aún más importante, no solo para el diseño
de biorreacciones sino también para obtener una visión detallada de la función celular. Si uno quiere mejorar un
bioproceso o comprender la función celular en un nivel fundamental, las herramientas son en gran medida las
mismas. Sin embargo, como se discutirá en el Capítulo 7, la estructura del modelo utilizado para describir la función
celular depende del propósito del estudio.
Lo que hace el texto, con suerte de una manera útil, es integrar los conceptos de modelado maternal en sistemas
razonablemente generales con algunos de los aspectos fundamentales de la fisiología rnicrobiana. La célula es el
reactor definitivo, y todo lo que va a salir de este reactor tiene que pasar el límite entre la célula y el medio ambiente.
Pero lo que sucede dentro de la célula, en la fase biótica, está íntimamente relacionado con las condiciones del
medio ambiente, la fase abiótica. Por lo tanto, el acoplamiento entre la célula y el medio ambiente debe recibir un
tratamiento muy serio, aunque se necesita mucha idealización para obtener un modelo de complejidad razonable
que todavía pueda usarse para estudiar ciertas características generales de las biorreacciones. El verdadero sistema
de biorreacción es un aglomerado inmensamente complicado de tres fases: gas, líquido y sólido, con gradientes de
concentración y constantes de tiempo de magnitudes muy diferentes. Este sistema está más allá del alcance de
cualquier libro de texto; De hecho, apenas se menciona en los documentos de investigación de primera línea. Pero
los pasos individuales de una biorreacción, el transporte hacia o desde las células, y la mezcla en un recipiente se
pueden tratar y se ilustrarán con numerosos ejemplos, la mayoría de los cuales son lo suficientemente simples como
para resolverse sin recurrir a una computadora (y, por lo tanto, tal vez mejor adecuado para impartir la comprensión
de los mecanismos subyacentes).
El grupo objetivo para este libro de texto son los estudiantes que han estudiado ciencias naturales y ciencias de la
ingeniería. Esto incluye a la mayoría de los estudiantes que siguen un currículum de ingeniería química. Algunos
conocimientos de biología serán ventajosos, pero no obligatorios para leer el libro. El libro divide el tema en varios
temas diferentes, como se ilustra en Fíg. 1.2. Es de poca utilidad investigar la cinética de las bioreacciones sin una
cierta apreciación de la bioquímica de los organismos vivos. Se debe conocer la ingestión de componentes del
sustrato del medio abiótico y el destino de un sustrato a medida que se convierte a través de vías metabólicas, y se
debe reconocer la distribución muy diferente del producto bajo condiciones ambientales variables. La mayoría de
los estudiantes de ingeniería química y todos los microbiólogos y bioquímicos tienen un conocimiento práctico de
las principales vías de los microorganismos. Aun así, se ofrece un breve resumen del tema en el Capítulo 2, que al
mismo tiempo ofrece una introducción al diseño de procesos biotecnológicos. Un estudio superficial de los muchos
ejemplos dispersos a lo largo del libro puede dar la impresión de que Escherichia coli, Saccharomyces cerevisiae,
bacterias del ácido láctico y ciertos hongos filamentosos son nuestras especies microbianas favoritas, pero es
importante enfatizar que los conceptos descritos en este libro de texto son igualmente adecuado para analizar
también otros sistemas celulares, es decir, otros mícrobios, cultivos celulares, plantas, células animales e incluso
células humanas.
A menudo es doloroso analizar datos cinéticos de investigaciones industriales (o, de hecho, académicas) donde los
equilibrios de masa ni siquiera se cierran aproximadamente. Un microorganismo crece y produce metabolitos a
partir de sustratos. Dado que el carbono y el nitrógeno de entrada se deben encontrar en uno de los efluentes del
biorreactor, la biomasa, los sustratos restantes o los productos metabólicos, parece ser bastante elemental verificar
si los equilibrios de masa esenciales se cierran. Se puede inferir de la observación inicial del párrafo que este rara
vez es el caso. La falta de instrumentación, las dificultades inherentes de realizar mediciones consistentes en
sistemas biológicos (un hecho que los investigadores de sistemas menos complejos no reconocen fácilmente) o,
menos fácilmente perdonable, una falta de conocimiento de la bioquímica del proceso, que conduce a la omisión
de un producto metabólico significativo, todos pueden contribuir a hacer que los datos experimentales sin procesar
no sean adecuados para el análisis. En el Capítulo 3 describimos métodos para verificar la consistencia de los datos
experimentales sobre la conversión general de sustratos a productos metabólicos.
No hay forma de describir las innumerables reacciones que ocurren dentro de un microorganismo en un conjunto
consistente de ecuaciones. No hay suficientes datos para hacerlo, muchos pasos de reacción son desconocidos,
incluso cualitativamente, y el resultado de todos modos sería inútil para fines prácticos. Por lo tanto, dejaremos de
lado muchos pasos de reacción por una de dos razones: la tasa puede ser tan baja que no influye en el proceso
durante el tiempo de observación, o la tasa puede ser tan alta en comparación con la frecuencia de nuestras
observaciones de sistema que puede considerarse que el escalón está en equilibrio. Es de esperar que la tasa de
mutación de un microorganismo sea mucho menor que la tasa de crecimiento específico de la biomasa. Por lo tanto,
la mutación generalmente se puede descuidar al calcular el resultado de un experimento por lotes (una suposición
del estado congelado). De manera similar, se puede suponer con seguridad que muchos pasos de una ruta metabólica
están en un estado pseudoestable porque otros pasos son de orden de magnitud más lento y representan los cuellos
de botella del metabolismo. Para identificar pasos rápidos y lentos, es útil el concepto de tiempo constante o tiempo
característico para un determinado paso. Por lo general, no estamos interesados en procesos con constantes de
tiempo del orden de milisegundos (aunque estos pueden ser los objetos clave de los estudios espectroscópicos en
bioquímica fundamental), ni tampoco nos interesan las constantes de tiempo de varios meses. Sin embargo, entre
estos límites muy amplios, existe un amplio margen para el modelado de biorreacciones.
En el Capítulo 5 describimos los métodos para analizar la fábrica de células en detalle, en particular nos enfocamos
en las vías que operan en diferentes condiciones de crecimiento. Esto implica la aplicación de modelos simples
donde todas las reacciones se agrupan en unas pocas vías generales y modelos muy detallados que consideran una
gran cantidad de reacciones en la red metabólica. Se presentan conceptos para la cuantificación de los flujos a través
de las diferentes ramas de la red metabólica. Estos conceptos resultan ser muy útiles para obtener una mayor
comprensión de cómo funciona la célula y de este modo se pueden diseñar estrategias para mejorar la fábrica de
células. Esto a menudo se conoce como análisis de flujo metabólico, y presentamos varios métodos diferentes que
se pueden aplicar para el análisis de flujo.
Los conceptos del análisis de flujo metabólico son claramente útiles para obtener información sobre la función
celular, pero no proporciona ninguna información sobre cómo se controlan los flujos. Aquí es necesario incluir
información sobre la cinética enzimática en el análisis. En el Capítulo 6 damos una breve revisión de la cinética
enzimática, y luego pasamos al análisis de control metabólico (MCA), un concepto que permite la cuantificación
del control de flujo dentro de una ruta dada. La ACM se describe ampliamente en otros libros de texto y en
publicaciones de investigación, pero la breve introducción es ilustrativa para enseñar los conceptos de control de
flujo en las vías bioquímicas y puede ser útil como introducción al tema.

Figura 1.2 Una descripción general de los temas en este libro de texto. Ver el texto para más detalles.
Un requisito para que cualquier reacción proceda es que se cumplan las leyes de la termodinámica, y en el Capítulo
4 revisamos brevemente algunos aspectos fundamentales de la termodinámica clásica. El énfasis está en evaluar la
viabilidad de reacciones bioquímicas específicas, pero también ofrecemos enfoques de ingeniería simples para el
cálculo de la generación de calor, un tema de importancia para el diseño adecuado de intercambiadores de calor en
biorreactores.
El capítulo 7 trata de la cinética microbiana no estructurada y estructurada. Uno puede pensar en un modelo no
estructurado como un ajustador de datos primitivo, pero siempre dice algo sobre la influencia de las principales
concentraciones de sustrato, y sorprendentemente a menudo puede servir para un propósito pedagógico útil, por
ejemplo, en la discusión sobre el rendimiento ideal del reactor en el Capítulo 9 - y puede usarse como modelo de
control con pararrayos ajustables. En términos generales, la mayoría de las reacciones microbianas en estado
estacionario se pueden adaptar a modelos no estructurados bastante simples, pero solo cuando la composición
interna de la célula está en equilibrio con la composición mediana, la llamada situación de crecimiento equilibrado.
En el caso de transitorios rápidos, donde este supuesto no se cumple, un modelo no estructurado puede ser de poca
utilidad para fines de extrapolación. Aquí, se deben utilizar modelos estructurados con muchos más detalles
bioquímicos sobre la influencia de la composición celular en la biorreacción. Los modelos estructurados pueden
extenderse para describir mecanismos celulares muy detallados, pero a menudo el objetivo de tales modelos es
comprender la interacción entre los diferentes procesos en la célula, es decir, como se especifica en el campo de la
biología de sistemas, en lugar de simular un bioproceso. La morfología cambiante de todo el cultivo impone otro
tipo de estructura en la biomasa, ya sea como un fenómeno de envejecimiento o como respuesta a un entorno
cambiante. El concepto de un cultivo homogéneo de reactores idénticos (las células individuales) se descompone
en una serie de situaciones, y deben introducirse equilibrios poblacionales basados en la diversidad bioquímica del
cultivo. Aquí la complejidad matemática se vuelve sustancial, pero en el Capítulo 8 presentamos los conceptos
básicos y proporcionamos algunos ejemplos para ilustrar cómo se puede describir cuantitativamente la
heterogeneidad en una población.
El biorreactor es el tema de los capítulos 9, 1 O y 11. En cierto sentido, se podría decir que todo el tratamiento hasta
ese momento lleva a estos capítulos, donde la estequiometría y la cinética de reacción junto con los fenómenos de
transporte se unen en un problema de diseño de ingeniería. Mucho se ha dicho y escrito sobre el análisis de un
biorreactor ideal, un reactor sin variación espacial en el medio o la biomasa. Hemos optado por analizar el
funcionamiento en estado estacionario y transitorio del biorreactor como temas igualmente importantes. Mucho
material sobre la aplicación de una cinética empírica más o menos complicada en el diseño del reactor se ha dejado
de lado para resaltar los aspectos básicos de operar el reactor de tanque en un estado estable y en una situación
dinámica causada por cambios en el medio ambiente. El reactor de flujo de tapón tiene mucho menos espacio que
el reactor de tanque. No deseamos involucrarnos con la complejidad de modelar los reactores tubulares (un tema
principal de la mayoría de los libros de texto sobre ingeniería de reacción química), y el tanque agitado es, con
mucho, el biorreactor más importante.
Los procesos de transporte de naturaleza física son complementos bien conocidos de la cinética en la ingeniería de
reacción clásica. Dado que el oxígeno es un sustrato en innumerables biorreacciones y tiene que transferirse de una
fase gaseosa a través de la fase líquida a la célula, el reactor final, se hace necesario tratar algunos conceptos de
transferencia de masa. Estos conceptos se examinan en el Capítulo 10, pero principalmente de manera general; nos
abstenemos de citar las muchas correlaciones que existen para piezas particulares de equipo, sino que nos
concentramos en algunos aspectos fundamentales, ilustrados con algunas aplicaciones prácticas del diseño
experimental de laboratorio y planta piloto.
Uno podría haber esperado que en un texto siempre y cuando el presente sea posible dar consejos precisos de diseño
para biorreactores industriales. Desafortunadamente, no es posible dar consejos de diseño simples de manera
general, pero en el capítulo final del libro, Capítulo 11, presentamos algunos conceptos generales relacionados con
el diseño de biorreactores industriales. Sin embargo, creemos que una comprensión adecuada de los temas
discutidos en este texto será de gran ayuda para el diseñador de nuevos bioprocesos a escala industrial.
1.2. Algunos comentarios sobre la nomenclatura utilizada en el libro.
La ingeniería bioquímica es un tema multidisciplinario y aún no se ha desarrollado una nomenclatura unificada. En
la medida de lo posible, hemos seguido la nomenclatura utilizada en los diarios de biotecnología estándar (como D
para la tasa de dilución, µ para la tasa de crecimiento específica, etc.), pero en un aspecto la nomenclatura puede
diferir de la utilizada en otros libros de texto. Como ya se argumentó en la introducción, insistimos en tratar la célula
como el biorreactor real y, en consecuencia, la velocidad de reacción basada en el volumen o el peso del reactor
celular se denomina r de acuerdo con la práctica habitual. Las tasas r normalmente se denominan tasas específicas,
y en cualquier estudio fisiológico estas son las tasas importantes. Que las células vivan e interactúen en un
recipiente, el biorreactor, es incidental a la reacción celular, pero necesitamos otro término para la velocidad de
reacción basada en el volumen del reactor. Aquí elegimos usar q como en la primera edición del texto. Sabemos
que en muchos otros libros de texto q se usa para tarifas específicas. Sin embargo, confiamos en que el lector
aceptará nuestra elección; incluso un estudio superficial del texto pronto hará aceptable la nomenclatura, también
si el lector está familiarizado con otra nomenclatura.
También para facilitar la referencia cruzada de textos en ingeniería química, hemos utilizado una nomenclatura
ligeramente diferente para las concentraciones en los capítulos 10 y 11 que en el resto del libro.
1.3. Una nota final.
Como educadores e investigadores académicos, deseamos promover una comprensión del tema, tal vez a veces para
buscar el mecanismo de un proceso físico o biológico, y en nuestro esfuerzo por contribuir al desarrollo en general,
deseamos ayudar en la mejora de procesos industriales en el sentido más amplio posible de la palabra mejora.
En general, es de esperar que el presente texto ilustre el enfoque cíclico de ingeniería fundamental para la solución
de problemas:
“Las ideas engendran experimentos, que se describen sistemáticamente mediante modelos, que conducen aún más
a nuevos experimentos y nuevas estructuras de modelos, un dictamen válido tanto en el diseño de bioprocesos como
en la biología de sistemas.”