Universidad de Talca

Facultad de Ciencias de la Salud

Depto. Bioquímica Clínica e Inmunohematología

GENÓMICA

Dr. TM. Rodrigo Moore Carrasco

Dr. TM. Sergio Wehinger Wehinger
 La Genómica
• Es el estudio del genoma, es decir, el estudio
de la evolución, contenido y función de la
información almacenada en el ADN

Se subdivide en:
• Genómica Estructural
• Genómica Comparativa
• Genómica Funcional
 Genoma
• Todas las secuencias contenidas en el ADN de
un organismo
• Es más grande en eucariotas
• En procariotas, el tamaño del genoma se
correlaciona con la complejidad del organismo
• En eucariotas, el tamaño del genoma no
siempre se correlaciona con la complejidad
del organismo
Ej: Genoma Salamandra (10x)>Humano (1x)
Rosalin Franklin
Estructura

Función
(OH-) C3 – (PO4-3) C5
Comparativa de Genomas
GENOMAS

Procariontes Eucariontes
Adquiere nuevas funciones Adquiere nuevas funciones
frecuentemente en base a frecuentemente en base a
transferencia horizontal duplicación

Los cromosomas son Los cromosomas poseen regiones

esencialmente homogéneos en heterogéneas (centrómeros,
estructura telómeros)

Los genes se organizan y Los genes se organizan en su

transcriben en su mayoría en mayoría individualmente
operones

Sufre muchos procesos El ADN se duplica y transcribe

acoplados individualmente y de manera
compartimentalizada

Los genes no poseen regiones

exones e intrones Los genes poseen regiones exones
e intrones
La cantidad de ADN se
correlaciona con la cantidad de La cantidad de ADN no se
genes correlaciona bien con el número
de genes
 Elementos del Genoma Eucarionte
• Genes “discontinuos”
Son aquellos suya secuencia contiene regiones cuyas copias transcripcionales serán
mantenidas en el ARN maduro (exones), intercaladas con regiones que no lo serán
(intrones)
El proceso de corte empalme que saca los intrones en el ARN se llama “splicing”

5´ Exón 1 Intrón 1 Exón 2 Intrón 2 Exón 3 3´

ADN
Transcripción

5´ Exón 1 Intrón 1 Exón 2 Intrón 2 Exón 3 3´ ARN

primario
Splicing
5´ Intrón
Exón1 1 Exón 2 Exón 3 3´ ARN
maduro
 Elementos del Genoma Eucarionte

• El gen comienza y termina con exones

• Los exones son regiones más “conservadas del genoma”
• Los exones son pequeños y regulares en tamaño
• Los intrones varían mucho de tamaño
• Existen genes de un solo exón en algunos eucariotas simples
• Probablemente muchos genes discontinuos derivaron de versiones
continuas más simples
• En algunos casos, los intrones se originaros desde elementos
móviles que se insertaron en los genes
• No siempre todos los exones transcritos permanecen en el ARN
maduro: “Splicing Alternativo”
Elementos del Genoma Eucarionte

•Las levaduras poseen en su

mayoría, genes de un solo
exón
•La mayoría de los eucariontes
posee predominio de genes
multiexones en sus genomas

Fuente: Genes VIII

Elementos del Genoma Eucarionte
•Los exones son más bien
pequeños y regulares,
codificando fragmentos de
entre 100 y 200 pb

•Los intrones varían mucho,

desde menos de 1 kb a 30 kb

Fuente: Genes VIII

Elementos del Genoma Eucarionte

Splicing Alternativo

Splicing Alternativo de la Troponina T

Fuente: Genes VIII

Elementos del Genoma Eucarionte

•La presencia de un exón en un

fragmento de un gen se puede
detectar por la técnica del
“exon trapping vector”
Elementos del Genoma Eucarionte
Secuencias repetitivas
• Son secuencias no codificantes altamente
repetidas y abundantes en el genoma eucarionte
Britten y Kohne: 1968
1,0
E. coli
ADN monohebra restante

Sec. repetidas
0,5
Sec. no
ADN repetidas
bovino
Fuente: La célula (3º edición)

10-3 10-2 10-1 1 10 102 103 104

C0t (M x seg)
 Elementos del Genoma Eucarionte
Tipo de Secuencia Nº de copias Fracción del genoma
humano
STRs (short tanden >106 ~10%
repeats) o Satélite
Transposones ADN 300.000 3%
Retrotramposones
LINEs 850.000 21%
SINES
Elementos retrovirales 1,5x106 13%
450.000 8%
Fuente: La célula (3º edición)
 Elementos del Genoma Eucarionte
SINES (short Interspersed elements)
Genoma de Drosophila melanogaster •Cortos: 100 a 300 pb
•Dependen de retrotranscriptasa
ADN genómico •Son transcritos pero no traducidos
principal LINES (Long Interspersed Eelements)
(III) •Más largos: 1 kb
•Dependen de retrotranscriptasa
•Algunos codifican para proteínas de función desconocida
Cantidad de ADN

Elementos Retrovirales
•Largos: 2-10 kb
•Dependen de retrotranscriptasas

ADN cromosómico

ADN ADN satélite

satélite
(II) ARN
(IV) (I)
retrotranscriptasa

1,705 1,701 1,687 1,672 retrotramposón de ADN

Gradiente de CsCl
Fuente: La célula (3º edición)
Reinserción cromosómica
 Elementos del Genoma Eucarionte
Aplicación práctica de los STRs, ADN Satélite o SSRs (Simple Sequence Repeats)
 Elementos del Genoma Eucarionte

Pseudogenes:
Copias no funcionales de genes funcionales
E1 I 1 E2
Transcripción
1%/millón de años Splicing
Duplicación
E1 I 1 E2 E1 I 1 E2 E1 E2

Retrotranscripción
Tiempo

Proteína Proteína
Mutaciones E1 E2 Reinserción
4 millones de años cromosómica
E1 I 1 E2 E1 I1 E2 E1 E2
pseudogén pseudogén
Proteína procesado
Como y para que estudiamos el DNA

PCR

RFLP

STRs

Huellas dactilares
 Charles Darwin

Evolución
Selección Natural
Evolución de la especie humana
¿Que nos hace distintos?

Polimorfismos genéticos
 Genoma Humano
• Sólo el 1% corresponde a secuencias codificantes
• Los exones cubren el 5% de cada gen (1% del total)
• El 25% del genoma consta de secuencias de genes (exones
+ intrones)
• Se han descrito entre 30.000 a 40.000 genes totales
• Cerca del 60% de los genes sufren splicing alernativo
• El 80% de los casos de splicing alternativos implican
cambios en la secuencia proteica
• Esto implica un proteoma mayor a lo esperado: 50.000 a
60.000 proteínas
 Mapeo del Genoma

“Genetic Linkage”: se basa en determinar la cercanía física de dos o más genes,

basándose en la frecuencias de sus recombinaciones y la tendencia a ser heredados juntos

Cualquier factor que afecte la recombinación, puede afectar los resultados de

este análisis, induciendo errores en el mapeo
 Mapeo del Genoma
Mapas de Restricción:
Se basa en diferentes patrones de fragmentos de ADN cortados con un
set de enzimas de restricción
Los cambios por mutaciones puntuales son difíciles de detectar, a
menos que afecten el sitio de corte

Inserciones o deleciones de
fragmentos de varias pb serán
más obvios de diferenciar por
mapas de restricción

Mutaciones puntuales serán

detectadas si éstas generan o
(más comúnmente) desactivan
sitios de restricción
 Mapeo del Genoma

Aplicaciones de los mapas de

restricción:
RFLP (Restriction Fragment Lenght
Polimorphism)
• Son SNP (Single Nucleotide
Polimorphism) que caen en sitios
de restricción conocidos.
• En el genoma humano, existe un
SNP cada 1330 pb
• Los RFLP son usados como
marcadores genéticos de identidad:
cada individuo posee una
combinación única de RFLPs
 Mapeo del Genoma

Uso de RFLPs para el

estudio de pedigríes y
segregación mendeliana
de genes

Fuente: Genes VIII

Mapeo del Genoma

Uso de RFLPs para el

estudio de genes
implicados en
enfermedades genéticas.

Si un RFLP en particular , es
diferente entre sujetos
normales y enfermos, muy
probablemente la
mutación cae en la región
génica donde está el RFLP
 Mapeo del Genoma
Secuenciación de ADN:
Es la más precisa y confiable, aunque engorrosa
PCR y sus variaciones
 PCR a tiempo real (Real time PCR)

No confundir
RT-PCR
Con real time PCR

Ventajas y desventajas
 TALLER: Diseño de primers para PCR

Características a considerar:
Tm: temperatura de “melting”
Longitud: 15 – 25 pb
Deben entregar informe (max. 3 p)
En parejas,

Criterios para diseño

1. Unión única
2. Longitud: 17-28 bases. Podría variar
3. Composición: contenido promedio de (G+C) alrededor 50- 60%; evitar
secuencia larga de (A+T) y región rica en (G+C)
4. Optimizar apareamiento: estabilidad en extremo 5’ debe ser alta y
relativamente baja en 3’, para evitar unión equivocada de los primers
5. Tm preferiblemente entre 55-65 °C
6. Primers en un “juego” con diferencia de t. de annealing entre 2-3°C
7. Minimizar estructura secundaria interna: horquillas y dímeros se deben
evitar
Diseño con programas

Algunos programas:
- Primer3: MIT http://www-genome.wi.mit.edu/cgi-bin/primer/primer3_www.cgi
- Oligo
- GCG
- BioTools
- Otros: GeneFisher, Primer!, Web Primer

Software para calcular Tm: - BioMath: http://www.promega.com/biomath/calc11.htm