EL GENOMA HUMANO

TAMAÑO, ESTRUCTURA Y ORGANIZACIÓN

   
 GENOMA
HUMANO

Genoma Nuclear Genoma Mitocondrial

3300 Mb (30000 genes) 16,6 kb (37 genes)

25% 75%

Genes y secuencias DNA Dos genes 22 genes

13 proteínas
relacionadas extragénico de rRNAs de rRNAs

60% 40%
10% 90%

DNA
DNA DNA No Unicas o bajo Moderada a altamente
Codificante
Codificante Codificante número de copias repetitiva

Fragmentos Repetidos agrupados Repetidos

Seudo
Seudo genes
genes Intrones
de genes o en tandem dispersos
   
   
 La variabilidad en los seres vivos…

• La vida es extraordinariamente variada

Mientras archeabacterias sobreviven en chimeneas subterráneas
a temperaturas elevadas en el fondo del océano … los osos
polares con más de una tonelada de peso, vagan en las
inmediaciones del circulo polar ártico.

   
 … correlaciona con la variabilidad enlos genomas

Los tamaños genómicos (largo del DNA) varían desde los 5,000
pb del virus SV40 hasta los 3*109 pb de humanos o los 1011 pb de
plantas superiores.

   
 Tamaño de los Genomas Procariontes
Su relación con el número de genes

Procariontes C DNA * N de genes (estimados)

Buchnera species 640.681 564
Chlamydia pneumoniae 1.230.230 1.052
Haemophilus influenzae 1.830.138 1.709
Helicobacter pylori 1.667.867 1.566
Mycobacterium tuberculosis 4.411.529 3.918
Mycoplasma pneumoniae 816.394 677
Neisseria meningitidis 2.272.351 2.025
Staphylococcus aureus 2.813.641 2.595
Streptococcus pneumoniae 2.160.837 2.094
Xilella fastidiosa 2.679.306 2.766

En procariontes existe una buena correlación tanto entre tamaño

genómico y “complejidad” morfológica, como entre tamaño genómico y
número de genes.
   
 Organización de los Genomas Procariontes

Los genes no presentan intrones, son continuos.

Una parte de sus genes está organizado en operones.
- Comparten las regiones reguladoras y promotoras.
Las regiones intergénicas son cortas.

   
 Tamaño de los Genomas Eucariontes
Su relación con el número de genes

Eucariontes C DNA * N de genes (estimados)

Saccharomyces cerevisiae 12.000.000 5.800
Arabidopsis thaliana 115.000.000 25.498
Plasmodium falciparum 23.000.000 5.300
Caenorhabditis elegans 97.000.000 19.099
Drosophila melanogaster 116.000.000 13.601
Anopheles gambiae 278.000.000 14.653
Danio rerio (zebrafish) 1.560.000.000 20.000
Mus musculus 2.490.000.000 24.948
Rattus norvegicus 2.570.000.000 21.276
Homo sapiens 2.693.000.000 30.000

En eucariontes no existe una buena correlación entre tamaño genómico,

complejidad morfológica, y número de genes.

   
 Organización del Genoma Eucarionte
Factores que contribuyen a un mayor tamaño genómico

Estructura de los genes:

- Los genes presentan intrones, son discontinuos.
- Los genes tienen extensas regiones reguladoras 5´ y 3´.
- Los mRNAs tienen extensas regiones no traducibles 5´ y 3´.

   
 Organización del Genoma Eucarionte
Factores que contribuyen a un mayor tamaño genómico

Gran cantidad de DNA espaciador:

- Los genes se encuentran separados por una gran cantidad de
DNA no codificante. Esta condición aumenta al pasar de
unicelulares a pluricelulares.

   
 Organización del Genoma, Resumen

Los genomas procariontes presentan poco DNA intergénico, genes sin intrones y
frecuentemente agrupados en operones.

Los genomas eucariontes presentan mucho DNA intergénico, genes con intrones y
   
principalmente aislados.
 Estructura de los genes codificantes
Genes continuos y discontinuos en eucariontes
El número de exones de los
genes es mayor en
mamíferos que en otros
eucariontes como
D. melanogaster o
S. cereviceae.
El número de exones
parece aumentar, al
aumentar la “complejidad”
de los eucariontes.

   
 Estructura de los genes codificantes

Tamaño de los Genes

El tamaño de los genes es mayor
en mamíferos que en otros
eucariontes como D. melanogaster
o S. cereviceae.
El tamaño parece aumentar, al
aumentar la “complejidad” de los
eucariontes.

   
 Expresión de los genes codificantes

El uso de promotores
alternativos, terminadores
alternativos y splicing alternativo
permite aumentar la cantidad de
productos génicos que se
obtienen a partir de los genes
codificantes.

Más del 40% de los genes en humanos tienen procesamiento alternativo.

   
 Nature, 15 febrero 2001 Science, 16 febrero 2001

   
 Estrategias para la secuenciación del genoma

Consorcio
Público
Eric Lander
Genoma completo se fragmenta

Los fragmentos se clonan en BACs

Los BACs se organizan

Los BACs se fragmentan

Los fragmentos se subclonan

GATACCATCGGACATAATTGCACCATCCATTAGG
TCCATTAGGGATTAATTGCACCATCCAGGTTAGGGAT se secuencian
GATACCATCGGACATAATTGCACCATCCATTAGGGATTAATTGCACCATCCAGGTTAGGGAT
   
se ensambla
 Estrategias para la secuenciación del genoma

Consorcio
Privado
J. Craig Venter
Genoma completo se
fragmenta en trozos pequeños

Los fragmentos se clonan

en BACs y otros vectores
CCATCCAGGTTAGGGAT
CCATCCAGGTTAGGGAT
CACCATCCATTAGGGATTAA AATTGCACCATCCATTA
se secuencian
CACCATCCATTAGGGATTAA AATTGCACCATCCATTA
GATACCATCGGACATAAT
GATACCATCGGACATAAT

se alinean en base a un
algoritmo computacional
   
GATACCATCGGACATAATTGCACCATCCATTAGGGATTAATTGCACCATCCAGGTTAGGGAT
 S. cerevisae
12.1 mB D. melanogaster
6,300 genes 137 mB
14,000 genes

F. Rubripes
A. thaliana 365 mB
142 mB 31,000 genes
H. sapiens
26,000 genes 3,200 mB
   
30,000 genes
 Generalidades sobre genoma humano
Resultados del proyecto genoma

Tamaño 3.200 Mpb

Secuencia publicada Feb. 2001 2.910 Mpb
Contenido AT 54 %
genoma repetido 35 %
Genes identificados 26.000
Genes totales (identif. + hipot.) 39.000
Genes con función desconocida 42 %
Genes con procesamiento alternativo 40 %

   
 GENOMA
HUMANO

Genoma Nuclear Genoma Mitocondrial

3300 Mb (30000 genes) 16,6 kb (37 genes)

25% 75%

Genes y secuencias DNA Dos genes 22 genes

13 proteínas
relacionadas extragénico de rRNAs de rRNAs

60% 40%
10% 90%

DNA
DNA DNA No Unicas o bajo Moderada a altamente
Codificante
Codificante Codificante número de copias repetitiva

Fragmentos Repetidos agrupados Repetidos

Seudo
Seudo genes
genes Intrones
de genes o en tandem dispersos
   
 El cariotipo humano

No perdamos de vista que el genoma humano está

  dividido en cromosomas.  
 Los genomas eucariontes se
estructuran en cromosomas

   
 Morfología cromosómica (bandas G)

Genes ribosomales
Constricción Brazo
satélite corto
secundaria
centrómero

Brazo
Banda G + largo

Banda G ­

telómero

Banda G + Regiones ricas en AT Replican tardíamente Pobres en genes

Banda G ­
   
Regiones ricas en GC Replican temprano Ricas en genes
 Representación gráfica del genoma humano
Porcentaje
0 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100

45% 53% 92%

21% 34% 42% 48% 66% 90% 100%

LINEs SINEs
intrones
Elementos retrovirales
Exones
“fósiles” de transposones
genes
Segmentos duplicados 25%

Secuencias repetidas simples heterocromatina

REPETIDO UNICO NO
SECUENCIADO

   
 La región del genoma que codifica
Genes (25%)

Intrones (23%)

Exones (2%)

Sólo  algo menos del 2% del genoma humano

  corresponde a secuencias exónicas.
 Contenido de GC en genes y genoma humano

La fracción del DNA que tiene Las regiones del genoma con
entre un 45 y 55% de GC mayor contenido GC tienen
representa un 18% del genoma y mayor densidad génica.
contiene al 35% de los genes.

   
Las bandas claras tienen un mayor contenido de GC.
 GENOMA
HUMANO

Genoma Nuclear Genoma Mitocondrial

3300 Mb (30000 genes) 16,6 kb (37 genes)

25% 75%

Genes y secuencias DNA Dos genes 22 genes

13 proteínas
relacionadas extragénico de rRNAs de rRNAs

60% 40%
10% 90%

DNA
DNA DNA No Unicas o bajo Moderada a altamente
Codificante
Codificante Codificante número de copias repetitiva

Fragmentos Repetidos agrupados Repetidos

Seudo
Seudo genes
genes Intrones
de genes o en tandem dispersos
   
 Estructuras repetitivas en los genomas eucariotes

• Los genomas eucariotes contienen varios tipos de estructuras

repetitivas: satelites, micro y mini-satelites, retrotransposones,
retrovirus, etc.
• El tamaño de las regiones repetidas correlaciona con el tamaño
genómico.
Heterocromatina (*109bp)

Gorrila gorilla

Symphalangus syndactylus

Pan troglodites
Homo sapiens
Hylobates muelleri

   
Tamaño genoma (*109bp)
La región del genoma
DNA repetido agrupado
que no codifica
DNA repetitivo centromérico (Satélite)
Tamaño del repetido: 80 a 180 pb.
Tamaño del conglomerado: 100 a 5.000 Kbp.
Localización: Centrómeros

Otros repetidos
agrupados.

Agrupados
únicos

VNTRs
STRs

DNA repetitivo telomérico

Tamaño del repetido: 6 pb.
Tamaño del conglomerado: 100pb a 20 Kbp.
    Telómeros.
Localización:
La región del genoma Los elementos
que no codifica repetidos dispersos

Porcentaje
Largo del genoma

LINEs

SINEs (Alu)

   
La región del genoma Los elementos
que no codifica repetidos dispersos

Tipos de DNA repetido disperso

SINEs LINEs

Familia más representativa Alu Line-1

Longitud del fragmento de

100 a 300 pb 6 a 8 Kbp
repetición
Cantidad de copias en el
1.500.0000 (360) 850.000 (560)
genoma (Mpb)
Localización cromosómica
Bandas G- Bandas G+
preferencial
Composición nucleotídica
GC AT

   
 Transposones y retrotransposones
Efectos sobre la estructura de los genes

F. rubripes
365 mB
31,000 genes

Comparación de las secuencias genómicas del gen de la Hantingtonina humana

y de Fugu. Ambos genes contienen 67 exones. El gen humano es 7,5 veces
más grande que el de Fugu (180.000 v/s 24.000 pb). Esto se debe a la gran
cantidad de retrotransposones presentes en los intrones del gen humano.
   
 Distribución de los elementos repetidos
dispersos en el genoma

LINEs

SINEs

Las inserciones Alu son más frecuentes en las regiones ricas en GC.
Los LINEs son más frecuentes en las regiones ricas en AT
   
 Recapitulemos: un cromosoma eucarionte contiene

DNAs repetidos dispersos

Genes ribosomales

Genes codificantes

DNAs repetidos agrupados

   
 La real magnitud de nuestras diferencias
Identidad entre secuencias humanas

Entre un 99,98 y un 99,92% de

identidad existe entre los
humanos.
Esto significa que dos
individuos cualesquiera difieren
entre ellos en 600.000 a
2.400.000 pb.
Cerca de 2,1 millones de
polimorfismos de nucleótido
simple (SNPs) han sido
descritos. Esto es 1 cada 1250
pb en promedio.
   
 La real magnitud de nuestras diferencias
Identidad entre chimpancé y secuencias humanas

La totalidad de los
clones de Chimpancé
presentan más de un
95% de identidad con
En promedio existen menos de 150 millones de la secuencia humana.
pb de diferencia entre chimpancé y humano.
   
 GENOMA
HUMANO

Genoma Nuclear Genoma Mitocondrial

3300 Mb (30000 genes) 16,6 kb (37 genes)

25% 75%

Genes y secuencias DNA Dos genes 22 genes

13 proteínas
relacionadas extragénico de rRNAs de rRNAs

60% 40%
10% 90%

DNA
DNA DNA No Unicas o bajo Moderada a altamente
Codificante
Codificante Codificante número de copias repetitiva

Fragmentos Repetidos agrupados Repetidos

Seudo
Seudo genes
genes Intrones
de genes o en tandem dispersos
   
 El Genoma Mitocondrial

   
 La Mitocondria

   
 EL DNA
mitocondrial

Euglena gracilis

   
 Tamaño de genomas mitocondriales
de diversos organismos vivos

   
 Número y tipo de genes presentes en el DNA
mitocondrial de algunos organismos vivos

   
 Cantidad relativa de DNA organelar
en algunas células y tejidos

   
 Algunas diferencias entre el Código
Genético “Universal” y el Mitocondrial

Codon

UGA
AUA
CUA
AGA
AGG
}

   
 Hipótesis endosimbiótica

   
 Organización del DNA mitocondrial humano

   
 El mtDNA se
transmite por
vía materna

   
 Componentes de la cadena respiratoria:
aporte mitocondrial y nuclear

   
 Características generales de las
enfermedades mitocondriales

• Baja eficiencia en la reducción del O2 a H2O

• Baja eficiencia en la recuperación del poder reductor: NADH y FADH2

• Disminución marcada y progresiva en la producción de ATP

• Aumento en la producción de radicales libres

• Aumento de las mutaciones somáticas

• Presencia de formas normales y mutadas de mtDNA (heteroplasmía)

   
 Tejidos afectados por mutaciones en el mtDNA

   
 Clasificación de las enfermedades
según su origen molecular

CLASE I: Mutaciones en el DNA nuclear

•en los genes de las proteínas que forman la cadena de transporte
de electrones

•en genes relacionados con la replicación, transcripción y

traducción del mtDNA

•en genes relacionados con el importe de proteínas a mitocondria

CLASE II: Mutaciones puntuales en el DNA mitocondrial

•que afectan a los genes de las proteínas de la cadena de transporte

de electrones codificadas en el mtDNA

•que afectan los genes que codifican los tRNAs mitocondriales.
   
 Clasificación de las enfermedades
según su origen molecular

CLASE III: Deleciones y duplicaciones en el DNA mitocondrial

•Deleciones de varias kilobases que involucran a varios genes en el
mtDNA
•Inserción de un fragmento duplicado del mtDNA

CLASE IV: Defectos genéticos no definidos

   
 Algunas mutaciones puntuales en el
mtDNA asociadas a enfermedades

   
 LHON (Neuropatía
óptica hereditaria de
Leber)

Un número importante de pacientes presentan mutaciones puntuales en:

G3460A, G11768A, T14184C, A14495G.
   
 Mutaciones en el tRNA de leucina
asociadas a enfermedades

   
 MERRF (Epilepsia mioclónica y enfermedad
de las fibras rojas rasgadas)

Succinato Citocromo c
deshidrogenasa oxidasa

90% de los pacientes presentan G8344A o T8356C

en el gen mitocondrial tRNAlys

   
 Segregación replicativa de una mutación
mitocondrial heteroplásmica

Umbral de expresión
fenotípica

   
 Modelo de evolución multiregional

Milford Wolpoff

   
 Modelo “Out of Afríca”

Christopher
Stringer

   
   
 Evidencia mitocondrial para la
existencia de una “EVA africana”

   
 Modelo migracional propuesto en base
a polimorfismos de mtDNA