12 SubsistemaCatalitico

Curso Virtual de Bioquímica Estructural 1 Luz B. Pardo R..
UNIVERSIDAD DE LA SALLE
DEPARTAMENTO DE CIENCIAS BÁSICAS
SUBSISTEMA CATALÍTICO
Contenido
Catálisis Biológica............................................................................................ 3
Propósito ...................................................................................................... 3
Algo de historia ............................................................................................ 4
Algunas definiciones importantes ................................................................. 9
Clasificación de las enzimas ............................................................................ 9
Clase 1 Oxidorreductasas........................................................................11
Clase 2 Transferasas. .............................................................................11
Clase 3 Hidrolasas.................................................................................. 12
Clase 4. Liasas ....................................................................................... 12
Clase 5 Isomerasas ................................................................................ 12
Clase 6 Ligasas ...................................................................................... 12
Actividad de las enzimas ............................................................................ 13
Energía de activación ................................................................................. 14
Factores que afectan la actividad de las enzimas ...................................... 15
Rapidez inicial ............................................................................................ 16
Condición de estado estable ...................................................................... 19
La nomenclatura de Cleland....................................................................... 20
Determinación de los parámetros cinéticos de reacciones enzimáticas ..... 23
Inhibidores ................................................................................................. 26
Inhibición Competitiva ............................................................................. 27
Inhibición A competitiva .......................................................................... 27
Inhibición NO competitiva ....................................................................... 27
Autorregulación .......................................................................................... 29
Factores que pueden regular la actividad de las enzimas .......................... 31
Modelos alostéricos ................................................................................... 38
Catálisis Biológica
Propósito
En esta unidad el estudiante adquirirá destreza en la clasificación de las
enzimas, en la interpretación de la cinética enzimática y el efecto de los
factores químicos y físicos que afectan la actividad de las enzimas.
Reconocerá las limitaciones dela teoría de Michaelis y los aportes de Cleland
a la nueva concepción de la cinética enzimática.
Demostrará su competencia en estos temas cuando:

1. Explica la diferencia entre reacciones catalizadas y no catalizadas.
2. Clasifica las enzimas de acuerdo con el tipo de reacción que catalizan
3. Puede determinar los parámetros cinéticos a partir de resultados
experimentales.
4. Reconoce el efecto que tiene sobre la actividad enzimática la
concentración del sustrato, concentración de la enzima, presencia de
inhibidores, cambios en la temperatura y en la acidez del medio.
5. Utiliza adecuadamente la nomenclatura de Cleland.
6. Puede postular mecanismos cinéticos para cualquier reacción
enzimática.
De acuerdo con: Diccionario de la lengua española © 2005 Espasa-Calpe:

Catálisis es una transformación química activada por cuerpos que al
finalizar la reacción permanecen inalterados: Las enzimas son
catalizadores biológicos de naturaleza proteica. Hay segmentos de RNA
con capacidad catalítica denominados Ribozimas.
El término enzima se deriva del griego: ἐν ζύμη.
T1. ¿Qué significado (etimológico) tiene el término enzima

T2. ¿Qué significa catálisis (del griego κατάλυσις) y quién introdujo el

término?
Algo de historia
Génesis 9:18-29
Y los hijos de Noé que salieron del arca fueron Sem, Cam y Jafet; y Cam es el
padre de Canaán. Estos tres son los hijos de Noé, y de ellos fue llena toda la
tierra.
Después comenzó Noé a labrar la tierra, y plantó una viña; y bebió del vino, y
se embriagó, y estaba descubierto en medio de su tienda. Y Cam, padre de
Canaán, vio la desnudez de su padre, y lo dijo a sus dos hermanos que
estaban afuera. Entonces Sem y Jafet tomaron la ropa, y la pusieron sobre
sus propios hombros, y andando hacia atrás, cubrieron la desnudez de su
padre, teniendo vueltos sus rostros, y así no vieron la desnudez de su padre.
Y despertó Noé de su embriaguez, y supo lo que le había hecho su hijo más
joven, y dijo: Maldito sea Canaán; Siervo de siervos será a sus hermanos.
Dijo más: Bendito por Jehová mi Dios sea Sem, y sea Canaán su siervo.
Engrandezca Dios a Jafet, y habite en las tiendas de Sem,Y sea Canaán su
siervo.
Y vivió Noé después del diluvio trescientos cincuenta años. Y fueron todos los
días de Noé novecientos cincuenta años; y murió.
T3. ¿Hay algo en esta historia narrada por Moisés, algo que pueda
considerarse relacionado con las enzimas?
Algunos hitos importantes en el conocimiento de las enzimas son los

siguientes:
Aunque la historia de las enzimas es muy reciente, algunos
de sus efectos han sido conocidos por la humanidad desde
hace mucho tiempo. En 1835 Berzelius, introduce el término
“catálisis” para describir la acción de algunas sustancias que

eran capaces de inducir cambios químicos sin verse
afectadas o alteradas. Entre las sustancias consideradas
como catalizadores, Berzelius incluyó los fermentos (primer
nombre que se les dio a las enzimas).
En 1836, Schwann aisló la pepsina a partir de jugo gástrico,

constituyéndose esta en la primera enzima de origen animal
en ser conocida. Schwann y algunos otros afirmaban que la
levadura no era otra cosa que un microrganismo, mientras
que Berzelius lo negaba.
En 1854 Pasteur inicia estudios sobre la fermentación y

postula erróneamente que para este proceso son
indispensables microrganismos vivos.
Hasta 1860 las pocas enzimas conocidas eran de origen

extracelular y se les conocía con el nombre de fermentos
desorganizados; pero en este año, Berthelot, por
maceración de levadura y posterior precipitación, pudo aislar
la “invertasa” (primera enzima intracelular en ser aislada).
En 1878, Kühne quien había aislado la tripsina introdujo el
término enzima (del griego: ἐν ζύμη dentro de la levadura)
para los fermentos desorganizados.

Solamente hasta 1897, veinticinco años después de la

muerte de Liebing y dos después de la muerte de Pasteur,
los hermanos Büchner, casualmente, demostraron que la
teoría de Pasteur sobre la necesidad de los organismos
vivos para la fermentación, no era correcta.
En 1933 Payen y Persos publicaron un trabajo en el cual

reportaron el aislamiento, por precipitación alcohólica de la
sustancia responsable, en la malta, de la transformación de
almidón en azúcar. Aunque ellos no conocían exactamente
la naturaleza del proceso que permitía la separación del
azúcar soluble, le dieron el nombre de DIASTASA (del griego
διάστασις, separación). Posteriormente la diastasa se
clasificó como un “FERMENTO” por ser un compuesto

formado por un organismo vivo, con capacidad para
transformar una sustancia (almidón) en otra (azúcar).
Paralelamente con el descubrimiento de las enzimas se

produjeron grandes cambios en la llamada química
orgánica. En 1828 Wöhler demostró que los compuestos
orgánicos se podían sintetizar en el laboratorio al obtener
urea partir de cianuro de amonio.
En 1838 el Holandés Mulder le dio el nombre de proteína

(del griego: principal, cambiante, variable) a los compuestos
de origen animal y vegetal que contenían grandes
cantidades de nitrógeno. En 1877 Traube propone una
teoría de la acción de las enzimas que las asocia por

primera vez con su naturaleza proteica, pero hacia el final
del siglo (1890-1896) Jager y Arthus hacen cambiar el
pensamiento científico al negar la naturaleza proteica de las
enzimas. Barendrecht en 1904 sostenía que las enzimas
eran compuestos radiactivos y que su acción era el producto
de las radiaciones emitidas.
La dificultad de aislar las enzimas, sin pérdida de gran parte

de su actividad, retrasó enormemente el establecimiento
definitivo de la naturaleza química de las enzimas. En la
década de los veinte Wuilstater intentó la purificación de
algunas enzimas sin conseguirlo totalmente, llegando a una
conclusión errada, al decir que las enzimas eran
polisacáridos.
Mientras que, muchas investigaciones dedicaron sus

esfuerzos al aislamiento de las enzimas, otro grupo no
menos importante estaba dedicado al estudio de las
velocidades de reacción. En 1902, Brown, al estudiar la
hidrólisis del azúcar por la sacarasa encontró que la rapidez
de transformación era dependiente de la concentración de
sacarosa y de la concentración de enzima. En 1903, Henri
analizó matemáticamente la rapidez de reacción enzimática,
en lo cual se basaron Michaelis y Menten para plantear en
1913 su teoría cinética, que implicaba la formación de un
complejo entre la enzima y el sustrato en condiciones de
estado estable y rapidez inicial.
La primera purificación enzimática realmente exitosa fue la

de la ureasa, conseguida por Sumner en 1926, quien
también estableció que su enzima cristalizada daba las
reacciones típicas de las proteínas.
En 1930 Northrop consiguió cristalizar la pepsina, segunda

enzima en obtenerse pura y cristalina.
En 1966, Phillips, y sus colaboradores presentaron el primer

modelo tridimensional de una enzima, en este caso la
lisosima.
En1967 Cleland reformula la teoría cinética sin la limitante

de rapidez inicial.
T4, Payen y Perzos reportaron haber aislado de la malta algo a lo que

llamaron diastasa. ¿Qué era?
T5. ¿Qué postilado de Pasteur fue refutado por los hermanos Büchner?
Algunas definiciones importantes
En Enzimología son de uso general algunos términos que es conveniente

definir antes de profundizar en el tema.
 Enzima: Una proteína con propiedades catalíticas debido a su
capacidad de activación específica.
 Sustrato: Sustancia sobre la que actúa la enzima y que es activada por
ésta.
 Sitio activo: Lugar específico de la enzima en la cual el sustrato se une
y en donde tiene lugar el proceso activación y catálisis.
 Contante de Michaelis: (Ka): Medida de afinidad entre la enzima y su
sustrato que numéricamente es igual a la cantidad de sustrato que
produce una rapidez inicial (Vo) igual a la mitad de la rapidez máxima
(Vm).
 Inhibidor: Sustancias que sin tomar parte en la reacción disminuyen su
rapidez.
 Numero de recambio (turnover), también denominado kcat, es el
número máximo de moléculas de sustrato de una enzima puede
convertir en producto por sitio catalítico por unidad de tiempo se
𝑉𝑚𝑎𝑥
calcula mediante: 𝐾𝑐𝑎𝑡 = [𝐸𝑡]
Clasificación de las enzimas

De acuerdo con las recomendaciones de la comisión de nomenclatura
enzimática de la Unión Internacional de Bioquímica (1964) se estableció un
sistema de Numeración de las enzimas que permite una clasificación eficiente.
Cada enzima se designa con un código de 4 números separados por puntos,
de acuerdo con los siguientes principios.
El primer número indica a cual de las 6 principales divisiones pertenece la
enzima en cuestión. Los seis grupos son:
1. Oxidorreductasas
2. Transferasas
3. Hidrolasas
4. Liasas
5. Isomerasas
6. Ligasas
El tipo de reacción que cataliza cada uno de las clases es obvio excepto las
liasas y las ligasas. Las liasas son enzimas que remueven grupos de sus
sustratos (no por hidrólisis), dejando dobles enlaces; o inversamente, agregan
grupos a dobles enlaces, las ligasas también conocidas como sintetasas, son
enzimas que catalizan la unión de dos moléculas a expensas del rompimiento
de un enlace de alta energía.
El segundo número indica la subclase. En las oxidorreductasas indica el grupo
que sufre oxidación (1. designa un grupo carboxilo, 2. un aldehído o cetona,
etc.); en las transferasas indica la naturaleza del grupo transferido; en las
hidrolasas el tipo de enlace hidrolizado; en las liasas el tipo de enlace que
unía el grupo removido; ‘en las isomerasas la isomerización implicada y para
las ligasas el tipo de enlace formado.
El tercer número indica la sub-subclase. En las oxidorreductasas indica el
número de aceptor implicado (1. Indica una coenzima, 2. Un citocromo, 3. O2
molecular, etc.). En las transferasas el tercer número subdivide los tipos de
grupos transferidos (indica si el grupo de un carbono es metilo, carboxilo, etc.);
en las fosfotransferasas indica el aceptor. Para la hidrólisis, específica aún
más el tipo de enlace hidrolizado, para las liasas el grupo removido. En las
isomerasas la naturaleza de la transformación y en las ligasas la naturaleza de
la sustancia formada. El cuarto número es el número de serie de la enzima en
su sub-subclase.
Para los detalles de las normas de clasificación de las enzimas se puede
consultar
http://www.chem.qmul.ac.uk/iubmb/enzyme/rules.html
Existen dos tipos de nombre para las enzimas, uno sistemático y otro trivial. El
sistemático se da de acuerdo con las reglas de nomenclatura que muestra la
acción de la enzima lo mas preciso posible y el trivial, lo suficientemente corto

para su uso común.
A continuación se mencionan las características de las 6 clases der enzimas
según la UIBBM.
Clase 1 Oxidorreductasas
A esta clase pertenecen todas las enzimas que catalizan reacciones de oxido-
reducción. El sustrato que se oxida es considerado como dador de
hidrógenos. El nombre sistemático se dada como dador: aceptor
oxidorreductasa. El nombre trivial será deshidrogenasa. En las enzimas que
tienen O2 como aceptor se utiliza el nombre oxidasa.
El segundo número en el código, excepto si es 11, 13, 14, o 15, indica el grupo
dador que sufre oxidación, por ejemplo 1 indica que dador es un alcohol, 2 un
aldehído, cetona o ácido, etc. El tercer número, en las EC 1.11, 1.13, 1.14 y
1.15 indica el tipo de aceptor: 1 indica NAD o NADP como aceptor, 2 un
citocromo, 3 oxígeno molecular, 4 un desulfuro, 5 una quinona, 6 un grupo
nitrogenado, 7 una sulfo o ferro proteína, 8 una flavina
Clase 2 Transferasas.
El nombre sistemático se forma de acuerdo con dador: aceptor grupo
transferasa. Los nombres comunes se forman mediante grupo dador
transferasa o grupo aceptor transferasa. El segundo número del código indica
el grupo transferido. En EC 2.1 el grupo transferido es un grupo de 1 carbono,
en EC 2.2 un aldehído o cetona, etc. El tercer número da más información
sobre el grupo transferido, por ejemplo EC 2.1.1 es una metiltransferasa, EC
2.1.2 es hidroximetil o formiltransferasa. En la EC 2.7 el tercer número indica
la naturaleza del aceptor.
Clase 3 Hidrolasas
Estas enzimas catalizan el rompimiento hidrolítico de enlaces C-O, C-N, o C-
C. El nombre sistemático siempre incluye hidrolasa. El nombre común
generalmente incluye el nombre del sustrato y el sufijo asa. El segundo
número en el código indica la naturaleza del enlace hidrolizado, por ejemplo
3.1 son esterasas, 3.2 glicolsilasas. El tercer número generalmente indica la
naturaleza del sustrato. EC 3.1.1 son hidrolasas de esteres carboxílicos, EC
3.1.2 son tioester hidrolasas, etc.
Clase 4. Liasas
Las liasas son enzimas que rompen enlaces C-C, C-O. C-N u otros enlaces
por eliminación de átomos o radicales, dejando dobles enlaces o lo contrario.
El nombre sistemático se forma en la siguiente forma: sustrato grupo-liasa, el
guion es una parte importante del nombre, por ejemplo hidro-liasa. Los
nombres comunes usualmente incluyen los términos: decarbolxilasa, aldolasa,
dehidratasa. El segundo número del código indica el enlace roto. EC 4.1 son
carbón-carbón liasas, EC 4.2 son carbono-oxígeno liasas. El tercer número del
código da más información sobre el grupo eliminado. Por ejemplo CO 2 en EC
4.1.1, H2O en EC 4.2.1
Clase 5 Isomerasas
Estas enzimas catalizan cambios estructurales o geométricos dentro de una
molécula. De acuerdo con el tipo de isomerismo se designan como:
racemasas, epimerasas, cis-trans isomerasas, tautomerasas, mutasas, o,
cicloisomerasas. Las subclases se forman de acuerdo con el tipo de
isomerismo y las sub subclases según el tipo de sustrato.
Clase 6 Ligasas
Las ligasas son enzimas que unen dos moléculas acompañada por la
hidrólisis de un enlace anhídrido de un nucleótido trifosfato Se recomienda
evitar el uso del termino sintetasa y remplazarlo por X – Y ligasa. El termino

sintasa se utiliza para reacciones complejas de síntesis que utilizan dadores d
energía diferentes a los nucleótidos trifosfato
Para ver las normas completas sobre nomenclatura enzimática consultar:
http://www.chem.qmul.ac.uk/iubmb/enzyme/
Actividad de las enzimas

La actividad de las enzimas solamente se manifiesta cuando se encuentran
bajo condiciones apropiadas de sustrato, pH, fuerza iónica, temperatura etc.
El efecto de las enzimas se mide mediante la RAPIDEZ DE REACCIÓN
CATALIZADA. Esta cantidad no es fija puesto que depende de la
concentración de enzimas (en ausencia de los factores limitantes) y se
considera derivada por estar expresada en cantidad de sustancia y unidades
de tiempo (moles/segundo).
La unidad usualmente empleada para expresar la actividad cuántica ha sido la
UNIDAD INTERNACIONAL DE ACTIVIDAD que se define como la cantidad
de enzima necesaria para transformar un micromol de sustrato en un minuto.
La unidad sugerida por la IUPAC es el KATAL definido como la cantidad
catalítica de enzima que cataliza una rapidez de reacción de 1 mol por
segundo en el sistema de medición, debe tenerse en cuenta que el sentido de
cantidad expresado en la definición del Katal no hace referencia masa de
sustancia sino a la capacidad catalítica de la misma ya que un Katal su
enzima siempre cataliza la transformación de un mol de sustrato por segundo.
Un mismo preparado enzimático puede presentar diferente número de katales
bajo diferentes condiciones de medición.
A menudo es necesario expresar la actividad catalítica relacionada con la
concentración de enzima en la muestra o sea de la CONCENTRACIÓN DE
ACTIVIDAD CATALÍTICA cuya unidad es el Katal/litro. En algunos casos es
necesario relacionar la actividad catalítica con el contenido proteico, esto se
puede hacer mediante la ACTIVIDAD CATALÍTICA ESPECIFICA cuya unidad

es el Katal/kilogramo de proteína.
Para enzimas puras puede definirse la actividad CATALÍTICA MOLAR cuya
unidad es el KATAL/MOL DE ENZIMA.
Energía de activación
Realizar una reacción química usualmente requiere el suministro de energía

externa, es algo similar a lo que ocurre lo que se ilustra en el siguiente
esquema, cuando se quiere hacer llegar la piedra del punto A al punto B.
Existe una barrera que impide el libre paso de A a B, para poder hacerlo el
operario debe aplicar una fuera que permita llevar la piedra hasta la máxima
altura, desde la cual la piedra. Con igual probabilidad puede ir a B o regresar a
A,
T6. ¿Qué solución propone Ud. para disminuir la energía necesaria para
hacer llegar la piedra de A a B?
Eh las reacciones químicas el parámetro que se opone a que ocurran

libremente se denomina Energía de activación
La diferencia energética entre el nivel de los reactivos y los productos se

denomina cambio en energía libre (G). Las enzimas disminuyen la energía
de activación necesaria para que la reacción pueda ocurrir. Las enzimas
solamente alteran algunos parámetros de las reacciones catalizadas por ellas.
T6. ¿Según La gráfica anterior que parámetros modifican las enzimas?
Factores que afectan la actividad de las enzimas

La rapidez de las reacciones se modifica por numerosos factores físicos y
químicos, entre los cuales pueden mencionarse: Concentración de la enzima,
concentración de sustrato, temperatura, acidez del medio, presencia de

activadores e inhibidores, etc.
La rapidez y la velocidad tienen la misma definición matemática:

dx
V= (1)
dt
T7. ¿Qué diferencia hay entre velocidad y rapidez?
Muchos investigadores intentaron establecer ecuaciones para la ´rapidez de

las reacciones, bajo el supuesto que una enzima actúa de acuerdo al siguiente
modelo:
(2)
La enzima (E) se une al sustrato (A) para formar un complejo enzima sustrato
(EA), el cual da origen al producto (P). Michaelis y Menten postularon la
posibilidad de estudiar la reacción bajo las condiciones de rapidez inicial y
estado estable de la concentración del complejo enzima sustrato (EA).
Rapidez inicial
La rapidez de una reacción se estima a parir de la pendiente de la tangente a
curvas de progreso. Una curva de progreso es la representación de la
variación de producto o sustrato en función del tiempo de reacción.
T8. ¿Qué se entiende por Rapidez inicial y por estado estable?
T9. ¿Qué condiciones hay que establecer en el mecanismo (2) para que se
obtenga rapidez inicial?
Bajo condiciones de estado estable y rapidez inicial, Michaelis y Menten,

dedujeron la siguiente ecuación papa la rapidez de las reacciones enzimáticas
(3)
Si se define rapidez máxima de la reacción (Vm) como:
Vm = k3. Et (4)
Otra forma de expresar la ecuación de Michaelis es:
(5)
Al representar Vo en función de [A], se obtiene una rama de hipérbola
rectangular desplazada al origen.
Las asíntotas de la hipérbola desplazada al origen, cuando se representa la

rapidez inicial v0 en función de la concentración de sustrato [A] serán:
horizontal = rapidez máxima Vm ,y la vertical = (– constante de Michaelis) Ka.
T10. A partir de la ecuación (5) establezca el valor de Ka en la siguiente

forma:
Ka.[A]=
Ka =
Cuando Vo = ½ Vm
Ka =
T11. Establezca definiciones operativas de Ka y Vm
La rapidez de formación de un compuesto esta dada por el producto de una

constante por la concentración los reactantes, por ejemplo, en la reacción:
Condición de estado estable

T12. Formule matemáticamente la condición de estado estable para la
concentración del complejo enzima – sustrato (rapidez de formación = rapidez
de desaparición), para el mecanismo:
Rapidez inicial
T13. A partir de los datos construya la
curva de progreso para la formación de
P
tiempo micro moles micro moles
segundos sustrato producto
0 100 0
5 90,0 10,0
10 81,0 19,0
15 72,9 27,1
20 65,6 34,4
25 59,0 41,0
30 53,1 46,9
35 47,8 52,2
40 43,0 57,0
45 38,7 61,3
60 34,9 65,1
T14. A partir de la curva de progreso determine la rapidez inicial.

La nomenclatura de Cleland
De acuerdo con el sistema de nomenclatura de Cleland, los sustratos se
designan con las primeras letras mayúsculas del alfabeto: A, B, C, etc.
teniendo en cuenta el orden alfabético para indicar el orden de adición de los
sustratos a la enzima. Los productos se designan por las letras P, Q, R. etc.,
en donde el orden alfabético indica el de liberación de los productos.
Por formas enzimáticas se entiende la enzima libre o asociaciones de la
enzima (Complejos) con sustratos, productos, sustratos y productos,
activadores e inhibidores. Las formas enzimáticas corresponden a la enzima
libre o a diferentes designa como: E, E’, E”, etc., en forma tal que E designa la
forma más simple o enzima libre.
Las formas enzimáticas capaces de reacciones un moleculares con liberación
de un sustrato o producto, o de isomerizarse a tales formas se designan como
complejos transitorios y se representan mediante las combinaciones
apropiadas de letras, tales como: EA, EAB, E’Q, etc. Los complejos
transitorios que no pueden participar en reacciones bi moleculares y que
únicamente pueden sufrir degradación un molecular para liberar sustratos o
productos, o de isomerizarse a tales formas, se designan complejos centrales
y se distinguen de los transitorios incluyéndolos en paréntesis, por ejemplo:
(EAB), (EPQ), etc.
El número de sustratos y productos determina en parte el nombre del sistema,
en tal forma que se emplearan los términos UNI, BI, TER, etc., para designar
la participación de uno, dos o tres sustratos o productos, en consecuencia la
designación de un determinado mecanismo cinético podrá ser: UNI-UNI, UNI-
BI, BI-UNI, BI-BI, etc.
En los mecanismos cinéticos postulados por Cleland, la enzima se representa
como una línea horizontal, los productos como flechas que llegan y los
productos como flechas que se alejan de esta línea.
Cuando todos los sustratos se unen al sitio activo de la enzima antes de que
se libere alguno de los productos, se dice que el mecanismo es
SECUENCIAL; mientras que si es posible la adición de sustratos y la
liberación de productos en forma alternada, se dice que se trata de un
mecanismo PING-PONG, en este mecanismo la enzima oscila entre dos
formas enzimáticas diferentes ( E ) y ( E’ ).
Los mecanismos secuenciales pueden ser ORDENADOS, cuando hay un
orden obligatorio en la adición de sustratos, o ALEATORIOS cuando
cualquiera de los sustratos se puede unir primero a la enzima.
Mecanismo secuencial ordenado

Mecanismo secuencial aleatorio
Mecanismo ping-pong
T15. De acuerdo con la nomenclatura de Cleland ¿qué diferencia hay entre

complejos transitorios y centrales?
T16. Con ejemplos reales ilustre los mecanismos cinéticos tipo, Uni-Uni y Bi-Bi.
.
T17. Consulte que reacción catalizada por la enzima alanina: oxalacetato

aminotransferasa y represente los tres mecanismos cinéticos que podría presentar.
De acuerdo con lo planeado por Cleland para un mecanismo Uni – Uni, la

rapidez en cualquier momento de la reacción esta dada por:
Si en la ecuación anterior se asume que P = 0 (condición de rapidez inicial) y

se simplifica V2, se obtiene la misma ecuación de Michaelis.
Determinación de los parámetros cinéticos de reacciones

enzimáticas
Los parámetros cinéticos se pueden evaluar por diferentes métodos gráficos.

Los más conocidos son:
Sistema de Henri (Michaelis)

Ecuación Gráfico
Vm . A
vo 
Ka  A
Sistema de LINEWEAVER - BURK
1
vo
1 K 1 1
 a 
v o Vm A Vm
1
[A]
Sistema de HANES
[A]
vo
A 1 K
 A  a
vo Vm Vm
[A]
Sistema de HOFSTEE
vo
vo
vo  Ka  Vm
A
vo
[A]
Sistema de EISENTHAL Y CORNISH-BOWDEN
vo
Vm K a Vm
 1
v A
-[A] Ka
Cada recta se construye a partir de un par de puntos (-A y Vo). En este

sistema la constante de Michaelis y la rapidez máxima se estiman mediante la
mediana de los estimativos de estos parámetros (proyección de los puntos de
corte de las distintas rectas sobre los respectivos ejes). El número de posibles
intersecciones en un gráfico de Eisenthal es:
n
N º int er secciones  ( n  1)
2
Matemáticamente se puede estimar los parámetros al resolver el siguiente
sistema de ecuaciones simultaneas:
1 1

v 2 v1
Ka 
1 1 1 1
.  .
A 2 v 1 A 1 V2
1 1

A 2 A1
Vm 
1 1 1 1
.  .
A 2 v 1 A 1 V2
T18. Complete el siguiente cuadro relacionado con las ecuaciones resultantes de la

linearización de la ecuación de Michaelis.
Método Pendiente Intersección Ka Vm
Lineweaver
Hanes
Hofstee
T19. Determine los valores de Ka y Vm mediante los diferentes

sistemas de linearización de la ecuación de Michaelis a partir de los
siguientes datos:
A Vo 1/A 1/Vo A/Vo Vo/A
0 0,0
10 28,6
20 44,4
30 54,5
40 61,5
50 66,7
60 70,6
70 73,7
80 76,2
90 78,3
100 80,0
Inhibidores
Los inhibidores son sustancias químicas que disminuyen la rapidez de las
reacciones enzimáticas. Cleland clasifica los inhibidores de acuerdo con la
manera como el inhibidor se une a diferentes formas enzimáticas, de acuerdo
con este principio hay tres tipos de inhibidores., Competitivo (se une a la
enzima libre), A competitivo (se une al complejo enzima sustrato), No
competitivo (se une tanto a la enzima libre como al complejo enzima sustrato)
Cleland establece dos reglas básicas para la unión de ligandos a las enzimas:
Si el ligando se une a la misma forma enzimática con la que lo hace la enzima,
se afecta la pendiente de las gráficas de doble recíproco; si se une a diferente
forma enzimática, se afecta la intersección vertical.
Las ecuaciones y mecanismos cinéticos de los diferentes tipos de inhibición

son los siguientes:
Inhibición Competitiva
Inhibición A competitiva
P
A
( EA EP ) E
E EA
EAI
Inhibición NO competitiva
P
A
( EA EP ) E
EA
EAI
E EI
I
I
T20. Represente los gráficos de doble recíproco de los tres tipos de inhibidor
T21. Complete el siguiente cuadro relacionado con las gráficas de doble inverso
de los inhibidores enzimáticos
Tipo de inhibidor Pendiente Intersección
Competitivo
A competitivo
No competitivo
Según Cleland existen dos constantes de inhibición: Kis (afecta la pendiente

de gráficas de doble recíproco y Kii (afecta la intersección de gráficas de doble
recíproco). Las constantes de estiman mediante gráficos de la pendiente o
intersección de las rectas a diferentes concentraciones de inhibidor, en función
de la concentración de inhibidor.
Las constantes de inhibición (Kis (constante de inhibición que afecta la
pendiente) y Kii (constante de inhibición que afecta la intersección) se calculan
a partir de gráficas de pendiente o intersección en función de la concentración
de inhibidor. El punto de corte de la prolongación de la recta con el eje
horizontal corresponde a –Kis o –Kii.
T22. Determine el tipo de inhibidor y la(s) constante(s) de inhibición a partir
de los datos contenidos en la tabla siguiente
[I] mM
0 10 20 30
Vo  moles / minuto
[A] mM V0 V10 V20 V30
0 0 0 0 0
1 100.0 66.7 50.0 40.0
2 133.3 88.9 66.7 53.3
3 150.0 100.0 75.0 60.0
4 160.0 106.7 80.0 64.0
5 166.7 111.1 83.3 66.7
6 171.4 114.3 85.7 68.6
7 175.0 116.7 87.5 70.0
8 177.8 118.5 88.9 71.1
9 180.0 120.0 90.0 72.0
10 181.8 121.2 90.9 72.7
Autorregulación
No todas las enzimas siguen el comportamiento hiperbólico descrito por
Michaelis y Menten Se ha encontrado que algunas enzimas tienen
comportamiento sigmoidea, similar a las curvas de saturación de la
hemoglobina con el oxígeno. Estos fenómenos se denominan cooperativos en
la unión de ligandos. Una medida de la cooperatividad es el coeficiente de Hill.
Un coeficiente de 1 indica que no hay cooperatividad, si es mayor que 1 hay
cooperatividad positiva (es decir que la unión de un ligando facilita la unió de
mas ligandos)
Figura 53. Curva de disociación de la hemoglobina

Los factores que inciden en la regulación enzimática se reflejan en los
términos de la ecuación de rapidez de las reacciones enzimáticas.
Bajo el supuesto que la enzima se encuentre regida por la ecuación de
Michaelis, los posibles factores que afectan la actividad son:
( 3 ) ( 4 ) (1)
k 3 Et. A 
  
V
 
Ka  A 
( 2 ) (1)
Factores que pueden regular la actividad de las enzimas

(1) Saturación de la enzima
Sin cooperatividad
Autorregulación
Con cooperatividad
(2) Afinidad de la enzima
Inhibición competitiva isostérica con el
producto, regulación alostérica tipo K
Modificación física de la enzima Interacción enzima – iones inorgánicos
Interacción enzima – metabolito (efector)
Interacción enzima – proteína
Modificación química de la enzima Activación – Inactivación
(3) Actividad de la enzima
Modificación química de la enzima Activación – Inactivación
Regulación tipo V
Interacción enzima – iones inorgánicos
Modificación física de la enzima
Interacción enzima – metabolito (
Interacción enzima – proteína
(4) Concentración de la enzima
Inducción por sustrato
Síntesis de la enzima
Represión por producto
Degradación de la enzima Proteólisis controlada
Modificación de la enzima Proteólisis limitada
Los componentes del orden de reacción son diferentes en las reacciones

catalizadas por enzimas de cinética sigmoidea y de cinética hiperbólica.
En contraste con la cinética hiperbólica en que la reacción en función de la
concentración de sustrato se comporta inicialmente como de orden uno, luego
como de orden fraccionario y finalmente como de orden cero, existen enzimas
que presentan cinética sigmoidea cuyo comportamiento es orden cero, orden
fraccionario, orden uno, orden fraccionario y orden cero.
Si se tiene en cuenta el índice de cooperatividad (n), que es una función del

número de sitios de fijación o de subunidades, la ecuación de rapidez puede
establecerse como:
k 3 Et
. A
n
V
K 0,5 n  A n
La sensibilidad de las enzimas a la autorregulación se expresa mediante el

valor R, definido como la cantidad de veces que hay que aumentar el sustrato
para pasar de un 10% de la rapidez máxima a un 90% de la rapidez máxima:
A 0,9 V
R
A 0,1V
La gráfica y el cuadro siguientes, muestran los valores de R para enzimas con

diferente tipo de cooperatividad:
Tabla 21 Tipo de cinética enzimática según el índice de cooperatividad y

sensibilidad de la enzima a la regulación
Tipo de
n R
enzima
Hiperbólica 1 81
Sigmoidea 2 9
Sigmoidea 3 4,3
Sigmoidea 4 3
De los datos anteriores es evidente que las enzimas de cinética hiperbólica

son muy poco sensibles a la autorregulación, puesto que mientras una enzima
sigmoidea con índice de cooperatividad 4, solamente requiere triplicar la
concentración de sustrato para pasar de una rapidez del 10% de la máxima a
una rapidez del 90% de la máxima, la de cinética hiperbólica debe aumentar la
concentración 81 veces.
En el ejemplo anterior la constante de Michaelis o la de semisaturación (para
las sigmoides) es de 20 unidades de sustrato.
La zona más sensible a la autorregulación se encuentra en concentraciones

de sustrato comprendidas entre 0,5 y 1,25 Ka
En algunos sistemas enzimáticos el producto ejerce una actividad inhibitoria
(competitiva) sobre la reacción enzimática (inhibición isostérica).
Cuando el producto ejerce inhibición competitiva sobre la enzima, en
presencia del sustrato es necesaria mucha mayor concentración del sustrato
para conseguir la misma rapidez que en ausencia del producto, al disminuir la
afinidad entre la enzima y el sustrato.
Cuando la concentración de sustrato ( X ) aumenta, la rapidez de reacción

aumenta. Al aumentar la de producto ( Y ), la rapidez de reacción disminuye,
en esta forma, el sistema se constituye en un circuito de regulación sencillo.
Compuestos que no están relacionadas estructuralmente con los sustratos

pueden modificar la actividad de las enzimas al fijarse en sitios diferentes al
sitio activo (sitio alostérico) y producir cambios conformacionales que afecten
la afinidad de la enzima y el sustrato (regulación tipo K).
Los ligandos que modifican alostéricamente la actividad de las enzimas
pueden hacerlo mediante un incremento de la afinidad (efectores positivos) o
mediante una disminución (efectores negativos).
Cuando la concentración de sustrato se mantiene constante la rapidez efectiva
de la reacción se modifica grandemente en presencia de los efectores, ya
sean estos positivos ( + ) o negativos ( - ). Los positivos acercan el
comportamiento sigmoideo al hiperbólico y los negativos incrementan la
sigmodeisidad.
Debido a la presencia simultanea de ATP y ADP en casi todos los sistemas

celulares la regulación de la actividad de muchas reacciones depende de la
relación entre ATP / ADP.
Atkinson postuló como elemento de gran importancia en el control del
metabolismo la carga energética, la cual definió como:
Carga Energetica
ATP  0,5ADP
ATP  ADP  AMP
El valor de la carga energética varía entre 1, cuando solamente hay ATP y

cero cuando solamente se encuentra AMP.
Cuanto menor sea la carga energética, mayor será la tendencia a realizar
catabolismo y menor anabolismo y cuanto más se aproxime a uno la carga
energética, mayor será el anabolismo y menor el catabolismo In vivo, cuando
la carga energética es 0,8 se tiende al equilibrio entre anabolismo y
catabolismo.
Las enzimas regulables pueden ser modificadas químicamente por otras
enzimas, caso en el cual, más que la afinidad se afecta la actividad
(regulación alostérica tipo V).
El efecto de la concentración del efector sobre la rapidez de la reacción puede
observarse en el siguiente gráfico.
Como puede observarse, en ausencia del efector la reacción prácticamente no

ocurre, pero a medida que se incrementa su concentración, tiende a obtenerse
la rapidez máxima.
Algunas enzimas claves del metabolismo pueden ser reguladas por

modificaciones catalizadas por otras enzimas.
Los modelos de regulación deben estar diseñados para producir adaptaciones
rápidas o lentas. Las diferentes tareas de regulación se cumplen mediante
diferentes estrategias. Los procesos para adaptación inmediata generalmente
son de carácter físico, mientras que los de adaptación rápida o lenta lo son
químicos.
ADECUACIÓN
Modificación Física Modificación Química
Elemento de
Inmediata Rápida Lenta
mando
[A] Autorregulación
Proteogénesis
[ Et ] Proteólisis
controlada
Activación -
Regulación alostérica Inactivación
K3
tipo V controlada
por enzimas
Regulación alostérica
Ka
tipo K
En todo conjunto de reacciones coordinadas, existe por lo menos una enzima

limitante de la rapidez de la vía, la cual usualmente es objeto de un proceso
de regulación. Cuando un sustrato puede metabolizarse por dos vías
diferentes, a igualdad de actividad (Vm) la enzima con mayor afinidad (menor
Ka) metaboliza más sustrato. A igualdad de afinidad, sintetiza más sustrato
aquella con mayor actividad.
Los componentes del orden de reacción son diferentes en las reacciones
catalizadas por enzimas de cinética sigmoidea y de cinética hiperbólica. En
contraste con la cinética hiperbólica en que la reacción en función de la
concentración de sustrato se comporta inicialmente ( I ) como de orden uno,
luego ( II )como de orden fraccionario y finalmente ( III ) como de orden cero,
existen enzimas que presentan cinética sigmoidea cuyo comportamiento es
orden cero, orden fraccionario, orden uno, orden fraccionario y orden cero,
este comportamiento es típico de las enzimas alostéricas.
Modelos alostéricos
El alosterismo se ha explicado con iguales resultados mediante dos modelos
el asimétrico o concertado y el secuencial.
En el modelo simétrico o concertado todas la sub unidades están en la misma

conformación ya sea la de baja afinidad por el ligando (forma tensa, T), o la de alta
afinidad (forma relajada, R). Dependiendo de la constante de equilibrio k1 entre las
dos formas, la unión de una o más moléculas de ligando desplazará equilibrio hacia
las formas más activas, la ruta más probable se muestra sombreada. En el modelo
secuencial cada subunidad puede estar en la forma activa o inactiva. La ruta más
probable es la diagonal-

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Curso Virtual de Bioquímica Estructural 1 Luz B. Pardo R..

DEPARTAMENTO DE CIENCIAS BÁSICAS

Demostrará su competencia en estos temas cuando:

De acuerdo con: Diccionario de la lengua española © 2005 Espasa-Calpe:

El término enzima se deriva del griego: ἐν ζύμη.

T1. ¿Qué significado (etimológico) tiene el término enzima

T2. ¿Qué significa catálisis (del griego κατάλυσις) y quién introdujo el

Algunos hitos importantes en el conocimiento de las enzimas son los

“catálisis” para describir la acción de algunas sustancias que

En 1836, Schwann aisló la pepsina a partir de jugo gástrico,

En 1854 Pasteur inicia estudios sobre la fermentación y

Hasta 1860 las pocas enzimas conocidas eran de origen

En 1878, Kühne quien había aislado la tripsina introdujo el

término enzima (del griego: ἐν ζύμη dentro de la levadura)

para los fermentos desorganizados.

Solamente hasta 1897, veinticinco años después de la

En 1933 Payen y Persos publicaron un trabajo en el cual

διάστασις, separación). Posteriormente la diastasa se

clasificó como un “FERMENTO” por ser un compuesto

Paralelamente con el descubrimiento de las enzimas se

En 1838 el Holandés Mulder le dio el nombre de proteína

teoría de la acción de las enzimas que las asocia por

La dificultad de aislar las enzimas, sin pérdida de gran parte

Mientras que, muchas investigaciones dedicaron sus

La primera purificación enzimática realmente exitosa fue la

En 1930 Northrop consiguió cristalizar la pepsina, segunda

En 1966, Phillips, y sus colaboradores presentaron el primer

En1967 Cleland reformula la teoría cinética sin la limitante

T4, Payen y Perzos reportaron haber aislado de la malta algo a lo que

Algunas definiciones importantes

En Enzimología son de uso general algunos términos que es conveniente

Clasificación de las enzimas

acción de la enzima lo mas preciso posible y el trivial, lo suficientemente corto

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puede hacer mediante la ACTIVIDAD CATALÍTICA ESPECIFICA cuya unidad

Realizar una reacción química usualmente requiere el suministro de energía

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T6. ¿Según La gráfica anterior que parámetros modifican las enzimas?

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T7. ¿Qué diferencia hay entre velocidad y rapidez?

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T11. Establezca definiciones operativas de Ka y Vm

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Condición de estado estable

T14. A partir de la curva de progreso determine la rapidez inicial.

Mecanismo secuencial ordenado

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T15. De acuerdo con la nomenclatura de Cleland ¿qué diferencia hay entre

T17. Consulte que reacción catalizada por la enzima alanina: oxalacetato

De acuerdo con lo planeado por Cleland para un mecanismo Uni – Uni, la

Si en la ecuación anterior se asume que P = 0 (condición de rapidez inicial) y

Determinación de los parámetros cinéticos de reacciones

Los parámetros cinéticos se pueden evaluar por diferentes métodos gráficos.

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Cada recta se construye a partir de un par de puntos (-A y Vo). En este