Microarrays

Microarrays
y Biochips de ADN
Informe de Vigilancia
Tecnológica
Microarrays
y Biochips de ADN
Informe de Vigilancia
Tecnológica
MICROARRAYS Y BIOCHIPS DE ADN
El presente informe de Vigilancia Tecnológica ha sido

realizado en el marco del convenio de colaboración
conjunta entre Genoma España y la Fundación General
de la Universidad Autónoma de Madrid (FGUAM), entidad
que gestiona el Círculo de Innovación en Biotecnología
(CIBT), perteneciente al Sistema de Promoción Regional
de la Innovación MADRI+D.
Los autores de este informe agradecen la colaboración

ofrecida por toda la comunidad científica y empresarial
para la realización de este informe. Un especial
agradecimiento al Dr. Fernando Martín Sánchez (ISCIII),
Dra. Ana Dopazo (CNIO), Dr. Laureano Simón (Medplant
Genetics, S.L.), Dr. Juan Bernal (IIB), Dr. Juan Carlos
Tercero (Pharmagen, S.A.), Dr. Carlos Briones y
Dr. Victor Parro (Centro de Astrobiología),
a D. Pedro M. Franco de Sarabia (Biotools B&M Labs, S.A.),
Dr. José Manuel Guisan (CSIC), Dr. Joaquín Dopazo
(CNIO), Dr. José María Carazo (CNB-CSIC)
y Dr. Manuel Navarro (CIEMAT).
La reproducción parcial de este informe esta autorizada

bajo la premisa de incluir referencia al mismo, indicando:
Microarrays y Biochips de ADN, Informe de Vigilancia
Tecnológica. GENOMA ESPAÑA / CIBT-FGUAM.
Genoma España no se hace responsable del uso

que se realice de la información contenida
en esta publicación. Las opiniones que aparecen
en este informe corresponden a los expertos consultados
y a los autores del mismo.
© Copyright:Fundación Española para el Desarrollo

de la Investigación en Genómica y
Proteómica/Fundación General de la Universidad
Autónoma de Madrid.
Autores: Marta López (CIBT-FGUAM)
Paloma Mallorquín (CIBT-FGUAM)
Miguel Vega (Genoma España)
Referencia: GEN-ES02001
Fecha: Octubre 2002
Depósito Legal: M-52478-2002
ISBN: 84-607-6228-9
Diseño y realización: Spainfo, S.A.
4
Índice de contenido
• RESUMEN EJECUTIVO 7
1. INTRODUCCIÓN 8
2. TECNOLOGÍAS DE MICROARRAYS 10
2.1. Tipo de Sonda 10

2.2. Marcaje de Sondas 11
2.3. Material de Soporte 14
2.4. Inmovilización de ADN 16
2.5. Fabricación 17
2.6. Escaneado y Software 21
2.7. Breves cuestiones técnicas 23
2.8. Últimas tendencias en desarrollos tecnológicos 24
3. APLICACIONES DE LOS MICROARRAYS Y BIOCHIPS EN SALUD HUMANA 26
3.1. Monitorización de la Expresión Génica 27

3.2. Cribado de compuestos activos y validación de dianas terapéuticas 28
3.3. Farmacogenómica 30
3.4. Diagnóstico molecular 31
• Chips para identificación de SNPs 31
• Chips de caracterización genética 31
• Chips de detección de enfermedades infecciosas 32
4. ASPECTOS DE MERCADO: APLICACIÓN DE MICROARRAYS DE ADN

Y BIOCHIPS EN SALUD HUMANA 34
4.1. Arrays de alta densidad 34

4.2. Arrays de media y baja densidad 35
4.3. Mercados: Affymetrix 36
4.4. Mercados: empresas que compiten con Affymetrix 38
4.5. Estrategias de desarrollo e implantación 40
4.6. Modelos de negocio 41
4.7. Tendencias: lab-on-a-chip 42
5
5. CASOS PRACTICOS 43
Caso Práctico 1: Biotools B & M Labs, S.A 43

Caso Práctico 2: Centro de Astrobiología, CSIC-INTA 44
Caso Práctico 3: PharmaGen S.A. 45
Caso Práctico 4: Instituto de Investigaciones Biomédicas, CSIC-UAM 46
Caso Práctico 5: Medplant Genetics, SL 47
Caso Práctico 6: Instituto de Salud Carlos III 48
Caso Práctico 7: Centro Nacional de Investigaciones Oncológicas (CNIO, ISCIII) 49
6. CONCLUSIONES 50
ANEXO I: Breve glosario de términos en genómica 53
ANEXO II: Índice de Tablas, Cuadros y Figuras 54
ANEXO III: Referencias 55
6
Resumen ejecutivo
Los microarrays de ADN y biochips se definen Respecto a los aspectos de mercado, no hay duda
como una matriz bidimensional de material que Affymetrix es el actual líder del mercado,
genético, que permite la automatización sobre todo en la venta de arrays de alta densidad
simultánea de miles de ensayos encaminados a para expresión génica. Sin embargo, y para la
conocer en profundidad la estructura y práctica clínica, donde se necesitan arrays de
funcionamiento de nuestra dotación genética, menor densidad y coste, existen otras compañías
tanto en los distintos estados de desarrollo como que hacen de la fiabilidad, rapidez y
patológicos del paciente. simultaneidad del ensayo, sus principales valores.
Hasta la fecha no puede establecerse un auténtico Las alianzas en este sector, con objeto de
estándar en microarrays de ADN, sino la compartir bases de datos, licencias de secuencias
coexistencia de distintas tecnologías con el mismo y tecnologías desarrolladas, son la constante del
fin: el análisis de la expresión y la variabilidad sector en EE.UU. Además, actualmente existe una
génica. La decisión final sobre la tecnología a auténtica carrera tecnológica entre las distintas
aplicar (ej. cDNA vs. Oligos; depósito vs. Síntesis empresas que fabrican microarrays o sus
in situ de sondas) dependerá de la aplicación u componentes, para posicionarse como líderes de
objetivo final del ensayo. este importante mercado de futuro.
Algunas tendencias de desarrollo prometedoras No obstante existen todavía importantes

pretenden eliminar el paso de amplificación de la dificultades para transferir los resultados
muestra e incluso la integración de todas las obtenidos con microarrays o biochips a la práctica
operaciones en un solo dispositivo (Lab-on-a chip clínica, es decir, para que los pacientes se
o LOAC). En este sentido, los principales motores beneficien de este desarrollo tecnológico. En este
de la nueva generación de microarrays y biochips contexto, quizás la dificultad más importante
serán la integración, la fiabilidad y la sensibilidad resida en la variabilidad de los resultados
del ensayo. obtenidos en los ensayos, si bien se está
realizando un importante esfuerzo para la
A continuación se enumeran las principales estandarización de los protocolos de ensayo,
aplicaciones de microarrays y biochips en salud como paso previo y necesario para obtener
humana: procedimientos y dispositivos clínicos fiables.
– Monitorización de la expresión génica.

– Cribado de compuestos activos y validación de
dianas terapéuticas.
– Farmacogenómica. Medicina personalizada.
– Diagnóstico molecular y prognosis de
enfermedades.
– Detección de agentes infecciosos.
7
1. Introducción
A finales de los años 80 cuatro científicos,

Stephen Fodor, Michael Pirrung, Leighton Read y
Lubert Stryer desarrollaron una revolucionaria
tecnología para la determinación y cuantificación
de ADN en una muestra. Esta tecnología
desembocaría posteriormente en la primera
plataforma de microarrays de ADN, denominada
entonces GeneChip de Affymetrix.
La principal ventaja de esta novedosa tecnología

frente a los métodos tradicionales (Northern,
Southern, etc.), residía en la alta densidad de
integración (cantidad) de material biológico que
se consigue inmovilizar, es decir, la posibilidad de
analizar simultáneamente miles de genes.
Actualmente esta tecnología se está aplicando
entre otros al análisis de la expresión génica,
detección de mutaciones y polimorfismos,
secuenciación, seguimiento de terapia, medicina
preventiva, screening y toxicología de fármacos, y
diagnóstico molecular.
8
DEFINICIÓN DE MICROARRAY O BIOCHIP
Una colección (array) de ADN consiste en un gran número de moléculas de ADN ordenadas sobre un
sustrato sólido de manera que formen una matriz de secuencias en dos dimensiones. Estos
fragmentos de material genético pueden ser secuencias cortas llamadas oligonucleótidos, o de mayor
tamaño, cDNA (ADN complementario, sintetizado a partir de mRNA), o bien productos de PCR
(replicación in vitro de secuencias de ADN mediante la reacción en cadena de la Polimerasa). A estos
fragmentos de ADN de una sola hebra inmovilizados en el soporte, se les denomina a menudo
“sondas”. Los ácidos nucleicos de las muestras a analizar se marcan por diversos métodos
(enzimáticos, fluorescentes, etc.) y se incuban sobre el panel de sondas, permitiendo la hibridación
(reconocimiento y unión entre moléculas complementarias) de secuencias homólogas. Durante la
hibridación, las muestras de material genético marcadas, se unirán a sus complementarias
inmovilizadas en el soporte del chip, permitiendo la identificación y cuantificación del ADN presente
en la muestra (mutaciones, patógenos, etc.). Con posterioridad, el escáner y las herramientas
informáticas nos permiten interpretar y analizar los datos obtenidos.
Cuadro 1. Definición de microarray o biochip.
Clasificación
Características Nombre
de microarrays según:
• Oligonucleótidos. • Gene Chips.

• cDNAs. • cDNA Array.
Material inmovilizado
• Proteínas. • Protein Chip.
• Tejidos. • Tissue Chip.
Personalizado Arrayers
Diseño del array
o surtido
Industrial Cassettes
Alta: microarrays
Fabricación Densidad de integración
Baja: macroarrays
“in situ”
Impresión Generación de la sonda
“depositadas”
Soporte rígido
No poroso / Covalente
(Cristal y Plástico)
Soporte / Tipo de unión
Poroso / No covalente Membranas
• Secuenciación por hibridación.

• Chips de secuenciación.
• Detección de cambios en la
• Chips de hibridación
Aplicación expresión génica.
comparativa.
• Cuantificación de la expresión
• Chips de expresión.
génica.
Tabla 1. Criterios de clasificación en Biochips (adaptado de http://infobiochip.isciii.es).
9
2. Tecnologías de microarrays
DISEÑO DE MICROARRAYS
TECNOLOGÍAS/
OPERACIONES A REALIZAR
TÉCNICAS A EMPLEAR
Elección del tipo de ADN Sondas, oligos, cDNA…
Marcaje de sondas o muestras Enzimático, fluorescente…
Material de soporte Vidrio, plástico, membranas…
Inmovilización de sondas Activa, pasiva, covalente…
Fabricación Impresión, síntesis in situ…
Detección de la hibridación Escáneres, fluorimetrías…
Procesamiento de datos Software
Fig.1. Operaciones y tecnologías necesarias para la elaboración de microarrays y biochips de ADN (elaboración propia).
2.1. Tipo de Sonda
El diseño de las sondas y su producción son

elementos clave a la hora de hacer posible la Ácido nucleico DIANA:
hibridación en el biochip. Sin la riqueza de Ácido nucleico procedente de la muestra
conocimiento y datos de secuencias disponibles problema, cuya secuencia genómica se
en diversas bases de datos y proyectos pretende detectar.
genómicos, la generación de estas sondas sería
SONDAS de hibridación:
imposible. Físicamente, las sondas tienen tres
Fragmentos de ácidos nucleicos marcados
formas diferentes: clones de cDNA, productos de
cuya secuencia es complementaria a la del
PCR, y oligonucleótidos.
ADN diana.
Las sondas basadas en clones se depositan en la

superficie del array en forma de fragmentos o bases. Las sondas consistentes en
genes completos generalmente procedentes de oligonucleótidos difieren de las anteriores en que
librerías génicas1. El tamaño de estas sondas el número de pares de bases es más limitado,
puede ser de varios cientos de pares de bases 20-25 para análisis de expresión diferencial y
hasta varias kilobases. Los productos de PCR hasta 100 para análisis de expresión génica.
consisten en fracciones de genes generados por
PCR procedentes de clones de cDNA, librerías
genómicas, o RNA. La longitud de estos
fragmentos suele ser de 200 a 500 pares de
1
“International Nucleotide Sequence Database Collaboration” [engloba DNA Data Bank of Japan (DDBJ), European
Molecular Biology Laboratory (EMBL/EBI) Nucleotide Sequence Database, (GenBank, USA) ].
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/collab
10
2.2. Marcaje de Sondas
La detección de la hibridación entre las sondas de ADN inmovilizadas en el soporte y los fragmentos de
material genético de la muestra, requiere un marcaje previo para su posterior detección. Este marcaje
puede ser directo o indirecto:
MARCAJE DE SONDAS Y MUESTRAS PARA DETECCIÓN DIRECTA
Marcaje Lectura Características Ventajas Desventajas
• Las enzimas pueden

(Ej. Fosfatasa alcalina
confundirse con
Se pone en contacto enzimas nativas
y peroxidasa)
Cromogénica
a la muestra presentes en la
Enzima
marcada con la muestra, aumentando

enzima con un el ruido de fondo.
sustrato cromogénico
capaz de absorber • Necesidad del uso de
radiación. reactivos auxiliares en
el proceso de
detección.
Isótopo Radiactivo
Auto-radiografía
(Ej. 33P o el 125I)
• No se necesitan
Se incorporan a la
reactivos • Radiactividad.
estructura molecular
auxiliares en el
de la sonda isótopos • Baja resolución.
proceso de
radiactivos.
detección.
• No se necesitan • Los escáneres

reactivos necesarios para la
(Ej. Fluoresceína)
auxiliares en el detección encarecen el

Un marcador proceso de
Fluorocromo
Fluorimetría
fluorescente emite coste del ensayo.

detección.
luz al ser excitado • Algunos materiales
mediante una • Gran como el plástico
determinada longitud sensibilidad, producen
de onda. facilidad de fluorescencia.
uso,
reproducibilidad, • La señal se atenúa con
flexibilidad. el tiempo.
Tabla 2. Métodos de marcaje de ADN en microarray para detección directa (elaboración propia).
11
MARCAJE DE SONDAS Y MUESTRAS PARA DETECCIÓN INDIRECTA
Marcaje Lectura Características Ventajas Desventajas
La sonda se une a • Altamente

biotina (indicador), y sensible.
Fluorimetría se añade a la • Disponibilidad • Los escáneres
Químico
muestra avidina o comercial de necesarios para la

estreptavidina ácidos detección encarecen el
conjugada con nucleicos coste del ensayo.
fluorocromos marcados con
(marcador). biotina.
La sonda se une a
digoxigenina
Quimio-luminiscencia o
(indicador) y se • Altamente
añade a la muestra sensible.
• Los escáneres
Fluorimetría
Enzimático
un anticuerpo • Disponibilidad necesarios para la

anti-DIG conjugado comercial de detección encarecen el
con enzima ácidos coste del ensayo.
(marcador). El nucleicos
sustrato de la enzima marcados con
se transforma en un digoxigenina.
producto
luminiscente.
Tabla 3. Métodos de marcaje de ADN en microarrays para detección indirecta.
Sin duda los métodos más utilizados para marcaje Algunos de estos inconvenientes se están
de sondas o dianas en microarrays son los solucionando en la actualidad por medio de varias
químicos o enzimáticos, utilizándose comúnmente estrategias. Una de ellas consiste en la adición
los fluoróforos2 Cy3 y Cy5 (cianinas). El uso de posterior a la síntesis de nuevos fluoróforos a las
fluoróforos permite analizar varias muestras en el secuencias, consiguiéndose el escaneado de más de
mismo “array”, eliminando la variabilidad que se dos longitudes de onda que permiten obtener mayor
produce cuando se comparan los resultados de la cantidad de datos4. Además otras compañías como
hibridación de diferentes “array”, además de Clontech han diseñado protocolos de modificación
hacer posible el escaneado de múltiples con grupos amino previa incorporación de las
marcadores simultáneamente, si bien presentan moléculas fluorescentes.
dos inconvenientes:
Otros marcadores que se están utilizando
• Tan solo son capaces de analizar dos patrones actualmente son los fluoróforos de la serie Alexa
de expresión de genes, y además el patrón de que están dando buenos resultados en microarrays,
incorporación de los mismos no es uniforme3. y según la compañía Molecular Probes5,
especializada en el área de la tecnología de
• El gran tamaño de los fluoróforos contribuye a fluorescencia, tienen una mayor fotoestabilidad y
dificultar la incorporación enzimática de los proporcionan una señal más clara que otros
nucleótidos que compondrán la sonda. marcadores, incluyendo Cy3 y Cy5.
2
Osborn J. (2000). A review of radioactive and non-radioactive-based techniques used in life science applications. Part I:
Blotting techniques. Innovations Forum Life Science News 6, Amersham Pharmacia Biotech.1-4.
3
Handbook of Fluorescent Probes and Research Products. Molecular Probes [Actualización: 11 Dic. 2001]:
http://www.probes.com/handbook/print/0805.html
4
Call D. (2001). DNA microarrays: their mode of action and possible applications in molecular diagnostics. Veterinary
Sciences Tomorrow, Issue 3, August, 1-9.
5
Molecular Probes: http://www.probes.com
12
La técnica de detección de ácidos nucleicos no de las sondas para el desarrollo de nuevas

radiactiva más sensible hasta el momento es aquella plataformas de biochips. Según estos expertos,
que utiliza sondas de ADN marcadas con biotina y nuevos métodos de detección no basados
detectadas a través de conjugados enzimáticos de en el marcaje de las sondas, tales como detección
Avidina. Además, para amplificar aún más la señal óptica, electroquímica, o espectrometría
se puede acoplar una segunda enzima a la molécula de masas MALDI-TOF6 serán determinantes
de avidina y estreptavidina2. Después del uso de la a la hora de desarrollar biochips con nuevas
Biotina como marcador indirecto, la Digoxigenina es aplicaciones. Estas técnicas permitirían una mayor
el marcador más utilizado en la actualidad. sensibilidad y reducirían las cantidades de
muestra necesarias, y en mayor grado de
Algunos expertos consultados para la realización importancia, simplificaría el proceso de
de este informe mencionan la enorme importancia preparación de la muestra al omitir pasos previos
que puede tener la desaparición del marcaje de amplificación (PCR).
DETECCIÓN DE LA HIBRIDACIÓN SIN MARCAJE DE SONDAS:
Detección óptica: Resonancia de Plasmones en Superficie (SPR).

Técnica basada en fenómenos ópticos que tienen lugar sobre la superficie de un metal,
permitiendo la detección de cambios en la concentración de masas del chip.
Ejemplo: Biacore (http://www.biacore.com/technology/technology.lasso).
Detección óptica: Tecnologías Avanzadas de Resonancia de Espejos.

Miden pequeñas variaciones en el índice de refracción y grosor de la superficie del sensor.
Ejemplo: IAsys®, propiedad de Thermo Labsystems
(http://www.affinity-sensors.com/technol.htm).
Detección por Métodos Electroquímicos.

La detección de la hibridación puede ser directa, por medio de fenómenos de oxidación del ADN a
través de electrodos, o indirectamente mediante indicadores redox activos que se unen
fuertemente al ADN de cadena doble (N. Popovich, Mediated electrochemical detection of nucleic
acids for drug discovery and clinical diagnostics. IVD Technology, 2001, 7, 36-42). Por medio de
moléculas mediadoras se extraen electrones del ADN que amplifican la señal. Se consigue una
alta sensibilidad y requiere protocolos sencillos e instrumentos de detección relativamente
asequibles.
Ejemplo: Xanthon Inc., NanoChip® de Nanogen, Codelink™ de Motorola.
Detección por Espectrometría de Masas MALDI-TOF.

Mediante un espectrómetro de masas se predice la secuencia de los fragmentos de ADN
basándose en su masa molecular.
Ejemplo: SpectroCHIP™ de Sequenom.
Cuadro 2. Últimas tendencias en detección de la hibridación de ADN en Biochips (elaboración propia).
6
Matrix-assisted Laser Desorption Ionization Time of Flight Mass Spectrometry.
13
2.3. Material de Soporte
Tradicionalmente los sustratos sólidos de los alternativas que permiten mayor resolución de los
biochips se dividen en porosos y no porosos. puntos, además del uso de la fluorescencia como
método de detección y el uso de dos fluorocromos
Los chips “porosos” son chips en los que las simultáneamente. Sin embargo, algunos biochips
interacciones entre el material a inmovilizar y el utilizan membranas o sustancias porosas que
soporte sólido de inmovilización no tienen por lo recubren la superficie de un cristal, mejorando la
general carácter covalente7. Los soportes más resolución de los puntos. El uso de
comúnmente empleados son pequeñas porciones de micropartículas (sílice o agarosa) en la mayoría
geles, o membranas porosas de nylon o de los casos es complementario al de
nitrocelulosa presentes sobre portaobjetos de cristal. membranas.
El uso de superficies porosas como soporte para
inmovilizar ácidos nucleicos supone una gran Existe un buen número de alternativas a estos
ventaja al ofrecer mayor superficie de unión que los soportes que están todavía en desarrollo, como la
soportes lisos. inmovilización del ADN sobre geles de acrilamida
(http://www.motorola.com), o sobre matrices de
Los chips lisos o “no porosos” son aquellos en los oro (http://www.interactiva.de). Además, Nanogen
que el material se encuentra por lo general (http://www.nanogen.com) ha desarrollado un tipo
inmovilizado covalentemente a la superficie sólida de soporte totalmente diferente a las plataformas
que le sirve de soporte y que puede ser cristal o que utilizan membranas o cristal como soporte.
cualquier otra superficie como silicio, plástico u oro. Estos biochips consisten en un conjunto de
electrodos cubiertos por una fina capa de agarosa.
Aunque las membranas de nylon y nitrocelulosa Los microelectrodos generan un campo eléctrico
siguen utilizándose en la actualidad, han sido que controla la deposición de las sondas y la
sustituidas en la mayoría de los casos por hibridación con las secuencias diana.
CARACTERÍSTICAS DE LOS SOPORTES
Superficies Porosas Superficies Lisas
Membrana de
Membrana de Nylon Micropartículas Cristal/Cuarzo Plástico8
Nitrocelulosa
• Las interacciones entre el material a

inmovilizar y el soporte sólido de
• Amplio rango de
inmovilización no tienen carácter • El material se encuentra
características
covalente. covalentemente inmovilizado
físico-químicas.
• Suelen inmovilizarse fragmentos de cDNA a la superficie sólida que le
• Los ácidos
o productos de PCR. sirve de soporte.
nucleicos se
• El método de marcaje suele ser por adhieren a • Pueden inmovilizarse
radiactividad o enzimático. partículas que a oligonucleótidos o
su vez quedan fragmentos de cDNA.
atrapadas en la • El método de marcaje suele
estructura de la ser por fluorescencia.
Menor ruido membrana.
Alto ruido de fondo
de fondo
Tabla 4. Tipos de soportes utilizados en microarrays y biochips de ADN (elaboración propia).
7
Hoheisel, J.D.; Diehl, F.; Scheideler, M.; Hauser, N.; Aign, V.; Matysiak, S.; Beier, M. (2001). Improving DNA-chip
Technology; Chemical Aspects.
8
Lee, G.; Chen, S.; Huang, G.; Sung, W.; Lin, Y. (2001). Microfabricated plastic chips by not embossing methods and
their applications for DNA separation and detection. Sensors and Actuators B 75. 142-148.
14
Según los expertos consultados, a continuación se enumeran las ventajas y los inconvenientes de los
distintos soportes:
SOPORTES PARA MICROARRAYS Y BIOCHIPS
Tipo de soporte Ventajas Desventajas
• Mayor ruido de fondo

• Mayor capacidad de soporte fluorescente.
de ADN debido a su
Membranas de Nylon y de superficie porosa. • Capacidad de miniaturización
Nitrocelulosa limitada.
• Reutilizables.
• Deformación de la membrana.
• Bajo coste.
• Baja resolución.
Superficies porosas de
• Mayor flexibilidad
micropartículas
• Mínimo volumen de
hibridación.
• Mayor capacidad de
miniaturización.
• Soporte inerte.
• Permite el uso de dos • Restricción de la capacidad de
fluorocromos a la vez. carga.
Superficies lisas
de cristal • Alta resolución. • Limitación del número de
• Capacidad para aguantar experimentos por surtido.
altas temperaturas y
lavados de elevada fuerza
iónica.
• En el caso del cuarzo,
hidroxilado de forma
natural.
• Mínimo volumen de
hibridación.
• Gran capacidad de soporte • Ruidos de fondo por
Superficies lisas de plástico de ADN. fluorescencia.
• Mayor capacidad de
miniaturización.
• Soporte inerte.
Tabla 5. Ventajas y desventajas de soportes utilizados en microarrays y biochips de ADN (elaboración propia).
15
2.4. Inmovilización de ADN
En los últimos años se han desarrollado múltiples técnicas de inmovilización de sondas sobre la superficie
de los microarrays. Estos procedimientos dependerán de la aplicación final del microarray y del tipo de
soporte utilizado9.
Las técnicas de inmovilización no covalentes (adsorción física, irradiación ultravioleta) no son

recomendadas en el uso de microarrays ya que se dan fenómenos de hibridación no específica. No
obstante, la inmovilización electrónica de sondas es una técnica no covalente que actualmente está
disponible comercialmente (Nanogen). Los métodos utilizados en la inmovilización de sondas sobre la
superficie sólida de microarrays, se basan en la unión covalente de las mismas al sustrato por medio de
procedimientos químicos.
La preparación de los soportes de cristal o silicio generalmente implica un tratamiento previo con grupos
reactivos amino o aldehído, de manera que formen una capa uniforme de grupos reactivos químicamente
estables, hidrofílicos, para evitar uniones no específicas de las sondas con el soporte.
Pasiva Activa
• Grupos aldehído.
Activación de la superficie • Electrónica. • Grupos amino.
• Estreptavidina.
• Grupos amino.
Activación de la sonda • Grupos tiol.
• Biotina.
Tabla 6. Inmovilización de ADN (elaboración propia).
Generalmente, para conseguir la inmovilización ácido nucleico, de modo que cada una de las
específica de las sondas se requiere además una sondas tenga total libertad para interaccionar de
modificación previa del oligonucleótido o cDNA manera específica e independiente con la
por medio de la activación mediante grupos muestra. Para ello se debe incorporar a la sonda
amino, tiol o biotina (en este caso es necesario una molécula espaciadora que la ancle al soporte
cubrir la superficie del soporte con y que a su vez permita su interacción con la
estreptavidina). No obstante, algunos expertos muestra.
consultados señalan la existencia de problemas de
pérdida de activación durante los procesos de Tanto la activación de la sonda como el soporte
lavado, y la necesidad de desarrollar métodos requieren tiempo y esfuerzo, lo que supone un
más estables. problema a la hora producir a gran escala. En estos
casos, existe la posibilidad de adquirir
La forma ideal de inmovilización de ácidos comercialmente soportes ya activados (Ej. Corning
nucleicos a la superficie del soporte sería aquella Inc., Motorola), si bien esta opción puede resultar
que controlase la distancia a la cual se une cada costosa en laboratorios de investigación.
9
“Medical Device Link”. IVD Technology [Actualización: Oct. 2001]: http://www.devicelink.com/ivdt/archive/01/09/002.html
16
2.5. Fabricación
Existen dos técnicas10 para inmovilizar los fragmentos de ADN en el soporte del array, sintetizar los
oligonucleótidos en el propio soporte, mediante ciclos sucesivos o depositar mediante un brazo robotizado
el fragmento presintetizado que corresponda.
FABRICACIÓN DE MICROARRAYS Y BIOCHIPS
Bases de datos Bases de datos

Construcción de librerías de cDNA
públicas propias
Identificación
Compra de Síntesis de
de secuencias
productos de productos de
de ADN de
PCR PCR
interés
Síntesis de Deposición de
Chip comercial Oligos fragmentos de ADN
(Affymetrix) mediante en el soporte mediante técnicas
fotolitografía de espoteado
Hibridación de la
muestra con ADN
diana marcado
Lavado, detección
de la señal,
interpretación de
datos
Análisis de la Análisis de la
variación expresión
génica génica
Fig. 2. Proceso de fabricación y utilización de un microarray o biochip de ADN (elaboración propia).
Los parámetros que definen las características de cada tecnología de fabricación de biochips vienen
determinados por la densidad y diseño del chip, composición bioquímica, versatilidad, reproducibilidad,
eficacia, calidad, coste y facilidad de automatización.
10
Schena, M. (2000). Microarray Biochip Technology. Chapter 2. Microfluidic Technologies and Instrumentation for Printing
DNA Microarrays. Telechem International. Eaton Publishing.
17
Métodos para la fabricación de Microarrays y Biochips
Principios técnicos Empresas
Impresión sin contacto (Ink-Jet)
Cristales piezoeléctricos (cerámicas) se

Incyte Pharma
localizan en las cercanías del capilar de
Combion
vidrio que contiene la muestra. Se genera
Inyectores un pulso eléctrico mediante la aplicación Agilent
piezoeléctricos de voltaje, lo que causa la deformación Roseta
del cristal, presiona el capilar y expulsa ProtoGene
una pequeña cantidad de fluido por la
PerkinElmer
extremidad del capilar.
Esta tecnología combina una bomba y

Jeringa-Solenoide jeringa con una válvula microsolenoide
Cartesian Technologies
(Syringe-solenoid) que suministra cantidades de muestra del
orden de los nanolitros.
Impresión por contacto
Las agujas o pins se empapan en la solución

Affymetrix
que contiene la muestra, con lo que una
Pin printing o pequeña cantidad de ésta se transfiere al Arrayit.com
Microspotting extremo de la aguja. Cuando este extremo GeneMachines
toca la superficie del chip, una gota de la
Genetix
muestra queda impresa en ella.
Síntesis “in situ”
En el soporte sólido se une covalentemente

una molécula que tiene en un extremo un
agente protector fotodegradable. La luz se
dirige a través de una máscara, degradando
el agente químico protector, y permitiendo
Fotolitografía la unión de los nucleótidos, cada uno con un Affymetrix
nuevo agente protector, con el enlace
covalente del soporte. El proceso se repite
con distintos nucleótidos y distintas
máscaras, hasta conseguir el oligo con la
secuencia adecuada.
Cada punto de ensayo contiene un

segmento de ADN inmovilizado en un
soporte poroso. Por medio de unos
Química directa Combimatrix
electrodos se activa una reacción
electroquímica por la cual se incorporan
sucesivos nucleótidos nuevos.
Otras técnicas
Pamgene
Microarrays 3D Utilizan soportes tridimensionales.
Amersham plc
Permite la síntesis “in situ” y está basada CLONDIAG®

Micro impresión húmeda
en técnicas fotolitográficas. Technologies
Basada en técnicas fotolitográficas.

La superficie de cristal está cubierta por una
capa de oro recubierta de un grupo tiol al
“XNA on Gold” que se le une una segunda capa de Interactiva
moléculas de biotina y estreptavidina. La
máscara utilizada para su diseño consiste en
una capa hidrofóbica de teflón.
Tabla 7. Métodos para la fabricación de microarrays y biochips (elaboración propia).
18
Métodos para la fabricación de Microarrays y Biochips
Ventajas Desventajas
Impresión sin contacto (Ink-Jet)
Rapidez, sencillez, coste moderado, altas

Burbujas de aire que
velocidades de deposición (varios miles de
reducen la fiabilidad del
muestras por segundo), buena capacidad
Inyectores sistema, necesidad de
de miniaturización de los puntos (20-80 µm)
piezoeléctricos utilizar volúmenes de
y densidad de integración
muestra relativamente
(10.000 puntos/cm2). Se pueden
grandes.
inmovilizar oligos y cDNAs.
Volumen de muestra
necesario demasiado
grande, tan solo es
capaz de dispensar un
volumen mínimo del
Jeringa-Solenoide Método sencillo y fiable, bajo coste. Se orden de 4-8 nL,
(Syringe-solenoid) pueden inmovilizar oligos y cDNAs. con que la capacidad
de miniaturización
(250-500 µm) y
densidad de integración
(200-400 puntos/cm2)
está limitada.
Impresión por contacto
La impresión mediante pins se puede

realizar sobre placas multipocillo o bien Las muestras deben ser
sobre portaobjetos. Alta densidad de sintetizadas,
Pin printing o
integración (10.000 puntos/cm2) y purificadas y
Microspotting
moderada capacidad de miniaturización almacenadas por
(100 µm). Se pueden inmovilizar oligos y separado.
cDNAs. Relativo bajo coste y flexibilidad.
Síntesis “in situ”
Alta densidad de integración (244.000 Costoso de elaborar,

puntos/cm2) y capacidad de miniaturización requiere muchas
Fotolitografía
(<10 µm), solo se pueden sintetizar oligos máscaras que resultan
con una longitud de ~– 25 nucleótidos. costosas.
Todavía en desarrollo,
baja densidad de
Flexibilidad, moderada capacidad de
integración (1.000
Química directa miniaturización.
puntos/cm2) aunque la
Se pueden inmovilizar y sintetizar sondas
densidad teórica es 100
veces mayor.
Otras técnicas
La capacidad de unión de estos soportes

porosos es superior a la de los soportes
Microarrays 3D
bidimensionales debido a su mayor área
interna.
Válida para la síntesis “in situ” de las

(No hay información
Micro impresión húmeda matrices e inmovilización de
disponible).
oligonucleótidos previamente sintetizados.
Problemas con el empleo

Alta densidad de integración, flexibilidad,
de la fluorescencia
“XNA on Gold” compatible con la mayoría de los sistemas
debido a la alta
de detección.
reflectividad del oro.
Tabla 7. Métodos para la fabricación de microarrays y biochips (elaboración propia).
19
Entre los componentes principales de un arrayer están los robots controlados por ordenadores, estaciones
de lavado y de secado. Los robots están diseñados para recolectar automáticamente las muestras
localizadas en placas multipocillo mediante distintas agujas simultáneamente.
PRINCIPALES ARRAYERS DISPONIBLES EN EL MERCADO
Empresa Producto Enlace web
• Affymetrix • Affymetrix 417 Arrayer http://www.affymetrix.com
• Biomerieux http://www.biomerieux.com
• Biorobotics • MicroGrid II, Pro, TAS http://www.biorobotics.com
• PixSys, ProSys, PegaSys

• Cartesian technologies PA systems PixSys and http://www.cartesiantech.com
Prosys NQ systems
• Clontech http://www.clontech.com
• DNAmicroarray http://www.dnamicroarray.com
• Genetix http://www.genetix.co.uk
• GeneMachines • OmniGrid microarrayer http://www.genemachines.com
• GenomeSystems http://www.genomesystems.com
• Genometrix http://www.genometrix.com
• GenomicSolution http://www.genomicsolutions.com
• genpakARRAY 21
• Genpak http://www.genpakdna.com
micro-arrayer system
• G Sim http://www.gesim.de
• Hitachi Genetic • SPBIO Microarray

http://www.hitachi-soft.com/gs
Systems Spotting Station
• Labman Automation
http://www.labman.co.uk
Ltd
• Molecular Dynamics • GEN III Array Spotter http://www.mdyn.com
• Packard • BioChip Arrayer http://www.packardinst.com
• TeleChem International • ChipMaker 2 and 3 http://arrayit.com
• Medway • ADVANCE-2000-I http://www.medway.ch
http://www.eurogentec.be/catalog/
• Eurogentec • EuroGridder SDDC
dna_array/index.html
• RoboDesign • RoboArrayer http://www.robodesign.com
Tabla 8. Relación de las Empresas más relevantes dedicadas a la comercialización de Arrayers (elaboración propia).
20
2.6. Escaneado y Software
Mientras que la industria está continuamente a su vez desarrollando modelos de gama baja
buscando la alternativa que le proporcione que sean adecuados para su uso en pequeñas
mayores beneficios, el mundo académico compañías o centros de investigación.
necesita soluciones más baratas ya que sus
necesidades de beneficio son menores. En un Por tanto, la diversidad en cuanto a las
intento por atender ambas demandas, empresas demandas está causando gran divergencia en los
como Perkin-Elmer y Axon están trabajando en productos desarrollados por los fabricantes de
la elaboración de escáneres de alta tecnología y escáneres.
PRINCIPALES ESCÁNERES DISPONIBLES EN EL MERCADO
Empresa Producto Enlace web
• Affymetrix Inc. • Affymetrix 428 scanner http://www.affymetrix.com
• Alpha Innotech • AlphaArray™ Reader http://www.alphainnotech.com
http://www.apbiotech.com/application/
• Amersham/Pharmacia
microarray
• ArrayWoRx microarray
scanner
• Applied Precisión http://www.api.com/dvarrayworx.html
• ArrayWoRx microarray
reader
• GenePix 4000B
• Axon Instruments http://www.axon.com/GN_Genomics.html
microarray scanner
• Biomedical • MACROscope, confocal

http://www.confocal.com
Photometrics Inc. microscope
• GeneScape software
• Curagen http://www.curagen.com
suite
• Fuji Medical • BAS phosphorimagers http://www.fujimed.com
• GeneFocus • DNAscope scanner http://www.genefocus.com
• General Scanning • ScanArray 4000 http://www.gsilumonics.com
• GeneTAC Biochip
• Genomic Solutions http://www.genomicsolutions.com
Analyzers
• Molecular Dynamics Avalanche Microscanner http://www.mdyn.com
• MWG Biotech • GMS 418 array scanner http://www.mwgdna.com
• PerkinElmer Life • ScanArray Lite, 4000, http://lifesciences.perkinelmer.com/

Sciences 4000XL, 5000, 5000XL index.asp
• ChipReader
• Virktek Vision Int. Inc. http://www.virtek.ca
• ChipReader Extreme
Tabla 9. Relación de alguna de las Empresas más relevantes dedicadas a la comercialización de Escáneres con aplicación
en Microarrays (elaboración propia).
21
El análisis de los datos y la interpretación de los mismos mediante herramientas software, es sin duda uno de los
principales escollos en la utilización de la tecnología de microarrays y biochips. Los avances en la capacidad de
gestión y almacenamiento de las bases de datos son esenciales para mejorar la calidad de la información obtenida
mediante técnicas de Minería de Datos o “Data Mining”, que permiten la elaboración de modelos de análisis como
por ejemplo aquellos que agrupan genes o experimentos en función de diferentes patrones (“clustering”).
EMPRESAS QUE DESARROLLAN SOFTWARE PARA GENÓMICA
Empresa
Aplicación Producto Enlace web
Institución
BioDiscovery GeneDirector™ http://www.biodiscovery.com

Bases de datos; arrays
de ADN Affymetrix LIMS,
Affymetrix http://www.affymetrix.com
MicroDB
BioDiscory ImaGen
Media Cybernetics Array-Pro http://www.mediacy.com/arraypro.htm

Análisis de imagen de
arrays de ADN http://www.scanalytics.com/product/hts/
Scanalytics, Inc. MicroArray Suite
microarray.html
ArrayVisionTM http://www.imagingresearch.com/products/
Imaging Research, Inc.
system ARV.asp
Pre-procesamiento de
Imaging Research, Inc. ArrayStat http://www.imagingresearch.com
arrays de ADN
BioDiscovery, Inc. GeneSight http://www.biodiscovery.com/genesight.asp
Calidad http://www.rosettabio.com/products/
Rosetta Biosoftware Rosseta Resolver
alta resolver/default.htm
http://www.sigenetics.com/GeneSpring/
Silicon Genetics GeneSpringTM
index.html
Applied Maths GenMaths http://www.applied-maths.com/ge/ge.htm
Análisis de GeneData http://www.genedata.com/products/

GeneData AG
datos Expressionist expressionist
http://www.lionbioscience.com/solutions/
LION Bioscience AG arraySCOUT™-
Calidad arrayscout
media Omniviz Functional http://www.omniviz.com/products/
OmniViz, Inc.
Genomics index.htm
Data Mining Tool
Affymetrix http://www.affymetrix.com
(DMT)
Gene Network
BioMine http://www.gnsbiotech.com/biomine.shtml
Sciences
http://www.informaxinc.com/solutions/
Informax, Inc. Xpression NTI
xpression/index.html
Académica
Partek, Inc. Partek Pro http://www.partek.com
Farmacéuticas
Pathway 4
Invitrogen ResGen http://pathways.resgen.com/tour/
Software
The Whitehead
http://www.genome.wi.mit.edu/cancer/
Institute for Genome GeneCluster
software/genecluster2/gc2.html
Research
Eisen Lab
Stanford Univ. http://rana.lbl.gov/EisenSoftware.htm
software
TIGR Software tools http://www.tigr.org/softlab
Otros Dr. Terry Speed's
http://www.stat.berkeley.edu/users/terry/
Berkeley University Microarray Data
zarray/Html/index.html
Analysis Group
Bioconductor
Bioconductor http://www.bioconductor.org
project
Universidad de Málaga engene http://www.engene.cnb.uam.es
Tabla 10. Relación de alguna de las Empresas más relevantes dedicadas a la comercialización de Software con aplicación
en microarrays (Fuente: Dr. José María Carazo).
22
2.7. Breves cuestiones técnicas
Además de los gastos derivados de la adquisición directa del arrayer, hay que considerar otros costes no
tan obvios pero igualmente importantes. Imprimir un array de alta densidad requiere un gran número de
sondas, lo que resulta muy caro para un laboratorio de investigación. En algunos casos se recomienda
realizar previamente la secuenciación de las sondas para la verificación de sus secuencias, lo que
encarece aún más su obtención. Algunas empresas como Clontech, Incyte y Operon proporcionan oligos
ya verificados u oligos de diseño. Otro factor a tener en cuenta es el uso necesario de la PCR en los
laboratorios que posean microarrays de ADN. Esta técnica es esencial para controles de calidad y
verificaciones de las secuencias, y aunque en la actualidad la mayoría de los centros poseen la
instrumentación, hay que considerar los gastos derivados de su uso recurrente.
EMPRESAS QUE COMERCIALIZAN SONDAS PARA MICROARRAYS
Empresa Nombre del producto Enlace web
Operon technologies Array-Ready Oligo sets http://www.operon.com/arrays/arraysets.php
http://www.lionbioscience.com/eng/
Lion Bioscience arrayTAG
index_c_1_7.htm
Atlas Ready-to-print Long http://www.clontech.com/products/literature/

Clontech
Oligo pdf/brochures/AtlasReadytoPrint.pdf
Incyte Genomics Easy to spot products http://www.incyte.com/index.shtml
GeneStorm® expression-
Research Genetics http://www.resgen.com/full_length/index.php3
ready full-length clones
GeneConnection Discovery
http://www2.stratagene.com/gc/
Stratagene clone collection QuikSpot
discoveryclones.asp
PCR products
Biological resources from

I.M.A.G.E.
UK Human Genome http://www.hgmp.mrc.ac.uk/Biology/
Consortium cDNA
Mapping Project Resource descriptions/image.html
libraray
Centre
Tabla 11. Relación de alguna de las Empresas más relevantes dedicadas a la comercialización de sondas con aplicación en
microarrays (elaboración propia).
Además de los costes asociados a las de 4, mientras que el tiempo medio necesario
infraestructuras y materiales, el diseño y manejo para la puesta en marcha de las infraestructuras
de microarrays es laborioso y consume gran de microarrays es de 6 a 12 meses, pudiendo en
cantidad de tiempo y recursos, por lo que es ocasiones necesitar de 1 a 2 años. Este periodo
necesaria la incorporación de personal dedicado a se correspondería al tiempo que se requiere para
tiempo completo. Según expertos consultados el la adquisición de datos experimentales
número de personas destinadas al mantenimiento satisfactorios a partir de la adquisición del
de la plataforma de microarrays es de una media instrumental.
23
“Genechip®” de Affymetrix (http://www.affymetrix.com): biochips de ADN fabricados mediante
técnicas fotolitográficas. Pese a ser una denominación comercial en ocasiones es empleada para
referirse a los biochips de ADN en general.
“GEM arrays” de Incyte (http://www.incyte.com): biochips para el análisis de la expresión génica.
“Spectrochip” de Sequenom, (http://www.sequenom.com): son chips de silicio de 2 x 3 cm

aproximadamente, con un surtido de puntos para al análisis de ADN mediante espectrometría de
masas (MALDI-TOF). Se utilizan para el genotipado y secuenciación.
“Nanochip” de Nanogen (http://www.nanogen.com). Combinan la tecnología de microarrays con los

lab-on–a chip, de los cuales hablaremos más adelante. Esta técnica utiliza la microelectrónica para
mover y concentrar moléculas cargadas hacia los sitios diseñados en el microchip, por lo que
también se denominan “matrices electrónicamente activas”.
Cuadro 3. Terminología de empresas que fabrican chips.
2.8. Últimas tendencias en nuevos desarrollos tecnológicos
Las tendencias hacia nuevos desarrollos tecnológicos se pueden clasificar en tres grupos según el
objetivo que persigan:
Tendencia 1 FIABILIDAD
Tecnología “Bioelectrochips”
Método electrónico que mantiene las hebras de DNA unidas debido a la

Descripción carga negativa de éstas, y lo obliga a hibridar bajo condiciones controladas,
moviendo y concentrando las muestras solo en los puntos deseados.
Permite al cliente diseñar el chip. Puede reutilizarse e incluso cambiar las

secuencias de las muestras. Rapidez (resultados en varios minutos) y
Ventajas
precisión (mayor que en los GeneChips de Affymetrix según expertos
consultados).
Tan solo está catalogado por el momento para su uso en investigación de

Desventajas
determinadas enfermedades.
Nanogen (http://www.nanogen.com) comercializa “Active Microelectronic

Ejemplo
Devices” o “Matrices Electrónicamente Activas”.
24
Tendencia 2 SENSIBILIDAD
Tecnología PNAs (peptide nucleic acid)
Unidades repetidas de N- (2-aminoetil)-glicina unidas por enlaces amino, y

Descripción
bases nucleotídicas unidas a la estructura.
Más estables frente a proteasas y nucleasas, y producen

Ventajas
una mayor señal.
Se ha observado una pérdida de especificidad en la hibridación (según

Desventajas
expertos consultados).
Ejemplo Radius BioSciences (Microarrays de ADN y PNA).
Tendencia 3 INTEGRACIÓN
Tecnología Dispositivos microfluídicos o LOAC* (Lab-on-a-chip)
Dispositivos que emplean campos eléctricos para mover moléculas, células,

partículas o líquidos a través de microcapilares construidos sobre chips de
cristal, plástico, silicio o cuarzo. Este tipo de chip contiene un conjunto de
Descripción microcanales y microcámaras donde tienen lugar las reacciones que
permiten el análisis de la muestra. El método predominante para la
separación de los productos de reacción es la electroforesis, ya que la
cromatografía es muy complicada de miniaturizar.
El volumen de fluidos y de muestra que se necesita es mínimo,

consiguiendo así que el ensayo se realice en menos tiempo, y que el precio
del dispositivo se reduzca debido al ahorro en reactivos. Eliminación de la
Ventajas etapa de inmovilización de sondas. Método de detección portátil, de usar y
tirar, que además permita realizar tanto la preparación de la muestra, como
el análisis y la detección de los reactivos dentro de un mismo dispositivo de
fácil manejo.
El coste final del ensayo se encarece debido principalmente a la

miniaturización, no obstante, la tecnología de microsistemas está avanzando
Desventajas
de tal modo que en un futuro cercano se conseguirán sistemas más
eficientes.
Agilent (http://www.agilent.com), en colaboración con Caliper

(http://www.caliper.com), ha desarrollado el LabChip11, un dispositivo que
combina materiales de cristal, cuarzo y plástico, y que contiene múltiples
capilares que permiten el acceso a las muestras. Las aplicaciones de estos
Ejemplo chips se centran principalmente en ensayos enzimáticos y celulares, así
como en ensayos de ARN y ADN. Agilent ofrece además un servicio de
asesoramiento y de diseño del chip, principalmente orientado a la elección
de las sondas más adecuadas para la detección de la diana en la que
estemos interesados.
Tabla 12. Tendencias para futuros desarrollos tecnológicos (elaboración propia).
11
Krishnan, M.; Namasivayam, V.; Lin, R.; Pal, R.; Burns, M.A. (2001). Microfabricated reaction & separation systems.
Curr. Op. Biotech., 12, 92-98.
25
3. Aplicaciones de los microarrays
y biochips en Salud Humana
Tras la secuenciación del genoma humano, la demanda de instrumentos tecnológicos que facilitarán la
búsqueda de genes y sus patrones de expresión ha sido espectacular. Las aplicaciones de los
microarrays en el sector de la salud humana se pueden resumir en la siguiente tabla:
APLICACIONES DE MICROARRAYS Y BIOCHIPS
Objetivo Técnica Aplicación
• Secuenciación por Hibridación

• Detección de mutaciones y
(Sequencing by Hybridization
variaciones en el genoma.
Caracterización o SBH).
del ADN
• Identificación por hibridación. • Diagnóstico molecular.
• Caracterización del perfil genético

de enfermedades.
• Análisis de la expresión génica.
• Farmacogenómica.
Cuantificación
del ADN
• Validación de dianas
terapéuticas.
• Descubrimiento de nuevos
fármacos.
• Caracterización de la acción
molecular de compuestos activos.
• Diagnóstico molecular.
• Identificación de polimorfismos.
Comparación • Farmacogenómica.
del ADN
• Comparación de secuencias • Genómica (funcionalidad de

homólogas. genes).
Tabla 13. Aplicaciones de microarrays y biochips (elaboración propia).
26
DIFERENCIAS ENTRE MICROARRAYS Y BIOCHIPS
Microarray de ADN Chip de ADN
Tipo de impresión • Impresión por deposición. • Impresión por síntesis.
Material genético
• Fragmentos de cDNA. • Oligonucleótidos.
inmovilizado
• 10.000-15.000 / microarray
Densidad de
(aunque pueden alcanzarse • 200.000-300.000 / chip.
integración
densidades mucho mayores).
Coste • Bajo. • Alto.
• Se pueden caracterizar genes • Puede no necesitar PCR previa.

Ventaja nuevos al inmovilizar • Sistema más utilizado para el análisis
secuencias anónimas. del transcriptoma.
• Genes de interés y regiones no

• Necesita un paso previo
Desventaja codificantes deben ser identificadas
de PCR.
previamente.
Tabla 14. Diferencias entre microarrays y biochips (elaboración propia).
3.1. Aplicación 1:
Monitorización
de la Expresión Génica
Desde un inicio los microarrays y biochips se de proteína, y la expresión de una proteína no

utilizaron para analizar patrones de expresión de siempre tiene una consecuencia fisiológica. Así pues,
genes con el fin de vislumbrar las bases moleculares sería necesario utilizar una técnica de análisis con
de los procesos de la vida (ej. el ciclo celular). Si indicadores más sofisticados como la localización de
bien con posterioridad se han ido incrementando sus las proteínas y sus tasas de recambio, cambios
aplicaciones hacía la comprensión del desarrollo de estructurales y modificaciones de proteínas.
tejidos y órganos e incluso la caracterización de
enfermedades de base molecular como el cáncer. Existen otras tecnologías que no están basadas en
arrays de ADN, como por ejemplo TOGA12 (Total
El análisis de la expresión génica es útil en el Gene Expresion Analysis), SAGE13 (Serial Analysis
diagnóstico y tratamiento de enfermedades ligadas a of Gene Expresion), READS (Restriction Analysis
patrones de expresión genética particulares. Los of Differentially Expressed Sequences), y RT-PCR
arrays de ADN son especialmente útiles para la (Real Time PCR), que permiten el análisis de la
clasificación de tumores y la identificación de expresión génica a media o baja densidad, es
parámetros (marcadores) que permitan estimar el decir, el número de genes que se pueden analizar
pronóstico de la enfermedad. Se puede estudiar la en un solo experimento es de menor magnitud
función de los genes al facilitar la identificación de que en el caso de técnicas que permiten
aquellos genes activados, inhibidos o mutados resultados a gran escala, como los microarrays de
(polimorfismos) de forma diferencial cuando se ADN. El caso de TOGA es diferente, ya que pese a
comparan tejido sano y enfermo. no estar basado en tecnologías de arrays, sí
permite un análisis de la presencia y
Sin embargo, los datos procedentes del análisis de concentración de mRNA por medio de un sistema
la expresión génica tienen sus desventajas, ya que automatizado y de alta resolución por el cual se
los niveles de mRNA pueden no reflejar los niveles cuantifica el cDNA total.
12
Digital Gene Technologies Inc.: http://www.dgt.com
13
Genzyme Molecular Oncology: http://www.genzymemolecularoncology.com
27
Análisis de la expresión génica en células y tejidos normales
El patrón de expresión de un gen proporciona información indirecta acerca de su función. Si llegamos
a caracterizar las secuencias homólogas de una familia génica, así como los procesos que
desencadenan la expresión selectiva de sus genes, podremos diseñar fármacos que activen dicha
expresión de manera específica, minimizando los efectos secundarios.
Análisis comparativo de la expresión génica en condiciones patológicas

La regulación negativa o positiva de la expresión de un gen puede ser la causa de la patología o bien
el resultado de la misma. Aunque el principal objetivo sea actuar sobre el gen cuya expresión causa
la patología, también se busca modificar la actividad de alguno de los genes que se expresan como
consecuencia de la enfermedad con el fin de aliviar sus síntomas. Por lo tanto, la posibilidad de
comparar la expresión de miles de genes en tejidos o células enfermas y normales, permitirá la
identificación de múltiples dianas terapéuticas potenciales.
Análisis de la expresión génica en sistemas modelo

El uso de animales como modelos de enfermedades proporciona gran cantidad de información y la
posibilidad de comparar sus patrones genéticos de expresión. Estos experimentos se suelen realizar con
ratones transgénicos que o bien sobre expresan genes específicos, o bien carecen de alguno de estos
genes (mutaciones puntuales, knockouts, etc). Otros modelos más sencillos que también se utilizan son
las levaduras (Saccharomyces cerevisiae), o gusanos (Caenorhabditis elegans) y peces (Zebrafish).
Análisis de la expresión génica en patógenos

Una de las ventajas que presenta el trabajo con genomas procedentes de microorganismos es su
pequeño tamaño, lo que ha permitido la secuenciación de un gran número de ellos en poco tiempo.
Entre sus genes se hallan los que codifican factores de virulencia que se encuentran regulados por
agentes ambientales tales como la temperatura. Los microarrays pueden ser aplicados igualmente en
el estudio de la expresión de los genes virales durante el curso de la infección y periodo de latencia,
así como en el estudio de la respuesta del organismo hospedador frente al patógeno.
Cuadro 4. Aplicaciones derivadas del análisis de la expresión génica (elaboración propia).
3.2. Aplicación 2: Cribado de compuestos activos y validación

de dianas terapéuticas
La aproximación tradicional al proceso de descubrimiento de nuevos fármacos, su posterior desarrollo y

análisis toxicológico, está evolucionando en los últimos años debido al mayor conocimiento del genoma
humano y a la utilización de técnicas de cribado a gran escala como son los microarrays de ADN.
Método Diana
Clonación Fármaco
tradicional biológica
Secuencia Diana Fármaco

Genómica
génica terapéutica candidato
Genómica Diana Fármaco

Gen
reversa terapéutica candidato
Cuadro 5. Etapas en el descubrimiento de nuevos fármacos (elaboración propia).
28
Las aplicaciones de microarrays y biochips en el La monitorización de la expresión de genes con

ámbito de la generación de fármacos son potencial tóxico puede ser de especial interés
especialmente numerosas: contribuyen a la para las industrias farmaceúticas. La identificación
identificación de dianas terapéuticas más de los productos expresados por estos genes
efectivas; permiten conocer mejor el mecanismo pueden ser usados para el seguimiento de un
de acción de medicamentos, mejorando su tratamiento farmacológico y el efecto de distintas
eficacia y eficiencia; e incluso pueden determinar dosis del mismo, haciendo más fácil el desarrollo
los efectos secundarios de un fármaco en de nuevos compuestos. El uso de arrays de ADN
desarrollo, evitando la entrada en ensayos clínicos en este caso presenta grandes ventajas cuando el
en caso de detectar toxicidad. fármaco es difícil de rastrear por métodos
convencionales, o bien los efectos esperados
Los arrays de ADN son una herramienta requieren largos periodos de tiempo.
potencial para la investigación de los mecanismos
por los cuales actúan distintos fármacos,
su implicación en rutas metabólicas, y posibles
efectos secundarios.
PAPEL DE LOS MICROARRAYS DE ADN:

DESCUBRIMIENTO DE NUEVOS FÁRMACOS
En este campo se persigue en primer lugar, la identificación de genes y mecanismos

moleculares nuevos14 que permitan el desarrollo de un abordaje terapéutico totalmente diferente a
los ya existentes, o bien la mejora de los mismos.
Nuevo Gen Nueva diana Nuevos fármacos
La identificación de nuevas dianas terapéuticas mediante microarrays de ADN ha seguido dos

estrategias durante los últimos 4 años, la mayoría relacionadas con el cáncer.
Estrategia 1: Identificación de compuestos con patrones de expresión de la actividad celular únicos,

con el objetivo de que estos indiquen la presencia de un nuevo compuesto con alguna de las
actividades conocidas.
De esta forma, el Instituto Nacional de Cáncer de Estados Unidos ha analizado la actividad

inhibitoria del crecimiento celular de aproximadamente 70.000 compuestos frente a un panel de 60
células tumorales humanas15.
La estrategia a seguir en este tipo de estudios comprende la creación de bases de datos de análisis
de expresión génica con el objetivo de realizar clusters que reúnan los genes según su implicación
en determinados procesos relacionados con el proceso cancerígeno. Así, se elaboran microarrays con
marcadores genéticos específicos de proliferación celular, progresión del ciclo celular, regulación de la
síntesis proteica, metabolismo de fármacos, etc. La batería de compuestos disponibles se analiza
mediante este microarray, lo que dará lugar a un conjunto de datos relacionados con los cambios en
la expresión génica inducidos por cada compuesto.
14
Debouck, C.; Goodfellow, P.N. (1999). DNA microarrays in drug discovery and development. Nature Genetics
Supplement. Vol 21, Jan. 48-50.
15
Scherf, U.; Ross, D.T.; Waltham, M.; Smith, L.H.; Lee, J.K.; Tanabe, L.; Kohn, K.W.; Reinhold, W.C.; Myers, T.G.;
Andrews, D.T.; Scudiero, D.A.; Eisen, M.B.; Sausville, E.A.; Pommier, Y.; Botstein, D.; Brown, P.O.;
Weinstein, J.N. (2000). A gene expression database for the molecular pharmacology of cancer. Nat Genet; 24:236–44.
29
Estrategia 2: Utilización del genoma de levaduras como modelo para el screening de dianas
terapéuticas.
El genoma completo de S. Cerevisiae se conoce extensamente, y ha sido sujeto a numerosos análisis

de mutaciones. La identificación de nuevos compuestos activos es posible mediante la comparación
de la expresión génica en mutantes con alteraciones conocidas expuestos a baterías de
compuestos16.
En segundo lugar la implementación de nuevas tecnologías que aumenten la eficiencia del

proceso de descubrimiento y desarrollo de nuevos fármacos. El uso de los microarrays de ADN
podría reducir el tiempo empleado en realizar estas etapas, y disminuir el número de compuestos que se
descartan tras haber consumido tiempo y medios económicos en ensayos clínicos.
De esta forma, los microarrays de ADN se utilizan en el análisis de la expresión génica para la
validación de dianas, el estudio del perfil de activación e inactivación de dianas durante el proceso de
optimización de agentes terapéuticos, mejor conocimiento de los mecanismos moleculares y
relaciones entre la actividad y la estructura, así como la predicción de efectos secundarios, y
descubrimiento de marcadores de diagnosis, prognosis, y otros marcadores moleculares17.
Adicionalmente, el análisis de la expresión génica por medio de microarrays de ADN permite la
observación del modo de acción del fármaco, y la identificación de los factores responsables de la
sensibilidad, toxicidad, y resistencia de los fármacos18.
Cuadro 6. Objetivos de la utilización de microarrays de ADN en el proceso de descubrimiento y desarrollo de nuevos

fármacos (elaboración propia).
3.3. Aplicación 3:
Farmacogenómica
La presencia de formas génicas alternativas o La respuesta de cada paciente a un fármaco está
expresiones atípicas de genes implicados en la intrínsecamente ligada a las características genéticas
acción de un fármaco o el metabolismo, puede del paciente, moduladas por factores fisiológicos,
manifestarse como una resistencia a la terapia o patológicos y ambientales. Así, la particular dotación
bien una respuesta atípica a la misma. Los genética del paciente incide tanto en los factores
estudios farmacogenómicos correlacionan el perfil farmacocinéticos, determinantes de la concentración
genético de los individuos con la repuesta de cada del fármaco en su lugar de acción, como en los
uno de ellos a un fármaco determinado. La factores farmacodinámicos (acción específica del
información obtenida con estos resultados se fármaco) ligados a la manifestación propia de la
utiliza para diseñar arrays de ADN que puedan ser enfermedad y a la reacción adversa. La
utilizados en la selección de fármacos a medida, y farmacogenómica pretende realizar una terapéutica
con ello se consigan tratamientos más eficaces y individualizada al determinar el fármaco de elección
atenuar posibles efectos secundarios en el para la manifestación específica de la enfermedad
paciente. en el paciente, y la dosis apropiada para conseguir
el efecto terapéutico minimizando el riesgo de
reacciones adversas.
16
Gray, N.S.; Wodicka, L.; Thunnissen, A.-M.W.H.; Norman, T.C.; Kwon, S.; Espinoza, F.H.; Morgan, D.O.; Barnes, G.;
LeClerc, S.; Meijer, L.; Kim, S.-H.; Lockhart, D.; Shultz, P.G. (1998). Exploiting chemical libraries, structure, and
genomics in the search for kinase inhibitors. Science; 281:533–8.
Brachat, A.; Pierrat, B.; Brungger, A.; Heim, J. (2000). Comparative microarray analysis of gene expression during
apoptosis-induction by growth factor deprivation or protein kinase C inhibition. Oncogene; 19:5073-82.
17
Clarke, P.A.; Poele, R.; Wooster, R.; Workman, P. (2001). Gene expression microarray analysis in cancer biology,
pharmacology, and drug development: progress and potential. Biochemical Pharmacology 62:1311-1336.
18
Workman, P. (2001). New drug targets for genomic cancer therapy: success, limitations, opportunities and future
challenges. Curr Cancer Drug Targets; 1:33–47.
Turton, N.J.; Judah, D.J.; Riley, J.; Davies, R.; Lipson, D.; Styles, J.A.; Smith, A.G.; Gant, T.W. (2001). Gene expression
and amplification in breast carcinoma cells with intrinsic and acquired doxorubicin resistance. Onco-gene.; 20:1300-6.
Robert J (2001). Resistance to cytotoxic agents. Curr Opin Pharmacol; 1:353–7.
30
INTEGRACIÓN DE MICROARRAYS EN LA LUCHA CONTRA EL CÁNCER:

FÁRMACOS A MEDIDA
Herramientas Tradicionales Microarrays y biochips
• Desarrollo de un conocimiento • Descubrimiento de indicadores de

más global de los cambios que diagnóstico y pronóstico así como
conducen a los procesos de marcadores de respuesta a
malignidad. distintas terapias.
• Mejor conocimiento del • Identificación de genes

mecanismo molecular durante los implicados en la resistencia a
procesos de identificación, fármacos.
optimización y ensayos clínicos.
• Identificación y validación de nuevas dianas terapéuticas.

• Predicción de pacientes tratados con fármacos con mayor posibilidad de éxito.
• Desarrollo de terapias a medida para cada paciente.
Fig. 3. Herramientas y estrategias utilizadas para el desarrollo de terapias contra el cáncer (elaboración propia).
La gran promesa que presentan los microarrays en la investigación del cáncer es la clasificación de
tumores en “clases” basadas en los patrones de expresión de los mismos. Estas clasificaciones se realizan
por medio de un “clustering” u organización de los genes en mapas de expresión génica a modo de árboles
filogéneticos. Clases diferentes de tumores pueden presentar distintos comportamientos clínicos, y por
tanto deben abordarse mediante terapias diferentes, apropiadas para cada clase o subclase.
3.4. Aplicación 4: Diagnóstico

molecular
La obtención de información útil a través de En este tipo de chips de ADN, lo que se fija al
técnicas genómicas tradicionales (ej. PCR) o bien soporte son oligonucleótidos sintéticos de 7 a 30
mediante el uso de microarrays o bichips de ADN, bases, pues con mayor número es difícil
tiene una clara explotación comercial, en el identificar “mismatch”. Cada uno de ellos
ámbito del diagnóstico y prognosis de representa un fragmento de un determinado gen,
enfermedades. Los chips que se están de modo que se puedan localizar variantes de
desarrollando en la actualidad con aplicaciones en genes conocidos, así como detectar mutaciones
diagnóstico molecular son de distinta naturaleza: por deleción o inserción. Este tipo de análisis se
realiza fijando a la matriz secuencias que
contengan mutaciones conocidas (por ejemplo,
todas las de un determinado gen), para detectar
Chips para identificación de SNPs
cuál es la que tiene ese gen en la muestra
problema.
La detección de mutaciones y polimorfismos
permite el estudio de todas las variantes de un
mismo gen, características de cada individuo, y la
detección de mutaciones en genes que participan Chips de caracterización genética
en enfermedades complejas. Se pretende
conseguir la identificación de marcadores Los análisis genéticos se emplean para encontrar
específicos para determinadas enfermedades o la posible predisposición de una persona hacia
repuestas a fármacos, mediante la identificación una enfermedad basándose en el análisis de
de SNPs19 (polimorfismos de un solo nucleótido). mutaciones en un individuo o en una familia.
19
Single Nucleotide Polymorfism (Polimorfismo de un solo nucleótido).
31
Para elaborar un chip de diagnóstico y Chips de detección de
caracterización tumoral, se utilizan secuencias que enfermedades infecciosas
contienen distintas mutaciones en protooncogenes
o en genes supresores de tumor, cuya presencia
Actualmente existen varias líneas de desarrollo de
en las células tumorales atribuye distintas
chips para diagnóstico molecular de enfermedades
características al tumor en cuestión.
infecciosas, como el SIDA o la hepatitis,
convergiendo todas ellas hacia la integración y
El Centro Nacional de Investigaciones Oncológicas facilidad de ensayo. Estos chips permiten el
Carlos III, (CNIO), ha sido el primer centro genotipado de las cepas infecciosas a partir de
español que fabrica y utiliza sus propios biochips muestras del paciente.
para su aplicación en cáncer. Los “oncochips” del
CNIO contienen un total de 6.514 genes,
Si las herramientas de amplificación de ADN han
seleccionados por su implicación en procesos
supuesto una primera revolución para el
tumorales a partir de los 35.000 genes
diagnóstico molecular de enfermedades
identificados por el Proyecto Genoma Humano.
infecciosas (kits de PCR), al permitir un análisis
Entre sus aplicaciones se encuentran la predicción
más rápido y fiable que los ensayos tradicionales
del desarrollo clínico de un tumor y de su posible
mediante anticuerpos (ensayos serológicos), los
respuesta a distintos fármacos, así como
chips de diagnóstico molecular de enfermedades
información fundamental para los investigadores
infecciosas, que están actualmente en fase de
que trabajan en el campo de la oncología básica.
desarrollo, supondrán una segunda revolución de
igual o mayor magnitud.
32
DESARROLLO DE CHIPS PARA APLICACIONES EN MICROBIOLOGÍA20
Virus Estatus en 2001 Soporte y sondas
• Disponible • Oligos en membrana de

comercialmente nitrocelulosa
Genotipado Virus de la
hepatitis C
• En desarrollo
• Oligos en array microelectrónico
industrial
• Disponible
• Oligos en membrana de nitrocelulosa
comercialmente
Resistencia al virus del VIH
• En desarrollo
• Síntesis in situ de oligos
industrial
Genotipado Virus de la • En desarrollo

hepatitis B académico
• En desarrollo
Genotipado Papilomavirus • Oligos en membrana de nitrocelulosa
académico
• En desarrollo
• Síntesis in situ de oligos
industrial
Resistencia de mycobacterias
a rifampicina
• Disponible
• Oligos en membrana de nylon
comercialmente
• En desarrollo
Identificación de mycobacterias • Oligos en membrana de nylon
académico
• En desarrollo
Detección de Brucella • Oligos en membrana de nitrocelulosa
académico
• En desarrollo
Detección de Listeria • Oligos en membrana de nitrocelulosa
académico
Identificación de especies de • En desarrollo

Campylobacter académico
• En desarrollo • Productos de PCR en membrana de

Identificación de Streptococcus
académico nylon

Identificación de Enterococcus
académico nylon
Genotipado de Helicobacter • Disponible

pylori comercialmente

Patogénesis de E. Coli
académico nylon
Tabla 15. Desarrollo de chips para aplicaciones en microbiología (elaboración propia).
20
Anthony, R.M.; Brown, J.T.; French, G.L. (2001). DNA array Technology and Diagnostic Microbiology. Expert. Rev. Mol.
Diag. 1(1). 30-38.
33
4. Aspectos de mercado:
aplicación de microarrays de ADN
y biochips en salud humana
Los microarrays de ADN o biochips que se comercializan actualmente se dividen en alta y baja densidad21,
teniendo ambos aplicaciones distintas de acuerdo al usuario final.
Compañías farmacéuticas Comunidad académica

y biotecnológicas e investigadores
Característica • Centran sus esfuerzos en acelerar • Necesidades mucho menores en

principal los niveles de producción. cuanto a resultados a gran escala.
• Problemas de automatización y
Debilidades • Medios económicos restringidos.
obtención de resultados a gran escala.
• Recursos humanos bien formados

Fortalezas • Altos presupuestos.
y con bajo coste.
• Caracterización de la acción
molecular de compuestos activos.
Arrays de media
• Verificación y validación de dianas • Identificación de genes de interés.
/alta densidad
terapéuticas. • Caracterización de mecanismos
• Farmacogenómica. patológicos.
• Análisis de la expresión génica.
Arrays de baja
• Diagnóstico molecular
densidad
Tabla 16. Usuarios de las Tecnologías de Microarrays (elaboración propia).
4.1. Arrays de alta densidad
La empresa líder en arrays de alta densidad es determinados fármacos, los chips p53 que se utilizan
hasta el momento Affymetrix, con un 60% del para la detección de mutaciones asociadas a una
mercado total de chips de ADN, y que tiene a los mayor predisposición a desarrollar procesos
investigadores entre sus principales clientes. Este cancerosos, y el chip citocromo P450 que es capaz
tipo de arrays permite una gran densidad de de identificar aquellos individuos que tengan más
integración y la realización de un importante número dificultades para metabolizar los fármacos de uso
de ensayos de manera simultánea. El GeneChip de común.
Affymetrix se usa de manera relativamente
frecuente en laboratorios de investigación, Las técnicas fotolitográficas utilizadas por
vendiéndose más de 100.000 unidades Affymetrix para la síntesis in situ de oligos,
anualmente22 a un precio que oscila entre los 50 € y permiten obtener hoy por hoy chips
2.280 € dependiendo del chip. Entre los principales comercializables con los tamaños de punto más
productos que se comercializan están los chips VIH pequeños (390.000 puntos/cm2 según fuentes de
que pueden detectar cepas resistentes a la propia compañía).
21
La densidad de un array hace referencia al número de puntos activos sobre una superficie en donde se depositan las
sondas o oligos de ADN.
22
Gottlieb, S. (2001). The Coming Biochip Boom: Gene Chips Go Clinical. Gilder Biotech Report, Oct., Vol. 1, nº 1.
34
DENSIDAD DE ARRAYS COMERCIALES 23
100.000
Affymetrix
10.000
Alta densidad
Nanogen
Motorola
Clontech
1.000
Agilent
Cepheid
100
CMS
Media densidad
Vysis
10
Baja densidad
Fig. 4. Comparación de las densidades de los arrays producidos por diferentes compañías en el año 2000.
4.2. Arrays de media

y baja densidad
Los arrays de media y baja densidad que se posicionen en sectores de mercado con
suelen utilizarse para trasladar a una escala mayor margen de negocio, como por ejemplo el
más práctica, los resultados obtenidos sector clínico. El punto fuerte de los chips de
(ej. secuencias de interés o mutaciones) Affymetrix, la alta densidad de integración, tiene
con arrays de alta densidad. Las características menor valor en estos sectores donde se busca
de precisión y velocidad de análisis fiabilidad, rapidez, simultaneidad y flexibilidad para
de los arrays de media y baja intensidad, permiten abordar los problemas concretos del cliente.
Proveedores de instrumental
GeneMachines, BioRobotics, Molecular Dynamics, Nanogen,
Packard Biosciences.
Proveedores de chips
Stratagene, Clontech, Tahara, MWR, Perkin elmer/NEN.
Proveedores de soluciones integradas

Genomic Solutions.
Cuadro 7. Proveedores de arrays de baja y media densidad (elaboración propia).
23
Nelson, T.R. (2000). Chip, Chip, Array! An Analysis of DNA Chip Technology. Equity Capital Markets, Dain Rauscher
Wessels. Dec. 7.
35
4.3. Mercados: Affymetrix 86
79
Según las estimaciones de la firma Frost &

Sullivan del año 200124, el valor del mercado de Microarrays
microarrays y biochips de ADN en el año 2000 fue Otros Biochips
de 531 millones de dólares, mientras que los Microfluídica
análisis financieros y pronósticos de mercado de

esta consultora señalan que la tasa de
crecimiento para los próximos años será del 65%
anual. Del total de este mercado, el 60%
corresponde a microarrays de alta densidad cuya
finalidad principal es la investigación encaminada 12
8 9
a la búsqueda de nuevos fármacos y la minería de 6
datos genómicos.
1999 2004
Fig. 5. Estimación de la cuota de mercado de Microarrays
y Biochips (Frost & Sullivan).
Productos Descripción Tendencias
• Microarrays de
GeneChips (síntesis in situ)
oligonucleótidos y • Fuerte crecimiento.
Gene Array escáners
escáner.
Arrays por deposición (spotted) • Microarrays

• Bajo crecimiento.
Arrayer Ping & Ring y Escáner láser confocal personalizados.
Tabla 17. Tendencias de implantación de microarrays en el Mercado. Adaptado de: Fronline Strategic Consulting, Functional
Genomics Report, A Strategic Market Analysis (2002).
Los expertos consultados para la realización de este (Association of Biomolecular Resource Facilities) en
informe, corroboran los datos y tendencias el 200125 son los de Affymetrix26. Esta compañía
expuestos en los informes de mercado realizados sigue una estrategia de implantación en el
por importantes consultoras, si bien un número mercado parecida a la que mantuvo Microsoft con
importante de ellos piensa que se han subestimado sus programas informáticos, manteniendo
las posibilidades que presentan los microarrays de acuerdos con diversas compañías que se dedican
baja densidad, sobre todo a la vista de los al mismo sector, con el fin de crear una plataforma
importantes desarrollos que se están produciendo en común y forzar al mercado a utilizar su modelo,
microfluídica, electrónica y microsistemas. Estos aunque este no sea tan flexible para el sector
desarrollos permitirían la integración de todas las clínico como otras plataformas. Para el mercado
operaciones necesarias para llevar a cabo ensayos y sanitario, un sector de grandes márgenes y alto
práctica clínica, de manera rápida y precisa valor añadido, la mejor plataforma sería aquella
(ej. Tecnología Lab-on-a-chip). que no solo fuese la más rápida y precisa, sino
también la que atrajera a la mayor colección de
Hasta la fecha, los microarrays de ADN más sondas de ADN con aplicaciones en diagnóstico
utilizados según la encuesta realizada por ABRF molecular, es decir, la más flexible.
24
Electronics Journal. January/February (2002): http://www.electronicsjournal.com/content/backissues/0201/0201frame.html
25
2000/2001 ABRF Microarray Research Group Study: A Current Profile of Microarray Laboratories. G. Grills, C.;
Griffin, A.; Massimi, K.; Lilley, K.; Knudtson, J. Van E.
26
Affymetrix no solo se centra en aplicaciones farmacéuticas, sino que además está interesado en trasladar su plataforma
a otros sectores, como el de los análisis de calidad de agua. Por este motivo tiene un acuerdo con Lyonnaise des Eaux,
una de las principales empresas que suministra agua a los países europeos, para el desarrollo de chips específicos que
incluyan bacterias, virus y parásitos más frecuentes.
36
TECNOLOGÍAS DE AFFYMETRIX27
Aplicación Producto Descripción
Arrays catalogados
• Arabidopsis Genome Array.

• Drosophila Genome Array. • El GeneChip® permite el análisis
• E. Coli Genome Array. cuantitativo y cualitativo de los niveles de
• Human Genome Focus Array. expresión génica de organismos biológicos
• Human Genome U133 Set. relevantes.
• Human Genome U95 Set.
• Murine Genome U74 Set. • Los chips son redundantes, el material
• Rat Genome U34 Set. inmovilizado consiste en oligos de
• Rat Neurobiology U34 Array. aproximadamente 25 nucleótidos, y sólo
• Rat Toxicology U34 Array. pueden ser analizados mediante
Análisis de la instrumentos de Affymetrix.
• Test3 Array.
expresión
• Yeast Genome S98 Array.
génica
Arrays personalizados
• Permite la posibilidad de usar GeneChips

• Custom Arrays. con los parámetros y secuencias que se
deseen.
• Permite el diseño del chip usando el

• CustomExpress™ Arrays.
catálogo de sondas disponibles.
• Made-to-Order Arrays. • Arrays no disponibles en catálogos.
• CYP450 Assay. • Genotipado (detección de SNPs), análisis

• HuSNP™ Mapping Assay p53 Assay. del gen p53, análisis de CYP450.
Arrays de
análisis de ADN
• GenFlex™ Tag Array. • Permite el diseño de arrays personalizados.
Instrumental
• Cartridge Carriers. • Cartucho.
• Fluidics Station 400. • Cámaras de hibridación.
• Hybridization Oven 640. • Horno de hibridación.

Componentes
adicionales
• Scanner System with Workstation. • Escáner.
• Contiene el set completo con la cámara,

• Complete GeneChip® Instrument
horno de hibridación, escáner y soporte
System.
informático.
• Data Mining Tool (DMT).

• Laboratory Information
Management System (LIMS).
• Microarray Suite Software. • Soporte informático para el análisis y
Software
organización de los datos.
• MicroDB™ Software.
• NetAffx™ Analysis Center.
• Software and Computer Packages.
Tabla 18. Catálogo de productos y tecnologías de Affymetrix (elaboración propia).
27
“Affymetrix”: http://www.affymetrix.com/products/index.affx
37
El uso de fragmentos de ADN como sondas genera genómica. Estas compañías son principalmente
un gran número de dudas acerca de la propiedad Motorola, Corning, Agilent Technologies (spin-off de
intelectual de las mismas. Según un estudio Hewlett-Packard), Incyte y Nanogen, que tienen en
conjunto28 publicado por la Oficina de Patentes común pertenecer al sector de los semiconductores,
Japonesa (JPO29), Europea (EPO30), y y que están extendiendo sus actividades al sector de
Estadounidense (USPTO31), un fragmento de ADN los biochips:
con una utilidad determinada, por ejemplo, una
sonda para el diagnóstico de una enfermedad Motorola35 está utilizando su experiencia en
específica, es potencialmente patentable siempre sensores y circuitos para producir biochips que
que cumpla los tres criterios fundamentales de una contengan microelectrodos conectados a
patente: novedad, invención y aplicación industrial. fragmentos de ADN. Esta plataforma consiste en
De esta forma, no basta con caracterizar un la fabricación de chips de baja densidad que
fragmento de ADN basándose en su homología con pueden canalizar 36 dianas de ADN o ARN
una proteína de función conocida, y suponiendo que simultáneamente. El sistema usa moléculas
la secuencia formará parte de un gen estructural. orgánicas que forman circuitos electrónicos,
Por tanto, el diseño de un kit de diagnóstico con proceso que se conoce como bioelectrónica, y que
múltiples sondas debe tener en cuenta la propiedad permite detectar la hibridación de las moléculas
intelectual de estas, y las licencias de uso necesarias de ADN. De esta manera, no es necesario el uso
para su comercialización. de fluorescencia y por tanto no precisan
escáneres. Esta compañía tiene acuerdos con
Dentro de este contexto, Affymetrix tiene un Packard Instrument Company y el Argonne
acuerdo con DeCode Genetics32 para tener National Laboratory para comercializar biochips.
acceso a la base de datos genómica que estos
últimos poseen y Agilent Technologies33 Todos los productos de Motorola Life Sciences están
también tiene un proyecto de colaboración con desarrollados a partir de una tecnología de la que es
Incyte Genomics34, por el cual esta compañía propietaria la empresa, denominada Codelink™ 3D
permite la disponibilidad de su base de datos de Gel Platform. Se basa en la utilización de matrices
genes patentada denominada Life-Seq. tridimensionales de poliacrilamida que permiten una
mayor superficie de contacto para la posterior
Por último remarcar que actualmente Affymetrix inmovilización de oligos.
está interesado en fabricar unos biochips con los
que se pueda analizar cómo responden los No obstante, las últimas informaciones
pacientes a distintos tratamientos frente a consultadas indican que Motorola ha vendido la
enfermedades como la depresión, asma, plataforma Codelink™ bioarray a la compañía
hipertensión, cáncer de mama, migrañas, Amersham plc36.
hipercolesterolemia y otros.
4.4. Mercados: empresas que bound target
compiten con Affymetrix oligonucleotide probe

linker
polyacrylamide matrix
Varias compañías de tamaños muy diversos se están
posicionando paulatinamente en el mercado de los
free target
microarrays y biochips haciendo competencia a
aqueous environment
Affymetrix por el liderazgo del sector de la
28
“Trilateral Project B3b. Comparative study on biotechnology patent practices. Patentability of DNA fragments”:
http://biotech.about.com/cs/patentdebate/
29
“Japan Patent Office”: http://www.jpo.go.jp/
30
“European Patent Office”: http://www.european-patent-office.org
31
“U.S. Patent and Trademark Office”: http://www.uspto.gov/
32
“DeCode Genetics”: http://www.decodegenetics.com
33
“Agilent Technologies”: http://www.agilent.com
34
“Incyte Genomics”: http://www.incyte.com/index.shtml
35
“Motorola Life Sciences”: http://www.motorola.com/lifesciences
36
http://www.motorola.com/lifesciences/news
38
Aplicación Producto Descripción
• Superficies de cristal cubiertos de

aminosilanos.
• UltraGAPS™ Coated Slides
• Capacidad de impresión de oligos de más
Soportes de 50 nucleótidos.
activados
• Cristal ultra fino que permite mayor

• GAPS ll Coated Slides
precisión en la lectura por escáner.
Cámaras de • Hybridization Chamber

• Cámaras de hibridación reutilizables.
hibridación • O-rings
Tabla 19. Catálogo de productos y tecnologías de Corning Life Sciences (Fuente: Corning Life Sciences).
Corning Inc.37 Una de las compañías más La aplicación actual del NanoChip™ se centra en
importantes en la industria de la fibra óptica, ha la detección de mutaciones y marcadores que por
formalizado una alianza a finales del año 2001 el momento tan solo está catalogado para uso en
con Genencor para crear una nueva plataforma investigación, relacionado con enfermedades
llamada Silicon Biotechnology, la cual pretende como el cáncer, la talasemia, patologías
desarrollar chips biológicos de detección óptica y coronarias y vasculares, hipertensión,
biochips. metabolismo y resistencia a fármacos.
Nanogen38, como ya ocurría con Motorola, Incyte Genomics40 es una compañía posicionada
también hace uso de la bioelectrónica, pero en en el sector de la bioinformática que desarrolla
este caso también a la hora de fabricar el biochip. para su uso comercial bases de datos genéticos y
La detección de la hibridación se realiza utilizando moleculares (LifeSeq® y LifeExpress™), así como
las propiedades eléctricas naturales del ADN, que software específico para manejar información
está cargado negativamente. Mediante la biológica (LifeTools™). Además de estos
aplicación de corriente eléctrica se consigue que productos la compañía comercializa clones y
las moléculas cargadas de ADN se muevan y productos de PCR listos para ser utilizados en
concentren en los lugares de análisis, controlando arrays de ADN. Incyte ofrece también un conjunto
así las muestras que queramos analizar. Esta es de chips de alta densidad denominados
una gran ventaja a tener en cuenta por los LifeArray™, con aplicaciones potenciales en
usuarios, quienes pueden usar el chip más de una análisis de la expresión génica y toxicidad de
vez e incluso cambiar las secuencias de las fármacos.
muestras.
Incyte lleva 5 años implicado en litigios con
Los estudios que han analizado la plataforma de Affymetrix, con relación a las patentes de
Nanogen y de Motolora 39
señalan que los microarrays, litigio que ha desembocado en un
NanoChips™ de Nanogen son más precisos que los acuerdo entre ambas compañías, a la vista de la
GeneChips de Affymetrix, ya que estos últimos nulidad de algunas reivindicaciones contenidas en
tienen un porcentaje de falsos negativos que no las patentes de Affymetrix.
serían aceptables en aplicaciones diagnósticas, donde
se requiere una precisión cercana al 100%. Además Hyseq Pharmaceuticals Inc.41 creó Callida
otra de las ventajas que presenta la plataforma de Genomics a finales del año pasado con el objetivo
Nanogen es el hecho de que sus biochips analizan de centrarse en la comercialización y desarrollo
directamente el ADN en lugar del ARN. de herramientas de secuenciación y análisis de
37
Corning Life Sciences: http://www.corning.com/lifesciences/Greater_Europe/en/
38
“Nanogen”: http://www.nanogen.com
39
40
“Incyte Genomics”: http://www.incyte.com/index.shtml
41
“Hyseq Pharmaceuticals Inc”: http://www.hyseq.com
39
ADN basadas en técnicas de secuenciación humanos, ratón, rata y Arabidopsis, realizados en
mediante hibridación (Sequencing by colaboración con Incyte Genomics, quien
Hybridization Technology, SBH). N-Mer Inc. es proporciona acceso a sus bases de datos
una compañía subsidiaria que se encarga de LifeSeq®. Asimismo, poseen arrayers con
desarrollar chips de secuenciación de alta tecnología ink-jet que permiten la producción de
precisión. Como consecuencia de varios litigios microarrays personalizados.
mantenidos con Affymetrix, N-Mer posee ahora un
acuerdo con esta compañía por el cual tiene Otros productos que comercializan son kits de
derecho a utilizar la plataforma Genechip de marcaje e hibridación, cámaras de hibridación, y
Affymetrix así como hacer uso de la tecnología de escáner propio. Agilent comercializa el software
secuenciación por hibridación de la cual es empleado para el análisis de las imágenes, en
propietaria Callida Genomics. cambio, el procesamiento e interpretación de los
datos corre a cargo del sistema de análisis de
Estos chips tienen la intención de ser universales Rosetta Inpharmatics. Otra empresa con la cual
ya que tienen la capacidad de secuenciar Agilent tiene acuerdos de colaboración es Caliper,
cualquier gen sin la necesidad de conocer la quien ha desarrollado el LabChip®.
secuencia o gen de referencia, lo que les confiere
además una ventaja competitiva al evitar los
problemas derivados de la propiedad industrial de
las sondas utilizadas (ver sección 4.3). Hyseq 4.5. Estrategias de desarrollo
comenzó con este proyecto en colaboración con e implantación
Perkin Elmer comercializando el chip bajo el
nombre de HyChip™, y ofreciendo servicios a Una de las maniobras utilizadas por la mayoría de
otras empresas farmacéuticas como Chiron para las compañías es la protección de sus productos
el descubrimiento y desarrollo de nuevos mediante patentes.
fármacos, además de aplicaciones en
farmacogenómica y análisis de polimorfismos. Para una empresa biotecnológica, la implantación
de una tecnología tan novedosa como los
Orchid Biosciences42, el líder actual de la microarrays, exige el diseño de una estrategia de
43
industria dedicada a la farmacogenómica , tiene posicionamiento en el mercado que sea
puesto su interés en este emergente sector, competitiva respecto a posibles competidores.
concretamente en plataformas de diagnóstico y Tanto las grandes como las pequeñas compañías
microarrays que permiten la obtención de datos a prefieren centrarse en la protección de un método
gran escala con aplicaciones en el descubrimiento específico de análisis o investigación, para luego
de fármacos. El uso de biochips en el proceso de desarrollar a su alrededor un entorno de patentes
cribado y validación de un fármaco puede reducir relacionadas con ese método en particular.
el coste de los 2 dólares actuales hasta los Ejemplos claros son, Nanogen, que posee varias
0,0001 dólares. patentes sobre el uso de biochips electrónicos,
Hyseq, cuyo objetivo es dominar el mercado de la
Agilent Technologies, spin-off of Hewlett- hibridación con oligonucleótidos, y Affymetrix,
Packard, es un ejemplo de empresa dedicada en quien ha dominado hasta el momento la idea
sus comienzos al sector de las comunicaciones y original de chip de ADN.
electrónica, y que actualmente ha diversificado
sus actividades al sector químico y biotecnológico. En sectores tan novedosos como el de los
Poseen un servicio de consulta personalizada en microarrays de ADN, una de las estrategias de
el diseño de sondas para su utilización en mercado más significativas consiste en ser el
microarrays, así como en la elaboración de primero en comercializar un producto,
protocolos. Entre sus productos se encuentran los proporcionando a los clientes de estas tecnologías
kits de cDNA para el análisis de la expresión una herramienta fiable. El objetivo es instalarse en
génica y búsqueda de dianas terapéuticas en el mercado con fuerza y dificultar la salida de otros
42
“Orchid Biosciences”: http://www.orchid.com
43
40
productos procedentes de competidores, ya que El segundo modelo vendría a describir las compañías
los usuarios suelen ser fieles a aquellos que han adoptado como estrategia la formalización
proveedores que conocen desde un comienzo. de acuerdos de licencias con centros o grupos de
Cuando un nicho de mercado ya está creado, y investigación que posean la tecnología que más les
una segunda compañía emerge con nuevos interese. De esta forma, pueden adquirir patentes
productos, es difícil provocar cambios en los sin necesidad de disponer de un departamento
hábitos de los consumidores que llevan al menos dedicado en exclusividad a I+D. Un claro ejemplo es
dos años utilizando un producto determinado. Affymetrix, quien en los últimos años se ha hecho
Esta transición es especialmente dificultosa con un portafolio de aproximadamente 70 patentes
cuando la tecnología de microarrays está dirigida
en tecnologías de arrays de ADN, además de tener
a la creación de bases de datos, proceso que
pendientes cientos de aplicaciones.
requiere del establecimiento de estándares que
exigen la utilización de herramientas comunes.
La alianzas son el tercer modelo y supone una
estrategia adicional que prácticamente todas las
compañías realizan, mediante la cual se pueden
4.6. Modelos de negocio acceder a fuentes de información o tecnologías bajo
acuerdos entre empresas o centros de investigación.
Según un estudio realizado el presente año por En este sentido, Incyte mantiene colaboraciones
FrontLine Consulting44, el mercado biotecnológico actualmente con Agilent Technologies, Inc.,
que explota la genómica funcional presenta cuatro Amersham Pharmacia Biotech o Corning Inc.
modelos de negocio. Estos cuatro modelos
propuestos pueden trasladarse a ejemplos El cuarto y último modelo son las fusiones y
concretos de empresas con base tecnológica, las
adquisiciones, más frecuentes a medida que el
cuales están incorporando las tecnologías de ADN
mercado se especializa y la competencia crece.
en sus planes de futuro.
Éstas se producen generalmente por una
compañía que busca la adquisición de
El primer modelo consistiría en aquellas empresas
conocimiento por parte de expertos, y
farmacéuticas convencionales que poseen un
simultáneamente ampliar su campo de
departamento de I+D dedicado a la investigación
actividades, mediante la compra de compañías de
y desarrollo de nuevos productos y procesos. Este
menor tamaño, las cuales tienen mayores
es el caso de Amersham Biosciences45, que se
posibilidades de subsistir formando parte de
formó de la unión de dos compañías procedentes
multinacionales. Rosetta Inpharmatics, Inc.46 fue
del sector sanitario, Amersham plc (anteriormente
adquirida por MSD47 a mediados del pasado año
Nycomed Amersham plc) y Pharmacia Corporation
2001, siendo la primera de ellas una de las
(anteriormente Pharmacia & UpJohn Inc.). No
empresas pioneras en el sector de la genómica y
obstante, este modelo no es tan obvio en el caso
de las tecnologías de microarrays, ya que éstas la búsqueda de nuevos fármacos, mientras que
suelen ser empresas con un pasado dedicado a Merck es una compañía farmacéutica líder en
tecnologías de la comunicación y con amplios salud humana. Incyte a su vez realizó unas
conocimientos en el sector de los campañas muy agresivas de adquisición de
semiconductores, como es el caso de Agilent compañías más pequeñas que en aquel momento
Technologies, Inc. Las empresas con tradición estaban destacando por lo avanzado de sus
farmacéutica se han ido adaptando al cambio que tecnologías. De esta forma, adquirió entre 1996 y
supone la entrada de estas tecnologías. 1998 Hexagen, Synteni y Genome Systems.
44
Fronline Strategic Consulting, Functional Genomics Report, A Strategic Market Analysis (2002).
45
Amersham Biosciences: http://www.apbiotech.com
46
“Rosetta Inpharmatics, Inc.”: http://www.rii.com
47
“Merck & Co., Inc.”: http://www.merck.com
41
4.7. Tendencias:
lab-on-a-chip
Los dispositivos “lab-on-a-chip”, también llamados Aclara BioSciences, Inc.50, comercializa un

Micro Total Análisis Systems (µTAS), permiten al sistema de detección microfluídica llamado
investigador miniaturizar e integrar los procesos “LabCard®” que permite la separación de una
más complejos de laboratorio, logrando la gran variedad de muestras, incluidas aquellas que
optimización de protocolos, reducción de los se basan en el marcaje con dianas moleculares
volúmenes de reacción, e integración de múltiples “eTag”, también propiedad de Aclara. Este sistema
ensayos en un único chip. hace posible el análisis múltiple de ácidos
nucleicos y de proteínas directamente desde la
Estas tecnologías fueron desarrolladas en un primer muestra de origen, ya sean lisados de células o
momento a partir de las tecnologías de suero. El dispositivo microfluídico recibe el
48
microsistemas . Los dispositivos microfluídicos son nombre de “Arteas”, que ha superado con éxito
generalmente chips de cristal o de plástico, y utilizan los problemas iniciales relativos a la evaporación
una combinación de fenómenos de presión, electro- de los fluidos.
ósmosis, electroforesis y otros mecanismos para
mover las muestras y los reactivos (con volúmenes Micronics Inc. y Micro Agri Systems están
del orden de picolitros o microlitros) a través de desarrollando chips celulares con sistemas
canales y capilares microscópicos. El diámetro de similares a los citómetros de flujo. Micronics,
estos microcanales es del orden de 10 a 100 Inc.51, posee un conjunto de productos que basan
micrometros, aunque algunos de ellos pueden llegar su tecnología en dispositivos integrados que
a tamaños tan pequeños como las pocas decenas de poseen microcanales por los cuales mezclas
manómetros. separadas de fluidos pueden desplazarse sin
mezclarse. Este transporte tiene lugar únicamente
El objetivo final será la integración de la por medio de movimientos de difusión de las
preparación de la muestra, la purificación, partículas a través de un gradiente de
almacenamiento, mezcla, detección y otras concentración. De esta forma, las moléculas más
funciones, en el interior del chip. El mercado de pequeñas se moverán con rapidez, mientras que
los Lab-on-a-chip se encuentra en estos las de mayor tamaño quedarán atrapadas en la
momentos en una fase más temprana que en el muestra.
caso de los microarrays y a corto plazo estos
dispositivos tenderán a situarse en un puesto Algunas compañías como Tecan52
dirigido por las aplicaciones más inmediatas. han desarrollado dispositivos microfluídicos
en discos compactos, plataforma que recibe
Hay pocos productos disponibles en el mercado que el nombre comercial de LabCD™,
realicen este tipo de procesos de separación y que fue desarrollada en un principio por Gamera
electroforética. Entre ellos se encuentran los Bioscience, actualmente parte integrante
Labchip® de ADN, ARN y proteínas de Caliper49, que de Tecan. Burstein Laboratories53 también
entre otras aplicaciones está diseñado para acelerar ha diseñado una plataforma parecida denominada
el proceso de descubrimiento de nuevos fármacos. BioCompact Disc (BCD™).
48
Micro-Systems Technology, MST.
49
“Caliper”: http://www.calipertech.com/products
50
“Aclara BioSciences, Inc.”: http://www.aclara.com
51
“Micronics, Inc.”: http://www.micronics.net
52
“Tecan”: http://www.tecan.com
53
“Burstein Laboratories”: http://bursteinlabs.com/tech.htm#prod
42
5. Casos prácticos
A continuación se presentan siete casos prácticos de implantación de la tecnología de microarrays
de ADN en España.
CASO PRÁCTICO 1
Nombre de la institución o empresa: Biotools B & M Labs, S.A. http://www.biotools.net
Actividad principal: Comercialización de Kits de diagnóstico molecular
Tecnología e Implantación
• Microfluídica y Bioelectrónica. • Factores considerados al elegir el uso de la tecnología de

• Nº de personas trabajando en laboratorio de Microarrays: 6. Biochips:
• Tipo de expertos pertenecientes al proyecto: – Mejora de procesos ya implantados.
1 Becario, 3 Doctores, 3 Técnicos, – Beneficio y rapidez.
1 Gestor de proyecto. – Flexibilidad del sistema.
• Áreas de experiencia de los expertos: Diagnóstico molecular, – Automatización.
Cáncer, Gestión y Marketing. • En un estudio previo se identificaron 3 tecnologías,
• Tiempo de uso de la tecnología de Microarrays desde la apostando por aquella de implantación a menor plazo y de
puesta en marcha: 1-2 años. desarrollo tecnológico más consolidado.
• Tiempo dedicado en la puesta en marcha de la tecnología • Sector de interés actual: cáncer y SIDA. Futuro:
Microarrays: 1-2 años. agroalimentación y medioambiente.
Aplicaciones
• Trabajan conjuntamente con tres grupos de investigación de • Fuente de origen de las sondas: cDNA, Plásmidos, Productos
EE.UU. (mayor flexibilidad que en España). de PCR, Clones.
• Proyectos en curso que hacen uso de la tecnología de • Operaciones internas:
Microarrays: – Aislamiento de ARN.
– Desarrollo de kits de diagnóstico y tipado de HPV. – Preparación de muestras (marcaje).
– Desarrollo de kits de diagnóstico de enfermedades – Preparación de sondas Hibridación.
parasitarias. • Factores determinantes en la realización de operaciones
internas:
– Desarrollo de kits de identificación de componentes
– Repetibilidad de resultados.
cárnicos en alimentos.
– Robustez de la técnica.
– Desarrollo de kits de identificación forense.
– Posibilidad de automatización de procesos.
– Desarrollo de kits de diagnóstico precoz de cánceres de • Dificultades encontradas:
vejiga y próstata. – Coste.
• En un año tendrán listo un producto preliminar: kit LOAC – Reproducibilidad.
de diagnóstico molecular para cáncer de próstata y vejiga. – Robustez.
• No pretende dar servicios, solo comercializar un producto. • Ventajas encontradas: posibilidad de automatización.
• Fuente de origen de las muestras: muestras humanas, • Interés en Lab-on-a-Chip integrados de RNA, DNA y
alimentos crudos y preparados. proteínas (LOAC mixtos).
Resultados
• Affymetrix no ofrece robustez, reproducibilidad, y flexibilidad, características esenciales para ellos.

• No pretenden ser distribuidores de empresas grandes. Quieren acuerdos de colaboración (patentes).
• Los microarrays presentan dificultades debidas a la fijación de las sondas y no dan resultados tan fiables como los LOAC (Lab-on-a-Chip).
• Principal limitación: preparación de las muestras (en un futuro será sangre).
• Grado de satisfacción de las tecnologías de Microarrays:
– Satisfecho: Preparación de muestras (marcaje).
– Preparación de sondas, Hibridación, Documentación, Soporte técnico.
– Poco Satisfecho: Calidad del array, Calidad de los datos obtenidos, Software.
– Nada Satisfecho: Escaneado.
• Perspectivas futuras del uso de microarrays:
– Alto interés: Lab-on-a-chip.
– Medio interés: Arrays de cDNA, Arrays de proteínas, otros métodos de detección.
– Poco interés: Arrays de tejidos.
– Escaso interés: GeneChip Affymetrix, “Non-Affy” Chips, Otros soportes, Otras técnicas de inmovilización.
43
CASO PRÁCTICO 2
Nombre de la institución o empresa: Centro de Astrobiología (CSIC-INTA) http://www.cab.inta.es
Actividad principal: Investigación básica y aplicada en astrobiología
• Tipo de Tecnología de fabricación de Microarrays adquirida: Microspotting (Genetic MicroSystems,

Affymetrix y BioRobotics).
• Tiempo de uso o de implantación de la tecnología de Microarrays: 2-3 años.
• Nº de personas trabajando en laboratorio de Microarrays: 4.
• Tipo de expertos pertenecientes al proyecto: 2 Doctores, 2 Técnicos.
• Áreas de experiencia de los expertos: marcaje, inmovilización y soportes, impresión del array,
diagnóstico molecular, microbiología.
• Tiempo dedicado en la puesta en marcha de la tecnología Microarrays estimado y real: 6-12 meses.
• Factores considerados al elegir el uso de la tecnología de Microarrays:
– Principalmente interés por entrar en la tecnología de microarrrays.
– Flexibilidad del sistema.
– Automatización.
– Beneficio y rapidez.
Aplicaciones
• Proyectos en curso que hacen uso de la • Dificultades encontradas:

tecnología de Microarrays: – Escaso asesoramiento técnico por parte de las
– Detección de polimorfismos de nucleótidos empresas proveedoras de los robots de
(SNPs).
microspotting.
– Estudio de expresión diferencial de genes en
bacterias. – Precios elevados del material fungible.
– Microarrays de proteínas. • Ventajas encontradas:
• Operaciones internas:
– Elevada sensibilidad de la técnica.
– Aislamiento de ARN.
– Preparación de muestras (marcaje). – Versatilidad para realizar estudios sobre DNA
– Preparación de sondas. o proteínas.
– Hibridación. – Procesamiento paralelo de muchas muestras.
– Construcción de librerías.
– Escaneado. • Fuente de origen de las muestras: bacterias
– Análisis de datos de imagen. extremófilas, virus.
• Factores determinantes en la realización de
operaciones internas: todas estas operaciones • Fuente de origen del material biológico
forman parte de la investigación que nos inmovilizado en el chip: productos de PCR,
proponemos. clones, oligos, anticuerpos, proteínas.
Resultados

– Muy satisfecho: escaneado, calidad de los datos obtenidos.
– Satisfecho: documentación, calidad del array, preparación de sondas, hibridación, preparación de
muestras (marcaje).
– Poco Satisfecho: soporte técnico, software.
– Alto interés: “Non-Affy” Chips, Arrays de cDNA, Arrays de proteínas, Lab-on-a-chip, otras técnicas
de inmovilización, otros métodos de detección, microarrays mixtos (ADN, proteínas).
– Medio interés: otros soportes, otras tecnologías de fabricación.
– Escaso interés: arrays de tejidos, GeneChip Affymetrix.
• La bioelectrónica y nuevos métodos de detección sin marcaje son en su opinión el futuro de la
tecnología de microarrays.
• Consideran difícil implantar los biochips en los laboratorios con pocos recursos económicos.
• Empresa spin off para la producción y comercialización de microarrays de ADN, para el análisis
genético de virus y otros microorganismos patógenos de interés sanitario.
44
CASO PRÁCTICO 3
Nombre de la institución o empresa: PharmaGen, S.A. http://www.pharmagen.es
Actividad principal: Desarrollo y Comercialización de Kits de Diagnóstico Molecular
• Tipo de Tecnología de fabricación de Microarrays • Áreas de experiencia de los expertos:

adquirida: Microspotting (BioRobotics). – Marcaje.
– Inmovilización y soportes.
• Tiempo de uso o de implantación de la – Impresión del array.
tecnología de Microarrays: 6-12 meses. – Diagnóstico molecular.
– Cáncer.
• Nº de personas trabajando en laboratorio de
• Factores considerados al elegir el uso de la
Microarrays: 4.
tecnología de Microarrays:
• Tipo de expertos pertenecientes al proyecto: 3 – Interés por entrar en la tecnología de
Doctores, 1 Técnico. microarrrays.
– Mejora de procesos ya implantados.
• Tiempo dedicado en la puesta en marcha de la – Beneficio y rapidez.
tecnología Microarrays: 6-12 meses. – Flexibilidad del sistema.
Aplicaciones
• Proyectos en curso que hacen uso de la tecnología de Microarrays:

– Mecanismo acción fármacos antitumorales.
– Cáncer.
– Aislamiento de ARN y Preparación de muestras (marcaje).
– Preparación de sondas.
– Hibridación.
– Escaneado y Análisis de datos de imagen.
• Factores determinantes en la realización de operaciones internas: operatividad y desarrollo de know-how:
– Dificultades encontradas: estandarización de condiciones análisis.
– Ventajas encontradas: desarrollo de protocolos estandarizados que reducen la variabilidad en los
resultados.
• Operaciones externas: construcción de librerías.
• Factores determinantes en la subcontratación de servicios externos: tiempo y coste:
– Dificultades encontradas: información muy pobre sobre las librerías de sondas.
– Ventajas encontradas: ahorro de tiempo.
• Fuente de origen de las muestras: muestras humanas.
• Fuente de origen del material biológico inmovilizado en el chip: productos de PCR, clones, cDNA, plásmidos.
Resultados
• Los mayores problemas surgen de la información y servicio técnico de algunos proveedores. El

software de lectura, cuantificación y análisis de datos es manifiestamente mejorable para usuarios no
especializados y requiere la utilización de expertos bioinformáticos.
• El análisis de resultados post-hibridación que es la etapa más importante, para la que se dispone de
pocas herramientas y de alto coste, y requiere fuertes inversiones en equipo, software y tiempo de
análisis de expertos.
– Muy satisfecho: Hibridación, Calidad del array.
– Satisfecho: Preparación de muestras (marcaje), Preparación de sondas, Escaneado, Calidad de los
datos obtenidos.
– Poco satisfecho: Documentación, Soporte técnico, Software.
• Perspectivas futuras del uso de Microarrays:
– Alto interés: Arrays de cDNA, Otras técnicas de inmovilización.
– Medio interés: Arrays de proteínas, Lab-on-a-chip, otros soportes, otros métodos de detección.
– Poco interés: Arrays de tejidos, GeneChip Affymetrix, Non-Affy Chips.
45
CASO PRÁCTICO 4
Nombre de la institución o empresa: Instituto de Investigaciones Biomédicas, CSIC-UAM
Actividad principal: Investigación en Endocrinología Experimental/Oncología/Metabolismo
Dirección WEB: http://www.iib.uam.es
• Tipo de tecnología de fabricación de Microarrays • Tiempo dedicado en la puesta en marcha de la

adquirida: Microspotting. tecnología Microarrays:
• Tiempo de uso o de implantación de la – Estimado, 1-2 años.
tecnología de Microarrays: 6-12 meses. – Real: 2-3 años.
• Nº de personas trabajando en laboratorio de • Factores considerados al elegir el uso de la
Microarrays: 5. tecnología de Microarrays:
– Interés por entrar en la tecnología de
• Tipo de expertos pertenecientes al proyecto: 2
microarrrays.
Doctores, 3 Becarios.
– Beneficio y rapidez.
• Áreas de experiencia de los expertos: marcaje, – Flexibilidad del sistema.
inmovilización y soportes, impresión del array, – Relación beneficio/coste.
expresión génica. – Automatización.
Aplicaciones

– Expresión de genes de cerebro fetal bajo control de hormona tiroidea.
– Regulación de la expresión génica en cerebelo.
– Preparación de muestras (marcaje).
– Hibridación.
– Análisis de datos de imagen.
• Operaciones externas:
– Fabricación del array.
– Escaneado.
• Factores determinantes en la realización de operaciones internas: experiencia previa y versatilidad:
– Dificultades encontradas: coste de las colecciones de cDNA.
– Ventajas encontradas: realizar todos los procesos en el mismo ámbito.
• Factores determinantes en la subcontratación de servicios externos: falta de equipo adecuado:
– Dificultades encontradas: incomodidad de realizar las lecturas fuera del Instituto, desplazamientos,
reserva de tiempo en los equipos.
– Ventajas encontradas: ninguna.
• Fuente de origen de las muestras: ratón, rata.
• Fuente de origen del material biológico inmovilizado en el chip: productos de PCR, cDNA.
Resultados
• Algunos experimentos se han realizado usando chips de Affimetrix por empresa subcontratada
(Medplant Genetics).
• Las principales dificultades son poca experiencia y la falta de escáner, un factor muy limitante en los
experimentos.
– Satisfecho: preparación de muestras (marcaje), preparación de sondas, hibridación.
– Poco Satisfecho: escaneado, calidad del array.
– Nada satisfecho: calidad de los datos obtenidos.
– Alto interés: GeneChip Affymetrix, Arrays de cDNA.
46
CASO PRÁCTICO 5
Nombre de la institución o empresa: Medplant Genetics, SL http://www.medplantgenetics.com
Actividad principal: Identificación y validación de genes y proteínas como marcadores
para diagnóstico y dianas terapéuticas. Farmacogenómica.
• Tipo de Tecnología de fabricación de Microarrays • Áreas de experiencia de los expertos:

adquirida: – Marcaje.
– Microspotting (Microrobotics): servicio de – Impresión del array.
diseño y fabricación de chips. – Diagnóstico molecular.
– Fotolitografía (Affymetrix): proveedor de – Cáncer.
GeneChips. – Toxicología.
• Tiempo de uso o de implantación de la • Factores considerados al elegir el uso de la
tecnología de Microarrays: 2-3 años. tecnología de Microarrays:
• Nº de personas trabajando en laboratorio de – Interés por entrar en la tecnología de
Microarrays: > 6. microarrrays.
• Tiempo dedicado en la puesta en marcha de la – Mejora de procesos ya implantados.
tecnología Microarrays: 6-12 meses. – Recomendación de expertos.
• Tipo de expertos pertenecientes al proyecto: – Beneficio y rapidez.
8 Doctores, 1 Técnico, 7 Licenciados – Relación beneficio/coste.
contratados. – Automatización.
Aplicaciones

– Identificación y validación de genes asociados a cáncer y enfermedades neurológicas.
– Proyectos contratados por empresas farmacéuticas.
– Estudios de expresión génica contratados por laboratorios públicos de investigación.
– Aislamiento de ARN y Preparación de muestras (marcaje).
– Hibridación.
– Escaneado y Análisis de datos de imagen.
– Procesamiento ontológico.
• Factores determinantes en la realización de operaciones internas:
– Optimización de sensibilidad.
– Especificidad.
– Reproducibilidad.
• Dificultades encontradas: los arrays de cDNA rinden resultados no reproducibles.
• Ventajas encontradas: es mucho más fácil lograr la necesaria estandarización de procesos para la
consecución de resultados reproducibles y comparables, utilizando los microarrays de Affymetrix o de
oligonucleótidos imprimidos.
• Fuente de origen de las muestras: humano, ratón, rata, levadura, E. Coli, arabidopsis.
• Fuente de origen del material biológico inmovilizado en el chip: oligos.
Resultados

– Muy satisfecho: Calidad del array, Calidad de los datos obtenidos.
– Satisfecho: Preparación de muestras (marcaje), Preparación de sondas, Hibridación, Escaneado,
Documentación, Soporte técnico.
– Poco Satisfecho: Software.
– Alto interés: GeneChip Affymetrix, Arrays Medplant de oligos.
– Medio interés: arrays de proteínas.
47
CASO PRÁCTICO 6
Nombre de la institución o empresa: Instituto de Salud “Carlos III” http://biotic.isciii.es
Actividad principal: Investigación y desarrollo de nuevas tecnologías para el tratamiento
de la información genética y su aplicación en la investigación biomédica y la práctica clínica.
• Tipo de Tecnología de fabricación de Microarrays

adquirida: Microspotting.
• Tiempo dedicado en la puesta en marcha de la
• Tiempo de uso o de implantación de la tecnología Microarrays: 6-12 meses.
tecnología de Microarrays: 2-3 años.
• Nº de personas trabajando en laboratorio de • Factores considerados al elegir el uso de la
Microarrays: 3. tecnología de Microarrays:
• Tipo de expertos pertenecientes al proyecto: – Interés por entrar en la tecnología de
2 Doctores, 1 Licenciado. microarrrays.
• Áreas de experiencia de los expertos: – Mejora de procesos ya implantados
– Marcaje. – Beneficio y rapidez.
– Impresión del array.
– Flexibilidad del sistema.
– Inmovilización y soportes.
– Bioinformática.
Aplicaciones

– Detección de microorganismos patógenos basados en sus secuencias genéticas.
– Identificación de virus empleando proteínas.
– Preparación de muestras (marcaje).
– Hibridación.
– Escaneado.
– Calidad de los reactivos.
– Instrumentación adecuada.
– Formación del personal.
• Dificultades encontradas: ajuste de protocolos.
• Ventajas encontradas: independencia de otros servicios, mejora en la transmisión y análisis de
resultados.
• Servicios externos: aislamiento de ARN.
• Fuente de origen de las muestras: diversos microorganismos patógenos en humanos.
• Fuente de origen del material biológico inmovilizado en el chip: oligos, anticuerpos, proteínas.
Resultados

– Satisfecho: Preparación de muestras (marcaje), Preparación de sondas, Hibridación, Escaneado,
Calidad del array, Calidad de los datos obtenidos, Documentación, Soporte técnico, Software.
– Observación: Mejorar la adquisición de datos y fiabilidad de los escáneres.
– Alto interés: Arrays de proteínas, Otros métodos de detección, Arrays de SNPs.
– Medio interés: Lab-on-a-chip.
– Bajo interés: Arrays de tejidos.
– Escaso interés: Arrays de cDNA.
48
CASO PRÁCTICO 7
Nombre de la institución o empresa: Centro Nacional de Investigaciones Oncológicas http://www.cnio.es
Actividad principal: Investigación y desarrollo en oncología.
• Tipo de Tecnología de fabricación de Microarrays • Áreas de experiencia:

adquirida: Microspotting (Biorobotics).
– Marcaje.
• Tiempo de uso o de implantación de la
– Impresión del array.
tecnología de Microarrays: 1-2 años.
– Cáncer.
• Nº de personas trabajando en laboratorio de
Microarrays: > 6. • Factores considerados al elegir el uso de la
tecnología de Microarrays:
• Tipo de expertos pertenecientes al proyecto:
6 Doctores, 4 técnicos. – Interés por entrar en la tecnología de
microarrays.
• Tiempo dedicado en la puesta en marcha de la
tecnología Microarrays: 6-12 meses. – Beneficio y rapidez.
Aplicaciones

– Linfomas B de célula pequeña: análisis de expresión con microarrays de cDNA.
– Linfomas B de célula grande: análisis de expresión con microarrays de cDNA.
– Cáncer de mama hereditario no asociado a mutaciones en los genes BRCAS. Desarrollo de un
biochip de expresión de cDNAs.
– Caracterización de genes candidatos localizados en regiones cromosómicas definidas por LOH y CGH
en linfomas no Hodgkin.
– Estudio mediante arrays de cDNA de los genes implicados en la sensibilidad y resistencia a paclitaxel
en cáncer de mama y ovario.
– Preparación de muestras (marcaje) y sondas.
– Hibridación y Escaneado.
– Conocimiento y control de todos los procesos.
– Flexibilidad, fundamentalmente en el tratamiento de datos.
• Dificultades encontradas: las colecciones de DNA comerciales son de fiabilidad variable y dudosa, y el
proceso de amplificación y conservación de estos clones ha de ser muy riguroso; es de extrema
importancia tener todos los procesos bajo control para asegurarse que los resultando obtenidos
corresponden a diferencias en la biología de las muestras que se están comparando, y no a diferencias
introducidas por la técnica; tecnología cara.
• Ventajas encontradas: sistema de screening a gran escala con un gran potencial.
• Fuente de origen de las muestras: humano, ratón, rata.
• Fuente de origen del material biológico inmovilizado en el chip: oligos (en prueba), cDNA, Plásmidos,
Productos de PCR, Clones.
Resultados

– Satisfecho: preparación de muestras (marcaje), preparación de sondas, hibridación, escaneado,
calidad del array, calidad de los datos obtenidos, documentación, soporte técnico, software.
– Observación: la calidad de los resultados obtenidos es alta. No obstante, es una técnica con muchas
posibilidades y en la que caben importantes mejoras.
– Alto interés: arrays de cDNA, Arrays de tejidos, Lab-on-a-chip.
– Medio interés: Non-Affy Chips.
– Bajo interés: arrays de proteínas, otras técnicas de inmovilización y o tros métodos de detección.
49
6. Conclusiones
Una tendencia acusada que se ha observado, Los resultados procedentes de arrays de alta
tanto por parte de la mayoría de los expertos que densidad utilizados en el análisis de la expresión
han participado, como en la documentación génica son de gran valor, pero es necesario
analizada en la elaboración de este informe, es la conseguir una mejor normalización de los
pérdida de interés que se muestra por los resultados y una mayor estandarización de los
dispositivos de alta densidad de oligos, en protocolos de ensayo. Por ejemplo, parece
particular los GeneChips de Affymetrix. Estos necesario desarrollar protocolos comunes que
microarrays suponen un desembolso demasiado permitan comparar adecuadamente los resultados
elevado para muchos centros de investigación y obtenidos por distintas plataformas tecnológicas
empresas, que optan por otras alternativas: bien (Ej. Oligos vs. cDNAs), bajo unas mismas
por arrays de alta densidad de cDNAs, dado que condiciones de ensayo. Este problema afecta
las técnicas de fabricación no fotolitográficas especialmente al ámbito clínico, donde los
permiten hoy en día conseguir densidades de problemas de reproducibilidad en los resultados
integración y costes muy atractivos; o bien por obtenidos están ralentizando el desarrollo de
arrays de baja o media densidad, que cubren las aplicaciones clínicas reales: diagnóstico y
necesidades experimentales y las expectativas en prognosis de enfermedades, farmacogenómica...
cuanto a fiabilidad y precisión.
Quizás sea ésta otra de las razones que está
La tendencia mostrada en el párrafo anterior llevando a los grupos de investigación, y a las
contrasta con la aceptación internacional de las empresas españolas, hacia arrays de media y
tecnologías comercializadas por Affymetrix, que baja intensidad, donde se reducen las variables
constituyen una herramienta básica de los que intervienen en el ensayo y, por lo tanto, es
proyectos de genómica que se llevan a cabo en el más fácil estandarizar los protocolos y conseguir
norte de Europa y al otro lado del Atlántico. Las una mayor fiabilidad en los resultados. Además,
razones para esta tendencia española podrían ser no cabe duda de que una mayor implicación de
las siguientes: investigadores clínicos (hospitales) en el
desarrollo de estos protocolos, aportando
muestras, condiciones reales de ensayo y
– La vocación, de muchos de los expertos
adquiriendo experiencia en su manejo y
entrevistados, por el desarrollo de kits de
capacidades, es fundamental para la integración
diagnóstico molecular, donde los arrays de alta
de esta nueva tecnología, en la práctica
densidad y de síntesis in situ (Affymetrix) son
hospitalaria.
menos apreciados.
– El alto coste de adquisición y operación de la Además, hay que tener en cuenta que, en función
plataforma tecnológica de Affymetrix, que la del objetivo perseguido con la utilización de
hacen tan solo disponible a un grupo muy microarrays o biochips de ADN, ya sea el análisis
reducido de centros y empresas de de la expresión génica, la caracterización de
investigación y, por lo tanto, de investigadores. perfiles genéticos, la farmacogenómica, el
diagnóstico molecular o su inclusión en proyectos
– La escasa disposición de estas herramientas en de drug discovery, se necesita integrar la
régimen de servicio, tanto por universidades, información procedente de estos ensayos con
centros de I+D y empresas, como ocurre en datos originados por otros métodos de genómica
otros países de nuestro entorno, abaratando los estructural, genómica funcional o de proteómica.
costes de explotación y experimentación. En general, el análisis de los perfiles de
transcripción, aunque muy importante, no es
Además, una mayor participación de grupos de suficiente para explicar los cambios funcionales
investigación españoles en proyectos observados en la célula. Además, los niveles de
internacionales de genómica funcional y expresión de ARN detectados en el array deben
estructural, donde los microarrays de Affymetrix con frecuencia confirmarse con técnicas
juegan un papel principal, contribuiría a un mayor tradicionales complementarias, lo que supone una
conocimiento y utilización de estas tecnologías. labor adicional.
50
Actualmente existen en España grupos de Además, La utilización de sondas formadas por

investigación y empresas que bien fabrican oligos sintéticos modificados de ADN (Por
arrays, fabrican y ensayan con arrays, o ejemplo, PNAs) es otra de las últimas tendencias
sencillamente ensayan con arrays, de manera que proporcionan una mayor señal de
directa o indirecta, a través de terceros. Todos especificidad en la hibridación.
ellos parecen tener un problema común: la
bioinformática. Mientras que la microfluídica es la tecnología que
ha permitido el desarrollo de los Lab-on-a-Chip, la
La bioinformática, necesaria para almacenar y microelectrónica y bioelectrónica han sido las
procesar la información que se deriva de la responsables de la elaboración de nuevos
hibridación del microarray, constituye actualmente dispositivos que permiten un control total de los
uno de los principales cuellos de botella para el procesos de diseño del chip, hibridación y
desarrollo de estos experimentos. Los resultados detección. Precisamente la integración de
obtenidos con microarrays y biochips de ADN se disciplinas científicas distintas, es decir, la
deben procesar y correlacionar utilizando datos interdisciplinaridad de la investigación en áreas de
almacenados de diversa manera en diversos biología, física e informática, son los principales
bancos de datos, y la ausencia de estandarización motores en el desarrollo de las tecnologías de
hace muy difícil la aplicación de programas microarrays y biochips de ADN, situación ésta que
informáticos universales. Además, el software de sería deseable se produjera en España.
procesamiento de los datos experimentales se
diseña expresamente para cada tipo de array y La posibilidad de combinar la inmovilización de
las empresas lo comercializan junto con su proteínas, ADN, e incluso ARN, en dispositivos
producto. Esto supone una desventaja a la hora “mixtos”, es una de las opciones que barajan
de combinar diferentes metodologías y tanto empresas como centros de investigación.
estandarizar los resultados de la comunidad Esto permitiría ensayos simultáneos en aquellos
científica, lo que supone una de las principales casos en que la información proporcionada por la
quejas de este colectivo. La necesidad de utilizar hibridación de ADN no fuera suficiente. Existen
procedimientos bioinformáticos, que requieren todavía muchos problemas respecto a la
una alta dedicación de personal específicamente optimización de las condiciones físico-químicas de
cualificado, hace recomendable la formación y proteínas y ácidos nucleicos, y en al caso de ARN,
ubicación de personal bioinformático en cada en cuanto a la estabilidad química del mismo.
grupo de investigación o empresa, que planee
usar microarrays y biochips de ADN de forma La mayoría de los laboratorios y empresas
rutinaria. En este contexto, Genoma España está usuarias de la tecnología de microarrays ha
estudiando la puesta en marcha de un Centro optado por no subcontratar parte de sus
Virtual de Bioinformática, con objeto de prestar actividades, en el desarrollo de sus
servicio a los proyectos de esta área, así como investigaciones. Tan sólo el acceso a librerías y
para desarrollar aplicaciones propias. sondas de ADN se constituyen como operaciones
externas, generalmente por razones de propiedad
Otra importante observación es el interés intelectual. El tiempo empleado en la preparación
creciente por dispositivos de detección portátiles de personal para la práctica de las diferentes
(Lab-on-a-Chip o LOAC), que pueden utilizarse técnicas ha compensado hasta el momento, tanto
potencialmente para la mayoría de las a grupos de investigación como a las empresas,
aplicaciones de un microarray, aunque podrían ya que prefieren tener el control de cada uno de
ser más adecuados cuando la detección portátil los procesos con el fin de mejorar su know-how.
y/o la rapidez sean una prioridad. En este Actualmente, el número de pequeñas empresas
contexto, las nuevas técnicas de detección no dedicadas al subsector del mercado de los
basadas en el marcaje de las muestras, y que no microarrays está proliferando, así como grandes
necesiten pasos previos de amplificación del ADN empresas que comienzan a ofrecer servicios
diana (presente en la muestra), permitirán en un externos especializados, como valor añadido
futuro desarrollar dispositivos portátiles, rápidos, debido a la experiencia que han ido adquiriendo
sensibles y fiables para el diagnóstico molecular. durante estos últimos años.
51
ANEXO I
Breve glosario de términos en genómica
• Farmacogenómica: estudio del impacto que • Farmacoproteómica: estudio de la

presentan las variaciones genéticas en la subclasificación de pacientes en base al análisis
eficacia y toxicidad de los fármacos. También se de las proteínas que expresan. Esta forma de
define como el estudio de cómo el componente tipificación de los pacientes es mucho más
genético de un paciente determina la respuesta funcional que la que proporciona la
frente a una terapia determinada. Esta farmacogenómica, fundamentada en el
disciplina pretende predecir esta respuesta por genotipado del individuo, que no incluye
medio de información genética y genómica, efectos añadidos como las modificaciones
haciendo posible una monitorización de los post-traduccionales.
ensayos clínicos y del proceso de desarrollo de
nuevos compuestos farmacéuticos. La • Farmacoterapia: tratamiento de pacientes
farmacogenómica será aplicada en el fututo con basado en al análisis genético como medio de
el fin de eliminar el procedimiento de prueba- diagnóstico y clasificación de patologías,
error que normalmente se usa en los ensayos objetivo final de la farmacogenómica.
clínicos con pacientes a la hora de buscar
aquellos fármacos que mejor se adapten a sus
• La farmacocinética puede definirse como el
necesidades y posean menores efectos
enfoque cuantitativo del comportamiento de los
secundarios. La selección y exclusión de
fármacos en el organismo, abarcando los
pacientes proporcionará por tanto un criterio de
mecanismos por los cuales este último influye
diferenciación muy útil en el desarrollo de
en la concentración de éstos, sea
terapias individualizadas.
introduciéndolos y distribuyéndolos por el
sistema (absorción y distribución),
La farmacogenómica utiliza varias herramientas modificándolos (metabolismo,
que proporciona la genética molecular: biotransformación) o desechándolos (excreción).
Subtractive cloning, Differential display, La farmacodinámica, en contraste, incluye el
Expressed sequence tag (ETS) sequencing, estudio de los efectos bioquímicos y fisiológicos
Serial analysis of gene expression (SAGE), y la de las drogas, así como el de sus mecanismos
Hibridación con microarrays de cDNA, que de acción. Puede entenderse, entonces, que la
supone una gran ventaja frente a las anteriores primera rama incluye lo que “el organismo le
en cuanto a su rapidez y alto rendimiento. hace a la droga” y la segunda, “el efecto que el
fármaco tiene sobre el organismo”.
• El término farmacogenética suele
intercambiarse a menudo con el Polimorfismos en enzimas responsables del
farmacogenómica, aunque el primero en metabolismo de fármacos conllevarán por tanto
realidad es un término más concreto que diferentes efectos farmacocinéticos, mientras que
consiste en el estudio de la respuesta a un polimorfismos en receptores y otros efectores de
determinado fármaco como consecuencia de la estos fármacos provocarán diversos efectos
herencia genética del paciente. farmacodinámicos en los pacientes. Estas
diferencias son el principio de la necesidad de
• Genómica funcional: estudio de las relaciones enfocar la medicina desde el punto de vista de la
existentes entre genotipos particulares y farmacogenómica, en la cual la terapia se adapta
fenotipos específicos. al paciente y no a la enfermedad.
53
ANEXO II
Índice de Tablas, Cuadros y Figuras
Nota: Las Tablas, Cuadros y Figuras que no indican fuente de información son de elaboración propia.
TABLAS • Tabla 16. Usuarios de las Tecnologías de

Microarrays.
• Tabla 1. Criterios de clasificación en Biochips • Tabla 17. Tendencias de implantación de
(adaptado de: Información sobre microarrays en el Mercado. Adaptado
biochips del ISCIII, de Fronline Strategic Consulting,
http://infobiochip.isciii.es). Functional Genomics Report, A
• Tabla 2. Métodos de marcaje de ADN en Strategic Market Analysis (2002).
microarray para detección directas. • Tabla 18. Catálogo de productos y tecnologías
• Tabla 3. Métodos de marcaje de ADN en de Affymetrix.
microarrays para detección indirecta. • Tabla 19. Catálogo de productos y tecnologías
• Tabla 4. Tipos de soportes utilizados en de Corning Life Sciences (Fuente:
microarrays y biochips de ADN. Corning Life Sciences).
• Tabla 5. Ventajas y desventajas de soportes CUADROS

utilizados en microarrays y biochips • Cuadro 1. Definición de microarray o biochip.
de ADN.
• Cuadro 2. Últimas tendencias en detección de la
• Tabla 6. Inmovilización de ADN. hibridación de ADN en Biochips.
• Tabla 7. Métodos para la fabricación de • Cuadro 3. Terminología de empresas que
microrrays y biochips. fabrican chips.
• Tabla 8. Relación de las Empresas más • Cuadro 4. Aplicaciones derivadas del análisis de
relevantes dedicadas a la la expresión génica.
comercialización de Arrayers.
• Cuadro 5. Etapas en el descubrimiento de nuevos
• Tabla 9. Relación de alguna de las Empresas fármacos.
más relevantes dedicadas a la
• Cuadro 6. Objetivos de la utilización de
comercialización de Escáneres con
microarrays de ADN en el proceso de
aplicación en microarrays.
descubrimiento y desarrollo de
• Tabla 10. Relación de alguna de las Empresas nuevos fármacos.
más relevantes dedicadas a la
• Cuadro 7. Proveedores de arrays de baja y
comercialización de Software con
media densidad.
aplicación en microarrays
(Fuente: Dr. José María Carazo). FIGURAS
• Tabla 11. Relación de alguna de las Empresas • Fig.1. Operaciones y tecnologías necesarias
más relevantes dedicadas a la para la elaboración de microarrays y
comercialización sondas con aplicación biochips de ADN.
en microarrays.
• Fig.2. Proceso de fabricación y utilización de un
• Tabla 12. Tendencias para futuros desarrollos microarray o biochip de ADN.
tecnológicos.
• Fig.3. Herramientas y estrategias utilizadas para
• Tabla 13. Aplicaciones de microarrays y el desarrollo de terapias contra el cáncer.
biochips.
• Fig.4. Comparación de las densidades de los
• Tabla 14. Diferencias entre microarrays y arrays producidos por diferentes
biochips. compañías en el año 2000.
• Tabla 15. Desarrollo de chips para aplicaciones • Fig.5. Estimación del mercado de Microarrays y
en microbiología. Biochips.
54
ANEXO III
Referencias
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method to prepare highly sensitive fluorescent
Nanofabrication Facility. 40-41.
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Barsky, V.E.; Perov, A.N.; Mirzabekov, A.D.
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Cartesian Technologies, Inc. 1-38. Chemical Biology, 6:81-85.
57
Rosario Pino, 14-16, planta 7
28020 Madrid
Teléfono: 91 449 12 50
Fax: 91 571 54 89
www.gen-es.org

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El presente informe de Vigilancia Tecnológica ha sido

Los autores de este informe agradecen la colaboración

La reproducción parcial de este informe esta autorizada

Genoma España no se hace responsable del uso

© Copyright:Fundación Española para el Desarrollo

2.1. Tipo de Sonda 10

3. APLICACIONES DE LOS MICROARRAYS Y BIOCHIPS EN SALUD HUMANA 26

3.1. Monitorización de la Expresión Génica 27

4. ASPECTOS DE MERCADO: APLICACIÓN DE MICROARRAYS DE ADN

4.1. Arrays de alta densidad 34

Caso Práctico 1: Biotools B & M Labs, S.A 43

ANEXO I: Breve glosario de términos en genómica 53

ANEXO II: Índice de Tablas, Cuadros y Figuras 54

ANEXO III: Referencias 55

Algunas tendencias de desarrollo prometedoras No obstante existen todavía importantes

– Monitorización de la expresión génica.

A finales de los años 80 cuatro científicos,

La principal ventaja de esta novedosa tecnología

DEFINICIÓN DE MICROARRAY O BIOCHIP

Cuadro 1. Definición de microarray o biochip.

• Oligonucleótidos. • Gene Chips.

• Secuenciación por hibridación.

Tabla 1. Criterios de clasificación en Biochips (adaptado de http://infobiochip.isciii.es).

Elección del tipo de ADN Sondas, oligos, cDNA…

Marcaje de sondas o muestras Enzimático, fluorescente…

Material de soporte Vidrio, plástico, membranas…

Inmovilización de sondas Activa, pasiva, covalente…

Fabricación Impresión, síntesis in situ…

Detección de la hibridación Escáneres, fluorimetrías…

Procesamiento de datos Software

2.1. Tipo de Sonda

El diseño de las sondas y su producción son

Las sondas basadas en clones se depositan en la

2.2. Marcaje de Sondas

MARCAJE DE SONDAS Y MUESTRAS PARA DETECCIÓN DIRECTA

Marcaje Lectura Características Ventajas Desventajas

• Las enzimas pueden

marcada con la muestra, aumentando

• No se necesitan • Los escáneres

auxiliares en el detección encarecen el

fluorescente emite coste del ensayo.

Marcaje Lectura Características Ventajas Desventajas

La sonda se une a • Altamente

muestra avidina o comercial de necesarios para la

un anticuerpo • Disponibilidad necesarios para la

Tabla 3. Métodos de marcaje de ADN en microarrays para detección indirecta.

La técnica de detección de ácidos nucleicos no de las sondas para el desarrollo de nuevas

DETECCIÓN DE LA HIBRIDACIÓN SIN MARCAJE DE SONDAS:

Detección óptica: Resonancia de Plasmones en Superficie (SPR).

Detección óptica: Tecnologías Avanzadas de Resonancia de Espejos.

Detección por Métodos Electroquímicos.

Detección por Espectrometría de Masas MALDI-TOF.

Cuadro 2. Últimas tendencias en detección de la hibridación de ADN en Biochips (elaboración propia).

CARACTERÍSTICAS DE LOS SOPORTES

Superficies Porosas Superficies Lisas

• Las interacciones entre el material a

Tabla 4. Tipos de soportes utilizados en microarrays y biochips de ADN (elaboración propia).

SOPORTES PARA MICROARRAYS Y BIOCHIPS