INFORME DE FISICO – QUIMICA COMPUTACIONAL WEBMO

Miguel Andrés Domínguez Casalins

Universidad de Sucre, Facultad de Educación y Ciencias

Introducción
WebMO es una interfaz que permite hacer cálculos de química computacional,
utilizando diferentes herramientas, en línea.
Objetivos
o Crear estructuras de compuestos químicos por medio del programa de
WebMO
o Analizar los resultados obtenidos por media de las moléculas (molécula del
agua H2O).
Metodología
1. Ingresar a WebMO.
2. Crear estructuras de compuestos químicos (como, por ejemplo, crea la
molécula de agua H2O.)

3. Una vez terminada las moléculas, experimenta y crea con el editor

nuevas moléculas.
 Ácido acético CH3COOH Benceno C6H6

Acido benzoico C7H6O2 (x) Bromo-etano CH2CHBr

Ciclohexano C6H12 Dímero de agua (H2O)2

Nota: El ciclohexano se optimiza con una geometría tetraédrica.

¿Crees que el Campo de Fuerza de mecánica molecular utilizado incluye un
término para describir el enlace de hidrógeno?
Taller 2 and 3: Cálculos a nivel Semi-Empirico, HF, DFT y MP2
2. Análisis de resultados
Para visualizar los resultados se oprimió sobre el nombre del trabajo (Taller-
WebMOH2O, en este caso). Esto abrió la ventana “View Job”. Para el ejemplo del
agua se tiene:

Oprimiendo sobre un átomo y luego manteniendo la tecla “Shift” y oprimiendo

sobre otro átomo, tendrá como efecto el mostrar la distancia entre esos átomos
(en Å), por ejemplo, la distancia entre los átomos de H en la molécula de H 2O es
de 1.561 Å, tal como aparece en la parte inferior de la pantalla de la ventana
“Molecule Viewer”.
Oprimiendo en el icono de la lupa , frente a “IR Spectrum” en la sección
“Vibrational Modes”, se pudo generar el espectro de IR que se predice para el
H2O.
Los modos vibracionales pueden animarse, utilizando el icono , ubicado frente a
cada una de las frecuencias calculadas.

Se puede iniciar un cálculo posterior a partir de la geometría ya optimizada

utilizando el botón “New Job Using This Geometry” en la ventana del “Molecule
Viewer”. Automáticamente se seleccionarán tanto la máquina de cálculo como
todas las otras opciones. Cambia estas opciones si es necesario. Para una
molécula determinada, siempre empieza con el nivel de teoría más simple
(normalmente será el más rápido) y usa la geometría optimizada para el cálculo
subsiguiente, aumentando el nivel de teoría de acuerdo a los requerimientos del
trabajo.
Para observar los orbitales se oprimió el botón “View” frente a cada orbital
molecular que se deseó abriéndose automáticamente el visor de orbitales
MOViewer. La isosuperficie del orbital molecular seleccionado se muestra
alrededor de la molécula. Los orbitales moleculares ocupados se muestran en
Rojo y Azul, por defecto, y los desocupados se muestran en color Amarillo y
Verde. Cada orbital se visualiza en una pestaña separada, para efectos de
comparación.
Copia los orbitales HOMO y LUMO abajo y describe la naturaleza de la transición
HOMO-LUMO:
Orbitales:
1. 2. 3.

4. 5. 6.

¿Los orbitales moleculares para el agua lucen de la manera que se esperaba?

Ejercicios:
1. Agua
Calcule las propiedades del agua utilizando un método semi- empíricos, PM3, el
método de Hartree-Fock, el funcional de la densidad (DFT) B3LYP y el método de
correlación electrónica MP2 para un rango de conjuntos de base, en otras
palabras, completa la siguiente tabla:
Energía Momento Dipolar r e <HOH ω1 ω2 ω3

μ
(E )
H (Debye) (Å) (º) (cm )–1

PM3 
HF
3-21G -75.5859 2.3874 0.967 107.68 40
2
6-31G(d) -75.9914 2.2006 1.050 35.264
6-311+G(d,p) -76.0542 2.1162 0.942 36.825 40
B3LYP
3-21G -75.9739 2.2383 0.997 103.97 40
3
6-31G(d) -76.4089 2.0951 0.969 103.67 40
2
6-311+G(d,p) -76.4595 2.0816 0.963 37.378 40
MP2
3-21G -75.7078 2.4278 0.989 105.15 40
5
6-31G(d) -76.1968 2.2442 0.969 38.009 40
6-311+G(d,p) -762898 2.1636 0.967 104.70 40
0
Valor 1.85 0.9572 104.5 3832 1649 3943
Experimental
Comente críticamente acerca de los resultados.
Una base variacional mejor debería producir valores de energía menores (más
negativos). ¿Se observa dicho comportamiento en los resultados?
Comente acerca de la correspondencia entre el valor experimental del momento
dipolar de una molécula de agua en fase gaseosa y los valores calculados
computacionalmente.
¿Mejora el valor del momento dipolar al aumentar el nivel de teoría cuántica
utilizada?
¿Como se comparan las frecuencias vibracionales?
2.El aminoácido más pequeño, glicina, NH2CH2COOH, tiene un isómero
zwitterionico, en el cual el protón del ácido carboxílico se transfiere al grupo amino.
Crea la molécula neutra de la glicina y haz un cálculo de Optimización de
Geometría. Usando la geometría resultante lleva a cabo un cálculo de Energía
Molecular, al mismo nivel de teoría, pero utilizando el menú “Advanced Options”
para seleccionar el agua como solvente. Repite la Optimización de Geometría y el
cálculo de Energía Molecular para la estructura zwitteriónica.

Molécula de la glicina + agua

Elabora una tabla especificando el tipo de molécula, energía en fase gaseosa, energía en
solución y energía de solvatación.