Filogenómica

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La filogenómica es la intersección de los campos de la evolución y
la genómica.1 El término se ha utilizado de múltiples formas para referirse al
análisis de datos del genómicos y reconstrucciones evolutivas. Es un grupo de
técnicas dentro de la filogenética y la genómica. La filogenómica extrae
información comparando genomas completos, o al menos grandes porciones
de genomas.2 La filogenética compara y analiza las secuencias de genes
individuales, o una pequeña cantidad de genes, así como muchos otros tipos
de datos. Cuatro áreas principales caen bajo filogenómica:

 Predicción de genes funcionales

 Establecimiento y aclaración de relaciones evolutivas
 Evolución de familias de genes
 Predicción y rastreo de eventos de transferencia horizontal de genes.

Índice

 1Predicción de genes funcionales

 2Predicción y seguimiento de la transferencia horizontal de genes
 3Evolución de la familia de genes
 4Establecimiento de relaciones evolutivas
 5Bases de datos
 6Ver también
 7Referencias

Predicción de genes funcionales[editar]

Cuando Jonathan Eisen acuñó originalmente el término filogenómica, se aplicó
a la predicción de la función genética. Antes del uso de técnicas filogenómicas,
la predicción de la función de los genes se hacía principalmente comparando la
secuencia de genes con las secuencias de genes con funciones conocidas.
Cuando están involucrados varios genes con secuencias similares pero
funciones diferentes, este método por sí solo es ineficaz para determinar la
función. Un ejemplo específico se presenta en el artículo "Delicias
gastronómicas: una fiesta móvil".3 Se habían utilizado predicciones de genes
basadas únicamente en la similitud de secuencia para predecir
que Helicobacter pylori puede reparar ADN no emparejado.4 Esta predicción se
basó en el hecho de que este organismo tiene un gen para el que la secuencia
es muy similar a los genes de otras especies de la familia de genes "MutS",
que incluía muchos que se sabe están implicados en la reparación de errores
de apareamiento. Sin embargo, Eisen señaló que H. pylori carece de otros
genes que se cree que son esenciales para esta función (específicamente,
miembros de la familia MutL). Eisen sugirió una solución a esta aparente
discrepancia: los árboles filogenéticos de genes de la familia MutS revelaron
que el gen que se encuentra en H. pylori no estaba en la misma subfamilia que
los que se sabía están involucrados en la reparación de errores de
apareamiento. Además, sugirió que este enfoque "filogenómico" podría usarse
como un método general para las funciones de predicción de los genes. Este
enfoque se describió formalmente en 1998.5 Para revisiones de este aspecto
de la filogenómica, véase a Brown D, Sjölander K. Clasificación funcional
usando inferencia filogenómica.6 7

Predicción y seguimiento de la transferencia

horizontal de genes[editar]
Las técnicas filogenéticas tradicionales tienen dificultades para establecer
diferencias entre genes que son similares debido a la transferencia lateral de
genes y aquellos que son similares porque los organismos comparten un
ancestro. Al comparar un gran número de genes o genomas completos entre
muchas especies, es posible identificar genes transferidos, ya que estas
secuencias se comportan de manera diferente a lo esperado dada
la taxonomía del organismo. Usando estos métodos, los investigadores
pudieron identificar más de 2.000 enzimas metabólicas obtenidas por varios
parásitos eucariotas a partir de la transferencia lateral de genes. 8

Evolución de la familia de genes[editar]

La comparación de conjuntos de genes completos para un grupo de
organismos permite la identificación de eventos en la evolución de genes,
como la duplicación o deleción de genes. A menudo, estos eventos son
evolutivamente relevantes. Por ejemplo, múltiples duplicaciones de genes que
codifican enzimas degradantes de ciertas familias son una adaptación común
en microbios a nuevas fuentes de nutrientes. Por el contrario, la pérdida de
genes es importante en la evolución reductiva, (hipótesis de la reina negra)
como en los parásitos o simbiontes intracelulares. Los eventos de duplicación
del genoma completo, que potencialmente duplican todos los genes de un
genoma a la vez, son eventos evolutivos drásticos con gran relevancia en la
evolución de muchos clados, y cuya señal se puede rastrear con métodos
filogenómicos.

Establecimiento de relaciones evolutivas[editar]

Los estudios tradicionales de un solo gen son efectivos para establecer árboles
filogenéticos entre organismos estrechamente relacionados, pero tienen
inconvenientes cuando se comparan organismos o microorganismos
relacionados más lejanamente. Esto se debe a la transferencia horizontal de
genes, la convergencia y las diferentes tasas de evolución de diferentes genes.
Al utilizar genomas completos en estas comparaciones, las anomalías creadas
a partir de estos factores se ven superadas por el patrón de evolución indicado
por la mayoría de los datos.9 10 11 A través de la filogenómica, se ha
descubierto que la mayoría de los eucariotas fotosintéticos están vinculados y
posiblemente comparten un solo ancestro. Los investigadores compararon 135
genes de 65 especies diferentes de organismos fotosintéticos. Estos
incluían plantas, alveolados, rizarios, haptofitos y criptomonas.12 Esto ha sido
denominado megagrupo Plantas + HC + SAR. Con este método, teóricamente
es posible crear árboles filogenéticos completamente resueltos y las
restricciones de tiempo se pueden recuperar con mayor precisión. 13 14 Sin
embargo, en la práctica este no es siempre el caso. Debido a la insuficiencia de
datos, a veces se pueden respaldar varios árboles con los mismos datos
cuando se analizan con diferentes métodos.15

Bases de datos[editar]
1. PhylomeDB

Ver también[editar]
 Arqueoptérix
 Filogenia microbiana
 Filogenética
 Supertree

Referencias[editar]
0. ↑ BioMed Central | Full text | Overview of the First Phylogenomics Conference
1. ↑ Pennisi, Elizabeth (27 de junio de 2008). «Building the Tree of Life, Genome by
Genome». Science 320 (5884): 1716-
1717. PMID 18583591. doi:10.1126/science.320.5884.1716.
2. ↑ «Gastrogenomic delights: a movable feast». Nat. Med. 3 (10): 1076-8.
1997. PMC 3155951. PMID 9334711. doi:10.1038/nm1097-1076.
3. ↑ «The complete genome sequence of the gastric pathogen Helicobacter
pylori». Nature 388 (6642): 539-47. 1997. PMID 9252185. doi:10.1038/41483.
4. ↑ Eisen JA (1998). «Phylogenomics: improving functional predictions for
uncharacterized genes by evolutionary analysis». Genome Res 8 (3): 163-
7. PMID 9521918. doi:10.1101/gr.8.3.163.
5. ↑ «Functional classification using phylogenomic inference». PLOS Comput.
Biol. 2 (6): e77. Jun 2006. PMC 1484587. PMID 16846248. doi:10.1371/journal.pcbi.0020077.
6. ↑ Sjölander K (Jan 2004). «Phylogenomic inference of protein molecular function:
advances and challenges». Bioinformatics 20 (2): 170-
9. PMID 14734307. doi:10.1093/bioinformatics/bth021.
7. ↑ «The transferome of metabolic genes explored: analysis of the horizontal transfer
of enzyme encoding genes in unicellular eukaryotes». Genome Biology 10 (4):
R36. 2009. PMC 2688927. PMID 19368726. doi:10.1186/gb-2009-10-4-r36.
8. ↑ «Phylogenomics and the reconstruction of the tree of life». Nat Rev Genet 6 (5):
361-75. 2005. PMID 15861208. doi:10.1038/nrg1603.
9. ↑ Philippe H, Snell EA, Bapteste E, Lopez P, Holland PW, Casane D
"Phylogenomics of eukaryotes: impact of missing data on large alignments Mol Biol
Evol 2004 Sep;21(9):1740-52. .
10. ↑ «Phylogenomics: the beginning of incongruence?». Trends in Genetics 22 (4):
225-31. April 2006. PMID 16490279. doi:10.1016/j.tig.2006.02.003.
11. ↑ Burki, Fabien; Shalchian-Tabrizi, Kamran; Pawlowski, Jan (23 de agosto de
2008). «Phylogenomics reveals a new 'megagroup' including most photosynthetic
eukaryotes». Biology Letters 4 (4): 366-
369. PMC 2610160. PMID 18522922. doi:10.1098/rsbl.2008.0224.
12. ↑ Dos Reis, M.; Inoue, J.; Hasegawa, M.; Asher, R. J.; Donoghue, P. C. J.; Yang, Z.
(2012). «Phylogenomic datasets provide both precision and accuracy in estimating
the timescale of placental mammal phylogeny». Proceedings of the Royal Society
B: Biological Sciences 279 (1742): 3491-
3500. PMC 3396900. PMID 22628470. doi:10.1098/rspb.2012.0683.
13. ↑ Kober, K. M.; Bernardi, G. (2013). «Phylogenomics of strongylocentrotid sea
urchins». BMC Evolutionary Biology 13:
88. PMC 3637829. PMID 23617542. doi:10.1186/1471-2148-13-88.
14. ↑ Philippe, Herve'; Delsuc, Frederic; Brinkmann, Henner; Lartillot, Nicolas (2005).
«Phylogenomics». Annual Review of Ecology, Evolution, and Systematics 36: 541-
562. doi:10.1146/annurev.ecolsys.35.112202.130205.