PRÁCTICA DE

SIMULACIÓN DE
ELECTROFORESIS
EN GEL DE
AGAROSA
BIOTECNOLOGÍA

Marians Romina Luque Checalla

Estudiante

Escuela UNIVERSIDAD
Profesional de
Ingeniería
NACIONAL
Ambiental DE MOQUEGUA
 Facultad de ingenierías:

Escuela Profesional de
Ingeniería Ambiental

BIOTECNOLOGÍA
INFORME

PRÁCTICA DE SIMULACIÓN DE
ELECTROFORESIS EN GEL DE AGAROSA
UTILIZANDO EL PROGRAMA SNAPGENE CON
DATOS DEL ARTÍCULO CIENTÍFICO
"AISLAMIENTO DE BACTERIAS CON
POTENCIAL BIORREMEDIADOR Y ANALISIS DE
COMUNIDADES BACTERIANAS DE ZONA
IMPACTADA POR PETROLEO EN
CONDORCANQUI - AMAZONAS – PERÚ”

Estudiante: Marians Romina Luque Checalla

Docente: Prof. Dr. Hebert Hernan Soto Gonzales

Ilo, Perú – Octubre 29, 2021

VII ciclo
 Índice |3

Índice
Pág.

1. Introducción ...................................................................................................................... 4
2. Objetivos ............................................................................................................................ 5
2.1. Objetivo general .................................................................................................................. 5
2.2. Objetivos específicos........................................................................................................... 5
3. Metodología ....................................................................................................................... 5
3.1. Materiales ............................................................................................................................ 6
3.2. Procedimiento ..................................................................................................................... 6
4. Resultados .......................................................................................................................... 9
4.1. Agua contaminada ............................................................................................................... 9
4.1.1. A1 ........................................................................................................................................ 9
4.1.2. A2 ...................................................................................................................................... 11
4.1.3. A3 ...................................................................................................................................... 14
4.1.4. A4 ...................................................................................................................................... 16
4.1.5. A5 ...................................................................................................................................... 19
4.1.6. A6 ...................................................................................................................................... 21
4.1.7. A7 ...................................................................................................................................... 24
4.2. Suelo contaminado ............................................................................................................ 26
4.2.1. S1....................................................................................................................................... 26
4.2.2. S2....................................................................................................................................... 29
4.2.3. S3....................................................................................................................................... 31
4.2.4. S4....................................................................................................................................... 34
4.2.5. S5....................................................................................................................................... 36
4.2.6. S6....................................................................................................................................... 39
5. Conclusión........................................................................................................................ 41
6. Bibliografía ...................................................................................................................... 42
1. Introducción

En el presente informe se realizaron simulaciones realistas de gel de agarosa en las trece (13)

cepas bacterianas aisladas identificadas en las muestras de agua y suelo contaminado. En el

cual se pudo visualizar el resultado de gel de agarosa que se podría obtener estando en

laboratorio.

El método empleado fue la electroforesis en gel de agarosa, el cual consiste en separar

fragmentos de ADN según el tamaño de estos o también según su carga. No obstante, el

proceso de separación de los fragmentos de ADN se da solo por su tamaño, ya que todas las

moléculas de ADN contienen la misma cantidad de carga por masa.

Así que, después de que los fragmentos de ADN hayan sido separados, estos pueden ser

visualizados y gracias a ello se puede determinar el tamaño de las bandas. Estas bandas o líneas

del ADN analizadas contienen un gran número de fragmentos del ADN que viajaron junos a

la misma posición y son del mismo tamaño, esto es debido a que un (01) fragmento de ADN

no sería visible en el resultado del análisis en el que se

muestran los carriles o columnas. Así mismo, se puede

comparar dichas bandas con el marcador de peso

molecular (primera columna) para determinar el tamaño

aproximado de la banda.

Cabe resaltar que todo el procedimiento de electroforesis

en gel de agarosa solo es una simulación en el programa

SnapGene, sin embargo, es lo suficientemente realista y

detallada gracias al algoritmo de simulación de gel de

base empírica del programa.

4
2. Objetivos

2.1.Objetivo general

Simular el proceso de electroforesis en gel de agarosa mediante el uso de las cepas bacterianas

aisladas provenientes de las muestras de agua y suelo contaminado que se muestran en el

artículo científico “Aislamiento de bacterias con potencial biorremediador y análisis de

comunidades bacterianas de zona impactada por derrame de petróleo en Condorcanqui –

Amazonas – Perú”.

2.2.Objetivos específicos

• Identificar los distintos procedimientos que se pueden realizar en el programa SnapGene.

• Realizar el mapa lineal de cada nucleótido.

• Realizar el mapa circular de cada nucleótido.

• Identificar el gel de agarosa.

3. Metodología

Se realizó una simulación del proceso de electroforesis en gel de agarosa utilizando las

secuencias de los nucleótidos que se muestran en la Figura 1.

Figura 1. Identificación molecular de las cepas bacterianas aisladas. (Aislamiento de bacterias (…), 2020)

5
3.1.Materiales

• Laptop • NCBI

• Artículo científico • Secuencia de nucleótidos

• Internet (Google) • SnapGene

3.2.Procedimiento

• Ingresar a la página del NCBI (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/)

Figura 2.

• Colocar el N° de Accesión de la cepa bacteriana aislada identificada en el buscador de la

página y seleccionar el resultado que aparece.

Figura 3.

6
• Descargar la secuencia del nucleótido en formato fasta y almacenarlo o guardarlo en una

carpeta nueva exclusivamente para el trabajo que se está realizando. Y así sucesivamente

hasta guardar en archivos FASTA los trece (13) nucleótidos.

Figura 4.

• Instalar el programa SnapGene, mediante la página oficial (https://www.snapgene.com/) la

cual le brindará 30 días de prueba para utilizar gratuitamente el programa.

• Abrir el programa y hacer clic en la primera opción “Open”, luego “Open Files…”

Figura 5.

7
• Buscar el archivo en la carpeta en la que se guardó.

Figura 6.

• Seleccionar: Double-Stranded < Linear < OK

Figura 7.

• Se obtiene el mapa lineal correspondiente al nucleótido insertado. Así mismo, se puede

visualizar la secuencia, las enzimas y entre otras opciones en la parte inferior e izquierda.

Figura 8.

8
4. Resultados

4.1.Agua contaminada

4.1.1. A1

Mapa lineal

Figura 9.

Mapa circular

Figura 10.

9
Secuencia

Figura 11. Primera parte de la secuencia

Enzimas

Figura 12. Primera parte de las enzimas

10
 Simulación del Gel Agarosa

Figura 13.

4.1.2. A2

Mapa lineal

Figura 14.

11
Mapa circular

Figura 15.

Secuencia

Figura 16. Primera parte de la secuencia

12
Enzimas

Figura 17. Primera parte de las enzimas

Simulación del Gel Agarosa

Figura 18.

13
4.1.3. A3

Mapa lineal

Figura 19.

Mapa circular

Figura 20.

14
Secuencia

Figura 21. Primera parte de la secuencia

Enzimas

Figura 22. Primera parte de las enzimas

15
 Simulación del Gel Agarosa

Figura 23.

4.1.4. A4

Mapa lineal

Figura 24.

16
Mapa circular

Figura 25.

Secuencia

Figura 26. Primera parte de la secuencia

17
Enzimas

Figura 27. Primera parte de las enzimas

Simulación del Gel Agarosa

Figura 28.

18
4.1.5. A5

Mapa lineal

Figura 29.

Mapa circular

Figura 30.

19
Secuencia

Figura 31. Primera parte de la secuencia

Enzimas

Figura 32. Primera parte de las enzimas

20
 Simulación del Gel Agarosa

Figura 33.

4.1.6. A6

Mapa lineal

Figura 34.

21
Mapa circular

Figura 35.

Secuencia

Figura 36. Primera parte de la secuencia

22
Enzimas

Figura 37. Primera parte de las enzimas

Simulación del Gel Agarosa

Figura 38.

23
4.1.7. A7

Mapa lineal

Figura 39.

Mapa circular

Figura 40.

24
Secuencia

Figura 41. Primera parte de la secuencia

Enzimas

Figura 42. Primera parte de las enzimas

25
 Simulación del Gel Agarosa

Figura 43.

4.2.Suelo contaminado

4.2.1. S1

Mapa lineal

Figura 44.

26
Mapa circular

Figura 45.

Secuencia

Figura 46. Primera parte de la secuencia

27
Enzimas

Figura 47. Primera parte de las enzimas

Simulación del Gel Agarosa

Figura 48.

28
4.2.2. S2

Mapa lineal

Figura 49.

Mapa circular

Figura 50.

29
Secuencia

Figura 51. Primera parte de la secuencia

Enzimas

Figura 52. Primera parte de las enzimas

30
 Simulación del Gel Agarosa

Figura 53.

4.2.3. S3

Mapa lineal

Figura 54.

31
Mapa circular

Figura 55.

Secuencia

Figura 56. Primera parte de la secuencia

32
Enzimas

Figura 57. Primera parte de las enzimas

Simulación del Gel Agarosa

Figura 58.

33
4.2.4. S4

Mapa lineal

Figura 59.

Mapa circular

Figura 60.

34
Secuencia

Figura 61. Primera parte de la secuencia

Enzimas

Figura 62. Primera parte de las enzimas

35
 Simulación del Gel Agarosa

Figura 63.

4.2.5. S5

Mapa lineal

Figura 64.

36
Mapa circular

Figura 65.

Secuencia

Figura 66. Primera parte de la secuencia

37
Enzimas

Figura 67. Primera parte de las enzimas

Simulación del Gel Agarosa

Figura 68.

38
4.2.6. S6

Mapa lineal

Figura 69.

Mapa circular

Figura 70.

39
Secuencia

Figura 71. Primera parte de la secuencia

Enzimas

Figura 72. Primera parte de las enzimas

40
 Simulación del Gel Agarosa

Figura 73.

5. Conclusión

El programa SnapGene brinda simulaciones realistas de gel de agarosa en el cual se puede

visualizar lo mismo que se visualizaría en el laboratorio. Así mismo, contiene una

configuración flexible de todos los elementos del gel, en el que incluye el número de carriles,

el porcentaje de agarosa y un conjunto completo de marcadores en la primera columna (MW).

Además, se puede identificar la banda que sea de agrado con información detallada de los

fragmentos para cada carril o columna.

SnapGene es un programa que muy aparte de simular el procedimiento de la técnica de

electroforesis en gel, contiene otras opciones de manejo, como la clonación molecular,

mutagénesis, alineación, gestión de datos, seguimiento del historial, entre otros, sin mencionar

que el uso de este programa es de fácil comprensión, haciendo que cualquier persona pueda

comprender la manipulación de este.

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6. Bibliografía

Castillo Rogel, R. T.; More Calero, F. J.; Cornejo La Torre, M.; Fernández Ponce, J. N. & Mialhe
Matonnier, E. L. (2020). Aislamiento de bacterias con potencial biorremediador y análisis
de comunidades bacterianas de zona impactada por derrame de petróleo en Condorcanqui
– Amazonas – Perú
Khan Academy (s.f.). Electroforesis en gel. https://es.khanacademy.org/science/ap-biology/gene-
expression-and-regulation/biotechnology/a/gel-electrophoresis

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