Simulación de Electroforesis en Gel de Agarosa

“AÑO DE LA UNIDAD, LA PAZ Y EL DESARROLLO”
“UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA”

Escuela Profesional De Ingeniería Ambiental
Curso De Biotecnología
INFORME
INFORME DE ELECTROFORESIS EN GEL DE AGAROSA USANDO
EL SOFTWARE SNAPGENECON CEPAS BACTERIANAS
DEL ARTICULO CIENTÍFICO
“Aislamiento de bacterias con potencial biorremediador y análisis de
comunidades bacterianas de zona impactada por derrame de petróleo en
Condorcanqui – Amazonas – Perú”
Presentado por
Callacondo Guillen Yoselyn
Docente
Dr. Hébert Hernán Soto Gonzales
Ilo – Moquegua
2023
UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA
ESCUELA PROFESIONAL DE INGENIERÍA AMBIENTAL
ÍNDICE
1. INTRODUCCION ................................................................................................. 3
2. OBJETIVOS........................................................................................................... 4
2.1. Objetivo General................................................................................................. 4
2.2. Objetivos Específicos ......................................................................................... 4
3. MARCO TEORICO ............................................................................................... 4
3.1. Software SnapGene ............................................................................................ 4
3.2. Electroforesis ...................................................................................................... 5
3.3. Gel de Agarosa .................................................................................................... 6
3.4. Petróleo ............................................................................................................... 7
3.5. Electroforesis en Gel de Agarosa ........................................................................ 7
3.6. Centro Nacional para la Investigación Biotecnológica (NCBI) ......................... 8
3.7. ADN y ARN ....................................................................................................... 8
3.8. Secuenciación de ADN ....................................................................................... 9
4. METODOLOGÍA ................................................................................................ 10
4.1. Materiales ......................................................................................................... 10
4.2. Métodos ............................................................................................................ 11
5. RESULTADO....................................................................................................... 16
6. CONCLUSIÓN .................................................................................................... 16
7. BIBLIOGRAFIA.................................................................................................. 17
1. INTRODUCCION
En el trabajo actual, se realizaron simulaciones de gel de agarosa en cepas
bacterianas encontradas en suelos y aguas contaminadas por derrames de petróleo. La
electroforesis en gel de agarosa se usa comúnmente para separar moléculas en función de su
carga, tamaño y forma. Es un medio de separación efectivo para biomoléculas cargadas
como ADN, ARN y proteínas.
El software SnapGene nos brinda una forma de ejecutar simulaciones utilizando las
secuencias de ADN de las cepas bacterianas. SnapGene proporciona herramientas para
planificar, visualizar y documentar todos los procedimientos de biología molecular. La
electroforesis es una técnica de laboratorio utilizada para separar moléculas de ADN, ARN
o proteínas por tamaño y carga. Se utiliza una corriente eléctrica para mover moléculas a
través de un gel u otra matriz.
Los geles que se usan para separar el ADN generalmente están hechos de un
polisacárido llamado agarosa, que viene en copos de polvo seco. La electroforesis en gel de
agarosa es uno de los métodos más utilizados para el análisis y caracterización de ácidos
nucleicos de diversas fuentes. Los geles actúan como tamices moleculares que separan las
moléculas cargadas en función del tamaño y la forma; importante para el análisis.
3
2. OBJETIVOS
2.1. Objetivo General
✓ Realizar simulación de electroforesis en gel de agarosa y su análisis de la
ecuenciación de ADN utilizando el software SnapGene utilizando datos del
articulo cientifico “Aislamiento de bacterias con potencial biorremediador y
análisis de comunidades bacterianas de zona impactada por derrame de
petróleo en Condorcanqui – Amazonas – Perú”.
2.2. Objetivos Específicos
✓ Manejar el software SnapGene para realizar la práctica.
✓ Aprender a simular el gel de AGAROSA
✓ Desarrollar de forma práctica mediante un artículo el gel y familiarizarnos con el
software NCBI y SNAPGENE.
3. MARCO TEORICO
3.1. Software SnapGene
Imagen 01. Software SnapGene
Fuente: SnapGene
SnapGene proporciona herramientas que le permiten planificar, visualizar y
documentar todos sus procedimientos de biología molecular. La herramienta de clonación In-
Fusión del programa simula fusiones de genes de sus fragmentos de ADN seleccionados.
4
Mientras trabaja, SnapGene resalta los sitios de restricción del ADN, marcando
automáticamente los sitios bloqueados por metilación, y le permite elegir o definir conjuntos
de enzimas personalizados.
SnapGene puede importar y exportar una variedad de formatos de archivos de
secuenciación de ADN comunes, como ApE, Gene Construction Kit, GenBank, DNASTAR
Lasergene y MacVector. La aplicación le permite explorar grandes secuencias de ADN y
navegar rápidamente por los cromosomas con la ayuda de controles inteligentes de búsqueda
y zoom. Mientras realiza todas estas funciones, SnapGene registra automáticamente cada paso
de su proyecto de clonación, cada vez que edita una secuencia o realiza una simulación, el
procedimiento se registra en un historial gráfico.
SnapGene es una aplicación impresionante para manejar los procedimientos de
biología molecular. Proporciona una serie de útiles herramientas de análisis de secuencias de
ADN y soporta una variedad de formatos de archivo comunes. GSL Biotech SnapGene es un
gran recurso de laboratorio que le ayudará en su visualización y análisis de secuencias de
ADN.
3.2. Electroforesis
Es una técnica utilizada para separar fragmentos de ADN por su tamaño y carga. La
electroforesis consiste en aplicar una corriente a través de un gel que contiene las moléculas
de interés. Con base en su tamaño y carga, las moléculas se desplazan por el gel en diferentes
direcciones o a distintas velocidades, con lo que se separan unas de otras.
La electroforesis sirve para separar las moléculas, además, en función de su tamaño.
Esto es posible gracias a la utilización de un medio sólido poroso, como son los geles de
poliacrilamida o los geles de agarosa. Para un mismo tamaño de poro, a mayor sea el tamaño
de la molécula, más difícilmente migrará hacia el cátodo o el ánodo.
5
Imagen 02. ¿Qué es la electroforesis?
Fuente: Id Core BioTech
3.3. Gel de Agarosa
La electroforesis en gel involucra gel: un material similar a la gelatina. Los geles que
se usan para separar el ADN generalmente están hechos de un polisacárido llamado agarosa
en hojuelas de polvo seco. Cuando la agarosa se calienta y se enfría en una solución tampón
(agua mezclada con una pequeña cantidad de sal), forma un gel duro y ligeramente blando.
A nivel molecular, un gel es una matriz de moléculas de agarosa unidas por hidrógeno para
formar poros. Antes de agregar la muestra de ADN, el gel debe cargarse en la cámara.
Un extremo de la cámara está conectado al polo positivo y el otro extremo está
conectado al polo negativo. La parte principal de la cámara que contiene el gel se llena con
una solución tampón que contiene sales que conducen la corriente eléctrica. Aunque es
posible que no puedas verlo en la imagen de arriba (gracias a mis increíbles habilidades
artísticas), el tampón llena la cámara hasta un nivel que apenas cubre el gel. La punta del
gel con los agujeros se coloca contra el electrodo negativo. El extremo sin hoyo (donde
migrarán los fragmentos de ADN) se coloca contra el electrodo positivo.
6
3.4. Petróleo
Es un aceite mineral muy oscuro o negro que es menos denso que el agua y tiene un
olor acre característico. Consiste en hidrocarburos mezclados con cantidades variables de
azufre, oxígeno y nitrógeno. El petróleo se encuentra sólo en rocas sedimentarias. El
petróleo se obtiene a partir de materias primas que se forman principalmente a partir de
agua, restos de organismos vegetales y animales que habitan en océanos, lagunas, estuarios
y mares cercanos.
Los restos en el fondo fangoso fueron atacados por bacterias anaerobias, que
consumieron el oxígeno, dejando solo moléculas de carbono e hidrógeno llamadas
hidrocarburos. La presión ejercida por la mayoría de los sedimentos hace que el fluido sea
expulsado entre las capas de roca sedimentaria. Este líquido, el petróleo, desciende por la
ladera durante decenas de kilómetros hasta encontrar una roca porosa e incomprensible que
llena sus poros. Esta piedra se llama piedra de acaparamiento.
El crudo del petróleo es una mezcla de hidrocarburos desde el más sencillo (CH4,
metano), hasta especies complejas con 40 átomos de carbono. El petróleo, tal como mana
del pozo, tiene muy pocas aplicaciones. Para obtener los diversos derivados es necesario
someterlo a un proceso de refino, cuya operación principal es la destilación fraccionada. En
ella obtenemos, a distintas temperaturas, toda una gama de productos comerciales a partir
del petróleo bruto. Sustancias gaseosas tales como metano, etano, propano y butano;
líquidas como las gasolinas, el queroseno y el fuelóleo; sólidas como las parafinas y los
alquitranes, se obtienen a distintas temperaturas en este proceso.
3.5. Electroforesis en Gel de Agarosa
La electroforesis en gel de agarosa es de las más utilizadas para analizar y caracterizar
ácidos nucleicos de distintas procedencias.
7
Los geles se comportan como un tamiz moleculary permiten separar moléculas
cargadas en función de su tamaño y forma. Así, moléculas de DNA de diferente tamaño van a
emigrar de forma distinta en una electroforesis en gel de agarosa. Además, si en dicha
electroforesis se aplican marcadores de peso molecular (fragmentos de DNA de tamaño
conocido) se puede calcular el tamaño aproximado del DNAen estudio.
3.6. Centro Nacional para la Investigación Biotecnológica (NCBI)
El Centro Nacional para la Información Biotecnológica o National Center for
Biotechnology Information (NCBI) es parte de la Biblioteca Nacional de Medicina de Estados
Unidos (National Library of Medicine), una rama de los Institutos Nacionales de Salud
(National Institutes of Health o NIH). Está localizado en Bethesda, Maryland y fue fundado el
4 de noviembre de 1988 con la misión de ser una importante fuente de información de
biología molecular. Almacena y constantemente actualiza la información referente a
secuencias genómicas en GenBank, un índice de artículos científicos referentes a
biomedicina, biotecnología, bioquímica, genética y genómica en PubMed, una recopilación
de enfermedades genéticas humanas en OMIM, además de otros datos biotecnológicos de
relevancia en diversas bases de datos.
3.7. ADN y ARN
ADN. - Moléculas en las células que contienen información genética. Responsable
del desarrollo y funcionamiento de los organismos. Estas moléculas son la forma en que la
información genética se transmite de una generación a la siguiente su estructura es una
hélice de doble cadena que se mantiene unida por enlaces de hidrógeno débiles entre pares.
Bases de nucleótidos de purina y pirimidina: adenina (A) unida a timina (T) La guanina (G)
se une a la citosina (C). también conocido como ácido desoxirribonucleico y ADN.
8
ARN. - El ácido ribonucleico (ARN) es un ácido que se encuentra en todas las
células, una célula viva que tiene la misma estructura que el ADN. Pero a diferencia del
ADN, el ARN suele ser monocatenario. molécula de ARN tiene grupos fosfato alternados y
ribosa de azúcar en lugar de azúcar, desoxirribosa. Cada azúcar tiene una de cuatro bases
unidas: adenina (A), uracilo (U), citosina (C) o guanina (G). Las células contienen
diferentes tipos de ARN: ARN mensajero (ARNm), ARN ribosomal (ARNr) y ARN de
transferencia (ARNt). Excepto,algunos ARN están involucrados en la regulación de la
expresión génica. algún virus usa el ARN como tu material genómico
Imagen 03. ADN Y ARN
3.8. Secuenciación de ADN
La secuenciación del ADN significa determinar el orden de los cuatro componentes
básicos químicos, llamados "bases", que forman la molécula de ADN. La secuencia les
informa a los científicos la clase de información genética que se transporta en un segmento
específico de ADN. Por ejemplo, los científicos pueden usar la información de las secuencias
para determinar qué tramos de ADN contienen genes y qué tramos transportan instrucciones
regulatorias, que activan o desactivan genes.
9
En la doble hélice de ADN, las cuatro bases químicas se unen siempre con la misma
pareja para formar "pares de bases". Adenina (A) siempre forma pareja con timina (T);
citosina (C) siempre forma pareja con guanina (G). Este emparejamiento es la base para el
mecanismo mediante el que las moléculas de ADN se copian cuando las células se dividen, y
también es la base para los métodos usados en la mayoría de los experimentos de
secuenciación de ADN. El genoma humano contiene alrededor de tres mil millones de pares
de bases que detallan las instrucciones para crear y mantener a un ser humano.
4. METODOLOGÍA
4.1. Materiales
✓ NCBI
✓ Software SnapGene
✓ Articulo Científico con las cepas Bacterianas
✓ Word
✓ Laptop
✓ Carpeta de archivos
10
4.2. Métodos
Para el presente trabajo de simulación de electroforesis mediante el gel de agarosa
utilizando el software SnapGene realizamos los siguientes pasos y utilizamos también las
siguientes cepas bacterianas:
Imagen 04. Tabla con la lista de cepas bacterianas
Fuente: Articulo Científico
✓ Paso 01. Búsqueda de las cepas bacterianas en el NCBI. Copiamos el N° de
accesión de la cepa bacteriana y lo buscamos en el NCBI.
Imagen 05. Copiamos el código para llevarlo al NCBI
11
Fuente: Elaboración propia
Imagen 06. Pegamos el código al NCBI
✓ Paso 02. Descargamos la informacion del NCBI en formato FASTA.
Imagen 07. Descargamos en formato FASTA
12
Imagen 08. Descarga de todas las cepas bacteriana en formato FASTA
✓ Paso 03. Abrimos los archivos descargados en el software SnapGene.
Imagen 09. Colocamos en doble cadena y activamos la opción de la casilla.
13
✓ Paso 04. Una vez abierto el archivo lo guardamos desde el SnapGene en
formato “SnapGene DNA”
Imagen 10. Guardamos la secuencia, pero en formato SnapGene DNA.
✓ Paso 05. Se actualizará automáticamente a ese formato guardado, luego nos
dirigimos a Herramientas “Tools” y seleccionamos Simular Gel de Agarosa
“Simulate Agarose Gel”.
Imagen 11. Formato del archivo actualizado.
14
Imagen 12. Simulando el gel de agarosa
✓ Paso 06. Insertamos todos las secuencias y asi concluimos con la
práctica.
Imagen 13. Insertamos todas las secuencias
15
5. RESULTADO
Uso de software para simular electroforesis en gel de agarosa SnapGnere observó que
los fragmentos de ADN se separan solo por tamaño o longitud (kb) porque todas las
moléculas de ADN tienen la misma cantidad carga de masa La electroforesis nos permite ver
cuántas piezas diferentes de ADN hay en la muestra y su tamaño relativo entre sí. Devolver
Pudimos determinar su tamaño absoluto examinando el ADN adyacente Una "proporción"
estándar para fragmentos de tamaño conocido.

6. CONCLUSIÓN
Finalmente, el software SnapGene es una herramienta muy práctica e interactiva.
capacidad para simular fuera del laboratorio. Además de la explicación anterior los maestros
que usaron el programa ayudaron a lograr resultados estables y el ejercicio es exitoso. Como
resultado de este enfoque, ganamos con los conocimientos adquiridos en las lecciones
anteriores, también aprendemos nuevos conocimientos., información que nos ayuda a conocer
diversos programas académicos.
16
7. BIBLIOGRAFIA
• Alberto Checa Rojas. (2017). Método: Gel de electroforesis Agarosa. 2022,
Junio19,Conogasi.org Sitio web: https://conogasi.org/articulos/metodo-gel-de-
electroforesis-agarosa/
• Geater, J. (2023). ¿Qué Es SnapGene? (de GSL Biotech LLC).
Solvusoft.com.https://www.solvusoft.com/es/file-extensions/software/gsl-biotech-
llc/snapgene/
• de la Salud, E. de E. en C. (2017, octubre 27). ADN y ARN concepto,
diferencias y funciones. VIU Perú.
https://www.universidadviu.com/pe/actualidad/nuestros-expertos/adn-y-
arn-concepto-diferencias-y-funciones
• Electroforesis en gel. (s/f). Khan Academy. Recuperado el 2 de junio de 2023,
de https://es.khanacademy.org/science/ap-biology/gene-expression-and-
regulation/biotechnology/a/gel-electrophoresis
• Rodicio, M. del R., & Mendoza, M. del C. (2004). Identificación bacteriana
mediante secuenciación del ARNr 16S: fundamento, metodología y
aplicaciones en microbiología clínica. Enfermedades infecciosas y
microbiologia clinica, 22(4), 238–245. https://doi.org/10.1157/13059055
17

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comunidades bacterianas de zona impactada por derrame de petróleo en

Condorcanqui – Amazonas – Perú”

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Dr. Hébert Hernán Soto Gonzales

2.1. Objetivo General................................................................................................. 4

2.2. Objetivos Específicos ......................................................................................... 4

3. MARCO TEORICO ............................................................................................... 4

3.1. Software SnapGene ............................................................................................ 4

3.2. Electroforesis ...................................................................................................... 5

3.3. Gel de Agarosa .................................................................................................... 6

3.4. Petróleo ............................................................................................................... 7

3.5. Electroforesis en Gel de Agarosa ........................................................................ 7

3.6. Centro Nacional para la Investigación Biotecnológica (NCBI) ......................... 8

3.7. ADN y ARN ....................................................................................................... 8

3.8. Secuenciación de ADN ....................................................................................... 9

4.1. Materiales ......................................................................................................... 10

4.2. Métodos ............................................................................................................ 11

En el trabajo actual, se realizaron simulaciones de gel de agarosa en cepas

bacterianas encontradas en suelos y aguas contaminadas por derrames de petróleo. La

electroforesis en gel de agarosa se usa comúnmente para separar moléculas en función de su

carga, tamaño y forma. Es un medio de separación efectivo para biomoléculas cargadas

como ADN, ARN y proteínas.

secuencias de ADN de las cepas bacterianas. SnapGene proporciona herramientas para

planificar, visualizar y documentar todos los procedimientos de biología molecular. La

través de un gel u otra matriz.

moléculas cargadas en función del tamaño y la forma; importante para el análisis.

2.1. Objetivo General

✓ Realizar simulación de electroforesis en gel de agarosa y su análisis de la

ecuenciación de ADN utilizando el software SnapGene utilizando datos del

articulo cientifico “Aislamiento de bacterias con potencial biorremediador y

análisis de comunidades bacterianas de zona impactada por derrame de

petróleo en Condorcanqui – Amazonas – Perú”.

2.2. Objetivos Específicos

✓ Manejar el software SnapGene para realizar la práctica.

✓ Aprender a simular el gel de AGAROSA

✓ Desarrollar de forma práctica mediante un artículo el gel y familiarizarnos con el

software NCBI y SNAPGENE.

3.1. Software SnapGene

Imagen 01. Software SnapGene

SnapGene proporciona herramientas que le permiten planificar, visualizar y

documentar todos sus procedimientos de biología molecular. La herramienta de clonación In-

SnapGene puede importar y exportar una variedad de formatos de archivos de

Lasergene y MacVector. La aplicación le permite explorar grandes secuencias de ADN y

procedimiento se registra en un historial gráfico.

SnapGene es una aplicación impresionante para manejar los procedimientos de

biología molecular. Proporciona una serie de útiles herramientas de análisis de secuencias de

gran recurso de laboratorio que le ayudará en su visualización y análisis de secuencias de

direcciones o a distintas velocidades, con lo que se separan unas de otras.

La electroforesis sirve para separar las moléculas, además, en función de su tamaño.

de la molécula, más difícilmente migrará hacia el cátodo o el ánodo.

Imagen 02. ¿Qué es la electroforesis?

Fuente: Id Core BioTech

3.3. Gel de Agarosa

Un extremo de la cámara está conectado al polo positivo y el otro extremo está

migrarán los fragmentos de ADN) se coloca contra el electrodo positivo.

olor acre característico. Consiste en hidrocarburos mezclados con cantidades variables de

azufre, oxígeno y nitrógeno. El petróleo se encuentra sólo en rocas sedimentarias. El