Universidad Simón Bolívar

División de Ciencias Biológicas

Departamento de Biología Celular

PROBLEMARIO
DE
BIOQUÍMICA I

Nº de Créditos: 4

Problemas de Preparación de Soluciones

1. Calcular el peso del sulfato de magnesio heptahidratado
(MgSO4.7H2O) que debe añadirse a 1000 grs. de solución para
obtener una solución al 15% (p/p) en sulfato anhidro.
2. Una solución contiene 75 mg/ml de NaCl ¿Hasta qué volumen
debe diluirse 1 ml para dar una solución de concentración final de
15 mg/ml?
3. Calcular el volumen de agua que debe añadirse a 250 ml de una
solución 1,25 N para hacerla 0,5 N.
4. ¿Cómo prepararía 2 litros de HCl 0,4 M partiendo de una solución
concentrada? (28% p/v, densidad: 1,15).
5. Calcular el volumen de H 2 SO 4 (densidad 1,827 gr/cc y
concentración 92,72%), que se necesitan para preparar 10 litros
de una solución 3 N.
6. Se diluye a un volumen 5 veces mayor de ácido sulfúrico
concentrado (d: 1,805 gr/cc; 88,43%). Calcular el volumen de
ácido así diluido que se necesita para preparar 5 litros de H2SO4
1N.
7. ¿Cuál es la molaridad del etanol puro? Es decir, cuantos moles
están presentes en un litro de etanol puro sabiendo que su
densidad es 0,789 gr/ml y su PM de 46,07.
8. En la determinación del volumen total de plasma, una pequeña
cantidad de un colorante no tóxico (Evan`s Blue), es inyectada por
vía intravenosa y su concentración es determinada después que se
alcanza el equilibrio. Se inyectaron 20 ml de una solución 0,2 mg/
ml del colorante y después de 3 minutos se recolectó una muestra
de sangre, encontrándose que contenía 0,53 mg% (p/v) del
colorante. ¿Cuál es el volumen del plasma?
9. Una solución se prepara disolviendo 8.4 grs de sulfato de amonio
sólido (PM=132,14 gr/mol; volumen específico 0,565 ml) en 35 ml
(equivalente a 35 gr) de agua.
a)¿Cuál es el volumen final de la solución?
b)Exprese la concentración final de sulfato de amonio en
términos de: % (p/p); % (p/v); m; M; Osmolaridad,
Fracción molar de sulfato de amonio.
10.¿Qué peso de CH3COONa.3H2O (PM=136) y que volumen de ácido
acético 1M se requieren para preparar 3 litros de tampón acetato
0,2 M pH5? pKa ác acético= 4,76.
11.¿Que volumen de ácido acético glacial (17,6 N) y que peso de
acetato de sodio trihidratado (PM 136) son requeridos para
preparar 100 ml de tampón acetato 0,2 M pH 4,067?
a)¿Como prepararía usted 100 ml de tampón acetato 0,04 M
pH 4,06 teniendo los 100 ml de buffer 0,2 M pH 4,06
preparados en el paso anterior? pKaCH3COOH= 4,76.
 12.¿Cómo prepararía 100 ml de tampón carbonato 0,08 M pH 10,38
teniendo 60 ml del tampón 0,2 M a pH 10,38? pKaác carbónico= 6,38.
13.¿Qué volumen de ácido clorhídrico (HCl 11,7 N) y que peso de Tris
(2-hidroximetilaminoproparediol PM= 121) se requiere para hacer
100 ml de tampón 0,2 M pH= 8,71? pKatris= 8,21.
14.¿Cuántos mililitros de una solución 5 M de H2SO4 se requieren
para preparar 1,5 litros de una solución de 2 mM?

Problemas de Aminoácidos y Proteínas

1. Indique si se hidrolizan y en que enlace peptídico los siguientes

tripéptidos, al realizarle el tratamiento indicado en la tabla.
Justifique su respuesta.

Péptidos Tratamiento
Phe-Arg-Pro Tripsina
Phe-Met-Leu Carboxipeptidasa B
Ala-Gly-Phe Quimotripsina
Gly-Met-Pro CNBr
Pro-Arg-Met Tripsina

2. Deduzca la secuencia de aminoácidos en un péptido a partir de la

siguiente información:
a. Composición: Phe+Pro+Glu+2Lys
b. Tratamiento con el reactivo de Edman produce PTH-
glutamato.
c. Tratamiento con: tripsina, carboxipeptidasa A y
carboxipeptidasa B, no liberan péptidos pequeños ni
aminoácidos.
3. El análisis del peso molecular de una proteína disuelta en
diferentes solventes produjo la información resumida en la
siguiente tabla:

Solvente Peso Molecular

En buffer de concentración y pH fisiológicos 200.000
En 6M hidrocloruro de guanidina 100.000
En 6M hidrocloruro de guanidina + 100 mM de β-mercaptoetanol 75.000 y 25.000
Basándose en estos resultados, ¿Qué puede deducir acerca de la
estructura de la proteína en estudio? Explique brevemente los
resultados.
4. Explique las siguientes observaciones utilizando su conocimiento
de química de proteínas:
a. Un tripéptido conteniendo S, K, A, M fue tratado con
tripsina y no se observó ningún cambio en sus
propiedades. Sin embargo, al tratarse con bromuro de
cianógeno aparecieron dos péptidos diferentes al original,
de peso molecular similar.
b. Describa como podría usted probar la secuencia completa
del péptido descrito en la parte a.
5. Usted tiene una mezcla de proteínas con las siguientes
propiedades (Mr: peso molecular; pI: punto isoeléctrico)
a. Mr: 12.000; pI: 10
b. Mr: 62.000; pI: 4
c. Mr: 28.000; pI: 7
d. Mr: 9.000; pI: 5
En qué orden usted esperaría que estas proteínas eluyeran de:
A) Una resina de intercambio catiónico como la
carboximetil celulosa (CM-celulosa) al aumentar la
conductividad del buffer de elusión con un
gradiente de cloruro de sodio a pH 7,5. explique
brevemente el porqué del orden de salida por usted
propuesto.
B) Una columna de exclusión molecular; i.e. Sephadex
G-75. Explique.
6. Un polipéptido se somete a los siguientes tratamientos de
degradación, produciendo los fragmentos peptídicos con las
secuencias de aminoácidos indicados:
Tratamiento con bromuro de cianógeno:
a. Asp-Ile-Lys-Gln-Met.
b. Lys.
c. Lys-Phe-Ala-Met.
d. Tyr-Arg-Gly-Met.
Hidrólisis con tripsina:
a. Gln-Met-Lys.
b. Gly-Met-Asp-Ile-Lys.
c. Phe-Ala-Met-Lys.
d. Tyr-Arg.
¿Cuál es la secuencia de aminoácidos del polipéptido entero?
7. Describa brevemente un método que se pueda utilizar para
purificar proteínas en su estado nativo y a la vez determinar su
peso molecular.
8. Determinar la carga neta de la alanina a pH=1, 7 y 13,
empleando pKa(-COOH)= 2.35; pKa(-NH2)= 9.87.
9. Un péptido tiene la siguiente composición aminoacídica: Ala, Arg,
Asp2, Glu2, Gly3, Leu, Val3. Los siguientes péptidos se aislaron y
secuenciaron después de hidrólisis peptídica parcial:
Asp-Glu-Val-Gly-Gly-Glu-Ala.
Glu-Ala-Leu-Gly-Arg
Val-Asp-Val-Asp-Glu.
Val-Gly-Gly-Glu-Ala-Leu-Gly-Arg
Val-Asp-Val.
Leu-Gly-Arg
¿Cuál es la secuencia de aminoácidos del péptido?
10.¿Cuál es la carga neta a pH= 7 del siguiente péptido?
Phe-Lys-His-Leu-Lys-Thr-Glu-Ala-Glu-Met-Lys-Ala-Ser-Glu-Asp.
11.La composición de aminoácidos de una cadena peptídica era Ala,
Asp2, Gln2, Ile, Lys, Met3, Phe2, Trp. Por digestión del péptido
con quimotripsina y realizando la degradación de Edman sobre
los fragmentos resultantes, se obtuvieron los siguientes
péptidos; tratando otra muestra con BrCN, se obtuvieron

Degradación de Edman Muestra tratada con BrCN

Phe Asp
Asp-Met-Gln-Phe Asp-HSL
Lys-Gln-Met-Asp Gln-Phe-Ile-Ala-HSL
Ile-Ala-Met-Trp Trp-Phe-Lys-Gln-HSL
Deducir la secuencia del péptido.
HSL: Lactona de homoserina, producto cíclico resultante a
partir del aa específico que reacciona con CNBr, después del
clivaje).

12.¿Qué fragmentos resultan cuando se trata el siguiente péptido

con (a) tripsina, (b) quimotripsina y (c) bromuro de cianógeno?
Gly-Trp-Leu-Lys-Cys-Gly-Phe- Ala-His-Met-Val-Glu-Lys-Asp-Ala-
Tyr-Gln-Ser- Met-Arg-Ser-Thr-Ala-Phe-Gly-Gly.
Debemos tener presente como ocurre la hidrólisis en los distintos
métodos de hidrólisis parcial, en esta figura tenemos un
resumen:
Tratamiento Puntos de Hidrólisis
 Tripsina Lys, Arg (C)
Proteasa de Submaxillarus Arg (C)
Quimotripsina Phe, Tyr, Trp (C)
Proteasa 8 de S. aureus Asp, Glu (C)
Proteasa Asp-N Asp, Glu (N)
Pepsina Phe, Tyr, Trp (N)
BrCN Met (C)
13.La toxina botulínica, uno de los tóxicos más poderosos que se
conocen, se produce ocasionalmente debido al crecimiento de la
bacteria Clostridium botulinum en alimentos conservados
incorrectamente. La ingesta de la toxina puede ser fatal, pero los
alimentos contaminados pueden ser desintoxicados mediante
ebullición durante 15-20 min. ¿Qué es lo que está ocurriendo?

14.A fin de purificar una enzima proteín quinasa de Leishmania

amazonensis, Francia, estudiante del Laboratório de Genética
Molecular del CMBC, utilizo un cultivo que contenía 1010 parásitos (4,5
grs de peso seco) y procedió a preparar um homogenato crudo. Para
ello utilizó un homogenizador de teflón y resuspendió los parásitos en
solución tampón de lisis alcanzando un volumen final de 10 ml. Luego
utilizó una alícuota del homogenato resultante de 0,10 ml y realizó una
dilución 1:20 y determinó la concentración de proteína en la muestra
por el método de Lowry de 2,8 mg/ml. Calcule: a) la cantidad de
proteína total en el homogenato crudo del parásito. b) el porcentaje
(peso/peso) de proteína homogenizada al utilizar el homogenizador de
teflón.
15.Ciertas clases de proteínas (histonas) contienen un alto porcentaje de
Lys y Arg, pero poca Met. ¿Qué procedimiento será más eficaz para
determinar la secuencia de aminoácidos de estas proteínas? Explicar
(a) Hidrólisis con tripsina; separación de fragmentos; tratamiento de
cada fragmento con bromuro de cianógeno; separación de los
fragmentos más pequeños; degradación de Edman de los fragmentos
más pequeños; solapamiento.
(b) Tratamiento de la proteína con bromuro de cianógeno; separación
de fragmentos; hidrólisis de cada fragmento con tripsina; separación
de los fragmentos más pequeños; degradación de Edman de los
fragmentos más pequeños; solapamiento.

Problemas de Mioglobina y Hemoglobina

1. combine las formas de la mioglobina en la columna de la

izquierda con las propiedades correspondientes de la columna de
la derecha:
Ferrimioglobina a) Átomo de hierro en el estado +2
b) Átomo de hierro en el estado +3
Oximioglobina c) O2 unido al sexto enlace de coordinación
d) Sexto enlace de coordinación no ocupado
Deoximioglobina e) Molécula de H2O unida al 6to enlace de coordinación
f) Histidina en el 5to enlace de coordinación

2. La estructura de la deoxihemoglobina está estabilizada por cada

una de las siguientes interacciones, excepto por:
a. Enlace de 2,3-BPG.
b. Puentes salinos entre las cadenas laterales ácidas y básicas
de los aminoácidos.
c. Coordinación de los grupos hemos con la histidina distal.
d. Interacciones hidrofóbicas.
e. Puentes salinos en que participan los carbamatos N-
terminales.
3. ¿Porqué es necesaria la porción polipéptidica de la Mioglobina
para el transporte y almacenamiento de oxigeno?
4. Compare la Mb y la Hb enfatizando en sus principales
semejanzas y diferencias.
5. Describa el papel del 2,3 bisfosfoglicerato en la función biológica
de la Hb.
6. Prediga el efecto que tendría sobre el transporte de O2 una forma
mutante de la Hb con una afinidad marcadamente disminuida
por el 2,3 bisfosfoglicerato.
7. La curva de disociación del oxigeno de la hemoglobina refleja el
efecto alostérico resultante de la interacción de esta proteína con
el O2, CO2, H+ y BPG. ¿Cuáles de los siguientes cambios
estructurales ocurren en la molécula de hemoglobina cuando se
unen O2, CO2, H+ y BPG?
a.La unión del O2 “empuja” el átomo de hierro en el plano del
hemo y causa un cambio en la interacción de las cuatros
subunidades a través de la histidina proximal (F8).
b.El BPG se une a un solo sitio entre las cuatros subunidades
en la deoxihemoglobina, estabilizándola.
c.La forma deoxi de la hemoglobina tiene una gran afinidad por
los H+ porqué el ambiente molecular de las histidinas y del
grupo α-NH2 de las cadenas β cambian, haciéndose estos
grupos menos acídicos cuando el O2 es liberado.
d.La unión del CO2 estabiliza la forma oxi de la hemoglobina.
Problemas de Enzimas

1. A diez mezclas de reacción, conteniendo la misma concentración

de enzima le fueron añadidas diferentes concentraciones de
substrato y se determinaron las velocidades iniciales:

[S] (mol/L) v (µmol/min)

1.0x10-3 65
5.0x10-4 63
1.0x10-4 51
5.0x10-5 42
3.0x10-5 33
2.0x10-5 27
1.0x10-5 17
5.0x10-6 9,5
1.0x10-6 2,2
5.0x10-7 1,1
Usando la ecuación de Lineweaver-Burk, determine gráficamente Km
y Vmax.
Uno de los factores críticos para esta determinación es la selección de
escalas correctas para los ejes de coordenadas. ¿Qué rango de
concentración de substrato es más útil para estas determinaciones?
2. La actividad de una enzima fue ensayada a una [S] inicial de 10-5
M. La Km para este substrato es de 2x10-3 M. Después de un
minuto el 2% del substrato había sido convertido a producto (P):
a.¿Qué % de substrato habrá sido convertido a producto
después de 3 minutos?
b.Si la concentración inicial de S fuera 10-6. ¿Qué % de S habrá
sido convertido a P después de 3 minutos?
c.¿Cuál es la Vmax obtenible a esta [S]?
3. Una enzima con una Km de 2,4x10-4 M fue ensayada a las
siguientes concentraciones de sustrato: a) 2x10-7 M; b) 6,3x10-5
M; c) 10-4 M; d) 2x10-3 M y e) 0,05 M. La velocidad observada
para la [S]= 0,05 M fue de 128 mmolesxlt-1xmin-1. Calcule las
velocidades iniciales para las otras concentraciones.
4. Una enzima cataliza la reacción S P (VmaxS= 22
µmolesxlt xmin ; Vmax P = 14 µmolesxlt xmin -1 ). ¿En que
-1 -1 -1

dirección y a que velocidad procederá la reacción si [S]= 2 KmS y

[P]= 7 KmP?
5. L o s s i g u i e n t e s d a t o s s e o b t u v i e r o n d e u n a r e a c c i ó n
enzimáticamente catalizada:

[S] (M) V (ηmoles/lt/min)

6,25x10-6 15,00
7,50x10-5 56,25
1,00x10-4 60,00
1,00x10-3 74,90
1,00x10-2 75,00
a.Estime Vmax y Km.
b.Calcule V a una [S]= 2,5x10-5 M y [S]= 5x10-5 M.
c.La V que se da en la tabla fue determinada midiendo la
aparición del producto a los 10 minutos. Verifique que
representa realmente la velocidad inicial o velocidad
instantánea.
6. Calcule v causado por un inhibidor competitivo bajo las siguientes
condiciones:
a.[S]= 2x10-3 M; [I]= 2x10-3 M.
b.[S]= 4x10-4 M; [I]= 2x10-3 M.
c.[S]= 7,5x10-3 M; [I]= 10-5 M.
Asuma que Km= 2x10-3 M; Ki= 1,5x10-4 M; Vmax= 270
ηmolesxlt-1xmin-1.
7. Calcule la velocidad de una reacción catalizada enzimáticamente
en presencia de [S]= 6x10-4 M (Km 10-3 M) e [inhibidor no
competitivo]= 2,5x10-4 M (Ki= 3x10-5 M). la Vmax= 515
ηmolesxlt-1xmin-1.
8. A continuación se presenta una tabla donde se refleja la reacción
catalizada por una enzima a diferentes concentraciones del
sustrato en ausencia y presencia de un inhibidor (I) a una
concentración de 2,2 x 10-4 M.

[S] Ausencia del Inhibidor Presencia del Inhibidor

Moles/litros V (µmoles/min) V (µmoles/min)
1.0x10-4 28 18
1.5x10-4 36 24
2.0x10-4 43 30
5.0x10-4 63 51
7.5x10-4 74 63
a) Gráficamente determine: Km para el sustrato, Ki para el inhibidor y Vmax en
ausencia y presencia del inhibidor. Recuerde que puede utilizar la ecuación
de Lineaweaver-Burk, además de calcular los valores para 1/[S], 1/v con y
sin el inhibidor para cada concentración del sustrato. Luego grafique 1/v
versus 1/[S].
b) ¿Qué tipo de inhibidor es: competitivo o no competitivo? Justifique.
9. Un microorganismo marino contiene una enzima que hidroliza la
glucosa-6-sulfato. El ensayo se basa en la tasa de formación de
glucosa. La enzima en un extracto libre de células, tiene una
c o n s t a n t e c i n é t i c a K m = 6 , 7 x 1 0-4 M y V m a x = 3 0 0
ηmolesxlt -1 xmin -1 . La galactosa-6-sulfato es un inhibidor
competitivo (I).
En un ensayo se tiene: 10-5 M galactosa-6-sulfato y 2x10-5 M
glucosa-6-sulfato, y v es de 1,5 ηmolesxlt-1xmin-1. Calcule el Ki
para la galactosa-6-sulfato.
10.Durante los estudios de inhibición realizados con una enzima
aislada de levadura se obtuvieron los siguientes resultados al
graficar los valores Vo a distintas concentraciones del S en
presencia y en ausencia del inhibidor:

a.Indique el tipo de inhibición observada.

b.Indique que parámetro cinético está siendo afectado.
c.Describa a que formas de la enzima este inhibidor se une.
11.De los siguientes enunciados diga si es falso o verdadero. De ser
falso explique el porqué.
a.La Km para una enzima regulatoria varía con la concentración
de la enzima.
b.La Km de algunas enzimas puede ser alterado por la
presencia de metabolitos estructuralmente no relacionados
con el sustrato.
c.La ecuación de Micahelis-Menten es: V= Vmax / Km-[S].
Problemas de Ácidos Nucléicos

1. Complete las siguientes afirmaciones como verdadero (V) o falso

(F), según convenga:

La aminoacil RNAt sintetasa actúa tanto en la activación de los aminoácidos

como en la elongación de la cadena polipeptídica
La adición de 7-metil guanosina en la posición 5`constituye un bloque
posttanscripcional de RNAm
La biosíntesis de proteínas se realiza en tres etapas con factores diferentes cada
una de ellas
Una secuencia nucleotídica es palindrómica respecto a otra si al ser leída en
sentido opuesto la lectura es la misma
Tiouridina, metilnosina, metilguanosina y pseudouridina son nucleósidos hallados
en RNAt
El único paso que requiere ATP en la síntesis de proteínas es la activación de
aminoácidos
Los ribosomas de procariotas contienen subunidades 50S y 20S
La secuencia inicial es eliminada posttranscripcionalmente del péptido formado
A medida que se va sintetizando la proteína esta va adquiriendo su estructura
tridimensional por formación de puentes disulfuro
Las DNA polimerasas son metaloenzimas
Durante la elongación de las cadenas polipéptidicas la energía utilizada proviene
de la hidrólisis de GTP
El factor sigma de la DNA polimerasa reconoce a los promotores en los genes y
luego efectúa actividades catalíticas

2. ¿Qué mecanismos o pasos bioquímicos rigen la interacción de un

aminoácido con su RNAt particular?
3. Indique cómo funciona el mecanismo de traducción en eucariotas.
Precise los acontecimientos que tienen lugar en el ciclo de
iniciación de la traducción.
4. Mencione 5 características que diferencien el proceso de
transcripción del de replicación.
5. Nombre las estructuras del los siguientes elementos:
6. Identifique las estructuras secundarias del DNA y menciones las
diferencias entre ellas.

7. Cuatro muestras de DNA son sometidas a desnaturalización por

calentamiento controlado dando los siguientes registros:

d.¿Como se denomina el cambio de absorbancia observado?

e.¿Cómo se define Tm (temperatura de fusión) y de que
depende?
8. ¿Qué nos permiten analizar las curvas Cot?
9. Describa en un esquema sencillo la secuencia de eventos que pasa
un RNAm desde que es transcrito hasta que llega al producto final
(polipéptido).
10.La puromicina es un antibiótico inhibidor de la síntesis proteica.
Su estructura es semejante a la de un aminoacil RNAt. Discuta
cuál podría ser su mecanismo de acción.
11.Describa las modificaciones posttraduccionales que alteran al
polipéptido sintetizado.
12.Identifique el nombre y la función de las siguientes estructuras
químicas:

B
A

D
C

13.Explique los papeles de la proteína rep, la girasa del DNA y la

proteína SSB durante la replicación del DNA.
14.Dibuje una representación bidimensional de una molécula de ARNt
e identifique sus características estructuras básicas. ¿Cuál de los
 extremos terminales de una proteína que se está sintetizando está
en contacto con el ARNt?

Problemas de Carbohidratos

1. Compare las proyecciones de Harwoth de D-glucosa, D-manosa y

D-galactosa. Indique las diferencias entre las estructuras.
2. indique el carbono quiral en D-glucosa y determine el número de
posibles estereoisómeros.
3. El glicógeno y el almidón son polímeros de glucosa. ¿Porqué estas
formas son mucho más deseables que una cantidad equivalente de
glucosa libre en la célula?
4. Sugiera como una célula puede sintetizar selectivamente el
almidón pero no celulosa.
5. Establezca la diferencia estructural entre proteoglicanos y
glicoproteínas.
6. La hidrólisis de maltosa rinde:
a.Glucosa
b.Glucosa + fructosa
c.Glucosa + galactosa
7. Para los polisacáridos de la columna izquierda indique todas las
descripciones en la columna de la derecha que sean más
apropiadas:

Amilosa ____________ a) Contiene glicosídicos α-1,6.

Celulosa ___________ b) Puede ser efectivamente digerido por humanos.
Glicógeno __________ c) Contiene enlaces β-1,4.
Almidón ___________ d) Es un polisacárido ramificado.
e) Es un polisacárido de reserva en humanos.

Problemas de Lípidos

1. Compare la eficiencia relativa de extracción en solventes orgánicos

de ácidos grasos libres, metilesteres de ácidos grasos y
triglicéridos.
2. Tanto los triglicéridos como los fosfolípidos contienen ésteres de
ácidos grasos, pero solo uno de ellos puede ser considerado
anfipático. Indique cuál es anfipático y explique por qué.
3. Indique las estructuras de todos los isómeros posibles de un
triglicérido que contiene ácidos palmítico, esteárico y oleico.
 I n c l ú ya n s e t a n t o l o s i s ó m e r o s d e p o s i c i ó n c o m o l o s
estereoisómeros.
4. Una mezcla de 1-palmitoil-2-estearoil-3-lauroil glicerina y de
ácido fosfatídico en benceno se agita con un volumen igual de
agua. Después de dejar que se separen las dos fases, ¿cuál será el
lípido más abundante en la fase acuosa? Explique el porqué de su
respuesta.
5. Escriba la formula molecular y ordene en orden creciente según su
punto de fusión los siguientes ácidos grasos: palmítico, mirístico,
araquidónico, linoleico y linolénico.
6. ¿Cuál es la fuerza que induce la formación de bicapas lipídicas?
7. Explique en que consiste el modelo de mosaico fluido propuesto
por Singer y Nicholson.
8. Represente:
a.Un ácido graso C12:0.
b.Un ácido graso C18:2 (^9,12).
c.Un triacilglicerol utilizando a y b.