Búsqueda conformacional

Las moléculas están en continuo movimiento adquiriendo diferentes conformaciones entre mayor
número mayor libertad conformacional tendrá la molécula, la estructura molecular se ve
afectada por la presencia de interacciones intramoleculares entre los grupos funcionales de la
misma molécula. Estas interacciones son capaces de estabilizar ciertas disposiciones
estructurales frente a otras, es la exploración de todos los confórmeros que se pueden obtener
de una molécula dada al realizar torsiones alrededor de enlaces sencillos (grados de libertad
conformacionales), observando los cambios en la energía molecular asociados a esas torsiones.

La búsqueda conformacional en esencia consiste en evaluar la energía del sistema para

encontrar los mínimos locales en la superficie energética definida por la estructura molecular.
Busca (1) determinar la energía del sistema y (2) encontrar métodos eficientes para realizar la
búsqueda conformacional, se busca encontrar el conformero más estable de mínima energía de
una molécula o las conformaciones más estables de un complejo

Definiciones importantes

REPRESENTACIÓN DE LA VARIACIÓN ENERGÍA POTENCIAL RESPECTO A LA GEOMETRÍA DE LA

MOLÉCULA (SEP)

Una superficie de energía potencial (PES) describe la energía de un sistema, especialmente una
colección de átomos, en términos de ciertos parámetros, normalmente las posiciones de los
átomos. La superficie podría definir la energía en función de una o más coordenadas; si sólo hay
una coordenada, la superficie se denomina curva de energía potencial o energía perfil.

Una Superficie de Energía Potencial (SEP) puede describir:

 Una molécula o conjunto de moléculas con una composición atómica constante o también un
sistema donde tiene lugar una reacción química.

 Las energías relativas para distintos conformómeros (ejemplo: forma eclipsada y escalonada para
el etano).

1. Se puede interpretar y predecir estabilidad de las estructuras químicas

 2. Describir mecanismo de reacción.

3. Estudiar los procesos químicos desde un punto de vista dinámico.

4. Interpretar los espectros químicos en términos estructurales.

5. Estudiar propiedades de la materia, etc.

Mínimos de energía

Como ya mencionamos la búsqueda conformacional busca la minimización de pequeñas

moléculas, encontrando el conformero de mínima energía más estable de una molécula

La minimización de la energía de pequeñas moléculas o de sistemas macromoleculares se lleva a

cabo por cálculos iterativos sucesivos en los que se somete a la conformación inicial del sistema a
un proceso de optimización geométrica parcial o completa. los parámetros que definen la
geometría del sistema, se modifican en pequeños incrementos hasta que la estructura alcanza un
mínimo energético local o un mínimo energético global, además pueden considerarse como los
puntos críticos de una superficie de energía potencial

 Mínimo global: Es la energía más baja y nos indica la conformación más estable. Solo existe un
mínimo global para cada molécula.

 Mínimo local: Mínimo distintos del anterior, que constituyen regiones donde un cambio en la
geometría en cualquier dirección nos da una geometría de mayor energía.

 Punto de silla: Es el punto entre dos energías extremas. El punto silla se define como un punto en
la SEP en el cual hay un incremento de energía en todas las direcciones excepto una, y para el cual
la pendiente (primera derivada) de la superficie es cero.
Todos los mínimos de una SEP de una molécula representan puntos estacionarios estables donde
la suma de las fuerzas sobre los átomos es igual a cero. El mínimo global representa la
conformación más estable, mientras que los mínimos locales son conformaciones estables,
aunque menos que la global y los puntos silla representan conformaciones de transición entre
mínimos.

Los métodos utilizados para generar un conjunto de configuraciones del sistema molecular se
pueden dividir en cuatro grandes categorías: búsqueda sistemática, distancia geométrica,
búsqueda aleatoria, método Monte Carlo (MC).

1. ¿para que se necesita saber el comportamiento conformacional de una molécula?

encontrar el confórmero de mínima, energía de una molécula o las conformaciones más
estables de un complejo, Para localizar todas estas conformaciones de baja energía
definidas por una hipersuperficie compleja de energía potencial es necesario realizar una
búsqueda conformacional
La búsqueda conformacional en esencia consiste en evaluar la energía del sistema para
encontrar los mínimos locales en la superficie energética definida por la estructura
molecular. El problema tradicionalmente se divide en dos direcciones (1) determinar la
energía del sistema y (2) encontrar métodos eficientes para realizar la búsqueda
conformacional.
Para localizar todas estas conformaciones de baja energía definidas por una compleja
hipersuperficie de energía potencial es necesario realizar una búsqueda conformacional.
2. ¿diferencia entre el mínimo global y el mínimo local?
El mínimo global representa la conformación de mas baja energía y el mínimo local las
energías de las conformaciones de la molécula