Integrantes:

- Valentina Ordoñez Sánchez A00362946

- Yuliana Osorio Arias
- Luis Esteban Vásquez Muñoz
Actividad 8
Taller: Replicación, transcripción y traducción
1. Cómo se encuentra organizado/estructurado/condensado, de acuerdo a sus
niveles de compactación el cromosoma bacteriano, cómo hacen las células
(procariotas) para empaquetar un DNA de gran tamaño, explicar.

El ADN procariota de doble hebra circular está organizado y condensado en

nucleoides, los cuales se forman debido al superenrollamiento del ADN.

El principal mecanismo por el cual se compacta el cromosoma bacteriano es por

superenrollamiento de ADN que forman los microdominios topológicos. el cual se
forma gracias a la acción de las topoisomerasas y puede ser positivo o negativo. El
superenrollamiento negativo es el resultado de la torsión del DNA sobre su eje en el
sentido opuesto respecto a la doble hélice dextrorsa. El superenrollamiento negativo
es la forma predominante en la naturaleza, con algunas excepciones interesantes en
determinadas especies de Arqueas. [ CITATION Xin13 \l 3082 ]

Existen dos clases de topoisomerasas. Las topoisomerasas de clase I realizan un corte

en una sola hebra del DNA, lo que permite la rotación de una cadena de la doble
hélice sobre la otra. Cada una de estas rotaciones añade una super vuelta al DNA. A
continuación, el corte se repara. Las topoisomerasas de clase II realizan cortes en
ambas cadenas de DNA, pasan la doble hélice intacta a través del corte y, por último,
reparan el corte. Cada operación añade o suprime dos super vueltas. La inserción de
super vueltas en el DNA requiere energía procedente de ATP, mientras que la
eliminación de super vueltas no precisa energía.[ CITATION Mic \l 3082 ]
La DNA-girasa introduce superenrollamiento negativo en el DNA, pertenece al grupo
de topoisomerasas de tipo II. Su función se realiza en varias etapas. Primero, la
molécula de DNA circular se retuerce; después, cuando las dos cadenas se tocan, se
hace un corte en una de ellas. A continuación, se pasa la cadena intacta a través del
corte y por último se resella la doble hélice rota (ilustración 1).
 Ilustración 1. Proceso superenrollamiento. extraído de: Microbiología de Brock 12 ed. cap.7, pág. 197.

Todo el proceso de superenrollamiento involucra diversas topoisomerasas, en la caso

de un enredo entre las hebras hermanas, lo que se conoce como un pre catenano,
deben actuar Las topoisomerasas IV (Topo IV) que son la principal enzima
responsable de eliminar estos enredos; como tal, juega un papel central en la
segregación de los cromosomas replicados.

A la vez el cromosoma es restringido por pequeñas proteínas de unión al ADN

equivalentes a las histonas en eucariotas. En lugar de envolver el ADN en
nucleosomas, se unen de forma específica y no específica en todo el genoma y
facilitan compactación y organización de los cromosomas mediante la introducción de
curvas en el ADN y puente entre loci cromosómicos. El nucleoide se organiza
además en estructuras de orden superior llamadas macrodominios, que están
físicamente aislados entre sí. en su conformación intervienen proteínas y complejos
como MatP y MatS. Donde se piensa que MatP es el organizador del macrodominio
Ter.

2. ¿Cómo ocurre la replicación en procariotas? Analice y describa el proceso de

forma detallada.

La replicación se inicia en o cerca de la mitad de la célula y los orígenes recién

replicados se segregan rápidamente para los bordes exteriores del nucleoide.

Iniciación

La replicación empieza en una secuencia de nucleótidos en el ADN llamada: punto de

iniciación, oriC u origen de la replicación. Las cuales actúan como una señal de
iniciación. Esta secuencia es abundante en timina y adenina debido a que sus enlaces
como está formado sólo por dos puentes de hidrógeno son más fáciles de romper.

En la iniciación de la replicación intervienen las siguientes proteínas:

Helicasas. Estas se encargan de reconocer la secuencia de iniciación y rompen los

puente de hidrógeno, así mismo se encargan de abrir la doble hélice para que las
cadenas puedan servir de molde para las nuevas cadenas.

Topoisomerasas. Debido al desenrollamiento de la doble hélice se generan tensiones,

por lo cual las topoisomerasas se encargan de cortar las cadenas para liberar tensión
de superenrollamientos. Existen las topoisomerasas I y II, la topoisomerasa I corta una
cadena, y la topoisomerasa II corta las dos cadenas de ADN. Cuando la tensión ha
desaparecido, las ligasas se encargan de empalmarlas nuevamente.

Proteínas SSB. Son las proteínas estabilizadoras se encargan de unirse a cada

cadena de ADN y no permite que estas vuelvan a unirse nuevamente. Así, permiten el
paso correcto de la ADN polimerasa, impidiendo que se unan las cadenas
complementarias antes de que se añadan los nucleótidos de la nueva cadena que se
está formando.

Las helicasas actúan en doble sentido, por lo que este proceso es bidireccional. Las
dos horquillas de replicación que se han creado forman burbujas de replicación.

La ADN-polimerasa necesita de un cebador al cual poder añadir nucleótidos, por lo

cual una ARN-polimerasa (primasa) interviene para que se sintetice un pequeño
fragmento de ARN (primer) que sirve como cebador.

Ilustración 2 primera etapa de replicación. Extraído de https://biologia-

geologia.com/biologia2/10251_replicacion_en_procariotas.html
Elongación (formación de nuevas hebras)

Las ADN polimerasas son las encargadas de iniciar la síntesis de las cadenas
complementarias.

En cada horquilla de replicación, la cadena adelantada y la retardada crecen de

distinta forma:

Síntesis de la cadena adelantada:

Esta cadena es complementaria a la cadena 3'→5'. Después de que la ARN polimerasa

ha sintetizado el prímer, ARN cebador, la ADN-polimerasa III, se comienza a
sintetizar la nueva cadena en dirección 5'→3'. Los nucleótidos pierden uno de sus
grupos fosfatos, aportando la energía que necesita este proceso. Esta cadena es de
crecimiento continuo debido a que la helicasa no se detiene en ningún momento.

Síntesis de la cadena retardada:

Las síntesis de esta cadena comienza cuando la ARN primasa sintetiza unos 40
nucleótidos de ARN, el ARN cebador, en un punto que dista unos 1000 nucleótidos de
la señal de iniciación.

La ADN-polimerasa III une, en sentido 5'→3', unos 1000 ó 2000 nucleótidos de

ADN, formando un fragmento de Okazaki. Este proceso se va repitiendo según se van
separando las dos cadenas que sirven como molde.

Esta nueva cadena es de crecimiento discontinuo, a partir de fragmentos de ADN

separados. Se llama cadena o hebra retardada porque su síntesis es más lenta que la
de la cadena conductora.

Después, la ADN-polimerasa I, por su función exonucleasa, elimina los ARN

cebadores, y más tarde, por su función polimerasa, rellena los huecos que ocupaban
los ribonucleótidos con nucleótidos de ADN.

Por último, la ADN-ligasa, une con un enlace fosfodiéster los diferentes fragmentos
de Okazaki.
 Ilustración 3 segunda etapa de replicación en procariotas. Extraído de https://biologia-
geologia.com/biologia2/10251_replicacion_en_procariotas.html

Terminación

La elongación continúa hasta que el ADN está totalmente replicado. Como el

crecimiento de las cadenas es bidireccional, una de las nuevas hebras se ha sintetizado
de forma continua y la otra de forma discontinua, mediante los fragmentos de
Okazaki. Las dos horquillas de replicación se unirán en un lugar diametralmente
opuesto al origen de la replicación del cromosoma bacteriano.

La ADN polimerasa I eliminará el último cebador, y los fragmentos serán unidos por
el ADN ligasa. Así, se obtienen dos cadenas de ADN, sin ARN, e idénticas a las
moléculas de ADN parental.
 Ilustración 4 Etapa de terminación de replicación en procariotas. Extraido de https://biologia-
geologia.com/biologia2/10251_replicacion_en_procariotas.html

3. ¿Cómo ocurre la transcripción en procariotas? Analice y describa el proceso de

forma detallada.

La transcripción es el proceso mediante el cual se genera la síntesis del ARN

tomando como molde una cadena de DNA. La enzima responsable de llevar a cabo la
síntesis de ARN es la ARN polimerasa (ARNP). Al igual que la DNA-polimerasa, la
RNA-polimerasa cataliza la formación de enlaces fosfodiéster, pero en este caso entre
ribonucleótidos en lugar de desoxirribonucleótidos. A diferencia de la DNA-
polimerasa, la RNA-polimerasa puede iniciar cadenas nuevas de nucleótidos por su
cuenta; por lo tanto, no es necesario el cebador.

ARN polimerasa: en bacterias existe solamente una ARN polimerasa que sintetiza
todos los tipos de ARN. La RNA-polimerasa bacteriana tiene cinco subunidades
diferentes, designadas por B, B ’, a, w (omega) y σ (sigma), con σ presente en dos
copias. Las subunidades B y B' son similares, pero no idénticas Las subunidades
interaccionan para formar la enzima activa, llamada holoenzima RNA-polimerasa,
pero el factor sigma no está tan fuertemente unido como los otros y se disocia
fácilmente, lo que provoca la formación del núcleo de la RNA polimerasa, . El
núcleo de la enzima, por sí solo sintetiza RNA, mientras que el factor sigma reconoce
el sitio adecuado en el DNA para el comienzo de la síntesis. La subunidad omega es
necesaria para el ensamblaje del núcleo, pero no para la síntesis posterior de RNA.

Etapas de la transcripción:
 La transcripción es un proceso cíclico que puede ser aproximadamente dividido en
tres pasos principales: unión al ADN del promotor iniciación de la cadena de ARN,
cadena de ARN procesiva alargamiento y terminación.

Iniciación: La subunidad σ que está unida al núcleo central de la ARN polimerasa,

reconoce a la secuencia promotora y se une a ella. Complejo promotor cerrado a
continuación comienza a separar las dos cadenas de ADN y comienza la
transcripción.

Elongación: Una vez iniciada la transcripción, la subunidad sigma se suelta y el

núcleo central de la ARN polimerasa comienza a sintetizar ARN en el sentido 5`- 3` a
partir de los NTP libres. En este proceso, la RNA-polimerasa abre la doble hélice de
DNA en la zona del promotor para formar una burbuja de transcripción. A medida
que la polimerasa se mueve, va desenrollando el DNA en cortos segmentos. Este
desenrollamiento transitorio expone la cadena molde y le permite ser copiada en el
RNA complementario. Así, se puede considerar que los promotores dirigen a la RNA
polimerasa en un sentido o en el otro a lo largo del ADN.

Terminación: la terminación de la síntesis de RNA está dirigida por secuencias de

bases específicas en el DNA. En las bacterias, una señal de terminación habitual en el
DNA es una secuencia rica en GC que contiene una repetición invertida con un
segmento central no repetido seguida de cuatro residuos de A. La repetición invertida
forma en el ARN una estructura tipo bucle estable que obliga al ARN a disociarse del
molde.

la terminación en la transcripción en E.coli: puede deberse principalmente a unas

secuencias terminadoras que por autoapareamiento forman un lazo en el ARN, que es
una señal para que el ARN polimerasa se separe del ADN y termine la transcripción.
El factor proteico rho (ρ), que reconoce una secuencia específica del ARN y se une a
ella para tirar del ARN y soltarlo de la ARN polimerasa.

4. ¿Cómo ocurre la traducción en procariotas? Analice y describa el proceso de

forma detallada.

Iniciación

La traducción en procariotas inicia con las subunidades 30S y 50S separadas. Este
proceso también involucra 3 factores de iniciación, IF1, IF2 e IF3. El IF-1 bloquea el
sitio A para asegurar que el fMet-ARNt sólo se puede acoplar al sitio P y que ningún
otro aminoacil-ARNt puede acoplarse al sitio A durante la iniciación, mientras que el
IF-3 bloquea el sitio E y evita que las dos subunidades se asocien. IF2 es una GTPasa
que se une a fmet-tRNA y ayuda a que se acople con la subunidad ribosómica
pequeña. La subunidad 30S interactúa con la secuencia Shine-Dalgarno en el ARNm
que es complementario al extremo 3 'del ARN 16S y ayuda a posicionar
correctamente el ribosoma y que el sitio P quede en posición para leer el codón de
inicio AUG. La iniciación finaliza cuando se une la subunidad ribosómica grande y se
liberan los factores de iniciación.

Elongación

Esta consiste en la adición de aminoácidos al extremo carboxilo de la cadena. Esto

comienza cuando el nuevo aminoacil-ARNt se acopla en el sitio A. Aquí entonces
funciona el factor de elongación EF-Tu que es una pequeña GTPasa, esta facilita el
acoplamiento. El sitio P posee el comienzo de la cadena polipeptídica de la proteína
que será codificada y en el sitio A esta el siguiente aminoácido que se añadirá a la
cadena. El polipéptido creciente conectado al ARNt en el sitio P se desacopla y forma
un enlace peptídico entre el ultimo aminoácido de la cadena y el aminoácido unido al
ARNt en el sitio A. Después de la transferencia de peptidilo, el ribosoma tiene un
ARNt desacilado en el sitio P y un ARNt de peptidilo en el sitio A. La translocación
de los ARNt y ARNm es facilitada por EF-G, que también es una GTPasa. El
resultado es un ribosoma listo para la siguiente ronda de alargamiento.

Terminación

El proceso de terminación comienza cuando se encuentra un codón de terminación en

el ARNm en el sitio A. En las bacterias, el reconocimiento del codón de terminación
implica dos factores de liberación de "clase I", RF1 y RF2. Ambos factores reconocen
UAA; sin embargo, UAG es reconocido por RF1 mientras que UGA es reconocido
por RF2. Un factor de liberación de "clase II", RF3, se une al complejo de RF1 / 2 con
el ribosoma y es una GTPasa, esta unión desencadena la hidrólisis y la liberación de la
cadena peptídica del ARNt en el sitio P. RF3 promueve la disociación rápida de RF1
y RF2.

Ribosomas

Después de la liberación de la cadena peptídica, el ribosoma queda con ARNm y un

ARNt desacilado en el sitio P. Este complejo debe desmontarse para preparar el
ribosoma para una nueva ronda de síntesis de proteínas. Para este proceso se requiere
otro factor llamado factor de reciclaje de ribosomas (RRF) junto con EF-G.
Posteriormente, con ayuda del factor de iniciación IF3 se elimina el ARNt desacilado
de la subunidad 30S. Recientemente se ha demostrado que la hidrólisis de GTP en el
complejo ribosoma-RRF-EF-G conduce a una disociación del ribosoma 70S intacto
del mRNA y tRNA.
Referencias
Borukhov S, Nudler E. RNA polymerase: the vehicle of transcription. Trends Microbiol. 2008
Mar;16(3):126-34.

Madigan, M. T., Martinko, J. M., Dunlap, P. V. & Clark, D. P., s.f. En: Brock biologia de los
microorganismos. Madrid: PEARSON EDUCACIÓN, S.A., 2009 , pp. 196-197.

"Replicación del ADN en procariotas. Fases: iniciación, elongación y ...." Se consultó el Abril
29, 2021. https://biologia-geologia.com/biologia2/10251_replicacion_en_procariotas.html.

Richard, T. Pomerantz, Mike O’Donnell, 2007. Replisome mechanics: insights into a twin
DNA polymerase machine.Trends in Microbiology, Volume 15, Issue 4, pp 156-164.

Wang, X., Llopis, P. M. & Rudner, a. D. Z., 2013 . Organization and segregation of bacterial
chromosomes. NIH, Nat Rev Genet, 3(14), pp. 1-22.

V. Ramakrishnan, Ribosome Structure and the Mechanism of Translation, ol. 108, 557–572,
22 de febrero de 2

Passarge, Eberhard (31 de agosto de 2009). GENETICA TEXTO Y ATLAS. Consultado el

29 de abril de 2021.
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