ALEXANDER RICH, LA IMPORTANCIA DEL ARN Y EL DESARROLLO DE

LA HIBRIDACIÓN DEL ÁCIDO NUCLEICO

Alex Rich tuvo una larga y fértil carrera en el MIT trabajando en la relación
entre la estructura molecular y la función de las moléculas de información
biológica ADN y ARN. Rich es quizás más conocido por el esclarecimiento de
la estructura tridimensional de una molécula de ARN de transferencia, y por el
descubrimiento de una forma alternativa de ADN que existe en ciertos
contextos biológicos, conocida como ADN-Z.
Menos reconocida es la contribución de Rich al descubrimiento de la
hibridación del ácido nucleico. La hibridación es el proceso por el cual las
moléculas de ARN o ADN de una sola hebra pueden encontrarse en solución
por la coincidencia exacta de secuencias de bases complementarias. La
velocidad de hibridación está limitada únicamente por la velocidad de difusión
de las moléculas en solución. Debido a su notable velocidad y especificidad, la
hibridación sigue siendo hoy en día uno de los dos métodos fundamentales
para leer la identidad de las moléculas de ARN o ADN en diferentes contextos:
la determinación directa de la secuencia de bases, y la otra realización de la
comparación por computadora.
Rich creció en un barrio de clase trabajadora de Springfield, Massachusetts. En
la escuela secundaria, ayudó a mantener a su familia trabajando en la Armería
de los Estados Unidos maquinando ranuras en los cañones de los rifles. De
joven, Rich era inteligente, ingenioso y ambicioso y recibió una beca de
investigación en el Harvard College y más tarde asistió a la Facultad de
Medicina de Harvard. En Harvard, Rich tuvo la oportunidad de trabajar con el
Profesor de Química Biológica John Edsall, quien despertó su interés en la
química física de las macromoléculas biológicas, lo que finalmente lo llevó a
dejar la medicina para dedicarse a la investigación de postgrado con el químico
visionario y exuberante polimatemático Linus Pauling en Caltech.
Pauling descubrió la hélice alfa como un elemento básico de la estructura de
las proteínas y, al hacerlo, inventó el método de construcción de modelos como
una forma de predecir las características estructurales a gran escala de las
macromoléculas complejas a partir de las estructuras de unión química de sus
partes constituyentes. En Pauling, Rich encontró un poderoso modelo que
mostraba con el ejemplo cuán lejos se podía viajar al captar una buena idea o
un profundo conocimiento.
Cuando Rich se unió al laboratorio, Pauling estaba trabajando en una
estructura para el ADN y luego fue, para decirlo sin rodeos, sacado por James
Watson y Francis Crick. La estructura de Watson y Crick para el ADN, basada
en un astuto modelo de construcción y los datos de difracción de rayos X de
Rosalind Franklin, fue publicada en 1953. La característica clave de su
estructura era el emparejamiento exacto de las bases entre dos cadenas de
ADN que se enroscan entre sí en una doble hélice. Las reglas de
emparejamiento de las bases -pares de adenina con timina y pares de guanina
con citosina- se imponen por las limitaciones geométricas de las bases
emparejadas, ya que se mantienen unidas por enlaces de hidrógeno en el
núcleo central de la hélice. La doble hélice puede acomodar una cadena de
bases de cualquier secuencia y, por lo tanto, llevar información genética
codificada en secuencias lineales de cuatro caracteres. Además, el
emparejamiento de bases exacto entre las cadenas significa que cada cadena
lleva la misma información que la otra, pero en forma complementaria, e
inmediatamente sugirió cómo se puede duplicar la información genética para la
división celular.

El Big Bang y el problema de la codificación

La imagen emergente de que la secuencia base del ADN llevaba instrucciones
para sintetizar cadenas lineales de proteína a partir de un conjunto de 20
aminoácidos condujo a un rompecabezas más profundo: ¿cómo podía
traducirse la información codificada en la secuencia de un tipo de
macromolécula en la secuencia de un tipo de molécula totalmente diferente?
Aunque su implicación directa no se había demostrado todavía, se sospechaba
que el ARN tenía un papel central en este proceso. Uno de los indicios de la
participación del ARN era que el ARN era más abundante en los tejidos
animales o vegetales que experimentaban un rápido crecimiento y, por lo tanto,
una amplia síntesis de nuevas proteínas. El ADN y el ARN son moléculas
similares y ambos son polímeros de cuatro bases nucleótidas, pero se
diferencian en que el ADN contiene un átomo de hidrógeno en la posición 2' del
anillo de la ribosa, mientras que el ARN contiene un grupo hidroxilo en esta
posición. La ausencia de un grupo hidroxilo en esta posición hace que el ADN
sea más estable químicamente y, por lo tanto, más adecuado para llevar la
copia permanente de la información genética. Además, el ADN lleva la base
timina en lugar de la base uracilo químicamente similar en el ARN.
El brillante físico cosmológico teórico George Gamow, que fue uno de los
primeros defensores de la teoría del Big Bang, vio que había algo digno de
interés en el ARN y lo que pronto se conoció como el "problema de la
codificación". Gamow ayudó a centrar el pensamiento sobre este problema
planteando la cuestión de cómo un código escrito en cuatro bases podía ser
traducido en 20 aminoácidos diferentes. La introducción de los principios de la
teoría de la información, propuesta por primera vez en el documento de Claude
Shannon de 1948 "Una teoría matemática de la comunicación", sugirió
inmediatamente que se requerirían al menos tres bases para llevar suficiente
información para especificar 20 aminoácidos diferentes. Gamow organizó a los
científicos interesados en un grupo que se llamaba a sí mismo el RNA Tie Club
- llamado así por los clips de corbata de los miembros que llevaban la
abreviatura de un aminoácido. Rich era miembro, al igual que Watson y Crick; y
estos miembros compartían entre sí ideas y conocimientos antes de su
publicación. Como a cada miembro del club se le asignaba un aminoácido
diferente, los miembros nunca superaban los 20.
Rich quedó cautivado por la conexión, como tan bellamente ilustra el modelo
de ADN, entre la estructura química y la función biológica y estaba decidido a
dejar su huella en este nuevo campo como biólogo estructural. Se preguntaba
si el ARN podía formar una estructura de doble hélice con pares de bases y
qué papel podría tener esta estructura en la traducción de un código de ADN a
aminoácidos. Con la ayuda de Watson, que estaba en Caltech en ese
momento, Rich se puso a analizar diferentes tipos de muestras de ARN natural,
pero ninguna mostró el patrón de difracción característico en el análisis de
rayos X que Franklin había visto para el ADN de doble hélice.
Rich aceptó un trabajo en el NIH. Allí y en un año sabático en Cambridge,
Inglaterra, tuvo éxito con varios estudios estructurales y de modelado,
incluyendo una estructura para el colágeno, pero siguió volviendo a la pregunta
de si una hélice de ARN de doble cadena podía formarse. Uno de los
instrumentos analíticos más precisos para los ácidos nucleicos como el ARN
disponibles en ese momento era medir la composición de la base, es decir, la
proporción relativa de guanina, citosina, adenina y uracilo. Para una molécula
de doble cadena completa, las reglas de emparejamiento de bases dictarían
que la cantidad de guanina debería ser igual a la de citosina y la cantidad de
adenina debería ser igual a la de uracilo. Las muestras de ARN natural que
Rich estaba estudiando tenían composiciones de bases muy diferentes, pero
no seguían las reglas esperadas para una estructura de doble cadena.
Finalmente, Rich decidió forzar la cuestión sintetizando su propia molécula de
ARN que podría formar una doble cadena de base completa.
Rich y su colega David Davies utilizaron la enzima polinucleótido fosforilasa,
que podía polimerizar en cadenas los precursores de nucleótidos activados que
se proporcionaron, para preparar dos cadenas de ARN diseñadas para poder
formar pares de bases entre sí. En una reacción, prepararon una larga cadena
de ARN con sólo adininas (oligo-A) y en una reacción separada una larga
cadena de ARN compuesta enteramente de uracilo (oligo-U). Esperando ver
alguna cantidad de emparejamiento de bases, Rich mezcló los dos preparados
y se sorprendió al ver que todo el contenido se convertía en ARN con las
propiedades de las moléculas de doble cadena. El análisis de rayos X confirmó
que las dos cadenas se habían enrollado una alrededor de la otra en una doble
hélice. Este experimento demostró que una doble hélice basada en el ARN era
posible, pero la velocidad con la que se formaban las moléculas de doble
cadena era totalmente inesperada. Basándose en la química física de los
polímeros, Rich había esperado que algunos factores adicionales, como las
enzimas, serían necesarios para enrollar limpiamente largas cadenas
desordenadas alrededor de cada uno. El efecto de ver esta dramática
reorganización de las moléculas ocurrir tan eficientemente podría ser el
equivalente de ver dos líneas de pesca enredadas que fueron lanzadas juntas
espontáneamente envolviéndose en una cuidada trenza.
Ese emparejamiento espontáneo de bases entre diferentes cadenas de ácidos
nucleicos se conoce como hibridación y es el proceso químico subyacente
fundamental por el que la información del ADN se traduce en proteína. Rich
continuó mostrando que la hibridación entre una cadena de ADN (oligodT) y
una cadena de ARN (oligo-A) podría ocurrir para formar un híbrido de ARN
basado en el emparejamiento con el ADN. Esta molécula proporcionó una base
estructural para copiar la información de la secuencia de genes en el ADN en
una molécula complementaria de ARN mensajero de una sola hebra. Además,
el emparejamiento de bases entre los codones tripletes del ARN mensajero y el
bucle anticodón de un ARN de transferencia que lleva un aminoácido
específico es la base por la que el código de nucleótidos se traduce en la
secuencia de aminoácidos.
La hibridación se ha convertido en un método duradero en la investigación de
la biología molecular y la biotecnología. Poco después de que Rich llevara a
cabo su reacción de hibridación de ARN, se demostró que las dos hebras de
ADN podían fundirse a alta temperatura y luego podían volver a unirse de
manera específica de la secuencia si se mantenían a una temperatura de
recocido algo más baja. Antes de que se dispusiera de métodos para la
secuenciación directa del ADN, la hibridación era el único método por el que se
podían identificar secuencias específicas de ADN o ARN en una mezcla
compleja.
La hibridación fue crucial para el descubrimiento del empalme del ARN
mensajero realizado por el profesor Phil Sharp del Instituto MIT y fue la base de
la demostración del profesor Susumu Tonegawa de los reordenamientos del
ADN que subyacen a la formación de genes funcionales para los anticuerpos.
Incluso ahora, con métodos extremadamente poderosos para la secuenciación
del ADN, la hibridación se sigue utilizando a menudo para examinar la
estructura de los cromosomas y para realizar estudios exhaustivos de la
expresión de los genes basados en microarrays. Por último, la hibridación
específica de secuencias es el núcleo de los procesos naturales que se han
aprovechado para la interferencia del ARN de la expresión génica y la edición
del genoma basada en el CRISPR.
El propio Rich escribió y habló extensamente sobre los primeros años de la
biología molecular en formas que revelan dos características importantes como
científico. La primera es que su profunda admiración por mentores como
Pauling y colegas como Crick y Watson fue la base de una red intelectual que
sostuvo a Rich durante toda su carrera. Según su relato, un nuevo
descubrimiento en el laboratorio era invariablemente seguido por una carta o
una llamada telefónica a aquellos que admiraba para obtener sus reacciones.
Todos los biólogos, no importa cuán grande sea, luchan con el problema de
que es difícil - si no imposible - cuando se plantea un nuevo problema para
predecir si va a revelar conocimientos fundamentales para todos los seres
vivos o simplemente conducir a los detalles extraños producidos como un
subproducto de los retoques de la evolución. Rich era experto en examinar
nuevas ideas a través de su constelación de amigos brillantes para guiarlo
hacia lo fundamental.
La segunda característica relacionada es el don de Rich para ver cómo los
nuevos conceptos pueden desarrollarse en el tiempo, hasta el futuro. En el
espíritu del RNA Tie Club, Rich compartió libremente su especulación
imaginativa sobre dónde veía que se dirigía el campo, añadiendo estas ideas
progresistas a sus artículos de revisión y esparciendo sus semillas en las
secciones de discusión de sus trabajos de investigación. Entre sus ideas más
clarividentes estaba la predicción de que la hibridación a ARN mensajero de un
ARN regulador complementario podría desempeñar un papel en la regulación
de los genes; esta predicción anticipaba el descubrimiento de la regulación
basada en microARN en unos 40 años. También formuló la hipótesis, a
principios del decenio de 1960, de que las primeras formas de vida podrían
tener un sistema genético sin ADN que estuviera compuesto únicamente por
ARN. Esta puede ser la primera articulación de la idea, ahora ampliamente
aceptada, de un mundo de ARN. Como conocí a Rich en sus últimos años,
siguió comprometido y estimulado por nuevas ideas. No era difícil, cuando
hablaba con él en su oficina o cuando iba de paseo con él, sentirse conectado
y estimulado por el conjunto de ideas brillantes que han impulsado la biología
molecular desde el principio.
La ecología patógena de los microbios
Aunque muchos microorganismos son beneficiosos, muchos otros son la causa
de enfermedades infecciosas. Entre los organismos implicados se encuentran
las bacterias patógenas, que causan enfermedades como la peste, la
tuberculosis y el ántrax. Las biopelículas -comunidades microbianas muy
difíciles de destruir- se consideran responsables de enfermedades como las
infecciones bacterianas en pacientes con fibrosis quística, la enfermedad del
legionario y la otitis media (infección del oído medio). Producen placa dental;
colonizan los catéteres, las prótesis, los dispositivos transcutáneos y
ortopédicos; e infectan las lentes de contacto, las heridas abiertas y el tejido
quemado. Las biopelículas también producen enfermedades de origen
alimentario porque colonizan las superficies de los alimentos y el equipo de
procesamiento de alimentos. Las biopelículas son una gran amenaza porque
son resistentes a la mayoría de los métodos utilizados para controlar el
crecimiento microbiano. Además, el uso excesivo de antibióticos ha dado lugar
a un importante problema mundial, ya que se han seleccionado formas
resistentes de bacterias a lo largo del tiempo. Una cepa muy peligrosa, el
Staphylococcus aureus resistente a la meticilina (MRSA), ha causado estragos
recientemente.
Además, se sabe que los protozoos causan enfermedades como el paludismo,
la enfermedad del sueño y la toxoplasmosis, mientras que los hongos pueden
causar enfermedades como la tiña, la candidiasis o la histoplasmosis. Otras
enfermedades como la gripe, la fiebre amarilla y el SIDA son causadas por
virus.
Las enfermedades transmitidas por los alimentos son el resultado del consumo
de alimentos contaminados, bacterias patógenas, virus o parásitos que
contaminan los alimentos. La "higiene" es evitar la infección o el deterioro de
los alimentos mediante la eliminación de microorganismos del entorno. Dado
que los microorganismos (las bacterias, en particular) se encuentran
prácticamente en todas partes, los niveles de microorganismos nocivos pueden
reducirse a niveles aceptables con las técnicas de higiene adecuadas. Sin
embargo, en algunos casos se requiere que un objeto o sustancia sea
completamente estéril (es decir, que esté desprovisto de toda entidad viva y
virus). Un buen ejemplo de ello es la aguja hipodérmica.