Intercambio de genes horizontal en la microbiota ambiental

Rustam I. Aminov *

 Instituto Rowett de Nutrición y Salud, Universidad de Aberdeen, Aberdeen, Reino Unido

La transferencia horizontal de genes (HGT) juega un papel importante en la evolución de la vida en la Tierra. Este
punto de vista está respaldado por numerosas ocasiones de HGT que se registran en los genomas de los tres dominios
de los organismos vivos. La rápida evolución mediada por HGT es especialmente notable entre las bacterias, que
demuestran una formidable adaptabilidad frente a los recientes cambios ambientales impuestos por las actividades
humanas, como el uso de antibióticos, la contaminación industrial y la agricultura intensiva. En el corazón de la
evolución y adaptación bacteriana impulsada por HGT se encuentran herramientas de ingeniería genética natural
altamente sofisticadas en forma de una variedad de elementos genéticos móviles (MGE).

Panorama historico

Históricamente, la primera representación de la transferencia horizontal de genes (HGT) fue realizada por Griffith
(1928) , quien describió la transformación de neumococos vivos avirulentos y rugosos en neumococos lisos y
virulentos mediante la adición de factores de neumococos muertos, lisos y virulentos. El término “transformación”
en ese momento no tenía ningún componente genético en el sentido que se percibe hoy; simplemente se refería a la
"transformación" del fenotipo neumocócico. El factor de transformación, desconocido hasta 1944, parecía ser un
ácido desoxirribonucleico (ADN), aportando así un contexto genético a la descripción original de la transformación
( Avery et al., 1944 ). El descubrimiento de los primeros elementos genéticos móviles (MGE) en bacterias, fagos
(revisado en Duckworth, 1976 ) y plásmidos (Lederberg, 1952 ), ha sentado las bases para el desarrollo de la biología
molecular contemporánea, que ha contribuido enormemente a muchos campos de la biología, la medicina y la
biotecnología. Esta era comenzó en las décadas de 1930 y 1950, cuando se descubrieron los tres mecanismos
principales de HGT: transducción, transformación y conjugación. La comprensión de los fundamentos de la estructura
y función de los MGE nos permitió adaptar estos mecanismos para satisfacer nuestras necesidades, en forma de
tecnología de ingeniería genética, en una serie de aplicaciones en la ciencia, la biotecnología y la vida cotidiana.

Otro factor que atrajo una mayor atención a los MGE y HGT en las bacterias es el problema de la resistencia a los
antibióticos en las bacterias patógenas. Aunque el uso de antibióticos ha revolucionado el tratamiento de
enfermedades infecciosas en humanos y animales, la aparición de patógenos resistentes a antibióticos
como Staphylococcus aureus , Streptococcus y Enterococcus , Pseudomonas aeruginosa , Clostridium
difficile , Salmonella y Escherichia coli , y Acinetobacter baumanniiplantea una grave preocupación. La pregunta, por
tanto, es: ¿por qué y cómo sucede esto? ¿Por qué un antibiótico eficaz y recientemente introducido, después de
algunos años de uso, se vuelve esencialmente inútil para el tratamiento de una infección? El problema se encontró
por primera vez en las comunidades y hospitales japoneses en la década de 1950 cuando se enfrentaron a brotes de
disentería por Shigella que resistieron el tratamiento con los antibióticos habituales. Las investigaciones clínicas y
genéticas intensivas realizadas por científicos japoneses durante ese período dieron como resultado el concepto de
transferencia de resistencia a fármacos mediada por episomas en Enterobacteriaceae ( Watanabe y Fukasawa,
1961 ; Watanabe, 1963).). Esto, junto con el siguiente período de investigación de la resistencia a los antibióticos, fue
un enclave dentro de los límites de la microbiología clínica y la genética bacteriana, porque se pensaba que el
problema de la resistencia a los antibióticos se debía y podía resolverse dentro de las prácticas de tratamiento con
antibióticos de los humanos. enfermedades infecciosas. La poca interacción con otros campos de la microbiología fue
otro factor que contribuyó al aislamiento. La comprensión de que la investigación de la resistencia a los antibióticos
debe tener un enfoque más amplio que el de la microbiología clínica para identificar los factores que en última
instancia conducen a la adquisición de resistencia a los antibióticos por parte de los patógenos entró en el
pensamiento general mucho más tarde. En particular, la ubicación del problema dentro de los contextos evolutivo y
ecológico pareció ser especialmente fructífera (Aminov y Mackie, 2007 ; Aminov, 2009 , 2010 ). De esta síntesis
surgieron dos conclusiones principales: en primer lugar, es la enorme diversidad de genes de resistencia a antibióticos
existentes en la microbiota ambiental que se ha acumulado durante miles de millones de años de evolución; y, en
segundo lugar, la comprensión de que no existen barreras entre los compartimentos ecológicos en el mundo
microbiano, y que la microbiota de los diferentes compartimentos puede intercambiar fácilmente el acervo genético
a través de la HGT mediada por MGE.

Los estudios clínicos centrados en los mecanismos moleculares de la resistencia a los antibióticos, los elementos
genéticos implicados y la epidemiología se han desarrollado en paralelo, pero no de forma interactiva, con los estudios
ambientales de HGT. Los primeros intentos de estimar las frecuencias de HGT en entornos naturales se realizaron en
la década de 1970 con el uso de bacterias modelo, E. coli y Bacillus subtilis ( Weinberg y Stotzky, 1972 ; Graham e
Istock, 1978 ). Desde entonces, el enfoque que involucra estudios de campo y basados en microcosmos, así como una
variedad de MGE, ha dado como resultado una mejor comprensión de cómo los factores ambientales contribuyen a
la HGT en los ecosistemas naturales ( Van Elsas et al., 2000 ; Timms-Wilson et al. ., 2001). El análisis de los procesos
de intercambio de genes en entornos naturales se vio facilitado por la introducción de una variedad de herramientas
de ecología molecular en el microcosmos y los estudios de campo. Estos fueron los marcadores que permitieron
distinguir las poblaciones donante, receptora y transformante / transconjugante / transductora; Hibridación y
secuenciación de ADN; Tipificación por PCR; y otros ( Akkermans et al., 1995 ; Götz et al., 1996 ; Smalla et al.,
2000 ; Timms-Wilson et al., 2001 ). La visualización de la transferencia de genes in situ fue posible con el uso
del gen gfp ( Christensen et al., 1996 ; Andersen et al., 1998 ; Dahlberg et al., 1998a). Estos avances tecnológicos
permitieron estimar las tasas reales de HGT y los factores que la afectan en los ecosistemas naturales.

Una mayor justificación del importante papel desempeñado por la HGT en el proceso evolutivo, especialmente entre
las Bacterias, surgió durante la última década, comúnmente conocida como la era "ómica". El advenimiento de la
secuenciación de alto rendimiento hace posible determinar la estructura genómica de muchos organismos vivos y
aplicar el enfoque retrospectivo a los estudios de HGT. Los análisis genómicos comparativos revelaron que, además
de los genes centrales que codifican funciones celulares esenciales, la parte sustancial de los genomas bacterianos
consiste en genes auxiliares adquiridos por HGT ( Ochman et al., 2000). El último grupo de genes puede conferir
ventajas adaptativas bajo ciertas condiciones ambientales o de crecimiento que pueden contener antimicrobianos,
xenobióticos, metales pesados, sacarosa y otros compuestos. Estos genes también confieren las características
importantes que permiten la colonización de nuevos nichos ecológicos regidos por factores bióticos como las
relaciones simbióticas y patogénicas ( Koonin et al., 2001 ).

La gama de MGE involucrados en la evolución y adaptación de bacterias a través de HGT se actualiza y reclasifica
continuamente de acuerdo con una mejor comprensión de los mecanismos de HGT. Se ha propuesto, por ejemplo,
unificar las clases heterogéneas de MGE, como transposones conjugativos, "plásmidos" integradores, islas genómicas
y numerosos elementos no clasificados en elementos integradores y conjugativos (ICE; Burrus et al., 2002). La base
de esta reclasificación fue que estos elementos comparten características similares, como la escisión por
recombinación específica de un sitio, la transferencia por conjugación y la integración por recombinación entre un
sitio específico de elementos y un sitio en el genoma del huésped. Por lo tanto, los ICE combinan las características
de otros MGE, como los bacteriófagos (integración y escisión del cromosoma del huésped, pero sin transmisión por
conjugación), secuencias de inserción (IS) y transposones simples (integración y escisión del cromosoma pero sin
transferencia horizontal). ) y plásmidos conjugativos y movilizables (transferidos de una célula a otra por conjugación
pero replicados de forma autónoma; Wozniak y Waldor, 2010). Otra propuesta, aún más radical, fue la de incluir una
serie de MGE bajo el paraguas de las islas genómicas (GEI; Juhas et al., 2009 ). Según este punto de vista, GEI abarcaría
otras categorías de elementos, como ICE, plásmidos integrados, elementos no replicables pero extirpables ( unidad
de Bacteroides no replicable , NBU; Shoemaker et al., 2000 ), e incluso profagos crípticos o dañados.

Otra clase interesante de MGE es el llamado agente de transferencia de genes (GTA), que se describió inicialmente
en Rhodobacter capsulatus (anteriormente Rhodopseudomonas capsulata ; Yen et al., 1979 ) pero que luego se
encontró en muchas otras bacterias ( Lang y Beatty, 2007). ; Stanton, 2007 ). Aunque los GTA son similares a los
bacteriófagos, tienen dos diferencias importantes: funcionan solo en transferencias de ADN genómico entre células
y no hay efectos negativos asociados con la transferencia de genes al receptor. Los representantes de otra clase de
MGE, denominada IS CRs, se sabe que se mueven mediante un proceso llamado "replicación de círculo rodante". Una
función de este proceso es el movimiento concomitante del ADN adyacente aguas arriba de sus genes transposasa
( Toleman et al., 2006 ). Un mecanismo novedoso recientemente descubierto de HGT en E. coli , que se denominó
"transformación de célula a célula", involucra ADN derivado de células y, similar a las bacterias Gram-positivas, una
supuesta feromona promotora ( Etchuuya et al., 2011 ) . Estos ejemplos sugieren que existe un continuo de MGE, que
se superponen parcialmente en su estructura y función, en lugar de clases de MGE separadas y estrictamente
definidas.

Incluso los conceptos dentro de las áreas bien establecidas de la investigación de MGE, como la biología de plásmidos,
pueden requerir más aclaraciones y ajustes a la luz de información novedosa proveniente de una muestra más amplia
de diversidad microbiana y mecanismos genéticos asociados. Por ejemplo, la clasificación original de los plásmidos
en grupos de compatibilidad se basó en la capacidad de los plásmidos para coexistir de manera estable en la misma
bacteria ( Datta y Hedges, 1971 ). Los mecanismos moleculares subyacentes a la incompatibilidad se explicaron
básicamente como un fenómeno estocástico basado en la incapacidad del huésped bacteriano para diferenciar entre
replicones similares dando lugar a segregantes homoplásmidos como consecuencia directa del surtido aleatorio
durante la división celular ( Novick, 1987). Dentro de los marcos de este concepto, es difícil explicar la herencia estable
de múltiples plásmidos grandes en Alphaproteobacteria ( Pradella et al., 2010 ). La implementación de un enfoque
filogenómico para la clasificación de plásmidos sugiere que los Rhodobacterales albergan un conjunto de al menos
18 plásmidos compatibles, que en principio pueden coexistir de manera estable dentro de la misma célula ( Petersen
et al., 2009 , 2011 ). Otro concepto que actualmente está siendo objeto de una extensa reevaluación es el papel de
los profagos en los genomas bacterianos. La visión convencional de los profagos como bombas de tiempo que están
listas para entrar en el ciclo lítico y destruir al huésped está cambiando gradualmente hacia su percepción como un
componente clave en las estrategias de supervivencia bacteriana ( Paul, 2008).). De hecho, los profagos pueden
conferir muchas propiedades beneficiosas al huésped, lo que ayuda a resistir el estrés osmótico, oxidativo y ácido,
además de contribuir a un mayor crecimiento y formación de biopelículas ( Wang et al., 2010 ).

Mientras exploramos la gran cantidad de datos recopilados por la genómica / metagenómica ambiental, podemos
vislumbrar los eventos HGT del pasado, también es comprensible que deseamos conocer el alcance de la HGT en los
ecosistemas actuales, especialmente frente a necesidades apremiantes tales como la adquisición de resistencia a los
antibióticos por patógenos o los riesgos potenciales asociados con los organismos genéticamente modificados
(OGM). Muchos experimentos de campo y de microcosmos destinados a estimar las tasas de HGT en ecosistemas
naturales se basan en organismos modelo con una genética bien desarrollada. Estos organismos, sin embargo, han
sido seleccionados como modelos debido a sus características que son importantes para trabajar en condiciones de
laboratorio, tales como la sencillez de cultivo, tolerancia a altas concentraciones de nutrientes, facilidad de
manipulación genética, y otras características que no son necesariamente significativas para la supervivencia y
multiplicación en ecosistemas naturales. Cepas de laboratorio deB. subtilis , por ejemplo, se ha seleccionado y
manipulado para volverse altamente competente, lo cual es importante para los estudios de genética bacteriana
( Anagnostopoulos y Spizizen, 1961 ). Sin embargo, muchas cepas de tipo salvaje de B. subtilis no son naturalmente
competentes, y la transformación de estas cepas "no domesticadas" sólo es posible por medios altamente
antinaturales como la electroporación de protoplastos ( Romero et al., 2006).). Otro problema, que puede surgir al
acceder a HGT en ecosistemas naturales, es que diferentes MGE pueden interactuar potencialmente entre sí. Por lo
tanto, es importante conocer la diversidad de MGE indígenas en microcosmos y estudios de campo. Y finalmente,
debido a la dispersión y el tamaño de la población, los microorganismos pueden transferirse a través de ambientes
distantes ( Hooper et al., 2008 ). Este componente geográfico puede contribuir sustancialmente a la HGT,
especialmente si el material genético transferido confiere los rasgos importantes para la supervivencia y reproducción
en el nicho ecológico del “donante”. Por lo tanto, se debe tener cierto grado de precaución al estimar las frecuencias
de HGT en ecosistemas naturales.

En esta revisión, la HGT se ve principalmente desde una perspectiva de regulación ecológica y ambiental en lugar de
centrarse en la genética y la regulación a nivel celular. Está formado por dos partes. En la primera parte, se discuten
las comunidades del suelo, acuáticas, intestinales y de biopelículas con respecto a los procesos HGT en estos
ecosistemas. En la segunda parte, se analizan los factores que potencialmente afectan a la HGT en los ecosistemas
naturales.

HGT en ecosistemas naturales

 Suelo

Los ecosistemas del suelo albergan una diversidad extremadamente amplia de microbiota que refleja el tipo de
planta, el tipo de suelo, el régimen de gestión del suelo y otros factores ( Garbeva et al., 2004 ). Para empezar, el
entorno físico del suelo es bastante heterogéneo en términos de fases gaseosas, líquidas o sólidas ( Smiles, 1988). Las
variables adicionales incluyen factores abióticos como temperatura, pH, concentración de nutrientes y contenido de
oxígeno y humedad y factores bióticos como relaciones antagónicas, comensales, mutualistas y de otro tipo entre los
habitantes del suelo. Dado que la regulación de la maquinaria genética es muy sensible al medio ambiente, estos
factores pueden afectar las frecuencias de HGT. Por ejemplo, la tasa de transferencia de plásmido conyugal en el
suelo varía según factores abióticos, como la humedad y la temperatura del suelo ( Richaume et al., 1989 ), el pH
( Rochelle et al., 1989 ) y el tipo de suelo ( Richaume et al. , 1992 ). El movimiento del agua en el suelo puede influir
en la supervivencia y el transporte de cepas modificadas genéticamente ( Trevors et al., 1990). En cuanto a los factores
bióticos, la presencia de lombrices, protozoos y hongos ciertamente afecta la transferencia del plásmido conyugal en
el suelo ( Daane et al., 1996 , 1997 ; Sørensen et al., 1999 ; Sengeløv et al., 2000 ). El suelo a granel, sin embargo, es
generalmente pobre en nutrientes, mientras que el estado metabólico activo de las bacterias requeridas para la HGT
es posible en puntos calientes nutricionales como la rizosfera, la filosfera, los tejidos de plantas y animales en
descomposición y el suelo aplicado con estiércol ( Van Elsas y Bailey, 2002 ).

De hecho, las transferencias de plásmidos conjugativos entre los habitantes de la fitosfera de las plantas se han
detectado en múltiples ocasiones ( Van Elsas et al., 1988 ; Lilley et al., 1994 ; Björklöf et al., 1995 ; Pukall et al.,
1996 ; Lilley y Bailey, 1997 ; Kroer et al., 1998 ). El crecimiento de las raíces y la producción de exudado parecen ser
los factores más importantes que contribuyen a la frecuencia de la transferencia horizontal de plásmidos en la
rizosfera ( Mølbak et al., 2007 ). Las proporciones de transferencia fueron aproximadamente 10 veces más bajas en
el suelo de control que en las rizosferas de guisante y cebada. Para algunos plásmidos, se demostró una gama
excepcionalmente amplia de receptores en la rizosfera ( Musovic et al., 2006). Se demostró que había una
transferencia conyugal de alta frecuencia de un plásmido IncP-1 pKJK10 no solo a bacterias pertenecientes a las
subclases alfa, beta y gamma de las Proteobacterias, sino también a Arthrobacter sp., Un miembro grampositivo de
la Actinobacterias. En comparación con el apareamiento por filtración, el modelo de planta (brotes de alfalfa)
proporcionó un entorno que mejoró sustancialmente la transferencia de marcadores de resistencia a antibióticos
codificados por plásmidos y transposones entre bacterias del ácido láctico ( Toomey et al., 2009 ).

La aplicación de estiércol al suelo es otro punto crítico que contribuye al aumento de las concentraciones locales de
MGE y la frecuencia de HGT en este ecosistema. Esta práctica, como se ha demostrado, puede mejorar la movilización
de plásmidos y la supervivencia de la cepa donante introducida ( Götz y Smalla, 1997 ). Si se aplica junto con un
antibiótico, el efecto es sinérgico y afecta las frecuencias de transferencia y la composición de los MGE introducidos
con el estiércol ( Heuer y Smalla, 2007 ). La aplicación de campo de estiércol de cerdos, que alberga una reserva
sustancial de plásmidos de amplio rango de huéspedes que confieren múltiples genes de resistencia a antibióticos,
da como resultado la diseminación de plásmidos similares a IncN, IncW, IncP-1 y pHHV216 en suelos agrícolas ( Binh
et al. , 2008). Los integrones de clase 1 clínicamente relevantes también se introducen en el suelo mediante prácticas
similares ( Binh et al., 2009 ).

Además de contribuir a la acumulación de MGE y al aumento de HGT, la aplicación de estiércol al suelo tiene otras
consecuencias importantes, como la generación de nueva diversidad de MGE y la diseminación de nuevos fenotipos
(por ejemplo, resistencia a antibióticos introducidos recientemente) entre las poblaciones bacterianas. Un ejemplo
de este tipo se describió recientemente ( Heuer et al., 2009 ) y merece una discusión más detallada. Se capturó un
nuevo tipo de plásmido con un 36% de contenido de G + C de la microbiota del suelo tratada con estiércol mediante
conjugación con E. colirecipiente. El núcleo de los plásmidos de este tipo es probablemente el producto de la
recombinación, que comprende genes de transferencia y mantenimiento con una homología moderada con el
plásmido pIPO2 y un módulo de replicación (rep y oriV) de otro origen, correspondientemente. Estos plásmidos
codifican varios genes de resistencia a antibióticos, incluido tet (X) (número de acceso de GenBank FJ012881), que
puede conferir resistencia contra una tetraciclina de tercera generación recientemente introducida, la tigeciclina
( Moore et al., 2005 ). Las especies de Acinetobacter son los hospedadores putativos de estos plásmidos de baja G +
C en el ecosistema del suelo ( Heuer et al., 2009 ), lo cual es motivo de preocupación porque A. baumannii, resistente
a múltiples fármacos, estrechamente relacionadoes una de las amenazas emergentes en los hospitales ( Dijkshoorn
et al., 2007 ). La tigeciclina se propone actualmente como una nueva opción de tratamiento contra A.
baumannii ( Bosó-Ribelles et al., 2008 ), pero esta bacteria ya plantea un problema importante, ya que la resistencia,
aunque conferida por un mecanismo diferente a TetX, surge fácilmente durante la tigeciclina. terapia ( Peleg et al.,
2007 ; Damier-Piolle et al., 2008 ). La similitud de las características estructurales y de replicación entre los plásmidos
bajos en G + C del suelo y los plásmidos correspondientes de los aislados clínicos de A. baumannii , junto con la
herencia estable de estos plásmidos en Acinetobacter spp. (Heuer et al., 2009 ), sugiere que, una vez adquiridos, A.
baumannii puede acomodar fácilmente los plásmidos en el entorno clínico. Dado que estos plásmidos tienen
resistencia contra el fármaco de último recurso, su posible entrada en A. baumannii clínica es un escenario altamente
indeseable. Lamentablemente, existe alguna evidencia de que al menos algunos genes de resistencia clínicamente
relevantes tienen un origen ambiental ( Wright, 2010 ), lo que sugiere eventos pasados de intercambio genético
horizontal entre estos compartimentos ecológicos. Por lo tanto, la microbiota del suelo, especialmente del suelo
fertilizado con estiércol, alberga una amplia variedad de MGE que permiten una HGT extensa dentro y entre los
ecosistemas microbianos.

Al mismo tiempo, los ecosistemas de suelos nutricionalmente pobres también pueden estar involucrados en el
proceso de HGT. Por ejemplo, un subsuelo terrestre profundo, que es altamente oligotrófico y extremo en términos
de condiciones físicas y químicas, todavía alberga poblaciones bacterianas que portan MGE y las firmas genéticas de
eventos de transferencia genética pasados, algunos de ellos aparentemente recientes ( Coombs y Barkay,
2004 ; Coombs, 2009 ). Es aún más probable que las tasas de HGT en condiciones nutricionalmente favorables sean
más altas debido a los requisitos biosintéticos y energéticos sustanciales de conjugación, captación de ADN y ciclo
lítico.

Evaluaciones recientes de varios tipos de suelo revelaron que la lisogenia es relativamente común en la microbiota
del suelo ( Williamson et al., 2007 , 2008 ; Ghosh et al., 2008 ). De manera similar a la HGT mediada por plásmidos, la
diversidad y la dinámica de los bacteriófagos también se limitan principalmente a los puntos calientes
nutricionalmente ricos como la rizosfera. La disminución de la Pseudomonas sp. Fluorescente introducida . La
población reveló la presencia de un gran número de bacteriófagos en la rizosfera de la remolacha azucarera
( Stephens et al., 1987 ). Por otro lado, la dinámica de crecimiento e interacción de estreptomicetos y un bacteriófago
investigado bajo una condición de microcosmos del suelo menos rica en nutrientes no reveló tal efecto de los fagos
(Burroughs et al., 2000 ). En estas condiciones, no se encontró ningún impacto medible sobre el huésped en términos
de crecimiento reducido por el fago. Curiosamente, el tamaño de la explosión del fago fue mayor en el suelo en
relación con el observado en cultivo líquido, lo que sugiere que los experimentos de transducción in vitro pueden
subestimar el impacto de este mecanismo de HGT en particular en los ecosistemas naturales.

En el ecosistema del suelo, los bacteriófagos muestran una adaptación local a sus huéspedes bacterianos ( Vos et al.,
2009 ). Los fagos simpátricos son más infecciosos que los fagos de muestras a cierta distancia, lo que sugiere que la
HGT mediada por fagos está muy localizada en los compartimentos del suelo. En experimentos de microcosmos
modelo, la presencia de fagos redujo en gran medida la diversidad simpátrica de la bacteria huésped, pero favoreció
la diversificación alopátrica del huésped ( Buckling y Rainey, 2002 ).

La posibilidad de transformación genética natural de B. subtilis y Pseudomonas stutzeri se ha demostrado en un

sistema de modelo de suelo / sedimento ( Lorenz et al., 1988 ; Lorenz y Wackernagel, 1990 ). Estos estudios
encontraron tasas de transformación significativamente más altas si el ADN transformante estaba asociado con
material mineral / particulado y, por lo tanto, estaba protegido contra la degradación por nucleasa. El efecto protector
de la absorción de ADN en minerales que comprenden suelo y sedimentos contra DNasas se ha observado en muchas
ocasiones ( Aardema et al., 1983 ; Romanowski et al., 1991 ; Demanèche et al., 2001 ; Cai et al., 2006). Si bien algunas
bacterias naturalmente competentes, como en los ejemplos anteriores, de hecho demuestran un cierto nivel de
transformabilidad, la ocurrencia de bacterias naturalmente transformables entre la microbiota del suelo a granel y
rizosfera es muy baja ( Richter y Smalla, 2007 ). Se realizaron varios ensayos de transformación, pero solo se
obtuvieron transformantes con un control positivo, Acinetobacter baylyi BD413, una cepa altamente transformable
que puede ser transformada por ADN de prácticamente cualquier fuente. Por lo tanto, los autores concluyeron que
la proporción de rizosfera nativa y bacterias del suelo a granel, que son naturalmente transformables, es
insignificantemente baja.

Ha habido (y de hecho todavía hay) debates intensos en torno a la cuestión de los posibles riesgos asociados con la
liberación de OMG al medio ambiente y, en particular, el impacto de las plantas transgénicas. El ADN de la planta
puede persistir en el suelo durante períodos sustancialmente largos. En experimentos de microcosmos
que modelaron el transporte in situ de ADN vegetal recombinante (ADNr) de maíz y soja listos para el rodeo (RR)
mediante agua lixiviada, las vidas medias del ADNr en agua lixiviada variaron de 1,2 a 26,7 h, dependiendo de la
temperatura ( Gulden et al ., 2005 ). La presencia de ADN transgénico en el suelo donde se cultivaron maíz RR y soja
puede detectarse mediante PCR en tiempo real hasta por 1 año después de la siembra ( Lerat et al., 2007). En
experimentos de microcosmos del suelo, en los que se investigó la entrada de ADNr procedente de la descomposición
de la biomasa foliar RR en el suelo, el ADN correspondiente fue detectable en el suelo después de 30 días ( Levy-
Booth et al., 2008 ). En la etapa actual de nuestro conocimiento, la HGT de plantas transgénicas a bacterias terrestres
se considera un evento raro ( Nielsen et al., 1998 ). Sin embargo, un estudio reciente con el uso de una tecnología de
visualización in situ demostró que este proceso se puede observar en tiempo real ( Pontiroli et al., 2009 ). Sin
embargo, el estudio empleó un A. baylyi altamente transformablecepa BD413, que puede conducir a la
sobreestimación de las tasas de transformación natural. La opinión actual es que incluso si se produce HGT de plantas
transgénicas a la microbiota del suelo, no se espera que influya en la evolución procariota ni tenga efectos negativos
en la salud humana o animal y el medio ambiente ( Brigulla y Wackernagel, 2010 ).

 Ecosistemas acuáticos

Más del 70% de la superficie terrestre está cubierta de agua y el océano mundial es uno de los principales
componentes que forman el clima y la biosfera de la Tierra. Como el hábito más grande de la Tierra, el Océano
Mundial alberga una gran diversidad de vida y es responsable de casi la mitad de la producción de oxígeno. Además,
existen muchos ecosistemas de agua dulce, como lagos, ríos y cuerpos de agua más pequeños.

Uno de los primeros relatos sobre la aparición de resistencia a los antibióticos en bacterias marinas ha descubierto
que este fenotipo es común dentro de esta microbiota ( Sizemore y Colwell, 1977 ). Curiosamente, el fenotipo de
resistencia se encontró con más frecuencia en bacterias de muestras de agua de mar recolectadas en alta mar que
en las recolectadas cerca de la costa. La resistencia a los antibióticos incluso estuvo presente en bacterias recolectadas
a unos 522 km de la costa ya una profundidad de 8.200 m. En 6 de cada 10 aislamientos bacterianos, la presencia de
ADN plasmídico se confirmó mediante centrifugación en gradiente de densidad con bromuro de etidio y cloruro de
cesio. En general, sin embargo, el fenotipo de resistencia a los antibióticos y la presencia de plásmidos en bacterias
marinas tienden a correlacionarse con el grado de contaminación, especialmente por desechos químicos tóxicos
( Baya et al., 1986; Young, 1993 ). Un enfoque sin cultivo aplicado recientemente para la caracterización
del metagenoma de Synechococcus costero se basó en la clasificación de células basada en citometría de flujo con
una pirosecuenciación de escopeta 454 posterior ( Palenik et al., 2009 ). Este enfoque permitió identificar plásmidos
novedosos que no se encontraron en los genomas de cepas modelo de este clado. Los plásmidos con un rango de
tamaño enorme también están muy extendidos en el clado Roseobacter , cuyos representantes constituyen hasta el
25% de la comunidad bacteriana marina total y, por lo tanto, desempeñan un papel global en este ecosistema
( Brinkhoff et al., 2008).). Algunos representantes pueden llevar hasta 12 replicones extracromosómicos, lo que
sugiere un mecanismo de partición muy sofisticado que garantiza su herencia estable ( Pradella et al.,
2010 ). En Vibrio marino, la mayoría de los plásmidos están asociados con una relación patógena o simbiótica con el
organismo huésped ( Hazen et al., 2010 ).

Con el advenimiento de las tecnologías de secuenciación de alto rendimiento, es posible caracterizar la diversidad de
fagos marinos sin los pasos de aislamiento y cultivo, que consumen mucho tiempo y recursos, mientras que el
resultado se limita a unos pocos fagos que podemos multiplicar. y caracterizar en condiciones de laboratorio. De
hecho, el enfoque metagenómico es la única forma de caracterizar la diversidad viral porque no existe un gen único
común a todos los fagos que sirva como marcador filogenético ( Edwards y Rohwer, 2005 ). Los análisis comparativos
de viromas marinos que involucran cuatro regiones oceánicas demostraron que la diversidad global es muy alta,
presumiblemente varios cientos de miles de especies ( Angly et al., 2006). Las regiones oceánicas tenían diferentes
ensamblajes de fagos marinos, lo que sugiere fuertes presiones selectivas locales que enriquecen ciertos tipos de
virus. La caracterización metagenómica de virus dentro de muestras microbianas acuáticas reveló una prevalencia de
genes que codifican funciones fisiológicas microbianas entre secuencias virales ( Williamson et al., 2008 ). El cribado
de 113 genomas de bacterias marinas en busca de profagos produjo 64 elementos similares a los profagos, 21 de los
cuales se parecían mucho a los GTA ( Paul, 2008). Por lo tanto, la HGT mediada por virus y GTA es un mecanismo
común para generar diversidad microbiana en el medio marino, contribuyendo así a la supervivencia en diferentes
partes de este extenso nicho ecológico. Además, los fagos marinos pueden contribuir directamente a la aptitud de
sus huéspedes. Se ha sugerido, por ejemplo, que los genes auxiliares en los fagos marinos pueden conferir una ventaja
selectiva al huésped a través de los casetes de genes virales que codifican los fotosistemas centrales, I y II ( Sharon et
al., 2009 ).

Históricamente, el in situLas tasas de HGT en ecosistemas acuáticos se han estudiado típicamente con el uso de
microcosmos, y es comprensible que en varios casos estos modelos tengan ciertas limitaciones para reproducir la
amplia gama de nichos ecológicos presentes, por ejemplo, en el Océano Mundial. En la mayoría de los casos, los
microcosmos se limitan a modelar los ecosistemas costeros o estuarinos poco profundos, frecuentemente sin la
presencia de macro y microbiota ambiental. Los experimentos de laboratorio también carecen de la escala de los
ecosistemas naturales y, como consecuencia, pueden descartar el papel de variables importantes que pueden afectar
a la TGH. Otro aspecto, que debe tenerse en cuenta, es el uso de donantes y receptores modelo que han sido
"preseleccionados" en condiciones de laboratorio para monitorear la THG. Los resultados de HGT obtenidos con el
uso de organismos modelo, construcciones genéticas,

Se ha demostrado que la presencia de sedimentos marinos en microcosmos facilita la captación y expresión de ADN
exógeno por Vibrio sp. Marino transformable . ( Stewart y Sinigalliano, 1990 ). A partir de este estudio se concluyó
que los sedimentos eran más probables nichos de transformación natural que la columna de agua en el medio
marino. Sin embargo, otro estudio de la transformación natural del plásmido de una cepa de Vibrio en la columna de
agua marina y los microcosmos de sedimentos, en presencia de la comunidad microbiana ambiental, llegó a la
conclusión opuesta ( Paul et al., 1991). Los autores explicaron esta discrepancia mediante una configuración
experimental diferencial que involucraba la presencia de microbiota ambiental en sus experimentos, mientras que el
trabajo anterior utilizó sedimentos estériles. La estimación de las tasas de transformación en ambientes estuarinos
basada en la distribución de competencias y frecuencias de transformación en aislamientos y poblaciones mixtas varió
de 5 × 10 -4 a 1.5 transformantes por día ( Frischer et al., 1994 ). Otro aspecto de la transformación natural es que la
estructura y función de la transformación del ADN puede verse afectada por la microbiota in situ . Por ejemplo, un
plásmido pQSR50 de amplio rango de huéspedes que se introdujo en las bacterias marinas autóctonas mediante
transformación natural se sometió a la alteración de los perfiles de restricción (Williams y col., 1997 ). Esto implicó
cambios en los patrones de metilación, así como reordenamientos estructurales del plásmido después de la
transferencia de genes, contribuyendo así a la generación de diversidad de plásmidos entre las poblaciones
bacterianas in situ .

En muchos experimentos se han demostrado transferencias de plásmidos conjugativos en condiciones ambientales

marinas simuladas. Los transconjugantes pueden detectarse incluso en condiciones oligotróficas y con densidades de
población muy bajas de donantes y receptores ( Goodman et al., 1993 ). La heterogeneidad del medio marino afecta
las tasas de HGT; la frecuencia de transferencia del plásmido es mayor entre las células adheridas a las superficies de
las perlas en la biopelícula que entre las células en la fase acuosa ( Angles et al., 1993 ). El uso de la tecnología in
situ con el plásmido conjugativo pBF1 etiquetado con gfp de Pseudomonas putidasugiere que las tasas de
transferencia horizontal de plásmidos directamente determinadas en las comunidades bacterianas marinas pueden
ser altas, oscilando entre 2,3 × 10 −6 y 2,2 × 10 −4 transconjugantes por receptor ( Dahlberg et al., 1998b ).
En uno de los estudios iniciales , se controló la transducción de la resistencia a la estreptomicina de P. aeruginosa por
un fago transductor generalizado, F116, en una cámara de flujo continuo suspendida en un depósito de agua dulce
( Morrison et al., 1978 ). La frecuencia de la transducción mediada por F116 osciló entre 1,4 × 10 −5 y 8,3 ×
10 −2 transductantes por receptor durante el período de incubación de 10 días. Una investigación reciente de la
transferencia de genes mediada por fagos en ambientes de agua dulce utilizó una herramienta tecnológica más
avanzada para monitorear estos eventos a nivel de una sola célula; la denominada amplificación in situ preparada por
ciclos - hibridación in situ fluorescente (CPRINS-FISH; Kenzaka et al., 2010). El P1, T4, y EC10 fagos mediada por la
transferencia de genes de E. coli tanto formadoras de placa y no formadoras de placas cepas de Enterobacteriaceae
en las frecuencias de 0,3 a 8 × 10 -3 por unidad formadora de placa (PFU). La tasa de transferencia de EC10 varió de
indetectable a 2 × 10 −3 por recuento celular directo total cuando las comunidades bacterianas naturales fueron las
receptoras. Esto sugiere que la transducción puede involucrar una amplia gama de bacterias, no necesariamente
limitada por parientes cercanos, y que la HGT mediada por fagos es un evento frecuente en ambientes de agua dulce.

En comparación con los estudios de microcosmos de agua dulce, los experimentos correspondientes que imitan el
entorno marino produjeron frecuencias más bajas de transducción de plásmidos en las comunidades bacterianas
mixtas; los valores estaban en el rango de 1,58 × 10 −8 a 3,7 × 10 −8 transductantes / PFU ( Jiang y Paul, 1998 ). Esto no
quiere decir que las tasas generales de HGT en los ecosistemas marinos sean bajas. Otros MGE que residen en la
microbiota marina pueden generar un flujo de genes extraordinariamente extenso, uno de los más altos jamás
detectados. Un estudio reciente demostró tasas extremadamente altas de HGT en ecosistemas marinos que están
mediadas por GTA ( McDaniel et al., 2010). Las frecuencias detectadas son muchos órdenes de magnitud más altas
que las de transformación o transducción, y se confirma que hasta el 47% de la microbiota marina cultivable es
receptora de genes. Dada la amplia presencia de GTA en bacterias filogenética y ecológicamente diversas ( Stanton,
2007 ), la HGT mediada por GTA puede ser más común en otros ecosistemas naturales y puede generar un
intercambio de genes más extenso de lo previsto anteriormente.

La genómica y la transcriptómica comparativa de las bacterias marinas son consistentes con las altas tasas de HGT en
estos ecosistemas. Los aislamientos coexistentes de Shewanella baltica de profundidades similares intercambiaron
una fracción mayor de su núcleo y genoma auxiliar en comparación con los aislamientos de profundidades más
diferentes ( Caro-Quintero et al., 2011 ). Estos eventos de HGT tuvieron lugar en un pasado muy reciente y reflejan la
rápida adaptación a los entornos ambientales a través de la adquisición de genes. Evolución genómica para un estilo
de vida marino frío y biodegradación explosiva in situ en Shewanella spp. también implicó una amplia adquisición de
genes de bacterias de aguas profundas ( Zhao et al., 2010 ).

 Intestino

Las frecuencias de HGT por conjugación generalmente se estiman usando técnicas estándar de apareamiento, en
cultivo líquido o en la superficie de medios solidificados o filtros. Los experimentos de campo y de microcosmos que
son mejores estimaciones de HGT en el medio ambiente generalmente tratan con densidades de población más bajas,
menor disponibilidad de nutrientes y temperaturas generalmente más bajas. Los in vivo condiciones, sin embargo,
son sustancialmente diferentes, especialmente en el intestino, donde los enormemente densos y diversos realiza
microbiota una serie de funciones importantes para el organismo huésped. Estas funciones incluyen la prevención de
la colonización por patógenos, la degradación de la dieta (polisacáridos) e in situ.compuestos (mucina) producidos,
producción de nutrientes (ácidos grasos de cadena corta y vitaminas), formación y mantenimiento de la inmunidad
mucosa normal y contribución a la homeostasis epitelial intestinal. La microbiota comensal está bajo constante
vigilancia por la inmunidad innata (péptidos antimicrobianos) y adaptativa (inmunoglobulinas). El efecto de las
violaciones de la inmunidad innata en la microbiota intestinal se puede observar en huéspedes genéticamente
susceptibles, cuya microbiota comensal está formidablemente reestructurada en comparación con los sujetos
normales ( Khachatryan et al., 2008 ).

El descubrimiento de ICE entre los representantes de Bacteroidetes, el principal filo bacteriano en el intestino de los
mamíferos, trajo la noción de que la transferencia de genes en este ecosistema puede ser intensa ( Salyers, 1993 ), y
la microbiota intestinal, por lo tanto, puede representar uno de los principales reservorios para genes de resistencia
a antibióticos ( Salyers et al., 2004 ). De hecho, los representantes taxonómicamente diferentes de la microbiota
intestinal pueden compartir el conjunto de genes de resistencia a los antimicrobianos estrechamente relacionados
( Frye et al., 2011 ). El papel de los bacteriófagos en la adquisición de genes por la microbiota intestinal patógena y la
posterior evolución hacia la patogenicidad también señaló a la HGT como un evento crucial en el desarrollo de rasgos
de virulencia y resistencia a los antibióticos ( Calderwood et al., 1987; Barondess y Beckwith, 1990 ; Brabban et al.,
2005 ). Los estudios metagenómicos más recientes de la microbiota intestinal humana permitieron estimar el papel
de los MGE sin el sesgo de cultivo. La comunidad viral no cultivada de heces humanas contenía aproximadamente
1.200 genotipos virales ( Breitbart et al., 2003 ). Curiosamente, a diferencia de la similitud de las comunidades
bacterianas intestinales entre los individuos genéticamente relacionados, las comunidades virales son exclusivas de
los individuos independientemente de su grado de parentesco genético ( Reyes et al., 2010 ). Además de los viromas,
un inventario metagenómico reciente identificó una familia de transposones conjugativos amplificada
explosivamente en microbiomas intestinales humanos ( Kurokawa et al., 2007). El sistema TRACA independiente del
cultivo se utilizó para muestrear la diversidad de plásmidos en la microbiota intestinal humana ( Jones et al.,
2010 ). Este estudio sugirió una amplia distribución global de algunos plásmidos y familias de plásmidos que son
potencialmente exclusivos del microbioma intestinal humano. Por lo tanto, estos hallazgos respaldaron aún más las
opiniones anteriores basadas en el cultivo de que el ecosistema microbiano intestinal está extremadamente
enriquecido por MGE, lo que lo convierte en el escenario de un intercambio genético potencialmente extenso. De
hecho, la gama de genes que se han intercambiado en el pasado no se limita a los genes de virulencia y resistencia a
los antibióticos, sino que también incluye los genes del microbioma intestinal central, como las hidrolasas de sales
biliares que codifican ( Elkins et al., 2001 ) o el metabolismo del butirato. enzimas ( Louis et al., 2007).

Los seres humanos y los animales agrícolas son los principales consumidores de antibióticos, con fines terapéuticos,
profilácticos y de promoción del crecimiento y, como se discutió anteriormente, los antibióticos pueden aumentar
sustancialmente las tasas de HGT. Pero, ¿cuáles podrían ser otros factores mediados por el huésped que contribuyan
al mantenimiento y la transferencia de MGE en la microbiota intestinal? Parece que el propio entorno in vivo puede
mejorar la frecuencia de transferencia y contribuir a la herencia estable de las MGE incluso en ausencia de selección
por antibióticos ( Johnsen et al., 2002 ; Dahl et al., 2007 ). Así in vitroLos modelos pueden subestimar sustancialmente
el potencial de transferencia de los MGE. En ambientes nutricionalmente pobres, como el suelo a granel, la presencia
de lombrices de tierra mejora enormemente la transferencia del plásmido pJP4 de una bacteria donante inoculada, P.
fluorescens , a la microbiota autóctona del suelo ( Daane et al., 1996 ). Otros experimentos de microcosmos del suelo,
modelados con E. coli como donante de un plásmido conjugativo grande RP4luc genéticamente marcado, en
presencia o ausencia de lombrices de tierra, proporcionaron evidencia de que el pasaje intestinal era una condición
previa para la transferencia de plásmido a la microbiota del suelo ( Thimm et al. ., 2001). Curiosamente, el plásmido
se transfirió a frecuencias más altas que las detectadas en el apareamiento de filtros, lo que sugiere una vez más que
las tasas de HGT en la naturaleza son más altas que las estimaciones de laboratorio. Esta observación también
confirma la noción anterior de que los ecosistemas microbianos no están aislados y existe la posibilidad de
intercambio lateral de genes entre diferentes ecosistemas microbianos. Si los MGE del suelo han entrado en el
intestino de las lombrices de tierra, también pueden ingresar al intestino de los animales que siguen en la cadena
alimentaria, por ejemplo, topos y aves.

Otro factor curioso que puede contribuir al aumento de la HGT es la presencia de ciliados. Los ciliados son comunes
en muchos ecosistemas acuáticos, así como en el rumen. Sus vacuolas alimentarias se forman a través de la fagocitosis
y siguen un camino particular a través de la célula que se asemeja a un tracto gastrointestinal primitivo. Se ha
demostrado que los ciliados pueden aumentar la tasa de transferencia conyugal entre cepas de E. coli en dos órdenes
de magnitud, y el mecanismo involucrado es la acumulación de bacterias en vesículas ( Matsuo et al., 2010 ). El
mecanismo descrito puede contribuir a la diseminación de la resistencia a los antibióticos en poblaciones bacterianas
( Oguri et al., 2011 ).

El intestino del insecto también se puede considerar como un punto caliente que contribuye a la mejora de la HGT en
este ecosistema. Por ejemplo, las tasas de transferencia de plásmido conjugativo entre S. enterica Newport y E.
coli en el intestino del escarabajo del gusano de la harina son dos órdenes de magnitud más altas en comparación
con el apareamiento por filtración ( Poole y Crippen, 2009 ). La ocurrencia de transferencia y transducción de
plásmido conyugal también se observó en el intestino de la pulga y la mosca doméstica ( Hinnebusch et al.,
2002 ; Petridis et al., 2006 ; Akhtar et al., 2009 ). Sin embargo, una evaluación de la transformabilidad natural de las
bacterias en el intestino de los insectos no pudo detectar ningún evento de transformación, incluso con el uso de A.
baylyicepa BD413 como receptor ( Ray et al., 2007 ).

Las condiciones en el intestino pueden considerarse muy favorables para la HGT. En primer lugar, el huésped
proporciona un flujo continuo de nutrientes que permiten mantener el metabolismo activo de la microbiota
intestinal. En segundo lugar, las densidades de población son extremadamente altas y, por lo tanto, conducen a los
mecanismos de HGT que requieren un contacto íntimo de célula a célula, como la conjugación. En tercer lugar, es la
temperatura corporal constante de los animales homeotérmicos lo que permite que las células bacterianas funcionen
con una eficiencia óptima. Y finalmente, la gran diversidad de la microbiota intestinal en sí misma puede tener un
"efecto de amplificación" para la HGT ( Dionisio et al., 2002 ). Además de estos factores bien conocidos,
investigaciones recientes han descubierto los mecanismos de la diafonía molecular entre el huésped y el microbio
que pueden contribuir a las frecuencias de HGT en el intestino.
Uno de estos mecanismos se basa en la capacidad de las bacterias para detectar y responder a las señales del
huésped. En particular, la detección bacteriana y la respuesta al nivel de hormonas del estrés del huésped es un hecho
bien establecido ( Sperandio et al., 2003 ; Clarke et al., 2006 ; Karavolos et al., 2008 ; Spencer et al., 2010 ). Las
respuestas bacterianas al estrés del hospedador también pueden involucrar un componente genético, que se expresa
a través de la transferencia de genes conjugativos mejorada entre bacterias entéricas ( Peterson et al., 2011 ). En
estos experimentos in vitro , las concentraciones fisiológicas de norepinefrina estimularon la transferencia de un
plásmido conjugativo de una cepa clínica de Salmonella.sp. a un receptor de E. coli . Curiosamente, los antagonistas
de los receptores adrenérgicos negaron el efecto estimulante de la noradrenalina sobre la conjugación. Es posible
que estos mediadores del estrés del huésped también afecten a la HGT en el entorno in vivo .

Los problemas de los riesgos potenciales asociados con el consumo de OGM por humanos y animales se han abordado
en varios ensayos de alimentación. En general, existe una falta de evidencia de que el ADN de las plantas transgénicas,
en particular los marcadores utilizados para su construcción, pueda ser absorbido por la microbiota intestinal o entrar
en órganos distintos del tracto gastrointestinal. No se detectaron pequeños fragmentos de ADN transgénico ni
fragmentos inmunorreactivos de proteína transgénica en muestras de músculo del lomo de cerdos alimentados con
una dieta que contenía harina de soja Roundup Ready ( Jennings et al., 2003 ). Una evaluación de la supervivencia del
ADN de plantas transgénicas en el tracto gastrointestinal humano concluyó que la transferencia de genes no ocurrió
durante el experimento de alimentación con soja transgénica ( Netherwood et al., 2004). No se pudieron detectar
rastros de la construcción o del ADN de soja endógeno en muestras de músculo de ratas alimentadas con harina de
soja de soja preparada o convencional ( Zhu et al., 2004 ). Asimismo, no se detectaron rastros de ADN transgénico en
la leche de vacas alimentadas con ensilado de maíz de una variedad modificada genéticamente tolerante a herbicidas
( Phipps et al., 2005 ). Se utilizaron plásmidos y ADN genómico de plantas modificadas genéticamente en estudios de
transformación in vitro e in vivo (ratas monoasociadas ), pero no se encontró ninguna transferencia detectable de
ADN ( Wilcks y Jacobsen, 2010 ). Intentos de detectar la transferencia de ADN de plantas transgénicas a bacterias en
el intestino del gusano del tabaco ( Deni et al., 2005) o las abejas tampoco tuvieron éxito ( Mohr y Tebbe, 2007 ).

 Biofilms

Las biopelículas son agregados de la microbiota encerrados en una matriz, unidos entre sí y a superficies biológicas o
no biológicas ( Hall-Stoodley et al., 2004). Esta antigua forma de adaptación apareció muy temprano en la fase
procariota de la evolución para resistir las fuerzas de factores ambientales hostiles. De hecho, las biopelículas pueden
percibirse como una forma de organismos multicelulares primitivos, que utilizan la misma estrategia en su interacción
con el medio ambiente que sus homólogos eucariotas. Este rasgo exitoso, por lo tanto, fue replicado en muchos
linajes bacterianos y arqueales; y las comunidades de biopelículas están muy extendidas en muchos ecosistemas
naturales. Ahora se reconoce ampliamente que la mayoría de la microbiota que se encuentra en entornos naturales,
clínicos e industriales persiste en asociación con superficies y no en el estado planctónico ( Costerton, 1995 ; Davey y
O'Toole, 2000). En los ecosistemas naturales, las biopelículas se encuentran generalmente en muchos ecosistemas
acuáticos o semiacuáticos, como rocas y guijarros de la mayoría de arroyos y ríos, en la superficie de cuerpos de aguas
tranquilas, en sistemas de tratamiento de aguas residuales, en tuberías de agua y alcantarillado, en manantiales
termales, en las superficies sólidas submareales e intermareales de los ecosistemas marinos, en los dientes de
humanos y animales, en infecciones crónicas del cuerpo humano y en muchos otros ecosistemas. Para los estudios
de HGT en estructuras altamente organizadas como biopelículas, se han desarrollado tecnologías como la detección
unicelular de bacterias donantes, receptoras y transconjugantes, combinadas con modelos matemáticos individuales,
para estimar las tasas de HGT in situ ( Sørensen et al. , 2005). La espectrometría Raman y los análisis de microscopía
electrónica de barrido ambiental, combinados con herramientas de ecología molecular, permiten una mejor
comprensión de la estructura y función de las biopelículas, incluida la composición química de la matriz, la microbiota
incrustada en la matriz y la distribución espacial de las biopelículas ( Schwartz et al. al., 2009 ).

La mayor parte de nuestro conocimiento sobre la biología de las biopelículas provino de la microbiología clínica. Esta
mayor atención a los aspectos clínicos de las comunidades de biopelículas fue dictada principalmente por su papel en
la enfermedad humana ( Parsek y Singh, 2003 ; Fux et al., 2005 ; Lindsay y von Holy, 2006 ; Estrela et al., 2009 ; Kaplan,
2010 ). La formación de biopelículas está relacionada con la patología de muchas enfermedades infecciosas, y las
biopelículas son notoriamente difíciles de erradicar debido al mayor nivel de resistencia a los antibióticos ( Stewart y
Costerton, 2001 ; Anderson y O'Toole, 2008 ; Høiby et al., 2010a). Se ha demostrado la capacidad de formar
biopelículas altamente resistentes para muchos patógenos humanos como P. aeruginosa (para revisiones recientes,
ver Harmsen et al., 2010 ; Häussler, 2010 ; Høiby et al., 2010b ; y Hassett et al., 2010 ), Staphylococcus
aureus ( Goerke y Wolz, 2010 ), S. epidermidis ( Fey y Olson, 2010 ; Rohde et al., 2010 ), Streptococcus
pneumoniae ( Moscoso et al., 2009 ), S. mutans ( Senadheera y Cvitkovitch, 2008 ), Neisseria gonorrhoeae (Greiner y
col., 2005 ; Falsetta y col., 2009 ; Steichen et al., 2011 ), Campylobacter jejuni ( Haddock et al., 2010 ; Naito et al.,
2010 ), Candida sp. ( Morales y Hogan, 2010 ; Williams et al., 2011 ), y otros. Además, los microorganismos pueden
formar comunidades de especies mixtas y, en algunos casos, esto puede promover el desarrollo de biopelículas
( Bamford et al., 2009 ; Silverman et al., 2010 ; Teh et al., 2010 ).

Dada su estructura y función, las biopelículas son los puntos calientes para la HGT porque proporcionan altas
densidades de población y proximidad de las células, las células en las biopelículas son metabólicamente activas y la
microbiota está protegida contra el entorno hostil, los depredadores y la vigilancia inmunológica por parte de la matriz
extracelular en la que se encapsulan las células. De hecho, la HGT ocurre con mayor eficiencia en las biopelículas, y
los plásmidos conjugativos en sí mismos contribuyen al desarrollo, estabilización y expansión de las biopelículas
( Hausner y Wuertz, 1999 ; Ghigo, 2001 ; Molin y Tolker-Nielsen, 2003 ; Reisner et al., 2006). ; Burmølle et al.,
2008). La transferencia de plásmido conyugal que se implementa a través de la síntesis de pili y el sistema de secreción
tipo IV contribuye al contacto íntimo de célula a célula, facilitando así la formación y crecimiento de biopelículas. Los
sistemas de secreción de tipo IV utilizan un sistema basado en pilus para mediar en la transferencia de ADN o
proteínas ( Hayes et al., 2010 ). Se ha demostrado la participación del sistema de secreción de tipo IV en la formación
de biopelículas para varias bacterias ( Shime-Hattori et al., 2006 ; Li et al., 2007 ; Luke et al., 2007 ; Barken et al.,
2008 ; Varga et al., 2008 ; Bahar et al., 2009 ; Gibiansky et al., 2010). La protección bajo el paraguas de las biopelículas
confiere una ventaja selectiva para las bacterias, así como también ayuda a las transferencias de plásmido / ICE / GEI
adicionales. Por lo tanto, esta retroalimentación positiva sostiene la diversidad de MGE en biofilms y compensa el
costo de aptitud asociado con el transporte de MGE.

La presencia de profagos en el genoma del huésped puede tener un efecto modulador sobre la formación de
biopelículas y la fisiología del huésped, incluido el metabolismo central ( Wang et al., 2009 ). Algunas proteínas
codificadas por profagos son realmente esenciales para la formación de biopelículas ( Toba et al., 2011 ). El efecto
modulador de los profagos se expresa en la mejora de la formación de biopelículas y la resistencia de las biopelículas
frente a condiciones ambientales adversas ( Carrolo et al., 2010 ; Wang et al., 2010).). La matriz de la biopelícula es
un conglomerado de polímeros que generalmente consta de ADN extracelular (eDNA), proteínas y polisacáridos. En
este sentido, una lisis parcial mediada por fagos de una proporción de la microbiota en la biopelícula, debido a la
inducción de fagos espontánea, puede proporcionar el suministro de eDNA, contribuyendo así a la formación y
mantenimiento de la biopelícula por las poblaciones bacterianas restantes ( Carrolo et al., 2010 ; Gödeke et al.,
2011 ). Al mismo tiempo, la microscopía electrónica de transmisión también revela la presencia de partículas de
bacteriófago intactas que están enredadas en la matriz polimérica extracelular de las biopelículas ( Kay et al.,
2011 ). Eliminación precisa de E. colilos profagos descubrieron el papel de las proteínas e14 y rac en el aumento de la
formación temprana de biopelículas ( Wang et al., 2010 ). Además, otros profagos contribuyeron a la resistencia del
huésped contra una variedad de estreses, incluidos los osmóticos, oxidativos y ácidos. Estos ejemplos revelan el papel
de la HGT mediada por fagos en la evolución y adaptación bacteriana, especialmente en lo que respecta a la capacidad
adquirida para formar biopelículas y para resistir las tensiones ambientales.

La competencia natural y la transformabilidad en las bacterias generalmente se correlacionan con la presencia de pili
de tipo IV o proteínas similares a pilinas de tipo IV ( Averhoff y Friedrich, 2003 ). Si bien el papel de la maquinaria de
conjugación y los pili en la formación de biopelículas y la posterior aceleración de la transferencia de elementos
conjugativos está firmemente establecido, no está claro si lo mismo es cierto para la transformación natural. Dada la
participación de pili de tipo IV o proteínas similares a pilin de tipo IV en la transformación natural y en la formación
de biopelículas, ¿esto resultaría en una mayor tasa de transformación dentro de las biopelículas? ¿Las grandes
cantidades de eDNA en la matriz extracelular participan en la transformación natural de bacterias en
biopelículas? Hay muy pocos trabajos que hayan abordado estas cuestiones. Transferencia horizontal de plásmidos
no conjugativos enLas biopelículas de colonias de E. coli sugirieron la posibilidad de una transformación natural
dentro de las biopelículas bacterianas ( Maeda et al., 2006 ). Más tarde, sin embargo, quedó claro que el mecanismo
de adquisición de ADN en la biopelícula es más complejo y, por lo tanto, se describió como una "transformación de
célula a célula", que también involucra un péptido feromona como regulador ( Etchuuya et al. , 2011 ). Otras
evidencias circunstanciales de transferencia de ADN debido al estrecho contacto de célula a célula ( Van Randen y
Venema, 1984 ; Wang et al., 2007) puede interpretarse dentro de los marcos de esta hipótesis, aunque la
transferencia en estos casos fue entre géneros y no se mostró el papel de las feromonas. El lenguaje de la
comunicación intercelular utilizado en la regulación de varios procesos dentro de la estructura compleja de las
biopelículas es, de hecho, el lenguaje de las feromonas como N -acil- L -homoserina lactonas, diéster de borato de
furanosilo y autoinductores de péptidos ( Dickschat, 2010 ). Recientemente, se describió la posibilidad de
transferencia de resistencia a tetraciclina mediante transformación con eDNA dentro de biofilms orales modelo,
aunque sin especificar la frecuencia de tal evento ( Hannan et al., 2010 ).

Factores que afectan la HGT

 Estrés y respuesta SOS

Se ha reconocido desde hace mucho tiempo que diversas condiciones de estrés pueden contribuir al aumento de las
tasas de HGT. Por ejemplo, la irradiación UV o la inanición afecta la movilidad de los transposones y los IS ( Levy et
al., 1993 ; Ilves et al., 2001 ). Mientras que el ciclo lisogénico en el desarrollo del fago limita su herencia a la
transferencia vertical dentro del cromosoma del hospedador, los factores de estrés como la inducción de la respuesta
SOS o la privación de aminoácidos del hospedador conducen al ciclo lítico y una mayor diseminación horizontal del
fago. y ADN transducido ( Melechen y Go, 1980 ; Little, 2005). El control de la transferencia horizontal de ICE, que se
encuentran en muchos genomas bacterianos y que codifican una variedad de propiedades además de la resistencia
a los antibióticos y la virulencia, también puede regularse a través del estrés, SOS y otras señales ambientales
( Auchtung et al., 2005 ; Bose et al. al., 2008 ). En particular, la respuesta SOS, que es inducida por agentes que dañan
el ADN como la mitomicina C y antibióticos como las fluoroquinolonas y los inhibidores de la dihidrofolato reductasa,
conduce a la expresión de los activadores SXT, lo que resulta en un aumento de más de 300 veces en las tasas de HGT
( Beaber et al. al., 2004 ). Por lo tanto, las consecuencias del uso de antibióticos que inducen la respuesta SOS pueden
resultar en la co-selección de otros genes de resistencia a los antibióticos que están físicamente ligados en un MGE
(Hastings et al., 2004 ). Además, la respuesta SOS controla la recombinación de integrones aumentando así el
potencial de intercambio de casetes y captura en las células ( Guerin et al., 2009 ). Además de la escisión, la
transferencia y la integración de las ICE reguladas por la respuesta al antibiótico (ver la sección anterior) y la respuesta
SOS, los factores reguladores incluyen la fase estacionaria de crecimiento y la presencia de 3-clorobenzoato
( Sentchilo et al., 2003 ). Curiosamente, este compuesto clorado estimula la transferencia horizontal de los genes que
codifican su propio metabolismo. Esto puede explicar los resultados previos de los autores que sugirieron la necesidad
de sustratos específicos para que ocurra la transferencia genética en microcosmos de lodos activados ( Ravatn et al.,
1998). La transferencia de otra clase de MGE, GTA, también puede ser inducida por mitomicina C y estrés oxidativo
( Stanton et al., 2008 ).

Aunque inicialmente se asumió que la respuesta SOS se desencadena exclusivamente por daño directo del ADN, existe
evidencia de que ciertos estímulos pueden generar indirectamente señales inductoras de SOS ( Aertsen y Michiels,
2006 ). Sin embargo, algunos antibióticos, que no interfieren directamente con el metabolismo del ADN, pueden
inducir una respuesta SOS genuina. Esto se demostró, por ejemplo, para los antibióticos β-lactámicos dirigidos a la
pared celular bacteriana ( Miller et al., 2004 ). El efecto resultante es la elevada tasa de transferencia horizontal de
genes de virulencia en estafilococos ( Maiques et al., 2006 ; Ubeda et al., 2006). Además, la presencia de un sistema
de respuesta SOS funcional no parece un requisito previo absoluto para el aumento inducido por el estrés en las
frecuencias de HGT. En especies bacterianas naturalmente competentes como Streptococcus pneumonia, el estrés
impuesto por antibióticos induce la transformación genética en ausencia de un sistema similar al SOS ( Prudhomme
et al., 2006 ). Otra bacteria naturalmente competente, Legionella pneumophila , también carece de un sistema de
respuesta SOS prototípico, pero la luz ultravioleta, que representa una fuente importante de estrés genotóxico en el
medio ambiente, induce eficazmente el desarrollo de la competencia en esta bacteria ( Charpentier et al., 2011). Los
autores han planteado la hipótesis de que la competencia para la transformación natural y, por lo tanto, la capacidad
de adquirir y propagar genes extraños puede haber evolucionado como una respuesta al daño del ADN en bacterias
deficientes en SOS. Por lo tanto, las bacterias Gram-positivas responden a las condiciones de estrés mediante la
inducción de competencia para la transformación genética para generar diversidad genética ( Claverys et al.,
2006 ). La estrategia se combina con la inducción de SOS en bacterias, como B. subtilis , mientras que otras, como S.
pneumonia , se basan únicamente en la competencia.

En bacterias Gram-negativas naturalmente competentes, las condiciones de estrés también pueden mejorar la
HGT. Vibrio cholera , por ejemplo, puede adquirir nuevo material genético por transformación natural durante el
crecimiento en quitina, lo que activa cascadas reguladoras que conducen a una mayor densidad celular, limitación de
nutrientes y disminución de la tasa de crecimiento y estrés ( Meibom et al., 2005 ). El estrés en forma de daño en el
ADN induce la transcripción y traducción de genes de competencia en Helicobacter pylori , aumentando así la
frecuencia de transformación y las tasas de intercambio genético ( Dorer et al., 2010 ).

¿En qué medida se induce la respuesta SOS en los ecosistemas naturales? El impacto de la radiación solar ultravioleta
en la microbiota puede ser profundo, especialmente en los ecosistemas acuáticos ( Hader, 2000 ; Sinha y Hader,
2002 ). Uno de los objetivos principales es el ADN, donde la irradiación UV-B da como resultado la formación de
dímeros de ciclobutano-pirimidina (CPD), 6-4 fotoproductos (6-4 PP) y roturas de la cadena de ADN, lo que lleva a la
inducción de una serie de reparaciones. mecanismos, incluida la respuesta SOS ( Rastogi et al., 2010 ). En las
cianobacterias fotosintéticas, el estrés UV-B se acompaña de estreses adicionales como el estrés oxidativo y el daño
oxidativo ( He et al., 2002). A pesar de que las tendencias futuras de la irradiación solar UV de la superficie de la Tierra
siguen sin estar claras, los aumentos de la irradiación UV-B durante la última parte del siglo XX han sido mayores que
la variabilidad natural ( McKenzie et al., 2007 ). Por lo tanto, este factor puede jugar un papel cada vez más importante
en la aceleración de HGT en ecosistemas microbianos.
  Antimicrobianos subinhibidores

Durante los últimos años, el concepto de antibióticos como únicos agentes letales se ha revisado sustancialmente a
la luz de nuevos hallazgos que sugieren que bajas concentraciones de antibióticos pueden desempeñar una función
reguladora en los ecosistemas naturales ( Davies et al., 2006 ; Fajardo y Martínez, 2008 ; Aminov, 2009 ). Además, las
concentraciones matadoras / terapéuticas y reguladoras / subinhibidoras de un antibiótico se dirigen efectivamente
hacia diferentes objetivos en la célula ( Hoffman et al., 2005). Existe una gran cantidad de evidencia que sugiere que
las concentraciones sub-inhibitorias de antibióticos pueden aumentar significativamente la frecuencia de
transferencia horizontal de muchos tipos de MGE. Hace un cuarto de siglo se observó que las concentraciones
subinhibidoras de β-lactámicos aumentaban la transferencia de plásmidos resistentes a tetraciclina
en Staphylococcus aureus hasta 1000 veces ( Barr et al., 1986 ). Preincubación de células donantes
de Bacteroides sp. en presencia de tetraciclina subinhibitoria acelera la movilización de un plásmido no conjugativo
residente por elementos conyugales de tetraciclina codificados cromosómicamente ( Valentine et al., 1988 ). Un tipo
similar de exposición del donante Bacteroideslas células parecían ser un requisito previo para la escisión y
transferencia conyugal del ICE CTnDOT ( Stevens et al., 1993 ; Whittle et al., 2002 ). En ausencia de inducción de
tetraciclina de las células del donante, prácticamente no se detectaron tales transferencias. La adición de tetraciclina
subinhibitoria en el medio de apareamiento mejoró sustancialmente la transferencia conyugal de otro ICE, Tn 916
( Showsh y Andrews, 1992 ). También se demostró un efecto estimulante similar de la tetraciclina sobre la
transferencia de conjugación para Tn 925 ( Torres et al., 1991 ). Un estudio reciente ha revelado el efecto de inducción
del carbadox y el metronidazol sobre la HGT mediada por GTA en Brachyspira hyodysenteriae (Stanton et al.,
2008 ). Las partículas de VSH-1 inducidas transmitieron resistencias a tilosina y cloranfenicol entre cepas de B.
hyodysenteriae .

Estos experimentos descritos anteriormente se han realizado en condiciones de laboratorio utilizando técnicas de
apareamiento estándar, y la pregunta es si estas observaciones reflejan la situación real in vivo o si son los efectos
de condiciones in vitro específicas . El primer punto de vista está respaldado por una serie de experimentos que
utilizan modelos animales. Por ejemplo, la inclusión de tetraciclina subinhibitoria en el agua potable resultó en un
aumento de 10 veces en la transferencia de un ICE, Tn 1545, de Enterococcus faecalis a Listeria monocytogenes en el
intestino de ratones gnotobióticos ( Doucet-Populaire et al., 1991 ). En ratas gnotobióticas, la presencia de tetraciclina
resultó en un mayor número deTn 916 transconjugantes en comparación con el control ( Bahl et al.,
2004 ). Se observó una asombrosa tasa de transferencia del 100% de un pequeño plásmido pLFE1 de Lactobacillus
plantarum a E. faecalis en el intestino de ratones gnotobióticos que recibieron eritromicina ( Feld et al., 2008 ). Estos
experimentos sugieren que el efecto estimulante de los antibióticos sub-inhibidores sobre la transferencia de MGE
no es un artefacto de las condiciones in vitro , sino que ocurre en el intestino real de animales reales. Sin embargo,
cabe señalar que las frecuencias de transferencia se estimaron en animales gnotobióticos, que carecen de la
microbiota muy diversa y densa en el intestino.

Los mecanismos que contribuyen a la mejora del movimiento de los MGE en presencia de antibióticos se han
establecido en varias ocasiones, especialmente para los ICE. En Tn 916 , la regulación transcripcional de
los genes tra necesarios para la transferencia conyugal de este ICE está bajo el control de los
productos orf7 y orf8 ( Celli y Trieu-Cuot, 1998 ; Roberts y Mullany, 2009 ). Las transcripciones para estos dos ORF se
producen a partir del promotor distante del gen tet (M), así como del promotor directamente cadena arriba
de orf7 . En ausencia de tetraciclina, la transcripción de P tetM se atenúa ( Su et al., 1992), y las transcripciones son
muy cortas y no cubren los genes orf7 y orf8 . Además, el producto de orf9 regula negativamente el promotor
corriente arriba de orf7 . Sin embargo, en presencia de tetraciclina, la transcripción de P tetM se extiende a través
de orf7 y orf8, lo que permite la síntesis de estas dos proteínas que promueven la transcripción de P orf7 . Las
transcripciones largas de P tetM también son complementarias a las transcripciones de orf9 , reduciendo así de manera
eficiente la concentración de represor de P orf7 . Como resultado, la transcripción de P orf7se extiende aguas abajo
de orf8 a través de int y xis , que codifican la integrasa y la escisionasa, respectivamente. Una vez que se
circulariza Tn 917 , la transcripción de P orf7 también conduce a la expresión de los genes tra iniciando así la
maquinaria de conjugación.

Otro mecanismo, que también involucra a la tetraciclina como un regulador positivo de HGT, se implementa
en Bacteroides ICE, CTnDOT ( Whittle et al., 2002 ; Moon et al., 2005 ). En esta cascada reguladora, la tetraciclina
activa la transcripción del gen tet (Q) y los genes posteriores del sistema regulador de dos
componentes, rteA y rteB . El producto de rteB activa la transcripción del sistema rteC , que, a su vez, conduce a la
transcripción elevada del grupo de genes implicados en la escisión de CTnDOT. Posteriormente, las proteínas
codificadas por los genes de escisión regulan positivamente la producción de traARNm del gen activando así la
maquinaria de conjugación ( Jeters et al., 2009 ). En este complejo sistema regulador, el efecto estimulante de la
tetraciclina sobre la transcripción de su propio gen de resistencia (y concomitantemente sobre los genes de escisión
y transferencia conyugal de CTnDOT) se implementa a través de un mecanismo de atenuación de la traducción que
involucra la región líder de tet (Q) ( Wang et al. al., 2005 ).

Ambos mecanismos reguladores del movimiento MGE discutidos anteriormente muestran un tema común en el
sentido de que el cambio principal de este proceso genético se basa en un par de genes de resistencia antibiótico-
antibiótico. Es decir, la presencia de un antibiótico subinhibidor en el entorno activa la transcripción de un gen de
resistencia correspondiente y, al mismo tiempo, los genes implicados en la movilidad de las MGE. En este sentido, la
interacción de un antibiótico y un gen de resistencia a los antibióticos se asemeja a un interruptor regulado
positivamente, con un antibiótico que posee una función de señalización, lo que finalmente conduce a la activación
del intercambio genético horizontal en la microbiota. Los trabajos recientes que describen las respuestas bacterianas
dependientes de la concentración a los antibióticos han llevado al desarrollo del concepto de hormesis ( Davies et al.,
2006 ;Fajardo y Martínez, 2008 ). De acuerdo con este concepto, las concentraciones bajas de antibióticos pueden
regular un conjunto específico de genes en las bacterias diana, mientras que las concentraciones cada vez más altas
provocan una respuesta al estrés, y las concentraciones aún más altas son letales. Se ha sugerido que los antibióticos
desempeñan un papel regulador en la naturaleza en concentraciones bajas, a diferencia de las concentraciones letales
utilizadas en la terapia clínica ( Aminov, 2009 ). Dado el profundo efecto estimulante de los antibióticos en dosis bajas
sobre el movimiento de los MGE, una de las funciones de los antibióticos en los ecosistemas naturales puede ser la
regulación de HGT entre los representantes de la microbiota ambiental.

A pesar de que algunos países han promulgado legislaciones que limitan el uso no terapéutico de antibióticos, en
particular en animales destinados a la alimentación
( http://ec.europa.eu/food/food/animalnutrition/feedadditives/index_en.htm ), el uso de Los antimicrobianos
subterapéuticos en la agricultura y la acuicultura de otros países todavía están muy extendidos. Además, la
Administración de Alimentos y Medicamentos de EE. UU. Ha aprobado recientemente concentraciones
subinhibitorias de doxiciclina y minociclina para el tratamiento sistémico de infecciones cutáneas en humanos ( Del
Rosso, 2007). Por lo tanto, existe una alta probabilidad de que los ecosistemas intestinales continúen siendo puntos
críticos de intercambio genético horizontal que involucre a la microbiota intestinal residente y transitoria. La
aplicación a la tierra de estiércol con antibióticos residuales y genes de resistencia a los antibióticos del contenido
intestinal puede contribuir aún más a mejorar la HGT en el medio ambiente ( Chee-Sanford et al., 2009 ).

Mecanismos indirectos de mantenimiento y difusión de MGE

La “cooperación” entre diferentes mecanismos de HGT se puede ver en muchos ejemplos de movilidad entre los
elementos genéticos que normalmente no son móviles por sí mismos. Por ejemplo, los ICE de Bacteroides spp. y los
plásmidos IncP conjugativos R751 y RP4 de amplio rango de hospedadores son capaces de actuar en trans para
escindir, circularizar y transferir elementos integrados no enlazados llamados NBU ( Li et al., 1993 ; Shoemaker et al.,
1993 ). La bioinformática de la movilidad de los plásmidos sugiere que globalmente alrededor de una cuarta parte de
todos los plásmidos son potencialmente movilizables y, por lo tanto, pueden transferirse si está presente una
maquinaria de conjugación compatible ( Smillie et al., 2010 ). En Sinorhizobium meliloti, las funciones de conjugación
para un megaplasmido simbiótico pSymB de 1.683 kb son suministradas en trans por otro megaplasmido, pSymB
( Blanca-Ordóñez et al., 2010 ). Se cree que los elementos IS CR descritos recientemente son los actores clave en la
evolución del plásmido IncA / C que sirven como sistemas de movimiento y captura de genes de resistencia a
antibióticos que también son capaces de construir grupos extendidos de genes de resistencia a antibióticos ( Toleman
y Walsh, 2010 ).

Las secuencias de inserción constituyen un componente importante de la mayoría de los genomas bacterianos y son
elementos transponibles simples que consisten en secuencias de repetición invertida (IR), un gen de transposasa y,
con frecuencia, un segundo gen de enzima reguladora de la recombinación ( Mahillon y Chandler, 1998 ). Se ha
pensado que la transposición de IS es un evento raro dentro de un genoma bacteriano, pero el descubrimiento de
una proteína llamada IS-excision enhancer (IEE), que promueve eventos de escisión, sugirió que las tasas podrían ser
altas ( Kusumoto et al. , 2011). La actividad de la EEI, por lo tanto, puede desempeñar un papel importante en la
evolución del genoma bacteriano al inducir la eliminación de IS y la deleción genómica. Otro aspecto es la
transposición de un IS en un plásmido conjugativo, un ICE o una isla genómica. De esta forma, los elementos de IS
pueden diseminarse a muchos otros taxones bacterianos, no necesariamente estrechamente relacionados. Junto con
los profagos ( Asadulghani et al., 2009 ), los elementos IS son los principales contribuyentes a la diversificación
genómica en E. coli patógena ( Ooka et al., 2009 ). Dado que los elementos IS son omnipresentes en muchas bacterias,
incluidas las especies ambientales y comensales, estos mecanismos de diversificación probablemente no se limitan
exclusivamente a los patógenos.

Dado que el transporte de MGE puede estar asociado con un costo de aptitud considerable, se han seleccionado
ciertos mecanismos de herencia estable dentro de los MGE. Uno de estos mecanismos es un sistema toxina-antitoxina
(TA) que consta de dos componentes, una toxina estable y su antitoxina lábil. Los sistemas TA de tipo I y II se
encontraron en plásmidos en la década de 1980 ( Ogura e Hiraga, 1983 ; Jaffe et al., 1985 ), y el tipo III es un
descubrimiento más reciente ( Fineran et al., 2009 ). El mecanismo de acción general es que si se pierde un sistema
MGE con TA durante la división celular, las concentraciones de una antitoxina lábil disminuyen rápidamente,
liberando así una toxina estable, que mata una célula libre de MGE ( Van Melderen, 2010).). Por tanto, los sistemas
de TA contribuyen al mantenimiento estable y la diseminación de plásmidos e islas genómicas en poblaciones
bacterianas a pesar del coste de aptitud asociado.

El tamaño de las MGE varía desde pequeños elementos IS (típicamente 700 a 2500 pb; Mahillon y Chandler, 1998 )
hasta grandes megaplasmidos simbióticos de Sinorhizobium meliloti (1,35 y 1,68 Mb; Barnett et al., 2001 ; Capela et
al., 2001 ). La mayoría de los grandes elementos genéticos autotransmisibles tienen la capacidad suficiente para
portar múltiples genes, incluidos los que codifican resistencias a antibióticos, metales pesados y biocidas,
metabolismo de varios sustratos y xenobióticos, simbiosis con el huésped y otras funciones auxiliares. El hecho de
que los plásmidos R median la resistencia al mercurio, níquel y cobalto se describió por primera vez hace más de 40
años ( Smith, 1967). Investigaciones posteriores de otros grupos demostraron que el vínculo genético entre la
resistencia a los antibióticos y la resistencia al mercurio en las enterobacterias se había producido antes de finales de
la década de 1950 en Japón (revisado en Liebert et al., 1999 ). Al mismo tiempo, las cepas de Enterobacteriaceae
recolectadas por EDG Murray de 1917 a 1954 contenían muy pocas bacterias resistentes a los antibióticos y al
mercurio, a pesar del hallazgo de que el 25% de las cepas tenían funciones conjugativas ( Hughes y Datta, 1983 ). Por
lo tanto, la frecuencia de EMG incluso en la “era anterior a los antibióticos” fue suficientemente alta pero no se asoció
con la adaptación a factores antropogénicos como los antibióticos o los metales pesados.

Las excepcionales capacidades de ingeniería genética natural de las bacterias se han demostrado profundamente
durante la “era de los antibióticos” ( Aminov, 2010 ). Para resistir la presión masiva de los antimicrobianos utilizados
por los humanos, las bacterias comensales y patógenas pudieron, en un período relativamente corto de tiempo en la
escala evolutiva, movilizar una enorme reserva de genes de resistencia a los antibióticos, a menudo de las bacterias
ambientales ( Aminov y Mackie , 2007 ; Cantón, 2009 ; Wright, 2010 ). La principal herramienta de ingeniería genética
utilizada por las bacterias para recolectar genes de resistencia a los antibióticos son los integrones, la plataforma
genética que está involucrada en la adquisición y expresión funcional de casetes de genes exógenos ( Mazel,
2006).). El descubrimiento de superintegrones que contienen cientos de genes auxiliares y pueden ocupar una parte
significativa de muchos genomas bacterianos ha cambiado nuestra interpretación inicial de los integrones como un
simple mecanismo de recolección de genes de resistencia a antibióticos. La presencia de casetes de toxina / antitoxina
en superintegrones facilita aún más la estabilización de conjuntos de casetes grandes que constan de muchos genes
auxiliares ( Cambray et al., 2010 ).

El enlace físico de numerosos y funcionalmente diversos grupos de genes dentro de los MGE de alta capacidad tiene
implicaciones para su persistencia en el medio ambiente. La selección que se impone incluso hacia un solo
componente / gen de un MGE seleccionará automáticamente para todo el MGE. Por lo tanto, deberíamos ver el
efecto de co-selección en fenotipos de bacterias que portan MGE. De hecho, las bacterias de las zonas contaminadas
con metales parecían ser más tolerantes a los metales y los antibióticos que en los sitios de control ( Stepanauskas et
al., 2005 ; Baker-Austin et al., 2006 ; Wright et al., 2006 ). El tratamiento de suelos agrícolas con cobre puede conducir
a una incidencia significativamente mayor de fenotipos de resistencia a los antibióticos en la microbiota del suelo
autóctono ( Berg et al., 2005). En los microcosmos de agua dulce, la enmienda con concentraciones de metales
representativas de la industria y los entornos afectados por la minería aumentó la frecuencia de resistencia a los
antibióticos en las comunidades microbianas ( Stepanauskas et al., 2006 ). Los mecanismos genéticos responsables
de los fenómenos de co-selección en los ambientes contaminados son poco conocidos en la actualidad, pero está
claro que la HGT impulsada por MGE es el rasgo adaptativo principal en las bacterias que habitan en el agua y el
suelo contaminados industrialmente ( Wright et al., 2008 ) ( Top et al., 1995 ; Sobecky y Coombs, 2009 ) ecosistemas.

La detección de quórum

Los sistemas de detección de quórum (QS) están muy extendidos entre una variedad de microbiota e inicialmente
fueron reconocidos como mecanismos de detección de densidad de población basados en el prototipo mejor
estudiado, la red QS, que regula el operón lux en Vibrio fischeri ( Eberhard et al. ., 1981 ; Fuqua et al., 1996 ). Desde
entonces, ha quedado claro que el QS participa en la regulación de una gama mucho más amplia de funciones y
actividades como la patogenicidad, la producción de enzimas extracelulares, la biosíntesis de antibióticos y otras
( Bainton et al., 1992 ; Jones et al., 1993 ; Passador et al., 1993 ; Pirhonen et al., 1993 ; Pierson et al., 1994). El QS es
de hecho un lenguaje universal de comunicación no solo entre las bacterias sino también en la interacción entre
reinos ( Shiner et al., 2005 ).
Una de las primeras indicaciones de la participación de QS en HGT provino de los estudios de transferencia conyugal
de los plásmidos Ti de Agrobacterium tumefaciens ( Zhang y Kerr, 1991 ; Piper et al., 1993 ; Fuqua y Winans, 1994 ). El
plásmido Ti codifica un sistema regulador, que consiste en la acil-homoserina lactona (AHL) sintasa TraI y el factor de
transcripción TraR. TraI sintetiza AHL, principalmente N - (3-oxo-octanoil) - L -homoserina lactona (OOHL), mientras
que TraR es un activador de la transcripción dependiente de OOHL de genes de transferencia conjugativa. Se conocen
bien los mecanismos moleculares de esta activación que conduce a una mayor transferencia conyugal de los
plásmidos Ti ( Costa et al., 2009; Qin et al., 2009 ).

Otra área bien explorada es la regulación QS de la transferencia de grandes plásmidos simbióticos en rizobios ( Danino
et al., 2003 ; He et al., 2003 ; Tun-Garrido et al., 2003 ). El análisis de la transferencia de plásmidos en varias especies
de rizobios ha revelado un relé regulador que está específicamente preparado para detectar AHL producidas por
diferentes células y responder a estas señales mediante la regulación positiva de los genes de transferencia
conyugal. A su vez, la producción de AHL, N - (3-oxo-octanoil) - L -homoserina lactona y N - (octanoil) - L-homoserina
lactona, está regulada por una interacción compleja de genes codificados por plásmidos y cromosomas en donantes
y receptores en respuesta a señales ambientales. Recientemente se ha demostrado que la transferencia de un ICE
de Mesorhizobium loti , que porta genes para una simbiosis fijadora de nitrógeno con especies de Lotus , también
está regulada por un mecanismo QS ( Ramsay et al., 2009 ). Los dos genes hipotéticos conservados, que son esenciales
para la escisión y transferencia mediadas por QS, también se pueden encontrar en ICE putativos en varias
alfaproteobacterias, lo que indica una presencia más amplia de este mecanismo regulador de HGT.

Investigaciones recientes han identificado un papel importante que desempeña QS en la regulación de la HGT
mediada por fagos. Por ejemplo, las acil-homoserinas lactonas (AHL), las moléculas de señalización esenciales de QS
en muchas bacterias Gram negativas, pueden desencadenar la producción de fagos en las bacterias del suelo y del
agua subterránea ( Ghosh et al., 2009 ). Curiosamente, en el mutante recA de E. coli, las respuestas de inducción de
lambda a AHL no se vieron afectadas, lo que sugiere que este mecanismo no implica una respuesta SOS.

Observaciones finales

La alta tasa de intercambio genético horizontal en ecosistemas naturales es evidente a partir de tipos de estudios
tanto retrospectivos como prospectivos. El mundo microbiano que nos rodea puede verse como un microbioma
gigante, con el flujo continuo de genes entre sus diferentes compartimentos. Este flujo es sostenido por una variedad
de sofisticadas herramientas de ingeniería genética natural, MGE, que han sido seleccionadas durante la evolución
por proporcionar los medios para volver a barajar el material genético disponible y elegir las mejores respuestas
posibles para hacer frente a los desafíos ambientales en constante cambio. La historia relativamente corta reciente
de la "era de los antibióticos" ( Aminov, 2010) demuestra el éxito final de esta estrategia y nos insta a repensar la
nuestra al interactuar con el mundo microbiano. Los continuos descubrimientos de nuevos MGE y mecanismos de
HGT, junto con los hallazgos de tasas inesperadamente altas de HGT en ecosistemas naturales, indican que todavía
estamos lejos de comprender la verdadera extensión de HGT en la naturaleza. La contribución a una mejor
comprensión puede concebirse como la combinación de enfoques retrospectivos y prospectivos. En el laboratorio
seco, la historia de eventos de HGT pasados, que se registra en la gran cantidad de información genómica / genómica,
puede ser interrogada más enérgicamente sobre la base de nuestro conocimiento sobre los MGE y con la ayuda de
herramientas bioinformáticas que son capaces de detectar los eventos consistentes con HGT. En el lado del
laboratorio húmedo, es el desarrollo de in situtecnologías más sensibles, menos intrusivas y aplicables a los estudios
de campo. Los experimentos de microcosmos deben modelar situaciones ambientales reales, trabajando con
microbiota nativa, con una menor dependencia de organismos modelo. Estos desarrollos pueden ayudar a elaborar
mejores estrategias para hacer frente a las necesidades urgentes, como la aparición de nuevas infecciones y
patógenos oportunistas, así como genes de resistencia a los antibióticos.