OBJETIVO

CONTENIDOS
PARTICULAR
Comprender los 1. Introducción
niveles de estructura 2. Estructura de las proteínas:
de las proteínas, a. Primaria
diferenciar los b. Secundaria
términos motivos y c. Supersecundaria
dominios y d. Terciaria
comprender qué es e. Cuaternaria
una familia de 3. Motivos y dominios.
proteínas y cuál es su 4. Familias de proteínas: definición y origen.
origen.
 Día Horario Actividad
Jueves 1 de septiembre 8:00-10:00 Contenidos teóricos
• Introducción
• Estructura de las proteínas I
o Primaria
o Secundaria
o Supersecundaria
17:00-20-00 Contenidos teóricos
• Estructura de las proteínas II
o Terciaria
o Cuaternaria
• Motivos y dominios
• Familias de proteínas: definición y origen

Viernes 2 de septiembre 8:00-10:00 Ejemplos de proteínas específicas (Exposiciones de

estudiantes)
Por definir Por definir Examen
❖ Polímeros lineares de aminoácidos
▪ 20 diferentes codificados genéticamente.
❖ Difieren unas de otras únicamente por el
número y secuencia de los aminoácidos que
las componen.
❖ Las propiedades de los aminoácidos que la
constituyen determinan las propiedades,
forma y función de cada proteína.
• Moléculas orgánicas
caracterizadas por tener un
grupo amino (NH2-) y un
grupo carboxilo (-COOH)
unidos a un mismo C
(llamado Cα)
• Difieren entre ellos por sus
cadenas laterales o grupos R
 Cada Aminoácido puede
presentarse en dos formas
quirales (L o D).
Las proteínas sólo integran
la forma L
 ALA
VAL
LEU
Grupos R no polares
ILE
Aminoácidos hidrofóbicos GLY
PRO
MET
PHE
Grupos R aromáticos TYR
TRP
SER
THR
Grupos R polares sin carga CYS
ASN
GLN
LYS
Grupos R básicos ARG
HIS
ASP
Grupos R ácidos GLU
Aminoácidos raros presentes en proteínas:

Son producto de modificaciones post-traduccionales

de los 20 a.a. fundamentales

4-hidroxiprolina Proteínas de pared celular en

plantas
4-hidroxiprolina Colágena
4-hidroxilisina
Aminoácidos no proteínicos:
N-metil-lisina Miosina
Carboxiglutamato Protombina y proteínas que unen
Ca Se encuentran en células vivas,
Selenocisteina Glutatión peroxidasa pero nunca formando parte de
-aspartil-fosfato ATPasas Na/K y Ca proteínas
ADP-ribosil-glutamato Histonas Se conocen más de 300
Ej. ornitina, citrulina, etc.
Fosforilhistidina Histonas
Fosfoserina Proteínas fosforiladas
✓ Polímeros de aminoácidos
unidos por enlaces
peptídicos
✓ 50-800 residuos
✓ PM 6-100 KDa
✓ Proteínas multiméricas
✓ Ej. Transacetilasa-
reductasa de lípidos [60
SU/1600 Kda]
• Enlaces covalentes
entre Cys no
adyacentes
• Fundamentales para la
conformación
tridimensional de una
proteína (Estructura
terciaria)
 ESTRUCTURA
SECUNDARIA: ARREGLOS ESTRUCTURA
ESTRUCTURA
ESTRUCTURA PRIMARIA: EN EL ESPACIO CUATERNARIA:
TERCIARIA: RELACION
SECUENCIA DE REGULARES Y RELACION ESPACIAL
ESPACIAL ENTRE TODOS
AMINOACIDOS DE LA RECURRENTES DE LOS ENTRE LAS DIFERENTES
LOS AMINOACIDOS DE
PROTEINA RESIDUOS DE A.A. SUBUNIDADES DE UNA
UNA PROTEINA
ADYACENTES EN LA PROTEINA MULTIMERICA
CADENA POLIPEPTIDICA
❖Secuencia de aminoácidos
❖Codificada directamente en el gen
❖Determina las propiedades de la
proteína
❖Determina la estructura
secundaria, terciaria y cuaternaria
de la proteína
➢ Arreglos regulares y recurrentes
de los aminoácidos adyacentes
en una proteína.
➢ Se deben al grado de rotación
de los enlaces a lo largo de la
cadena polipeptídica, así como
a la interacción entre los
grupos R de los aminoácidos.
Enlace peptídico:
Rígido, sin capacidad de rotación
Doble enlace parcial C-N
(resonancia, comparten 2e-)

Enlace N -- Cα:
Rotación libre
Angulo de rotación: φ (PHI)

Enlace C α - COOH:
Rotación libre
Angulo de rotación: ψ (PSI)
▪ Angulos de rotación φ y ψ :
Responsables de la estructura
secundaria de una proteína
▪ No todas las combinaciones de
ángulos de rotación φ y ψ son
posibles debido a la repulsión entre
los átomos
▪ Gráficas de Ramachandran: Indican
las combinaciones posibles de
ángulos φ y ψ para cada par de
residuos de aminoácidos en una
cadena polipeptídica, así como el
tipo de estructura secundaria
derivada de esta interacción.
o Estructura secundaria más común
o Arreglo helicoidal del esqueleto
de la cadena polipeptídica
alrededor de un eje
o Los grupos R quedan hacia la
parte externa
o Existen otros tipos de arreglos
helicoidales mucho menos
comunes que la α-hélice [Hélice
310 , hélice π, hélice de
poliprolina, etc.
Queratina:
▪ α-hélice típica
▪ Angulo  (C - C) de entre -45 y -50
▪ Angulo  (N - C ) de -60
▪ 3.6 a.a. por vuelta
▪ Giro a la derecha
• Estabilidad de la -hélice:
• Puentes de H entre grupos –NH y –O de cada 4 a.a.
(Entre un a.a. y el correspondiente a su posición en la
siguiente vuelta de la hélice)

• Otros factores que afectan la estabilidad de la -hélice:

• Interacciones electrostáticas entre grupos R cargados
• Volúmen de los grupos R adyacentes
• Interacciones entre grupos R separados por 3-4
residuos (una vuelta)

• Presencia de Pro:
• Iminoácido
• El N forma parte de un anillo
• Rotación  (N - C ) imposible
• La presencia de Pro interrumpe la -hélice
❖ Esqueleto de la cadena polipeptídica con
un arreglo en “zig-zag”
❖ Los grupos R protruyen en direcciones
opuestas
❖ Puentes de H entre cadenas: Unen varias
cadenas formando láminas
Conformación β:
▪ Paralela:
▪ Extremos N y C de los polipéptidos
adyacentes paralelos
▪ φ de –119°
▪ ψ de +113°

▪ Antiparalela:
▪ Extremos N y C de polipéptidos
adyacentes opuestos
▪ φ de –139°
▪ ψ de +135°
• Conecta dos segmentos
antiparalelos de conformación β
• No necesariamente se encuentra
formando parte de la
conformación β
• Vuelta de 180° en una cadena
polipeptídica
• Involucra 4 a.a. (Gly y Pro
suelen estar presentes)
Modelos para la predicción de la
estructura secundaria de una
proteína

Basados en la estructura primaria, en

las propiedades de los a.a. y en al
análisis estadístico de proteínas cuya
estructura ya se conoce.

Ejemplo: Modelo de Chou y Fasman

(1978) para predicción de estructura
secundaria

Asigna valores a cada a.a. de acuerdo

a su predisposición a formar α-hélice,
conformación β o giros β
Motivos (Folding motifs):
▪ Combinaciones frecuentes
de estructura secundaria.
▪ Se pueden encontrar
motivos idénticos en
proteínas de muy diferente
estructura y función.
 Suelen tener estructuras secundarias peculiares
diferentes a la -hélice y a la conformación 

Colágena:

▪ Arreglo helicoidal
▪ Giro a la izquierda
▪ 3 a.a. por vuelta
▪ 35% Gly, 11% Ala, 21% Pro e
hidroxiPro
▪ Superestructura: Arreglo de 3 cadenas
con enlaces covalentes entre ellas (Lys-
Lys)
Elastina:
▪ Estructura similar a la colágena
▪ Menor cantidad de Pro e HidroxiPro
▪ Enlaces covalentes entre cadenas que
involucran 4 Lys
Fibroína:
• Proteína que constituye la seda
• Se sintetiza como cadenas de 350-415 KDa unidas mediante
puentes disulfuro a cadenas ligeras de 25 Kda
• Se almacena inicialmente como una solución acuosa
concentrada en donde predomina una conformación al azar
• La conformación final se adopta hasta que esta solución es
expulsada por el artrópodo productor de la seda
Estructura terciaria = conformación activa
indispensable para la actividad biológica
Relación espacial entre todos los a.a. en un polipéptido
Estructura tridimensional de un polipéptido

Proteínas fibrosas: Arreglo sencillo bidimensional

Proteínas globulares: Arreglo tridimensional complejo
(estructura terciaria)

Estructura terciaria:
o Formada por segmentos de -hélice, conformación  y
otras
o Arreglo compacto, con muy poco o ningún espacio
interno para moléculas de agua
o La mayoría de los grupos R hidrofílicos se encuentran
en la superficie (exterior) de la proteína globular
o La mitad o más de los grupos R hidrofóbicos se
encuentran en el interior de la proteína globular
 Puentes
disulfuro

Interacciones
Puentes de H
electrostáticas

Interacciones
hidrofóbicas
▪ Enlaces covalentes entre residuos de Cys no adyacentes
▪ Puede haber entre 0 y 17 por proteína (3 en promedio)
Se establecen entre grupos
polares de a.a. no adyacentes
❖ Dadas por las propiedades de los grupos R de
los a.a.
❖ Los grupos R hidrofóbicos tienden a
relacionarse entre ellos, evitando a los
hidrofílicos y evitando también el contacto
con el agua
❖ Las regiones hidrofóbicas tienden a quedar en
la parte central de la proteína globular o bien
dentro de la bicapa lipídica de una membrana
Ocurren entre grupos cargados de a.a. no adyacentes

ej: COO- de Asp o Glu con NH3+ de Lys

Dominios en una proteína:

❑ Es una región repetitiva, compacta y estable dentro de

una proteína.
❑ Contiene su propio arreglo de estructura secundaria.
❑ Toma su estructura terciaria (folding) de manera
independiente con respecto a otros dominios de la
misma proteína.
❑ En promedio un dominio está formado por 100-250
aminoácidos.
 UNIDAD BÁSICA
FUNCIONAL DE
UNA PROTEÍNA

DOMINIO

UNIDAD BÁSICA
DE LA
EVOLUCIÓN
 Clasificación de las proteínas en
superfamilias y familias con base en
sus dominios
Fig. 1. Abbreviated history of violet-blue–sensitive (SWS2)
genes in teleost fishes. The SWS2 gene was present in
a single copy before the neo-teleostei gene duplication,
which gave rise to SWS2A (light blue) and SWS2B paralogs
(dark blue). In the percomorpha lineage, a subsequent
duplication event gave rise to SWS2Aα and SWS2β paralogs.
Although these three paralogs have been retained
in many species, one or more paralogs have been lost in
percomorph fishes. The syntenic relationship is shown to
illustrate that these were tandem duplications occurring on
the same chromosome, with example species listed below
in parentheses.

Ejemplo de evolución
de una familia de genes
(Proteínas).
"Nada en biología tiene
sentido si no es a la luz de la
evolución".

Theodosius Dobzhansky
Indispensable para que la
proteína cumpla con su función
biológica

Espontánea:

Al tomar su estructura terciaria la

proteína queda en un estado más
ordenado con respecto a una
configuración al azar » Su entropía
disminuye » ¿Violación de la 2º
Ley de la Termodinámica?

Aminoácidos: Tienden a tomar una
configuración al azar (Máxima
entropía)
Agua: El agua que rodea a la proteína
tiende a tomar su configuración más
estable. La fuerza del agua es quien
obliga en gran medida a la proteína a
tomar su estructura terciaria, aunque
hay otros fenómenos que cooperan
 E. coli: Sintetiza una proteína de
100 a.a. en 5 seg. Esta proteína
requeriría de 1050 años para
tomar su configuración correcta
por mero azar

Cooperatividad: Cuando unos pocos puentes de H, u

otras interacciones se ha formado correctamente en la
cadena polipeptídica, se incrementa notablemente la
probabilidad de que el resto de las interacciones se
formen de manera correcta.

Toma de la estructura
terciaria por dominios:
Facilita el proceso
❑ Ui Moléculas o dominios que
aun no toman su estructura
terciaria
❑ Ii Moléculas o dominios que
han tomado parcialmente su
estructura terciaria
❑ N Proteína con la estructura
terciaria completa
El primer paso (formación de I1 )
es el limitante. Este evento puede
ser reversible y ocurre al azar bajo
condiciones favorables. El resto de
los pasos son rápidos e
irreversibles bajo condiciones
favorables.

Cada molécula (o dominio) toma

su conformación de manera
En un primer paso, y bajo
independiente mediante una serie
condiciones favorables, las
única de eventos. Cada una de las
moléculas (o dominios) toman
vías tiene su propia tasa de
parcialmente su estructura
reacción. Las vías convergen para
terciaria formando intermediarios
formar la proteína con su
parcialmente estables. Los
conformación activa.
intermediarios convergen en un
precursor de la molécula activa.
Mediante una reacción lenta e
irreversible este precursor se
convierte en la proteína activa.
 Chaperoninas:
• Proteínas que intervienen en la toma de la conformación activa de otras
proteínas (sin formar parte de la estructura final)
• Impiden interacciones ilegítimas con otras proteínas
• Pueden tener actividad catalítica dependiente de energía
• ej. HSP70
• Proteína de “choque térmico”
• Asociada a la toma de la conformación activa de varias proteínas
• Mantiene a los precursores de las proteínas mitocondriales en una
conformación tal que permite su importación
• Acción dependiente de ATP
• ej. Bip
• Participa en el ensamblaje de las Ig
• ej. Nucleoplasminas
• Particiopan en el ensamblaje de los nucleosomas
• ej. HSP60
• Ensamblaje de proteínas mitocondriales
• Ensamblaje de la Rubisco en el cloroplasto
Cambios en la estructura primaria: Pueden afectar o no a la estructura
terciaria, dependiendo de las propiedades de los a.a. que sean substituidos.
ej. cambios de a.a. posibles en el represor 
❖Pérdida de la conformación activa de
una proteína
❖Implica pérdida de estructura
secundaria y terciaria
❖Rompimiento de puentes de H
❖Rompimiento de puentes disulfuro
❖La desnaturalización no involucra
alteraciones en la estructura primaria y
puede ser reversible
Arreglo en el espacio de las subunidades de una
proteína multimérica
Proteínas multiméricas: Formadas por monómeros
idénticos o diferentes

✓Membranas: Barreras físicas entre el
interior de la célula (organelos) y el
medio ambiente
✓Bicapa lipídica
✓Impermeable a moléculas cargadas
✓Las proteínas representan en promedio
el 50% de la masa de las membranas
(rango 25% mielina –75% membrana
interna de mitocondrias y cloroplastos)
✓Proteínas de membrana:
Transporte de moléculas a través de la membrana
Catálisis de reacciones químicas
Recepción y transducción de señales del ambiente
Mantenimiento de la estructura de la membrana
Anclaje del citoesqueleto
✓Proteínas integrales de membrana: Cadenas
polipeptídicas que atraviesan por completo
una o varias veces la membrana. Pueden tener
algunos residuos hidrofilicos expuestos al
ambiente acuoso.
✓Proteínas no integrales de membrana
Proteínas solubles en agua ancladas a la
membrana solo por cadenas de ac. grasos
unidos covalentemente a uno de los extremos
de la proteína.

PROTEINAS
NUTRITIVAS Y DE PROTEINAS
ALMACENAMIENTO: CONTRACTILES:
Proteínas de reserva en
semillas, Caseína, Actina y miosina,
Ferritina
(almacenamiento de Fe). PROTEINAS
TRANSPORTADORAS
: Transporte de
moléculas orgánicas,
Transporte de oxígeno,
Transporte de e-
Transporte
ENZIMAS: Proteínas transmembranal.
con actividad
catalítica. Grupo más
abundante y variado
de proteínas. Hacen
posible el
PROTEINAS
metabolismo. REGULADORAS:
Hormonas (insulina,
GH), Regulación
genética, Receptores
membranales, Segundos
mensajeros
(calmodulina).
PROTEINAS
ESTRUCTURALES Y
DE PROTECCION:
Colágena, Queratina,
Fibroina (seda), Resilina
(alas de insectos),
Cápsides virales
Tubulina.
PROTEINAS DE
DEFENSA:
Inmunoglobulinas,
Fibrinógeno y trombina,
Venenos de serpientes,
PRPs, Inhibidores de
proteasas/amilasas.
PROTEINAS QUE
MANTIENEN LA
CONFORMACION
ACTIVA DE OTRAS
MACROMOLECULAS:
Chaperoninas.
Objetivo de la Unidad

Comprender los niveles de

estructura de las proteínas,
diferenciar los términos motivos y
dominios y comprender qué es una
familia de proteínas y cuál es su
origen.