Curso de Fisicoquímica I Licenciatura de Bioquímica

Laboratorio de Biomateriales IQB-Facultad de Ciencias

PROBLEMAS - UNIDAD 9

1) La reacción catalizada por la enzima transferasa:

acetil-fosfato + CoA = acetil-CoA + Pi ∆rG'298,m

o
=-3.28 kJ mol-1

puede ser considerada como producto del acoplamiento de las siguientes reacciones:

i) acetil-fosfato + H2O = acetato + Pi ∆rG'298,m

o
=?
ii) acetato + CoA = acetil-CoA + H2O ∆rG'298,m
o
= 41.36 kJ mol-1

a) Identifique el tipo de acoplamiento que se produce. Justifique.

b) Calcule el valor de ∆rG'298,m
o
para la reacción de hidrólisis del acetil-fosfato.

Respuesta
a) Se trata de un acoplamiento secuencial, pues involucra una especie (acetato) que no
aparece en la ecuación bioquímica global.

b) El proceso indicado por la ecuación bioquímica global puede llevarse a cabo

alternativamente por los procesos i) y ii). Como G es una función de estado, se cumplirá
que:

∆rG'298,m
o
(reaccion global) = ∆rG'298,m
o
( etapa i) + ∆rG'298,m
o
( etapa ii)
∆rG'298,m
o
( etapai) = −3.28 + ( −41.36 )
∆rG'298,m
o
( etapai) = −44.64 kJmol−1

2) En condiciones de pH y pMg fisiológicas, a 25ºC, el valor de ∆rG'298,m

o
para la ruta
glucolítica

Glu + 2 NADox + 2 ADP + 2 Pi = 2 Pyr + 2 NADred + 2 ATP + 2 H2O

es de -80.77 kJ mol-1. Para esta reacción global, a I = 0.25 mol kg-1:

a) Calcule los valores de ∆rH'298,m
o
y ∆rS'298,m
o
. En estas condiciones, ¿a qué tipo de
control está sujeto el éxito de la ruta glucolítica?
b) Calcule ∆rG'310,m
o
. En condiciones estándar, ¿se ve favorecida la ruta glucolítica a la
temperatura fisiológica?

Respuesta
a) ∆rH'298,m
o
= ∑ν∆ H
i
i f
'o
298,m ⎡⎣productos⎤⎦ −∑ νi∆ fH'298,m
i
o
⎡⎣reactivos⎤⎦
'o 'o 'o 'o 'o
∆rH 298,m = 2 ∆ fH 298,m ⎣⎡Pyr ⎦⎤ + 2∆ fH 298,m ⎣⎡NADred ⎦⎤ + 2∆ fH298,m ⎣⎡ATP ⎦⎤ + 2∆ fH298,m ⎣⎡H2O⎦⎤ −
{
− ∆ fH'298,m
o
⎡⎣Glu⎤⎦ + 2∆ fH'298,m
o
⎡⎣NADox ⎤⎦ + 2∆ fH'298,m
o
⎡⎣ADP⎤⎦ + 2∆ fH'298,m
o
⎡⎣Pi ⎤⎦ }
∆rH'298,m
o
= 2 ( −597.04 ) + 2 ( −33.28 ) + 2 ( −3616.92 ) + 2 ( −286.65) −
− ⎣⎡ −1267.12 + 2 ( −10.26 ) + 2 ( −2632.41) + 2 ( −1299.36 ) ⎦⎤
∆rH 'o
298,m = 83.4 kJmol−1
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∆rH'298,m
o
− ∆rG'298,m
o

∆rS'298,m
o
=
T
83.4 − ( −80.77 )
∆rS'298,m
o
=
298
∆rS'298,m
o
= 551 Jmol−1

Como ∆rH'298,m
o
> 0 (proceso endotérmico) y ∆rS'298,m
o
> 0, la ruta glucolítica se encuentra bajo
control entrópico en las condiciones estándar.

b) Suponiendo que ∆rH'298,m

o
es el mismo a 310 K, podemos aplicar la ecuación integrada de
Gibbs-Helmholtz para calcular ∆rG'310,m
o
:

T2 ⎛ T ⎞
∆rG'To2 ,m = ∆rG'To1 ,m + ∆rH'mo ⎜1 − 2 ⎟
T1 ⎝ T1 ⎠
310 310 ⎞
∆rG'310,m
o
= ( −80.77) + (83.4) ⎛⎜1 − ⎟
298 ⎝ 298 ⎠
∆rG'310,m
o
= −87.38 kJmol−1

El valor de ∆rG'310,m
o
< ∆rG'298,m
o
, por lo que K310 > K298. Esto se debe a que ∆rH'mo > 0, y
dlnK '
entonces > 0 , por lo que un aumento de la temperatura produce un aumento en el
dT
valor de K’.

3) a) Calcule la constante aparente de equilibrio para la reacción:

isocitrato + NADox = 2-oxoglutarato + NADred + CO2(g)

a 25ºC, pH = 7, pMg = 3 e I = 0.25 mol kg-1.

b) Calcule el valor para el cociente de reacción para que la misma no sea espontánea en
condiciones bioquímicas estándar.

Respuesta
∆rG'298,m
o
= ∑ νi∆ f G'298,m
o
⎡⎣productos⎤⎦ −∑ νi∆ fG'298,m
o
⎡⎣reactivos⎤⎦
i i
'o 'o 'o 'o
∆r G298,m = ∆ fG 298,m ⎣⎡2 − oxoglutarato⎦⎤ + ∆ fG298,m ⎣⎡NADred ⎦⎤ + ∆ f G298,m ⎣⎡CO2(g)⎤⎦ −
{
− ∆ fG'298,m
o 'o
⎣⎡isocitrato⎦⎤ + ∆ fG298,m ⎣⎡NADox ⎦⎤ }
∆rG 'o
298,m = −533.59 + 1120.09 − 394.36 − ( −959.58 + 1059.11)
'o
∆rG 298,m = −7.39 kJmol−1
⎛ ∆ G' o ⎞
K ' = exp ⎜ − r 298,m ⎟
⎜ RT ⎟⎠
⎝
⎡
K ' = exp ⎢ −
( −7390) ⎤
⎥
⎢⎣ ( 8.314 ) (298 ) ⎥⎦
K ' = 19.7

b) La expresión para el cociente de reacción es:

⎡⎣2 − oxoglutarato⎤⎦ ⎡⎣NADred ⎤⎦ PCO2

Q' =
⎡⎣isocitrato⎤⎦ ⎡⎣NADox ⎤⎦

Para que el proceso bioquímico indicado no se de, se deberá cumplir que:

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∆rG'298,m = ∆rG'298,m
o
+ RT ln Q ' > 0

Por lo tanto,

∆rG'298,m = −RT lnK '+ RT ln Q ' > 0

RT ln Q ' > RT lnK '
Q' > K'
Q ' > 19.7

4) La reacción bioquímica correspondiente a la tercera etapa de la ruta glucolítica:

F6P + ATP = FBP + ADP

es catalizada por la enzima fosfofructoquinasa (PFK), la cual es inhibida de acuerdo con el

estado energético de la célula, medido por el valor de carga energética, EC, dado por:

⎡⎣ATP ⎤⎦ + 0.5 ⎡⎣ADP ⎤⎦

EC =
⎡⎣ATP ⎤⎦ + ⎡⎣ADP ⎤⎦ + ⎡⎣AMP ⎤⎦

Cuando la [AMP] aumenta, el valor de EC disminuye, y provoca un aumento en la velocidad

de las rutas catabólicas, como la ruta glucolítica. Realice un análisis termodinámico del
proceso de inhibición por AMP a 298 K, pH = 7 e I = 0.25 mol kg-1.

Respuesta
El valor de ∆rG'298,m
o
para la reacción bioquímica en estudio a 298 K es -24.84 kJ mol-1, y
este valor tan favorable desde el punto de vista termodinámico se debe al acoplamiento
secuencial del proceso de fosforilación de la F6P con la hidrólisis del ATP.

El AMP surge de la reacción bioquímica:

2 ADP = ATP + AMP

la cual es catalizada por la enzima adenilato quinasa. De acuerdo con la Tabla de

propiedades termodinámicas transformadas, el valor de ∆rG'298,m
o
para esta reacción en
condiciones casi fisiológicas a 298 K es:

o o o o
∆rG '298,m = ∆ fG '298,m ⎡⎣ATP ⎤⎦ + ∆ f G '298,m ⎡⎣AMP ⎤⎦ − 2∆ fG '298,m ⎡⎣ADP ⎤⎦
o
∆rG'298,m = −2276.77 − 539.17 − 2(−1409.00)
o 2.06 kJ
∆rG'298,m = = 1.03 kJ mol−1
2 moles ADP

valor muy próximo a 0, que indica que en condiciones casi fisiológicas a 298 K la reacción
se encuentra muy próxima al equilibrio. Es este hecho el que hace que esta reacción
bioquímica actúe como regulador de la reacción. Para este valor calculado de ∆rG'298,m
o
, la
constante bioquímica de equilibrio vale:

⎛ ∆ G 'o ⎞
K '298 = exp ⎜ − r 298,m ⎟
⎜ RT ⎟
⎝ ⎠
⎛ 1030 ⎞
K '298 = exp ⎜ − ⎟
⎝ 8.314 x 298 ⎠
K '298 = 0.9996 ≈ 1
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La expresión para el cociente de reacción de la reacción catalizada por la adelinato quinasa

es:
⎡AMP ⎤⎡
⎦⎣ATP ⎤⎦
Q' = ⎣ 2
⎡⎣ADP ⎤⎦

y recordando que:

o
∆rG'298,m = ∆rG '298,m + RT ln Q '
∆rG'298,m = −RT lnK '+ RT ln Q '
Q'
∆rG'298,m = RT ln
K'

la reacción ocurrirá espontáneamente, es decir, el AMP se producirá espontáneamente,

cuando ∆rG '298,m <0, es decir, cuando Q’ < K’, y esto ocurre cuando [ADP] aumenta.

Cuando en la célula se produce un consumo excesivo de ATP, aumenta la concentración de

ADP y la reacción catalizada por la adelinato quinasa ocurre espontáneamente y se forma
AMP. Este incremento en la concentración de AMP produce una disminución en el valor de la
carga energética de la célula, y se produce un incremento en la actividad de la enzima que
cataliza la fosforilación de la F6P, de manera que se activa la ruta glucolítica, que produce el
ATP faltante.

5) a) Calcular la variación en las propiedades termodinámicas estándar para la formación de

la doble hélice complementaria del oligonucleótido AGCCG, empleando el método BPNN
(Base-Pair Nearest Neighbors). Compare los valores calculados con los reportados por Wu
et al. (Eur. J. Biochem. 269 (2002) 2821) de -27.8 kJ mol-1, -169.1 kJ mol-1 y -473.4 J
mol-1 K-1 para la variaciones en la energía libre, entalpía y entropías estándar,
respectivamente.
b) El proceso analizado, ¿se produce bajo control entálpico o entrópico? Si el
oligonucleótido considerado tuviera más bases, ¿cómo esperaría que fueran los valores de
∆H y de ∆S en condiciones estándar comparados con los obtenidos en la parte a)?
c) Calcular la constante de equilibrio a 25ºC para el equilibrio de formación de la doble
hebra de la parte a). ¿Cómo espera, cualitativamente, que se afecte el valor calculado con
un incremento de la temperatura?

Respuesta
a) De acuerdo con el método BPNN, la variación en las propiedades termodinámicas para la
formación de la doble hebra del oligonucleótido AGCCG puede calcularse a partir de:

∆G = ∆Giniciacion + ∑ ni∆GNN
i

∆H = ∆Hiniciacion + ∑ n ∆H
i
i NN

∆S = ∆Siniciacion + ∑ n ∆S
i
i NN

donde las propiedades termodinámicas involucradas fueron tabulados por Breslauer et al.
(1986). Como el oligonucleótido considerado posee la secuencia GC, se emplearán los
valores

o
∆Giniciacion,25ºC = 20.9 kJmol−1 y ∆Siniciacion,25ºC
o
= 70.3 Jmol−1 K −1 .
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∆G25º
o
C = ∆Giniciacion ,25º C + ∆G AG ,25º C + ∆GGC ,25º C + ∆GCC ,25º C + ∆GCG ,25º C
o o o o o

∆G25º
o
C = 20.9 − 6.7 − 13.0 − 13.0 − 15.1 = −26.9 kJ mol
1

∆H 25º
o
C = ∆H iniciacion ,25º C + ∆H AG ,25º C + ∆H GC ,25º C + ∆H CC ,25º C + ∆H CG ,25º C
o o o o o

∆H 25º
o
C = 0 − 32.6 − 46.4 − 46.0 − 49.8 = −174.8 kJ mol
1

∆S25º
o
C = ∆Siniciacion ,25º C + ∆S AG ,25º C + ∆SGC ,25º C + ∆SCC ,25º C + ∆SCG ,25º C
o o o o o

∆S25º
o
C = −70.3 − 86.9 − 112.1 − 110.7 − 116.4 = −409.5 J mol K
1 1

Estos valores se apartan de los obtenidos por Wu et al. en un 3.2%, 3.4% y 13.5% para la
variaciones en la energía libre, entalpía y entropías estándar, respectivamente.

b) Se trata de un proceso bajo control entálpico, pues el sistema experimenta una

disminución de entropía, la cual es compensada por un valor de ∆H tal que se cumple que
∆ H > T∆ S .
Si el oligonucleótido considerado tuviera más bases, de acuerdo con los datos tabulados por
Breslauer et al. se esperarían valores de ∆S y de ∆H más negativos. De esta forma, se
produce una compensación entálpica-entrópica.

c) La constante de equilibrio K a 25ºC puede calcularse a partir del valor de la variación en

la energía libre estándar a esa temperatura:

⎛ ∆G25ºC
o
⎞
K25ºC = ⎜ − ⎟
⎝ RT ⎠
⎛ 26900 Jmol−1 ⎞ 4
K25ºC = ⎜ −1 −1 ⎟ = 5.2x10
⎝ 8.31 Jmol K 298K ⎠

Este alto valor para la constante de equilibrio indica que a 25ºC el proceso se encuentra
muy favorecido hacia la formación de la doble hebra.
El efecto que tendrá un incremento de la temperatura sobre la constante de
equilibrio puede preverse conociendo el signo para el ∆H. En nuestro caso, ∆H < 0, por lo
que de acuerdo con la ecuación diferencial de van’t Hoff:

dlnK ∆H
=
dT RT 2

la constante de equilibrio disminuirá a medida que se incremente la temperatura. Esto está

de acuerdo con el hecho experimental de que la doble hélice de ADN puede ser
desnaturalizada por un aumento de la temperatura.