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Marcadores Moleculares PDF
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Seccin C
Marcadores moleculares:
una herramienta para explorar
la diversidad gentica
1 Introduccin
Los marcadores de ADN son tiles tanto en la aminocidos de una protena, y conducir a nuevas
investigacin bsica (p. ej., anlisis filogentico variantes funcionales. Dichas variantes pueden
y bsqueda de genes tiles) como en la aplicada tener una mayor o menor eficiencia metablica
(p. ej., seleccin asistida por marcador, pruebas de comparadas con el tipo nativo original, pueden
paternidad y trazabilidad de los alimentos). Esta perder completamente su funcionalidad, o incluso
seccin se centra sobre todo en su aplicacin a la adquirir una funcin nueva. Las mutaciones en las
caracterizacin de la diversidad de los recursos regiones reguladoras pueden afectar a los niveles
zoogenticos, y en la bsqueda de variantes y las pautas de expresin gnica; por ejemplo,
funcionales de determinados genes. Hay que activar o desactivas genes, o sobreexpresar o
destacar que el ARN y las protenas tambin infraexpresar protenas en tejidos concretos en
contienen informacin clave, y que por tanto distintos estadios del desarrollo o en distintos
merecen un estudio paralelo; su papel en la estados fisiolgicos.
bsqueda de variantes funcionales se explora Aunque el anlisis de tipos nicos de
asimismo ms abajo. biomolculas ha resultado extremadamente til
La diversidad entre organismos es consecuencia para la comprensin de los fenmenos biolgicos,
de las diferencias en las secuencias de ADN y de la investigacin paralela y a gran escala del ADN,
los efectos ambientales. La variacin gentica ARN y protenas ha abierto nuevas perspectivas
es notable, y cada individuo de una especie, a para la interpretacin y el modelado de la
excepcin de los gemelos monocigticos, posee complejidad de los organismos vivos. Estn
una secuencia de ADN nica. Las variaciones en el surgiendo nuevas disciplinas cientficas con el
ADN son mutaciones resultantes de la sustitucin sufijo mica. En dichos campos, los avances
de un solo nucletido (polimorfismos de un recientes en la preparacin, identificacin y
solo nucletido SNP), insercin o delecin de secuenciado del ADN, ARN y protenas, as
fragmentos de ADN de diversas longitudes (desde como el almacenamiento de datos a gran escala
uno a varios miles de nucletidos), o duplicacin o y su anlisis, estn creando una revolucin en
inversin de fragmentos de ADN. Las variaciones nuestros conceptos. Est surgiendo una visin
del ADN se clasifican como neutras cuando no global e integrada de un conjunto completo
originan cambios en los caracteres metablicos o de molculas biolgicas implicadas en procesos
fenotpicos, y por consiguiente no estn sometidas biolgicos complejos. La genmica estructural, la
a seleccin positiva, negativa o de reequilibrio; en transcriptmica y protemica han ido seguidas de
caso contrario, se denominan funcionales. Las la metabolmica y la interactmica, entre otras, y,
mutaciones en nucletidos clave de una secuencia a un nivel de complejidad an mayor, la biologa
codificadora pueden alterar la composicin de de sistemas (Hood etal., 2004; Recuadro 71).
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Parte 4
Recuadro 70
ADN, ARN y protena
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Los datos necesarios sobre variabilidad del xito Los polimorfismos proteicos fueron los
reproductivo e intervalos entre generaciones primeros marcadores utilizados en estudios
no suelen estar disponibles de modo fiable en genticos de ganado. Sin embargo, el nmero de
los pases en desarrollo. Por consiguiente, los loci polimrficos que se pueden analizar, y el nivel
enfoques moleculares pueden ser una alternativa de polimorfismos observados en dichos loci suelen
prometedora (vase el subcaptulo 3.2 para ms ser bajos, lo cual limita mucho su aplicacin a
detalles). estudios de diversidad gentica. Con el desarrollo
Tercer papel. Una prioridad mxima en de nuevas tecnologas, los polimorfismos del ADN
la gestin de recursos zoogenticos es la han pasado a ser los marcadores de eleccin en
conservacin de razas con caracteres singulares las encuestas de variacin gentica basadas en
o nicos. Entre estos, la capacidad de vivir y datos moleculares (Recuadro 74).
producir en condiciones desfavorables, y la
resistencia a las enfermedades infecciosas son 3.1 Tcnicas que utilizan marcadores
de capital importancia, sobre todo en los pases de ADN para evaluar la diversidad
en desarrollo. Los caracteres complejos, como gentica
la adaptacin y la resistencia a los patgenos,
no se visualizan o miden fcilmente. Se pueden Marcadores de ADN nuclear
investigar en experimentos en los que se somete a Existe un conjunto de marcadores ya disponibles
los animales a condiciones ambientales especficas para detectar polimorfismos del ADN nuclear.
o se les inocula el patgeno en estudio. Ahora En los estudios de diversidad gentica, los
bien, dichos experimentos son difciles y caros marcadores ms utilizados son los microsatlites.
de realizar, y generan dudas sobre la proteccin
y bienestar de los animales. Esta es la razn por Microsatlites
la que los investigadores tienen tanto inters en Actualmente, los microsatlites (Recuadro 74)
identificar los genes que controlan caracteres son marcadores ms populares en los estudios de
complejos. Dichos genes pueden estudiarse caracterizacin gentica del ganado (Sunnucks,
mediante una gama de enfoques distintos. Las 2001). Su alta tasa de mutacin y naturaleza
herramientas que se estn desarrollando para codominante permiten la estimacin de la
estudiar la variacin funcional se describen en el diversidad gentica dentro y entre razas, as como
subcaptulo 3.3. la mezcla gentica entre razas incluso si estn
estrechamente emparentadas.
Hay cierta polmica respecto a la eleccin de
3 Visin general de las tcnicas un modelo de mutacin el modelo de alelo
moleculares continuo o infinito o el modelo de mutacin
discreto o por pasos (Goldstein etal., 1995)
Esta seccin describe las tcnicas moleculares para el anlisis de los datos de microsatlites.
ms importantes que se estn utilizando y De todos modos, los estudios de simulacin han
desarrollando actualmente para evaluar la demostrado que el modelo de mutacin de alelo
diversidad gentica y para estudiar la variacin infinito suele ser generalmente vlido para la
funcional. El Recuadro 73 describe cmo se evaluacin de la diversidad dentro de una especie
extrae el ADN y ARN del material biolgico y (Takezaki y Nei, 1996).
su preparacin para el anlisis. Los atributos El nmero medio de alelos (MNA) por poblacin,
de los marcadores moleculares ms utilizados y la heterocigosidad observada y esperada
se describen en el Recuadro 74, y la toma de (Ho y He), son los parmetros ms usuales en
muestras (aspecto sumamente importante de los la evaluacin de la diversidad intrarracial. Los
estudios moleculares) en el Recuadro 75. parmetros ms simples para evaluar la diversidad
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Recuadro 74
Marcadores habituales de ADN
Los polimorfismos por restriccin de la longitud de los de los SNP. La FAO ha publicado recomendaciones
fragmentos (RFLP) se identifican usando enzimas de para conjuntos de loci de microsatlites a utilizar en
restriccin que parten el ADN nicamente en puntos estudios de diversidad de las especies agropecuarias
o sitios de restriccin precisos (p. ej., EcoRI corta ms importantes, que fueron desarrollados por el
en el sitio definido por la secuencia palindrmica Grupo Asesor sobre Diversidad Gentica Animal de la
GAATTC). Actualmente, el uso ms frecuente de los ISAGFAO (vase la biblioteca DAD-IS en http://www.
RFLP es en combinacin con la PCR (PCR-RFLP), fao.org/dad-is/).
para detectar alelos que difieren en secuencia en un Los minisatlites comparten las mismas
sitio de restriccin concreto. Primero se amplifica un caractersticas que los microsatlites, pero la
fragmento de gen con la PCR, y luego se expone a un longitud de las repeticiones es de entre diez y
enzima de restriccin especfico que corta solamente algunos centenares de pares de bases. Los micro y
una de las formas allicas. Los amplicones digeridos minisatlites tambin se denominan polimorfismos
suelen resolverse mediante electroforesis. VNTR (Nmero Variable de Repeticiones en Tndem).
Los microsatlites o SSR (Repeticiones de Los polimorfismos por ampliacin de la longitud
Secuencia nica) o STR (Repeticiones Simples en del fragmento (AFPL) son una tcnica de identificacin
Tndem) consisten en un tramo de ADN de unos del ADN que detecta fragmentos de restriccin de
cuantos nucletidos de longitud de 2 a 6 pares ADN mediante amplificacin con PCR.
de bases (bp) que se repiten varias veces en Los STS (Sitios con Marca de Secuencia) son
tndem (p. ej., CACACACACACACACA). Estn secuencias de ADN que solo se dan una vez en un
diseminados por todo el genoma de los eucariotas. genoma, en una posicin conocida. No tienen por qu
Los microsatlites son de un tamao relativamente ser polimrficos y se utilizan para construir mapas
pequeo y, por consiguiente, pueden ser fcilmente fsicos.
amplificados con la PCR usando ADN extrado de Los SNP son variaciones en nucletidos nicos que
fuentes diversas, como la sangre, el pelo, la piel, no cambian la longitud total de la secuencia de ADN
e incluso las heces. Los polimorfismos se pueden en la regin. Existen SNP en todo el genoma. Son
visualizar en un gel secuenciador, y la disponibilidad muy abundantes en el genoma humano, a razn de
de secuenciadores automticos de ADN permite un un SNP por cada 1 000 pares de bases (Sachinandam
anlisis ultrarrpido de un gran nmero de muestras et al., 2001). La mayora de SNP se localizan en las
(Goldstein y Schltterer, 1999; Jarne y Lagoda, 1996). regiones no codificantes, y no tienen un impacto
Los microsatlites son hipervariables; muestran a directo en el fenotipo de un individuo. No obstante,
menudo decenas de alelos en un locus que difieren algunos introducen mutaciones en secuencias
entre s en el nmero de repeticiones. Siguen expresadas o en regiones que influyen en la expresin
siendo los marcadores de eleccin para estudios gnica (promotores, potenciadores), y pueden inducir
de diversidad, para anlisis de parentesco y para el cambios en la estructura o regulacin de las protenas.
cartografiado de Loci de Caracteres Cuantitativos Dichos SNP tienen el potencial de detectar la variacin
(QTL), pero esto podra cambiar en el futuro prximo gentica funcional.
con el desarrollo de mtodos baratos para el anlisis
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Las listas y guas se pueden encontrar en la biblioteca de DAD-
IS (http://www.fao.org/dad-is).
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Por ejemplo, se han distribuido muestras del de microsatlites. No obstante, las tecnologas
ADN estndar de oveja y cabra utilizado en el moleculares estn en constante evolucin,
proyecto Econogene de la Unin Europea (UE) aumentando la automatizacin y disminuyendo
a otros proyectos a gran escala en Asia y frica, el costo del tipaje de SNP. Probablemente, en
que se pueden solicitar a travs del Sitio Web de el futuro prximo, ello permitir el anlisis en
Econogene (http://www.econogene.eu). paralelo de un gran nmero de marcadores a
Solo existen unos cuantos ejemplos de anlisis a un costo inferior. Con esta perspectiva, estn en
gran escala de la diversidad gentica de las especies marcha proyectos a gran escala en varias especies
agropecuarias. Hillel etal. (2003) y SanCristobal agropecuarias para identificar millones (p. ej.,
etal.(2006a) investigaron, respectivamente, la Wong etal., 2004) y validar varios miles de SNP, e
diversidad en gallinas y cerdos en toda Europa; identificar bloques de haplotipos en el genoma.
Hanotte etal. (2002) obtuvieron datos de ganado Al igual que la informacin sobre secuencias, los
bovino a escala de casi todo el continente africano; SNP permitirn una comparacin directa y anlisis
Tapio etal. (2005) evaluaron la diversidad en conjunto de diferentes experimentos.
ovejas a gran escala regional en los pases del Los SNP parecen ser marcadores atractivos para
norte de Europa; y Caon etal. (2006) estudiaron aplicarlos en el futuro a estudios de diversidad
la diversidad en cabras de Europa y Cercano y gentica ya que se pueden usar fcilmente en la
Medio Oriente. No obstante, para la mayora evaluacin de la variacin funcional o neutra. Sin
de especies, falta an una revisin completa. La embargo, la fase preliminar del descubrimiento o
estrecha coordinacin actual entre proyectos seleccin de los SNP a partir de bases de datos es
a gran escala promete ofrecer una estimacin crtica. Los SNP se pueden generar mediante varios
mundial de la diversidad gentica en un futuro protocolos experimentales, ya sea secuenciado,
prximo para algunas especies como ovejas y polimorfismo conformacional de cadena nica
cabras. En el intern, se estn desarrollando nuevos (SSCP) o cromatografa lquida desnaturalizadora
mtodos de anlisis de datos que permitirn el de alto rendimiento (DHPLC), o in silico, alineando
metanlisis de conjuntos de datos que incluyen y comparando secuencias mltiples de la misma
solo unas cuantas razas y ninguno, o muy pocos, regin a partir de bases de datos pblicas del
marcadores en comn (Freeman etal., 2006). Esta genoma y de secuencias expresadas (EST). Si los
perspectiva global de la diversidad agropecuaria datos no se han obtenido aleatoriamente, no
ser extremadamente valiosa para reconstruir el se pueden aplicar los estimadores estndar de
origen y la historia de las poblaciones de animales los parmetros de la gentica poblacional. Un
domsticos, e, indirectamente, de las poblaciones ejemplo frecuente es el que se da cuando los
humanas. Revelar asimismo puntos calientes SNP identificados inicialmente en una muestra
de diversidad gentica regional y local que podrn pequea (panel) de individuos se tipan en una
ser objeto de actuaciones de conservacin. muestra mayor de cromosomas. Como, de los SNP,
se toman muestras preferencialmente a frecuencias
SNP intermedias, dicho protocolo sesga la distribucin
Los SNP (Recuadro 74) se utilizan como de frecuencias allicas cuando se comparan con
alternativa a los microsatlites en los estudios de lo esperado de una muestra aleatoria. Los SNP
diversidad gentica. Existen diversas tecnologas son prometedores para aplicaciones futuras en
para detectar y tipar los marcadores SNP (vase anlisis de gentica poblacional; sin embargo, an
la revisin de Syvnen, 2001). Al ser marcadores estn por desarrollar los mtodos estadsticos que
biallicos, los SNP poseen un contenido de de manera explcita cubran todos los mtodos de
informacin bastante bajo, y hay que usar descubrimiento de los SNP (Nielsen y Signorovitch,
muchos para llegar al nivel de informacin 2003; Clark etal., 2005).
obtenido a partir de un panel estndar de 30 loci
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microarrays de ADN contienen varios centenares perfiles de transcriptos, debido a las numerosas
de genes conocidos, y algunos millares de genes seales falsas que se producen.
desconocidos. El microarray se cubre con manchitas
de fragmentos de cADN o con oligonucletidos Perfiles proteicos
prefabricados. Esta ltima opcin tiene la ventaja El estudio sistemtico de las estructuras proteicas,
de una mayor especificidad y reproducibilidad, las modificaciones post-traslacionales, los perfiles
pero slo se puede disear si se conoce la proteicos, las interacciones entre protena
secuencia. El uso de los microarrays se basa en el protena, protenacido nucleico, y protena
principio de hibridacin, es decir, se exponen molcula pequea, as como la expresin
entre s dos secuencias de ADN de cadena nica, o espacial y temporal de las protenas en las
una de ADN y otra de ARN, y se mide la cantidad clulas eucariotas, son cruciales para comprender
de molcula de doble cadena que se forma. La fenmenos biolgicos complejos. Las protenas
expresin del mARN se puede medir cualitativa y son esenciales para la estructura de las clulas
cuantitativamente. Indica actividad gnica en un vivas y sus funciones.
tejido, y suele estar directamente relacionada con La estructura de una protena se puede
la produccin de protena inducida por el mARN. revelar mediante difraccin de rayos X o por
Los perfiles de expresin gnica contribuyen espectroscopa de resonancia magntica nuclear.
a la comprensin de los mecanismos biolgicos, La primera requiere una gran cantidad de
y por tanto, facilitan la identificacin de genes protena cristalina, y esto suele ser restrictivo.
candidatos. Por ejemplo, el grupo de genes Para comprender la funcin proteica y las
implicado en la expresin de la tripanotolerancia interacciones protenaprotena a nivel molecular,
en ganado bovino se ha caracterizado mediante sera til determinar la estructura de todas las
SAGE (Berthier etal., 2003), y por anlisis de cADN protenas en una clula u organismo. Hasta la
en microarray (Hill etal., 2005). La investigacin fecha, sin embargo, esto no se ha conseguido. Es
en paralelo de la expresin de muchos genes interesante observar que el nmero de variantes
puede permitir la identificacin de genes maestros proteicas diferentes surgidas de la sntesis
responsables de caracteres fenotpicos que no se proteica (empalme alternativo y/o modificaciones
pueden detectar mediante anlisis de expresin post-traslacionales) es significativamente mayor
diferencial. Dichos genes maestros pueden, que el nmero de genes en un genoma.
por ejemplo, presentar diferentes alelos que se La espectrometra de masas (una tcnica
expresan todos al mismo nivel, promoviendo la analtica para determinar la masa molecular)
expresin de genes a niveles inferiores con distinta en combinacin con tcnicas de separacin
eficiencia. En este caso, el gen maestro se puede cromatogrficas o electroforticas, es
buscar ya sea aprovechando los conocimientos actualmente el mtodo de eleccin para
actuales sobre vas metablicas, o bien a travs identificar protenas endgenas en las clulas,
de un QTL de expresin (eQTL) (Lan etal., 2006). para caracterizar las modificaciones post-
En dicho enfoque, el nivel de expresin de los traslacionales y determinar la abundancia
genes de nivel inferior se mide en una poblacin proteica (Zhu etal., 2003). La electroforesis
segregante. La cantidad de transcripto de cada bidimensional en gel es nica con respecto al
gen se trata como un carcter fenotpico, los gran nmero de protenas (>10000) que pueden
QTL que influyen en la expresin gnica pueden separarse y visualizarse en un solo experimento.
buscarse utilizando las metodologas antes Las manchas de las protenas se recortan del
descritas. Cabe sealar que el anlisis de datos gel, se someten a digestin proteoltica, y se
para la deteccin de QTL dista an mucho de ser identifican las protenas usando la espectrometra
fcil. Esto es tambin aplicable a las tcnicas de de masas (Aebersold y Mann, 2003). Sin embargo,
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ha resultado difcil estandarizar y automatizar asimismo el enlace de las protenas con otras
la electroforesis bidimensional en gel, y el uso molculas, puesto que las protenas realizan sus
de los patrones proteicos resultantes como funciones en dichos procesos de enlace.
mapas de referencia protemica solo ha tenido
xito en unos cuantos casos. Una tcnica
complementaria, la cromatografa lquida, es 4 El papel de la bioinformtica
ms fcil de automatizar, y se puede acoplar
directamente al espectrmetro de masas. Los El desarrollo de tecnologas ultrarrpidas sera
mtodos protemicos por afinidad, basados en intil sin la capacidad de analizar el volumen de
microarrays, son un enfoque alternativo a los datos biolgicos, que crece exponencialmente.
perfiles proteicos (Lueking etal., 2003), y tambin Los datos se almacenan en bases de datos
se pueden utilizar para detectar interacciones electrnicas (Recuadro 78) asociadas a aplicaciones
protena-protena. Dicha informacin es esencial informticas especficas diseadas para permitir
para el modelado algortmico de las vas la actualizacin de los datos, su interrogacin y
biolgicas. No obstante, la especificidad del enlace recuperacin. La informacin debe ser fcilmente
sigue siendo un problema en la aplicacin de los accesible, flexible a la interrogacin, para permitir
microarrays de protenas, ya que la reactividad la recuperacin de informacin que se utilizar
cruzada no se puede predecir con exactitud. para desentraar las vas metablicas y el papel
Existen enfoques alternativos para detectar de los genes y protenas implicadas.
las interacciones protena-protena, como el La bioinformtica es crucial para combinar
sistema de dos hbridos (Fields y Song, 1989). Sin informacin de diversas fuentes y generar nuevo
embargo, ninguno de los mtodos actualmente conocimiento a partir de los datos existentes.
utilizados permite la deteccin cuantitativa de las Tiene, adems, el potencial de simular la
protenas de enlace, y no queda claro hasta qu estructura, funcin y dinmica de los sistemas
punto las interacciones observadas representan moleculares, y es por tanto til en la formulacin
las interacciones protena-protena. de hiptesis que orienten el trabajo experimental.
Tambin se han desarrollado mtodos basados
en arrays o matrices para detectar la interaccin
ADN-protena in vitro e in vivo (vase la de Sauer 5 Conclusiones
etal., 2005), e identificar el enlace de protenas
desconocidas con secuencias gnicas reguladoras. La caracterizacin molecular puede desempear
Los microarrays de ADN se emplean eficazmente un papel en dilucidar la historia, y estimar la
para el cribado de extractos nucleares en busca diversidad, caracteres distintivos y estructura
de complejos que enlacen ADN, en tanto que los poblacional de los recursos zoogenticos. Puede
microarrays proteicos se utilizan bsicamente para tambin servir de ayuda en el manejo gentico
identificar protenas desconocidas que enlazan de pequeas poblaciones, para evitar una
ADN a nivel de todo el proteoma. En el futuro, endogamia excesiva. Se han descrito diversas
estas dos tcnicas permitirn conocer los detalles investigaciones sobre diversidad entre y dentro de
del funcionamiento de las redes reguladoras poblaciones algunas a escala bastante grande.
transcripcionales. Sin embargo, estos estudios estn fragmentados
Muchos mtodos de predecir la funcin de y son difciles de comparar e integrar. Adems,
una protena se basan en su homologa con otras an est por hacer una encuesta mundial
protenas y su localizacin intracelular. Predecir completa de las especies relevantes. Por tanto, es
las funciones proteicas es bastante complicado, de importancia estratgica desarrollar mtodos
y tambin exige tcnicas para detectar las para combinar los conjuntos de datos existentes,
interacciones protena-protena, y detectar que se solapan parcialmente, y garantizar el
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Recuadro 77
El enfoque de la genmica poblacional
Recientemente se ha propuesto un enfoque alternativo presin de seleccin que han quedado fijados
a la identificacin de regiones genmicas portadoras de finalmente en las razas, y en concreto, los genes
genes de inters. Consiste en la deteccin de rbricas implicados en la adaptacin a ambientes extremos,
de seleccin mediante un enfoque de genmica resistencia a las enfermedades, etc. Muchos de estos
poblacional (Black et al., 2001; Luikart et al., 2003). caracteres, que son de gran importancia para la
Los tres principios bsicos de la genmica poblacional sostenibilidad de la cra de ganado, son difciles o
aplicada al cartografiado QTL son: imposibles de investigar mediante el cartografiado
1. que los loci neutros de todo el genoma se vern QTL clsico o los estudios de asociacin. El potencial
similarmente afectados por la deriva gentica, de la genmica poblacional se ha investigado
la demografa, y la historia evolutiva de las recientemente desde un punto de vista terico
poblaciones; (Beaumont y Balding, 2004; Bamshad y Wooding,
2. que los loci bajo seleccin se comportan a 2003), y mediante trabajo experimental con diferentes
menudo de manera distinta, y, por tanto, revelan tipos de marcadores en poblaciones naturales (AFLP:
pautas de variacin con valores atpicos, prdida Campbell y Bernatchez, 2004; microsatlites: Kayser
de diversidad (habra aumento de la misma si los et al., 2003; SNP: Akey et al., 2002). El enfoque se ha
loci se hallaran bajo una seleccin equilibrada), aplicado recientemente en el proyecto Econogene
desequilibrio de ligamiento, y aumentos/ (http://lasig.epfl.ch/projets/econogene). En anlisis
disminuciones de los ndices Gst/Fst; y preliminares, tres SNP en los genes de MYH1 (miosina
3. que merced a los efectos de ligamientos 1), MEG3 (calipigia) y CTSB (catepsina B) en ovejas
oportunistas, la seleccin afecta tambin a los han mostrado un comportamiento atpico significativo
marcadores ligados, permitiendo la deteccin (Pariset et al., 2006).
de una rbrica de seleccin (efectos de En el seno del mismo proyecto, se ha diseado un
valores atpicos), que a menudo puede enfoque novedoso, basado en el Mtodo de Anlisis
detectarse genotipando un gran nmero de Espacial (SAM), para detectar rbricas de seleccin
marcadores en un cromosoma e identificando natural dentro del genoma de animales domsticos
bloques de valores atpicos. Este enfoque y salvajes (Joost, 2006). Los resultados preliminares
utiliza datos fenotpicos a nivel de raza (o de obtenidos con dicho mtodo concuerdan con los
subpoblaciones dentro de una raza) ms que obtenidos por aplicacin de modelos tericos de la
a nivel individual, y por lo tanto complementa gentica poblacional, como los desarrollados por
bien el cartografiado QTL clsico dentro de los Beaumont y Balding (2004). El SAM va ms all de
pedigres. los enfoques clsicos, puesto que est concebido para
El enfoque de la genmica poblacional permite identificar parmetros ambientales asociados con
asimismo identificar genes sometidos a una fuerte marcadores seleccionados.
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Parte 4
Recuadro 79
Glosario: marcadores moleculares
Para el material de esta seccin se utilizan las estocsticos. En la gentica de poblaciones, se afirma
siguientes definiciones: que el desequilibrio de ligamiento caracteriza la
ADN: la informacin gentica de un genoma est distribucin del haplotipo en dos o ms loci.
codificada en el cido desoxirribonucleico (ADN), Gen candidato: cualquier gen que pudiera
que se conserva en el ncleo celular. El ADN tiene plausiblemente causar diferencias en las
dos cadenas estructuradas en una doble hlice, caractersticas observables de un animal (p. ej.,
formada por un glcido (desoxirribosa), fosfato y en resistencia a las enfermedades, produccin de
cuatro bases qumicas los nucletidos: adenina protena en leche, o crecimiento). El gen puede ser un
(A), guanina (G), citosina (C) y timina (T). Una A en candidato porque est situado en una determinada
una cadena se empareja siempre con una T en la otra regin cromosmica de la que se sospecha que est
mediante dos enlaces de hidrgeno, en tanto que implicada en el control del carcter, o porque su
una C siempre se empareja con una G mediante tres producto proteico pueda sugerir que puede estar
enlaces de hidrgeno. Las dos cadenas son, pues, implicado en el control del carcter (p. ej., genes de
complementarias entre s. protena lctea en la produccin de protena lctea).
ADN complementario (cADN): secuencias de Haplotipo: contraccin de la expresin genotipo
ADN generadas por la transcripcin inversa de las haploide; se refiere a la constitucin gentica de
secuencias de mARN. Este tipo de ADN incluye exones un cromosoma individual. En el caso de organismos
y regiones no traducidas en los extremos 5 y 3 de los diploides, el haplotipo contendr un miembro de la
genes, pero no incluye el ADN del intrn. pareja de alelos para cada locus. Puede referirse a un
ARN: el cido ribonucleico es un cido nucleico conjunto de marcadores (p. ej., polimorfismos de un
de una cadena formado por tres de las cuatro bases solo nucletido SNP) que estadsticamente estn
presentes en el ADN (A, C y G). T, sin embargo, es asociados a un nico cromosoma. Sabido esto, se
sustituida por uracilo (U). cree que la identificacin de unos cuantos alelos de
Cebador: una secuencia corta (de una cadena) de un bloque de haplotipo puede identificar de manera
oligonucletidos utilizados en la reaccin en cadena inequvoca el resto de loci polimrficos de la regin.
de la polimerasa (PCR). Dicha informacin es de gran utilidad para investigar
Desequilibrio de ligamiento (LD): es un trmino la gentica de los caracteres complejos.
utilizado en el estudio de gentica poblacional para Ligamiento: la asociacin de genes y/o
la asociacin no aleatoria de alelos en dos o ms marcadores cercanos entre s en un cromosoma.
loci, no necesariamente en el mismo cromosoma. Los genes y marcadores ligados tienden a heredarse
No es lo mismo que el ligamiento, que describe la juntos.
asociacin de dos o ms loci en un cromosoma con Marcador gentico: un polimorfismo del ADN
un grado limitado de recombinacin. LD describe una que se puede detectar fcilmente mediante anlisis
situacin en la que algunas combinaciones de alelos fenotpico o molecular. El marcador puede hallarse
o marcadores genticos se dan en una poblacin ms dentro de un gen o en un ADN sin funcin conocida.
o menos frecuentemente de lo que sera de esperar Dado que los segmentos de ADN que se encuentran
de una formacin aleatoria de haplotipos de alelos prximos entre s en un cromosoma tienden a
sobre la base de sus frecuencias. El desequilibrio de heredarse juntos, los marcadores se suelen utilizar
ligamiento es causado interacciones adaptativas como maneras indirectas de seguir la pista del patrn
entre genes o por procesos no adaptativos como son
la estructura de la poblacin, endogamia, y efectos contina
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Recuadro 79 cont.
Glosario: marcadores moleculares
de herencia de un gen que an no se ha identificado, vidrio. Luego los investigadores unen marcadores
pero cuya localizacin aproximada s es conocida. fluorescentes al mARN o al cADN de la clula que
Tecnologa de microarray: una nueva forma estn estudiando. Las sondas marcadas se enlazan
de estudiar cuntos genes interaccionan entre s y a cadenas de cADN en el portaobjetos, y estos se
cmo las redes reguladoras de la clula controlan colocan en un microscopio de rastreo que puede
simultneamente vastas bateras de genes. El mtodo medir el fulgor de cada punto fluorescente; el brillo
utiliza un robot que aplica con precisin pequeas revela la cantidad presente de un mARN concreto,
gotitas de ADN funcional sobre portaobjetos de indicador de su grado de actividad.
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Zhang, Z., Meng, Q., Zhou, J., Li, D., Zhang, J.,
Ni, P., Li, S., Ran, L., Li, H., Zhang, J., Li, R., Li, S.,
Zheng, H., Lin, W., Li, G., Wang, X., Zhao, W., Li,
J., Ye, C., Dai, M., Ruan, J., Zhou, Y., Li, Y., He, X.,
Zhang, Y., Wang, J., Huang, X., Tong, W., Chen,
J., Ye, J., Chen, C., Wei, N., Li, G., Dong, L., Lan,
F., Sun, Y., Zhang, Z., Yang, Z., Yu, Y., Huang,
Y., He, D., Xi, Y., Wei, D., Qi, Q., Li, W., Shi, J.,
Wang, M., Xie, F., Wang, J., Zhang, X., Wang,
P., Zhao, Y., Li, N., Yang, N., Dong, W., Hu, S.,
Zeng, C., Zheng, W., Hao, B., Hillier, L.W., Yang,
S.P., Warren, W.C., Wilson, R.K., Brandstrom,
M., Ellegren, H., Crooijmans, R.P., van der Poel,
J.J., Bovenhuis, H., Groenen, M.A., Ovcharenko,
I., Gordon, L., Stubbs, L., Lucas, S., Glavina,
T., Aerts, A., Kaiser, P., Rothwell, L., Young,
J.R., Rogers, S., Walker, B.A., van Hateren, A.,
Kaufman, J., Bumstead, N., Lamont, S.J., Zhou,
H., Hocking, P.M., Morrice, D., de Koning, D.J.,
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