TEMA 16.

TRANSCRIPCIN

Introduccin.
ARN: tipos y funciones.

Transcripcin en procariotas.
Enzimologa de la transcripcin: ARN polimerasa.
Fases de la transcripcin:
Iniciacin.
Elongacin.
Terminacin.

Transcripcin en eucariotas: diferencias con procariotas.
Tipos de ARN polimerasas: ARNpol-I, ARNpol-II. ARNpol-III.

Inhibidores de la transcripcin.

Introduccin.
Replicacin
Traduccin

Transcripcin

DNA

RNA

Protenas

Retrotranscripcin

Transcripcin:
- Mecanismo celular por el cual la informacin gentica contenida en el ADN es
transferida a una molcula de ARN.
- Ocurre mediante la polimerizacin de ribonuclesidos trifosfato a lo largo de una
cadena molde de DNA.
- La sntesis de ARN est catalizada por la ARN polimerasa.

DNA molde

n1ATP+n2GTP+n3CTP+n4UTP

RNA + (n1+n2+n3+n4) PPi

Mg2+, RNA polimerasa

Introduccin.

Nomenclatura transcripcional.

Gen: segmento del DNA que codifica una protena (mRNA) u otro RNA (rRNA, tRNA)
Unidad Transcripcional: Segmento del DNA comprendido entre la iniciacin y la
terminacin de la Transcripcin. Puede ser:

- Monocistrnica- unidad transcripcional con un slo gen

- Policistrnica- unidad transcripcional con ms de un gen

DNA

Hebra sentido

Hebra Sentido: Hebra del DNA con la

Hebra antisentido
(molde)

misma secuencia que el RNA (codificante,

informativa, no molde, no transcrita, +)

RNA polimerasa

Hebra Antisentido: Hebra molde de la

Trnscrito
RNA

RNA polimerasa (no codificante,transcrita,

no informativa, -)

La RNA polimerasa aade nucletidos en sentido 5-3

Introduccin.

Nomenclatura transcripcional.

Hebra Sentido, no-molde.

Hebra Antisentido o molde.

La RNA polimerasa aade nucletidos en sentido 5-3

Introduccin.

cido Ribonucleico

- Macromolcula sintetizada por las RNA polimerasas a partir del ADN (molde) en el
proceso de transcripcin. Generalmente son de cadena sencilla.
- Compuesto por ribonucletidos unidos por enlaces fosfodiester.
Azcar: ribosa.

Bases: A, U, G y C.

(
-D-ribosa)

(Uracilo) O

HN
O

Niveles estructurales de los ARN

-La estructura primaria viene determinada por la secuencia de nucletidos
- Pueden presentar formas variadas de estructuras secundarias (uniones intracatenarias).

La estructura secundaria de las regiones de doble cadena, se asemeja al A-DNA.

La forma B no puede ser adoptada debido a impedimentos estricos del O extra en el C2de la ribosa
(ver modelo de Watson y Crick).

-Tambin han sido observadas estructuras terciarias para ciertos tRNA y rRNA.

cido Ribonucleico

Introduccin.

Tipos de ARN
ARN funcionales (no se traducen a protenas)
- ARN ribosmico (rRNA).
- ARN de transferencia (tRNA).
- ARN pequeo nuclear (snRNA)
- ARN citoplasmtico pequeo (scRNA)

ARN informativos (se traducen a protenas)

- ARN mensajero (mRNA).
- ARN heterogneo nuclear (hnRNA).

Transcripcin en procariotas.
La enzima clave es la ARN polimerasa

(Descubierta por J. Hurwitz y S. Weiss independientemente)

 Holoenzima de unos 500 kDa formada por 5 clases de subunidades:

 Polimeriza en sentido 5-3

 No tiene actividad exonucleasa (no es correctora).
 No necesitan cebadores.
 Es procesativa: no abandona el molde de ADN hasta la terminacin

(11 kD)
sin
funcin
conocida

Transcripcin en procariotas.
Un slo tipo de RNA polimerasa para todos los tipos de ARN

Subunidad Mr (kD)

Funcin

36.5

Iniciacin de la cadena. Interaccin con

protenas reguladoras y promotores

151

Iniciacin y elongacin. Centro cataltico.

155

Unin al DNA

11

Desconocida

70

Reconocimiento del promotor

2

holoenzima

2

ncleo polimerasa

+
sub sigma

Transcripcin en procariotas.

LA TRANSCRIPCIN TIENE 3 FASES:

-Iniciacin: tiene lugar en secuencias promotoras o promotores.
-Elongacin: ARN polimerasa
-Terminacin:

-independiente
-dependiente

Transcripcin en procariotas.

INICIACIN

- Identificacin del inicio de la Unidad Transcripcional

- Definicin del sentido de la transcripcin
La transcripcin comienza en distintas secuencias promotoras: Secuencias del DNA localizadas en
el extremo 5 de la unidad transcripcional, que determinan la localizacin y el sentido de la transcripcin. La
subunidad de la ARN polimerasa reconoce y se une a las secuencias promotoras.
Genes

Regin -35

Regin -10
(caja de Pribnow)

Sitio de iniciacin
(+1)

Secuencias
promotoras
consenso

El estudio de muchas regiones promotoras de diferentes genes permite determinar secuencias que
aparecen con mayor frecuencia : Secuencias promotoras consenso

Transcripcin en procariotas.

INICIACIN
Existen en E. coli mltiples factores
promotores contenidos en su ADN:

que reconocen los diversos tipos de

70 (70kd) reconoce las regiones -35 y -10.

- 32 reconoce el promotor de los genes de choque trmico
- 54 reconoce el promotor de los genes implicados en la asimilacin
-

El factor

de N , .

desempea un papel crucial en la determinacin del inicio de la

transcripcin por la RNA polimerasa.

Transcripcin en procariotas.

INICIACIN

1. Unin dbil de la ARN polimerasa al ADN y

desplazamiento por el ADN en bsqueda de
promotores.
2. Deteccin de las secuencias 35 y 10

(subunidad ). Proceso rpido (complejo

promotor cerrado ,ADN sin desenrollar).
3. La ARN polimerasa comienza a separar las
dos hlices por la regin -10 (rica en pares
AT). El desenrollamiento implica a 17 bases.
4. Formacin del complejo promotor abierto
(muy estable) e inicio de la transcripcin:
- La subunidad se une a secuencias reguladoras.

- La subunidad se une a los ribonucletidos trifosfatos y forma enlaces fosfodisteres.

2 sitios de unin de NTPs: Sitio de iniciacin (preferentemente A,G) y Sitio de elongacin

- La subunidad se une al molde de ADN. Hebra sin sentido (-).

5. Tras la polimerizacin de 6-10 nucletidos la subunidad se separa de la holoenzima y va en busca de

nuevos promotores, mientras que el ncleo de la polimerasa sigue aadiendo nucletidos.

Transcripcin en procariotas.

INICIACIN

La ARN polimerasa no necesita un cebador para iniciar la polimerizacin.

Las cadenas de RNA comienzan en el extremo 5con una purina triP, pppG o pppA.

G o A

X
P

5
5

Mecanismo: El grupo 3-OH de nucletido de la cadena naciente ataca al P del nucletido entrante y se
forma un enlace fosfodiester 5-3.
enlace fosfodiester 5-3
Cadena
RNA
naciente

Transcripcin en procariotas.

ELONGACIN

La elongacin comienza tras la formacin del primer enlace fosfodister.

Tras la polimerizacin de 6-10 nucletidos la subunidad se separa de la holoenzima.
Despeje
del promotor

Hbrido ADN-ARN (8-10 pb).(Estructura de A-DNA)

La BURBUJA DE TRANSCRIPCIN (ARN polimerasa,

ADN molde y ARN naciente), se desplaza a lo largo
de la molcula de ADN.
La longitud del hbrido ADN-ARN y del
ADN desenrollado permanecen constantes
a medida que la burbuja avanza

La molcula de ADN debe de ir desenrollndose por

delante de la burbuja y enrollndose por detrs.
Catalizado por la topoisomerasa II (DNA girasa).

La ARN polimerasa tiene una pobre actividad nucleasa y su tasa de error es de 1/104-105 bases.

Transcripcin en procariotas.

TERMINACIN

- Se paraliza la formacin de enlaces fosfodisteres.

- Se separa el hbrido ARN-ADN.
- Se rebobina el ADN y se libera la ARN polimerasa.

Cmo ocurre la terminacin de la transcripcin ?

Dos formas diferentes segn sea o no dependiente del factor proteico rho (
)

Transcripcin en procariotas.

TERMINACIN
A: Terminacin independiente de rho ()
Existen secuencias de parada en el ADN: Regin palindrmica rica en GC que
precede a otra rica en AT.

Molde de DNA
RNA trascrito

El transcrito forma una estructura en horquilla (debido a la complementariedad de bases

en la regin palindrmica), seguida de una cola de poli U
acta como seal
para la separacin de la ARN polimerasa y terminacin de la trascripcin

Transcripcin en procariotas.

TERMINACIN
A: Terminacin independiente de rho ()

Separacin del hbrido ADN-ARN y liberacin

de la molcula de ARN.

Uniones U-A
(RNA-DNA)
poco estables
Cierre de la burbuja de transcripcin.
Holoenzima sin la subunidad menos
afinidad por el ADN bicatenario, por
lo que se separa del ADN.

El transcrito forma una estructura en

horquilla, seguida de una cola de poli U

Transcripcin en procariotas.

TERMINACIN
A: Terminacin dependiente de rho ()

El factor rho tiene una estructura

hexamrica y actividad ATPasa

Unin de rho al ARN

Unin a una secuencia de
72 nucletidos (12 por
subunidad) y se activa.

La actividad ATPasa permite

su desplazamiento a lo largo
de la hebra de ARN
Debilita la interaccin entre
el molde y el transcrito
provocando su separacin

Transcripcin en eucariotas
Mucho mas compleja que en procaritas:
- En la clula eucariota, la transcripcin tiene lugar en el ncleo (membrana nuclear)
y la traduccin en el citoplasma.
- En eucariotas la cromatina que contiene la secuencia promotora tiene que ser
accesible a la maquinaria de transcripcin.
- En eucariotas la transcripcin la realizan 3 tipos de RNA polimerasas
- La clula eucariota tiene una regulacin de la transcipcin mas compleja, en la que
participan numerosos factores de transcripcin.
- El ARN eucariota sufre un extenso proceso de procesamiento y maduracin.

La transcripcin y la traduccin son

procesos simultneos.

La transcripcin y la traduccin no
son procesos simultneos.

Transcripcin en eucariotas

RNA polimerasas

En eucariotas la transcripcin la realizan 3 tipos de RNA polimerasas.

* RNA polimerasa I

Nucleolo

* RNA polimerasa II

Nucleoplasma

Precursores del mRNA y snRNA

* RNA polimerasa III

Nucleoplasma

ARNt y ARNr de 5S

ARNr de 18S, 5,8S y 28S

Cada polimerasa reconoce promotores con caractersticas especficas

Transcripcin en eucariotas

RNA polimerasas

RNA polimerasa II
RPB1

RPB2

Complejos grandes con 8 a 12

subunidades y >500 kd.
Dominio CTD de RPB1

RPB1
220 kD
RPB2

Dominio CTD: dominio carboxilo terminal de RPB1 con mltiples repeticiones de la secuencia
YSPTSPS, regulable por fosforilacin. Participan en el reconocimiento de seales de activacin y en
la iniciacin de la Transcripcin.
-CTD no fosforilado, RNApol II puede iniciar la transcripcin pero no puede elongar
-CTD fosforilado, RNApol II puede elongar pero no iniciar

Transcripcin en eucariotas

INICIACIN

Factores Generales de iniciacin y Aparato Bsico de Transcripcin

En eucariotas los nucleosomas reprimen la transcripcin de todos los
genes. Slo los genes activados son transcritos
Activacin de genes para la transcripcin:
1. Unin del Promotor al Aparato Bsico de Transcripcin.
Intervencin de factores de transcripcin.
2. Accin de Coactivadores. Comunicacin entre RNA Pol II y Transactivadores

3. Accin de Transactivadores: Unin a Secuencias Potenciadoras (Enhancers)

Transcripcin en eucariotas

INICIACIN

Factores Generales de iniciacin y Aparato Bsico de Transcripcin

Promotores
Los promotores de la RNA poli II se localizan en el lado 5 del centro de inciacin
de la transcripcin:
-

TATA box

hacia el nucletido 25. En la mayora de los promotores de ARNm

- Otras secuencias entre las posiciones 40 y -110 (

-40

-110

CAAT

GC

caja GC

caja CAAT)

-25

TATA

La ARN polimerasa II no es capaz de reconocer a los promotores. Necesita

factores de transcripcin para la iniciacin: TFII (A, B, C, D, ..)
Los factores de transcripcin se unen primero a una secuencia especfica del
DNA, y luego se unen entre ellos y a la RNA polimerasa.

Transcripcin en eucariotas
Iniciacin
La ARN polimerasa II no es capaz de reconocer a los promotores. En consecuencia
necesita de factores de transcripcin para la iniciacin
PASOS:

Para la INICIACIN es necesario el ensamblaje del APARATO

BSICO de TRANSCRIPCIN
APARATO BSICO DE TRANSCRIPCIN: formado porla RNApolII y los
FACTORES GENERALES DE TRANSCRIPCIN Estos factores se denominan
TFII....

Transcripcin en eucariotas

INICIACIN

Factores Generales de iniciacin y Aparato Bsico de Transcripcin

Factores de transcripcin e Iniciacin en TATA

Unin del factor TFIID al compartimento TATA.

Unin consecutiva de los factores TFIIA, IIB al

compartimento TATA.

Reclutamiento de RNApol II unida a TFIIF

4. Formacin del complejo cerrado de transcripcin

mediante la unin de TFIIE y de TFIIH

TFIIH

- Abre la doble hlice (helicasa)

- Fosforila CTD (quinasa)
- Promueve la separacin de la RNApol del
promotor para iniciar la transcripcin

Transcripcin en eucariotas

INICIACIN

Factores Generales de iniciacin y Aparato Bsico de Transcripcin

Apertura del promotor

CTD desfosforilado y unido a los

mediadores y componentes del
Aparato Bsico de Transcripcin.
Tras la apertura del promotor se
inicia la transcripcin.

La fosforilacin del CTD

promueve la separacin de la
RNApol II del
promotor. La elongacin del RNA
naciente continua.

Fosforilacin del CTD

El Complejo de transcripcin basal no es suficiente para conseguir una alta velocidad en la sntesis
de ARNm. En eucariotas, existen en el DNA secuencias intensificadoras (enhancers) que
incrementan la expresin de un gen unas 100 veces participando en el inicio de la transcripcin.
Tambin existen secuencias inhibidoras (represoras), con efecto opuesto.
Estas secuencias pueden ejercer su efecto sobre promotores situados a miles de pares de bases de
distancia.

Transactivadores
Protenas Modulares que contienen;
1.

Dominios de unin al DNA (enhancers )

2. Dominios de unin a factores Transcripcionales

Coactivadores

Coactivatores
Para el ensamblaje del Aparato bsico de Transcripcin son necesarios
los coactivadores.
1. Interaccin con RNA pol. II y transactivadores
2. Modificacin de las histonas por: acetilacion (histone acetyle
transferases or HATs.),metilacin, fosforilacn, etc.

Remodelan la cromatina
.

Transcripcin en eucariotas

INICIACIN

Factores Generales de iniciacin y Aparato Bsico de Transcripcin

Transactivadores:
Son protenas de unin a Secuencias Potenciadoras (Enhancers).
Aumentan la frecuencia de iniciacin de Pol II via CO-ACTIVADORES
Tienen 2 dominios:
- dominio de unin a secuencia potenciadora del DNA
- Dominio de unin a factores transcripcionales Co-Activadores

Coactivadores
Son necesarios para el ensamblaje del Aparato bsico de Transcripcin.
Permiten la comunicacin entre RNA pol II y Transactivadores: Integran seales de los
activadores y represores de la transcripcin e interaccionan con los factores de transcripcin basal

2 tipos:
a) Remodelan la cromatina: Modifican las histonas por acetilacion (histone acetyle
transferases or HATs) , metilacin, fosforilacin

b) Interaccin con RNA pol. II.

Transcripcin en eucariotas

INICIACIN

Factores Generales de iniciacin y Aparato Bsico de Transcripcin

Desacetilacin de histonas mediada por represores

Acetilacin de histonas mediada por activadores

Activacin de la transcripcin en eucariotas

Paso 1: DNA-binding transactivators (DBTs) se unen a las secuencias
intensificadoras (enhancer sequences).
Paso 2: DBTs unen a los coactivatores con actividad HAT
(Histona Acetil Transferasa) permitiendo la
remodelacin de la cromatina.
Paso 3: DBTs tambin interactan con el TFIID permitiendo que la
TBP se una a la TATA box.

Paso4: Unin de la RNA pol II y formacin del complejo

bsico de transcripcin
Paso 5: Iniciacin de la transcripcin

Transcripcin en eucariotas

Resumen de la activacin transcripcional de eucariotas

=Histonas
=Enhancers

=proteinas
transactivadoras

TATA
TATA

Transcripcin en eucariotas

Resumen de la activacin transcripcional de eucariotas

= proteinas HGM
AC
AC

AC

AC

TATA

HAT

AC
AC AC
Inr

AC

Transcripcin en eucariotas

Resumen de la activacin transcripcional de eucariotas

AC

AC

AC

AC

AC

TATA

AC

HAT

AC

AC

Transcripcin en eucariotas

Resumen de la activacin transcripcional de eucariotas

RNA
TATAPolymerasa
TBP
y complejo basal

P
transcripcin
P
P
TFIID
P
TFIIH

II
de

Fosforilacion del CTD de

RNA pol.II

Transcripcin en eucariotas

INICIACIN

Factores Generales de iniciacin y Aparato Bsico de Transcripcin

El modelo mas aceptado es la formacin de un bucle que permite que el potenciador y
el Promotor se acerquen en espacio

(Bend DNA)

Coactivadores

Protenas
transactivadoras

Transcripcin en Eucariotas
Elongacin y Terminacin
* La transcripcin en eucariotas tambin suele empezar por A o G.

* La terminacin es poco conocida en eucariotas.

* En algunos transcritos existe la estructura en horquilla seguida de la secuencia de

residuos de uracilo.

* La mayora de los ARN mensajeros eucariotas experimentan procesos de maduracin

como la adicin de una cola de poli-A en el extremo 3y otras modificaciones.

Inhibidores de la transcripcin
Rifamicina B (Streptomyces

mediterranei).Rifampicina (derivado semisinttico).

Antibitico que inhibe la RNA polimerasa procariota pero no la eucariota. Bloquea la

elongacin por unin la subunidad e impide el desalojo del promotor.

-Amanitina.
Toxina contenida en la seta Amanita phalloides (octapptido). Inhibe
predominantemente la RNA polimerasa II. Forma con ella un complejo 1:1
e impide la elongacin.

Cordicepina (hongo Cordyceps).

Antibitico antitumoral terminador de cadena de la transcripcin. Se incorpora a la
cadena en crecimiento y la para, ya que carece del grupo 3-OH a partir del cul
continuar la elongacin.

Actinomicina D (Streptomyces).
Se une al DNA de doble hlice de forma fuerte y especfica. Inhibe la
transcripcin y la replicacin. Adems de su uso como antibitico tambin se
usa en carcinoterapia.