El citoplasma y su contenido

– Citoplasma procariota es un sistema

coloidal:
• Fase dispersante: agua con sustancias en
disolución (citosol)
• Fase dispersa: macromoléculas y partículas
supramoleculares
– Contiene:
• Material genético: cromosoma (y plásmidos)
• Ribosomas
• Inclusiones y orgánulos (no en todas)
 El nucleoide
• El ADN procariota no está rodeado
por membrana
• Contenido en una región discreta del
citoplasma, llamada nucleoide
• El genoma está compuesto por
– Normalmente un solo cromosoma
– Opcionalmente, además, por plásmidos
 El cromosoma procariota:
composición química y estructura
Los cromosomas aislados constan de
– 60% de ADN
– 30% de ARN
– 10% de proteínas
• Normalmente, un solo cromosoma
circular, cerrado covalentemente (c.c.c.)
• Haploidía, pero pueden existir varias
copias del cromosoma cuando la bacteria
crece rápido
 Algunas excepciones al
cromosoma típico procariota
• Borrelia: cromosoma lineal con extremos
cerrados formando un bucle de horquilla
• Streptomyces: cromosoma lineal con
extremos a base de secuencias repetidas
acomplejas con proteínas
• Bacterias con dos o más cromosomas
– Rhodobacter, Vibrio, Leptospira, Brucella: dos
cromosoma lineales
– Sinorhizobium meliloti: tres cromosomas circulares
– Burkholderia cepacia: 2-4 cromosomas
– Agrobacterium tumefaciens: 1 lineal y 1 circular
 Tamaño del cromosoma
Bacterias “típicas”: 3000-5000 kpb
Ej.: Escherichia coli (4700 kpb)
Bacterias pequeñas: 700-1000 kpb
Ej.: Mycoplasma genitalium (700 kpb)
Bacterias con ciclos complejos: 12000
kpb
Ej.: Actinomicetos, cianobacteria
 Organización del cromosoma y
de la cromatina procariota
• Doble hélice de ADN tipo Watson-
Crick
• Superenrollada negativamente, por el
equilibrio de acción de dos enzimas:
– ADN girasa (una topoisomerasa-II) que
introduce superhélices negativas
– ADN topoisomerasa-I (relaja la
superhelicidad negativa)
 Dominios superenrollados en
Escherichia coli
• En Escherichia coli existen unos 50
dominios o bucles superenrollados.
• Cada dominio está mantenido por
proteínas especiales de unión al ADN.
• Cada dominio está unido a una serie
de proteínas estructurales, que al
unirse al ADN forman “cromatina”.
 Proteínas estructurales en la
cromatina de eubacterias
HU: proteína básica que “recuerda” a las
histonas (pero sin homología con ellas)
– Se une sin especificidad de secuencia a ADN
ligeramente curvado, originando bucles de mayor
curvatura
– Implicada en recombinación, reparación de ADN
y expresión génica
• IHF
– Se une específicamente a secuencia de 13 pb
– Provoca grandes curvaturas locales en el ADN
– Colabora en expresión de ciertos genes y en
recombinación específica
 Plásmidos: definición y
conceptos generales
• Plásmidos: elementos genéticos
extracromosómicos autorreplicativos
• La mayoría son de ADN
• Episomas: plásmidos que pueden integrarse
en el cromosoma bacteriano
• Tamaño: desde 2 kb hasta >1000 kb
• Plásmidos según el nº de copias y el control
de la replicación:
– Bajo nº de copias  control estricto
– Alto nº de copias  control relajado
Plásmidos según su capacidad de
transferencia horizontal
Plásmidos conjugativos (autotransmisibles)
– Algunos se transfieren sólo entre cepas de la
misma especie o de especies parecidas
– Otros son capaces de transferirse entre
especies muy diferentes: plásmidos promiscuos o
de amplia gama de huéspedes
• Plásmidos no conjugativos
– No movilizables
– Movilizables por otros conjugativos
 Algunos fenotipos codificados
por plásmidos
• Resistencia a antibióticos (plásmidos R)
• Resistencia a metales pesados (ej., a Hg)
• Virulencia (toxinas, invasión de tejidos,
etc.)
• Producción de bacteriocinas
• Producción de sideróforos
• Utilización de fuentes alternativas de C
• Plásmidos de Agrobacterium: inducción de
tumores en plantas (Ti de A. tumefaciens)
• Plásmidos de Rhizobium: simbiosis con
leguminosas y fijación de nitrógeno
 Replicación de plásmidos
• Aunque son replicones, dependen en
buena parte de la maquinaria del
huésped para replicarse a partir de un
origen, oriV
• Modelos de replicación
– Replicación en theta
• Unidireccional
• Bidireccional
– Replicación en sigma (círculo rodante)
Regulación del número de copias
• Depende del sistema de control del
inicio de replicación
• Sistemas:
– Plásmidos de control estricto: mecanismos
que replican una o dos veces en cada ciclo
– Plásmidos de control relajado: mecanismos
que inhiben la replicación cuando se
alcanza un nº de copias determinado
 Reparto de las copias de
plásmidos a las células hijas
• Se suele deber a secuencias de reparto,
par (de partition, en inglés)
• Las secuencias par suelen estar cerca
de oriV y de los genes rep (de
replicación)
• Las secuencias par suelen ser cortas
zonas de ADN, que probablemente se
anclan a la membrana citoplásmica  se
garantiza que cada copia vaya a parar a
una célula hija
Incompatibilidad entre plásmidos
• Dos plásmidos son incompatibles si no
pueden coexistir establemente en la misma
célula en ausencia de presión selectiva
• Grupos de incompatibilidad (ej.: IncFI,
IncP, IncW...)
• Base de la incompatibilidad: los dos
plásmidos comparten un mismo sistema de
control de nº de copias y de reparto a las
células hijas
 Elementos genéticos
transponibles
• Entidades genéticas no autorreplicantes,
que forman parte del genoma, y capaces de
moverse entre distintas partes del mismo
(de plásmido a cromosoma, o viceversa)
• Aportan plasticidad genética a los genomas
• Tipos:
– Secuencias de inserción (IS)
– Transposones (Tn)
– Transposones conjugativos
Ribosomas y expresión génica
• Los genes bacterianos están agrupados en
operones: unidades transcripcionales sometidas
a un mismo control, con un promotor
• En procariotas, transcripción y traducción
están estrechamente acopladas
• El ribosoma reconoce una secuencia
característica al comienzo (5’) del ARNm:
secuencia de Shine-Dalgarno (RBS),
complementaria del extremo 3’ del ARNr 16S
(de la subunidad 30S)
• El codón inicial suele ser AUG. En eubacterias,
este codón determina N-formil-Met
 Plegamiento de las proteínas:
papel de las “chaperonas”
• DnaJ se une al péptido naciente sin plegar
• Entra la DnaK-ATP  hidrólisis de ATP
(el ADP queda unido a DnaK)
• Cuando se ha sintetizado toda la proteína,
GrpE se une al complejo proteína-DnaJ-
DnaK-ADP  se libera el ADP
• Nuevos ATPs se unen a DnaK  se disocia
DnaK y DnaJ
• La proteína entra en el canal interior del
complejo GroEL-GroES  isomerización y
adquisición de la configuración nativa
 Inclusiones de reserva
Inclusiones orgánicas
– Inclusiones polisacarídicas
– Gránulos de poli-hidroxialcanoatos
– Inclusiones de hidrocarburos
– Gránulos de cianoficina
Inclusiones inorgánicas
– Gránulos de polifosfato
– Glóbulos de azufre
 Inclusiones polisacarídicas

• Almidón
• Glucógeno
• Se acumulan cuando determinadas
bacterias crecen con limitación de N
• Son modos de reservar fuente de C en
forma osmóticamente inerte
• Se usan cuando la bacteria pasa a
tener fuente suficiente de N
 Gránulos de poli-ß-
hidroxialcanoatos (PHA)
• El primero en descubrirse: poli- ß-
hidroxibutírico
• Reserva osmóticamente inerte de C en
condiciones de hambre de N
• En Bacillus constituye la fuente de C y energía
al comienzo de su esporulación
• Cada célula puede poseer 8-12 gránulos,
rodeados de envuelta proteica, que pueden
representar hasta el 80% en peso seco de la
célula
• Son fuente de plásticos biodegradables. Ya hay
algunos productos en mercados especializados
 Otras inclusiones orgánicas
Inclusiones de hidrocarburos
Acúmulos de hidrocarburos rodeados de
envuelta proteica, usados como reserva
de C en ciertos Actinomicetos
• Gránulos de cianoficina
– Gránulos refringentes de cianobacterias
– Reservas de fuente de N
– Copolímero de arginina y aspártico
– Síntesis no depende de ribosomas
 Gránulos de polifosfatos
También llamados gránulos de volutina
o gránulos metacromáticos
– Acúmulos de polifosfato (unos 500 –P)
– Modo osmóticamente inerte de acumular
fosfato cuando otro nutriente (como el
sufato) se hace escaso
– Pueden llegar a ser fuente de energía, en
sustitución de ATP
 Glóbulos de azufre
Aparecen en dos grupos de eubacterias
que usan el sulfuro de hidrógeno
(SH2):
– Bacterias fotosintéticas purpúreas del azufre
– Bacterias filamentosas no fotosintéticas
(Beggiatoa, Thiotrhix)
• El SH2 se oxida hasta S0, que se acumula
como glóbulos muy refringentes rodeados por
envuelta proteica
• El S0 se oxida hasta sulfato cuando en el
medio se agota el sulfuro
 Otras inclusiones
Inclusiones de sales minerales
– Acúmulos densos y refringentes de sales
insolubles de calcio (ej.: CO3Ca) en ciertas
bacterias (Achromatium)
– Papel: mantenerlas en el fondo de ríos y lagos
Ficobilisomas
– Cilindros o bastones de proteínas adosadas a la
superficie de los tilacoides de cianobacterias
– Constituidos por pilas de discos a base de
ficobiliproteínas, que funcionan como antenas
para la captación de energía de la luz
 Orgánulos citoplásmicos
• No existen orgánulos procarióticos
rodeados de unidad de membrana (salvo
los tilacoides de las cianobacterias)
• Ciertas bacterias presentan orgánulos
sin envuelta lipídica:
– Carboxisomas
– Vacuolas de gas
– Clorosomas
– Magnetosomas
 Carboxisomas (cuerpos
poliédricos)
Presentes en:
Bacterias fotoautotrofas
• Cianobacterias
• Ciertas bacterias anoxigénicas purpúreas
– Quimiolitoautotrofas
• Bacterias nitrificantes
• Thiobacillus
• Acúmulos de reserva de RuBisCo (ribulosa-
bifosfato-carboxilasa), enzima clave del
ciclo de Calvin para asimilar el CO2.
 Vacuolas de gas
• Orgánulos muy refringentes, a base de
agrupaciones regulares de vesículas de gas
• Cada vesícula tiene forma de cilindro bicónico,
y dentro tiene solo gas
• La pared del cilindro está constituida por
ensamblaje regular de dos proteínas
– GvpA (mayoritaria), rígida y muy hidrófoba
– GvpC (minoritaria), refuerza las vesículas
• Función: mantener grado óptimo de flotabilidad
 Clorosomas
• Vesículas oblongas por debajo de la
membrana de bacterias fotosintéticas
verdes (Chlorobium, etc)
• Rodeadas de monocapa de proteínas
• Contienen los pigmentos antena de
estas bacterias fotosintéticas
 Magnetosomas
• Orgánulos sensores del campo magnético
terrestre
• Presentes en ciertas bacterias acuáticas
flageladas aerobias o microaerófilas
• Cristales homogéneos de magnetita (Fe3O4),
de formas cubo-octaédricas
• Diversos cristales se disponen en filas
paralelas al eje longitudinal de la célula
• Permiten que las bacterias se hundan en los
fondos limosos donde viven