Análisis de los alineamientos con los programas Clustal, MUSCLE y T-

COFFEE
Asignatura
Evolución molecular

Presentado por
Johana Cáez Zambrano

Universidad de Nariño
Facultad de Ciencias Exactas y Naturales
Programa de Biología
2020
 CLUSTAL OMEGA
 Clustal Omega es una herramienta para realizar
alineamientos múltiples de secuencias.
 Clustal Omega utiliza el algoritmo HHalign y su
configuración predeterminada como motor de
alineación central. El algoritmo se describe en Söding,
J. (2005) "Detección de homología de proteínas
mediante comparación HMM-HMM". Bioinformatics
21, 951-960.
 La matriz de transición predeterminada es Gonnet, la
penalización de apertura del gap es de 6, la extensión
del gap es de 1.

2
 CLUSTAL OMEGA
 La región mas variable en
el alineamiento se ubico
entre las posiciones 844 y
1021 donde no se observo
ningún sitio de identidad
del 100%.
 De igual forma se
observaron sitios donde
aparece la letra “N” es
decir aquí puede ir
cualquiera de los 4
nucleótidos lo que hace
mas difícil el análisis del
alineamiento.
 Además se observan Figura 1. Sitios variables en alineamiento múltiple de las secuencias de la familia Sigmodontinae ubicados en las
posiciones 844 a 1021.
muchos sitios perdidos.

3
 CLUSTAL OMEGA
 La región donde se
encontraron mas
identidades comprende las
posiciones 140 a 331, sin
embargo en algunas
secuencias aparece la
notación “N”.
 También se observa la
inserción de gaps.
 La mayoría de los sitios
invariables corresponden
Figura 2. Región conservada en alineamiento múltiple de las secuencias de la familia Sigmodontinae ubicados en las
a el nucleótido C. posiciones 140 a 331.

4
 CLUSTAL OMEGA
 Al incio de las secuencias
069, 070 se observo la
mayor cantidad de sitios
perdidos.
 La secuencia 033 es la
secuencia que tiene mas
posiciones de nucleótidos
sin definir ya que se
observa la notación “N”
esto puede ser
consecuencia de un mal
proceso de secuenciación.
 En general al final del
alineamiento se
observaron muchos sitios
perdidos.
 Posiciones totales en el
alineamiento 1313.
5
 MUSCLE
 Se afirma que MUSCLE logra una mejor precisión promedio
y una mejor velocidad que ClustalW2 o T-Coffee

 Es un programa muy popular por su precisión y rapidez,

alinea 1000 proteínas de tamaño ~300 en 21s.

 MUSCLE usa la matriz 240 PAM VTML

 Se utilizan penalizaciones por hueco específicas de la

posición.

6
 MUSCLE
 Al igual que usando el programa
Clustal Omega la región mas
variable se encuentra
aproximadamente entre las
posiciones 832 y 1008
 La secuencia 033 con muchos
sitios N puede causar que no se
consiga un buen alineamiento.

 Posiciones totales en el
alineamiento: 1331 ya que hay
mayor inserción de gaps dentro Figura 3. Región variable en alineamiento múltiple de las secuencias de la subfamilia Sigmodontinae
del alineamiento en comparación
con los programas Clustal
Omega y T-coffee.

7
 MUSCLE
 Con el programa Muscle
se lograron observar mas
sitios conservados en
comparación con los otros
programas, esto debio ser
consecuencia de la
inserción de mayor
numero de gaps.

Figura 4. Región conservada en alineamiento múltiple de las secuencias de la subfamilia Sigmodontinae obtenida del
programa Muscle.

8
 T-COFFEE
T-Coffee es un programa de alineación de secuencias múltiples.
La principal característica de T-Coffee es que te permitirá
combinar los resultados obtenidos con varios métodos de
alineación.
Este programa proporciona una mejora espectacular en la
precisión con un modesto sacrificio en la velocidad en
comparación con las alternativas más utilizadas.

Por defecto, T-Coffee comparará todas sus secuencias de dos en De forma predeterminada, estas
dos, produciendo una alineación global y una serie de alineaciones se calculan utilizando
alineaciones locales. una matriz Blosum62,
Los valores predeterminados son
T-Coffee solo usa la matriz de sustitución para hacer las
-gapopen = -50, -gapext = 0.
alineaciones por pares que van a la biblioteca. 

Análisis filogenético del género Thomasomys (Rodentia: Cricetidae) basado en secuencias del marcador molecular citocromo-b. 9
 T-COFFEE

 Con el programa T-coffee se

observo una gran region
variable entre las posiciones
824 y 1045 del alineamiento.

 El alineamiento comprende un
total de 1319 posiciones, un
valor cercano a las posiciones
que se obtuvieron con el Figura 5. Región variable en alineamiento múltiple de las secuencias de la subfamilia Sigmodontinae obtenida del
programa T-coffee.
programa Clustal Omega.

10
 T-COFFEE

 Con el programa T-coffee se

observo una gran region
conservada ubicada en las
posiciones centrales del
alineamiento.

 En la ultima posición: 1319, el

programa T-coffee ubica un
sitio muy variable dentro del
alineamiento. Figura 6. Región conservada en alineamiento múltiple de las secuencias de la subfamilia Sigmodontinae
obtenida del programa T-coffee.

11
 COMPARACION
CLUSTAL MUSCLE T-COFFEE

En el inicio del alineamiento con los programas Clustal y Muscle si se logran encontrar identidades pero el
programa T-coffee no.

12
 COMPARACION
CLUSTAL MUSCLE T-COFFEE

En el final del alineamiento con los programas Muscle y T-coffee se logran identificar mas sitios conservados pero con el
programa Clustal no.

13