TEMA 7: ESTRATEGIAS DE REGULACIÓN ENZIMÁTICA

Los seres vivos llevan a cabo mecanismos de regulación metabólica mediante la

regulación y control de las enzimas. Es una actividad esencial para la vida como optimización
de los recursos y mantenimiento del estado celular ordenado. Por economía energética
celular y por las variaciones ambientales también hay regulación, pudiendo haber varios
mecanismos.

REGULACIÓN TRANSCRIPCIONAL

La actividad de la es proporcional a los centros activos y a las moléculas disponibles,

Depende de los niveles de transcripción, a mayor síntesis mayor será la actividad. Hay un
equilibrio entre la síntesis y la degradación controlando así la cantidad de enzima presente,
para lo que la célula cuenta con mecanismos como las proteasas para la degradación y
posterior reciclaje de aminoácidos. Es un proceso compartimentalizado con la actuación de
lisosomas o proteosomas con función sobre las proteínas mal plegadas, dañadas o
desnaturalizadas.

Un proteosoma es un orgánulo que despliega la enzima y por el que esta pasa a

través de su estructura hueca para degradar dicha enzima. Es un complejo multienzimático
que destruye enzimas ubiquitinizadas (señaladas químicamente).

El lisosoma es un orgánulo especializado en la degradación de estructuras más

grandes. Tienen un pH extremo en su interior y al unirse a una enzima para degradarla
forma el lisosoma secundario. Las enzimas de degradación son gliocosiladas en el Golgi
previa síntesis en el RER.

REGULACIÓN COVALENTE IRREVERSIBLE: PROTEOLISIS

Los zimógenos son precursores de enzimas inactivos y activados por proteólisis,

como los que podemos encontrar en la digestión o coagulación sanguínea. La activación es
un proceso post-transcripcional.
 El tripsinógeno se activa mediante la lisis del enlace peptídico situado entre la Lys6
y la Ile7 por una enteropeptidasa. Las células acinares pancreáticas acumulan gránulos de
zimógeno cuando se está en ayunas. Se produce además la síntesis de un inhibidor de
tripsina pancreático para evitar la actividad proteasa y que no se degrade el propio órgano
(pancreatitis).

El quimotripsinógeno sigue la siguiente ruta de activación:

Hay zimógenos encargados de la activación de proteasas mediante su propia

activación por otra proteasa, como el factor X que transforma protrombina en trombina y
esta a su vez el fibrinógeno en fibrina (coagulo).

REGULACIÓN COVALENTE REVERSIBLE

Se produce por modificación de aminoácidos de forma covalente dando lugar a un

cambio conformacional que activa o inactiva la enzima. Es muy frecuente que sufran
modificaciones las enzimas cuando se encuentran en lugares diferentes.
Regulación por fosforilación
 Modificación de un residuo por un grupo fosfato en los residuos susceptibles a
cambios como lo son los que presentan grupos OH. Esto lo realizan las quinasas que añaden
y las fosfatasas que eliminan grupos fosfato. Es un mecanismo muy rápido como con la
glucógeno fosforilasa. Este es un dímero que cambia de conformación cuando se fosforilan
los 2 OH de los extremos.

El resto de modificaciones que permiten la regulación de las enzimas son las de la siguiente
tabla:

REGULACIÓN POR ISOENZIMAS

Estas son enzimas con diferentes formas moleculares de la misma enzima, con la
misma actividad enzimática, pero con distinta secuencia aminoacídica. Son sintetizadas en
distintos tejidos por genes diferentes y por ello con valores diferentes de K m, Vmáx y
diferente sistema de regulación. Al hacer electroforesis hay distintas bandas de migración,
aunque presenten la misma actividad enzimática.

Un ejemplo de esto es la lactato deshidrogenasa como tetrámero que puede estar

constituido dos péptidos que son de tipo H y M pudiendo por tanto existir 5 isoformas
posibles. Cada enzima variando la composición le da una actividad nueva a la enzima. Esta
se adapta con las diferentes estructuras a los tejidos donde se encuentra dependiendo
entre otras de la cantidad de oxígeno disponible.
REGULACIÓN POR FORMACIÓN DE SISTEMA MULTIENZIMÁTICO

Son asociaciones de enzimas con funciones complementarias que actúan de forma

secuencias favoreciendo el encuentro de los sustratos con las enzimas, al servir los
productos de una enzima como sustrato de la siguiente. Algunas de las ventajas que
proporcionan son el aumento de la concentración de metabolitos, la disminución del
tiempo que un metabolito existe entre enzima y enzima, además protege a este de un
acortamiento de su vida media.

1. Polipéptidos multienzimáticos con un mismo péptido con dos centros activos

catalizando de esta manera dos reacciones distintas. La aspartato quinasa y la
homoserina deshidorgenasa son ejemplos de estos complejos. Esenciales para la
síntesis de aminoácidos.
2. Complejos multienzimáticos son todo un conjunto de enzimas con una función cada
una como el caso de la ADN polimerasa en la replicación.
3. Asociación da membranas de enzimas con una cadena de reacciones como en la
cadena de transporte electrónico con reacciones enzimáticas secuenciales.

REGULACIÓN ALOSTÉRICA

Las enzimas alostéricas son aquellas en las que la regulación de su actividad de debe a
cambios conformacionales. Es extremadamente rápida y estas suelen tener estructuras
cuaternarias con diferentes conformaciones. Una enzima alostérica activa depende de la
presencia de efectores alostéricos positivos o negativos, produciéndose la regulación en el
sitio alostérico.

Los efectores suelen ser compuestos orgánicos de pequeño tamaño, generalmente

proteínas. Este tipo de regulación es tan rápida porque no depende como el sustrato, de su
similitud con el sitio alostérico.

La cinética que siguen estas enzimas es de tipo sigmoidea, apareciendo un parámetro

S0,5 equivalente a la Km de reacciones monosustrato y que nos da idea de la afinidad del
sustrato por su enzima.
 Estas enzimas presentan fenómenos de cooperatividad en los que la unión de un
sustrato con un monómero enzimática afecta al resto de uniones de sustratos cono otros
monómeros de la misma enzima.

Modelos

Monod, Wyman y Changeux (MWC): Concertado

Las enzimas alostéricas se encuentran en dos estados R y T. El estado T o tenso se

da cuando no hay sustratos y el estado R o relajado se da cuando el sustrato se une más
firmemente al enzima. Todas las subunidades se ven afectadas por estos estados. Los
efectores positivos desplazan el equilibrio hacia el estado R.

Koshland, Nemethy y Filmer (KNF):

Es la unión de un efector la que provoca un cambio conformacional que no se

traduce a todos los monómeros, siendo este cambio secuencial.
REGULACIÓN POR FILAMENTACIÓN

Se ha demostrado que la regulación de la actividad enzimática a través de

estrategias mediadas por polimerización está muy extendida y desempeña un papel vital en
la mediación de la homeostasis celular. En esta revisión, comenzamos con una visión
general de la filamentación de la sintasa CTP, que forma estructuras filamentosas
denominadas citoofidia.

Introducción

Los avances en las tecnologías de microscopía e imágenes han llevado a una mayor
apreciación de la presencia de una organización citoesquelética de alto orden, así como de
numerosos compartimentos y cuerpos intracelulares nuevos. Además, es cada vez más
evidente que muchos de estos compartimentos subcelulares son dinámicos, sometidos a
una reorganización considerable en respuesta a varios estímulos extrínsecos e intrínsecos.

Una pantalla a gran escala de una biblioteca de GFP de levadura mostró que un
número sorprendente de proteínas metabólicas se someten a una reorganización espacial
durante la quiescencia inducida por el estrés nutricional, con más del 20% de las cepas
examinadas mostrando nuevas estructuras punctadas. Del mismo modo, se observó la
compartimentación inesperada de un gran número de proteínas metabólicas en una
pantalla de localización en la bacteria asimétrica, Caulobacter crescentus . Estos estudios
indican que el control del flujo metabólico por compartimentación puede ser un fenómeno
más generalizado de lo que se había realizado anteriormente. Aunque varios de estos
compartimentos celulares han sido corroborados de forma independiente desde entonces,
los estudios de localización basados en fluorescencia deben interpretarse con cierta
precaución, ya que se sabe que la presencia de proteínas de fusión fluorescentes resulta en
una agregación aberrante, que a veces conduce a la falsa identificación de nuevos cuerpos
citoplasmáticos. A pesar de estas limitaciones, se ha hecho evidente en los últimos años
que un gran número de estas estructuras citoplasmáticos autoorganizadas median en
nuevas funciones bioquímicas, muchas de las cuales están involucradas en procesos
metabólicos fundamentales.

Se ha planteado la hipótesis de que el conjunto de cuerpos intracelulares contribuye

a la regulación del metabolismo controlando el flujo a través de una vía particular. Este
fenómeno se ha demostrado de manera más exhaustiva para varias de las enzimas
involucradas en la biosíntesis de novo de nucleótidos de purina. Se ha demostrado que las
enzimas clave en esta vía se colocalizan reversiblemente a cuerpos citoplasmáticos
discretos conocidos como purinosomas, que responden a los cambios en las
concentraciones de purinas. Se ha demostrado que la estrecha asociación de estas enzimas
facilita la producción eficiente de purinas, presumiblemente a través de un mecanismo de
canalización de sustrato. La microscopía de superresolución revela que los purinosomas se
ubican muy cerca de las mitocondrias. La desregulación de las mitocondrias causó un
aumento en el número de purinosomas y la asociación de estos dos tipos de orgánulos está
mediada por mTOR.

Recientemente se han identificado varios compartimentos intracelulares con

morfologías filamentosas. En muchos casos, estos filamentos se han identificado como
distintos del citoesqueleto canónico, que con frecuencia están compuestos o contienen
enzimas metabólicas. La contribución de la mayoría de estos filamentos celulares a la
regulación del metabolismo ha sido mal entendida. Sin embargo, los mecanismos por los
que estos filamentos enzimáticos se ensamblan y regulan la actividad enzimática han
comenzado a caracterizarse mejor.

CTP sintasa y citoofidio

Hasta la fecha, el ejemplo más caracterizado de actividad enzimática mediada por la

formación de filamentos es el de la sintasa CTP (CTPS). CTPS es responsable de catalizar la
conversión dependiente de ATP de UTP a CTP, y como tal actúa como un paso crítico de
limitación de la velocidad tanto para las vías de síntesis de pirimidina de novo como de
salvamento. La concentración de CTP sintasa afecta al equilibrio entre sus formas
monomérica, dimérica y tetramérica. Cada monómero contiene dos dominios funcionales:
el dominio de la quinasa amoníaco ligasa (ALasa) y el dominio de la glutamina
amidotransferasa (GAT). El dominio GAT cataliza la hidrólisis de glutamina activada por GTP,
mientras que el dominio ALase media la fosforilación dependiente de Mg2+ ATP del átomo
de uracilo O4 de UTP y el desplazamiento del fosfato de uracilo O4 por el amoníaco. Por lo
tanto, el CTPS es vital para sintetizar los nucleótidos de CTP necesarios para el crecimiento
y la proliferación celulares.

En 2010, tres grupos informaron independientemente de que el CTPS se

compartimenta en estructuras citoplasmáticas filamentosas en bacterias, levaduras
y células de Drosophila. Estas estructuras intracelulares se han denominado citoofidia, es
decir, serpientes celulares. Los términos "filamentos CTPS" y "barras y anillos citoplásmicos"
también se han utilizado para describir estructuras equivalentes.

La presencia de esta característica en especies tan diversas sugiere que la formación

de citoofidia representa una estrategia reguladora común para mediar la producción de
nucleótidos CTP. Múltiples líneas de evidencia han indicado previamente que el CTPS
incorporado a la citoofidia es catalíticamente inactivo, lo que implica la estructura en la
regulación a la baja de la actividad enzimática. Por ejemplo, se ha informado ampliamente
que el tratamiento con análogos de glutamina como la 6-diazo-5-oxo-L-norleucina (DON),
un inhibidor competitivo irreversible de CTPS, induce la formación de citoofidia en los
tejidos de Drosophila y las líneas celulares humanas. Del mismo modo, el tratamiento de
células de levadura con CTP (un inhibidor del producto final de unión alosterística del CTPS),
causó un aumento en la formación de filamentos, mientras que las mutaciones puntuales
en el sitio de unión alostérico de CTP provocaran la interrupción de los filamentos.
 Se ha demostrado que la citoofidia está muy extendida en varios tejidos in vivo, a
través de los cuales se observa una sorprendente cantidad de variación morfológica y
distribución espacial específica. Lo más sorprendente es que las células germinales
del ovario de Drosophila contienen de forma fiable citoofidias muy grandes, a menudo
superiores a 20 μm de longitud. Otros tejidos en los que se observan con frecuencia estas
estructuras incluyen: la glándula linfática larvaria, en la que los filamentos se observan en
gran medida como círculos cerrados; los espermatocitos primarios en los testículos y el
lóbulo óptico del SNC larval. En las neuronas hipopóscas de rata, los filamentos CTPS tienen
una distribución polarizada, estando restringidos a los axones.

Cytoophidia suele exhibir las formas en forma de serpiente, filamentosa y alargadas,

que les dan su nombre. En algunos casos, se han observado filamentos con estructuras
toroidales, que parecen ser más frecuentes en ciertos tejidos o líneas celulares que en otros.
Las citoofidia macroscópicas están compuestas por pequeños polímeros CTPS, que se
asocian en filamentos más grandes. La relación entre los filamentos pequeños y grandes es
que las citoofidias más pequeñas pueden fusionarse para formar filamentos más grandes,
mientras que los filamentos grandes pueden romperse (fisiones) para formar pequeños.

Regulación metabólica mediante polimerización enzimática

Recientemente, la relación entre la polimerización y la actividad enzimática del CTPS

se ha aclarado más ampliamente. Utilizando un nuevo ensayo de dispersión de luz y
absorción para monitorear simultáneamente la actividad del CTPS y el ensamblaje del
filamento, se demostró que la polimerización del CTPS se atenúa fuertemente aumentando
la concentración de CTP in vitro, proporcionando más evidencia de que la formación de
filamentos inhibe la actividad enzimática. Este resultado está respaldado por la observación
reportada anteriormente de que la mutación de un residuo crítico para la inhibición de la
retroalimentación de CTP causó una interrupción del ensamblaje de filamentos en la
levadura. Del mismo modo han demostrado que los aumentos de orden de magnitud en los
niveles de CTPS intracelular van acompañados de aumentos correspondientes en la longitud
y el número de citoofidia, pero solo aumentos moderados en la concentración de CTP
en Drosophila.

Según el modelo propuesto por Barry et al., los homotetrameros CTPS simétricos en
forma de cruz se ensamblan con una nueva conformación interdigitada, mediada por
interacciones entre regiones enlazadoras adyacentes (que conectan los dominios GATasa y
ALasa). Se cree que las limitaciones físicas a la conformación de los tetrámeros, impuestas
por la polimerización, son responsables de la inhibición de la reacción de síntesis de CTP.
Este modelo de ensamblaje de filamentos es inusual, ya que la mayoría de los ejemplos
descritos anteriormente de proteínas formadoras de filamentos se basan en el apilamiento
horizontal de homo-oligomeros en los que los residuos que interactúan se multiplican a
través de la simetría radial del oligomero. En conflicto con este modelo, se han presentado
datos que indican que las subunidades oligoméricos de los polímeros CTPS pueden ser
dímeros catalíticamente inactivos en lugar de tetrámeros. Esta discrepancia puede
explicarse por la posibilidad de que el mecanismo del ensamblaje de polímeros CTPS haya
divergido entre los eucariotas y los procariotas.

La regulación del CTPS por formación de filamentos proporciona un mecanismo

adicional de control metabólico a una enzima que ya ha demostrado estar sujeta a la
regulación por una plétora de estrategias diferentes. Estos incluyen la modificación
covalente, las interacciones alostéricas, la inhibición de la retroalimentación y el control
transcripcional.

Es posible que la formación de un "depósito de almacenamiento" centralizado de

CTPS permita una reactivación más rápida de la enzima después de períodos de baja
disponibilidad de nutrientes para aumentar rápidamente el grupo de CTP intracelular. Una
estructura filamentosa tiene una ventaja sobre un agregado de proteína no lineal a este
respecto debido a su mayor superficie, por lo que proporciona un acceso más fácil para
moléculas pequeñas reguladoras (como CTP) o quinasas para estimular la disociación del
filamento y la reactivación enzimática. Se ha sugerido que tener múltiples niveles de
regulación para una sola enzima permite la regulación de la producción de CTP en una
gama más amplia de parámetros cinéticos, lo que puede ser importante para una enzima
como CTPS que limita la velocidad para una vía anabólica importante.

En la actualidad, se desconocen las escalas de tiempo sobre las cuales las

citoofidias pueden ensamblarse reversiblemente en un sistema fisiológicamente
relevante. Es posible que la reactivación de enzimas por desmontaje sea rápida, sin
embargo, la formación de filamentos puede requerir la difusión de monómeros con el
ensamblaje de naturaleza estocástica.