INFORME

SOBRE LAS
DIFERENTES
MUTACIONES
QUE PUEDE
PRESENTAR EL
SARS-COV-2, Y
CÓMO
PUEDEN SER
UTILIZADAS
TANTO EN
BENEFICIO
COMO en
DESVENTAJA
INFORME DE PRÁCTICAS DE BIOQUÍMICA DEL SER
Amelia Gómez Estévez HUMANO.
ÍNDICE
1. Introducción: Definición de virus, su origen y estructura. Presentación del informe

2. SARS-CoV-2: Estructura, proteínas de la envoltura e importancia de la proteína S

3. Ejercicio 1: Comparación secuencia silvestre de Spike y mutada

4. Ejercicio 2: Comparación de Spike de las variantes Delta y Ómicron

1. Introducción

En base a una serie de características, la Biología ha podido determinar qué podemos

considerar un ser vivo y qué no. Así, se ha determinado que, si bien los virus poseen un
genoma de ácido nucleico propio, no pueden ser considerados células. Los virus son elementos
genéticos que solo se pueden replicar dentro de un huésped. Dependen de este para obtener
energía e intermediarios metabólicos, además de para sintetizar proteínas. Es esto por lo que
los virus son considerados parásitos intracelulares obligados.

No sabemos exactamente cómo se originaron los virus, pero se estima que aparecieron
incluso antes que el primer antepasado común universal (LUCA). Las fuentes que sostienen
esta hipótesis son dos principalmente. Los estudios estructurales han mostrado que algunas
proteínas de las cápsidas tienen una homología estructural significativa entre los virus de ADN
y ARN, lo que da a entender que los virus tienen linajes anteriores al origen de LUCA. Por otra
parte, se sabe que los virus más pequeños de ARN monocatenario tienen la mayor tasa de
mutación conocida, mucho mayor que la tasa de mutación de células. Esto puede deberse a
que quizás las primeras entidades autorreplicativas tuvieron aspecto de virus de ARN, lo que
hizo que su capacidad adaptativa aumentara significativamente. A partir de estos mutantes, se
seleccionaron los más estables (los que poseían ADN y no ARN) y de ahí surgieron las primeras
células.

En cuanto a la estructura de los virus, estos pueden presentar dos conformaciones:

virus desnudo y virus con envoltura. Los virus desnudos están conformados por una cápsida de
capsómeros, y en el interior de esta el ácido nucleico (ADN o ARN, monocatenario o
bicatenario). Los virus con envoltura tienen esta misma estructura, pero añadiendo una
envoltura.

En este informe vamos a hablar de un virus con envoltura muy conocido, el Sars-CoV-2,
responsable de la pandemia durante los años 2019 y 2020. Trataremos una de sus proteínas
más importantes, la proteína Spike, y como las vacunas la han utilizado para su propio
beneficio. Además, mencionaremos dos de sus variantes: delta y ómicron.

2. SARS-CoV-2

El SARS-CoV-2 fue, como hemos mencionado antes, el causante de la pandemia

durante los años 2019/20. Se clasifica dentro del género Betacoronavirus, basándose en su
estructura genética.
 Posee como molécula de almacenamiento de la información genética un ARN
monocatenario, lo que nos indica, teniendo en cuenta lo explicado en la introducción, que la
tasa de mutación es bastante alta.

Su genoma codifica para cuatro proteínas estructurales, a saber:

- La proteína S (spike). La vamos a tener muy en cuenta a lo largo de este informe

- La proteína E (envelope)
- La proteína M (membrane)
- La proteína N (nucleocapsid)

Debido a que estas proteínas son las que forman la corona, y por tanto las primeras en
estar en contacto con la célula, las empresas farmacéuticas se centraron mucho en ellas para
poder sintetizar vacunas lo más eficientes posibles en el poco tiempo del que se disponía.

La proteína S fue especialmente importante para la fabricación de vacunas. Esta proteína

reconoce las proteínas de membrana de nuestras células, en concreto con el receptor ACE2,
entra por endocitosis y se introduce el genoma. Una vez dentro, se fabrican las proteínas
necesarias con los materiales de las células humanas, se envuelve en una cápsula y sale por
exocitosis.

Esta proteína está asociada a la cápsula del virus. Es una glicoproteína, lo que permite que
nuestros anticuerpos la reconozcan con facilidad. Es por esto que, al tener una alta capacidad
inmunogénica, las vacunas vieron en ella una gran oportunidad para que, a través de
mutaciones y distintas conformaciones estructurales, se sacara el mejor partido de esta
proteína para la creación de vacunas.

La proteína Spike se ensambla en homotrímeros (tres monómeros), y forman estructuras

que sobresalen de la envuelta del virus. Podemos decir que se divide en dominios y
subdominios. Dentro del dominio S1 nos podemos encontrar el dominio N-terminal y el
dominio RBD. Este último es el sitio de unión al receptor ACE2, y podemos distinguir distintas
mutaciones en este según la variante del virus. Dentro del dominio S2 encontramos el dominio
FP, que es un péptido hidrofóbico que permite la integración de la proteína S en la membrana
plasmática, HR1 y HR2 (heptad repeat), que son dominios de repetición, el dominio TM
(transmembrana) y, por último, el dominio C-terminal.
3. Ejercicio 1

Uno de los objetivos de este informe es comparar los aminoácidos de la proteína

silvestre con los aminoácidos de la proteína mutada. La mutación a analizar fue utilizada para la
vacuna mRNA NVAX-CoV2372, cuyas mutaciones hacen que la proteína Spike sea más
inmunogénica de lo que ya es de por sí.

Para llevar acabo un alineamiento de ambas secuencias vamos a utilizar una serie de
herramientas online, que van a facilitar el proceso. En primer lugar, vamos a poner ambas
secuencias de nucleótidos en formato FASTA.

Utilizando la herramienta Expasy Translate, vamos a obtener la secuencia de

aminoácidos, lo que nos va a permitir comparar ambas secuencias y obtener las mutaciones de
la secuencia utilizada en la vacuna.

Secuencia de aminoácidos de Wild-Type

>WT

MFVFLVLLPLVSSQCVNLTTRTQLPPAYTNSFTRGVYYPDKVFRSSVLHSTQDLFLPFFSNVTW
FHAIHVSGTNGTKRFDNPVLPFNDGVYFASTEKSNIIRGWIFGTTLDSKTQSLLIVNNATNVVI
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Secuencia de aminoácidos mutada

>MUTADA

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SGTNGTKRFDNPVLPFNDGVYFASTEKSNIIRGWIFGTTLDSKTQSLLIVNNATNVVIKVCEFQFCNDPF
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DDSEPVLKGVKLHYT

Con la herramienta UniProt vamos a alinear ambas secuencias de aminoácidos

Como podemos ver, hay cinco aminoácidos que no concuerdan en la secuencia

silvestre y en la mutada, siendo estas las mutaciones. Se ve que, en los aminoácidos 682, 683 y
685 hay un intercambio de Arginina por Glutamina, y en los aminoácidos 986 y 987 hay un
cambio de Lisina por Prolina y de Valina por Prolina.

Es necesario también saber en qué dominios de los mencionados anteriormente se

encuentran estas mutaciones, pues esto nos va a servir para determinar qué beneficio pueden
suponer en cuanto a la vacuna.

Para ello, vamos a utilizar la web InterPro, que nos va a ayudar a saber qué
aminoácidos ocupa cada dominio.
 De esta forma, podemos determinar que la tres primeras mutaciones, de los
aminoácidos 682, 683 y 685, se encuentran en la zona de corte entre el dominio S1 y el
dominio S2.

Las dos mutaciones siguientes, de los aminoácidos 986 y 987 deben encontrarse en el
dominio S2, concretamente en el dominio HR1

En conclusión:

- Zona de corte de S1 y S2: mutaciones en los aminoácidos 682, 683 y 685

- Dominio HR1: mutaciones de los aminoácidos 986 y 987

Basándonos en los dominios en los que se encuentran las mutaciones, podemos más o
menos saber el porqué de estas para la vacuna mRNA NVAX-CoV2372.

Las mutaciones en la zona de corte entre S1 y S2 pueden haberse llevado a cabo con la
intención de que, cuando el virus infecte a la célula, esta zona pueda ser mejor reconocida por
nuestros anticuerpos y ambos dominios sean separados, de modo que, como la región S2 es la
que contiene a HR1 y HR2, y ambas regiones son imprescindibles para la fusión del virus con le
membrana de la célula huésped, no se podrá llevar a cabo la infección porque ambos dominios
habrán sido separados.

Por otra parte, está claro que la mutación de HR1 está destinada a afectar la fusión de la
proteína con la membrana, pues es la función principal de esta región.
4. Ejercicio 2

A continuación, vamos a alinear la secuencia de aminoácidos de las variantes Delta y Ómicron

con la silvestre, además de comparar sus propiedades fisicoquímicas, sus mutaciones y
justificar por qué la variante Ómicron es más contagiosa que la Delta.

Llevaremos a cabo los mismos pasos que con las secuencias silvestre y mutada anteriores.

SECUENCIA DE AMINOÁCIDOS DELTA

>DELTA
MFVFLVLLPLVSSQCVNLRTRTQLPPAYTNSFTRGVYYPDKVFRSSVLHSTQDLFLPFFSNVTWFHAIHV
SGTNGTKRFDNPVLPFNDGVYFASTEKSNIIRGWIFGTTLDSKTQSLLIVNNATNVVIKVCEFQFCNDPF
LDVYYHKNNKSWMESGVYSSANNCTFEYVSQPFLMDLEGKQGNFKNLREFVFKNIDGYFKIYSKHTPINL
VRDLPQGFSALEPLVDLPIGINITRFQTLLALHRSYLTPGDSSSGWTAGAAAYYVGYLQPRTFLLKYNEN
GTITDAVDCALDPLSETKCTLKSFTVEKGIYQTSNFRVQPTESIVRFPNITNLCPFGEVFNATRFASVYA
WNRKRISNCVADYSVLYNSASFSTFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGDEVRQIAPGQTGKIADYN
YKLPDDFTGCVIAWNSNNLDSKVGGNYNYRYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGSKPCNGVEGFNCYFPL
QSYGFQPTNGVGYQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPKKSTNLVKNKCVNFNFNGLTGTGVLTESNKKFLPF
QQFGRDIADTTDAVRDPQTLEILDITPCSFGGVSVITPGTNTSNQVAVLYQGVNCTEVPVAIHADQLTPT
WRVYSTGSNVFQTRAGCLIGAEHVNNSYECDIPIGAGICASYQTQTNSRRRARSVASQSIIAYTMSLGAE
NSVAYSNNSIAIPTNFTISVTTEILPVSMTKTSVDCTMYICGDSTECSNLLLQYGSFCTQLNRALTGIAV
EQDKNTQEVFAQVKQIYKTPPIKDFGGFNFSQILPDPSKPSKRSFIEDLLFNKVTLADAGFIKQYGDCLG
DIAARDLICAQKFNGLTVLPPLLTDEMIAQYTSALLAGTITSGWTFGAGAALQIPFAMQMAYRFNGIGVT
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RLDKVEAEVQIDRLITGRLQSLQTYVTQQLIRAAEIRASANLAATKMSECVLGQSKRVDFCGKGYHLMSF
PQSAPHGVVFLHVTYVPAQEKNFTTAPAICHDGKAHFPREGVFVSNGTHWFVTQRNFYEPQIITTDNTFV
SGNCDVVIGIVNNTVYDPLQPELDSFKEELDKYFKNHTSPDVDLGDISGINASVVNIQKEIDRLNEVAKN
LNESLIDLQELGKYEQYIKWPWYIWLGFIAGLIAIVMVTIMLCCMTSCCSCLKGCCSCGSCCKFDEDDSE
PVLKGVKLHYT

SECUENCIA DE AMINOÁCIDOS ÓMICRON

>OMICRON
MFVFLVLLPLVSSQCVNLTTRTQLPPAYTNSFTRGVYYPDKVFRSSVLHSTQDLFLPFFSNVTWFHVISG
TNGTKRFDNPVLPFNDGVYFASIEKSNIIRGWIFGTTLDSKTQSLLIVNNATNVVIKVCEFQFCNDPFLD
HKNNKSWMESEFRVYSSANNCTFEYVSQPFLMDLEGKQGNFKNLREFVFKNIDGYFKIYSKHTPIIVREP
EDLPQGFSALEPLVDLPIGINITRFQTLLALHRSYLTPGDSSSGWTAGAAAYYVGYLQPRTFLLKYNENG
TITDAVDCALDPLSETKCTLKSFTVEKGIYQTSNFRVQPTESIVRFPNITNLCPFDEVFNATRFASVYAW
NRKRISNCVADYSVLYNLAPFFTFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGDEVRQIAPGQTGNIADYNY
KLPDDFTGCVIAWNSNKLDSKVSGNYNYLYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGNKPCNGVAGFNCYFPLR
SYSFRPTYGVGHQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPKKSTNLVKNKCVNFNFNGLKGTGVLTESNKKFLPFQ
QFGRDIADTTDAVRDPQTLEILDITPCSFGGVSVITPGTNTSNQVAVLYQGVNCTEVPVAIHADQLTPTW
RVYSTGSNVFQTRAGCLIGAEYVNNSYECDIPIGAGICASYQTQTKSHGSASSVASQSIIAYTMSLGAEN
SVAYSNNSIAIPTNFTISVTTEILPVSMTKTSVDCTMYICGDSTECSNLLLQYGSFCTQLKRALTGIAVE
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NVLYENQKLIANQFNSAIGKIQDSLSSTASALGKLQDVVNHNAQALNTLVKQLSSKFGAISSVLNDIFSR
LDPPEAEVQIDRLITGRLQSLQTYVTQQLIRAAEIRASANLAATKMSECVLGQSKRVDFCGKGYHLMSFP
QSAPHGVVFLHVTYVPAQEKNFTTAPAICHDGKAHFPREGVFVSNGTHWFVTQRNFYEPQIITTDNTFVS
GNCDVVIGIVNNTVYDPLQPELDSFKEELDKYFKNHTSPDVDLGDISGINASVVNIQKEIDRLNEVAKNL
NESLIDLQELGKYEQGSGYIPEAPRDGQAYVRKDGEWVLLSTFLGRSLEVLFQGPGHHHHHHHHSAWSHP
QFEKGGGSGGGGSGGSAWSHPQFE
Para comparar las mutaciones de la silvestre con la Delta y Ómicron vamos a alinear las
secuencias.
Alineación Delta con Wild-Type

Alineación
Ómicron con Wild-Type
 Comparando las mutaciones de Delta con la silvestre y de Ómicron con la silvestre
podemos darnos cuenta de que, si bien en ambas variantes del virus se pueden ver
intercambio de aminoácidos, la principal diferencia es que Delta presenta deleciones y
Ómicron presenta tanto deleciones como inserciones. Estas mutaciones van a reflejar un
cambio en las propiedades fisicoquímicas de las tres secuencias, como veremos más adelante.

Teniendo la alienación de ambas secuencias, podemos conocer en qué dominios se encuentran

las mutaciones.

Dominios en los que se encuentran las mutaciones de Delta

Las mutaciones de los aminoácidos 19, 142, 156, 157 y 158 se encuentran en el dominio S1.
Hay que tener en cuenta que en las posiciones 157 y 158 hay deleciones.

Las mutaciones de los aminoácidos 452 y 478 están en el dominio RBD.

Las mutaciones de los aminoácidos 614 y 681 están en la zona de corte de S1 y S2. Este tipo de
mutaciones es un intercambio de aminoácidos (provocado por un cambio en los nucleótidos).
G por D y R por P

La mutación 950 se encuentra en el dominio HR1.

Dominios en los que se encuentran las mutaciones de Ómicron

Las mutaciones de los aminoácidos 67, 68, 68, 142, 143/44/45 (deleciones), 211, 212, 213/14
(deleciones), 215 y 216 se encuentran en el dominio S1 N-terminal

Las mutaciones de los aminoácidos 339, 371, 373, 375, 417, 477, 478, 484, 493, 496, 498, 501 y
505 se encuentran en el dominio RBD.

Las mutaciones de los aminoácidos 547, 613, 655, 678, 680, 681, 682, 684, 764, 796 y 856
están en la zona de corte entre S1 y S2.

Las mutaciones de los aminoácidos 969, 981, 986 y 987 se encuentran en la región HR1.

Por último, hay una serie de mutaciones que van desde el aminoácido en la posición
1207 hasta el de la posición 1273 (1285 para Ómicron) que, salvo algunos que no están
mutados, incluye una serie de inserciones (1211 a 1226 y 1255 a 1260) y de deleciones (1280 a
1285). Estas se encuentran en el dominio HR2.
Para comparar sus propiedades fisicoquímicas vamos a utilizar la herramienta ProParam

WILD-TYPE

DELTA
OMICRÓN

En cuanto a la comparación de las propiedades fisicoquímicas de cada secuencia,

podemos sacar una serie de conclusiones.

El número de aminoácidos es diferente en cada secuencia, siendo 1273 en la silvestre,

1271 en la variante Delta y 1285 en la variante Ómicron. Esto se debe a que, en la variante
Delta hay dos deleciones, mientras que en la Ómicron hay … inserciones, haciendo que el
número de aminoácidos varíe, y, por lo tanto, el peso molecular también difiere.

El punto isoeléctrico también cambia, siendo 6.24 en la silvestre, 6.78 en la Delta y 6.63
en la Ómicron.

Podemos ver ligeros cambios en el porcentaje que ocupa cada aminoácido en la

secuencia y el total de residuos positivos y negativos.

Es posible que, debido a la cantidad de mutaciones que presenta Ómicron, haya una
mayor afinidad entre los dominios del virus que intervienen en la fusión con la membrana
plasmática y las proteínas, lípidos y glúcidos de esta. Mientras que Delta solo presenta una
mutación en HR1, Ómicron presenta varias tanto en HR1 como en HR2 y, como hemos
mencionado previamente, estas regiones son de suma importancia para que el virus pueda
entrar mediante la membrana de la célula huésped.