BIOTECNOLOGÍA

AMBIENTAL
UNIDAD 1, TEMA 2: BIOTECNOLOGÍA PARA LA
CONSERVACIÓN DE LA BIODIVERSIDAD
“Uso de ADN Ambiental en el monitoreo de biodiversidad y
evaluación de calidad ambiental”
David Landívar Valverde, PhD
md.landivarv@uea.edu.ec
 CONTENIDOS
• Objetivos de la clase
• Introducción
• ¿Qué es el ADN ambiental?
• Naturaleza del ADN ambiental
• Identificación de especies mediante ADN ambiental
• Actividades evaluativas
• Literatura de referencia
 OBJETIVOS DE LA CLASE
• Presentar el concepto de ADN ambiental y sus implicaciones en el contexto de la
protección y conservación de la biodiversidad.
• Identificar las aplicaciones de la tecnología de ADN ambiental para la
identificación de especies a partir de muestras de agua y suelo.
INTRODUCCIÓN

• El monitoreo de biodiversidad es uno de los

elementos más importantes para la ecología, la
conservación y la protección de la biodiversidad.
• No obstante el monitoreo convencional con
trampeos y otras técnicas puede no proporcionar
la suficiente información sobre la presencia de
especies, sobre todo si estas son elusivas o raras.
• Actualmente, el ADN ambiental emerge como
una nueva herramienta para el estudio de la
biodiversidad, complementando a las técnicas
tradicionales y ofreciendo un vistazo más
profundo sobre los ecosistemas.
 ¿QUÉ ES EL ADN AMBIENTAL?

• El ADN ambiental, también conocido como

environmental DNA (eDNA), constituye un tipo
de material genético que se encuentra en
muestras ambientales, como agua, suelo, aire y
sedimentos.

• El ADN ambiental está constituido por

fragmentos cortos de material genético que se
encuentran en el entorno natural. Estos
fragmentos provienen de diversas fuentes
biológicas, como células, heces, orina,
secreciones, restos de piel, pelos, y otros
materiales biológicos liberados por organismos
en el medio ambiente.

• La composición del ADN ambiental puede variar

Arriba: El ADN es expulsado por los organismos al entorno, a
según el tipo de muestra y el ecosistema través de sus excresiones, gametos, detritos, pelaje, etc.
específico que se esté analizando.
 NATURALEZA DEL ADN AMBIENTAL

• Cuando los organismos interactúan

con su entorno, dejan trazas de su
material genético en dos formas
distintas:
• ADN extracelular
• ADN intracelular

• La forma en que se liberan incluye,

piel, moco, saliva, heces, orina,
esperma, sangre, polen, cadáveres e
incluso células completas como en
el caso de los microorganismos.

Arriba: El ADN es expulsado por los organismos al entorno, a

través de sus excresiones, gametos, detritos, pelaje, etc.
 FUENTES DEL ADN AMBIENTAL

Tanto el agua como el suelo e Con la información disponible, el

incluso el aire pueden contener
trazas de ADN íntegro o en
fragmentos, que en su conjunto
constituyen el ADN ambiental.
ADN ambiental presenta una
ventaja para permitir la
identificación de especies a
partir de la “huella genética”
dejada en forma de trazas de su
ADN
 IDENTIFICANDO ESPECIES CON ADN AMBIENTAL

• Se toma una muestra del medio ambiente que se está estudiando. Esto podría ser
agua, suelo, o incluso aire, dependiendo del hábitat y del tipo de organismos que se
Recolección quieran identificar.
de Muestras

• El ADN se extrae de la muestra recolectada. Este proceso implica separar el material

genético del resto de los componentes presentes en la muestra, como sedimentos o
Extracción de restos orgánicos.
ADN

• Se utilizan técnicas moleculares, como la PCR (Reacción en Cadena de la Polimerasa),

para amplificar regiones específicas del ADN que son únicas o altamente distintivas
para la especie de interés.
Amplificación • Estas regiones a menudo se eligen porque son conservadas en una especie pero
de Secuencias diferentes entre diferentes especies.
 IDENTIFICANDO ESPECIES CON ADN AMBIENTAL (CONT.)

• Se realiza la secuenciación de las regiones amplificadas para determinar la

composición genética de la muestra.
Análisis de • La secuenciación de nueva generación (NGS) es una técnica comúnmente
utilizada que permite analizar múltiples secuencias simultáneamente.
Secuenciación

• Las secuencias obtenidas se comparan con bases de datos genéticas existentes

que contienen información sobre secuencias de especies conocidas.
Comparación • Se utiliza software bioinformático para realizar estas comparaciones y asignar las
secuencias a especies específicas.
de Secuencias

• Basándose en la similitud de secuencias, se determina qué especies estuvieron

presentes en la muestra original.
Identificación • La presencia de secuencias específicas se correlaciona con la presencia de
organismos particulares en el entorno.
y Validación
 ECOLOGÍA DEL ADN AMBIENTAL
• FUENTES PRINCIPALES • ESTADO
• Excreciones/secreciones
• Intramembranoso
• Descamación
• Gametos • Extra membranoso
• Cadáveres • Particulado
• Predadores • Libre o disuelto
• Comensales
• Parásitos
DESAFÍOS TÉCNICOS:
• Baja concentración
• Inhibición
• Fragmentación
• Contaminación
• Colecta y muestreo
• Tipo de ensayo de
• TRANSPORTE
•DESTINO análisis • Sedimentación
•Degradación enzimática
(DNA-asas) • Difusión
•Fragmentación mecánica • Advección (arrastre)
(ruptura) • Resuspensión
•Degradación química • Transporte biológico
(metilación, oxidación, etc.)
• Transporte antrópico
•Degradación por radiaciones
•Transferencia horizontal

Arriba: Resumen sobre la ecología del ADN ambiental. Tomado de

Barnes & Turner (2015).
 LA CLAVE DEL PROCESO: PCR
• Se calienta la muestra de ADN
a una temperatura elevada
(alrededor de 94-98°C).
• Esto rompe los puentes de
hidrógeno entre las dos hebras
de ADN, resultando en la
separación de las hebras
individuales.
Denaturación
Alineación
•La temperatura se aumenta a
alrededor de 72°C.
• La temperatura se reduce (generalmente entre 50- • La enzima ADN polimerasa
65°C), permitiendo que los primers (cebadores) se
sintetiza nuevas hebras de ADN
unan de manera específica a las secuencias
complementarias en las hebras de ADN. iniciando desde los primers,
• El primer forward se une a la hebra complementaria
extendiéndose hacia las
en la dirección 5' a 3', mientras que el primer regiones adyacentes del ADN
reverse se une a la hebra complementaria en la original.
dirección 3' a 5'.
Amplificación
Izquierda: La PCR es una técnica bioquímica que permite la
amplificación exponencial de fragmentos específicos de ADN.
Actualmente se realiza en equipos llamados termocicladores
(Derecha).
Fue desarrollada por Kary Mullis (izquierda) en la década de 1980 y
le valió el Premio Nobel de Química en 1993.
MARCADORES GENÉTICOS PARA IDENTIFICACIÓN

Tipo de ADN Marcador Genético Aplicación

ARN Ribosomal ITS Identificación de hongos y plantas

ARN Ribosomal 16S rRNA Identificación de bacterias y algunos animales

ADN Mitocondrial COI Identificación de especies animales

ARN Mitocondrial 12S rRNA Identificación de animales

ADN Nuclear ITS Identificación de hongos y plantas

ADN Nuclear Genes Específicos Varía según el grupo taxonómico

ADN Cloroplástico rbcL Identificación de plantas

Genes Específicos matK Identificación de plantas

Genes Específicos COB Identificación de vertebrados

Arriba: Los marcadores genéticos son segmentos específicos de

material genético, como el ADN o el ARN, que se utilizan para
identificar la presencia de ciertos genes o regiones genómicas en un
organismo.
MARCADORES GENÉTICOS PARA IDENTIFICACIÓN
Aplicación del ADN Ambiental
Detección de Especies
Evaluación de la Biodiversidad
Monitoreo de Especies Amenazada
Evaluación de Cambios Temporale
Diagnóstico de Enfermedades
Monitoreo de Invasiones Biológicas
Análisis de Redes Tróficas
Evaluación de Impactos Ambientales
Planificación de Conservación
Verificación de Eficiencia de Medidas de
Restauración
Arriba: Las aplicaciones del ADN ambiental en el contexto de la
protección, conservación y análisis de la diversidad biológica es muy
variada y prometedora.
Descripción
Identificación de la presencia de especies en un área a través de la recopilación y
análisis de ADN presente en muestras ambientales como agua, suelo o aire.
Cuantificación y seguimiento de la diversidad biológica en un ecosistema mediante la
identificación de múltiples especies a partir de muestras ambientales.
Vigilancia no invasiva de especies en peligro de extinción para evaluar su presencia,
distribución y abundancia sin causar perturbaciones significativas.
Estudio de las variaciones temporales en la composición de la comunidad biológica a
lo largo del tiempo, permitiendo la identificación de patrones de cambio y sus
posibles causas.
Detección temprana de enfermedades en poblaciones de fauna silvestre mediante la
identificación de patógenos o agentes patógenos en muestras ambientales.
Identificación y seguimiento de especies invasoras a través del análisis del ADN
ambiental, ayudando en la gestión y control de estas invasiones.
Estudio de las interacciones alimenticias en los ecosistemas mediante la identificación
de restos de presas en muestras ambientales, revelando la estructura de las redes
tróficas.
Detección de efectos adversos en el ambiente causados por actividades humanas,
como la contaminación, deforestación o cambio climático, a través del monitoreo
genético de las comunidades biológicas
Información genética para la toma de decisiones en la planificación y ejecución de
estrategias de conservación, incluyendo la identificación de áreas prioritarias y
corredores biológicos.
Evaluación de la eficacia de medidas de conservación, como áreas protegidas,
reintroducción de especies o restauración de hábitats, mediante el monitoreo
genético a largo plazo
 ACTIVIDADES EVALUATIVAS

• PARA TRABAJAR EN CLASE

• Entra al siguiente enlace y contesta las siguientes
preguntas:
1. ¿Cómo se puede definir al ADN ambiental (eDNA)?
2. ¿Qué importancia tiene el eDNA en el contexto
ecológico y del estudio de la biodiversidad?
3. ¿Qué papel cumplen los cebadores o primers en el
estudio del eDNA?
PARA TRABAJAR EN CASA
1. Investiga un caso de aplicación del eDNA para la
identificación de una o varias especies acuáticas o terrestres.
2. Recopila la siguiente información:
a. Tipo de muestra (agua/suelo/aire),
b. Tipo de análisis genético (qPCR /RT-PCR, etc.)
c. Marcador genético (12S, 16S, COI, etc.)
3. Publica los resultados de tu investigación en forma de
infografía. Usa recursos como Canva, Genially, Sway, etc.
 LITERATURA DE REFERENCIA
• Castillo Rodríguez, F. (2005) Biotecnología Ambiental EDITORIAL TÉBAR, S.L.
• Rees, H. C., Maddison, B. C., Middleditch, D. J., Patmore, J. R., & Gough, K. C.
(2014). The detection of aquatic animal species using environmental DNA–a
review of eDNA as a survey tool in ecology. Journal of applied ecology, 51(5),
1450-1459.
• Deiner, K., Yamanaka, H., & Bernatchez, L. (2021). The future of biodiversity
monitoring and conservation utilizing environmental DNA. Environmental
DNA, 3(1), 3-7.
• Barnes, M. A., & Turner, C. R. (2016). The ecology of environmental DNA and
implications for conservation genetics. Conservation genetics, 17(1), 1-17.