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Microscopía electrónica
El RE es un sistema de endomembranas que se extiende por toda la célula y delimita un espacio, denominado lumen,
que ocupa > 10% del volumen celular, y que es contínuo con el espacio entre la membrana nuclear interna y externa.
A B
microscopía electrónica
RE liso (REL) RE rugoso (RER)
C C
reticulones
proteínas que
promueven álta Los dominios en bucle o tipo “hairpin”
curvatura, de los reticulones se insertan en la
ej. Reticulones hemicapa citosólica y deforman la
Proteínas que regulan las dimensiones membrana, promoviendo su curvatura.
del espacio luminal, ej. CLIMP63
lúmen
Proteínas que regulan la fusión de membranas: GTPasas, ej. Atlastinas
Shibata et al, ARDB 2009; Friedman & Voeltz, TICB 2011; Wang & Rapoport, JCS 2019
Los microtúbulos participan en la organización espacial y al dinamismo del RE
MTs
Los túbulos del RE se extienden hacia la periferia celular empleando dos mecanismos diferentes: RE
1) Mediante la asociación con moléculas motoras que se desplazan sobre los microtúbulos en dirección del extremo (+) 2)
2) Mediante la unión a complejos proteicos que interaccionan con tubulina-GTP en los extremos (+) de los microtúbulos elongación
1) (+)
RE
MTs
microtúbulos RE superposición
Análisis de la codistribución de MTs y RE por videomicroscopía. Las fotos muestran una región ampliada de la célula a tiempo cero.
Cámara
CCD
Cámara
termostatizada
"photobleaching" es la fotodestrucción o “fotoblanqueo” de la fluorescencia emitida por un fluoróforo (por ej. la proteína GFP).
Usualmente esto se realiza en un área definida de la célula (flechas azules) y de manera rápida empleando un láser a máxima potencia.
tiempo
El análisis cuantitativo de los datos de FRAP permite calcular dos
parámetros cinéticos: 1) la fracción móvil (Mf), la cual es la fracción de
proteínas fluorescentes que difunden al área de fotoblanqueo; 2) la
constante de difusión, D, la cual es una medida de la velocidad de
desplazamiento de las proteínas. T1/2 , tiempo en el cual se alcanza la mitad
de la fluorescencia recuperada, es un parámetro que directamente permite
región definida comparar la movilidad de diferentes muestras en un mismo experimento.
intensity
50%
50% fluorescencia
recuperada
T1/2 T1/2
VSVG
fracción inmóvil
VSVG-GFP + TM
40% de recuperación
de la fluorescencia
ventana de
fotodestrucción
Ciertas variantes de GFP sólo se tornan fluorescentes al ser fotoactivadas con un pulso de energía UV. Asi, la movilidad
y destino de las moléculas fluorescentes puede ser examinado independientemente de la síntesis de novo.
Las proteínas solubles residentes del RE (ej. BiP) escapan al cis-Golgi como consecuencia del transporte vesicular y luego son
retornadas al RE por transporte retrógrado. Estas proteínas poseen la secuencia KDEL que actúa como una señal de recuperación al RE.
Los paneles superiores muestran que la fotodestrucción de la fluorescencia de KDEL-GFP ocurre solo en parte, y corresponde a la fracción de KDEL-GFP del RE.
La fluorescencia remanente corresponde a la fracción que se encuentra en vesículas de transporte entre el ER y Golgi (flechas). En contraste, los paneles
inferiores muestran que la fluorescencia de VSVG-GFP localizada en el RE (compartimiento membranoso continuo) es eliminada casi en su totalidad.
fotodestrucción
fluorescence
Nehls et al NCB2000
La cinética del transporte de proteínas en la vía secretora puede
analizarse por microscopía de “time-lapse”
Microscopía de fluorescencia de células en cultivo que expresan una mutante termosensible de la proteína viral de membrana VSVGts fusionada a GFP.
La incubación de las células a 40°C provoca la retención de VSVGts en el RE. Cuando la temperatura se baja a 32°C, la VSVG se pliega correctamente y se
inicia su transporte hacia la superficie. Debajo se muestra la localización de la VSVG-GFP a distintos tiempos después de comenzar la incubación a 32°C.
videos disponibles
Células que expresan la mutante VSVGts se incuban con un pulso de aminoácidos conjugados a radioisótopos a 40°C. Esto permite que las proteínas
sintetizadas en el RE (incluída la VSVGts) queden retenidas allí. Luego se cambia la temperatura a 32°C para que las proteínas se plieguen a su forma nativa
y comiencen a ser exportadas del RE. A distintos tiempos se toman muestras, se preparan los extractos proteicos, y se incuban con endoglicosidasa D.
Posteriormente los productos proteicos de interés son aislados, fraccionados en geles de poliacrilamida y analizados por fluorografía.
pasaje al Golgi
VSVG
VSVG retenida
en el RE
anclaje fusión
“docking” “flattening” difusión parte de una célula visualizada simultaneamente
mediante epifluorescencia convencional y TIRF
Campo
evanescente epifluorescencia
Vesículas visualizadas por epifluorescencia (rojo) y TIRF (verde) en células transfectadas con VSVG-GFP. Cuando
las vesículas se fusionan a la MP incrementa la fluorescencia de TIRF la cual difunde post-fusión (flechas).
Schmoranzer et al JCB2000
Toomre et al JCB2000
videos disponibles
El análisis genético en levaduras permitió identificar genes esenciales para el tráfico intracelular
Mutantes condicionales sensibles a la temperatura. Son aquellas que afectan la secreción en células haploides. Se
clasifican en diferentes clases de acuerdo a la etapa del transporte afectada en los fenotipos (denominadas mutantes sec).
Wild type
El análisis de doble mutantes en diferentes combinaciones permite reconstruir la secuencia de eventos que ocurren en la vía secretora.
Por ejemplo, si se generan doble mutantes de clase B y clase D, ¿cuál es el fenotipo esperado?...acumulación de proteínas en el ER!
Lúmen
del RE
citosol
La orientación de la secuencia señal y de los
dominios de transmembrana depende
La topología de las proteínas básicamente de 3 factores:
integrales de membrana en 1) residuos básicos que flanquean la secuencia
general es determinada y fijada hidrofóbica,
durante la inserción inicial del 2) estructura del terminal amino,
polipéptido en la membrana. 3) hidrofobicidad y largo de la región hidrofóbica.
s
Higy et al. Biochem. 2004
Proteínas luminales y de secreción
5’ mRNA 3’
traducción
N polipéptido C
(ss)
(translocón)
• Las proteìnas poseen una secuencia señal amino terminal (ss) que se inserta en el translocon
sec61 formando una horquilla, con el extremo amino terminal orientado hacia el citosol.
• Durante la translocación del polipéptido, una secuencia interna hidrofóbica actúa como
secuencia de parada de la translocación y de inserción a la membrana (en naranja).
• El clivado de la ss genera un nuevo extremo amino terminal luminal, que en general es de gran
tamaño. El extremo carboxilo de la proteína madura se localiza en el citosol.
Ejemplos de estas proteínas son las integrinas, caderinas, EGFR, receptor de la insulina, etc
Proteínas de membrana tipo II y III
Proteína tipo II
• Estas proteìnas poseen una secuencia hidrofóbica interna (no clivable) que
actúa como secuencia señal y de inserción a la membrana.
• Su orientación es similar a la de las proteínas de tipo I en el translocón sec61.
El extremo amino de la proteína madura permanece en el citosol y el extremo
carboxilo se transloca al lúmen.
Ejemplos de este tipo de proteínas son el receptor de transferrina, muchas
glicosil transferasas, etc
El perfil hidropático resulta del análisis de hidrofobicidad de la Los segmentos hidrofóbicos inician la translocación (“start transfer signal”,
secuencia de aminoácidos. Este perfil permite identificar dominios en rojo) o detienen la translocación (“stop transfer signal”, en naranja) en
de transmembrana (naranja-rojo) y regiones hidrofílicas (verde). proteínas con múltiples pasos de transmembrana (TM). Las regiones
translocadas son las que se localizan en el lúmen del RE.
topología
Hidrofílico
(polar)
scramblasa
Ácidos grasos esterificados a la coenzima A y generados en el citosol son esterificados al glicerol fosfato por enzimas localizadas en el RE, formando
ácido fosfatídico en la hemicapa citosólica del RE (1). La adición del grupo polar o cargado es catalizado por otras enzimas adicionales asociadas al
RE (2, 3). La síntesis de fosfatidil serina, etanolamina y fosfatidil inositol ocurre de manera similar. Enzimas denominadas scramblasas catalizan el
movimiento inespecífico de fosfolípidos desde la hemicapa citosólica a la hemicapa exoplásmica uniformando su distribución.
Lodish et al, MBC 2016
Las enzimas scramblasas y flipasas catalizan la translocación de fosfolípidos entre hemicapas
cytosol
Alberts et al, MBC 2016
En su tránsito por la vía secretora los polipéptidos experimentan
diversas modificaciones antes de alcanzar sus destinos finales:
Varias familias de chaperonas asisten en el plegado de los polipéptidos translocados al lumen del RE:
Los enlaces peptídicos (C-N, ω) tienen un carácter de doble enlace parcial, lo cual impide la rotación de los átomos a ambos extremos
y posee una geometría planar (señalada en gris). La rotación puede ocurrir en los enlaces del carbono alfa (phi φ, psi ψ).
Los enlaces peptídicos en su mayoría poseen una configuración trans aunque la presencia de prolina favorece la configuración cis
debido a interacciones estéricas (líneas en marrón). La rotación de los enlaces peptidyl-prolil es lenta y limitante del proceso de
plegamiento. Las PPIs catalizan las rotaciones de tales enlaces facilitando el plegado.
Dipéptido en trans
Rotación del enlace peptídico
Cα Cα
ω ω
Williamson, 2012
BiP, calnexina y calreticulina contribuyen al plegado del polipéptido de diferentes maneras
• La chaperona Bip se une a regiones hidrofóbicas del polipéptido y evita su agregación. Su función requiere de unión e hidrólisis de ATP.
• Las chaperonas Calnexina y Calreticulina poseen un dominio conservado de lectina que reconoce regiones glicosiladas
(monoglucosiladas) y contribuyen a monitorear el plegado del polipéptido. La función de ambas requiere de la unión de iones Ca2+.
α1,2
La glicosilación promueve el plegado, incrementa la solubilidad de las
proteínas, inhibe la agregación y estabiliza la conformación nativa.
α1,3
α1,3
β1,4
Enzimas asociadas a la membrana del RE catalizan, a partir de nucleótido-azúcares, la síntesis del oligosacárido precursor unido al
dolicol. La tunicamicina es una droga que inhibe a la enzima de la primera reacción. Dos GlcNac y cinco manosas son agregadas
en secuencia por enzimas asociadas a la cara citosólica del RE (1-3). El intermediario de siete azúcares es translocado a la cara
luminal por una flipasa de la membrana del RE (4). El resto de las adiciones de manosa y glucosa ocurren en el lúmen (5, 6).
poli-isoprenoide
1- Transferencia del oligosacárido precursor a la cadena polipeptídica naciente por la oligosacaril transferase (OST).
2 y 3- Inmediatamente dos glucosas terminales son removidas por glucosidasas I y II. El oligosacárido monoglucosilado es retenido por las lectinas
calnexina y calreticulina facilitando el plegado del polipéptido por la acción de las disulfuro isomerasas y prolil isomerasas.
4- La remoción de la glucosa terminal por la GII disocia el polipéptido de las chaperonas. Una glucosil transferasa es capaz de distinguir
polipéptidos que no alcanzaron la conformación nativa y en éste caso reglucosilan una manosa terminal. El ciclo de remoción/agregado de la
glucosa terminal se repite hasta que la proteína alcanza la conformación nativa. La proteína nativa no se reglucosila y sigue su ruta.
OST
calreticulin
calnexin
* ERp57 es una disulfuro isomerasa asociada a calnexina que cataliza la formación de puentes disulfuro en el polipéptido y contribuye al plegado.
ERAD (ER-Associated Degradation); EDEM (ER-Degradation Enhancing α-Mannosidase) Lodish et al. MCB 2016
Mecanismos de detección y retrotranslocación de substrates solubles (ERAD)
Wu et al Science 2020
El estado de plegamiento de las proteínas en el lúmen del RE es monitoreado por una red
de señalización que activa un programa transcripcional denominado UPR
• Estrés del RE es una condición que ocurre cuando el influjo de nuevos polipéptidos al lúmen del RE excede su capacidad de plegarlos y/o procesarlos.
• La acumulación de proteínas con defectos en el plegado es sensada por los dominios luminales de 3 proteínas de transmembrana del RE, IRE1α, PERK y ATF6.
• La activación de los sensores dispara la respuesta UPR (“unfolded Protein Response”) que tiende a restaurar la homeostasis.
IRE1 oligomerización procesamiento de Hac/XBP1 mRNA ↑ síntesis de chaperonas (ej. BiP) y del proceso ERAD (ej. EDEM)
Estrés
PERK oligomerización fosforilación de eIF-2α ↓ síntesis de proteínas
del RE
Alberts MBC 2016
ATF6 exportación al Golgi proteasas clivan el TM translocación al núcleo ↑ síntesis de chaperonas (ej. BiP)
Mecanismo de activación de IRE1
3. Los dos exones del factor de transcripción Hac1/XBP1 son ligados y forman un
mRNA maduro.
Debajo se muestra la localización de una mutante termosensible de VSVG-GFP que es retenida en el RE a 40°C (A).
Cuando la temperatura se baja a 32°C la VSVG-GFP se acumula rápidamente en sitios de exportación tER o ERES (B).
A tiempos posteriores la proteína ya se ha transportado y al Golgi (C).
A B C
membrana
plasmática
proteínas de
la cubierta
núcleo
R
pasivo,
no ocurre activo, ocurre
concentración concentración
del cargo del cargo
El proceso de formación de vesículas con cubierta COP II ocurre de acuerdo a la siguiente secuencia:
1) Asociación de la GTPasa Sar1 del citosol a la membrana del RE. Este paso requiere del intercambio del GDP por GTP en Sar1, el cual es catalizado por el GEF del RE
sec 12. Sar1-GTP despliega e inserta una alfa hélice anfipática del N-terminal en la membrana del RE e inicia su deformación.
2) Sar1-GTP recluta las proteínas de la capa interna, sec23/sec24. Sec23 interacciona directamente con Sar1-GTP. Existen varias isoformas de Sec24 las cuales
reconocen distintas señales de exportación de proteínas de transmembrana (cargo).
3) La cubierta de sec23-sec24 recluta a los complejos de proteínas sec13/31 que ensamblan una capa externa y completan la formación de la cubierta COPII.
4) La fisión de la vesícula y desensamble de la cubierta es un evento que requiere de la hidrólisis del GTP de Sar1 y su disociación (no mostrado). Esto es promovido por
la actividad GAP de sec23 y por sec31. Es decir que hay un efecto de “timer” que es activado durante el ensamble y que activa posteriormente el desensamble.
Bonifacino & Glick, Cell 2004
Proteínas solubles residentes del RE que escapan al Golgi son retornadas al
RE por un mecanismo específico dependiente del tetrapéptido KDEL
RE lumen
pH ~ 7,3
En algunos casos las señales de retención al RE representan mecanismos de control de calidad del proceso de tránsito. Por ejemplo:
(A) En ciertas proteínas oligoméricas, las señales de retención sólo son expuestas en los monómeros, y no en la estructura cuaternaria de los oligómeros
(B) En otros casos, la fosforilación de serinas adyacentes la señal de retención recluta proteínas “scaffold” 14-3-3 que la enmascaran.
(C) Algunas proteínas de membrana forman complejos con proteínas citosólicas que ocultan la señal de retención.
Señal de retención
A B
C
RE oligomerización RE fosforilación Al Golgi
Al Golgi
lúmen lúmen RE complejo Al Golgi
lúmen
citosol citosol
14-3-3 citosol
COP I COP I
recuperación recuperación
al RE al RE
Modelo de ensamble de cubiertas COPI ERGIC/VTC y cisterna del cis Golgi
1
Las vesículas con cubierta COPI tienen ∼100 nm de diámetro, y transportan cargo entre cisternas
del Golgi y entre el cis-Golgi, y entre el compartimiento intermedio (ERGIC/VTC) y el RE.
1.La GTPasa ARF-GDP se asocia a un GEF de la membrana del Golgi que facilita el intercambio
del GDP por GTP. ARF-GTP se inserta en la membrana e inicia su deformación.
La incubación de células con brefeldina A, una droga que inhibe la GTPasa ARF, provoca la reabsorción
del cis-Golgi en el RE. Este efecto se ilustra visualizando la redistribución de una galactosil-transferasa de
Golgi fusionada a GFP desde el Golgi al RE (fotos debajo).
Golgi RE
video disponible
Sciaky et al., JCB 1997
El Golgi es una estructura dinámica y polarizada donde se procesan, de manera
secuencial, glicoproteínas y glicolípidos
El Golgi consiste de sacos o cisternas a través de las cuales se transportan proteínas y lípidos. Puesto que el Golgi es una estructura dinámica, en estado
estacionario, existe un continuo flujo anterógrado y retrógrado. Las proteínas provenientes del RE se fusionan con cisternas del cis-Golgi, las cisternas intermedias
constituyen el medial-Golgi, y las más distales, el trans-Golgi. Vesículas y túbulos que emergen del trans-Golgi forman la red del trans-Golgi (TGN). Diversas
enzimas, glicosidasas y glicosiltransferasas, se localizan en distintas cisternas del Golgi y procesan los glicanos provenientes del RE de manera secuencial.
cis
trans
Las glicosil-transferasas son proteínas de transmembrana, cuyo dominio catalítico intraluminal agrega monosacáridos
específicos a los aceptores en tránsito. Cada enzima mantiene una localización intra-Golgi restringida.
Endo D Endo D
resistant sensitive
Golgi
RE
Dependiendo de la proteína, se
observan dos tipos de N-oligosacáridos
en las proteínas maduras:
- oligosacáridos con alto contenido de
manosa (similar al precursor que
proviene del RE)
- oligosacáridos complejos. Resultan
de la eliminación de manosas y el
agregado de GlcNAc, galactosa y
ácido siálico en el medial/transGolgi.
(trans Golgi)
tipos:
O-oligosacáridos
N-oligosacáridos
- alta manosa
- complejos (red del
trans Golgi)
(trans Golgi)
(ER, red del
cis Golgi)
Bard & Malhotra, ARCDB 2006 Matteis & Luini, Nature Rev MCB 2008
TGN: Trans Golgi Network
Las hidrolasas lisosomales que son modificadas en el Golgi originando una señal de M6P
M6P
Las proteínas adaptadoras son monoméricas (GGA) o tetraméricas (AP-1, AP-2, AP-3).
Las proteínas adaptadoras son reclutadas a microdominios de la membrana
enriquecidas en ARF-GTP y fosfoinosítidos.
TGN,
endosomas
TGN, PM
Bonifacino & Traub, ARB 2003
Fosfoinosítidos marcan microdominios de las membranas y contribuyen
a reclutar proteínas adaptadoras
Reconocimiento específico de
las variantes de fosfoinosítidos.
Cada molécula de clatrina está compuesta por tres subunidades grandes y tres pequeñas.
Numerosas moléculas de clatrina ensamblan una celda proteica asociada a la membrana.
video
Lodish et al. MCB 2016
Modelo de formación de cubiertas de clatrina
cargo
Arf
(AP)
vesícula
cuello
video disponible
Hirschberg et al., JCB 1998
En células epiteliales polarizadas existen mecanismos que transportan proteínas
selectivamente a la membrana apical o basolateral
Células polarizadas
Apical
membrane
basolateral
membrane
Alberts et al MBC
Hasan et al 2018
Determinantes moleculares que contribuyen al direccionamiento
de proteínas a los dominios apical y basolateral
apical
anclaje de GPI..................membrana..................Thy-1
N-oligosacáridos...............luminal........................eritropoietina
transmembrana.................membrana..................hemaglutinina
La segregación de proteínas al dominio apical y basolateral puede
visualizarse empleando proteínas fluorescentes
Células epiteliales polarizadas se transfectaron con cDNAs que codifican para proteínas fluorescentes. A la izquierda se
muestra la localización apical de una YFP modificada mediante el agregado de un ancla de GPI. A la derecha se muestra la
localización basolateral de una YFP fusionada a la proteína VSVG. Las células se observan en dos planos confocales (A y B).
YFP-GPI VSVG-YFP
A
A
B
B
observación de un
plano superficial (A) A
observación de un B
plano ecuatorial (B)
(video disponible)
Keller et al, Nature CB 2001
El dominio apical en células epiteliales es equivalente al axón
en neuronas y el dominio basolateral al soma y dendritas
HA
HA
influenza virus
+ VSV virus influenza virus
+ VSV virus
VSVG VSVG
Todas las células secretan proteínas continuamente (secreción constitutiva). Otras células, por ejemplo, las secretoras del páncreas endócrino
y exócrino, secretan proteínas sólo cuando son estimuladas (secreción regulada). Proteínas cuya secreción es regulada se concentran y forman
agregados en el trans-Golgi con proteínas de la familia de las cromograninas. Sin embargo, los mecanismos moleculares se desconocen.
Alberts et al 2015
Lodish et al. MCB 2016, Fig 16.39
Ejemplos de proteínas secretadas en forma constitutiva y regulada
Exocitosis regulada
Microscopía electrónica de una célula beta del páncreas endócrino
que muestra la exocitosis de vesículas conteniendo insulina
Agregados de insulina
Exocitosis regulada
Secreción de histamina por mastocitos
Microscopía electrónica de mastocitos antes (A) y después (B) de liberar sus gránulos de histamina.
La exocitosis es estimulada por la agregación de los receptores de IgE en su superficie
Exocitosis regulada
Las neuronas secretan neurotransmisores en respuesta a la
llegada de un potencial de acción al terminal axonal
axón
El control del anclaje, por las proteínas Rabs, y de la fusión, por las proteínas SNARE, aseguran
la correcta distribución de proteínas entre compartimientos
Las Rabs son GTPasas que median la especificidad del anclaje de las vesículas
a la membrana blanco; existen más de 60 formas distintas en humanos.
Rab-GDP se localiza en el citosol inhibida por factores reguladores (GDI).
v-SNARE
La interacción del GDI asociado con un GEF en la membrana promueve el
intercambio del GDP por GTP en Rab. Rab-GTP es la forma activa.
Rab-GTP expone un motivo hidrofóbico que le permite asociarse a la membrana
de la vesícula de transporte.
Rab-GTP en la vesícula interacciona con distintas proteínas o efectores.
Entre los efectores se encuentran receptores de Rab localizados en la membrana
aceptora, los cuales controlan el anclaje específico (“docking”) de la vesícula.
La hidrólisis del GTP promueve la reasociación de Rab-GDP con un GDI que lo
t-SNAREs
extrae de la membrana.
Lodish et al 2004
La cubierta se desensambla después de formarse la vesícula, evento promovido por la hidrólisis del GTP.
Se exponen proteínas que determinan la especificidad del transporte y fusión con receptores en la membrana aceptora.
v/t-SNARE
complex Lodish et al 2004
Visualización del proceso de formación de vesículas cubiertas.
Microscopía electrónica
Lodish et al 2004
Resumen de tipos de vesículas cubiertas y GTPasas involucradas
1. Ensamble de la cubierta. Evento disparado por la asociación de una GTPasa (esfera roja) a la membrana del compartimiento
donor. Las proteínas cargo y proteínas v-SNARE se concentran en la vesícula en formación.
2. Gemación. Los componentes externos de la cubierta se ensamblan en una malla que curva la membrana y forman la vesícula.
3. Fisión del cuello entre la vesícula y el compartimiento donor. En este evento intervienen proteínas accesorias.
4. Desensamble de la cubierta. Participan chaperonas, fosfoinosítidos y GTPasas. Las proteínas de la cubierta son recicladas
5. Transporte de la vesícula hasta el compartimiento aceptor mediado por microtúbulos y proteínas motoras.
6. Anclaje mediado por la interacción de las GTPasas Rab y sus receptores.
7. Fusión mediada por la formación de los complejos trans-SNARE (v- y t-SNARE + SNAP 25).