MODELAJE COMPUTACIONAL

ROL DE CANNABIDIOL (CBD) EN

Indira Mayorga Vences G2 Neurociencias

RECEPTORES GPR55 Y CB1

MÉTODOS COMPUTACIONALES NOS DAN HERRAMIENTAS PARA INVESTIGAR A NIVEL MOLECULAR CON

Dávila, E. M., Patricio, F., Rebolledo-Bustillo, M., Garcia-Gomez, D., Hernández, J. C. G., Sánchez-Gaytán, B. L., Limón, I. D., & Perez‐Aguilar, J. M. (2022). Interacting binding insights and
DETALLE LAS FUNCIONES DE DIFERENTES BIOMACROMOLÉCULAS, ASÍ COMO TAMBIÉN NOS DAN

conformational consequences of the differential activity of cannabidiol with two endocannabinoid-activated G-protein-coupled receptors. Frontiers In Pharmacology, 13.
INFORMACIÓN DETALLADA DE LAS MODULACIONES FUNCIONALES DE PROTEÍNAS POR ENTIDADES
BIOQUÍMICAS.
Se modelaron estructuras del
receptor de Rattus norvegicus por
las similaridades con Homo
sapiens (aproximadamente 97% MODELO DE
en el sistema CB1 y 74% en el HOMOLOGÍA DE
GPR55). ESTRUCTURAS GPCR
Al no haber información experimental en
cuanto a estructura del GPR55, el de la rata

https://doi.org/10.3389/fphar.2022.945935
se construyó usando la técnica de modelado
por homología,el molde usado se saco de
Swiss-Model server, se seleccionó LPA6
(secuencia idéntica en 30% a GPR55) y se
alinearon usando BLASTp y los ajustes
ESTRUCTURAS DEL
necesarios de manual. Para generar el
RECEPTOR GPR55 modelo 3D del receptor GPR55 de la rata se
usó Modeller 9.23 protocol; se generaron
100 modelos de receptor GPR55 de Rattus
norvegicus y se selecciono una estructura
Para modelar estructuras del receptor CB1 usaron representante
diferentes plantillas p/c estado funcional del receptor.
Receptor CB1 complejo con CBD - receptor CB1
humano unido al agonista (PDB ID – 5XRA)
Receptor CB1 complejo con AM251 - dos estructuras ESTRUCTURAS DEL
del receptor CB1 humano unido al antagonista (PDB RECEPTOR CB1
ID 5U09 y 5TGZ)
Crearon 100 modelos de estructuras CB1 de R.
norvegicus, por modelado de homología.
Se seleccionó una estructura representativa del
receptor CB1 de rata en cada caso para análisis
posteriores. Para identificar posibles poses
ESTRUCTURAS DEL moleculares para el complejo
CBD/GPR55 se usaron blind
COMPLEJO
docking calculations
CBD/GPR55
Las poses moleculares para el
ESTRUCTURAS DEL
complejo ML186/GPR55 se
identificaron por cálculos de
COMPLEJO
acoplamiento usando Autodock ML186/GPR55
Vina
Posibles poses moleculares para el ligando CBD en el marco
estructural del receptor CB1 - estudios de acoplamiento
Además de las consideraciones energéticas Scoring function of
ESTRUCTURAS DEL Autodock Vina, usaron la estructura del complejo
COMPLEJO CBD/CB1 AM11542/CB1 como guía para seleccionar una estructura
representante del complejo CBD/CB1 por la estructura similar
del ligando CBD al ligando AM11542.

Se usaron también cálculos de acoplamiento. En

adición a la función de puntuación de Autodock Vina,
se usó la estructura del complejo AM6538/CB1 como ESTRUCTURAS DEL
guía por la similitud del ligando AM6538 y el ligando COMPLEJO
AM251. AM251/CB1
Para proporcionar:
SIMULACIONES ·Determinantes de unión al ligando en interacción de los sistemas de proteínas
·Consecuencias conformacionales concomitantes
DE DINÁMICA
¿Cómo?
MOLECULAR DE
1.Se usa la información estructural de los cálculos de acoplamiento como la
TODOS LOS estructura del complejo inicial, átomos de hidrogeno fueron incluidos (son los
ÁTOMOS estados de protonación más probables para los residuos de aminoácidos a pH
neutro).
2.Los complejos de proteínas se incrustaron en una membrana de POPC simétrica
hidratada con iones de sodio y cloro para concentración fisiológica de sal
3.Pasos de preparación para evitar conformación poco realista del sistema
4.Simulaciones de dinámica molecular (MD) imparciales durante un microsegundo a
una temperatura y presión constantes
Los resultados todavía son debatibles, pero los
experimentos indican que el CBD causa cambios
conformacionales en el CB1 vinculados a sistemas agonistas,
pero puede que modulen alostéricamente o que favorezcan
CB1 inactivo, etc.

3 – No sabía que existían plataformas que almacenan diferentes tipos de información de las proteínas, por ejemplo, de su estructura, ni sabía que se puede
accesar a esta información para la experimentación o para la creación de modelos 3D que nos pueden ayudar para comprender y realizar experimentos
para conocer más de sus estructuras e interacciones y no sabía o no recordaba que habían endocannabinoides que son, como la palabra lo dice, endógenos
porque forman parte de un sistema en nuestro cuerpo. 2 – Voy a investigar más acerca de donde están estos receptores del sistema endocannabinoide e
investigare en menor medida cuáles son algunos de sus ligandos; aparte, quiero saber más acerca del CBD y sus propiedades farmacéuticas muy
interesantes, especialmente porque no es para uso recreativo, así como entender cuáles son las ventajas de esta característica, por qué y si existen algunas
desventajas o características que hagan a esta sustancia menos viable farmacéuticamente hablando. 1 – En este artículo pude reconocer o recordar algunos
receptores o mecanismos de los que hablamos en la clase de farmacología, me parece importante recordarme a mi misma que quiero seguir estudiando
más sobre estos receptores y sus ligandos, así como los efectos de su activación o inactivación.