Ensayo “Desarrollo de técnicas de secuenciación”

Genómica y metagenómica ambiental

Ximena Plascencia Bahena

La secuenciación, se refiere a la decodificación de los nucleótidos que conforman los ácidos

nucleicos. El conocimiento adquirido a través de la secuenciación es de importancia, ya que
nos permite conocer las moléculas codificadas por los ácidos nucleicos, su estructura y sus
funciones. Algunas de las aplicaciones de la secuenciación son la clonación, la búsqueda de
genes de importancia médica, el desarrollo de la medicina genética y la investigación. La
primera técnica de secuenciación fue desarrollada por Walter Gilbert, la cuál se basaba en la
separación química, aunque esta no fue muy eficiente, ya que tiene que ser evaluada por
medio de la visión y no permite analizar secuencias largas. Posteriormente, Frederick Sanger
desarrollo una técnica enzimática, basada en el método de terminación de la cadena, conocida
como secuenciación Sanger. A través de los años, se comenzaron a buscar tecnologías que
permitieran la automatización de está técnica para disminuir los errores, el costo y aumentar
su eficiencia.

El proyecto del genoma humano permitió la exploración de nuevas tecnologías, conocidas

como secuenciación de nueva generación o NGS por sus siglas en inglés, las cuales pueden
analizar más de una secuencia a la vez. El primer sistema fue el Sistema Roche 454, que
utiliza la pirosecuenciación. Esta técnica, detecta el pirofosfato liberado cuando se incorporan
nucleótidos. El primer Sistema Roche, permitía lecturas de 100 a 150 pb, actualmente permite
lectura de 700 pb con una precisión de 99.9%.

El Sistema AB SOLiD o secuenciación por detección de ligadura de oligo, se basa en la ligadura

de sonda de 8 bases con cuatro sitios. El sitio de ligadura que se une a la primera base, el sitio
de escisión que se une a la quinta base y el sitio con 4 tintes fluorescentes diferentes, que se
unen a la última base. La señal fluorescente, indica los pares de bases con un color distinto,
las cuales son evaluadas por el software SOLiD.

En 2006, se desarrolló el sistema Genome Analyzer, que posteriormente fue adquirido por
Illumina, es el Sistema Illumina GA/HiSeq, basado en secuenciación por síntesis. Este permite
desnaturalizar en hebras simples, que posteriormente se inserta en celdas de flujo y se
amplifica para formar grupos con ADN clonal. Además, se insertan cuatro nucleótidos, todos
con distintos colorantes para los cuatro nucleótidos. Finalmente, la señal de color es captada
por un dispositivo de carga acoplada CCD que indica los nucleótidos que componen la
secuencia. Esta técnica permite lecturas de secuencias de 120 Gb en 7 días, el cuál lo hace
de los tres sistemas de segunda generación descritos, el que tiene mayor rendimiento y menor
costo.

Más adelante, se desarrollaron técnicas de secuenciación personal para uso clínico y de

pequeños laboratorios, conocidas como Ion Personal Genoma Machine (PGM).

La primera de estas técnicas Ion PGM de Ion Torrent, usa tecnología de secuenciación de
semiconductores. Basada en la detección de protones liberados por la polimerasa al incorporar
nucleótidos. Especialmente, se usa para la detección de patógenos y tiene ventajas como
mayor velocidad y menor costo. Posteriormente, Illumina desarrollo MiSeq, que usa
secuenciación por síntesis al igual que GA/HiSeq, y la complementa con conglomerados y
análisis de datos.

Actualmente, se sigue con el desarrollo de estas tecnologías, dando paso a la secuenciación

de tercera generación. Estás técnicas cuentan con dos características principales, no
necesitan PCR antes de la secuenciación y la señal se captura en tiempo real. Entre estás
técnicas esta SMRT, que hace uso de enzimas modificadas y captura los datos de la reacción
enzimática en tiempo real. Por otra parte, se encuentra la secuenciación de nanoporos,
denominada Nanopore. Esta técnica consiste en colocar un hilo de ADN monocatenario por un
poro de α-hemolisina. La lectura de los nucleótidos se da al detectar la diferencia del tamaño
de los dNMP, Nanopore permite secuenciar mas de 5kpb a una velocidad de 1pb por
nanosegundo.

El desarrollo de tecnologías de secuenciación ha permitido la disminución de costos, tiempo y

aumento de la eficiencia y la precisión de los análisis. Además de que permite la evolución de
otras ramas, como la exómica, metagenómica, epigenómica y transcriptómica. Como
estudiante de microbiología, creo que la secuenciación, permite conjuntar otras técnicas, para
tener una mejor comprensión de lo que se estudia. Por ejemplo, la microbiología clásica, con
la genómica, juntas permiten comprender no solo la fisiología y morfología del organismo, sino
además los genes que contiene, las proteínas y otras moléculas que codifica. Dando una visión
más completa del organismo a investigar. La secuenciación es indispensable para el desarrollo
de la investigación, la eficiencia en análisis clínicos e incrementar el conocimiento que tenemos
de la vida.
Referencias

Liu, L., Li, Y., Li, S., Hu, N., He, Y., Pong, R., ... & Law, M. (2012). Comparison of next-
generation sequencing systems. Journal of Biomedicine and biotechnology, 2012.
Zhou, X., Ren, L., Li, Y., Zhang, M., Yu, Y., & Yu, J. (2010). The next-generation sequencing
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