Estructura y

replicación del ADN

Semana 2 Sesión 3

2
 LOGRO DE SESIÓN:
Al término de la sesión, el estudiante
reconoce la estructura del ADN y su
importancia en la replicación.
Secciones

4
REFLEXIÓN DESDE LA
EXPERIENCIA

5
 Evaluemos
Reflexión desde la experiencia

6
 Dogma central de la biología molecular

Link
7
DESARROLLO DEL
TEMA

8
 Contenido

Estructura y propiedades del ADN

Enzimas de la replicación

Etapas de la replicación en procariotas

Replicación del ADN
Replicación del ADN en eucariotas

Replicación del ADN Procariotas vs Eucariotas

9
 Estructura y
propiedades del ADN

10
 ADN: nociones básicas

¿Qué significa? Ácido desoxirribonucleico

Sí, un polinucleótido. Es un ácido

¿Es un polímero? nucleico, una macromolécula

¿Cuál es el ADN El ADN de doble cadena, del tipo

más común? ADN-B (modelo Watson y Crick)

Eucariotas (núcleo,
¿Dónde está el mitocondrias, cloroplastos),
ADN? procariotas (citoplasma), ADN
virus

¿Cuál es su Almacenar, transmitir y expresar

función? la información genética (genes) 11
 Estructura del ADN

Compactación del ADN:

Terciaria • Cromatina (eucariotas)
• Superenrollamiento (bacterias)

Doble hélice, explica la:

Secundaria • Replicación
• transcripción

Secuencia de bases nitrogenadas

Primaria (A, T, C y G)

12
El monómero: el nucleótido

13
 Composición de un nucleótido

Nucleósido

Base
nitrogenada

Presente
solo en el
ARN

Grupo
fosfato
Pentosa
14
 Enlace fosfodiéster
Enlace
fosfodiéster

Nucleótido 1

ADN
polimerasa C
= A
H 2O
Dinucleótido

Nucleótido 2
Dinucleótido
15
Enlace fosfodiéster

16
 ADN de doble cadena
Cadena 5'-3' Puente Cadena 3'-5'
hidrógeno Como la cadena 3’-5’ La figura de la izquierda
P 5’
OH está “de cabeza”, se puede resumirse en este
T 3’
dice que ambas esquema:
A
cadenas son
5’ 3’
P P antiparalelas
G A = T
C Las bases
Enlace P P nitrogenadas forman C ≡ G
fosfodiéster pares de bases
C
G mediante puentes de G ≡ C
hidrógeno y siempre
P P
cumplen la regla de
A complementariedad de T = A
3’ T Chargaff (G-C, A-T), 3’ 5’
OH P 5’ por eso se dice que
ambas cadenas son
complementarias
El esqueleto de azúcar-fosfato (“backbone”) del
ADN es constante, negativo e hidrofílico. Figura modificada de Cummings (2001)
17
ADN de doble cadena:
par de bases

18
 ADN de doble cadena:
par de bases

P T El esquema puede
A
resumirse así:
P A
P A 5’ 3’
T P A = T
Timina Adenina
P A
T = A
T P

P C C T = A
G P

P G G ≡ C
C
Citosina
P
Guanina C ≡ G
3’ 5’
Este ADN de doble cadena de 5 pb puede Este ADN tiene una
resumirse aún más, así: longitud de 5 pares
de bases (pb)
5’ ATTGC 3’

19
 ADN de doble cadena:
Par de bases vs dinucleótido

Un par de bases (pb) consiste

en dos bases
P 5’
OH nitrogenadas complementarias
T 3’ interactuando a través de
A
puentes de hidrógeno, por lo
P P que están presentes
Un dinucleótido G exclusivamente en ADN de
consiste de dos C doble cadena.
nucleótidos unidos NOTA: Un pb es usado como
P P
covalentemente por unidad de longitud del ADN de
enlace fosfodiéster, C doble cadena.
G
dentro de una cadena.
P P

A
3’ T
Trinucleótido
OH 5’
P

Figura modificada de Cummings (2001)

20
 ADN de doble cadena:
Las bases nitrogenadas dejan vacíos entre sí
Bromuro de
etidio

UV

Las bases nitrogenadas son moléculas planas que se esconden en el interior de la doble hélice por ser
21
hidrófobas y se disponen de forma casi perpendicular al plano (30° de inclinación).
ADN de doble cadena:
Surcos mayor y menor

22
 El ADN tiene carga eléctrica negativa
o El ADN exhibe los fosfatos hacia afuera, y como estos tienen carga negativa, son
los responsables de que el ADN tenga carga eléctrica negativa.
o Por esta razón el ADN es capaz de migrar si es sometido a un campo eléctrico
(electroforesis) moviéndose siempre en dirección hacia el electrodo positivo.

23
 El ADN se desnaturaliza con calor (95°C)

El ADN es desnaturalizado
por calor

24

Link
Replicación del ADN

25
 Importancia de la replicación del ADN:
requisito para la división celular
Es indispensable garantizar que cada célula hija reciba una copia del material genético. Por
tanto cada cromosoma debe duplicarse y tener dos cromátides

Replicación
de ADN 2n = 4

(Fase S)

2n = 4
2n = 4 2n = 4

No lista para mitosis Lista para mitosis

26
 ¿Cuándo decide la célula replicar su ADN?
¿Cuándo se replica el ADN?
o Respuesta 1: la célula toma la
decisión de dividirse en fase
G1. Causas: inducción por
hormonas, factores de
crecimiento, embriogénesis,
etc.
o Respuesta 2: Una vez tomada
la decisión en fase G1, la
célula se prepara a entrar a la
fase S que es la etapa en la
que se replica el ADN.
o NOTA: Antes de replicar su
ADN, la célula debe
prepararse: acumular ATP y
de nucleótidos libres (dNTPs)
y alta expresión génica para
producir helicasas,
topoisomerasas, ADN El ciclo celular es un proceso altamente regulado. Fallas
polimerasas, etc. en este control: Cáncer.
27
Replicación en bacterias

28
 Pero ¿cómo se replica el ADN?
o Para comprender la replicación hay que
conocer la estructura secundaria del ADN.
o Y esto se pudo saber gracias a Watson y
Crick (1953): “El ADN tiene dos cadenas
complementarias y antiparalelas”.

29
 Watson & Crick (1953):
La estructura secundaria del ADN

James Watson y Francis Crick junto a su modelo de la doble hélice

del ADN en el Laboratorio Cavendish de Cambridge en 1953.
30
 Watson y Crick sospechaban que el
ADN era capaz de copiarse a sí mismo

Se dieron cuenta que al tener las dos cadenas con bases nitrogenadas apareándose de forma
complementaria, cada cadena resultante (si las dos cadenas de la molécula se separaran) servirían de
molde para la formación de dos cadenas nuevas.

Watson & Crick (1953)

Crick & Watson (1954)

31
 Luego se propusieron modelos
para explicar la replicación del ADN

32
Modelo semiconservativo de Meselson-Stahl

33
El modelo semiconservativo de Meselson-Stahl
explica la perpetuación de las mutaciones

34
Enzimas que
participan en la
replicación
Procariotas

35
 Enzimas de la replicación

(Girasa)

Solomon, 9na edición,

pagina 274

36
Enzimas de la replicación

37
 La ADN polimerasa III sintetiza
ADN en dirección 5’→3’

o Mecanismo de acción de la ADN polimerasa III:

o Adicionados de dNTPs por complementariedad y formación de enlaces
fosfodiéster
o La ADN polimerasa III requiere:
o Un grupo 3’-OH suministrado por el cebador (primer). Con este 3’-OH la
ADN polimerasa III sabe dónde empezar a polimerizar.
o Sustratos: dNTP: los “ladrillos” para sintetizar la nueva cadena. Son
cuatro: dATP, dTTP, dCTP y dGTP
o Iones 𝑀𝑔2+ : es el cofactor enzimático
o Una secuencia de ADN 3’-5’ que sirve de plantilla (“template” o molde)
para sintetizar la nueva cadena complementaria

38
 La ADN polimerasa III sintetiza
ADN en dirección 5’→3’

Link

39
La ADN polimerasa III sintetiza
ADN en dirección 5’→3’ (Vídeo)

40
La ADN polimerasa III sintetiza
ADN en dirección 5’→3’

41
 La ADN polimerasa III sintetiza
ADN en dirección 5’→3’

La ADN polimerasa no
puede agregar
nucleótidos sin un ácido
nucleico existente,
La ADN
necesita un primer. La
polimerasa
solo sintetiza clave es el grupo OH del
ADN de 5’ a 3’ extremo 3’ del primer.

42
La ADN polimerasa III sintetiza
ADN en dirección 5’→3’

43
 Los sustratos de la ADN
Polimerasa III son los dNTPs

44
Otras enzimas de la replicación:
Helicasa y Primasa

45
 La helicasa rompe los puentes
de hidrógeno creando las horquillas

46
Topoisomerasa II (ADN girasa)

47
Etapas de la
replicación en
procariotas

48
 Etapas de la replicación de
ADN en procariotas (𝐸. 𝑐𝑜𝑙𝑖)

1 Iniciación

2 Elongación

3 Terminación
49
 1. Fase de iniciación
o Reconocimiento del OriC, el cual es rico
en A y T, por varias proteínas.
o Las helicasa rompen los puentes de
hidrógeno
o Se forma la burbuja u ojo de replicación
(replicón)
o Una primasa agrega un primer en la
cadena líder
o La topoisomerasa alivia el enrollamiento
o Las proteínas SSB estabilizan las hebras
50
1. Fase de iniciación

51
 2. Fase elongación
o La elongación incluye la síntesis de la
cadena líder (𝑙𝑒𝑎𝑑𝑖𝑛𝑔 𝑠𝑡𝑟𝑎𝑛𝑑) y la síntesis
de la cadena rezagada o retrasada
(𝑙𝑎𝑔𝑔𝑖𝑛𝑔 𝑠𝑡𝑟𝑎𝑛𝑑)
o Al haber dos horquillas (‘forks’), la
elongación es bidireccional y a medida
que cada horquilla avanza en su
respectiva dirección, la burbuja u ojo de
replicación crece.
o La elongación es semidiscontinua
(asimétrica): continua en la cadena líder y
discontinua en la cadena rezagada.
52
 Horquillas de replicación
o Los extremos de la burbuja de replicación son las horquillas o ‘forks’
(forma de “Y”)
o En cada horquilla se posa un replisoma, i.e. el conjunto de enzimas
que sintetizan ADN: helicasa, primasa, ADN Polimerasa III y SSBs.

53
Burbuja y horquillas de replicación

54
La replicación de la cadena líder es continua

55
 La replicación en la cadena
rezagada es discontinua

o La enzima ADN polimerasa III que tiene dos dominios, hará un

loop en la cadena rezagada para poder sintetizar en dirección 5’-
3’ a medida en la misma dirección de la horquilla.
o Los extremos 3’OH en esta cadena son otorgados por
cebadores de ARN transitorios producidos por la primasa que
está ubicada al lado de la helicasa.
o Por cada cebador de ARN, la ADN pol III sintetizará segmentos
de ADN cortos llamados fragmentos de Okazaki.
o La ADN pol I remueve los cebadores de ARN y los reemplaza
por ADN.
o La enzima Ligasa forma los fosfodiéster sellando el ADN nuevo.
56
 La replicación de ADN es
bidireccional y semidiscontinua

57
La replicación de ADN semidiscontinua

58
 3. Fase de terminación
o La replicación en las horquillas termina
cuando la dos horquillas se encuentran,
se liberan los dos ADNs circulares y las
enzimas también se retiran.

59
Replicación del ADN
en eucariotas

60
 La replicación del ADN en eucariotas
o Ocurre en la fase S del ciclo celular
o En eucariotas la replicación ocurre dentro del núcleo.
o Los cromosomas son ADNs lineales que tienen múltiples
orígenes de replicación.
o La replicación termina cuando todas las burbujas se encuentran
liberando a las dos nuevas cromátides hermanas.
o En algunas células, los extremos son extendidos por la
telomerasa. En la mayoría, un tramo se pierde en cada
replicación.

61
 La replicación del ADN en eucariotas
o Las enzimas involucradas son ligeramente diferentes.
o Múltiples orígenes de replicación (aprox. 1000 por cromosoma)
o ADN polimerasas: alfa, delta y épsilon
o Los fragmentos de Okazaki son más pequeños que los de las
bacterias.
o No se requiere ADN girasa
o Proceso lento (100 nt por segundo)

62
La replicación del ADN en eucariotas

63
La replicación del ADN en eucariotas

Cromátides
hermanas
64
La replicación del ADN en eucariotas

65
La replicación del ADN en eucariotas
Vídeo

66
Burbujas de replicación en eucariotas

Zhang & Bechhoefer (2006)

67
 El problema del extremo del cromosoma:
El acortamiento del telómero
o Sabemos que primer de ARN es creado por
una primasa y que luego es reemplazado por
ADN por la ADN Pol II usando como punto
de inicio el fragmento de Okazaki detrás.
o Pero al extremo de un cromosoma, luego de
que se retire el último primer de ARN, éste
no puede ser reemplazado por ADN porque
no hay fragmento de Okazaki que sirva de
inicio.
o Como consecuencia toda esta región del
último primer de ARN y algo más, se queda
sin copiar, y se pierde en cada ronda de
replicación.
o Este se denomina acortamiento del telómero
y es la causa principal de la senescencia.
68
El problema del extremo del cromosoma:
El acortamiento del telómero

69
El problema del extremo del cromosoma:
El acortamiento del telómero

70
Algunas células mantienen su
telómero con la telomerasa

71
 Replicación del ADN
Procariotas vs Eucariotas
Resumiendo

72
 Replicación de ADN:
procariotas vs eucariotas

73
 Replicación de ADN:
procariotas vs eucariotas

74
 Replicación de ADN:
procariotas vs eucariotas

75
INTEGREMOS LO
APRENDIDO

76
 La replicación tiene tres características
SEMICONSERVATIVA BIDIRECCIONAL Y DISCONTINUA
5’ 3’ 5’ 3’ 5’ 3’

3’ 5’ 3’ 5’ 3’ 5’

77
 La replicación tiene tres características
Característica Descripción Imagen

Semiconservativa Cada cadena sirve de molde para fabricar una nueva.

Por ello cada cromátide conserva una cadena antigua y
una es nueva recién sintetizada.
Bidireccional A partir de cierto punto de origen se van a sintetizar
cadenas nuevas en ambos sentidos generándose una
“burbuja” (‘replicón’) de dos horquillas (‘forks’). La
replicación ocurre en las horquillas. A medida que las
horquillas se alejan entre sí la burbuja crece. La
replicación termina cuando horquillas se encuentran.
Semidiscontinua En cada “semiburbuja” hay una horquilla con enzimas
(asimétrica) trabajando en la síntesis de cadenas de ADN nuevas:
una cadena líder que se sintetiza de forma continua y
una cadena rezagada que se sintetiza de forma
discontinua o en fragmentos.
78
 Apliquemos lo aprendido
o ¿Qué técnica de la biología molecular crees que nació del fruto
de comprender la replicación del ADN?
o ¿Puede existir división celular sin replicación? Y al revés ¿Puede
no existir división celular luego de una replicación?
o ¿Cómo usar los conocimientos de la replicación de ADN para
ayudar a controlar ciertas infecciones bacterianas?

79
 Quinolonas: antibióticos que bloquean la
replicación en bacterias al inhibir a la girasa

Ácido
nalidíxico
(Quinolona)

Norfloxacino
(Quinolona)

Novobiocina

80
 Quinolonas: antibióticos que bloquean la
replicación en bacterias al inhibir a la girasa

Ciprofloxacino

81
 Integramos lo aprendido
o ¿Qué diferencias hay entre las replicación procariota y
eucariota?
o ¿Por qué es importante conocer el proceso de replicación?
o ¿Por qué es importante el mecanismo de corrección de las ADN
polimerasas?

82
 Actividad asincrónica
o Lectura:
o DNA Synthesis: Doubling your genetic stuff en Molecular and cell biology
for dummies. Wiley publishing, inc. 257-266
o Videos Youtube
o DNA replication in prokaryotic cell 3D animation with subtitle (Link)
o DNA Replication (Link)
o DNA Replication Animation - initiation, elongation and termination (Link)

83
MUCHAS GRACIAS