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µ A
Transcripción Traducción
O
ADN ARN PROTEÍNA
Retrotranscripción
Replicación
/
Reparación PROTEÍNA
/
Recombinación
Las secuencias de nucleótidos del ADN codifican la estructura primaria de todos los ARN y proteínas celulares, y a
través de las enzimas, influyen indirectamente en la síntesis del resto de constituyentes celulares, determinando el
tamaño, forma y función de todos los seres vivos
Las proteínas son las herramientas por las cuales se llevan a cabo las acciones de la célula.
El ADN contiene la info para sintetizar esas proteínas.
Extremo 5’
Durante la replicación del ADN en la célula, cada
una de las dos cadenas de ADN originales actúa s C
,
cadena completa. s
:
ADN polimerasa, la dirección de síntesis es 5’ a 3’.
Extremo 5’
Desoxirribonucleósido 5’ trifosfato
Pirofosfato
trifosfsto entrante
Cadena Crecimiento de la
cebadora cadena en sentido
5’ a 3’
Cadena
patrón
Como se indica, la ADN polimerasa cataliza la adición por etapas de un desoxirribonucleótido al extremo 3’-OH de
una cadena polinucleotídica, la cadena cebadora, que está apareada a una segunda cadena patrón. De este modo, la
cadena de ADN sintetizada de novo crece en sentido 5’ a 3’. Cada desoxirribonucleósido trifosfato entrante tiene que
aparearse con la cadena patrón para que la ADN polimerasa lo reconozca, por lo que esta cadena determina cuál de
los cuatro desoxirribonucleótidos (A, C, G o T) será añadido. La reacción está impulsada por una variación muy
favorable de energía, provocada por la liberación de pirofosfato y su posterior hidrólisis en dos moléculas de fosfato
inorgánico.
“Dedos” “Pulgar”
Desoxirribonucleósido
trifosfato entrante
D.)
Cadena
patrón
Incorporación de un
Posicionamiento del nucleótido seguido de la
desoxirribonucleósido translocación del ADN
trifosfato entrante
Cadena
cebadora
ADN polimerasa
Desoxirribonucleósido
Forma de una molécula de ADN polimerasa, determinada por cristalografía trifosfsto entrante
de rayos X. De un modo gráfico, las ADN polimerasas se parecen a una
mano derecha, con los dedos y el pulgar sujetando el ADN y formando el
Pulgar
centro activo. En la secuencia de figuras que se muestra, el posicionamiento
Cadena
correcto de un desoxirribonucleósido trifosfato entrante provoca que los patrón
dedos de la polimerasa se cierren e inicien así la reacción de adición de un
nucleótido. La disociación de un pirofosfato provoca la relajación de los
dedos y la translocación del ADN de un nucleótido de manera que el centro
activo de la polimerasa quede preparado para recibir al siguiente Dedos Cadena
cebadora
desoxirribonucleósido trifosfato.
Palma
- En primer lugar necesita los sustratos, que para el caso de la ADN polimerasa son los desoxirribonucleósidos
trifosfato, el desoxirribonucleótido entrante también aporta la energía necesaria para síntesis de ADN.
- Segundo, es necesario un cebador. Un cebador es un segmento de cadena (complementario del molde) con un
grupo 3’-OH libre apareado al cual pueden añadirse nucleótidos. Dicho de otra forma, parte de la cadena nueva ya
tiene que encontrarse en su lugar. Los cebadores son a menudo oligonucleótidos de ARN, en lugar de ADN, enzimas
especializadas sintetizan los cebadores donde y cuando son requeridos.
- Además, todas las ADN polimerasas requieren un molde. La reacción de polimerización está dirigida por una
cadena molde de ADN según las reglas de apareamiento de bases A-T y C-G.
Nueva Nueva
Luego de la primera Vieja
replicación en 14 N
ADN híbrido
( 15 N — 14 N)
ADN ligero
( 14 N)
Luego de la segunda ADN híbrido
replicación en14N
Resultados:
Experimento de Meselson y Stahl
Densidad → Densidad →
1- Se cultivaron células durante muchas generaciones en un medio que contenía
sólo nitrógeno pesado, 15N, de modo que todo el nitrógeno del ADN era 15 N, tal
como lo muestra la presencia de una única banda (azul) cuando el ADN fue
centrifugado en un gradiente de CsCl.
2- seguidamente, se transfirieron las células a un medio que sólo contenía
nitrógeno ligero, 14N. El ADN celular aislado después de la primera generación
alcanzó el equilibrio en una posición superior del gradiente de CsCl (banda
púrpura).
3- La segunda generación dio dos híbridos y dos ADN ligeros (rojo), confirmando la
replicación semiconservativa.
Elaboraba : TENDERME
•
Elaborada : TENDERME
•
EBaawaaazg.ee
: TENERME
•
Desenrollamiento
→
irregulares
Elongación de la cadena conductora
¥ :#
6 Síntesis del primer de la cadena rezagada
# :#
Elongación de la cadena rezagada
→ E-
.
Ligación de la hebra
5’
3’ 5’
Cuando se separan las dos hebras complementarias de
3’ 5’
ADN en el origen de replicación, se abre la “burbuja de
replicación” que posee dos “horquillas de replicación” en
Burbuja de replicación
cada extremo de la burbuja, que avanzan en direcciones Origen de replicación
opuestas produciendo una extensión de esa burbuja de
replicación.
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Fragmentos de mahoma
:
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↳ a.
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apertura de la horquilla Moana
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AreaKlan
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AreaKlan Arozamena
Características de la replicación:
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q q.aa.mg
SEMICONSERVATIVA
Arozamena Arozamena
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BIDIRECCIONAL
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)
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÷ Mecanismo
SEMIDISCONTINUA
Minerva Minerva
Arozamena
' '
3
'
s
'
3 s
La hebra nueva de ADN (rojo) se sintetiza siempre en la dirección 5’ → 3’, siendo el 3’–OH libre el punto de
elongación del ADN. Debido a que las dos candas de ADN son antiparalelas, la cadena que sirve de molde es leída
en dirección opuesta, 3’ → 5’.
Si la síntesis transcurre siempre en la dirección 5’ → 3’, ¿cómo pueden sintetizarse las dos cadenas
simultáneamente? Si las dos fuesen sintetizadas continuamente a medida que se desplaza la horquilla de
replicación, una tendría que ser sintetizada en dirección 3’ → 5’. Este problema fue resuelto por Reiji Okazaki, quien
descubrió que una de las cadenas nuevas de ADN se sintetiza en forma de trozos cortos, denominados
fragmentos de Okazaki.
Una de las cadenas es sintetizada de modo continuo y la otra de modo discontinuo. La cadena continua, o cadena
conductora o líder, es aquella cuya síntesis en dirección 5’ → 3’ es transcurre en la misma dirección que el
movimiento de la horquilla de replicación. La cadena discontinua, o cadena rezagada, es aquella cuya síntesis en
dirección 5’ → 3’ transcurre en dirección opuesta a la dirección del movimiento de la horquilla (llamada “punto hacia
atrás”)
En las bacterias, los fragmentos de Okazaki tienen una
longitud de 1.000 a 2.000 nucleótidos. En las células
Horquilla de replicación Horquilla de replicación
eucariotas tienen de 150 a 200 nucleótidos.
Los fragmentos de Okazaki son unidos a continuación 5’ 3’
=
5’
5’
5’
_
3’
3’ 5’
Burbuja de replicación
Origen de replicación
Tautomerización: reordenamiento de
modo tal que una base, en forma
transitoria, puede ser similar a otra. Este
proceso es rápidamente reversible.
El primer paso en el proceso de “corrección de galeradas” lo lleva a cabo la ADN polimerasa y tiene lugar justo
antes de la adición de un nuevo nucleótido a la cadena en crecimiento. El nucleótido correcto tiene mayor
afinidad por la polimerasa en movimiento que el nucleótido incorrecto porque solamente el que es correcto puede
aparearse adecuadamente con el patrón. Además, después de la unión del nucleótido, pero antes de que sea
incorporado covalentemente a la cadena en crecimiento, la enzima ha de sufrir un cambio conformacional. Un
nucleótido incorrecto es más probable que se disocie durante este paso que otro correcto. Por lo tanto, este paso
permite que la polimerasa compruebe dos veces la geometría exacta de las bases apareadas antes de que
catalice la adición de nucleótidos.
Las enzimas de ADN polimerasa no pueden empezar una cadena de nucleótidos uniendo dos nucleósidos
trifosfato, necesitan la presencia de un extremo 3’—OH libre de una cadena cebadora sobre la que añadir los
nucleotidos siguientes.
Las moléculas de ADN que presentan errores de apareamiento (o con falta de algún apareamiento) de
nucleótidos en el extremo 3’–OH de la cadena cebadora no son efectivas como cadena patrón porque la
polimerasa no puede alargar tal cadena. Las moléculas de ADN polimerasa son capaces de trabajar con cadenas
de ADN defectuosas de este tipo usando un sitio catalítico diferente (ya sea en otra subunidad o en un dominio
distinto de la molécula de polimerasa). Esta exonucleasa correctora 3’ a 5’ corta cualquier residuo desapareado
del final de la cadena cebadora y continúa hasta que se ha eliminado un número suficiente de nucleotidos del
extremo 3’ como para regenerar un extremo con bases apareadas que pueda cebar la síntesis del ADN. Así, la
ADN polimerasa actúa como una enzima “autocorrectora” que va eliminando sus propios errores de
polimerizacion a medida que avanza por el ADN.
El requerimiento de la presencia de un extremo de ADN formado por un apareamiento perfecto de bases es
esencial para que se den las propiedades de “autocorrección” de la ADN polimerasa.
Si existiera una ADN polimerasa que añadiera desoxirribonucleósidos trifosfato de forma que produjera el
crecimiento de la cadena en dirección 3’ a 5’, el extremo 5’ en crecimiento transportaría el trifosfato activador
en lugar de hacerlo el mononucleótido entrante. En este caso, los errores de polimerización no serían
simplemente eliminados por hidrólisis ya que la síntesis de un extremo 5’ desnudo terminaría inmediatamente
la síntesis delADN.
Cuando se elimina
un nucleótido por
“corrección de pruebas”
se produce un extremo 5’
desoxirribonucleósido
trifosfato correcto
entrante
ÍÍ
Inmediatamente después del paso de la horquilla de replicación,
hay un corto período de tiempo (unos pocos segundos o
C 3
minutos), durante el cual la hebra molde está metilada mientras
: que la cadena recién sintetizada no lo está. El estado transitorio
'
s
'
3
C 3 C 3
' '
3 o
°
" °
MutS
°
Mut L Finalización de la reparación de
] 3 3 MutH
.
apareamientos incorrectos:
La acción combinada de la ADN helicasa II, la
C 3 C 3 C 3 C 3 SSB y una de entre 4 exonucleasas diferentes
-
o ] 3 3 .
La ADN polimerasa utiliza el extremo 3’–OH libre apareado del cebador y elonga
la cadena de ADN a partir de este extremo para empezar un fragmento de
Okazaki. La síntesis de cada fragmento de Okazaki acaba cuando esta ADN
polimerasa se encuentra con el cebador de ARN del fragmento anterior de ADN.
Para producir una cadena continua de ADN a partir del gran número de
fragmentos sintetizados sobre la cadena rezagada, rápidamente actúa un
sistema especial de reparación del ADN que elimina el cebador de ARN y
lo sustituye por ADN. A continuación, una enzima llamada ADN Ligasa
une el extremo 3’ de cada nuevo fragmento de ADN al extremo 5’ del
fragmento anterior, completando así el proceso.
:-|
Absorción de luz de 260-nm
monohebra
Porcentaje de pares G–C
. ]
3 3
Las proteínas de unión a monohebra (SSB de Single Strand DNA-binding) se unen fuertemente y de un modo
cooperativo a cadenas de ADN abiertas, sin tapar las bases de la cadena, las cuales, por lo tanto, quedan
disponibles para actuar como patrón.
Abrazadera deslizanre
ADN polimerasa sobre
Cadena recién la cadena conductora
sintetizada
El próximo fragmento de
Okazaki empezar aquí a o h E a a i a @ M 4 i B G .d l G
.ua
Cebador de ARN
BABETTE ADN helicasa
ADN primasa Primosoma
Fragmento de Okazaki nuevo
go.gov.sa Proteínas de unión
apago
a monohebra (SSB)
T.I.ae
Cadena retrasada patrón
En la horquilla actúan dos moleculas de ADN polimerasa, una en la cadena conductora y la otra en la retrasada. La
hélice de ADN se va abriendo mediante la acción de la Helicasa que se va desplazando por las cadenas que tiene
por delante. La apertura de la hélice esta favorecida por moléculas de proteínas de unión cooperativa al ADN
monohebra (las SSB). Mientras que la molécula de ADN polimerasa que actúa sobre la cadena conductora puede
proceder de una forma continua, la que actúa sobre la cadena rezagada (o retrasada) ha de volver a empezar a
intervalos, usando como cebador cortos segmentos de ARN sintetizados por una molécula de ADN Primasa.
La eficiencia de la replicación aumenta notablemente gracias a la estrecha asociación de todos estos componentes
proteicos.
En procariotas, la molécula de primasa se une directamente a la ADN helicasa, formando un complejo doble la
cadena rezagada, denominado primosoma. El primosoma se desplaza con la horquilla y a medida que va
avanzando va sintetizando cebadores (o primers) de ARN. De forma similar, la molécula de ADN polimerasa que
sintetiza ADN sobre la cadena retrasada se desplaza de forma coordinada con el resto de las proteína, sintetizando
una sucesión de nuevos fragmentos de Okazaki.
Cadena
conductora patrón ADN polimerasa sobre
Parece que para acomodar este ordenamiento, la
la cadena conductora
cadena retrasada se va plegando de nuevo tal como se
indica en la imagen inferior derecha. Este ordenamiento Cadena recién
aurga.w.mg
también facilita la unión de la abrazadera de la sintetizada ADN helicasa
polimerasa cada vez que se sintetiza un fragmento de Proteínas
AMEBLO.HN?aeagGnuao.Baaaa.
Okazaki: el cargador de la abrazadera y la ADN de unión a ADN primasa
monohebra
polimerasa de la cadena retrasada se mantienen en su (SSB) Cadena retrasada
Taaaan
aBBbggiwG⑨
lugar como parte de la maquinaria proteica, incluso
cuando se separan del ADN. Así pues, las proteínas de Da patrón
Fragmento de
Cebador
de ARN
aREoa.w a@%aBaa.-Boaro y.Ee%ga .BR
aaaaa.edu
Okazaki nuevo
.
ADN helicasa
Abrazadera ADN polimerasa α / primasa
deslizanre
apaña
D••⑤%
Proteínas de unión
a monohebra (SSB)
Cadena retrasada patrón
nada
Cargador de la abrazadera
ADN polimerasa δ
En eucariotas, las máquinas de replicación están formadas por más componentes proteicos que en sus homólogos
de bacterias, a pesar de que las funciones básicas son las mismas.
Así, por ejemplo, la proteína de unión a ADN monohebra (SSB) en eucariotas está formada por tres subunidades,
mientras que en bacterias solamente tiene una subunidad.
De forma similar, la ADN primasa se incorpora a una enzima con varias subunidades llamada polimerasa α. La
polimerasa α empieza cada fragmento de Okazaki en la cadena retrasada con ARN y luego alarga este cebador de
ARN con un corto fragmento de ADN, antes de ceder el extremo 3’ de este cebador a una segunda enzima, la
ADN polimerasa δ. Esta segunda ADN polímeros sintetiza entonces el resto de cada fragmento de Okazaki con la
ayuda de una proteína abrazadera.
Este mecanismo asegura que el extremo 3’ del ADN de cada telomero sea
siempre un poco más largo que el extremo 5’ con el que está apareado,
dejando un extremo protuberante de cadena sencilla. Se ha demostrado que
este extremo protuberante se curva hacia atrás introduciendo su extremo de
cadena sencilla en el ADN dúplex de la secuencia telomérica repetitiva. De
este modo, el extremo normal de un cromosoma tiene una sola estructura, que
lo protege de las enzimas degradativas y lo distingue claramente de los
extremos de moléculas de ADN rotas que la célula repara rápidamente.
El ADN sufre cambios importantes como resultado de fluctuaciones térmicas, por ejemplo:
Cada día, el ADN de una célula humana pierde aprox 5.000 bases púricas (A y G) porque los enlaces N-
glicosídicos entre estas bases y la desoxirribosa se hidrolizan espontáneamente: despurinación
También se produce la desaminación de citosina a uracilo a una tasa de aprox 100 bases por célula y día.
Las bases de ADN también se pueden dañar ocasionalmente mediante metabolitos reactivos (como las
formas reactivas del oxígeno) o por productos químicos del ambiente.
Asimismo, a luz UV del sol puede favorecer a la formación de un enlace covalente entre dos bases de
pririmidina del ADN, formándose un dímero de pirimidina.
Las alteraciones espontáneas, de no corregirse, podrían llevar a la eliminación de uno o más pares de bases, o
bien a la sustitución de un par de bases de la cadena de ADN hija. Entonces la mutación se propagaría a la
siguiente generación celular cuando el ADN se replica. Una tasa tan alta de cambios al azar en la secuencia de
ADN tendría consecuencias desastrosas para un organismo.
La desaminación de la citosina, si no se corrige, da lugar a la sustitución de una base por otra cuando se replica el
ADN. La desaminación de la citosina produce un uracilo. El uracilo difiere de la citosina en sus propiedades de
apareamiento de bases y preferentemente se aparea con adenina. Así, cuando la maquinaria de replicación del ADN
se encuentre con un uracilo en la cadena patrón, añade una adenina.
Si no se corrige, la despurinación puede dar lugar a la sustitución o a la pérdida de un par de nucleótidos. Cuando
la maquinaria de replicación detecta la ausencia de una purina en la cadena patrón, puede saltar al siguiente
nucleótido completo produciendo de este modo la eliminación del nucleótido en la cadena recién sintetizada, que
como consecuencia generará un corrimiento del marco de lectura (que alteraría completamente la secuencia de AA
de una proteína por ejemplo).
Los enlaces covalentes entre bases (como los dimeros de pirimidina) generan una anormalidad estructural en el
ADN
La estructura de doble hélice del ADN es muy adecuada para la reparación porque lleva dos copias separadas de
toda la información genética, una en cada una de sus dos cadenas. Así, cuando se daña una de las cadenas, la
cadena complementaria retiene una copia intacta con la misma información y esta copia generalmente es utilizada
para restaurar la secuencia correcta de nucleótidos en la cadena dañada.
Cada célula tiene muchos sistemas de reparación del ADN, cada uno de los cuales tiene sus propias enzimas y
preferencias por el tipo de alteración que reconocen. Muchos de estos sistemas utilizan la cadena no alterada de la
doble hélice como patrón para reparar la cadena dañada.
Vas vías de reparación más comunes son la reparación por eliminación de base y la reparación por eliminación de
nucleótidos. En ambos casos, la porción del ADN dañada es eliminada, se restablece la secuencia original de ADN
mediante una ADN polimerasa que utiliza la cadena no dañada como patrón y la rotura que queda en la doble hélice
de sella mediante la ADN ligasa. Se diferencian en cómo se elimina la alteración de la cadena de ADN.
Los mecanismos de reparación descriptors no pueden operar en virus que poseen como material
genético ADN o ARN de cadena simple.
Otro tipo de reparación todavía más efectivo aprovecha el hecho de que las células diploides contienen dos copias
de cada doble hélice. En la unión de extremos homólogos se recurre al mecanismo de recombinación general
para transferir la información de la secuencia de nucleótidos desde una doble hélice intacta al lugar de la rotura de
la otra doble hélice. Esto requiere proteínas de recombinación especiales que reconozcan áreas de la secuencia de
ADN que coincidan en los dos cromosomas, y que las acerquen. A continuación, se repara el cromosoma dañado
sin que se haya producido ningún cambio en la secuencia del ADN, mediante un proceso de replicación del ADN en
el que se utiliza al cromosoma no dañado como patrón para transferir la información al cromosoma roto.
En las células que han replicado su ADN pero que aún no se han dividido, este tipo de reparación puede darse
rápidamente entre las dos moleculas hermanas de ADN en cada cromosoma; en este caso, no es necesario que los
extremos rotos encuentren la secuencia de ADN coincidente en el cromosoma homólogo.
A pesar de estar presente en humanos, este tipo de reparación predomina en bacterias.
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