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Resolución Taller 2 - Enzimas y Cinética Enzimática
Resolución Taller 2 - Enzimas y Cinética Enzimática
Aspectos moleculares de las reacciones enzimáticas: sustrato, sitio activo, grupos prostéticos,
coenzimas.
Cinética de las reacciones enzimáticas: Cinética química. Velocidad inicial de reacción (v0),
dependencia de la velocidad inicial de la concentración de enzima y sustrato. Formación del
complejo enzima-sustrato. Ecuación de Michaelis-Menten. Representaciones gráficas. Significado de
Vmax, KM, y constante catalítica kcat. Efecto del pH y la temperatura sobre la actividad enzimática.
Gráfico de doble recíproca, para determinación de Vmax y KM. Inhibidores.
Concepto teórico sobre la velocidad catalizada por una enzima con cinética del tipo Michaeliana:
b) Plantee las ecuaciones de velocidad para cada uno de los pasos de la reacción
catalizada por la enzima (v1, v-1 y v2).
Recuerde que para una reacción del tipo: A + B ↔ C, la velocidad de formación de C es: v1 =
k1 [A][B] y la velocidad de formación de A + B, v-1 = k-1 [C]
e) ¿Qué ocurre con la velocidad de la reacción si aumenta la [E]? ¿Qué ocurre con la
velocidad de reacción si aumenta la [S]?
b) 𝑣1 = 𝑘1[𝑆][𝐸]
𝑣−1 = 𝑘−1[𝐸𝑆]
𝑣2 = 𝑘2[𝐸𝑆]
𝑣1 es la velocidad de formación del complejo ES.
𝑣1 = 𝑣2 + 𝑣−1
c) En este caso, la ecuación de velocidad para la formación de producto es 𝑣2 = 𝑘2[𝐸𝑆], es decir que
la velocidad de formación de producto depende de la constante de velocidad 𝑘2 y de la
concentración del complejo enzima-sustrato ([ES]).
La velocidad es máxima cuando la enzima está saturada, es decir que toda la enzima (Et) está unida
al sustrato formando el complejo enzima-sustrato (ES). En estas condiciones [ES] = [Et] por lo tanto
𝑉𝑚𝑎𝑥 = 𝑘2[𝐸𝑡].
La constante catalítica 𝑘𝑐𝑎𝑡 es la constante del paso limitante de la velocidad, por eso
𝑉𝑚𝑎𝑥 = 𝑘𝑐𝑎𝑡[𝐸𝑡].
𝑉𝑚𝑎𝑥. [𝑆]
𝑣𝑜 = 𝐾𝑚 + [𝑆]
Si analizamos la ecuación vemos que la velocidad inicial de la reacción catalizada (𝑣𝑜) depende de la
concentración inicial de sustrato ([S]), la constante de Michaelis-Menten (𝐾𝑚), y de la velocidad
máxima (𝑉𝑚𝑎𝑥).
𝐾𝑚 es una constante que depende de la constantes de velocidad de cada paso (𝑘1, 𝑘−1 y 𝑘2).
𝑉𝑚𝑎𝑥 = 𝑘𝑐𝑎𝑡[𝐸𝑡], por lo tanto la velocidad de la reacción (𝑣𝑜) también depende de la concentración
total de enzima ([Et])
e) Si aumenta la concentración de enzima [Et] aumenta la Vmax, por lo tanto aumenta 𝑣𝑜. Si
aumenta la [S] también aumenta 𝑣𝑜.
a) ¿Qué se grafica?
b) ¿Cómo se calcula la velocidad inicial
de la reacción (vo)? ¿Por qué se mide
la velocidad inicial (vo) de la reacción
en vez de la velocidad en otro intervalo
de tiempo (por ej. al final)?
c) Determine en forma aproximada la vo
de la reacción para el tubo 1 y para el
tubo 2.
d) ¿Cuál puede ser la diferencia entre el
tubo 1 y 2?
e) Represente sobre el mismo gráfico lo que se observaría poniendo la mitad de [enzima]
que en el tubo 2. ¿Cuál sería la vo en este caso?
f) ¿Cómo sería el gráfico si se midiera la concentración del compuesto A en función del
tiempo?
Gráficos: Concentración de producto (izquierda) o de sustrato (derecha) en función del tiempo. La pendiente
de la región lineal de este gráfico cercana al tiempo 0, marcada con una línea roja, corresponde a la velocidad
inicial.
d) Las diferencias entre los tubos pueden ser varias, por ejemplo la concentración de
enzima, la concentración de sustrato, la temperatura, el pH, la presencia de un inhibidor
de la enzima.
a) ¿Cómo se construye el gráfico de velocidad inicial (vo) en función de [S] a partir del
gráfico del ejercicio 2?
b) Al gráfico le faltan las unidades, ¿qué unidades pueden tener la velocidad inicial y la
concentración de sustrato?
c) Indique qué información puede obtener de un gráfico como este.
d) Plantee esquemáticamente el gráfico de doble recíproco o gráfico de
Lineweaver-Burk, indique qué información puede obtener y las ventajas de realizar
un gráfico de este tipo.
a) Este es un gráfico de Michaelis-Menten, muestra cómo varía la velocidad inicial de la reacción (vo)
en función de la concentración de sustrato ([S]). Para construir un gráfico como este se debe
determinar la vo en diferentes tubos de reacción, cada uno con una [S] diferente y la misma [E]. En
cada caso debemos medir el aumento en la [P] (o la disminución en la [S]) en el tiempo, realizar una
gráfico como el anterior (ejercicio 2), y determinar la pendiente al inicio de la curva para determinar
la vo a cada [S].
b) En el eje de las abscisas (x) se encuentra la [S], por lo tanto las unidades serán de concentración,
por ejemplo M, mM, μM, nM. En el eje de las ordenadas (y) se encuentra la velocidad inicial (vo) que
tiene unidades de concentración por unidad de tiempo, por ejemplo mM/min, mM/s, μM/min.
Recordemos que:
1 𝐾𝑀 1 1
𝑣0
= 𝑉𝑚á𝑥
· [𝑆]
+ 𝑉𝑚á𝑥
La ventaja de este gráfico es que se obtiene una recta de la cual se pueden obtener fácilmente los
parámetros cinéticos de la enzima. El corte con el eje de las ordenadas es 1/Vmáx y la pendiente
corresponde a Km/Vmáx.
𝑉𝑚𝑎𝑥. [𝑆]
𝑣𝑜 = 𝐾𝑚 + [𝑆]
100𝑢𝑀/𝑚𝑖𝑛 𝑥 0.5 𝑢𝑀
Si [S]= 0.5 uM entonces vo= 5 𝑢𝑀 + 0.5 𝑢𝑀
= 9.1 uM/min.
Como podemos ver, al aumentar 10 veces la concentración de sustrato (de 50 uM a 500 uM)
el incremento en la velocidad inicial es muy pequeño, esto se debe a que la enzima se
encuentra saturada con el sustrato y por lo tanto funciona prácticamente a su velocidad
máxima.
c) La línea punteada señala el valor de velocidad máxima (Vmax). En este caso ambas enzimas
tienen la misma Vmax.
b) ¿Cuál es el efecto de J sobre los parámetros cinéticos evaluados? ¿A qué tipo de modulador
corresponde J?
a) La figura muestra el gráfico de dobles recíprocos (1/vo versus 1/[S]). A partir de esta gráfica
se puede determinar la Vmax y el KM.
1 𝐾𝑀 1 1
Recordemos que:
𝑣0
= 𝑉𝑚á𝑥
· [𝑆]
+ 𝑉𝑚á𝑥
y = a. x + b
1 1
En presencia de J: ⇒ 𝑉 = 𝑏 (𝑜𝑟𝑑𝑒𝑛𝑎𝑑𝑎 𝑒𝑛 𝑒𝑙 𝑜𝑟𝑖𝑔𝑒𝑛)
= 0,683
= 1. 46 𝑚𝑀/𝑚𝑖𝑛
𝑚á𝑥
1 1
En ausencia de J: ⇒ 𝑉 = 𝑏 (𝑜𝑟𝑑𝑒𝑛𝑎𝑑𝑎 𝑒𝑛 𝑒𝑙 𝑜𝑟𝑖𝑔𝑒𝑛)
= 0,689
= 1. 45 𝑚𝑀/𝑚𝑖𝑛
𝑚á𝑥
b. Con los valores obtenidos de los parámetros cinéticos podemos observar que Vmáx no varía
mientras que KM aumenta. Por lo tanto J es un inhibidor competitivo.
TALLER COMPUTACIONAL
A. Busque la reacción que cataliza la enzima seleccionada y busque en qué vía participa.
B. Diseñe el tubo de reacción que tendrá que preparar para estudiar la actividad (velocidad de
la enzima) para la concentración de 8 nM de enzima y 200 uM de citrato. Defina cómo puede
determinar la velocidad de la reacción de manera experimental.
C. Realice un bosquejo gráfico de cómo espera que cambie la concentración de sustrato y la
concentración de producto en función del tiempo. Defina el concepto de velocidad inicial.
D. Utilizando la siguiente hoja de cálculo (haga una copia desde Archivo):
https://docs.google.com/spreadsheets/d/1pOwoi8hVorDWBsqUwkn8aHRL4oYKX1PkU7icLB
M9QPs/edit?usp=sharing
Para medir la velocidad de la reacción, debemos medir la concentración de sustrato (en este caso el
citrato) o la concentración del producto ( en este caso el isocitrato) en el tiempo. En esta caso en
particular también se puede medir la concentración del producto intermedio cis-aconitato en función
del tiempo. En este caso decidimos medir la concentración de cis-aconitato, ya se puede determinar
midiendo la Absorbancia con un espectrofotómetro
Para determinar la velocidad debemos medir la [cis-aconitato] a distintos tiempos luego del agregado
de la enzima y gráficar la [cis-aconitato] en función del tiempo. La pendiente del tramo recto inicial
del gráfico corresponde con la velocidad inicial de la reacción, para esa concentración de sustrato y
de enzima.
C.
La ecuación de una recta corresponde con Y = a x + b, siendo “a” la pendiente de la recta. Para esta
concentración de sustrato (200 uM) y de enzima (8 nM) la vo= pendiente= 4.31 uM/min.
-Para analizar lo que ocurre cuando la [E]= 0 o [E]= 16 nM = 0.016 uM, cambiamos en el cuadrado
naranja el valor de la concentración de enzima en el tubo de reacción, y obtenemos nuevos
gráficos:
Al agregar [E]= 0.016 uM obtenemos un nuevo gráfico. Se observa que hasta el minuto 15 estamos
en condiciones de vo y la gráfica tiene un comportamiento lineal. Por lo tanto en el cuadrado rojo se
elige el punto correspondiente a los 15 min (punto 5) y se obtiene una gráfica nueva:
Gráfico. Concentración de cis-aconitato(eje de las ordenadas (y)) en función del tiempo (eje de las abscisas (x))
para una concentración de citrato de 200 uM y enzima de 16 nM. La pendiente de la región lineal de este
gráfico, marcada como línea roja, se corresponde a la velocidad inicial.
Para esta concentración de sustrato (200 uM) y de enzima (16 nM) la vo= pendiente= 8.71 uM/min.
Al comparar los valores de vo obtenidos para las dos concentraciones de enzima podemos apreciar
que la velocidad de la reacción es directamente proporcional a la concentración de enzima, al colocar
en el tubo de reacción el doble de concentración de aconitasa se observa el doble de velocidad para
la misma concentración de sustrato.
Esto se debe a que V0= kcat.[E]. Donde kcat es la constante catalítica de la enzima.
Para determinar los parámetros cinéticos (KM y Vmax ) es necesario hacer varios tubos con diferentes
[S] y todos con la misma [E], y determinar a cada uno de ellos la vo.
Para esto debemos resolver qué [S] utilizaremos. El KM de la enzima es 900 uM, por lo que debemos
evaluar valores [S] por debajo y por encima de 900 uM. Para alcanzar Vmax la [S] debe ser 10 veces
mayor (o más) que el valor de KM, es decir, que debemos elegir un valor de 9000 uM (o más) para
estar en condiciones cercanas a la velocidad máxima. Tomando en cuenta estos criterios se pueden
seleccionar varias concentraciones diferentes (no hay una única respuesta).
Se observa que para el caso de la aconitasa la gráfica de vo en función de la [citrato] tiene forma de
hipérbola rectangular, confirmando que se trata de una enzima con cinética Michaeliana.
Para obtener los parámetros cinéticos de la enzima (Vmax y KM) recurrimos al gráfico de dobles
recíprocos. Utilizando la tabla 4 para realizar este gráfico debemos de generar dos columnas en las
cuales:
En el eje de las x: 1/[Sustrato] por ejemplo: [S]= 10 mM, 1/[S] = 1/10 = 0.1 mM-1.
Tomar en cuenta que para [S]= 0 no hay valor en esta tabla porque 1/0 no existe.
1 𝐾𝑀 1 1
𝑣0
= 𝑉𝑚á𝑥
· [𝑆]
+ 𝑉𝑚á𝑥
𝐾𝑀 1
Donde: a (pendiente) = 𝑉𝑚á𝑥
, y b (ordenada en el origen)= 𝑉𝑚á𝑥
1 1
b = 0.0332 = 𝑉𝑚á𝑥
⇒ 𝑉𝑚á𝑥 = 0.0332
Y luego KM de la pendiente:
𝐾𝑀
a = 36.1 = 𝑉𝑚á𝑥
⇒ 𝐾𝑀 = 36. 1 ·𝑉𝑚á𝑥 = 36. 1 · 30. 12 =
KM= 1087 uM
Para la aconitasa:
- Escriba la ecuación de Michaelis y Menten utilizando los parámetros cinéticos (KM y Vmáx)
obtenidos para la enzima y determine usando la ecuación:
𝑉𝑚𝑎𝑥. [𝑆]
𝑣𝑜 = 𝐾𝑚 + [𝑆]
Sustituyendo en la ecuación:
Despejando,
27175 = 5. 12[𝑆]
2B. Beta-Galactosidasa
Busque qué reacción catalizan y determine hasta qué tiempo se está en condiciones de velocidad
inicial para una concentración de sustrato igual a 200 uM y 8 nM de enzima. Determine dicha
velocidad.
Determine los parámetros cinéticos para su enzima: