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Recibido: 23 de julio de 2020 Revisado: 2 de marzo de 2021 Aceptado: 26 de abril de 2021
DOI: 10.1111/acel.13381
PAPEL ORIGINAL
Rebecca L. McIntyre1 | Simone Denis1| Rashmi Kamble1| Marte Molenaars1| Michael Petr2|
Bauke V. Schomakers1,3| Mizanur Rahman4 | Siddhartha Gupta5 |
5 4,5 6 2
Marton L. Toth | Siva A. Vanapalli | Aldo Jongejan | Morten Scheibye-Knudsen | Riekelt H.
Houtkooper1| Georges E. Janssens1
1
Laboratorio de Enfermedades
Metabólicas Genéticas, Abstract
Gastroenterología, Endocrinología y o
Metabolismo de Amsterdam, Ciencias
Cardiovasculares de Amsterdam,
La detección de fármacos basada en transcriptomas está surgiendo como una herramienta
UMC de Amsterdam, Universidad de poderosa para identificar compuestos geroprotectores para intervenir en enfermedades relacionadas
Ámsterdam, Ámsterdam, Países Bajos
2
con la edad. Nuestra hipótesis es que, al imitar la firma transcripcional de la intervención de
Centro para el Envejecimiento
Saludable, Departamento de Medicina longevidad altamente conservada de la sobreexpresión de FOXO3 (daf-16 en gusanos), podríamos
Celular y Molecular, Universidad de identificar y reutilizar compuestos con efectos posteriores similares para aumentar la longevidad.
Copenhague, Copenhague, Dinamarca
3 Nuestra evaluación in silico, utilizando la base de datos de transcriptomas LINCS de intervenciones
Core Facility Metabolomics,
Amsterdam UMC, Universidad de genéticas y compuestas, identificó varios compuestos aprobados por la FDA que activan objetivos
Amsterdam, Amsterdam, Países Bajos
4
posteriores de FOXO en células de mamíferos. Estos incluyeron el bloqueador neuromuscular
Departamento de Ingeniería Química,
Texas Tech University, Lubbock, TX, atracurio, que también extiende considerablemente la esperanza de vida y la salud en
EE. UU. Caenorhabditis elegans. Esta longevidad depende tanto de la señalización de daf-16 como de la
5
NemaLife Inc, Lubbock, Texas, EE. UU.
inhibición de la subunidad neuromuscular del receptor de acetilcolina unc-38. Descubrimos que unc-
6
Laboratorio de Bioinformática,
Amsterdam UMC, Universidad de 38 RNAi mejora la esperanza de vida y la salud y estimula la localización nuclear de DAF-16, de
Amsterdam, Amsterdam, Países Bajos forma similar al tratamiento con atracurio. Finalmente, utilizando la transcriptómica RNA-seq,
Correspondencia identificamos la activación por atracurio de los efectores posteriores de DAF-16. En conjunto, estos
Georges E. Janssens, Laboratorio datos demuestran la capacidad de imitar las intervenciones genéticas a lo largo de la vida con
Enfermedades metabólicas genéticas,
Gastroenterología, endocrinología y medicamentos y, al hacerlo, revelan que el receptor neuromuscular de acetilcolina regula la vía de
metabolismo de Ámsterdam, Ciencias longevidad altamente conservada FOXO/DAF-16.
cardiovasculares de Ámsterdam, UMC
de Ámsterdam, Universidad de
Ámsterdam, Meibergdreef 9, 1105 AZ PALABRAS
CLAVE
Ámsterdam, Países Bajos.
acetilcolina, envejecimiento, atracurio, DAF-16, FOXO, longevidad, unión
Correo
electrónico:gejanssens@amsterdamumc.nl neuromuscular
Información de financiación
ZonMw, Número de
subvención/adjudicación:
09150161810014 y 91715305; H2020
Consejo Europeo de Investigación,
número de subvención/premio: 638290;
Velux Stiftung, Número de
subvención/premio: 1063
Este es un artículo de acceso abierto bajo los términos delAtribución de Creative CommonsLicencia, que permite el uso, distribución y reproducción en cualquier medio,
siempre que se cite correctamente la obra original.
© 2021 Los Autores. Aging Cell publicado por la Anatomical Society y John Wiley & Sons Ltd.
2 |
RESULTADO
S
Las clases fueron las más frecuentes en nuestra lista, en relación Como es más sencillo reutilizar medicamentos que ya se
con todo el conjunto de datos. Descubrimos que tanto los utilizan en un entorno clínico que desarrollar otros nuevos,
inhibidores de mTOR como los inhibidores de PI3quinasa estaban continuamos la investigación con nuestros cinco resultados
fuertemente enriquecidos como clases de fármacos que coincidían principales de la pantalla que ya contaba con la aprobación de la
con la firma de ARNm de sobreexpresión de FOXO3 (Figura 1e). FDA (Figura 1f). Estos compuestos incluyeron dos controles
Debido a que se sabe que los inhibidores de mTOR y PI3quinasa positivos que se sabe que extienden la vida útil del organismo
aumentan la esperanza de vida y actúan dentro de la vía de modelo: el antagonista de la serotonina ciproheptadina
longevidad FOXO (Babar et al., 1999; Hay, 2011), concluimos que (clasificado en primer lugar en el subconjunto aprobado por la
nuestro enfoque podría identificar compuestos que se sabe que FDA; clasificado en el cuarto lugar en general) (Petrascheck et al.,
extienden la vida útil a través de la vía de señalización FOXO. 2007) y el inhibidor de mTOR rapamicina (segundo lugar en el
ranking de la FDA). aprobado; 14º en general) (Robida-Stubbs et
al., 2012)
(a) (b) (C
Joven genes
Gen FOXO en la ) Biblioteca de red integrada
Droga longevidad
s
Levadura La sobreexpresión de los ortólogos FOXO FKH1 y firmas celulares basadas
FKH2 da como resultado una extensión de la vida útil (LINCOS)
Hidra del 30% (Postnikoff et al., 2012). 5+ líneas celulares
Se cree que el ortólogo único de FOXO es crucial para
Enferm autorrenovación y capacidad inmortal (Boehm et al., 2012).
edad
incidenci El ortólogo FOXO (daf-16) puede funcionar para 2837 Drogas
Gusa
a duplicar la vida útil (Lin et al., 1997, Kwon et al., 2010). 3799 Derribos
no
El ortólogo FOXO (dFOXO) extiende la vida útil 2160 Sobreexpresiones FOXO3
aproximadamente un 33% cuando se sobreexpresa
Volar (Hwangbo et al., 2004).
RatónFoxo3 es necesario para que la restricción dietética
Viejo prolongue la vida en M. musculus (Shimokawa et al.,
2015).
HumanoLos estudios de población vinculan FOXO3A con la
longevidad y la salud (revisado en Morris et al., 2015 y
Martins et al., 2016).
ARNm (cambio de
HL1
valor p ajustado (-log10)
ARNm (cambio de
3 *
ARNm (cambio de
2 * 2
*
2
* * *
2 *
*
veces)
veces)
veces)
1 * 1 1
veces)
0 0 0 0
F I G U R A 1 La detección de fármacos in silico identifica compuestos que imitan la firma transcripcional de la sobreexpresión de
FOXO3. (a) Esquema que representa la mayor incidencia de enfermedades a lo largo del proceso de envejecimiento. Se han
descrito muchas intervenciones genéticas (naranja) que intervienen en el proceso de envejecimiento para promover la salud y
aumentar la esperanza de vida. Las intervenciones farmacológicas (azul) son menos frecuentes, pero aquí describimos los
esfuerzos para identificar compuestos capaces de producir los mismos efectos. (b) El papel conservado de FOXO en la regulación
de la longevidad en todo
El árbol filogenético. FOXO y sus ortólogos regulan directamente, o están asociados con, el envejecimiento en organismos tan
lejanamente relacionados como la levadura y los humanos. (c) La biblioteca de firmas celulares integradas basadas en redes (LINCS),
una base de datos que contiene un conjunto central de firmas transcripcionales de al menos cinco líneas celulares diferentes de uso
común. Firmas transcripcionales para más de 2500 medicamentos, más de 3500 eliminaciones de genes y
Hay más de 2000 expresiones genéticas disponibles. Utilizamos la firma transcripcional de sobreexpresión FOXO3 presente en LINCS para
MCINTYREET al . | 5de 16
consultar
para compuestos miméticos. (d) Los 15 resultados principales que imitan la sobreexpresión de FOXO3 de los compuestos centrales de
LINCS y su puntuación resumida que integra los resultados de todas las líneas celulares analizadas. Todos los resultados compuestos se
pueden encontrar en la Tabla S1. (e) El enriquecimiento de las clases de fármacos en la lista de candidatos muestra los inhibidores de
mTOR y PI3K como clases de fármacos altamente enriquecidas por su potencial para imitar la sobreexpresión de FOXO3 entre los
fármacos candidatos. Los nombres de las clases de fármacos solo se muestran si pasan la importancia del enriquecimiento (p ajustado <
0,05, eje Y). El número de aciertos de la clase de droga se representa en el eje X, mientras que los tamaños de los puntos en el diagrama
de dispersión indican qué porcentaje de la clase de droga fueron aciertos (es decir, 5
aciertos de una clase de 10 denotarían una cobertura del 50%). (f) Esquema del método de validación in vitro para probar medi camentos
candidatos. Se cultivaron células cardíacas de ratón HL1 con compuestos durante 24 h de exposición. FOXO3 y la expresión del gen diana
se evaluaron mediante qPCR (nivel de ARNm normalizado con respecto al gen de referencia Gapdh). Para las pruebas se utilizaro n los 5
compuestos mejor clasificados de la lista de candidatos (figura d) que también tenían estado de aprobación de la FDA. ( g – k ) Los niveles
de expresión de Foxo3 y sus genes diana (Gadd45a, Ccng2, Hspa1b, Cat, Bcl6, Scp2 evaluados mediante qPCR) en células de contr ol
(gris) o células tratadas con fármacos candidatos (azul): ciproheptadina ( g), rapamicina (h), atracurio (i), sildenafil (j) y zidovudina (k).
Todos los fármacos se evaluaron a una concentración de 50 µM, excepto la rapamicina que se evaluó a 10 µM para evitar toxicidad. El
asterisco indica una expresión significativamente mayor para cada gen (p <0,05, prueba t) con el fármaco en relación con el c ontrol.
Commons aplicable.
14749726, 2021, 8, Descargado de https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/acel.13381 por Cochrane Chile, Wiley Online Library el [31/08/2023]. Consulte los Términos y condiciones (https://onlinelibrary.wiley.com/terms-and-conditions) en Wiley Online Library para conocer las reglas de uso; Los artículos OA se rigen por la licencia Creative
6de 16 | MCINTYREET al .
(a) (b)
100 100
Zidovudina 50 µM**** Atracurio 50 µM****
Porcentaje de
supervivencia
Porcentaje de
supervivencia
50 50
25 25
N2 N2
0 0
0 10 20 30 40 50 0 10 20 30 40 50
Días Días
(C) (d)
100 100
Zidovudina 50 µM**** Atracurio 50 µM*
Porcentaje de
supervivencia
Porcentaje de
75
supervivencia
50 50
25 25
daf-16(mu86) daf-16(mu86)
0 0
0 10 20 30 40 50 0 10 20 30 40 50
Días Días
(mi) (F)
100 Atracurio 500 µM**** ns
20 Día 10
* Atracurio 50 µM ***
** ****
Porcentaje de
supervivencia
75 ns
15 *
Velocidad media
Atracurio 5 µM
50 Vehículo acuático
10
(AU)
5 25
0 0 N2
vehículo 5 µM 50 µM 500 µM 0 10 20 30 40 50
acuático Días
atracurio
F I G U R A 2 La zidovudina y el atracurio prolongan la vida útil en Caenorhabditis elegans, pero sólo el atracurio depende del daf -16. (a)
Curvas de supervivencia que muestran que la zidovudina (50 μM) prolonga la vida útil en C.elegans de tipo salvaje (N2). (b) Curvas de
supervivencia que muestran que el atracurio (50 μM) prolonga la vida útil en N2 C.elegans. (c) Curvas de supervivencia que muestran
que la zidovudina (50 μM) prolonga la vida útil en la cepa daf-16 (mu86). (d) Curvas de supervivencia que muestran que el atracurio (50
μM) no puede prolongar la vida útil en la cepa daf-16 (mu86). (e) Movilidad de gusanos N2 tratados con atracurio el día 10 de la edad
adulta. El atracurio mejora la esperanza de vida de forma dosis-dependiente (5 μM, 50 μM, 500 μM). Para cada condición, n = ~70–100
mediciones de ~50 gusanos. La significación estadística se determina mediante un ANOVA unidireccional y los valores p represe ntados
se comparan con el vehículo acuático. Consulte la Tabla S3 para conocer las estadísticas de salud. (f) Curvas de supervivencia que
muestran una extensión significativa de la vida útil con atracurio en dosis crecientes (5 μM, 50 μM, 500 μM). Si bien parece haber algún
efecto dosis-efecto, y todas las dosis extienden significativamente la vida útil en relación con el tratamiento con vehículos acuáticos, las
diferencias entre las concentraciones no son estadísticamente significativas. Todas las comparaciones estadísticas de las cur vas de
supervivencia son
determinado mediante pruebas de rango logarítmico. Para cada condición, n = 100 gusanos. Consulte la Tabla S2 para conocer las
estadísticas de vida útil. ****p < 0,0001, ***p < 0,001, **p < 0,01,
*p < 0,05, ns—no significativo
(a) (b)
Acetilcolina (ACh) Día 10
25 Vehículo acuático
Atracurio *
Atracurio 50 µM
terminal
nervios 20 *** **
a
Velocidad promedio
15
***
10 ns ns
****
(AU)
ACh 5
Receptor
Múscul 0
o
N2 unc-38(x20) unc-38(e264) unc-29(e193) acr-8(ok1240) acr-16(ok789) grados-3(u662)
Atracurio de unión
a la subunidad α
de AChR
Porcentaje de
Porcentaje de
supervivencia
supervivencia
75 Vehículo acuático 75
supervivencia
Vehículo acuático 75 Vehículo
acuático
50 50 50
25 25 25
N2 unc-38(x20) unc-38(e264)
0 0 0
0 10 20 30 40 50 0 10 20 30 40 50 0 10 20 30 40 50
Días Días Días
F I G U R A 3 El atracurio prolonga la esperanza de vida y la salud al antagonizar el receptor neuromuscular de acetilcolina. (a)
Representación del mecanismo canónico del atracurio en la unión neuromuscular (NMJ) relevante para este estudio. En los seres
humanos, el atracurio se utiliza para relajar los músculos y lo hace antagonizando el receptor de acetilcolina (AChR). En condiciones
normales, la acetilcolina (ACh) se une a la
receptor, provocando la despolarización del canal y la contracción del músculo. El atracurio se une al AChR en lugar de ACh, evitando esta
despolarización y contracción. ( b ) Movilidad de gusanos N2 tratados con atracurio (50 μM) y mutantes de jugadores en la señalización de
NMJ ACh en el día 10 de la edad adulta. El atracurio mejora la esperanza de vida en los gusanos N2, pero este efecto se elimina en los
gusanos con el mutante unc-38. unc-38 codifica una subunidad alfa del AChR y es el ortólogo del gusano CHRNA2 humano, que se une al
atracurio en humanos. Los otros mutantes de la vía de la ACh todavía responden al atracurio, lo que sugiere que el aumento de la esperanza
de vida depende de esta subunidad específica del AChR. Para cada condición, n = ~50–90 mediciones de ~50 gusanos. La importancia
estadística de cada mutante está determinada por un Mann-Whitney individual
Prueba U que compara tratados y no tratados. Consulte la Tabla S3 para conocer las estadísticas de salud. (c) Curvas de supervivencia de
control (realizadas en paralelo a las de los paneles (d y e) que muestran que el atracurio (50μM) extiende la vida útil en el tipo salvaje
(N2)C.elegans. (d) Curvas de supervivencia que muestran que el atracurio (50 μM) no extiende la vida útil en elCepa mutante unc-
38(x20). (e) Curvas de supervivencia que muestran que el atracurio (50 μM) no se extiendeesperanza de vida en la cepa mutante unc-
38(e264) (el atracurio acorta la vida útil ****p < 0,0001). Para cada condición, n = 100. Las estadísticas de vida útil se determinan mediante
pruebas de rango logarítmico. Consulte la Tabla S2 para conocer las estadísticas de vida útil. ****p < 0,0001, ***p < 0,001, **p < 0,01, *p <
0,05, ns - no significativo
ns unc-38 ARNi
Estrés por calor 20 **** 100
unc-38 ARNi ****
Velocidad promedio
Porcentaje de
supervivencia
+ Atracurio 75
unc-38 ARNi
10 50
(AU)
EV + Atracurio
5 25
Vector vacío (EV) N2
0 0
0% 20% 40% 60% 80% 100% 0 10 20 30 40
Días
F I G U R A 4 El atracurio y el unc-38 RNAi estimulan de manera similar la localización nuclear de DAF-16 y extienden la esperanza de vida y
la salud. (a) Imágenes representativas de gusanos adultos del día 1 que expresan DAF-16::GFP al alimentarse con un vector vacío o con
bacterias unc-38 RNAi HT115, y tratamiento con vehículo acuático o atracurio (50 μM). El panel izquierdo de cada condición muestra
imágenes fluorescentes de la localización nuclear de DAF-16::GFP, mientras que el panel derecho muestra una superposición de imágenes
fluorescentes de DAF-16::GFP con imágenes de campo brillante de gusanos. Escala
medidas de la barra 25μM y se puede aplicar a todas las imágenes. (b) Cuantificación de A.n = ~20–30 animales diferentes, agrupados a partir
de dos experimentos independientes. Los tratamientos se comparan con estrés por calor a 35°C durante 3 h como control positivo. Se realizó
una prueba de independencia de chi-cuadrado para evaluar la importancia de las diferencias en los niveles de enriquecimiento nuclear DAF-
16 entre cada uno de los tratamientos. Tanto el tratamiento con atracurio como el ARNi unc-38 aumentan significativamente la proporción de
gusanos con DAF-16 localizado en el núcleo en comparación con la condición de vector vacío no tratado (p <0,0001). No existe una
diferencia significativa entre los gusanos alimentados con ARNi unc-38 con y sin atracurio. (c) Movilidad de los gusanos N2 al alimentarse
con vector vacío o ARNi unc-38, y tratamiento con vehículo acuático o atracurio (50µM) al día12 de edad adulta. Tanto el atracurio (50µM)
yunc-38 RNAi mejora la esperanza de vida en gusanos tratados con vectores vacíos. Para cada condición, n = ~85 –110 mediciones de
~50 gusanos. La significación estadística se determina mediante ANOVA unidireccional. Las estad ísticas de salud se pueden encontrar
en la Tabla S3.
( d ) Curvas de supervivencia que muestran que tanto el atracurio (50 μM) como el ARNi unc-38 extienden la vida útil en gusanos N2, pero el
atracurio acorta la vida útil cuando se combina con ARNi unc-38. Para cada condición, n = 120. Las estadísticas de vida útil se determinan
mediante pruebas de rango logarítmico. Consulte la Tabla S2 para conocer las estadísticas de vida útil. ****p < 0,0001, ***p < 0,001, *p < 0,05, ns -
no significativo
swt-3 C01G12.5
0 pgp −14 proteostasis
F54F7.2 alh-5 chip-33C6
Retículo endoplásmico
2.5 dod-24 cyp-33C5
irg-5 mio-1 Cadena de transporte de
−100 W03G1. electrones Interacción
T13F2.9 5
R05D8.9 proteína-proteína
Metabolismo de los ácidos grasos
yo-2 hsp-70 T10B5.8
0.0 clec-169 nhr-17 C06B8.2 icl-1 Oxidación de aldehídos
32
dieciséis UNC-38
acetilcolina
8
4
ACh
veces)
1
veces)
2 Receptor
Músculo NMJ
0,25
0,5
Respuesta al estrés
(F oxidativo
Proteostasis
) Genes metabólicos
(p<0,01) 16 DAF-16 Metabolismo y actividad.
Vehículo acuático
8
ARNm (cambio de
Atracurio 50 µM
4
2
veces)
Longevidad
1
0,5
F I G U R A 5 La secuenciación de ARN demuestra la regulación positiva del atracurio de los objetivos posteriores de DAF -16. (a)
Análisis discriminante de mínimos cuadrados parciales (PLS-DA) que muestra la separación de grupos basada en genes expresados
diferencialmente en gusanos adultos del día 1 tratados con atracurio (50 μM) en comparación con gusanos de control con vehículos
acuáticos. (b) Análisis diferencial que muestra genes significativamente regulados hacia arriba y hacia abajo (utilizando val ores
ajustados
valor p < 0,05). Los resultados de RNA-seq se pueden encontrar en la Tabla S4. (c) Agrupación de anotaciones funcionales de
significativamente (utilizando datos no ajustados)
valor p <0,01) genes regulados hacia arriba y hacia abajo realizados utilizando l a base de datos de bioinformática DAVID con una
puntuación de enriquecimiento> 1,3. (d-
f) Respuesta al estrés oxidativo regulada por DAF-16 (d), proteostasis (e) y genes metabólicos (f) conocidos que están regulados
positivamente con el tratamiento con atracurio, como lo indica RNA-seq. Para cada cambio de pliegue mostrado, el valor p no
ajustado es <0,01. (g) Mecanismo hipotético de la longevidad mediada por atracurio. Hemos demostrado que el atracurio requier e la
subunidad AChR UNC-38 para extender la esperanza de vida y la salud, antagonizando así competitivamente al receptor y esta
inhibición provoca una extensión de la vida mediada por DAF-16. La longevidad probablemente sea causada por la activación DAF-16
de genes que se sabe que inducen la longevidad, como los implicados en las respuestas protectoras del estrés oxidativo y la
proteostasis, así como en la remodelación metabólica.
5a). El análisis diferencial mostró una cantidad de aciertos cambiantes, investigamos más a fondo los genes expresados
significativos después de corregir por pruebas de hipótesis diferencialmente, utilizando el recurso bioinformático Base de datos
múltiples (Figura 5b; Tabla S4). Observamos que muchos de los para anotación, visualización y descubrimiento integrado (DAVID)
genes significativamente regulados positivamente son objetivos (Huang et al., 2009). Realizamos agrupación de anotaciones
posteriores de FOXO, por ejemplo, la alcohol deshidrogenasa funcionales, utilizando un método menos estricto.
3 | DISCUSIÓN
4 |PROCEDIMIENTOS
El aislamiento del ARNm total de las células se realizó con reactivo
EXPERIMENTALES
TRI (Sigma-Aldrich) y se transcribió inversamente 1 µg de ARN
extraído en ADNc de acuerdo con las instrucciones del fabricante
4.1 | Pantalla compuesta de base de datos
LINCS utilizando el kit de transcripción inversa QuantiTect (QIAGEN; Venlo,
Países Bajos). El análisis cuantitativo de la expresión génica se
Se accedió a la biblioteca en línea de firmas celulares realizó con el LightCyclerⓇ 480 SYBR Green I Master (Roche;
integradas basadas en redes (LINCS) (Keenan et al., 2018; Woerden, Países Bajos) y se midió con el LightCyclerⓇ 480
Subramanian et al., 2017) (septiembre de 2017) a través de la Instrument II (Roche). Se sintetizaron cebadores específicos de
4.2 | Cultivo de
células
útil.
de acuerdo con las secuencias en la Tabla S6. Los valores N0
de los genes diana se normalizaron con respecto al gen de
Los gusanos adultos grávidos se sincronizaron por edad
referencia Gapdh. Todos los experimentos fueron realizados por
utilizando un tratamiento con hipoclorito alcalino y se incubaron
triplicado. El análisis estadístico comparó el cambio en la
en tampón M9 durante la noche. Se sembraron gusanos en
expresión genética en relación con el valor medio de los
estadio larvario L1 en placas NGM y se cultivaron hasta el
controles entre las células HL1 tratadas y no tratadas utilizando
estadio L4. En la etapa L4, los gusanos se transfirieron a placas
una prueba en Graphpad Prism.
suplementadas con compuestos como se describe y 5-
fluorouracilo 10 µM (Sigma-Aldrich).
4.5 |experimentos de
ARNi
de ARN
4.9.1 | Análisis de movilidad y tamaño
corporal.
4.11.1 | Aislamiento de ARNm de Caenorhabditis
elegans
En el día indicado de la edad adulta, se transfirieron ~50 gusanos
a placas NGM sin OP50, se estimularon golpeando la placa y se
Los gusanos se sincronizaron, crecieron y trataron con compuestos de
registraron inmediatamente durante 200 ciclos a temperatura
la etapa L4 como se describe. Veinticuatro horas más tarde, se lavaron
ambiente usando un microscopio fluorescente Leica (Ámsterdam,
los gusanos de las placas de tratamiento, 3 veces en tampón M9 y 2
Países Bajos) M205 FA y Leica. Cámara DFC 365 FX. Las
veces
imágenes se capturaron utilizando el software Leica Application
Suite X y luego se procesaron con el complemento wrMTrck para
ImageJ (Nussbaum-Krammer et al., 2015). De estos análisis
también se derivaron medidas del tamaño corporal. Los datos de
wrMTrck se analizaron y visualizaron utilizando un script
personalizado en R v3.6.3 (R Core Team, 2013). El análisis
estadístico comparó las condiciones con su control respectivo con
un ANOVA unidireccional corregido para pruebas múltiples.
4.10 | Microscopía
4.11 |secuenciación
Commons aplicable.
14749726, 2021, 8, Descargado de https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/acel.13381 por Cochrane Chile, Wiley Online Library el [31/08/2023]. Consulte los Términos y condiciones (https://onlinelibrary.wiley.com/terms-and-conditions) en Wiley Online Library para conocer las reglas de uso; Los artículos OA se rigen por la licencia Creative
12 de
16
| MCINTYREET al .
4.11.2 | Preparación de la
biblioteca
AGRADECIMIENTOS
Los autores agradecen al Centro de Genética Caenorhabditis
de la Universidad de Minnesota por proporcionar cepas de C.
elegans. El CGC está financiado por la Oficina de Programas
de Infraestructura de Investigación de los NIH (P40 OD010440).
Agradecemos a Perry D. Moerland por su ayuda en el análisis
de la secuenciación de ARN, y a Ron A. Hoebe, Daisy I. Picavet
y Serhii Chornyi por su ayuda en microscopía confocal. El
trabajo en el grupo Houtkooper cuenta con el apoyo financiero
de una subvención ERC Starting (n° 638290), una subvención
Commons aplicable.
14749726, 2021, 8, Descargado de https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/acel.13381 por Cochrane Chile, WileyEn líneaBiblioteca el [31/08/2023]. Consulte los Términos y condiciones (https://onlinelibrary.wiley.com/terms-and-conditions) en Wiley Online Library para conocer las reglas de uso; Los artículos OA se rigen por la licencia Creative
14de 16 | MCINTYREET al .
TATAMENTO DE DISPONIBILIDADES
DE DATOS
Los datos de secuenciación de ARN están disponibles en GEO
con el IDGSE14 9944. Todos los demás datos están disponibles en
el manuscrito o en materiales complementarios. La correspondencia
y las solicitudes de materiales deben dirigirse al autor
correspondiente GEJ.
O ID
RC
Rebecca L. McIntyre https://orcid.org/0000-0002-2863-8132
Mizanur Rahman https://orcid.org/0000-0003-4259-1497
Siddhartha Gupta https://orcid.org/0000-0001-5710-700X
Georges E. Janssens https://orcid.org/0000-0003-2104-
8145
R EF ER ENCIAS
Anders, S., Pyl, PT y Huber, W. (2015). HTSeq: un marco de Python
para trabajar con datos de secuenciación de alto rendimiento.
Bioinformática, 31(2), 166–
169.https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btu638
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