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Clase 3: Gabriela Azofeifa  Carlos F -8913089

Nucleótidos.

Funciones:
1. Constituyentes de ácidos nucleicos (ADN / ARN)
2. Moneda de transacción energética ATP
3. Cofactores enzimáticos
4. Mensajeros secundarios: AMPc CMPC
5. Intermediarios metabólicos

Estructura de un nucleótido
Todos los nucleótidos van a estar constituidos por:
-Una base nitrogenada
-Un Azúcar pentosa
-Un grupo fosfato

Siempre en los nucleótidos en el primer carbono esta la BN y en el 5’ el grupo fosfato.

a. Las bases nitrogenadas las podemos dividir en 2 grupos


debido a los anillos que las forman:
1. Purinas: La forman 2 anillos juntos. Son: Adenina, Guanina.
2. Pirimidinas: La forma un único anillo. Son: Timina, Citosina
y Uracilo.

Cuando se numeran los carbonos en el azúcar se lee con números X’ (prima) para
diferenciar la nomenclatura dentro del azúcar.

La base nitrogenada Timina (T) contenida en la molécula del ADN, mientras que se
sustituye por Uracilo en el ARN.

b. El azúcar (Pentosa) puede ser


1. Ribosa en caso del ARN (contiene el OH en posición 2’)
2. Desoxirribosa en caso del ADN (tiene un H en lugar del OH en 2’)

Conceptos:
-Nucleócido: Es una azúcar + base nitrogenada, unidos por enlace β N-glicosídico. No tiene
el grupo fosfato.
-Desoxirribonucleótidos y ribonucleótidos, son los nucleótidos que tienen
respectivamente desoxirribosa o ribosa.
-Formas metiladas de bases nitrogenadas: Contienen grupo metilo extra
unido. No son los más comunes. Tienen Funciones como “etiquetas”
reguladoras. Se encuentran principalmente en las bacterias y plantas. En
humanos no son tan comunes.

Ácidos Nucléicos: Polímeros de nucleótidos. Almacenan la información genética.


<50 Oligonucleótidos
>50 nucleótidos: Polinucleótidos
Para la función de almacenamiento de información genética se necesitan los ácidos
nucleicos, en cambio las funciones de coenzimas, mensajeros secundarios etc, con un solo
nucleótido basta.
-Enlace fosfodiester: Un fosfato se une en posición 3’ del azúcar y otro
fosfato en la posición 5’ de otro azúcar.

Como se repite azúcar-fosfato-azúcar-fosfato etc. Lo que genera la


diferencia son las bases nitrogenadas.

Existe una polaridad en los ácidos nucleicos. Como se observa en la


imagen, Existen 2 posiciones o extremos que quedan libres en posiciones
diferentes: en 5’ y 3’. Esto de da tanto en ADN como en ARN. Se dice que
va de 5’ a 3’ debido a que se sigue el lineamiento de la síntesis de
proteínas. Puesto que se sabe que inicia como 5’

Azúcar del ARN- El OH “extra” de la ribosa en el 2’ hace que:


-Más activos químicamente.
-Más susceptible a la hidrólisis.

ADN es más estable, lo que lo hace más seguro. Guarda información genética.

Propiedades Físicas:
ARN y ADN
-Son muy solubles en agua debido a: AZÚCAR y el grupo FOSFATO. O sea, son polares.
-Tienen carga negativa, debido a: Grupos FOSFATO. Siempre que
esté a pH neutro los oxígenos del g fosfato estarán cargados
negativamente. En la mayoría de nuestro cuerpo es así. ¿En zonas
como el estómago donde existe un pH negativo? No interfiere,
pues estos ácidos nucleicos están en el núcleo donde el pH es
neutro. El pH negativo se encuentra en el lumen estomacal, o
guardado dentro de zonas especiales como vacuolas.
-Absorben luz ultravioleta, debido a las BASES NITROGENADAS. Estas absorben a 260 nm
Según Gabriela: Las proteínas absoben a 280 nm. Esto sirve para comprobar si en una
extracción de ADN existen contaminantes proteicos. Ya que si tiene gran absorbancia a 280
significa que están presentes gran cantidad de proteínas en dicha extracción. Según Alape el
enlace peptídico absorbe a 214 nm. (mejor hay que preguntar)

La interacción entre las bandas de ácidos nucleicos se da mediante las


bases nitrogenadas (BN). Las BN pueden unirse mediante puentes de
hidrógeno. La complementariedad para el ADN es entre Adenina y
Timina; y entre Citosina y Guanina. Las primeras se unen mediante 2 puentes
de hidrógeno, mientras que las últimas por medio de 3 puentes de hidrógeno.

*Notas
-Los enlaces van a ser entre una purina y una pirimidina.
-Las asociaciones entre T-A son menos fuertes ya que hay menos puentes de hidrógeno. Por
ello en la “caja TATA” (encontrada antes del gen codificante) hayamos más de estas uniones
para facilitar abrir la molécula.
-Las moléculas ADN siempre está haciendo esas interacciones, mientras que el ARN
normalmente no las hace, sin embargo las puede hacer.

(--historía de los ácidos nucleicos—La omití)

Estructura Antiparalela.

Consiste en unión de hebras complementarias y antiparalelas.


Entonces si en una hebra está de 5’ a 3’. Entonces la otra será:
de 3`a 5`. La complementariedad se da mediante sus bases
nitrogenadas como ya se estudió.

Formas o tipos de ADN (debido a la estructura química)


Todas son de doble hélice.

ADN tipo B:
-Es muy común en la naturaleza. El descrito inicialmente por Watson y Crick
-Encontrada en las células.
-Gira hacia la derecha.
-La unión entre las bases nitrogenadas describe un ángulo de 6º.
-Más estable en condiciones fisiológicas
ADN Z:
-Es muy extraño. Se ha observado en regiones pequeñas del ADN de células.
-Se cree que tiene funciones como marcadores o etiqueta de regulación y durante la
recombinación en la meiosis.
-Gira hacia la izquierda
ADN A:
-Gira hacia la derecha pero está más compactada.
-Las uniones de bases nitrogenadas tienen un ángulo de 20º lo que
hace que se compacten por su inclinación
-No encontrado en células, solo en laboratorios, se baja mucho el
pH para obtenerla.
-Hélice más corta y más ancha.

Clasificación según su forma (organización)

a. Lineal: En eucariotas. Es muy común en la naturaleza


b. Circular: La misma estructura de manera que se juntan los extremo 3’ con el 5’. En
bacterias. Se dice que estos tipos de ADN se mantienen en empaquetamiento
superenrrolados.

En humanos (desde levaduras en adelante) se tienen varias moléculas de ADN, lineales


todas y en el núcleo. Cada molécula de ADN es un cromosoma diferente. Un cromosoma es
una única molécula de ADN completa. Se tienen 46 moléculas de ADN.

El ADN se puede correr en una electroforesis. Se utiliza una matriz porosa, se


pone pedazos de ADN de diferentes tamaños, las moléculas más grandes les
cuesta pasar por los poros y quedan en la parte más superior. El ADN al tener
carga negativa corre hacia el polo positivo. Luego de que se corren se tiñen (es más fácil
teñir proteínas).

Empaquetamiento del ADN


Es igual al término condensación. Es agarrar el ADN y sus millones de nucleótidos y
comprimirlos. El diámetro del núcleo
de una célula es aproximadamente de
10 micrómetros. El problema de
empaquetarlo es que no se puede leer
la información genética, por ello se
dice que el empaquetamiento depende
del ciclo celular.
De manera que en la G1 y G2: Síntesis
de proteínas. Tiene un nivel de
empaquetamiento intermedio.
-Fase S: Duplicación del ADN. Aquí
está más “estirado”
-En la fase M: Esta muy empaquetado.

Las Histonas tienen una gran importancia en el empaquetamiento del ADN. Éstas tienen una
carga positiva (por eso interactúan con el ADN con carga negativa). Características:
-Muy conservadas: Casi no varían de una especie a otra.
-Poco reactivas
-Muy estables químicamente.
-A la hora de empaquetar se unen en grupos de 8 histonas.
-Tienen proyecciones que regulan su actividad (“soltar”/ “garrar” ADN)

Conceptos:
- Nucleosoma: Consiste en un grupo de 8 histonas en donde el ADN da dos vueltas
alrededor del grupo de histonas.
-Polinucleosoma: Grupo de 2 o
más nucleosomas.
-Luego de estas siguen otras
estructuras de empaquetamiento
hasta llegar al cromosoma.

Secuencias Palindrómicas
Son secuencias que se leen igual de un lado que al revés.
-Pueden tener funciones de regulación para crear señales.
-Existen de diferentes formas. Una de ellas es la cruciforme.
Ej. En espejo: TTAGCCGATT
Nota:
Se han encontrado ADN triples. Sucede que 3 bases nitrogenadas
pueden unirse. Generalmente encontradas cuando hay timinas y
citosinas. Son etiquetas de reconocimiento para algunas
proteínas.

ARN

Fue descrito como 10 años luego del ADN


-Tiene azúcar ribosa
-Base nitrogenada Uracilo
-Tiene banda simple.

El ARN se encuentra en el núcleo y en el citoplasma.


El aumento en la síntesis de proteínas está ligado a un aumento en la cantidad de ARN
Aparece el dogma de la biología molecular ADN –ARN – PROTEÍNAS.

Conceptos importantes:
1. Genoma: Es toda la secuencia de ADN de un organismo. Igual en todos los tejidos.
2. Transcriptomas: Son los ARN que se expresan. Son particulares para cada tejido.
3. Proteoma: Se utiliza para conocer todas las proteínas del tejido. Ej. Para analizar un
cáncer ya detectado.
4. Metaboloma: Proteoma específico: Importancia en proteínas de metabolismo.

Cuando un ADN sintetiza un ARN normalmente lo hace lineal, sin embargo a veces se
pliega. Entonces tiene estructuras secundarias. De manera que existe una clasificación de
ARN.

Tipos de ARN
1. ARNm (mensajero)
-Es la que tienen la secuencia para la creación de una proteína.
-Su tamaña depende del tamaño de la proteína a sintetizar. Puede
ser grande o pequeño.
-Suman el 5% de ARN
-Tienen una secuencia que se lee de 3 en 3 llamados codones.
-No se pliega generalmente, pero su única hebra tiende a hacer una
hélice (dextrógira) por estabilidad.
- Se pueden clasificar a su vez en: (pregunta de examen)
Polisistrónicos
Exclusivos de los procariotas, en donde una secuencia de ARNm codifica para generar
varias proteínas diferentes. Ej. Las bacterias no tienen espacios “libres” entonces hacen
una y sigue la potra proteína

.
Monosistrónicos:
Encontrados en eucariotas. UN ARNm que solo codifica para una proteína. Se da por la
dispersidad de genes. Dentro de los monosistrónicos tenemos intrones y exones. Los
primeros son secciones de ADN que transcriben pero no se traducen. Mientras que los
exones, son secuencias que se traducen y codifican por proteínas.

Nota:
-Splicing alternativo: Consiste en la eliminación de los intrones y, los exones que quedaron
acomodarlos de diferentes formas. Se da en monosistrónicos
-Las bacterias no tienen intrones.

2. ARNt (trasferencia)
-Consituyen el 15% de ARN totales
-Tamaños estables entre 70 y 90 nucleótidos
-Adaptan los aminoácidos para tener la síntesis de
proteínas.
-Interactúan con el ARNm, se acopla a la tripleta de este
solamente si son complementario.
-Se diferencia del ARNm porq este era lineal, mientras que
el ARNt tiene un plegamiento muy característico de 3
lazos. Este plegamiento tiene 2 partes importantes:
a. El anticodón: Determina el aminoácido que se une al
extremo 3’
b. El extremo 3’: Une el aminoácido que tiene la secuencia de nucleótidos del anticodón.

3. ARNr (ribosomal)
-Son la gran mayoría.
-Estructuras de plegamiento muy complejas.
-80% del ARN total.
-Van desde 100 a 2000 nucleótidos.
-ARNr se unen a proteínas que conforman el ribosoma
- A esos ARNr se les llama ribozimas: ácidos nucleicos que actúan como enzimas, o sea
catalizan.
-Existen como 200 genes que codifican para ARN ribosomales. O sea son importantes!!
Además a veces las copias se encuentran en
diferentes cromosomas.
-Los ARNr tienen varios nombres porque no son
iguales todos.
-Son la única excepción en eucariotas, ya que son
la única secuencia que “se van a partir”. Por
ejemplo Un pedazo será ARNr 28S, otro ARNr
18S etc. Es semejante al comportamiento de un
polisistrónico (Ojo: en polisistrónicos codifican
por proteínas, no tiene nada q ver, pero su
comportamiento es semejante).

Propiedades Químicas

1. Desnaturalización
Se puede desnaturalizar. Se puede separar en las dos hebras. (rompen puentes de hidrógeno)
Ocurre normalmente en trascripción, reparación y recombinación
La desnaturalización puede ser causada por (in Vitro):
1. Temperatura muy altas. 70-80º inicia la desnaturalización. Temperaturas bajas no la
desnaturalizan.
2. pH extremos
3. Compuestos desnaturalizantes como la urea. Es tóxica.

Para que el ADN en células se desnaturalice tiene que tener enzimas como requisito, sino no
se desnaturalizan.

-[™] Temperatura Melkin (algo parecido): La temperatura a la cual el 50% de la cadena está
desnaturalizada. (puentes de hidrógeno). Varía de una secuencia a otra. Si hay guaninas y
citocinas la Tm va ser más alta ya que le costará más romper los 3 puentes de hidrógeno.

-Efecto de hipercromocidad: El ADN absorbe a 260 nm. Cuando el ADN se desnaturaliza


las bases nitrogenadas quedan expuestas y surge un efecto de mayor absorción. Este efecto
es medible. Entre más desnaturalizado más absorbancia se observa.

2. Renaturalización:
Formación de nuevo de la doble hélice a partir de las hebras separadas pero
complementarias. La velocidad de la renaturalización depende de:
-Separación de las hebras. Pueden ir probando y probando hasta lograr unirse bien.
-La concentración
-La complementariedad
3. Hibridación:
-Quiere decir unir dos moléculas de polinucleótido que son de diferente origen y/o longitud.
Puede ser por ejemplo una banda simple de ADN de hombre y otra de chimpancé.
-Primero debe haber una desnaturalización en caso de ser ADN.
-Puede ser entre ADN-ADN o ADN-ARN o ARN-ARN
-Existen varias técnicas como ejemplo: El Southern Blot:
Corre las muestras de ácidos nucleicos en
un gel especial. Se usa para distinguir
caracterizados genes. Identifica posibles mutaciones por hibridación.
-Esta propiedad es utilizada en los llamados microchips, donde la técnica
consiste en poner todas las muestras (secuencias de ADN) en un vidrio,
en posiciones precisas. Se produce un marcaje y dependiendo de las
hibridaciones se distinguen enfermedades etc.

Transformaciones no enzimáticas de nucleótidos

a. Depurinación: Separación de la base nitrogenada. Se corta el enlace β N glicosídico. Por


lo que queda separada la BN del azúcar y el grupo fosfato (estos dos últimos si quedan
unidos). Se le llama así porque casi siempre se presenta en purinas.

b. Cambios debido a la luz ultravioleta cuando hay presencia de 2 timinas, estas se enlazan
entre ellas y no con la del frente (con su base complementaria).

c. Sustancias químicas. _Derivados de nitratos. Introducir más grupos aminos.


_Agentes alquilantes: agregan metilos etc.

Transformaciones enzimáticas de nucleótidos. La estabilidad de ácidos nucleicos. Pueden


ser alterada por agentes enzimáticos. Tenemos:
-Exonucleasas: Estas cortan el enlace fosfodiester de los extremos. Ya sea el 5`o 3`
-Endonucleasas: Cortan el enlace fosfodiester en el medio. (En el interior de los
polinucleótidos)

En las células existen pues son necesarias en el recambio, sin embargo están muy reguladas.
En el núcleo no hay muchas. En el citosol existen más principalmente cuando no queremos
que se exprese más una proteina.

Las endonucleasas se dividen en:


a. ADNasas: I y II
-Son generalistas. Ya que cortan enlaces fosfodiester sin importar quien esta a la par.
-Presentes en humanos
b. Enzimas de restricción
-Son específicas. Estas reconocen ciertos patrones de
restricción.
-Son palindrómicas
-Comunes en bacterias y no en humanos.
-Se utilizan en técnicas de recombinación. Ej. Las
bacterias productoras de insulina.
Otras funciones de los nucleótidos
-Cofactores
-Monedas energéticas
-Segundos mensajeros

Un nucleótido “solito” sirve para:


1. Almacenamiento de energía. Esta energía se guarda en los enlaces. Por ejemplo la
introducción de grupos fosfatos los cuales son muy energéticos. Un nucleótido puede
aceptar un fosfato y lo llamamos nucleótido monofosfato (NMP), dos (difosfato) o
tres (trifosfato).

Los que funcionan como almacenamiento es común que tengan como azúcar la ribosa. El
más común es el conocido ATP. El término dATP se refiere a que tiene como azúcar una
desoxirribosa.

Los acarreadores energéticos comunes son:


UTP: Síntesis de Glucógeno.
GTP: Encontrado en el ciclo de kreps.
CTP

OJO pueden ser cualquier base nitrogenada pero los anteriores son los mas comunes. Lo que
importa son los enlaces de grupos fosfato.

2. Cofactores enzimáticos: Algunas coenzimas tienen un nucleótido como componente


y a su vez la coenzima se pega en la enzima para activarla.
Ej. -CoA: ADP más otras moléculas
-En cadena respiratoria el FAD y NAD

3. Mensajeros secundarios intracelulares.


Producción de estímulo por medio de un mensajero primario que genera uno
secundario. Ej Una hormona genera un segundo mensajero que producirá una
cascada de reacciones que culmina con una respuesta celular.
El AMPc (cíclico) de gran importancia para la vasodilatación etc.

--FIN--