BIOTECNOLOGIA

Taller BLAST
ANÁLISIS DE PROTEÍNAS

Herrera González Nancy Julieth

Universidad de la Salle, Facultad de ciencias básicas, Programa de Biología (1)

Se extrajo el ARN de una muestra animal, se obtuvo el ADNc y la secuencia obtenida fue:

> secuencia 1
TGGTCCTGTCTGCTGGGTCAGGATTTACTCAAGGAGTAAGAAATTCTCAAAGCTGCCGTAGGAATAAAGGCATCT
GTGTGCCGATCAGGTGCCCTGGAAGCATGAGACAGATTGGCACCTGTCTCGGAGCCCAAGTAAAATGCTGCAGG
AGGAAGTAAAAGAAGGCGAAGACGTGGCCAG

“nucleotide BLAST”

Realice el “nucleotide BLAST” y teniendo en cuenta el % 100 de cobertura, el valor de E 8e-87 y el % de identidad 100%, indique a
cuál gen corresponde la secuencia y a cuál organismo puede pertenecer.

Péptido antimicrobiano lingual (LAP) de Bos taurus, ARNm, ID de secuencia: NM_203435.4 Longitud: 376 Número de
coincidencias:1
Bos primigenio tauro
incluye: Bóvidos sp. Adi Nefas

• % de cobertura: toda la secuencia de consulta (desde la posición 1 a 180) se alinea con la secuencia del asunto (desde la
posición 121 a 300). Esto representa una cobertura del 100%.
• Según la alineación y el nombre del gen "Péptido antimicrobiano lingual (LAP)", es probable que la secuencia dada
corresponda al gen LAP en la especie Bos taurus.
• La alta cobertura, el bajo valor E y el 100% de identidad respaldan firmemente la coincidencia.

En su laboratorio secuenciaron un gen y la secuencia traducida es:

>secuencia 3

MRGMLPLFEPKGRVLLVDGHHLAYRTFHALKGLTTSRGEPVQAVYGFAKSLLKALKEDGDAVIVVFDAKAPSFRHEAY
GGYKAGRAPTPEDFPRQLALIKELVDLLGLARLEVPGYEADDVLASLAKKAEKEGYEVRILTADKDLYQLLSDRIHVLHPE
GYLITPAWLWEKYGLRPDQWADYRALTGDESDNLPGVKGIGEKTARKLLEEWGSLEALLKNLDRLKPAIREKILAHMD
DLKLSWDLAKVRTDLPLEVDFAKRREPDRERLRAFLERLEFGSLLHEFGLLESPKALEEAPWPPPEGAFVGFVLSRKEPM
WADLLALAAARGGRVHRAPEPYKALRDLKEARGLLAKDLSVLALREGLGLPPGDDPMLLAYLLDPSNTTPEGVARRYG
GEWTEEAGERAALSERLFANLWGRLEGEERLLWLYREVERPLSAVLAHMEATGVRLDVAYLRALSLEVAEEIARLEAEV
FRLAGHPFNLNSRDQLERVLFDELGLPAIGKTEKTGKRSTSAAVLEALREAHPIVEKILQYRELTKLKSTYIDPLPDLIHPRT
GRLHTRFNQTATATGRLSSSDPNLQNIPVRTPLGQRIRRAFIAEEGWLLVALDYSQIELRVLAHLSGDENLIRVFQEGRDI
HTETASWMFGVPREAVDPLMRRAAKTINFGVLYGMSAHRLSQELAIPYEEAQAFIERYFQSFPKVRAWIEKTLEEGRR
RGYVETLFGRRRYVPDLEARVKSVREAAERMAFNMPVQGTAADLMKLAMVKLFPRLEEMGARMLLQVHDELVLEAP
KERAEAVARLAKEVMEGVYPLAVPLEVEVGIGEDWLSAKE
Realice el “protein BLAST” y teniendo en cuenta el 100% de cobertura, el valor de E 0.0 y el 100%, de identidad indique a cuál
proteína corresponde la secuencia traducida y a cual organismo puede pertenecer

“protein BLAST”

Completo=ADN polimerasa I, termoestable; AltName: Completo=Taq polimerasa 1 [Thermus Aquaticus]

Según los resultados de BLAST de proteína proporcionados con 100 % de cobertura, un valor E de 0,0 y 100 % de identidad, la
secuencia traducida corresponde a la proteína "ADN polimerasa I, termoestable" del organismo "Thermus Aquaticus".

Se extrajo ADN de una bacteria, para su identificación se amplificó el ADN que codifica para el ARN ribosomal 16S y se obtuvo la
siguiente secuencia:

>Secuencia 4
ATGCAGTCGAGCGGATGAGAAGAGCTTGCTCTTCGATTCAGCGGCGGACGGGTGAGTAATGCCTAGGAATCTGC
CTGGTAGTGGGGGACAACGTTTCGAAAGGAACGCTAATACCGCATACGTCCTACGGGAGAAAGCAGGGGACCTT
CGGGCCTTGCGCTATCAGATGAGCCTAGGTCGGATTAGCTTGTTGGTGAGGTAATGGCTCACCAAGGCGACGATC
CGTAACTGGTCTGAGAGGATGATCAGTCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGT
GGGGAATATTGGACAATGGGCGAAAGCCTGATCCAGCCATGCCGCGTGTGTGAAGAAGGTCTTCGGATTGTAAA
GCACTTTAAGTTGGGAGGAAGGGCAGTAAGCGAATACCTTGCTGTTTTGACGTTACCGACAGAATAAGCACCGGC
TAACTCTGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACAGAGGGTGCAAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCGCG
TAGGTGGTTTGTTAAGTTGGATGTGAAAGCCCCGGGCTCAACCTGGGAACTGCATCCAAAACTGGCAAGCTAGAG
TACAGTAGAGGGTGGTGGAATTTCCTGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATAGGAAGGAACACCAGTGGCGAAG
GCGACCACCTGGACTGATACTGACACTGAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGT
CCACGCCGTAAACGATGTCAACTAGCCGTTGGAATCCTTGAGATTTTAGTGGCGCAGCTAACGCATTAAGTTGACC
GCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGTTAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTG
GTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGG

Realice el “nucleotide BLAST” y teniendo en cuenta el 100% de cobertura, el valor de 0.0 E y el 99,89% de identidad, indique a cuál
gen corresponde la secuencia y a cuál organismo puede pertenecer.

Pseudomonas reidholzensis cepa D98_SO4R Gen de ARN ribosómico 16S, secuencia parcial

Según los resultados de BLAST de nucleótidos proporcionados con una cobertura del 100 %, un valor E de 0,0 y una identidad del
99,89 %, la secuencia corresponde al "gen del ARN ribosomal 16S" del organismo "Pseudomonas reidholzensis cepa D98_SO4R"

Referencias

Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner y Webb Miller (2000), "Un algoritmo codicioso para alinear secuencias de ADN", J
Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14.

Stephen F. Altschul, Thomas L. Madden, Alejandro A. Schäffer, Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller y David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST y PSI-BLAST: una nueva generación de programas de búsqueda en bases de datos de proteínas" , Ácidos nucleicos
Res. 25:3389-3402.