EXAMEN DEPARTAMENTAL

BIOLOGIA MOLECULAR
JUNIO 2005
Nombre:

Para las preguntas de opción múltiple, puede haber más de una respuesta correcta; se dará
crédito parcial. Cada una vale 1 punto. Cada problema tiene asignado un número particular
de puntos. Se calificará todo el examen sobre el total de puntos posibles (60).

1. El porcentaje de pares de base GC en la molécula de DNA está relacionado con la

Tm de esa molécula porque:
a) la estabilidad de los pares de bases GC y AT son intrínsecamente diferentes
b) los pares de bases AT requieren una mayor temperatura para
desnaturalizarse
c) los puentes de H triples de los pares de bases GC son menos estables que los
puentes de H dobles de los pares de bases AT
d) el contenido de GC es igual al contenido de AT

2. Un investigador pudiera distinguir una solución que contiene DNA de una que
contiene RNA porque
a) al calentar las soluciones a 82.5C y medir la absorbancia a 260 nm
b) al comparar la Tm de cada solución
c) al monitorear el cambio de absorción de luz a 260 nm conforme aumenta la
temperatura
d) al medir la absorción de luz a 260 nm

3. ¿Qué le pasa a un DNA circular superenrollado si a esa molécula se le hace un nick

(corte en una sola cadena)?
a) aumenta el estrés torsional
b) disminuye el estrés torsional
c) se forma un círculo relajado
d) se forma una molécula lineal

4. ¿Cúales de los siguientes son sustratos usados por la RNA polimerasa en el proceso
de transcripción?
a) templado de DNA
b) ribonucleótidos trifosfatados
c) desoxirribonucleótidos trifosfatados
d) fosfato inorgánico

5. ¿Cuáles factores protéicos se requieren para la transcripción en eucariotes?

a) factores de transcripción generales
b) la RNA polimerasa
c) la DNA polimerasa
d) el ribosoma
6. El splicing alternativo puede producir:
a) moléculas distintas de RNA a partir del mismo gene
b) distintas proteínas a partir del mismo gene
c) dos o más proteínas que difieren en su función
d) dominios peptídicos novedosos

7. ¿Cúal de las siguientes mutaciones puede causar una reducción en -galactosidasa?

a) una mutación en la adenilato ciclasa
b) una mutación en CAP
c) una mutación en el sitio de unión de CAP en la región regulatoria de lac
d) una mutación en el sitio de unión del represor de lac

8. El operón de triptofano de E.coli

a) hace que disminuya la producción de genes que se requieren para la síntesis
de trp
b) hace que aumente la producción de genes que se requieren para la utiización
de trp
c) es controlado por la unión de trp a su represor
d) es controlado por la unión de trp al operador
e) involucra cambios conformacionales en el represor

9. ¿En cuál de los siguientes conjuntos de organismos la traducción de una secuencia

formada por val, leu, gln y asp daría péptidos idénticos?
a) plantas y mamíferos
b) Acetabularia, levaduras y mamíferos
c) Acetabularia y levaduras
d) mamíferos y levaduras

10. Cada una de las 20 aminoacil-tRNA sintetasas

a) une un aminoácido al extremo 3’ del tRNA
b) reconoce múltiples aminoácidos
c) requiere ATP para catalizar las reacciones
d) a veces comete errores al cargar un aminoácido al tRNA

11. El ribosoma
a) es un complejo enzimático formado exclusivamente por proteínas
b) dirige la elongación de polipéptidos
c) está organizado en dos subunidades cuyos tamaños se definen en unidades
de Svedbergs (S)
d) no es utilizado por células que secretan grandes cantidades de proteínas

12. ¿Qué ocurre cuando la maquinaria de traducción eucariótica se encuentra con un

codón TAG?
a) el complejo de preiniciación ya unido detiene su escaneo, y posiciona el
tRNA iniciador en este sitio.
b) los factores de terminación reconocen este codón y finalizan la traducción
 c) este codón es reconocido por el correspondiente anticodón de una molécula
de tRNA vacía, que no lleva ningún aminoácido
d) este codón no es reconocido por ningún factor, lo que causa que la
maquinaria de traducción se pare.

13. La replicación de DNA

a) requiere un templado de DNA, desoxirribonucleótidos, primers y DNA
polimerasa
b) puede ser iniciada de novo
c) requiere la adición de desoxirribonucleótidos al hidroxilo en el extremo 5’
libre
d) ocurre en una sola hebra del DNA
e) utiliza fragmentos de Okazaki en la hebra líder

14. Un gene típico eucariote consiste de

a) sitios internos de unión de ribosomas
b) intrones
c) exones
d) enhancers

15. Pueden surgir múltiples mRNA a partir de un transcrito primario por el uso
alternativo de
a) splicing
b) sitios de poliadenilación
c) promotores
d) sitios de unión de ribosomas

16. ¿Cuál de los siguientes enunciados es cierto respecto al genoma humano?

a) el 1.5% del genoma corresponde a secuencias codificadoras de proteínas
b) la longitud promedio de un intrón es de 10 kb
c) 10% del genoma se transcribe en precursores de mRNA
d) la mayoría de los exones humanos contiene entre 500 y 1000 pares de bases

17. La transposición de un elemento de inserción bacteriano

a) ocurre a una frecuencia de 1 en 1000 células por generación
b) puede inactivar un gene esencial
c) es mediado por un intermediario de RNA
d) requiere la transposasa

18. La transposición de un retrotransposón requiere

a) la RNA polimerasa
b) la transcriptasa reversa
c) la DNA metilasa
d) la DNA polimerasa
19. Un gene transcripcionalmente activo, comparado con uno inactivo, se esperaría que
a) contenga histonas acetiladas
b) contenga histonas desacetiladas
c) fuera sensible a DNasa I
d) fuera insensible a DNasa I

20. Las regiones asociadas al “scaffold” de los cromosomas

a) son los puntos de asociación de los cromosomas al huso acromático
b) pueden aislar unidades transcripcionales entre sí
c) son los puntos en los que el DNA interactúa con las histonas
d) se encuentran entre las unidades de transcripción

21. Los cromosomas metafásicos pueden ser identificados

a) por su forma
b) por el tamaño y número de sus intrones
c) por el patrón de bandeo con el colorante Giemsa
d) mediante el pintado de cromosomas (chromosome painting)

22. La telomerasa
a) extiende las cadenas de DNA durante la replicación
b) tiene actividad de transcriptasa reversa
c) es un complejo proteína RNA
d) replica DNA repetitivo localizado en el centrómero

23. El DNA mitocondrial humano

a) usa el código genético estandard
b) codifica para sus propios RNA ribosomales
c) contiene intrones al igual que los genes nucleares
d) es más grande que el DNA mitocondrial de levadura

24. Los elementos de control específicos en los promotores pueden

a) interactuar con factores generales de la transcripción
b) interactuar con proteínas represoras
c) interactuar con proteínas activadoras
d) permanecer inaccesibles debido al condensamiento de la cromatina

25. Las tres RNA polimerasas eucarióticas se distinguen por

a) los tipos de genes que transcriben
b) el número y tipo de subunidades grandes que tienen
c) las diferentes sensibilidades a cicloheximida
d) las diferentes sensibilidades a -amanitina
26. Un enhancer
a) puede estar localizado río arriba (upstream) del promotor
b) puede estar localizado río abajo (downstream) del promotor
c) puede estar localizado a distancias variables del promotor
d) está localizado a 1 kb del promotor
e) puede ser específico para un tipo celular en particular

27. ¿Cuál elemento de los siguientes NO se encuentra en proteínas de unión al DNA?

a) homeodominios
b) dedos de Zn
c) zippers de Leu
d) islas CpG

28. Los factores de transcripción pueden

a) tener una unión cooperativa
b) existir como heterodímeros
c) actuar para reprimir la transcripción de genes que codifican para factores de
transcripción
d) tener cambios conformacionales que alteran su actividad
e) nunca interactuar con co-represores

29. ¿Cuál es el primer factor que se une al promotor de genes que codifican para
proteínas en eucariotes?
a) RNA polimerasa
b) TFIIA
c) TFIIB
d) TFIID
e) TBP

30. ¿Qué ocurre durante la formación del complejo de preiniciación de la transcripción

de Pol II?
a) TFIIA se une a TFIIB
b) TFIIB desenrolla al DNA
c) TFIIB contacta a TBP y al DNA
d) el DNA se dobla

31. ¿Cuál de las siguientes NO requiere actividad de helicasa?

a) la función de SWI/SNF
b) la formación del complejo abierto de Pol II
c) la unión de factores de transcripción al DNA
d) la desacetilación de histonas

32. ¿Qué puede ocurrir cuando las hormonas esteroides se unen a su receptor?
a) cambios conformacionales en el receptor
b) traslocación del receptor fuera de la membrana celular
c) la unión del receptor a sus elementos de respuesta en el DNA
d) la estimulación de la transcripción
33. Las secuencias promotoras de los genes transcritos por Pol III se localizan
a) dentro de las secuencias transcritas de los genes
b) upstream de las secuencias transcritas de los genes
c) downstream de las secuencias transcritas de los genes
d) dentro del primer intrón

34. Las moléculas de pre-mRNA

a) existen como moléculas libres en las células eucarióticas
b) están asociadas con un conjunto abundante de proteínas nucleares
c) están localizadas en su mayoría en el citoplasma
d) están localizadas en su mayoría en el núcleo

35. ¿Cuál de los siguientes está asociado con la mayoría de los eventos de
poliadenilación?
a) corte del extremo 5’ de la molécula de RNA
b) armado de un gran complejo multiprotéico
c) el sitio AAUAAA upstream de donde ocurre la poliadenilación
d) la región rica en GU o U cerca del sitio de corte
e) la adición lenta de pocos residuos A seguida de una rápida adición de 200 a
250 más As.

36. ¿Cuál de los siguientes se requiere para que ocurra el splicing?

a) dos reacciones de transesterificación
b) intrones intactos, sin mutaciones
c) la formación de una estructura tipo lariat
d) un residuo G para la formación de la ramificación (branch point)

37. ¿Cúal de las siguientes moléculas NO está involucrada en splicing alternativo?

a) proteínas de unión al RNA
b) hnRNPs
c) intrones del grupo II, con auto-splicing
d) el spliceosoma

38. Los rRNAs 28S, 18S y 5.8S

a) son transcritos por la RNA pol II
b) son codificados por una sola unidad de transcripción
c) están arreglados en tandem
d) son procesados en el citoplasma

39. Los siguientes eventos ocurren durante la reparación de ruptura en doble cadena
mediante recombinación homóloga. Ordénalos cronológicamente:
a) activación de exonucleasas
b) unión de hebras complementarias homólogas por Rad51
c) activación de la cinasa ATM
d) actividad de la DNA polimerasa
e) actividad de la ligasa
40. Es el tipo de recombinación que ocurre durante la meiosis en eucariotes:
a) homóloga
b) heteróloga
c) sitio específica
d) por elección de copia
e) disyuntiva

41. Usas transcriptasa reversa y deoxinucleótidos radioactivos para hacer una copia
radioactiva de DNA a partir de un mRNA. Hibridas esta copia de DNA a DNA
nuclear y encuentras 7 posiciones distintas en los cromosomas donde hay
hibridación y existen tres asas sin hibridar en cada una de estas siete posiciones. De
esto concluyes que:
a) Existen 7 copias del gene para ese mRNA y tres segmentos no transcritos en
cada gene
b) Existen 7 copias del gene para ese mRNA y tres exones en cada gene
c) Existen 3 copias del gene para ese mRNA y siete exones en cada gene
d) Existen 7 copias del gene para ese mRNA y tres intrones en cada gene
e) Existen 21 copias del gene para ese mRNA en ¨clusters¨ de 3 genes por
cromosoma.

42. Una región de este rRNA se aparea con la secuencia Shine-Dalgarno:

a) 5S
b) 16S
c) 23S
d) 50S
e) 5S

43. ¿Cuál de las siguientes es una diferencia entre un operón inducible y uno represible?
a) En uno inducible, el ligando se une a la proteína regulatoria.
b) En uno represible, el complejo regulador-ligando se une al operador.
c) En uno represible, todos los genes estructurales tienen una función común.
d) En uno inducible, la RNA polimerasa se une al promotor.
e) Ninguna de las anteriores.

44. La estructura terciaria del RNA es dependiente en su mayoría de:

a) La tendencia a esconder nucleótidos hidrofóbicos dentro de la molécula.
b) La formación de enlaces covalentes adicionales entre nucleótidos no
adyacentes.
c) La formación de pares de bases complementarios entre nucleótidos no
adyacentes.
d) La formación de puentes salinos entre el esqueleto de azúcar-fosfato.
e) Ninguna de las anteriores.
45. Señala la aseveración que es falsa
a) Durante la replicación del DNA hay errores que tienen que ser reparados por
un mecanismo molecular.
b) Las mutaciones son mecanismos que permiten la variación genética.
c) Mientras más mutaciones presente un individuo, mejor va a estar adaptado.
d) Existe más de un mecanismo de reparación del DNA.
e) La reparación del DNA requiere de energía proveniente del ATP.

46. Después de que se publicó la estructura del DNA y se sugirió su posible mecanismo de
replicación, surgieron problemas de tipo "topológico" para explicar realmente cómo se
llevaba a cabo esta replicación. Se propusieron tres modelos: el de la replicación
conservativa, el de la replicación dispersiva y el de la replicación semiconservativa.
Meselson y Stahl llevaron a cabo un experimento con el que se pudo definir cuál de estos
tres modelos era el bueno. El experimento se esquematiza a continuación. Esquematiza y
explica cuál era el resultado que esperaban para cada uno de los tres diferentes modelos de
replicación y cuál fue el que obtuvieron. (4 puntos)

47. La primera secuencia es la secuencia original de un ORF. Las siguientes secuencias han
sufrido mutaciones (subrayado). Explica cual ha sido la mutación sufrida en cada caso y
qué efecto tiene. (2 puntos)

a)…ATGGGCAAATATAGCATTCCATAAAAATATATA…
b)…ATGGGAAAATATAGCATTCCATAAAAATATATA…
c)…ATGGGCATATATAGCATTCCATAAA AATATATA…
d)…ATGGGCAAATA AAGCATTCCATAAAAATATATA…
e)…ATGGGCAAATATAGCATTCCAT TAAAATATATA…
f)…ATGGCAAATATAGCATTCCATAAAAATATATA…
g)…ATGGGCTATAGCATTCCATAAAAATATATA…
48. La siguiente figura muestra los resultados de un experimento donde se usó mRNA y
RT-PCR. Se disectó un embrión de rana en la etapa 8 y se separaró en tres partes o se usó
completo (carril marcado como embryo). EF1 es un factor de elongación que se usa durante
la traducción en todos los tejidos. (3 puntos)

a) ¿Cuál fue el propósito de usar EF1?

b) ¿Cuál fue el propósito de no ponerle transcriptasa reversa en el carril marcado como –
RT?
c) ¿Qué se concluye de esta figura?
49. Te han dado a identificar la siguiente molécula. Por supuesto que inmediatamente
reconoces que es un pedazo de doble cadena de DNA y hasta notas que las bases que se ven
probablemente tienen tres puentes de hidrógeno entre ellas. (1 punto)

a. Dime ¿qué base está a la derecha y qué base a la izquierda?.

b. Y ¿qué base está en el extremo 5’ y cuál en el 3’?

50. ¿Cómo clonarías el gene de resistencia a ampicilina del plásmido A al plásmido B

(ambos están completamente secuenciados) en el sitio Kpn indicado con una flecha?
¿Cómo sabrías si tu estrategia de clonación fue exitosa? (3 puntos)

pA mide 3.6 kb y pB mide 3.0 kb

51. ¡Buenas noticias! Te han dado un trabajo en un reconocido laboratorio que estudia
cáncer (con un MUY buen salario). Tu primera tarea es clonar mediante PCR la región
codificadora del gene CDC26 de levadura en el sitio BamHI del vector de expresión pET-
3ª. Esta es la secuencia de CDC26:

CDC26 coding DNA:

1 ATGATCAGAA GGGCCCCTAC CACCTTGCAG CTCAGTCACG ACGACGTAAC
51 CTCTCTGATC GATGACCTGA ACGAGCAGAA ACTCAAGCAG CAGCTGAATA
101 TCGAGAAGAC AAAATACTTC CAAGGAAAAA ATGGCGGATC GCTGCACTCC
151 AATACAGACT TTCAGGACAC ATCGCAGAAT ATCGAAGACA ACAATAACGA
201 TAACGATAAC GATATCGATG AAGATGACGA CATGTCATCT TACAACGACA
251 AAGCAGCCTC GGTAGCGCAC ACCAGAGTCC TCAATTCCTT GCATCTGTCC
301 ACCGACAGCA ATACCGCCCA CGAGACGTCC AATGCAAACG ACAACCACAA
351 CCCCTTCTAC ATCCGCGAGG AATAA

Dime ¿qué primers usarías (asegúrate de escribirlos de 5’ a 3’)?, ¿cuál sería la Tm de cada
uno de ellos (usando la fórmula de 2 grados por cada A/T y 4 por cada G/C)? y ¿cuántos
aminoácidos tiene CDC26? (2 puntos)