Biología Molecular

Tema 1 - Estructura de los ácidos nucleicos

Tema 2 - Genes y Genoma

Estructura de los ácidos nucleicos

1. Estructura Primaria

Cromosomas: Estructuras que contienen material genético, compuesto de ADN +

proteínas.

- ADN se encuentra en forma de doble hélice

- Cada una de las hebras que constituyen la
hélice está compuesta de nucleótidos
- Los nucleótidos están unidos mediante
enlace covalente fosfodiéster
- El enlace es fosfodiéster porque hay dos
enlaces fosfoesters en la molécula
- El enlace fosfodiéster une el grupo fosfato
de un nucleótido con el azúcar del
nucleótido adyacente (3´)

- Un nucleótido está constituido por un grupo fosfato

unido a una pentosa (en el caso del DNA es una
desoxirribosa) con una base nitrogenada (A, T, C y G)
unida a su vez a la pentosa.

- Nucleótidos de la misma hebra se unen siempre de la

misma forma, el fosfato 5' con el 3' hidroxilo del
siguiente nucleótido, estableciéndose siempre la misma
dirección cabeza-cola (5’->3’)

- -Nucleósido: base nitrogenada + azúcar

- -Nucleótido: base nitrogenada + azúcar + grupo fosfato
- -Enlace N-glucosídico: entre el C de la base nitrogenada y el azúcar.
- -Enlace fosfoéster: entre el carbono del azúcar y el oxígeno del grupo fosfato.
- -Enlace fosfodiéster: dos enlaces fosfoéster.

- Las dos hebras de DNA se mantienen juntas

gracias a la formación de puentes de H entre sus
bases nitrogenadas: A-T (dos enlaces) y C-G (tres
enlaces)
- Estas hebras son complementarias y antiparalelas.

- Bases púricas: A y G (dos anillos fusionados )

- Bases pirimidínicas: T, C y U (un anillo)
2. Reglas de Chargaff para ADN de doble hélice

•La proporción de Adenina (A) es igual a la de Timina (T). A = T. La relación entre

Adenina y Timina es igual a la unidad (A/T = 1).

• La proporción de Guanina (G) es igual a la de Citosina (C). G= C. La relación entre

Guanina y Citosina es igual a la unidad ( G/C=1).

• La proporción de bases púricas (A+G) es igual a la de las bases pirimidínicas (T+C).

(A+G) = (T + C). La relación entre (A+G) y (T+C) es igual a la unidad (A+G)/(T+C)=1.

• La proporción entre (A+T) y (G+C) es característica de cada organismo, pudiendo

tomar por tanto, diferentes valores según la especie estudiada. Este resultado indicaba
que los ácidos nucleicos no eran la repetición monótona de un tetranucleótido. Existía
variabilidad en la composición de bases nitrogenadas.

Si el genoma es monocatenario, esta regla no se cumple. (formado por una sola

cadena)

Normalmente la composición de bases de una molécula de ADN de un organismo se

expresa como su contenido de G+C. Se usan para calcular la Tm (temperatura de
fusión: la necesaria para desnaturalizar el ADN). Tiene aplicaciones para el diseño de
oligos para PCR.
 2. Estructura secundaria del B-ADN

Rosalind Franklin:

Rosalind Franklin y Maurice Wilkins obtuvieron

mediante difracción de rayos X imágenes de alta
resolución de fibras de ADN, demostrando la forma B
del ADN que proporcionó evidencia de que el ADN tenía
una estructura helicoidal
(la forma B del ADN no es un tipo diferente de ADN,
sino simplemente una descripción de la estructura de
doble hélice)

- La forma B del DNA que se encuentra en disoluciones acuosas es una hélice regular
que hace un giro completo cada 3,4 nm (34 A).
- La distancia entre nucleótidos adyacentes es 0,34nm (3,4 A)
- Hay 10 nucleótidos por vuelta.
- Apertura (Distancia entre fosfato y azúcar de izquierda y derecha) es de 20
Armstrong

Surco mayor y menor:

- Carbono 1 de los azucares no se dispone simétricamente alineado a las bases por

lo cual aparecen surcos de tamaños desiguales en la hélice
- Como consecuencia de la asimetría de los pares de nucleotidos se forman surcos
mayor y menores

- T y A forman el surco mayor

- C y G forman el surco menor

- Surco mayor: Más ancho y profundo que el surco

menor, bases nitrogenadas menos protegidas facilitan el
acceso de proteínas (sitio de mayot interacción con
proteínas, Proteínas reconocen surco mayor para
silenciar cortaar etc.)

- Surco menor: Más estrecho y profundo, bases

nitrogenadas más protegidas y menos accesible para
proteínas (interacciones menos especificas y más
débiles con proteinas)
3. Variaciones en la estructura del ADN

B-ADN es la forma principal de ADN (cuando está en una solución acuosa)

La forma A-ADN (más comprimido) predomina en una disolución pobre en agua (ej
solución con mucha sal) (11 NUCLEOTIDOS POR VUELTA)

La forma Z (más estirada) presenta una rotación a izquierdas de la hélice (12

NUCLEOTIDOS POR VUELTA)
 4. Variantes locales de la estructura secudaria del B-ADN

- Curvatura de la doble hélice: pequeñas diferencias locales en la estructura de los

DNAs que dependen de los nucleótidos integrantes. En otros casos, es forzada por
la unión de una proteína al DNA. Ej: El fago utiliza este motivo para unirse al DNA.

- Palíndromos: regiones del DNA donde la secuencia es la misma en ambas hebras y

con una simetría rotacional de 180o alrededor del palídromo. Dan lugar a
estructuras secundarias peculiares en el DNA y RNA. Las secuencias palindrómicas
son autocomplementarias.

- Suelen ser lugar de unión de las proteínas, (el ADN simboliza de esta forma dónde
tienen que suceder cosas):

- Sirven como lugares diana de enzimas de restricción que cortan al ADN (Enzimas de
restricción reconocen el bucle y hacen cortes).

- Lugares diana suelen ser secuencias específicas de bases en la molécula de ADN que
son reconocidas por proteínas específicas (Los bucles son sitios de reconocimiento
para las enzimas de restricción)

- Sirven como centros reguladores de la expresión génica (unión de factores de

transcripción)

- Las secuencias palindrómicas son autocomplementarias. Estos se forman de manera

espontánea durante la replicación. Un ejemplo lo vemos en el ARNt
(Cuando se dice que estas secuencias son "autocomplementarias", significa que la secuencia de bases en un lado de la molécula es complementaria a la
secuencia en el otro lado. En la estructura del ADN, esto significa que las bases adenina (A) se emparejan con timina (T) y las bases citosina (C) se emparejan con
guanina (G). Por lo tanto, si tienes una secuencia palindrómica en el ADN, su complemento será una réplica exacta de sí misma cuando se lee en sentido inverso)

Palíndromo en cadena sencilla se llama horquilla

Palindromo en doble hebra se llama cruciforme

H-DNA (triple hélice): estructura poco habitual

formada por 3 hebras. Se descubrió por primera
vez en RNA, pero es más frecuente en DNA y se
forma en regiones ricas en pirimidinas (CT) en
una hebra y en purinas (AG) en la
complementaria. La zona rica en CT se repliega
con la rica en AG mediante enlaces de Hoogsteen
(tipo especial de puentes de H). Son frecuentes
en los extremos de los cromosomas.
 5. Motivos proteicos

Algunas estructuras tridimensionales se repiten en distintas proteínas y son

responsables de su interacción con secuencias específicas de DNA.
A estas estructuras se las denomina "motivos estructurales".
Son especialmente importantes en las proteínas llamadas factores de transcripción. Los
principales motivos responsables de la interacción con el DNA son:
Hélice-giro-hélice, Hélice-bucle-hélice, Homeodominio, Cremallera de leucina, Dedo de
zinc

- Los motivos proteicos forman parte de la estructura terciaria de la proteína e

interaccionan con la doble hélice del DNA, normalmente por el surco mayor.
- La interacción suele producir un cambio de conformación que provoca una
desnaturalización local, que favorece el acceso de otras proteínas

Motivo hélice-giro-hélice (helix-turn-helix): se encuentra en

proteínas reguladoras de expresión génica (en virus,
procariotas y eucariotas). Está formado por dos segmentos
peptídicos en α-hélice, de estructura rígida separados por un
giro (pocos aá). La hélice de reconocimiento encaja en el
surco mayor del DNA.

Motivo hélice-bucle-hélice (hélix-loop- hélix):

consta también de dos segmentos en α-hélice, pero en este caso el
péptido que lo une es más largo (más aá), con más posibilidades
de orientación de la hélice.

Motivo homeodominio (homeodomain):

Muchas repeticiones seguidas del motivo hélice-giro-hélice que
aparece repetidamente. Es importante en proteínas que regulan el
desarrollo embrionario, especialmente en Drosophila.
(La gran mayoría de los homeodominios reconocen un elemento
basal del DNA altamente conservado que sirve como promotor en
muchos genes (motivo TATA). Aminoácidos de interacción: Ser,
Arg, Asn. )

Motivo dedo de Zinc (zinc finger):

Frecuente en proteínas Eucariotas como el TFIIIA y el receptor de
estrógenos. Suelen observarse múltiples dedos de zinc
consecutivos. Está formado por 30 aas, de los cuales 2 Cys y 2 His
aparecen coordinadas tetraédricamente con un ion Zn 2+. Se
unen por enlaces de coordinación.
Motivo cremallera de leucina (leucine zipper):
Dos alfa hélices que tienen un residuo de Leu cada 7
aminoácidos (cada 2 vueltas de hélice). 2 cadenas de este tipo
se asocian hidrofóbicamente intercalando restos de Leu que
encajan en el surco mayor del DNA. Formación de una
estructura en forma de “Y”. Ej: proteínas reguladoras de la
transcripción bZIP.
 6. Estructuras de orden superior. Superenrollamiento

El superenrollamiento explica como el DNA puede alojarse en el interior de la célula. La

torsión de la hélice B genera una Superhélice.

Superenrrollamiento positivo:
Se generan 2 vueltas más y en cada vuelta se pierde 0,5 pares de bases
22 vueltas de hélice
10 pares de bases por vuelta

Superenrrollamiento negativo:
Se generan 2 vueltas menos y en cada vuelta 0,5 pares de bases más
18 vueltas de hélice
11,1 pares de bases por vuelta

(DNA Relajado tiene 210 pares de bases, 10,5 por vuelta)

- Organización del cromosoma, explicando cómo el DNA puede

alojarse en el interior de la célula

- Se da en bacterias, en ADN de doble cadena circular. Mitocondrias

y cloroplastos

¿Qué hace que las moléculas de ADN en las células adopten conformaciones
superenrolladas?

Topoisomerasas: (Son distintas en procariotas y eucariotas)

- Topoisomerasa I (En células eucariotas y algunos procariotas)

Corta UNA hebra y pasar permitiendo que la hebra cortada gire alrededor de la
hebra intacta antes de volver a sellarla
Alivia el superenrollamiento negativo.
Resulta en la generación de una sola vuelta de superenrollamiento en el ADN
Se usa como diana terapéutica (antitumoral): la camptotecina impide el re-ligado
de la hebra de ADN cortada por la Top. 1
 Aplicaciones de los inhibidores de las topoisomerasas: antitumorales

IRINOTECAN: se emplea en el cáncer colorrectal avanzado combinado con

5-Fluorouracilo en pacientes sin quimioterapia anterior o en monoterapia
para pacientes que han fracasado a un régimen anterior con 5-
Fluorouracilo

CAMPTOTECINA: interacciona con el complejo Topo I-DNA produciendo

citotoxicidad al impedir el re-ligando de la hebra de ADN cortada por la
TOP

(Tanto el Irinotecan, Topotecan, SN-38 son de síntesis artificial partiendo de la base

de la Camptotecina)

- Topoisomerasa II (En células eucariotas)

Cortan las DOS hebras
Resulta en la generación de multiples vueltas de superenrollamiento
Superenrolamiento positivo
Importante durante la replicación y transcripción del ADN
Se usa como diana terapéutica: los etopósidos (derivados sintéticos de podofilina)
se usan para impedir el religado en tratamiento de leucemias y cánceres.

- VEPESID: (Topoisomerasa II)

se usa en tumores testiculares, leucemias, cáncer microcítico de pulmón y
linfomas.

- TENIPOSIDO: Vumon (Topoisomerasa II)

Se emplea en algunos tipos de leucemias y linfomas asi como en los tumores
intracraneales malignos.

Inhibidoras de la topoisomerasa II como antimicrobianos: