La mayoría de expediciones fueron empresas privadas, realizadas con el permiso de Carlos V,

pero declarando siempre la soberanía de la Corona española sobre todos los territorios
conquistados, si bien estos se consideraron desde 1492 parte de la Corona de Castilla, al
haber impulsado ese reino las primeras expediciones de exploración y conquista de las Indias
y la Tierra Firme, término que engloba a las islas del Caribe y a toda América.
Tras las conquista de los territorios de los actuales México y Perú, que trajeron
grandes civilizaciones indígenas bajo el dominio español, se presentó en Carlos un deber
sobre como lidiar la administración de estas tierras, empezando así la creación de estructuras
de gobierno e instituciones en las Américas, desarrollándose el Derecho indiano. Carlos desde
antes había comenzado a crear consejos en España para supervisar aspectos de sus reinos,
primero reorganizando el ya existente Consejo de Castilla (establecido por los Reyes
Católicos). Posteriormente, al ser consciente de la importancia de las Américas, fundó
el Consejo de Indias en 1524 para hacer frente a las complejidades de las posesiones de
ultramar del Reino de Castilla. A diferencia de sus posesiones europeas, las cuales no
estaban consolidadas geográficamente a falta de contigüedad pero que, sin embargo, estaban
relativamente cerca unas de otras, gobernar las Américas tenía que tener en cuenta
el Océano Atlántico. Antes de la creación de los virreinatos, estableció una Real
audiencia para administrar la justicia; así como formalizó la conversión de las poblaciones
indígenas al catolicismo, la llamada "conquista espiritual", mediante el envío de
frailes franciscanos, dominicos y agustinos a partir de mediados de la década de 1520. Con el
descubrimiento de grandes yacimientos de plata en el norte de México en la década de 1540 y
en 1545 en Perú en Potosí, los asesores de Carlos instaron a la regulación de la minería y
aseguraron que los lingotes fueran dirigidos a las arcas de la corona, incluso permitiendo a los
indios la potestad de poseer minas y explotarlas. Las soluciones administrativas ad hoc del
período temprano de la conquista dieron paso al establecimiento por parte de Carlos
del Virreinato de Nueva España en la Ciudad de México (1535), la capital española fundada
sobre las ruinas de la capital azteca de Tenochtitlán . Después de la conquista española
del Imperio Inca en la década de 1530, Carlos estableció el Virreinato del Perú en la recién
fundada capital española de Lima (1544).
Cuando se hizo evidente que era importante establecer el control real, Carlos buscó socavar el
poder creciente de una elite de conquistadores, sobre todo a los Encomenderos a los que se
les otorgaron concesiones personales de mano de obra indígena a perpetuidad (Encomienda),
mediante la promulgación de las Nuevas Leyes de 1542, que puso fin a los derechos de los
titulares de las concesiones en perpetuidad. Sin embargo, en Perú, resultó en una gran
rebelión española contra la corona (Guerra de los Encomenderos) cuando el recién nombrado
virrey, Blasco Núñez Vela, intentó implementar la medida. En México, el Virrey don Antonio de
Mendoza prudentemente no lo hizo al principio. En Perú, el nuevo virrey fue asesinado. Esto
se debió a que para muchos colonos españoles, las Nuevas Leyes parecían una declaración
de guerra, y su reacción hostil fue rápida y abrumadora, incluso generándose propuestas de
independencia para crear Reinos americanos independientes de la autoridad de España y
controlados por los militares españoles en rebelión.58 El violento levantamiento requirió una
gran respuesta militar, organizada por Pedro de la Gasca , a quien Carlos concedió amplios
poderes para restablecer la autoridad real. La rebelión en Perú coincidió con una en
Alemania contra los Protestantes. En las Américas, Carlos se vio obligado a moderar la orden
inicial que puso fin a la herencia de la encomienda, permitiendo que las donaciones se
transmitieran a una generación más, pero se negó a ceder en la cuestión de permitir la
esclavitud de los indígenas por parte de los españoles. Sobre los rebeldes españoles que
apoyaron la causa de Gonzalo Pizarro (que podría haber establecido un reino de Perú, con él
mismo como gobernante). Carlos apoyó plenamente la decapitación de Pizarro y la ejecución
y confiscación de propiedades de sus partidarios. Esto fue similar al tratamiento de
los comuneros rebeldes a principios de su gobierno ibérico. La ejecución de Pizarro marca el
final de la rebelión española contra la corona.596061
Estas grandes expansiones territoriales convencieron a la idea imperial de Carlos sobre su
misión divina para convertirse en el líder global de la cristiandad, en tanto que aún percibía
como una importante amenaza al Islam y el Imperio otomano en particular como soberanos
del otro hemisferio.
En cuanto a la cuestión del tratamiento de las poblaciones indígenas, aquello había ocupado
constantemente los pensamientos de los abuelos maternos de Carlos, y cuando las
poblaciones indígenas del Caribe fueron diezmadas por enfermedades y exceso de
trabajo, comenzó el transbordo de esclavos africanos para reemplazar la mano de obra. El 28
de agosto de 1518, Charles emitió una carta que autorizaba el transporte
de esclavos Negros directamente desde África a las Américas. Hasta ese momento (al menos
desde 1510), los esclavos africanos solían ser transportados a Castilla o Portugal y luego
habían sido transbordados al Caribe. La decisión de Carlos de crear un comercio de esclavos
directo y económicamente más viable de África a América cambió fundamentalmente la
naturaleza y la escala del comercio transatlántico de esclavos.62 La protección de las
poblaciones indígenas contra la explotación de los españoles fue la motivación clave detrás de
la emisión de las Leyes Nuevas de 1542 por parte de Carlos.

Alegoría del emperador Carlos V como "gobernante

del mundo" (pintura de Peter Paul Rubens, 1604).
Durante el 3 de julio de 1549, Carlos I ordenó al Consejo de Indias detener todas las
conquistas hasta tener la certeza de que España estaba actuando conforme a la recta moral,
por lo que se suspendió la penetración en el continente americano hasta 1556.6364 Esto se
debió a que surgieron cuestiones filosóficas, sobre todo de parte de los juristas católicos y
filósofos escolásticos, sobre si la Monarquía Hispánica poseía el derecho moral para
conquistar legalmente las Indias. Ya desde el año 1542 se estaba desarrollando una crisis
moral en el gobierno por causa de la colonización española en América, en tanto que
la Corona de Castilla estuvo abrumada por las constantes denuncias de abusos que estaba
recibiendo, sobre todo de parte de las conquistas en el Perú y las que se daban en el Nuevo
Reino de Granada, lo que provocaría angustias en personas de todos los Estamentos, así
sean prelados como caballeros de la Nobleza española.65 Así, Carlos I, influido por las
reflexiones de Francisco de Vitoria y la Escuela de Salamanca, junto a la presión de
los misioneros como Bartolomé de las Casas, quiso tener la seguridad de que su poder era
irreprochable. Por lo que se ordenó parar todas las empresas militares en los dominios de
ultramar hasta que una junta de sabios dictaminara sobre la forma más justa de llevarlas a
cabo, considerándose seriamente el abandono total o parcial del Nuevo Mundo hasta que se
resolviera la duda imperial al respecto de como evitarse en el futuro la posibilidad de
descubrimientos abusivos, conquistas avasalladoras y colonizaciones depredadoras que se
basaran en la explotación opresiva de la mano de obra indígena. Finalmente, esto se realizó
en la Junta de Valladolid, del cual surgirían concepciones sobre los Derechos humanos de
los indios acorde al Derecho natural Tomista, siendo la Monarquía Hispánica una pionera,
tanto en la teoría y en la praxis, sobre como abordar el respeto hacia el conquistado. 66
Teólogos y juristas de todas las partes del imperio empezaron a llegar a la capital,
presentándose las mejores almas de España, como Domingo de Soto, Bartolomé de
Carranza, Melchor Cano, y también Pedro de la Gasca (el primer pacificador del Perú tras
las Guerras civiles entre los conquistadores del Perú) junto a los jurisconsultos del Consejo de
Indias. Bartolomé de las Casas defendería que las guerras de conquista eran injustas,
mientras que Juan Ginés de Sepúlveda defendería lo contrario. El tribunal tras largos debates,
votó y empató, por lo que no hubo sentencia oficial, pero sí varios informes vinculantes en los
que el fin era que se asegurara que el trato que se confería a los nativos era correcto. Fue la
primera vez que los reyes y los teólogos se plantearon que los hombres tienen derechos
fundamentales por el mero hecho de ser hombres (Ius gentium), derechos de la Ley
eterna que son anteriores a cualquier ley positiva escrita en los tratados. Nunca antes un
pueblo europeo se había preguntado con tal profundidad dónde acaban los derechos propios,
los derechos del vencedor, y dónde empiezan los derechos ajenos, los del vencido. Nunca el
poder se había sometido de tal manera a la filosofía moral.
Finalmente, España no abandonó las Indias, en gran medida basándose en los dichos de
Vitoria: “Después de que se han convertido allí muchos bárbaros, ni sería conveniente ni lícito
al príncipe abandonar la administración de aquellas provincias”.67 Por lo tanto, se mantuvo el
dominio español como Sepúlveda reclamaba, pero se reconoció que los indios eran personas
con derechos propios como De las Casas abonaba y consagrándose en las Leyes Nuevas,
junto a la bula papal Sublimis Deus. Ante ello, ya no se hablaba de conquista, sino de
pacificación, por lo que se reanudó la urbanización, con instrucciones específicas para evitar
daño a los indios. Las regulaciones sobre como deber actuar en el futuro, en materia de
descubrimientos y de colonizaciones, fueron las siguientes:65