Relaciones filogenéticas y distancias genéticas en 7 géneros de

las familias Psittacidae y Psittacullidae (Aves: Psittaciformes:

Psittacoidea).
Jhon Sequeda Domínguez; Keila Miranda Moreno.
Asignatura: Bioinformática, Programa de Biología, Universidad de Sucre
jsequedad21@hotmail.com – keila.fmm@gmail.com

Fecha de entrega: 12/Julio/2019

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Resumen

Las familias Psittacidae y Psittacullidae son 2 de las 3 familias de la superfamilia Psittacoidea del orden Psittaciformes conocidos
como “Loros típicos”, son familias extensas y que a pesar que los estudios filogenéticos han conducido a una reclasificación de los
clados, aún quedan brechas en los datos obtenidos de la información genética. Se corrió un analisis de secuencias de nucleótidos
para el marcador ND2 para 40 especies del orden Psittaciformes y 1 grupo externo del orden Piciforme que fueron descargadas de
la base de datos de GenBank; Se obtuvo un dendograma mediante Neighbor Joining y 2 árboles filogenéticos uno por Maxima
verosimilitud y otro por inferencia bayesiana, Los resultados nos mostraron las relaciones entre los 7 géneros además una tabla
de distancias entre grupos seleccionados.

Palabras Clave: Psittacidae, Psittacullidae, ND2, Maxima verosimilitud, Inferencia bayesiana.

Abstract

The families Psittacidae and Psittacullidae are 2 of the 3 families of the Psittacoidea superfamily of the order Psittaciformes
known as "typical Parrots", they are extensive families and that although phylogenetic studies have led to a reclassification of the
clades, there are still gaps in the data obtained from genetic information. An analysis of nucleotide sequences for the ND2 marker
was run for 40 species of the order Psittaciformes and 1 external group of the order Piciforme that were downloaded from the
GenBank database; A dendrogram was obtained by Neighbor Joining and 2 phylogenetic trees, one by Maximum likelihood and the
other by Bayesian inference. The results showed us the relationships between the 7 genera as well as a table of distances between
selected groups.

Keywords: Psittacidae, Psittacullidae, ND2I, Maximum likelihood, Bayesian inference.

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genética en las poblaciones es muy útil ya que precisan

1. INTRODUCCIÓN información verificable y concreta (Ashley & Down, 1994).

Es por esta razón que con este estudio filogenético se
Aotus un género de primates platirrinos, únicos integrantes
pretende realizar una actualización filogenética y un análisis
de la familia Aotidae, (Rylands & Mittermeier, 2009)
de las distancias genéticas intraespecificas y con relación a
distribuidos en los bosques tropicales de Centro y
otras especies de Platirrinos utilizando el marcador
Sudamérica, desde el oeste de Panamá hasta el norte de
molecular Citocromo oxidasa subunidad II.
Argentina, (Fernández, 1993)

Específicamente el gen mitocondrial citocromo II oxidasa, es

A la fecha se reconocen los estudios con hipótesis
un componente obligatorio de la cadena respiratoria, la
filogenéticas (Ashley & Vaught, 1995) (Plautz et al 2009) en
región control del ADNm se considera importante por
donde se utilizaron seis y 12 secuencias de ADN mitocondrial
contener el origen de la replicación.
respectivamente y análisis filogenetico de diferentes
especies utilizando el gen mitocondrial citocromo II oxidasa,
(Camargo, 2009). 2. METODOLOGÍA

El uso de marcadores moleculares en los análisis genéticos 2.1 Dataset y Alineamiento de secuencias.
poblacionales ha permitido en las últimas décadas esclarecer
filogenias, fitogeografías y patrones evolutivos. Por lo tanto Se descargo el dataset desde la plataforma NCBI para el gen
su uso como herramienta para determinar estructura ND2 en formato FASTA, 40 especies de 7 géneros distintos de
Psittaciformes y 1 grupo externo del orden Piciforme, se
alineo las secuencias con el algoritmo ClustalW desarrollado
mediante el software MEGA (v5.2.2).
2.2 Selección de modelos de substitución
El modelo de substitucion fue seleccionado en el programa
de MEGA (v5.2.2) para la construcción del árbol de distancias
por el método Neighbor Joining y en el programa JModeltest
(v2.1.10) para la construcción del árbol de Maxima
Verosimilitud (ML) por el criterio de información Akaike (AIC)
e inferencia bayesiana por el criterio de información
Bayesiano (BIC).
2.3 Creación y visualización de árboles
Para la creación del árbol de distancias se usó el método de
Neighbor – Joining, (Tamura et al., 2013) para el marcador
molecular ND2. El soporte fue obtenido con 1000 réplicas de
bootstrap (Felsenstein, 1985) y fue visualizado en el
programa MEGA 5.20. El análisis de Maxima Verosimilitud fue
por cuenta del programa PhyML (v3.1), la visualización de
este árbol se dio por medio de FigTree (v1.4.3) por el
parámetro aBayes, mientras que la inferencia bayesiana se
realizó en MrBayes y los factores se analizaron en Tracer
(v1.7.1) y se observó el arbol en FigTree.
2.4 Distancias genéticas.
Se realizaron las distancias tanto para los grupos
seleccionados, el proceso se realizó por el programa MEGA
(v5.2.2) también utilizando el modelo que se identificó para
el marcador molecular ND2 con un soporte de 1000
bootstrap.
3. RESULTADOS
3.1 Dataset y Alineamiento de secuencias.
Las 40 especies de loros típicos y el grupo externo se
visualizan en la Tabla 1.
Con el alineamiento se obtuvo un total de 1041 sitios totales
donde 440 fueron conservados, 601 sitios variables y 486
sitios parsimoniosamente informativos.
3.2 Selección de modelos de substitución
Para el arbol de distancias por el método Neighbor – Joining
se obtuvo el modelo Tamura - Nei con gamma (TN93 + G) con
un criterio de información Akaike de 19480,810, para
maxima verosimilitud el modelo general de inversión de
tiempo con gamma e invariantes (GTR + G) y se realizó en
JModeltest (v2.1.10) con un –lnL de 9382.7620 para el AIC e
inferencia bayesiana se obtuvo el Modelo transicional con
gamma e invariante (TIM2 + G + I) con –lnL de 9388.9823para
el BIC (Posada y Crandall, 1998).
3.3 Creación y visualización de árboles
El dendograma, realizado con un bootstrap de 1000 nos
arrojó un SBL= 1.94107302 y se observa en la figura 1. El
arbol de Maxima Verosimilitud fue visualizado en FigTree con
un height= 0,7004 y se observa en la figura 2 al igual que el
arbol de inferencia bayesiana se observó con FigTree con un
height= 0,5831 y se aprecia en la Figura 3.
3.4 Cálculos de distancia genética
Se presenta los resultados de las distancias genéticas entre
las familias en la Tabla 2.
Tabla 2. Distancias entre las familias.
Mientras que las distancias genéticas para los géneros se
presentan en la tabla 3.
4. DISCUSIÓN
Los dos clados representados por cada familia estan
plenamente definidos y son monofileticos, los géneros de
Psittacidae que tiene más relación con la familia
Psittacullidae son Guaruba y Ara.
Las distancias entre familias muestran lo estrechamente
relacionadas que estan, lo que indica que comparten muchas
características y probablemente divergieron recientemente
causando la gran diversidad que se conocen de estos loros
típicos.

Es importante realizar estudios donde se incluyan a todas las

especies posibles para representar los distintos géneros para
esclarecer su filogenia y corroborar si los resultados que se
han obtenido hasta han sido buenos o puedan mejorar.

5. REFERENCIAS
 Especies
Amazona aestiva Eos borneal
Amazona albifrons Eos histrio
Amazona amazonica Eos reticulata
Amazona autumnalis Eos squamatal
Amazona farinosa Forpus coelestis
Amazona festiva Forpus conspicillatus
Amazona ochrocephala Forpus cyanopygius
Amazona viridigenalis Forpus modestus
Ara ambiguus Forpus passerinus
Ara ararauna Forpus xanthops
Ara glaucogularis Forpus xanthopterygius
Ara macao Guaruba guarouba
Ara militaris Platycercus adscitus
Ara severus Platycercus caledonicus
Brotogeris chiriri Platycercus elegans
Brotogeris chrysoptera Platycercus eximius
Brotogeris cyanoptera Platycercus icterotis
Brotogeris jugularis Platycercus venustus
Brotogeris pyrrhopterus Ramphastos sulfuratus
Brotogeris sanctithomae
Brotogeris tirical
Brotogeris versicolurus

Tabla 1. Especies seleccionadas y descargadas desde GenBank.

Tabla 3. Distancias genéticas entre los géneros.

Figura 1. Arbol de distancias realizado por el método Neighbor Joining.

Figura 2. Arbol filogenetico desarrollado por el método de maxima verosimilitud.

Figura 3. Arbol de inferencia bayesiana.