Laboratorio Genética de Poblaciones

Escuela de Biología – Universidad Industrial de Santander

Semestre 2023-1
Laboratorio semana 6

Laboratorio uso Software Arlequin y DNAsp

 Arlequin es software integrado para el análisis de datos de genética de poblaciones. El objetivo

de este es proporcionar al usuario un conjunto bastante amplio de métodos básicos y pruebas
estadísticas, con el fin de extraer información sobre las características genéticas y demográficas
de una colección de muestras. Los autores son Laurent Excoffier, Guillaume Laval, Stephan
Schneider y Heidi Lischer.

Tomado y modificad de:

https://www.cmpg.iee.unibe.ch/services/software/arlequin/index_eng.html#:~:text=Arlequin
%20is%20an%20integrated%20software%20package%20for%20population,demographic
%20features%20of%20a%20collection%20of%20population%20samples.
 
Archivo de haplotipos con DNAsp

1. Instalación del programa: 

Descargue e instale el programa ingresando al siguiente link y elija el instalador de acuerdo a su

equipo http://www.ub.edu/dnasp/
 
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2. Selección set de datos poblacionales: 

 Ingrese a DNAsp y cargue el set de datos FASTA del laboratorio anterior de Sethopaga
striata
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 Verifique la cantidad de individuos y el largo de la secuencia: 125 individuos, 902pb

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 Asigne el número de sets de secuencias de acuerdo a las localidades descritas en el

Excel.
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 Deben crear localidad por localidad seleccionando los sets de datos

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 Revisar que crearon todas las localidades.

 Cree un archivo de haplotipos formato Nexus y Arlequin.

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Análisis con Arlequin

 Descargue el Software de Arlequin en la página
http://cmpg.unibe.ch/software/arlequin35/Arl35Downloads.html

 Cargar el documento de Arlequin generado con DNAsp y revisar los posibles análisis a
realizar.

3. Datos obtenidos en la práctica del Software

En un documento editable, realice una tabla donde compare los datos obtenidos en el
desarrollo de la práctica y descríbalas.

Tabla resumen de datos

12 poblaciones de Sethopaga striata
Número de haplotipos
Agrupación de los haplotipos
Árbol de haplotipos con popart
Análisis posibles en Arlequin Análisis - Valor

EVIDENCIAS POR ENTREGAR EN LA PRÁCTICA

1. Nexus para popart con haplotipos.
2. Archivo ARP para Arlequin
3. Tabla de resumen de datos.