Análisis

proteómicos
 Secuencia y función

Hay dos conclusiones sobre las comparaciones de

secuencias de proteínas:

En primer lugar, las secuencias de proteínas se

pueden agrupar en grupos o familias según la
similitud de secuencia.

En segundo lugar, esta similitud puede limitarse a

tramos cortos de secuencia.

Estas regiones de secuencia conservadas son

generalmente regiones de importancia funcional.
Análisis de secuencias de proteínas

Clusters:

Las técnicas de clusterings tienen como objetivo

identificar grupos de secuencias que son
mayormente similares entre ellas y menormente
similares a las secuencias en otras agrupaciones.

Los términos superfamilia, familia y subfamilia se

usan a menudo. Todos los miembros de una
superfamilia, familia o subfamilia, están
relacionados evolutivamente.

Los miembros de una superfamilia

generalmente tienen una estructura similar,
aunque puede que no sea posible detectar la
similitud de secuencia.

Los miembros de una subfamilia tienen una clara

similitud de secuencia y la misma función.
1.Patrones y perfiles
Construido a parAr de múlAples alineaciones de
secuencias evoluAvamente relacionadas.
Incluyen secuencias de consenso, perfiles de
expression regulares (PSSM) y modelos ocultos
de Markov (HMM).

2. Sub-secuencias conservadas

Los dominios son tramos de secuencia que

aparecen como módulos dentro de las
proteínas.

Suelen ser más evidentes estructuralmente.

Ciertos dominios se pueden encontrar en una
amplia gama de proteínas.
Aplicaciones de los MoAvos

Los moAvos representan zonas conservadas

entre las secuencias que suelen asociarse a
caracterís(cas funcionales del grupo de
secuencias.

Una vez se ha construido un moAvo o patrón de

un grupo de secuencias puede uAlizarse:

Para asociar una nueva secuencia con la familia

de secuencias que lo ha generado (si presenta el
moAvo es de la familia y puede que comparta
sus funciones)

Para buscar secuencias que pertenezcan a

aquella familia
Interacciones • Las proteínas son elementos fundamentales que facilitan
la mayoría de los procesos biológicos en una célula,
incluidos la expresión de genes, el crecimiento celular, la
proteína proliferación, la absorción de nutrientes, la morfología, la
motilidad, la comunicación intercelular y la apoptosis.
proteína
Interacciones proteína proteína

Las células responden a una gran cantidad de

estímulos y, por lo tanto, la expresión de
proteínas es un proceso dinámico.

Las proteínas que se utilizan para funciones

específicas no siempre pueden expresarse o
activarse.

Además, todas las células son diferentes y

muchas proteínas se expresan de una manera
dependiente del tipo de célula.

Es difícil investigar, especialmente cuando se

trata de entender la función de las proteínas
en el contexto biológico adecuado.
Aspectos importantes para entender la
función de las proteínas:
Secuencia y estructura de proteínas: se utilizan
para descubrir motivos que predicen la función de
las proteínas

Historial evolutivo y secuencias conservadas:

identifica residuos reguladores clave

Perfil de expresión: revela la especificidad del tipo

de célula y cómo se regula la expression

Modificaciones postraduccionales: la fosforilación,

acilación, glicosilación y ubiquitinación sugieren
localización, activación y / o función

Interacciones con otras proteínas: la función se

puede extrapolar al conocer la función de los socios
de union

Localización intracelular: puede aludir a la función

de la proteína.
Tipos de interacciones proteína-proteína
Las interacciones de proteínas se caracterizan
fundamentalmente como estables o transitorias, y
ambos Hpos de interacciones pueden ser fuertes o
débiles.

Las interacciones estables son aquellas asociadas con

proteínas que se purifican como complejos de
múl:ples subunidades, y las subunidades de estos
complejos pueden ser idén:cas o diferentes.

La hemoglobina y la ARN polimerasa central son

ejemplos de interacciones de múlHples subunidades
que forman complejos estables.
Las proteínas se unen entre sí
mediante una combinación de
enlaces hidrófobos, fuerzas de van
der Waals y puentes salinos en
dominios de unión específicos en
cada proteína.

Estos dominios pueden ser pequeñas

hendiduras de unión o grandes
superficies y pueden tener solo unos
pocos pépHdos o abarcar cientos de
aminoácidos.

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Efectos biológicos de las interacciones proteína-proteína

Alterar las propiedades cinéticas de las enzimas, que pueden ser el resultado de cambios sutiles en la unión del sustrato o
efectos alostéricos.

Canalización de sustratos moviendo un sustrato entre dominios o subunidades, lo que en última instancia da como resultado
un producto final previsto

Crear un nuevo sitio de unión, típicamente para moléculas efectoras pequeñas

Inactivar o destruir una proteína.

Cambie la especificidad de una proteína para su sustrato a través de la interacción con diferentes socios de unión,
Co-inmunoprecipitación (co-IP)

La co-inmunoprecipitación (co-IP) es una técnica popular para determiner interacciones

entre proteínas.

Co-IP se lleva a cabo de la misma manera que una inmunoprecipitación (IP) de una proteína
única, excepto que la proteína diana precipitada por el anticuerpo, también llamado "cebo
(bait)", se usa para co-precipitar un complejo asociado de unión / proteína , o "presa
(prey)", de un lisado celular.
Ensayos pull-down

Los ensayos de pull-down son similares metodológicamente a la co-inmunoprecipitación debido al uso de una matriz
de soporte para purificar proteínas que interactúan.

La co-IP utiliza anticuerpos para capturar complejos de proteínas, los ensayos pull-down utilizan una proteína "cebo"
para purificar cualquier proteína en un lisado que se une al cebo.

Los ensayos pull-down son ideales para estudiar interacciones fuertes o estables o para las que no hay anticuerpos
disponibles para la co-inmunoprecipitación.
Análisis de interacción por crosslinking de proteínas.

La mayoría de las interacciones proteína-proteína son transitorias y ocurren solo brevemente como parte de una cascada u
otra función metabólica dentro de las células.

El entrecruzamiento de proteínas que interactúan es un método para estabilizar o unir permanentemente los componentes de
los complejos de interacción.

Una vez que los componentes de una interacción se entrecruzan covalentemente, se pueden usar otros pasos (por ejemplo,
lisis celular, purificación por afinidad, electroforesis o espectrometría de masas) para analizar la interacción proteína-proteína
mientras se mantiene el complejo de interacción original.
Análisis far-western blot

Al igual que los ensayos pull-down difieren de la co-IP en la detección de interacciones proteína-proteína mediante el uso
de proteínas marcadas en lugar de anticuerpos.

Por ello el análisis far-western blot

difiere del análisis western blot, ya que las interacciones proteína-proteína se detectan mediante incubación por
electroforesis proteínas con una proteína de cebo etiquetada y purificada en lugar de un anticuerpo específico de la
proteína blanco, respectivamente.

El término "lejos" fue adoptado para enfatizar esta distinción.

CromatograCa de proteínas
Maldi-TOF
análisis genómicos: Importacia de toma y manejo de muestras,
microarrays, PDRRT y sondas para PCRrt