Catálisis enzimática

Mecanismos de
Catalizadores inorgánicos Enzimas

Superficie Sitio activo

acción de las
enzimas
ƒ Catalizan una gran variedad de ƒ Muy específicos
reacciones
ƒ Funcionan en condiciones
ƒ Requieren condiciones extremas muy suaves
de T y P
ƒ Muy efectivos
(106-1016 veces)
ƒ Son regulables

Eficiencia de las enzimas Las enzimas aceleran las reacciones

Adenosina H2O NH3
bioquímicas
desaminasa

kcat. = 3,7 × 102 s-1

t1/2 = 1,8 ms

t1/2 = 122 años

knocat. = 1,8 × 10-10 s-1

ADENOSINA INOSINA
H2O NH3

kcat
= 2 × 1012
knocat
 Enzima (principio básico) ¿Cuándo conocemos el mecanismo
de una enzima?
1. Conocemos la secuencia de la reacción con
todos los intermedios (pasos elementales)

Ludwig Boltzmann
constante de
− ΔG ‡ 2. Conocemos las velocidades de
Boltzmann kT
k= e RT
↓5,7 kJ/mol ↑ 10 veces k
interconversión
h 3. Conocemos la estructura tridimensional de
2 puentes H ↑ 106 veces k
los complejos
constante de (32,4 kJ/mol)
constante de
velocidad Planck

¿Cómo aumentan la velocidad

las enzimas? a. Catálisis ácido-base
1. Mecanismos comunes con catalizadores
inorgánicos.
2. Aprovechan la energía de unión en la catálisis
3. Tipos de mecanismos catalíticos empleados:
a. Catálisis ácido-base
b. Catálisis covalente
c. Catálisis por iones metálicos
d. Catálisis electrostática
e. Efectos de proximidad y orientación
f. Fijación preferencial del estado de transición
 a. Catálisis ácido-base a. Catálisis ácido-base: RNasa A pancreática

a. Catálisis ácido-base: RNasa A pancreática a. Catálisis ácido-base: RNasa A pancreática

R OCH2 Base R OCH2 Base

O R OCH2 Base O R OCH2 Base
O O

O O H N N H
O O H N N H
O O H N N H P O O H N N H
O P O His 12 O O His 12
R'O H P O P O
O O His 12 His 12
O
O H
R' O H
H
H
N H2 O H
N
N N
N His 119 N His 119
N His 119 N His 119
H H
H H
 b. Catálisis covalente b. Catálisis covalente: quimotripsina

Mecanismo catalítico quimotripsina b. Catálisis covalente: DNA ligasa

Lys Lys
Ligasa-adenilato
H2N H2N

N NH 2 N NH
N O N
P O
P
N O O N N H2C O O
N H2C O
O O O
O
P
O +
ATP O O
OH OH OH O
OH P O
P
P O
O O
O O
O

H O
+
Intermedio Lys N P O Nucleósido
Fosforamidato
H O
 b. Catálisis covalente ¿Cómo aumentan la velocidad
las enzimas?
1. Mecanismos comunes con catalizadores
inorgánicos.
2. Aprovechan la energía de unión en la catálisis
3. Tipos de mecanismos catalíticos empleados:
a. Catálisis ácido-base
b. Catálisis covalente
c. Catálisis por iones metálicos
d. Catálisis electrostática
e. Efectos de proximidad y orientación
f. Fijación preferencial del estado de transición

c. Catálisis por iones metálicos c. Catálisis por iones metálicos

1. Apantallan cargas negativas
Los iones metálicos participan en la catálisis de
varias formas:

1. Apantallan electrostáticamente cargas negativas

2. Se unen a los sustratos y los orientan para la reacción
3. Reacciones de óxido-reducción (cambios reversibles
en el estado de oxidación)
4. Catálisis electrofílica
5. Contribuyen a crear nucleófilos potentes

Aproximadamente 1/3 de las enzimas requieren

algún ión metálico para la catálisis ENZIMA
 c. Catálisis por iones metálicos c. Catálisis por iones metálicos
2. Se fijan a los sustratos y los orientan para la 3. Participan en reacciones de óxido-reducción
catálisis
Enolasa

c. Catálisis por iones metálicos

c. Catálisis por iones metálicos
4. Catálisis electrofílica:
5. Formación de nucleófilos potentes

H2 O OH + H
pKa =14.

3+ 3+
(NH3 )5Co (H2 O) (NH3 )5Co (OH ) + H
pKa = 6.6
Estabilización del estado de transición Aumento de
reactividad En disolución, los cationes son ácidos
 c. Catálisis por iones metálicos
c. Catálisis por iones metálicos 5. Formación de nucleófilos potentes

5. Formación de nucleófilos potentes

Anhidrasa Carbónica

CO2 + H2O HCO3- + H+

Contiene un ión Zn2+ esencial para la catálisis.

¿Cómo aumentan la velocidad d. Catálisis electrostática

las enzimas? • La unión del sustrato al sitio activo normalmente
1. Mecanismos comunes con catalizadores excluye el agua (microambiente “orgánico”).
inorgánicos.
2. Aprovechan la energía de unión en la catálisis
3. Tipos de mecanismos catalíticos empleados:
a. Catálisis ácido-base
b. Catálisis covalente
c. Catálisis por iones metálicos
d. Catálisis electrostática
e. Efectos de proximidad y orientación
f. Fijación preferencial del estado de transición
 d. Catálisis electrostática d. Catálisis electrostática
• La unión del sustrato al sitio activo normalmente
• En ese microambiente los pK pueden estar muy
excluye el agua (microambiente “orgánico”).
perturbados en la enzima

Lisozima Glu35 6.5

Lisozima en complejo con
glicolchitina Glu35 8.2
Acetoacetato descarboxilasa Lys (ε -NH2) 5.9
Quimotripsina Ile16 (α-NH3 +) 10.0
α-Lactoglobulin CO2H 7.5
Papaína His-159 3.4

Fersht - Tabla 5.4

d. Catálisis electrostática d. Catálisis electrostática

• La distribución de cargas en el sitio activo puede
• La distribución de cargas en el sitio activo puede conducir a un sustrato polar al sitio activo
contribuir a la catálisis
Superóxido dismutasa (kcat/Km = 2.0 × 109 M–1·s–1)
 ¿Cómo aumentan la velocidad e. Efectos de proximidad y orientación
las enzimas?
1. Mecanismos comunes con catalizadores
inorgánicos.
2. Aprovechan la energía de unión en la catálisis
productivo no productivo
3. Tipos de mecanismos catalíticos empleados:
a. Catálisis ácido-base
b. Catálisis covalente
c. Catálisis por iones metálicos
d. Catálisis electrostática
e. Efectos de proximidad y orientación
f. Fijación preferencial del estado de transición

e. Efectos de proximidad y orientación e. Efectos de proximidad y orientación

¾ Al unirlos la enzima pone en contacto ambos

sustratos (aumenta la probabilidad de la
reacción)

¾ La enzima une los sustratos en la orientación

correcta.

¾ La enzima fija los sustratos (elimina la rotación y

la translación).
e. Efectos de proximidad y orientación ¿Cómo aumentan la velocidad
las enzimas?
Extremos reactivos 1. Mecanismos comunes con catalizadores
inorgánicos.
2. Aprovechan la energía de unión en la catálisis
3. Tipos de mecanismos catalíticos empleados:
a. Catálisis ácido-base
b. Catálisis covalente
c. Catálisis por iones metálicos
d. Catálisis electrostática
• La energía de unión se aprovecha para orientar los sustratos e. Efectos de proximidad y orientación
f. Fijación preferencial del estado de transición
http://chem-faculty.ucsd.edu/kraut/dhfr.html

e. Fijación preferencial del estado de Si la enzima es complementaria al sustrato

transición

ES complex
Si la enzima es complementaria al estado Fijación preferencial de estado de
de transición transición

ES complex

transition state

e. Fijación preferencial del estado de

transición: “tensión” tras la unión

Pruebas experimentales de la
fijación preferencial del estado
de transición
 a. Datos estructurales
Pruebas experimentales
Hueco oxianiónico

a. Datos estructurales
b. Energía intrínseca de unión
c. Análogos de sustrato
d. Mutagénesis dirigida
e. Análogos del estado de transición
f. Anticuerpos catalíticos
QUIMOTRIPSINA

Fijación preferencial del estado de

transición ……………………………
-C-C-N-C-C-N-C-C-N-
H H
Pruebas experimentales
O- O-
-C N- -C N-
HO H HO H a. Datos estructurales
b. Energía intrínseca de unión
c. Análogos de sustrato
d. Mutagénesis dirigida
O d. Análogos del estado de transición
-C N-
H
e. Anticuerpos catalíticos
O
E+S -C-OH

NH2-
b. Energía intrínseca de unión b. Energía intrínseca de unión
• Medidas directas de la unión ligando/proteína • Energía de unión potencialmente muy alta
• Algunos grupos pueden contribuir tanto como: Teórico: Kd < 10-20 M
CH3 13 kJ/mol NAD+
OH 29 kJ/mol (2 puentes de H) Habitual: Kd ≈ 10-3 a 10-4M
Puente salino 18 kJ/mol

• Energía de unión potencialmente muy alta

Teórico: Kd < 10-20 M

Habitual: Kd ≈ 10-3 a 10-4M

c. Análogos del sustrato

Pruebas experimentales

a. Datos estructurales
b. Energía intrínseca de unión
c. Análogos de sustrato
d. Mutagénesis dirigida
d. Análogos del estado de transición
e. Anticuerpos catalíticos
 c. Análogos del sustrato
Pruebas experimentales

a. Datos estructurales
b. Energía intrínseca de unión
c. Análogos de sustrato
d. Mutagénesis dirigida
e. Análogos del estado de transición
f. Anticuerpos catalíticos

Aminoacil-tRNA sintetasas d. Mutagénesis dirigida

Tirosil-tRNA sintetasa
+
Tirosiladenilato

Pruebas experimentales
a. Datos estructurales
b. Energía intrínseca de unión
c. Análogos de sustrato
d. Mutagénesis dirigida
e. Análogos del estado de transición
f. Anticuerpos catalíticos
e. Análogos del estado de transición
e. Análogos del estado de transición
• Los estados de transición son inestables
por definición
• Los análogos recuerdan pobremente al
estado de transición
• La diferencia entre la unión del sustrato y la
del estado de transición es mayor
• Una diferencia en 2 puentes de H puede
acelerar la reacción 106 veces
e. Análogos del estado de transición
e. Análogos del estado de transición e. Análogos del estado de transición

Se une 160
veces mejor

e. Análogos del estado de transición

Pruebas experimentales

a. Datos estructurales
Bovine Trypsin Trypsin Inhibitor
b. Energía intrínseca de unión
c. Análogos de sustrato
d. Mutagénesis dirigida
e. Análogos del estado de transición
f. Anticuerpos catalíticos
 f. Anticuerpos catalíticos f. Anticuerpos catalíticos (abzymes)

Fe2+ 2 H+

Ferroquelatasa

Reordenamiento del corismato en prehenato

• Corismato mutasa
– Anticuerpo 300 veces más lento que la enzima
– Anticuerpo 10,000 times más rápido que la reacción sin
catalizar

¿Cómo aumentan la velocidad Evolución de las enzimas para

las enzimas? conseguir una mayor velocidad
1. Catálisis química y catálisis enzimática
Km < [S] Km > [S]
2. Tipos de mecanismos catalíticos empleados:
a. Catálisis ácido-base
b. Catálisis covalente
c. Catálisis por iones metálicos
d. Catálisis electrostática
e. Efectos de proximidad y orientación
f. Fijación preferencial del estado de transición
Las mejores enzimas aprovechan la energía
3. Evolución de las enzimas para obtener una de unión para “retorcer” el sustrato hacia el
mayor velocidad estado de transición
L. Pauling (1948)
 Evolución de las enzimas para Evolución de las enzimas para
conseguir una mayor velocidad conseguir una mayor velocidad
máxima Km manteniendo kcat/Km máxima Km manteniendo kcat/Km

kcat [E 0 ][S]
v=
K m + [S]

kcat
[E 0 ]
Km
v=
1+
[S]
Km
Enzimas no reguladoras

Enzimas “perfectas” Enzimas “perfectas”

• ¿Qué es perfecto?
• La velocidad se aproxima al límite controlado
por difusión E + S ≈ 108-109 M-1s-1
• Perfecto significa que la selección no puede
mejorar kcat/Km
• En muchos casos a costa de unir peor el
sustrato
 En muchos casos la naturaleza selecciona
enzimas no perfectas ¿por qué?
• Limitante de velocidad o reguladora
– v0 independiente de [S] sólo con baja Km
• v0 = Vmax[S]/(Km + [S])
• Ej. hexoquinasa: Km = 0.1 mM; [glucosa] = 5 mM

• Cuando la unión provoca un cambio

conformacional – Ajuste inducido
• Cuando la especificidad es más importante que la
catálisis

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