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geneticos basicos
PROTEfNA
leculas proteicas. Quiza esta sea la razon de que entendamos mejor los mecanis-
mas geneticos que muchos otros procesos celulares. H2N~COOH
yen ocasiones altera el DNA celular. Veremos que la maquinaria depende de en-
Figura 6-1 Los procesos geneticos
zimas que cortan, copian y recombinan secuencias de nucleotidos. Tambien ve-
basicos. Se cree que los procesos que
remos que estas y otras enzimas pueden ser parasitadas por virus, plasmidos y se muestran aqui se producen en todas
elementos geneticos transponibles, los cuales no solo dirigen su propia replica- las celulas actuales. Probablemente,
cion sino que tambien pueden alterar el genoma celular mediante procesos de sin embargo, en etapas muy
recombinacion genetica. tempranas de la evoluci6n de la vida
Sin embargo, en primer lugar reconsideraremos un topico central mencio- existieron celulas mas sencillas que no
nado brevemente en el Capftulo 3 -los mecanismos de sfntesis de RNA y de pro- tenian ni DNA ni proteinas (vease
tefnas. Figura 1-11). N6tese c6mo una
secuencia de tres nucle6tidos (un
cod6n) de una molecula de RNA
Sintesis de RNA y de proteinas codifica un aminoacido determinado
de una proteina.
Las protefnas constituyen mas de la mitad de la masa seca total de una celula, y
su sintesis es de importancia capital para el mantenimiento, crecimiento y desa-
rrollo de la celula. Se produce en los ribosomas. Depende de la colaboracion en-
tre diversos tipos de moleculas de RNA y empieza con una serie de etapas prepa-
ratorias. Primero, sobre el DNA que codifica la protefna que se va a sintetizar, se
ha de copiar una molecula de RNA mensajero (mRNA). Mientras tanto, en el ci-
toplasma, cada uno de los 20 aminoacidos a partir de los cuales se construira la
protefna, se han de unir a su molecula especffica de RNA de transferencia (tRNA),
y las subunidades del ribosoma sobre el cual se va a generar la nueva protefna,
237
se han de volver a cargar con factores proteicos auxiliares. La sfntesis de protef-
nas comienza cuando todos estos componentes se encuentran en el citoplasma
y forman un ribosoma funcional. Cuando una molecula de mRNA se desplaza
progresivamente a traves de cada ribosoma, la secuencia de nucleotidos de la
molecula de mRNA es traducida a la secuencia de aminoacidos correspondiente,
produciendo una cadena proteica determinada, especificada por la secuencia de
DNA de su gen. Empezaremos por considerar como se sintetizan en la celula las
diferentes moleculas de RNA.
5':;;;
}
OH OH
5'
como se describe en el Capitulo 8. Se cree que estas RNA polimerasas han deri-
vado durante la evolucion de una unica enzima presente en las bacterias, que
media toda la sintesis de RNA bacteriano.
La RNA polimerasa bacteriana es una gran enzima formada por multiples
subunidades, asociada con varias subunidades proteicas adicionales que entran
y salen del complejo DNA-polimerasa en diferentes momentos de la transcrip-
cion. Moltkulas libres de RNA polimerasa colisionan aleatoriamente con el cro-
mosoma bacteriano, uniendose muy debilmente a la mayor parte del DNA. Sin
embargo, la polimerasa se une muy fuertemente cuando entra en contacto con
una secuencia especffica de DNA, Hamada el promotor, que contiene ellugar de
iniciaci6n para la sintesis del RNA, y sefiala ellugar en el que debe iniciarse la
sintesis del RNA. Las reacciones que se producen a continuacion se sefialan en
la Figura 6-2. Despues de unirse al promotor, la RNA polimerasa abre una region
localizada de la doble helice, de forma que expone los nucleotidos de ambas ca-
denas de una pequefia zona de DNA. Una de las dos cadenas expuestas del DNA
actua como patron para el apareamiento de bases complementarias con mono-
meros de ribonucleosido trifosfato entrantes, dos de los cuales son unidos entre
si por la polimerasa y se inicia una cadena de RNA. Entonces, la molecula de po-
limerasa se mueve progresivamente a 10 largo del DNA, desenroHando la helice
de DNA 10 necesario para exponer una nueva region de la cadena patron para el
apareamiento de bases. De esta forma, la cadena de RNA va creciendo nucleoti-
do a nucleotido en direccion 5' -a-3' (Figura 6-3). El proceso de elongacion de la
cadena continua hasta que la enzima encuentra una segunda secuencia especial
-35 -10 +1
I I I
5' - T A G T G T A III j[J J
IliT GAT A G A A G C ACT C T A clllIIlllllllllll C T C A A TAG G T C C A C G - 3' DNA
3' -
I
A T C A CAT A ACT G T ACT A T C T T C G T GAG AT GAT A T A A GAG T TAT C C A G G T G C -
1
lugar de inicio ! TRANSCRIPCI6N
5'
....
corta porci6n de un cromosoma
cromosoma de E. coli transcritos de RNA bacteriano. N6tese c6mo algunos
\ ,oo£boo ,
genes son transcritos a partir de una
I cadena de DNA mientras que otros 10
11==
5'
II
3'
gen a
gen b gen c
I
~
I
II
3'
5'
son a partir de la otra cadena de DNA.
En la figura se muestra
aproximadamente el 0,2% del
cromosoma de E. coli. (Adaptado de
D.L. Daniels et aI., Science 257: 771-
777,1992.)
extreme 5'
Las moIeculas de RNA de transferencia actuan
como adaptadores que traducen secuencias
de nucle6tidos a secuencias de proteina3
asaT
Todas las celulas contienen un conjunto de moleculas de RNA de transferencia
(tRNA), cada una de la cuales es una pequefia molecula de RNA (la mayorfa de
elIas tienen una longitud de entre 70 y 90 nucleotidos). Los tRNA se unen por
uno de sus extremos a un codon especffico de la moIecula de mRNA y por el otro
aI aminmicido especffico para este codon, y de esta forma permiten que los ami-
noacidos se alineen de acuerdo con la secuencia de nucleotidos del mRNA. Cada nucle6tidos
modificados
tRNA esta disefiado para transportar uno solo de los 20 aminoacidos que se utiIi-
zan para la sfntesis de protefnas: un tRNA que transporta glicina se denomina
tRNAGLY, y asf sucesivamente. Cada uno de los 20 aminoacidos tiene, como mfni-
mo, un tipo de tRNA asignado, mientras que la mayona de aminoacidos dispo- l-----.J
nen de varios tipos de tRNA. Antes de que un aminoacido se incorpore a una ca- anticod6n
dena proteica, se une por su extrema carboxilo al extrema 3' de una molecula Figura 6-8 La estructura en "hoja de
apropiada de tRNA. Esta union cumple dos funciones. La primera y mas impor- trebol" del tRNA. Se trata de una
tante, unir covalentemente cada aminoacido con un tRNA que presenta un anti- visi6n de la molecula mostrada en la
cod6n adecuado -el anticodon es la secuencia de tres nucleotidos complemen- Figura 6-9, despues de desplegarla
taria del codon de tres nucleotidos de la secuencia de mRNA, especffica de este parcialmente. Existen muchas
aminoacido. El apareamiento codon-anticodon permite que cada aminoacido moleculas diferentes de tRNA,
se coloque en una cadena de protefna en crecimiento de acuerdo con 10 que se incluyendo como minima una por
establezca en la secuencia de nucleotidos del mRNA, consiguiendo asf que el co- cada aminoacido diferente. A pesar de
digo genetico se utilice para traducir la secuencia de nucleotidos a secuencia que estas diferentes moleculas de
proteica. Esta es la funcion "adaptadora" esencial de la molecula de tRNA: con tRNA se diferencian en su secuencia de
nucle6tidos, todas presentan los tres
uno de sus extremos unido a un aminoacido y el otro apareado con un codon, el
tallos acabados en asa y un brazo
tRNA convierte secuencias de nucleotidos en secuencia de aminoacidos. aceptor de un aminoacido. La
La segunda funcion de la union del aminoacido consiste en activar el amino- molecula de tRNA de la figura
acido, generando en su extrema carboxflico una union rica en energfa, de forma transporta fenilalanina (Phe), por 10
que pueda reaccionar con el gropo amino del aminoacido siguiente en la secuen- que se denomina tRNAPhe. En todas las
cia formando un enlace peptidico. El proceso de activacion es necesario para la moltkulas de tRNA el aminmicido se
sfntesis proteica ya que los aminoacidos no activados no se pueden afiadir direc- une al residuo A de la secuencia CCA
tamente a la cadena polipeptidica en crecimiento. (Por el contrario, el proceso re- del extrema 3' de la molecula. En
verso, en el cual se hidroliza un enlace peptidico por la adicion de una molecula barras rojas se presentan
de agua es energeticamente favorable y puede ocurrir espontaneamente.) apareamientos de bases
La funcion de una molecula de tRNA depende de su estructura tridimensio- complementarias.
nal, que se halla plegada de forma muy precisa. Algunos tRNA se han cristaliza-
do y por anaIisis de difraccion de rayos X se ha podido determinar su estructura
H£N~O/H S
~
/H
H N
I N
H N~O H
H
adici6n a G de dos grupos metilo adici6n a U de dos hidr6genos adici6n a A de un grupo isopentenil substituci6n de un oxfgeno de U
IN, N-dimetil G) (dihidro U) (N'-isopentenil A) por un sulfuro (4-tiouridina)
tridimensional completa. Para plegar una molecula de tRNA se requiere tanto el Figura 6-10 Algunos de los
apareamiento de bases complementarias como interacciones poco habituales nucle6tidos poco usuales
entre bases (vease Figura 3-18). Las secuencias de nucleotidos de las moleculas encontrados en las moleculas de
de tRNA de muchos organismos diferentes revelan que las moleculas de tRNA tRNA. Estos nucle6tidos se producen
por modificaci6n covalente de
pueden formar los bucles y las zonas de bases apareadas necesarias para formar
nucle6tidos normales, despues de
una estructura de "cruce de carreteras en forma de trebol" (Figura 6-8), y que
haberse incorporado a la cadena de
posteriormente esta estructura se pliega adoptando la conformacion en forma RNA. En la mayoria de las moleculas
de L detectada en los amilisis cristalograficos. En la estructura nativa, el amino- de tRNA, a1rededor del 10% de los
acido se une a un extremo de la "L" mientras que el anticodon se localiza en el nucle6tidos estilll modificados (vease
otro extrema (Figura 6-9). Figura 6-8).
Los nucleotidos que forman parte de una cadena de acidos nucleicos com-
pleta (tal y como ocurre con los aminoacidos de las protefnas), pueden ser mo-
dificados covalentemente, modificandose asf la actividad biologica de la mole-
cula de acido nucleico. Modificaciones post-transcripcionales de este tipo son
especialmente comunes en las moleculas de tRNA, las cuales presentan muchos
nucleotidos diferentes modificados (Figura 6-10). Algunas de estas modificacio-
nes de los nucleotidos afectan a la conformacion y apareamiento de bases del
anticodon, facilitando el reconocimiento del codon del mRNA apropiado por la
molecula de tRNA.
Figura 6-11 Activaci6n de los
aminOlicidos. Las dos etapas del
Unas determinadas enzimas acoplan cada aminmicido proceso a traves del que se activa un
con su molecula apropiada de tRNA4 aminoacido (cuya cadena lateral aqui
se indica como R) para la sintesis de
Es la molecula de tRNA, y no el aminoacido que esta lleva unido, la que determi-
proteina, mediante una enzima
na ellugar en el que sera afiadido el aminoacido durante la sfntesis de protefnas. aminoacil-tRNA sintetasa. Como se
Esto fue establecido a traves de un ingenioso experimento en el cual un amino- indica, se utiliza la energia de hidr6lisis
acido (la cistefna) fue transformado qufmicamente en otro aminoacido diferente del ATP para unir, mediante un enlace
de alta energia, cada aminoacido a su
molecula de tRNA. En primer lugar el
R OH aminoacido se activa mediante la
I .p-0
H 2 N-C -c aminoacido uni6n de su grupo carboxilo a un AMP,
I "OH formando una aminodcido adenilado;
H
tRNA
la formaci6n del enlace con el AMP,
que normalmente es una reacci6n
desvaforable, esta favorecida pOI la
hidr6lisis de la molecula de ATP que
R
I .p-0 cede el AMP. Sin abandonar la enzima
H 2 N-C-C,- . sintetasa, el grupo carboxilo unido aI
R
~ ~8denina I 0 AMP es transferido a un grupo
H N-C-C.p-
aminoacido adenilado 2 I " hidroxilo del azucar del extrema 3' de
H 0
la molecula de tRNA. Esta
transferencia une el aminoacido,
mediante un enlace ester activado, aI
tRNA formando la molecula final de
~,adeftina aminoacil-tRNA. La enzima sintetasa
AMP no se muestra en la figura.
tRNA especffico
del tript6fano (tRNATrP)
H 0
H 0 H H 0 o
I II I I II ,f
I II ---.,......---1~ H 2 N- -C N-C-C-N -C
H2 N-C-C
I T
R]
I
R3
I
H
R1
Oft
peptidil tRNA unido al
extremo carboxilo de la
cadena polipeptfdica en molecula de tRNA Iiberada
crecimiento de su uni6n al peptido
de terminaci6n (stop codonsJ. Por 10 tanto, quedan 61 codones para especificar 50Illliiliiiiil_...........iAI!~
unicamente 20 aminmicidos diferentes. Por esta raz6n, la mayoria de los amino-
acidos estan representados por mas de un cod6n (Figura 6-17) por 10 que se dice
que el c6digo genetico es degenerado. Dos aminoacidos, metionina y tript6fano,
tan s610 tienen un cod6n cada uno. Estos aminoacidos son los menos abundan-
tes de las proteinas. aminoacil
tRNA
La degeneraci6n del c6digo genetico implica 0 que existe mas de un tRNA
para cada aminoacido 0 que una misma molecula de tRNA puede aparearse con
mas de un cod6n. De hecho se producen ambas cosas. Para algunos aminoaci-
dos existe mas de una molecula de tRNA, y algunas moIeculas de tRNA estan
construidas de tal manera que unicamente exigen un apareamiento exacto de
las dos primeras posiciones del cod6n, de forma que pueden tolerar un adapta- 2
ci6n defectuosa (0 balanceo) en la tercera. Este balanceo en el apareamiento de
bases explica por que muchos de los codones alternativos para un mismo ami- /
nmicido se diferencian entre ellos unicamente en el tercer nucle6tido (vease Fi-
gura 6-17). El balanceD estandar de pares de bases hace posible acomodar los 20
aminoacidos a 61 codones con tan s610 31 moleculas diferentes de tRNA; en una •••
III
mitocondria animal, un "balanceo" mayor permite que se produzca sintesis de
proteinas con tan s610 22 moIeculas diferentes de tRNA (vease Capitulo 14).
des grandes de los ribosomas de diferentes organismos. Los ribosomas contienen Figura 6-19 EstnIctura del rRNA en la
un elevado mlmero de proteinas (Figura 6-20), pero muchas de elIas tienen una subunidad pequefia. Este modelo del
secuencia muy poco conservada durante la evolucion, e incIuso un mlmero sor- rRNA 16S de E. coli es indicativo del
prendente de elIas no parecen ser esenciales para la funcion del ribosoma. Sin complejo plegamiento que esta en la
base de las actividades cataliticas de los
embargo se ha sugerido que las proteinas ribosomales incrementan la funcion de
RNA del ribosoma. La moIecula de rRNA
los rRNA y que son las moleculas de RNA y no las moIeculas de proteina del ribo- 16S contiene 1540 nucle6tidos, yesta
soma las que catalizan la mayona de las reacciones del ribosoma. plegada en tres dominios: e15' (azul), el
central (raja) y e13' (verde). (Adaptado
EI ribosoma se desplaza, paso a paso, a 10 largo de S. Stem, B. Weiser y H.P. Noller,
]. Mol. Bioi. 204:447-481, 1988)
de la cadena de mRNA7
Un ribosoma contiene tres lugares de union para moleculas de RNA: uno para
mRNA y dos para tRNA. Un lugar, lIamado ellugar de uni6n peptidil-tRNA 0 Iu-
gar P acoge ala moIecula de tRNA que esta unida al extrema de la cadena polipep-
tidica en crecimiento. Otro lugar, lIamado Iugar de uni6n aminoacil-tRNA 0
Iugar A acoge a la molecula de tRNA entrante cargada con un aminoacido. Para
que una molecula de tRNA se una fuertemente a cualquiera de estos dos lugares es
necesario que su anticodon forme los pares de bases adecuados con el codon
complementario de la moIecula de mRNA que esta unida al ribosoma. Los lugares
Ay P estan tan cerca el uno del otro que las dos moIeculas de tRNA se yen forzadas
a aparearse con codones adyacentes de la molecula de mRNA (Figura 6-21).
EI proceso de elongacion de la cadena polipeptidica sobre un ribosoma se
puede considerar como un cicIo de tres etapas discretas (Figura 6-22):
1. En la etapa 1, una molecula de aminoacil-tRNA queda unida allugar A va-
cante del ribosoma (adyacente allugar P, que esta ocupado) mediante la
formacion de pares de bases con los tres nucIeotidos del mRNA (codon)
que estan expuestos en ellugar A.
2. En la etapa 2, el extremo carboxilo de la cadena polipeptidica se desacopla
de la moIecula de tRNA dellugar P y se une a traves de un enlace peptidico
al aminoacido que se halla unido a la molecula de tRNA que se halla en el
lugar A. Esta reaccion central de la sintesis de proteinas (vease Figura 6-15)
esta catalizada por una enzima peptidil transferasa. Recientes experi-
mentos de sintesis proteica con ribosomas han demostrado que esta catali-
sis esta mediada no por una proteina sino por una region especifica de la
M 2 500 000
M 4200 000
508
/ 308 608
/ 408
/
rRNA 58
\rRNA 238 rRNA 168
/ / \~
rRNA 58 rRNA 288 rRNA5,88
/
rRNA 188
molecula mayor de rRNA de la subunidad mayor del ribosoma (vease Figu- Figura 6-20 Comparaci6n de las
ra 3-23). estructuras de los ribosomas de la
celula procariota y de la celula
3. En la etapa 3 el nuevo peptidil-tRNA del lugar A se transloca allugar P eucariota. Normalmente, los
cuando el ribosoma se desplaza a 10 largo de la molecula de mRNA. Esta componentes ribosomales se designan
etapa requiere energfa y esta impulsada por series de cambios conforma- por sus "valores de S", los cuales
cionales de uno de los componentes del ribosoma, mediante la hidr6lisis indican su velocidad de sedimentaci6n
de una molecula de GTP. en una ultracentrffuga. Vease c6mo a
pesar de las diferencias en cuanto a
Como una parte del proceso de translocaci6n de la etapa 3, la molecula libre mlmero y tamafto de sus rRNA y de sus
de tRNA que se ha generado en ellugar P durante la etapa 2 se libera del riboso- protefnas, ambos tipos de ribosomas
rna y vuelve a formar parte del acervo citoplasmcitico de moleculas de tRNA. Asf, tienen una estructura casi identica y
al completarse la etapa 3, ellugar A, que se halla desocupado, puede aceptar una actuan de forma muy similar. Por
ejemplo, a pesar de que los rRNA 18S y
28S del ribosoma eucariota contienen
muchos nucle6tidos extra que no se
encuentran en sus anaIogos
bacterianos, estos nucle6tidos estan
subunidad
grande del peptidil presentes en multiples insertos que al
tRNA ---+.........-.... I----t-- aminoacil
ribosoma tRNA parecer sobresalen como asas, de
subunidad forma que la estructura basica de cada
lugar de pequeiia del rRNA es muy semejante.
uni6n al ribosoma 5' 3'
mRNA
mRNA
....;.a.Iii.GilA
la cadena proteica se libera del ribosoma8
3'
Tres de los 64 codones posibles (UAA, UAG Y UGA) de una molecula de mRNA
son codones de terminacion (stop codons), que finalizan el proceso de la traduc-
cion. Unas proteinas citoplasmciticas denominadasfactores de liberaci6n se unen
directamente a cualquier codon de terminacion que llegue allugar A del riboso-
rna. Esta union modifica la actividad de la peptidil-transferasa, haciendo que
ahora catalice la adicion, al peptidil-tRNA, de una molecula de agua en lugar de la
de un grupo amino libre de un aminoacido. Como consecuencia de esta reaccion
el extremo carboxilo de la cadena polipeptidica en crecimiento queda libre de su
union a una molecula de tRNA. Como normalmente la cadena polipeptidica en
crecimiento se hallaba unida al ribosoma exclusivamente a traves de esta union,
inmediatamente queda libre en el citoplasma. Entonces, el ribosoma libera el
mRNA y se disocia en sus dos subunidades (Figura 6-23), las cuales podran volver
a ensamblarse sobre otra molecula de mRNA, iniciando asi un nuevo proceso de
sintesis mediante el proceso que describiremos a continuacion.
I
el ribosoma se disocia en sus dos de iniciaci6n unidos
subunidades independientes.
--'•
• •iJllII.UyC"G 3' UNION ~L mRNA
r-IN~L
tlnn--__. FACTOR DE
AUG
LA BUSQUEDA LE •
I
PER MITE RECON
L1BERACION
ELCODDN DE
A UN CODON
INICIACIDN UNIE
DE TERMINACION
EL IRNA DE INI
• • •lIIjI.UCyG 3'
5'----111
•
IRNA
iniciador
en el
5'----11
lugar P
"'--3'
SE UNE UN
AMINOACIL
IRNA (elapa 1)
AUGAACUGGUAGCGAUCG
5' " " " " " " " ' ' ' ' 3'
5'----111 "--3'
etc.
iniciaci6n todavia no estan bien establecidos. Sin embargo, esta claro que cada Figura 6-24 Fase de iniciaci6n de la
ribosoma se ensambla sobre una molecula de mRNA, siguiendo dos etapas; uni- sfntesis proteica. Las etapas 1 y 2 se
camente despues de que la subunidad pequefia del ribosoma unida a los facto- refieren a las de la reacci6n de
res de iniciaci6n encuentre el cod6n de iniciaci6n (AUG, vease a continuaci6n) elongaci6n mostrada en la Figura 6-22.
se podra unir la subunidad mayor del ribosoma.
Antes de que el ribosoma pueda empezar una nueva cadena de proteina, ha
de unir una molecula de aminoacil-tRNA en su lugar P, donde normalmente
unicamente se hallan unidas moleculas de peptidil-tRNA. (Como hemos expli-
cado previamente, durante la etapa 3 del proceso de elongaci6n el peptidil-tRNA
se transloca allugar P). Para este proceso se requiere la participaci6n de una
molecula especial de tRNA. Este tRNA iniciador provee el aminoacido que inicia
100 nm
t
rial de partida para la preparaci6n de librerfas especializadas de cDNA (como se
discute en el Capitulo 7). t.)
En los eucariotas la envoltura nuclear mantiene separados los procesos de III '0
'"0E lIl~
transcripci6n y de sintesis de protefnas. Sin embargo en los procariotas el RNA mu
C:c:
III Q)Q)
es accesible a los ribosomas en cuanto se sintetiza. Asf, los ribosomas empiezan 0
.0 "i~
Uu
a sintetizar una cadena polipeptidica por el extrema 5' de la molecula de mRNA Q) Q).-
"0:2
"0
naciente y van siguiendo detras de la RNA polimerasa a medida que esta com- 0
Q;
eO.
Q)8.
pleta la cadena de mRNA E Eo:
.~ ." 0
c: c:o.
Inhibidor Efectosespecificos
Actuando unicamente sobre procariotas*
Tetraciclina bloquea la uni6n de los aminoacil-tRNA allugar A del ribosoma
Estreptomicina impide la transici6n desde el complejo de iniciaci6n ala
elongaci6n de la cadena por el ribosoma, y provoca errores de
decodificaci6n
Cloranfenicol bloquea la reacci6n de la peptidil transferasa en los ribosomas
(etapa 2 de la Figura 6-22)
Eritromicina bloquea la reacci6n de translocaci6n en los ribosomas (etapa 3
de la Figura 6-22)
Rifamicina bloquea la iniciaci6n de las cadenas de RNA uniendose a la RNA
polimerasa (impide la sintesis de RNA)
Actuando sobre procariotas y sobre eucariotas
Puromicina se une al extremo de la cadena en crecimiento provocando la
liberaci6n prematura de las cadenas polipeptidicas en
formaci6n
Actinomicina D se une al DNA bloqueando el movimiento de la RNA polimerasa
(impide la sintesis de RNA)
Actuando unicamente sobre eucariotas
Cicloheximida bloquea la reacci6n de translocaci6n en los ribosomas (etapa 3
de la Figura 6-22)
Anisomicina bloquea la reacci6n de la peptidil transferasa en los ribosomas
(etapa 2 de la Figura 6-22)
a-Amanitina bloquea la sintesis de mRNA preferentemente por medio de la
uni6n a la RNA polimerasa II
*A menudo, los ribosomas de las mitocondrias (y de los cloroplastos) de eucariotas se parecen
a los de los procariotas en su sensibilidad frente a los inhibidores. Por ello, algunos de estos an-
tibi6ticos pueden tener efectos perjudiciales sobre las mitocondrias de humanos.
Resumen
Antes de que pueda iniciarse la slntesis de una determinada protelna, ha de sinteti-
zarse el mRNA correspondiente mediante el proceso de transcripci6n del DNA. En-
tonees, una subunidad pequena del ribosoma se une a la molecula de mRNA en un
'"
La mayorfa de mutaciones de las protefnas resultan perjudiciales 200 400 600 800 1000
y son eliminadas por selecci6n natural 19 millones de arias desde la divergencia
de las especies
Cuando se representa el numero de aminoacidos diferentes de una determinada
protefna en dos organismos que difieren respecto al tiempo transcurrido desde Figura 6-32 Diferentes protefnas
que estos organismos divergieron durante la evoluci6n, se obtiene una linea ra- evolucionan a velocidades muy
zonablemente recta. Es decir, cuanto mas tiempo haga que los arganismos di- diferentes. Comparaci6n entre las
vergieron, mayor es el numero de diferencias que existen entre sus proteinas. frecuencias de cambio de aminoacidos
Por conveniencia, la pendiente de esta recta se puede expresar en terminos de encontradas en la hemoglobina, en el
"unidad de periodo evolutivo" para esta proteina, es decir, el promedio de tiem- citocromo c y en los fibrinopeptidos.
po necesario para que en una secuencia de 100 residuos de aminoacidos aparez- La hemoglobina y el citocromo c han
ca un cambio de un aminoacido. Cuando se comparan varias protefnas, se ob- variado mucho mas lentamente
serva que cada una de ellas presenta una velocidad de evoluci6n diferente pero durante la evoluci6n que los
fibrinopeptidos. Para determinar los
caracterfstica (Figura 6-32). Puesto que se supone que todos los pares de bases
indices de mlmero de cambios por ano
del DNA deben estar sujetos a la misma frecuencia aproximada de mutaci6n al (como se expresa en la Tabla 6-2), es
azar, estas diferencias en las frecuencias deben reflejar diferencias en la proba- importante destacar que dos
bilidad de que un organismo con una mutaci6n al azar en la proteina de que se organismos que divergieron de un
trata pueda sobrevivir y propagarse. Evidentemente cambios en la secuencia de antepasado comun hace 100 millones
aminmicidos son mucho mas nocivos para algunas proteinas que para otras. A de afios se hallan separados entre si
partir de la Tabla 6-2 podemos estimar que aproximadamente 6 de cada 7 cam- por 200 millones de anos de tiempo
bios al azar de aminoacidos son perjudiciales para la hemoglobina, 29 de cada evolutivo.
'La "unidad de tiempo evolutivo" se defme como el tiempo promedio necesario para que apa-
rezca el cambio de un aminOlicido aceptable en la protefna indicada, por cada 100 aminoacidos
de la protefna.
DESAMINACION
por hidr61isis desplazamiento
espontanea (p. ej., tautomerico
citosina a uracilo)
GUANINA
DESPURINACION
por hidr61isis
espontanea (p. ej.,
eliminaci6n de guanina)
I
(B)
5000 bases puricas (adenina y guanina) del DNA de cada celula humana debido
a la destrucci6n termica de enlaces N-glucosidicos entre estas bases y la desoxi-
rribosa (despurinaci6n). An81ogamente, se estima que la desaminaci6n de citosi-
na a uracHo en el DNA se produce a una velocidad de 100 cambios por genoma y
dia (Figura 6-33). Las bases del DNA tambien estan sujetas a cambios debido,
por un lado, ala acci6n de metabolitos reactivos (como las formas reactivas del
oxfgeno) que pueden alterar la capacidad de apareamiento de las bases, y por
otro, a la acci6n de la luz ultravioleta del sol, que puede favorecer la formaci6n
de un enlace covalente entre dos bases de pirimidina en el DNA (formandose,
por ejemplo, un dimero de timina, como el que se muestra en la Figura 6-34B).
Estos son s610 algunos de los muchos cambios que pueden 'ocurrir en nuestro
DNA (Figura 6-34A). Cabria esperar que la mayoria de estos cambios condujesen
ala eliminaci6n de uno 0 mas pares de bases de la cadena hija de DNA despues
de la replicaci6n del DNA, 0 a la substitucion de un par de bases (por ejemplo,
cada desaminaci6n C ~ U transformaria un par de bases C-G en un par de bases
T-A, puesto que el U es muy parecido ala T, y forma un par de bases comple-
mentarias con A). Como hemos visto, una elevada frecuencia de cambios de este
tipo tendria consecuencias desastrosas para los organismos.
I
ALTERACION
EI proceso de la soldadura consiste en la nueva formaci6n del enlace DE LA
fosfodiester rota (vease Figura 6-37). co PIA 1
copia 1
copia 2
IIILIII 3' 5'
riedad de mecanismos de reparaci6n, cada uno de ellos catalizados por un LA DNA POLIMERASA
I
SINTETIZA UNA NUEVA
conjunto diferente de enzimas. Casi todos dependen de la existencia de dos co- etapa 2 COPIA 1 SOBRE LA
pias de la informacion genica, una en cada cadena de la doble helice del DNA: si COPIA 2, INTACTA, QUE
la secuencia de una de las cadenas cambia accidentalmente, la informacion no
se pierde irreversiblemente ya que todavia queda una segunda copia de la infor-
maci6n en la secuencia de nucle6tidos de la otra cadena. El proceso basico de la
copia 1
copia 2
DJDDI. TODAVfA SE CONSERVA
reparaci6n del DNA se ilustra esquematicamente en la Figura 6-35. Tal como se LA DNA L1GASA
indica en ella, el proceso supone tres etapas:
1. La porci6n alterada de la cadena de DNA es reconocida y eliminada por
etapa 3
j SUELDA LA
MUESCA
unas enzimas especiales llamadas nucleasas de reparaci6n del DNA, que hi- copia 1
drolizan los enlaces fosfodiester que unen los nucleotidos alterados al resto
de la molecula de DNA. Ello produce un "hueco" en esta region de la helice copia 2
de DNA.
RESULTADO NETO: SE RECUPERAN DOS
2. Otra enzima, la DNA polimerasa. se une al extrema 3'-OH de la cadena COPlAS CORRECTAS
(A) (8)
llamadas DNA glucosilasas. Cada DNA glucosilasa reconoce a un tipo de base de Figura 6-36 La enzima DNA
DNA alterada y cataliza su eliminaci6n hidrolftica. Existen como minima seis ti- polimerasa. (A) Reacci6n catalizada
pos de estas enzimas, entre las que se encuentran las que eliminan C desamina- par la DNA polimerasa. Esta enzima
das, A desaminadas, diferentes tipos de bases alquiladas u oxidadas, bases con cataliza la adici6n de un
desoxirribonucle6tido al extrema 3'-
anillos abiertos y bases en las que un enlace doble carbono-carbono se ha con-
OH de una cadena de polinucle6tidos
vertido accidentalmente en un enlace sencillo carbono-carbono. Como ejemplo
(la cadena cebadora) que se halla
del mecanismo general que actua en todos los casos, en la Figura 6-38A se pre- apareada a una segunda cadena
senta la eliminaci6n de una C desaminada por la uracil DNA glucosilasa. La re- patron. La nueva cadena de DNA crece
acci6n de la DNA glucosilasa produce un azucar desoxirribosa que ha perdido su en direcci6n 5' a 3'. Debido a que cada
base. Dado que este azucar fosfato es el mismo substrato reconocido pOI la AP uno de los desoxirribonucle6tidos
endonucleasa, los pasos siguientes en el proceso de reparaci6n tienen lugar de la trifosfato que van entrando han de
misma forma que para los lugares despurinados. La importancia de la elimina- aparearse con los de la cadena patr6n
ci6n de las bases de DNA desaminadas accidentalmente ha sido demostrada di- para poder ser reconocidos por la
rectamente. En bacterias mutantes que carecen de la enzima uracil DNA gluco- polimerasa, esta cadena determina
silasa, la frecuencia normalmente baja de cambio espontaneo de un par de cual de los cuatro posibles
bases C-G a un par de bases T-A aumenta unas veinte veces. desoxirribonucle6tidos (A, C, GoT)
Las celulas disponen de una via de reparaci6n por eliminaci6n de nucle6ti- sera afiadido en cada momento. Como
en el caso de la RNA polimerasa, la
dos capaz de eliminar casi cualquier tipo de lesi6n del DNA que genere un cam-
reacci6n esta impulsada por una
bio importante en la doble helice del DNA. Entre las "grandes lesiones" se en- variaci6n muy favorable de energia
cuentran las que se generan a traves de la reacci6n covalente de las bases del (vease Figura 6-3). (B) Estructura de
DNA con grandes moleculas de hidrocarbonos (como el compuesto carcin6geno una molecula de DNA polimerasa de
E. coli, deterrninada por cristalograffa
de rayos X. Este dibujo Hustra c6mo, al
5'1 I I I I I I I parecer, actl1a la polimerasa durante la
"jp p
sfntesis del DNA durante el proceso de
pI pi "Tp p
reparaci6n. (B, adaptado de L.S. Beese,
PI "jp Pi "TP p p
enlace V. DerbyshireyT.A. Steitz. Science
fosfodiester P p p p
260;352-355, 1993. © 1993 the MAS.)
roto pi "Tp p
Pl :::IP P
pI "Tp pl: "Tp pI p
3'1 I I 15' I I I I I I I I
Figura 6-37 Reacci6n catalizada por la DNA ligasa. Esta enzima suelda un
enlace fosfodiester roto. Tal como se muestra, la DNA ligasa utiliza una
molecula de ATP para activar el extrema 5' de la muesca (etapa 1) antes de
formar el nuevo enlace (etapa 2). De esta forma, la reacci6n energeticamente
desfavorable de soldadura de la muesca esta desplazada por el proceso
energeticamente favorable de hidr6lisis del ATP. En el sfndrome de Bloom,
una enfermedad humana hereditaria, los individuos presentan una
deficiencia parcial de DNA ligasa y, en consecuencia, son deficitarios en el
proceso de reparaci6n del DNA, 10 cual supone un incremento dramatico de
la incidencia de cancer.
GCT ATCC
IIIiIIII
helice de DNA
con una base GAT G C C A GAT GAT A C C
..............
perdida
CGAGTAGG A
C G G T C T ACT A T G
DNA
LA AP ENDONUCLEASA
HELICASA
Y UNA FOSFODIESTERASA
ELiMINAN EL AZUCAR
FOSFATO
II
GCT ATCC C T A
m r
G
JlLlll[
CGAGTAGG
helice de DNA
con un hueco de
un nucleotido
GATGCCAGATGATACC
helice de DNA
con un hueco de
12 nucle6tidos
GCT_CATCC C T A C G G T C T ACT A T G G
lIIIIIII
CGAGTAGG GATGCCAGATGATACC
Figura 6-38 Comparaci6n entre los dos principales sistemas de reparaci6n del DNA. (A) Reparaci6n por eliminaci6n de
bases. Este proceso empieza con una DNA glucosilasa. En este caso la enzima uracil DNA glucosilasa elimina una citosina
accidentalmente desaminada. Tras la acci6n de esta glucosilasa (0 otra DNA glucosilasa que reconoce otro tipo de
alteraci6n) el azucar fosfato con la base perdida es eliminado mediante la acci6n secuencial de la AP endonucleasa y de
una fosfodiesterasa, las mismas enzimas que inician la reparaci6n de lugares despurinados. Entonces, el hueco de un
solo nucle6tido es rellenado por la DNA polimerasa y la DNA ligasa. El resultado neto es que el U que se gener6 por una
desaminaci6n accidental ha sido cambiado, recuperandose una C. El nombre de la AP endonucleasa proviene del hecho
de que reconoce cualquier lugar de la helice del DNA que contenga un azucar desoxirribosa cuya base se haya perdido.
Estos lugares pueden aparecer tanto por la perdida de una purina (lugares apurfnicos) como por la perdida de una
pirimidina (lugares apirimidfnicos). (B) Reparaci6n por eliminaci6n de nucle6tidos. Despues de que un complejo
multienzimatico reconozca una gran lesi6n, como un dfmero de pirimidinas (vease Figura 6-34B), se realiza un corte
a cada lado de la lesi6n y una DNA helicasa asociada elimina toda la zona dafiada de la cadena. El complejo
multienzimatico de las bacterias deja el hueco de 12 nucle6tidos que se muestra en la figura; el que se produce en el DNA
de humanos es mas del doble de grande.
benzopireno) 0 con varios dfmeros de pirimidina T-T, T-C YC-C generados por
la accion de la luz solar. En estos casos existe un gran complejo multienzimatico
que "rastrea" el DNA buscando, en lugar de un determinado cambio de una base
por otra, distorsiones de la doble helice. Cuando se detecta una gran lesion el es-
queleto fosfodiester de la cadena anormal que contiene la lesion (un oligonucleo-
tido) es cortado a cada lado de la distorsion y se elimina de la doble helice del
DNA mediante la accion de una enzima DNA helicasa (como se discute mas ade-
lante). A continuacion, se repara el pequeno hueco producido en la cadena del
DNA, mediante los metodos habituales, mediante una DNA polimerasa y una
DNA ligasa (Figura 6-38B).
La importancia de estos procesos de reparacion se refleja en la gran inver-
sion que realizan las celulas en el mantenimiento de enzimas de reparacion del
DNA. Un extenso anaIisis genetico de una levadura sugiere que cada celula con-
r
hipoxantina xantina 5-metil citosina timina
(A) (B)
tes que el DNA y es probable que inicialmente el c6digo genetico estuviera escri- Figura 6-39 Desaminacl6n de
to en los cuatro nucle6tidos A, C, G YU. Ello plantea par que se reemplaz61a nucle6tidos de DNA. En cada caso el
U del RNA por la T (que es 5-metil U) del DNA. Hemos visto que la desamina- Momo de oxfgeno afiadido a partir de
ci6n espontanea de C la transfarma en U, pero que este hecho es inofensivo la reacci6n con el agua esta coloreado
gracias a la uracil DNA glucosilasa (Figura 6-38A). Podemos imaginar que cual- en raja. (A) Los productos de
desaminaci6n espontanea de A y
quier enzima de reparaci6n encargada de detectar y eliminar estos accidentes
de G se pueden reconocer como no
no podria distinguir estos nucle6tidos de los nucle6tidos U normales de una naturales cuando ocurren en el DNA,
molecula de DNA que contuviera U. Por ello, no es sorprendente que no se uti- por 10 que son facilmente detectados y
lice U en el DNA. reparados. La desaminaci6n de C a U
Esta linea de argumentaci6n esta corroborada por la observaci6n de que esta ilustrada en la Figura 6-33 y T no
cada posible proceso de desaminaci6n en el DNA produce una base no habitual, tiene grupo amino para desaminar.
la cual, por 10 tanto, puede ser detectada y eliminada directamente mediante (B) En el DNA de vertebrados un
una DNA glucosilasa especifica. La hipoxantina, par ejemplo, es la base purica escaso porcentaje de los nucle6tidos C
mas simple que es capaz de aparearse especificamente con C. Sin embargo la hi- estan metilados, 10 cual contribuye al
poxantina es el producto directo de la desaminaci6n de A. La adici6n de un se- control de la expresi6n genica. Cuando
gundo grupo amino ala hipoxantina genera G, la cual no puede formarse espon- estos 5-metil nucle6tidos C se
taneamente a partir de A por desaminaci6n espontanea y cuyo producto de desaminan accidentalmente, forman
T. Esta T se apareara con una G de la
desaminaci6n es tambien unico (Figura 6-39A).
cadena opuesta, formando un par de
En el DNA de los vertebrados ocurre una situaci6n especial, ya que algunos
bases equivocado.
nucle6tidos C determinados estan metilados en secuencias CG especificas de
genes inactivos 00 cual se discute en el Capitulo 9). Como se ilustra en la Figura
6-39B, la desaminaci6n accidental de estos nucle6tidos C metilados produce el
nucle6tido natural T, el cual forma un apareamiento err6neo con el nucle6tido
G de la otra cadena del DNA. Para colabarar en la protecci6n de estos nucle6ti-
dos C metilados contra estas mutaciones, una DNA glucosilasa especial recono-
ce los nucle6tidos de T en las secuencias TG, eliminando T. Sin embargo, este
mecanismo de reparaci6n del DNA debe ser relativamente ineficiente ya que
los nucle6tidos C metilados son lugares habituales de mutaci6n en el DNA de los
vertebrados. Aunque en el DNA de humanos solamente alrededor del 3% de
los nucle6tidos C estan metilados, las mutaciones en estos nucle6tidos consti-
tuyen aproximadamente una tercera parte de las mutaciones de una sola base
que se han observado en enfermedades hereditarias humanas (vease tambien
Figura 9-71).
Mientras que las propiedades quimicas de las bases aseguran que los proce-
sos de desaminaci6n seran detectados, la reparaci6n exacta -y la respuesta fun-
damental del dilema de Schroedinger- depende de la existencia de diferentes
copias de la informaci6n genetica en las dos cadenas de la doble helice. Tan s610
en el caso muy improbable de que ambas copias se lesionen simultaneamente
en el mismo par de bases, la celula se quedara sin ninguna copia "buena" para
utilizarla como patr6n de la reparaci6n del DNA. Incluso en este caso, se han de-
sarrollado mecanismos que en algunos casos son capaces de reparar la altera-
ci6n. Estos mecanismos de reparaci6n requieren que en la celula se halle pre-
sente una segunda helice de DNA de la misma secuencia, y utilizan mecanismos
Resumen
La fidelidad con la que se mantienen las secuencias del DNA en los eucariotas supe-
riores puede ser estimada a partir de las frecuencias de cambio durante la evolu-
cion de las prote£nas no esenciales y de las secuencias de DNA no codificante. Esta
fidelidad es tan elevada que una linea germinal de mamifero, con un genoma de
3 x 1(J9 pares de bases, estd sujeta a una media de tan solo entre lOy 20 cambios
de pares de bases cada ano. Sin embargo resulta inevitable que en una celula tipica
de mamifero los diferentes procesos qu£micos lesionen cada dia miles de nucleoti-
dos del DNA. La informacion genetica se puede almacenar de forma estable en la
secuencias del DNA gracias a que existen numerosos tipos de enzimas de reparacion
que "patrullan" continuamente el DNAy reemplazan los nucleotidos alterados.
El proceso de reparacion del DNA depende de la presencia de una copia de la
informacion genetica en cada cadena de la doble Mlice del DNA. Una lesion acci-
dental de una de las dos cadenas se puede eliminar mediante la accion de una enzi-
ma de reparaci6n, sintetizdndose a continuaci6n la cadena correcta a partir de la
informaci6n de la cadena no alterada. La mayor parte de las alteraciones en las ba-
ses del DNA son eliminadas mediante uno de dos procesos principales. En la repa-
racion por eliminacion de bases una base alterada es eliminada mediante una en-
zima DNA glicosilasa, seguida de la eliminaciOn del azucarfosfato resultante. En la
reparaci6n por eliminaci6n de nucle6tidos, una pequeiia region de la cadena veci-
na a la alteraci6n es eliminada de la helice del DNA, como un oligonucle6tido. En
ambos casos el pequeno "hueco" que queda en la helice de DNA es rellenado me-
diante la acci6n secuencial de una DNA polimerasa y una DNA ligasa.
5'~OH3
(arriba). Nunca se ha descubierto la
existencia de uQa enzima que catalice
la polimerizaci6n de nucle6tidos en
trifosfato base direcci6n 3' as'.
miento por la cabeza" en el que el extremo de la cadena de DNA que esta creciendo
transporta la activacion del trifosfato necesaria para la adicion del nucleotido si-
guiente. A pesar de que la polimerizacion "por la cabeza" tiene lugar en diversos
procesos bioqufmicos (vease Figura 2-36), no ocurre en la sfntesis del DNA; nunca
se ha encontrado una DNA polimerasa que actue en direccion 3' a 5' (Figura 6-40).
leomo se consigue, pues, la sintesis del DNA en direccion 3' a 5'? La respuesta
fue sugerida por primera vez a finales de los afios 1960 gracias a experirnentos en los
que a una preparacion de bacterias en crecirniento se afiadfa durante breves segun-
dos una preparacion de timidina 3H altamente radiactiva, de forma que unicamente
resultaba marcada radiactivamente la zona de DNA que se acababa de replicar, es
decir, justo detras de la horquilla de replicacion. Este sistema selectivo de marcaje
revelola existencia de zonas de DNA en la horquilla de crecimiento de la bacteria de
entre 1000 y 2000 nucleotidos de longitud, que hoy se conocen con el nombre de
fragmentos de Okazaki. (Mas tarde se describieron intermediarios de replicacion
como estos en eucariotas, pero de una longitud de tan solo entre 100 y 200 nucleoti-
dos.) Se demostro que estos fragmentos de Okazaki se sintetizan Unicamente en di-
reccion 5' a 3', Yque despues de su sfntesis se unen entre sf generando largas cade-
nas de DNA, mediante la enzima DNA ligasa, la misma enzima que rellena y suelda
los "huecos" durante la reparacion del DNA (vease Figura 6-37).
Una horquilla de replicacion tiene una estructura asimetrica. La cadena hija
de DNA que se sintetiza de manera continua recibe el nombre de cadena con-
ductora, y se sintetiza antes que la cadena hija, que se sintetiza de forma discon-
tinua y que recibe el nombre de cadena retrasada. La sfntesis de la cadena retra-
sada es mas lenta debido a que debe esperar a que la cadena conductora
exponga la cadena patron sobre la que se sintetizara cada uno de los fragmentos
de Okazaki (Figura 6-41). La sfntesis de la cadena conductora mediante un me-
canismo discontinuo de "punto hacia atras" significa que para la replicacion del
DNA unicamente se necesita la DNA polimerasa 5' a 3'.
~~
bles. Por ejemplo, pequefios cambios en la geometrfa de la helice permitiran que
se formen dos enlaces de hidr6geno entre G y T en el DNA. Ademas, en el DNA habra C*
cebadora ~)_~Ol-\
normal aparecen transitoriamente formas tautomericas raras de las cuatro bases ~~
T T T T ""- )
del DNA, en proporciones de 1 parte por cada 104 0105 • Estas formas no se apa- 5'_ p OH.-/ ~
rean correctamente a no ser que haya cambios en la geometria de la helice: por ~~O/-(
ejemplo, la escasa forma tautomerica de C se aparea con A en lugar de con G. Si 3'_ P P P P P P P P _
la DNA polimerasa acepta que se formen apareamientos incorrectos de bases A A A A A A A A A
entre un desoxirribonucle6sido trifosfato entrante y el patr6n de DNA, el nucle6- \ una forma tautomerica rara de
I
tido incorrecto sera incorporado en la nueva cadena de DNA, produciendose hebr~ C (C*) se aparea con A y as! se
patron incorpora a la hebra cebadora
una mutaci6n. La elevada fidelidad del proceso de replicaci6n del DNA depende por la DNA polimerasa
de mecanismos de "correcci6n de galeradas" 0 "verificaci6n de lectura" (proof-
T T T T C*
reading mechanism) que elimina errores generados de esta forma. P P P P OH
Un importante proceso de "correcci6n de galeradas" depende de las espe-
dales propiedades de la enzima DNA polimerasa. A diferencia de las RNA poli- p P P P P P P P
merasas, las DNA polimerasas no inician una nueva cadena de nucle6tidos AAA A A A A A A
uniendo entre si dos nucle6tidos trifosfato: necesitan de forma absoluta la pre- ei nipido desplazamiento
sencia de un extrema 3' -OR de una cadena cebadora sobre la que afiadir los nu-
cle6tidos siguientes (vease Figura 6-36). Ademas, las moleculas de DNA que pre-
sentan errores de apareamiento (0 con falta de algl.1n apareamiento) de
nucle6tidos en el extremo 3' -OR de la cadena cebadora no son efectivas como
T
P
T
P
l
tautomerico de C* a citosina
normal (C) destruye su
apareamiento con A
T
P
T (,
P
0'0
cadena patr6n. Las moIeculas de DNA polimerasa son capaces de trabajar con
cadenas de DNA defectuosas de este tipo mediante la utilizaci6n de una subuni- P
A A
dad 0 dominio catalitico que corta cualquier residuo desapareado del final de la
ei extrema 3'·OH no apareado
l
cadena cebadora. El proceso de corte mediante esta actividad correctora exonu- de la hebra cebadora bloquea
cleasa 3' a 5' continua hasta que se ha eliminado un numero de nucle6tidos del su alargamiento posterior
por acci6n de la DNA polimerasa
extrema 3' suficiente como para regenerar un extremo con bases apareadas que
~
pueda cebar la sintesis de DNA. De esta forma, la DNA polimerasa actua como T T T T (, 0'0 ~~O/-(
una enzima "autocorrectora" que va eliminando sus propios errores de polime- P P P P
rizaci6n a medida que avanza por el DNA. La Figura 6-42 Hustra c6mo puede es-
perarse que este proceso de "autocorrecci6n" elimine los errores de aparea-
miento de bases.
El requerimiento de la presencia de un extremo de DNA formado por un
perfecto apareamiento de bases es esencial para que se den las propiedades de
C
rPW=-OH
~
1 1a actividad de la exonucleasa
3' a 5' unida a la DNA polimerasa,
genera un extremo 3'-OH con
bases apareadas en la hebra
"autocorrecci6n" de la DNA polimerasa. Para una enzima de este tipo, aparente- cebadora
mente no es posible iniciar la sintesis en completa ausencia de un cebador sin
-nu- T T T T
---
perder ninguna de sus caracteristicas discriminatorias entre bases apareadas y 0H
desapareadas del extremo 3' -OR en crecimiento. Por el contrario, las enzimas
RNA polimerasas implicadas en la transcripci6n genica no necesitan ser autoco-
rrectoras: los errores en la transcripci6n del RNA no pasan a la generaci6n si- AAA AAAAAA
guiente, y la existencia ocasional de una molecula defectuosa no es relevante. la DNA polimerasa continua el
proceso de adici6n de
Las RNA polimerasas son capaces de iniciar una nueva cadena de polinucle6ti- nucle6tidos al extremo 3'-OH
dos en ausencia de cebador, y se observa una frecuencia de error de aproxima- de la hebra cebadora
damente 1 de cada 10\ tanto en la sintesis del RNA como en los procesos de tra-
ducci6n de las secuencias de mRNA a secuencias de proteina.
3':::::_=:::::_:5~'_3'
5'
5'
3' m~",,-
_ " .
DNA polimerasa
5'"",,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,...
'.«.
3' ..
r-
dos mitades de
la abrazadera
" " ' " deslizante
5'"""""""",,,,,,,,,,,,,,
3'...........................
polimerasa unida
alDNA
(B)
(A)
~
Se ilustran los principales tipos de
proteinas que actl1an en la horquilla de
c~de~a recian
DNA polimerasa sobre la replicaci6n, mostrando sus posiciones
" _ cadena conductora
slntetlzada - \o\,,~ en el DNA.
halice de DNA
padre
el pr6ximo fragmento "
de Okazaki
empezara aqui ~
~ ~NA2ce:b:a:do;r~~; ~~~::
DNA helicasa
DNA primasa
fragmento de Oka~~~i.:/ __
protefnas que se
unen a una sola hebra
cadena retrasada patr6n
~
polimerasa de la cadena conductora
'(\;\\ '" cadena retrasada formen un complejo enzimatico. Este
\.:~~ patr6n proceso de plegamiento tambien'
cebador
DNA polimerasa sobre :":\.~~ consigue que el extremo 3' de cada
c?de~a :":\.~
la cadena retrasada - : . \.: complejo de Okazaki quede situado
fragmento de (acabando de sintetizar recian cerca dellugar de inicio del siguiimte
Okazaki un fragmento de Okazaki) slntetlzada --- \.:
fragmento de Okazaki (comparese con
la Figura 6-48). Debido a que la DNA
polimerasa de la cadena retrasada se
une a las otras protefnas de
se desplaza nipidamente a 10 largo del DNA, permitiendo la sfntesis de DNA en replicaci6n, puede reutilizarse
las dos direcciones de la horquilla de una forma coordinada y eficiente. continuamente para sintetizar
Esta maquina de replicaci6n de DNA va dejando tras de sf series de frag- fragmentos de Okazaki; de esta forma,
mentos de Okazaki sobre la cadena retrasada, los cuales todavfa contienen en deja facilmente el fragmento de DNA
sus extremos 5' los pequefios trozos de RNA que actuaron como cebadores para que acaba de sintetizar y se desplaza
su sfntesis. Estos trozos de RNA deberein ser eliminados y los fragmentos de DNA hasta el fragmento de cebador de RNA,
deberan ser unidos entre sf mediante enzimas reparadoras de DNA que actua- necesario para que se inicie la sfntesis
rein detnis de la horquilla de replicaci6n (vease Figura 6-44). del nuevo fragmento de DNA. N6tese
que una de las helices de DNA hijas se
dirige hacia la parte inferior derecha,
Un sistema de correcci6n de galeradas que elimina los errores de mientras que la otra 10 hace hacia la
replicaci6n producidos por la maquina de replicaci6n34 parte superior izquierda de la figura.
Las bacterias como E. coli son capaces de dividirse cada 30 minutos, por 10 que
es relativamente sencillo estudiar grandes poblaciones buscando raros mutan-
tes que tengan alterados determinados procesos. Una clase interesante de mu-
tantes son los que contienen los llamados genes mutadores que incrementan de
forma notable la frecuencia de mutaci6n espontanea. No es sorprendente que
estos genes mutadores codifiquen una forma defectuosa de la exonucleasa co-
rrectora de pruebas 3' a 5' (discutida antes), que es una subunidad de la enzima
DNA polimerasa (vease Figura 6-42). Cuando esta protefna es defectuosa, la
DNA polimerasa ya no corrige de forma efectiva y en el DNA se van acumulando
una serie de errores de replicaci6n, que normalmente son eliminados.
EI estudio de otros mutantes de E. coli que presentan proporciones de mu- r
r
taciones anormalmente elevadas ha permitido descubrir otro sistema de lectura error de una
hebra acabada
1
UNION DE PROTEfNAS
CORRECTORAS DE ERRORES
de sintetizar
I
duos A del DNA. Transcurrido un cierto tiempo despues de que A se haya incor-
porado a la cadena de DNA acabada de sintetizar, se afiaden grupos metilo a
todos los residuos A que se encuentren en la secuencia GATe. Debido a que uni- LAS CADENAS CEBADORAS
camente contendnin secuencias GATC no metiladas las cadenas acabadas de DE RNA INICIAN LA SfNTESIS
DE CADENAS ADICIONALES
sintetizar y que se hallen justo detnis de la horquilla de replicaci6n, sera posible DE DNA
distinguir estas cadenas de las originales que se han utilizado como patr6n. ~.Jlililiiliiliiiillliiiiiilj"".'ililillilill"~
Mas recientemente se han descubierto proteinas en eucariotas que son ho- liii"" ~ «,"';:
m610gas en su secuencia de aminoacidos a algunas de las proteinas bacterianas l!\\il\jt!"!!i"~I'I'I}llilllliilllilllll\ll\\i~\ ~'
que catalizan la correcci6n de errores. Como era de esperar, cuando en una ce- • horquilla 1 horquilla 2 •
lula de levadura se eliminan los genes que codifican estas proteinas, la propor-
ci6n de mutaciones puede incrementarse en mas de 100 veces. Sin embargo, 5e generan cl05 horquillas de replicaclon
cornplctas, una de las cuales sn dcSpt<L':il
puede haber algunas diferencias importantes entre los mecanismos de correc- hacia la izquierda con la cadena conc!lJctnrc1
ci6n de errores de bacterias y de eucariotas, ya que el mecanismo para distinguir en la parte superior y la c<-1denA rt.:Hlo:Siic1a
en Ii.! irJlor ior d,c> L:1 fifJ\Hil, y Id utril
la cadena acabada de sintetizar de la cadena patr6n en donde se halle un error que S8 despli:lz;:1 hdCid Id dcrt~ch;:1,
no puede depender de la metilaci6n del DNA como en las bacterias, pues algu- con la cadena CO!lc1uctora en la par1e
inferiur y la cadena retrasach-l (~I-l lil iJdrtc
nos eucariotas, como las levaduras y Drosophila, no metilan ninguna base de su superior
DNA. Se sabe que las cadenas de DNA acabadas de sintetizar estan repletas de
muescas en numerosos lugares, y se ha sugerido que en las celulas eucariotas es- Figura 6-51 Iniciaci6n de la
tas muescas (nicks, roturas de una de las dos cadenas) constituyen la sefial que horquilla de replicaci6n. La figura
ilustra el proceso que participa en la
dirige las correcciones a la cadena adecuada (Figura 6-50).
iniciaci6n de la horquilla de
replicaci6n, en el origen de la
Las horquillas de replicaci6n se inician en el origen replicaci6n (vease tambien Figura
de la replicaci6n35 6-52).
Tanto en las bacterias como en los mamiferos, las horquillas de replicaci6n se ori-
ginan en una estructura denominada burbuja de replicaci6n, una regi6n en la que
las dos cadenas de la helice de DNA se separan una de la otra, actuando como pa-
tr6n para la sintesis de DNA (Figura 6-51). Se ha demostrado que en las bacterias,
en las levaduras y en varios tipos de virus que crecen sobre celulas eucariotas las
burbujas de replicaci6n se generan en secuencias especiales de DNA que reciben
el nombre de origenes de replicacion y que pueden tener una longitud de 300 nu-
cle6tidos. Por razones que no resultan claras, en los cromosomas de mamiferos
resulta muy diffcil caracterizar estos origenes de replicaci6n a nivel molecular.
En el caso de algunos origenes de replicaci6n bien definidos, ha sido posible
reproducir in vitro la reacci6n de la horquilla de replicaci6n. Estos estudios in vitro
revelan que en bacterias y en virus bacterianos, la formaci6n de la horquilla se
produce como se ilustra en la Figura 6-52. Multiples copias de unas prote(nas ini-
ciadoras se unen a lugares especificos del origen de replicaci6n enrollando el DNA
a su alrededor y formando un gran complejo DNA-proteina. Entonces, este com-
plejo une la DNA helicasa y la coloca sobre una zona de DNA de una sola cadena,
I
UNION DE LA PROTEfNA DE participan en la formaci6n de la
INICIACION AL ORIGEN
DE REPLICACION horquilla de replicaci6n en el origen de
replicaci6n de E. coli y del bacteri6fago
lambda. El conocimiento de los
I
UNION DE LA DNA mecanismos que aqui se indican se
HELICASA A LA obtuvo de estudios in vitro mediante la
PROTEfNA DE INICIACION
utilizaci6n de mezclas de proteinas
altamente purificadas. Las etapas
posteriores generanin la iniciaci6n de
LA HELICASA SE UNE
ALDNA
tres cadenas mas de DNA (vease
J Figura 6-51) mediante un mecanismo
que todavia no esta aclarado. Para la
replicaci6n de E. coli, la proteina de
I
LA S[NTESIS DEL CEBADOR PERMITE
DNA primasa QUE LA DNA POLIMERASA INICIE LA
PRIMERA CADENA DE DNA
OO
similar a la de los procariotas37 laS2dObies
helices de
La mayorfa de 10 que conocemos respecto ala replicaci6n del DNA procede de es- DNA circular
. se han separado
tudios sobre sistemas multienzimaticos purificados a partir de bacterias y de bac-
teri6fagos, que son capaces de realizar in vitro la replicaci6n del DNA. El desarro-
llo de estos sistemas en los afios 1970 fue facilitado en gran manera gracias a la
disponibilidad de mutantes en diversos genes de replicaci6n que pudieron utili-
t'-O la reaci6n
inversade
~o~~/~~te
zarse para identificar y purificar las correspondientes protefnas de replicaci6n.
Mucho menos es 10 que se conoce acerca de los detalles de la enzimologfa
de la replicaci6n del DNA en eucariotas, sobre todo debido a 10 diffcil que resulta
obtener mutantes deficientes en procesos de replicaci6n. Sin embargo, los me-
canismos basicos de la replicaci6n del DNA, incluyendo la geometrfa de la hor-
O0 de la
topOisomerasa
restaura una
doble helice
intacta
Resumen
Una DNA polimerasa autocorrectora cataliza la polimerizacion de nucleotidos en
direcciOn 5' a 3', copiando un patron de DNA con una fldelidad notable. Puesto que
las dos cadenas de una doble helice de DNA son antiparalelas, esta slntesis 5' a 3'