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MecanisDlOS

geneticos basicos

La capacidad de las celulas de mantener un elevado grado de orden dentro de


un universo caotico, depende de la informacion genetica que se expresa, se
mantiene y a veces mejora, mediante los procesos geneticos basicos -la sfntesis (
replicaci6n del DNA
reparaci6n del DNA
recombinaci6n genetica
7
DNA
de protefnas y del RNA, la reparaci6n del DNA, la replicaci6n del DNA y la recom-
binaci6n genetica. En estos procesos, que producen y mantienen las protefnas y 3. •' i1 IimliIIIW-5,3'
los acidos nucleicos de una celula (Figura 6-1) la informacion de una secuencia transcripci6n del DNA
lineal de nucleotidos se utiliza para especificar otra cadena lineal de nucleotidos (sintesis de RNA)
(una molecula de DNA 0 de RNA) 0 una cadena lineal de aminoacidos (una mo-
lecula proteica). Por ella, los acontecimientos sobre los que se basan los proce- J RNA
5' " . . " , . . " , , , , , , , . . , 13'
sos geneticos son unidimensionales y conceptualmente simples, en compara- ~TL-JL-JL-JL-JL-J
cion con la mayorfa de los procesos celulares, los cuales son el resultado de la
informacion contenida en las complejas superficies tridimensionales de las mo-
codones 1 sintesis de proteinas

PROTEfNA
leculas proteicas. Quiza esta sea la razon de que entendamos mejor los mecanis-
mas geneticos que muchos otros procesos celulares. H2N~COOH

En este capftulo examinaremos la maquinaria molecular que repara, replica aminoacidos

yen ocasiones altera el DNA celular. Veremos que la maquinaria depende de en-
Figura 6-1 Los procesos geneticos
zimas que cortan, copian y recombinan secuencias de nucleotidos. Tambien ve-
basicos. Se cree que los procesos que
remos que estas y otras enzimas pueden ser parasitadas por virus, plasmidos y se muestran aqui se producen en todas
elementos geneticos transponibles, los cuales no solo dirigen su propia replica- las celulas actuales. Probablemente,
cion sino que tambien pueden alterar el genoma celular mediante procesos de sin embargo, en etapas muy
recombinacion genetica. tempranas de la evoluci6n de la vida
Sin embargo, en primer lugar reconsideraremos un topico central mencio- existieron celulas mas sencillas que no
nado brevemente en el Capftulo 3 -los mecanismos de sfntesis de RNA y de pro- tenian ni DNA ni proteinas (vease
tefnas. Figura 1-11). N6tese c6mo una
secuencia de tres nucle6tidos (un
cod6n) de una molecula de RNA
Sintesis de RNA y de proteinas codifica un aminoacido determinado
de una proteina.
Las protefnas constituyen mas de la mitad de la masa seca total de una celula, y
su sintesis es de importancia capital para el mantenimiento, crecimiento y desa-
rrollo de la celula. Se produce en los ribosomas. Depende de la colaboracion en-
tre diversos tipos de moleculas de RNA y empieza con una serie de etapas prepa-
ratorias. Primero, sobre el DNA que codifica la protefna que se va a sintetizar, se
ha de copiar una molecula de RNA mensajero (mRNA). Mientras tanto, en el ci-
toplasma, cada uno de los 20 aminoacidos a partir de los cuales se construira la
protefna, se han de unir a su molecula especffica de RNA de transferencia (tRNA),
y las subunidades del ribosoma sobre el cual se va a generar la nueva protefna,

237
se han de volver a cargar con factores proteicos auxiliares. La sfntesis de protef-
nas comienza cuando todos estos componentes se encuentran en el citoplasma
y forman un ribosoma funcional. Cuando una molecula de mRNA se desplaza
progresivamente a traves de cada ribosoma, la secuencia de nucleotidos de la
molecula de mRNA es traducida a la secuencia de aminoacidos correspondiente,
produciendo una cadena proteica determinada, especificada por la secuencia de
DNA de su gen. Empezaremos por considerar como se sintetizan en la celula las
diferentes moleculas de RNA.

La RNA polimerasa copia el DNA a RNA:


el proceso de la transcripci6n del DNA!
El RNA se sintetiza sobre un molde de DNA, a traves de un proceso conocido
como transcripci6n del DNA. La transcripcion genera los mRNA que transportan
la informacion para la sfntesis de las protefnas, los RNA de transferencia, los RNA
ribosomales y otros tipos de moleculas de RNA con propiedades estructurales y
catalfticas. Estas moleculas de RNA son sintetizadas por enzimas RNA polimerasa,
que generan una copia de RNA de una secuencia de DNA. En celulas eucario-
tas tres tipos de moleculas de RNA polimerasa sintetizan diferentes tipos de RNA,

RNA polimer·asa Figura 6- 2 Sintesis de una moh~cula


de RNA por la RNA polimerasa. La
enzima se une ala secuencia promotor
5'
del DNA e inicia la sfntesis a partir de
3' esta senal promotor. Completa la
3' 5' sfntesis hasta la senal de terminaci6n.
Tras ello, la polimerasa y la cadena
HELICE DE lugar de inicio de la transcripcion completa de RNA se liberan. Durante
DNA
ABRIENDOSE la elongaci6n de la cadena de RNA,la
polimerizaci6n alcanza una velocidad
5' de 30 nude6tidos par segundo a 37°C.
3'
3' 5' Por consiguiente, una cadena de RNA
de 5000 nucle6tidos tarda unos tres
INICIACION DE UNA CADENA
DE RNA POR UNION DE minutos en sintetizarse.
LOS DOS PRIMEROS
RIBONUCLEOSIDOS
TRIFOSFATO
5'
3'
3' 5'
ELONGACION DE LA
CADENA DE RNA EN
DIRECCION 5' A 3'. POR
LA ADICION DE
RIBONUCLEOSIDOS
TRIFOSFATO
5'
3'
3' 5'
desplazamiento _ - - - - - ' ' -
continuo de la
corta region
cadena de RNA y
de helice de
nueva formacion de
DNA/RNA
la helice de DNA
5'
3'
3' 5'
ERMINACION Y L1BERACION
DE LA POLIMERASA Y DE LA
CADENA DE RNA ACABADA

5':;;;
}

238 Capftulo 6 : Mecanismos geneticos basicos


cadena patron Reacciones de elongacion
de DNA
3' de la cadena, catalizada por una
cadena de RNA enzima RNA polimerasa. En cada
en crecimiento paso, se seleeciona un nuevo
5' I ribonucleosido trifosfato en hase a su
oI capacidad de formar pares de bases
-o-p=o con la cadena de DNA expuesta, que
I
oI e,-------.'IIIIIIIIIL...--_-----' actlia como molde 0 patron; entonees,
H2C un ribonucleosido monofosfato se
agrega al extremo 3'-OH de la cadena
de RNA en crecimiento (flecha de color
oI OH rojo) y se libera un pirofosfato (dtomos
-o-p=o dibujados en ro;o). Asi la nueva cadena
I BASE
oI de RNA crece nucleotido a nucleotido,
en direccion 5' -a-3', y su secuencia es
H2 C
complementaria a la de la cadena
patron de DNA. La reaccion esta
impulsada tanto por la variacion
3' OH OH favorable de energia libre que
oII 0
II
~
\.)(
acompafia la liberacion del
pirofosfato, como par la subsiguiente
-0-P-0-P-0-P-0-CH 2
I I I hidrolisis del pirofosfato hasta fosfato
0_ 0_ 0_ inorganico (vease Figura 2-30).

OH OH

ribonucleosido trifosfato entrante

direccion 5' a 3'


del. crecimiento
de la cadena

5'

como se describe en el Capitulo 8. Se cree que estas RNA polimerasas han deri-
vado durante la evolucion de una unica enzima presente en las bacterias, que
media toda la sintesis de RNA bacteriano.
La RNA polimerasa bacteriana es una gran enzima formada por multiples
subunidades, asociada con varias subunidades proteicas adicionales que entran
y salen del complejo DNA-polimerasa en diferentes momentos de la transcrip-
cion. Moltkulas libres de RNA polimerasa colisionan aleatoriamente con el cro-
mosoma bacteriano, uniendose muy debilmente a la mayor parte del DNA. Sin
embargo, la polimerasa se une muy fuertemente cuando entra en contacto con
una secuencia especffica de DNA, Hamada el promotor, que contiene ellugar de
iniciaci6n para la sintesis del RNA, y sefiala ellugar en el que debe iniciarse la
sintesis del RNA. Las reacciones que se producen a continuacion se sefialan en
la Figura 6-2. Despues de unirse al promotor, la RNA polimerasa abre una region
localizada de la doble helice, de forma que expone los nucleotidos de ambas ca-
denas de una pequefia zona de DNA. Una de las dos cadenas expuestas del DNA
actua como patron para el apareamiento de bases complementarias con mono-
meros de ribonucleosido trifosfato entrantes, dos de los cuales son unidos entre
si por la polimerasa y se inicia una cadena de RNA. Entonces, la molecula de po-
limerasa se mueve progresivamente a 10 largo del DNA, desenroHando la helice
de DNA 10 necesario para exponer una nueva region de la cadena patron para el
apareamiento de bases. De esta forma, la cadena de RNA va creciendo nucleoti-
do a nucleotido en direccion 5' -a-3' (Figura 6-3). El proceso de elongacion de la
cadena continua hasta que la enzima encuentra una segunda secuencia especial

Sfntesis de RNA y de protefnas 239


(A) SENAL DE INICIO

-35 -10 +1
I I I
5' - T A G T G T A III j[J J
IliT GAT A G A A G C ACT C T A clllIIlllllllllll C T C A A TAG G T C C A C G - 3' DNA
3' -
I
A T C A CAT A ACT G T ACT A T C T T C G T GAG AT GAT A T A A GAG T TAT C C A G G T G C -
1
lugar de inicio ! TRANSCRIPCI6N
5'

cadena patron de DNA 5'. 3' RNA

(8) SENAL DE TERMINACI6N

5' - C C C A C T T C C G [fl/llllfl!llillJf'/!iffl!1"ff4 AWfI!//I$fIJI!iIi'f; A ACT T T C T T T A A T G A - 3'


3' - G G G T G T C G G C G G T C A A G G C G A C C G C C G T A A A AT T G A A A G A A AT T ACT - 5'

cadena patron de DNA/ 1 TRANSCRIPCI6N Jigura 0-4 Senalesdeinicioyde


tenninaci6n para la sfntesis de RNA por
5' - C C C A C A G C C G C C A G U lie:: C; C U G G C G G C -OH 3' una RNA pollinerasa bacteriana. Aqui la
cadena inferior de DNA es la cadena
transcrito de RNA 1 PLEGADO RAplDO DEL RNA patron y la secuencia de la cadena
superior corresponde a la del RNA que se
UCc sintetiza (notese la substituci6n de U del
U G
RNAporT en eIDNA). (A) Lapolimerasa
GIIIIII C
A 111111 U empieza a transcribir en ellugar de inicio.
CIIIIII G cadena de RNA plegada Dos cortas secuencias (sombreadas en
CIIIIII G colabora en la terminacion
GIIIIIIC de la cadena verde) situadas a entre -35 y -10
CIIIIII G nucleotidos del inicio, determinan d6nde
CIIIIIIG se ha de unir la polimerasa; relativamente
GIIIIII C
A /\
cercanas a ellas, dos secuencias de
5 ' - CCCAC li -OH 3' hexanucle6tidos, espaciadas
adecuadamente una de otra, especifican
el promotor de la mayona de genes de E.
del DNA, la senal de stop (terminaci6n), en cuyo momento la polimerasa se para, coli. (B) Una senal de terrninaci6n (stop).
liberandose tanto del DNA patron como de la cadena de RNA recien formada. La RNA polimerasa de E. coli se para
Por convenio, cuando se habla de una secuencia de DNA asociada a un gen, cuando sintetiza varias U consecutivas
(sombreadas en azul) a partir de una serle
se trata de la secuencia que no es la patron y se escribe en direccion 5' a 3'. Este
complementaria de varias A consecutivas
convenio se ha adoptado ya que la secuencia que no es la patron corresponde a de la cadena patron siempre que haya
la secuencia del RNA que se fabrica. acabado de sintetizar una secuencia de
En la Figura 6-4 se presentan las secuencias de nucleotidos que actuan nucleotidos de RNA autocomplementaria
como lugares de inicio y de terminacion para la RNA polimerasa bacteriana. Las (sombreada en verde), la cual
secuencias de nucleotidos encontradas en muchos ejemplos de un tipo particular nipidamente formara una helice en
de region de DNA (como un promotor) se denominan secuencias consenso. En las horquilla que es crucial para parar la
bacterias, los promotores fuertes (los que estan asociados a genes que producen transcripcion. La secuencia de
nucleotidos de la regi6n auto-
complementaria puede ser muy variable.
lugar de entrada del
ribonucleosido trifosfato Figum 0-5 DesenroUarniento ynuevo
cadena de RNA enroUarniento del DNA por la RNA
desplazada
pollinerasa. A medida que la molecula
de RNA polimerasa avanza, va
desenrollando continuamente la doble
3' helice de DNA por delante dellugar
5' donde se produce la polimerizacion y
volviendo a enrollar las dos cadenas de
DNA por detras de este lugar,
desplazando la cadena de RNA acabada
de formar. Sin embargo, de forma
lugar que transitorla se forma una corta region de
lugar que vuelve desenrolla
a enrollar helice RNA-DNA y el RNA final se libera
corta region de como una molecula de una sola cadena,
helice RNA/DNA copia de una de las dos cadenas del DNA

240 Capitulo 6 : Mecanismos geneticos basicos


grandes cantidades de mRNA) tienen secuencias que se aparean fuertemente
con las secuencias promotoras consenso (como en la Figura 6-4A) mientras que
los promotores debiles (los que estan asociados con genes que producen canti-
dades relativamente pequenas de mRNA) se aparean peor con estas secuencias.
3', ~
8610 se utilizan zonas seleccionadas de un cromosoma cccccccccccccc
para producir moIeculas de RNA2
A medida que una molecula de RNA polimerasa se va desplazando a 10 largo del
5'-==========;
3'1I!!I
GGGGGGGGGGGGGG

DNA, en ellugar activo de la enzima se va formando una doble helice RNA-DNA.


Esta helice es muy corta ya que, en cuanto la polimerasa ha acabado de pasar, se \ doble helice de DNA
vuelve a formar la doble helice DNA-DNA que desplaza la cadena de RNA recien
formada (Figura 6-5). Como resultado de todo ello, cada cadena completa de
RNA se libera del patron de DNA como una molecula libre de una sola cadena, y
de una longitud aproximada de entre 70 y 10 000 nucleotidos.
\
En principio, cualquier region de la doble Mlice del DNA podria ser copiada
ados moleculas de RNA diferentes -una copia de cada una de las dos cadenas
del DNA. Sin embargo, en cada region del DNA unicamente una de las dos cade-
nas se utiliza como patron. La cadena de RNA formada tiene una secuencia de
nucleotidos equivalente a la de la otra cadena no utilizada como patron. La ca-
dena que sera copiada varia a 10 largo de cada molecula de DNA, y en cada gen
viene determinada por el promotor. Como se ilustra en la Figura 6-4 un promo-
tor es una secuencia de DNA orientada que situa a la RNA polimerasa en una u
Figura 6-6 La orientaci6n de la RNA
otra direccion y esta orientacion determina cual de las dos cadenas de DNA sera polimerasa determina cuaJ. de las dos
copiada (Figura 6-6). En genes vecinos la cadena de DNA que sera copiada a cadenas de DNA actuara de patr6n.
RNA puede ser diferente 0 la misma (Figura 6-7). Puesto que la cadena de DNA que
Tanto la RNA polimerasa bacteriana como las RNA polimerasas de eucario- actua como patron ha de ser recorrida
tas son unas moleculas complicadas, formadas por multiples subunidades y una desde su extremo 3' hasta el extremo 5'
masa total de mas de 500 000 daltons. Sin embargo, algunos virus bacterianos (vease Figura 6-3), la direccion en la
codifican RNA polimerasas de una sola cadena, de una quinta parte de esta que se desplace la RNA polimerasa
masa y que catalizan la sintesis de RNA como minima tan bien como la enzima determinani, como se indica en este
de la celula huesped. Posiblemente la presencia de multiples subunidades es im- diagrama, cua! de las dos cadenas de
portante desde el punto de vista de la regulacion de la sintesis de RNA, que toda- DNA sera utilizada.como patron para
via no se ha definido completamente. la sfntesis de RNA. A su vez, la
direcci6n del movimiento de la RNA
En este breve esquema de la transcripcion del DNA hemos omitido muchos
polimerasa viene determinada por la
detalles: en muchos casos han de ocurrir otros procesos complejos antes de que orientaci6n de la secuencia promotor
se pueda producir una molecula de mRNA. Por ejemplo, las proteinas regulado- a la que la RNA polimerasa se une
ras de la expresi6n genica colaboran en la determinacion de las regiones del DNA inicialmente.
que seran transcritas por la RNA polimerasa, desempenando asi un papel im-
portante en cuanto a determinar que proteinas seran sintetizadas por una celu-
lao Ademas, aunque en los procariotas las moleculas de mRNA se sintetizan di-
rectamente por transcripcion del DNA, en las celulas eucariotas superiores la
mayoria de transcritos de RNA son considerablemente alterados -mediante un
proceso denominado maduraci6n par corte y empalme (splicing) del RNA- antes
de abandonar al nucleo celular y entrar en el citoplasma como moleculas de
mRNA. Todos estos aspectos de la produccion de mRNA seran estudiados con
detalle en los Capitulos 8 y 9, donde consideramos el nucleo celular y el control
de la expresion genica, respectivamente. Ahora supongamos que una celula ha Figura 6-7 Direcciones de
transcripci6n a 10 largo de una

....
corta porci6n de un cromosoma
cromosoma de E. coli transcritos de RNA bacteriano. N6tese c6mo algunos

\ ,oo£boo ,
genes son transcritos a partir de una
I cadena de DNA mientras que otros 10

11==
5'

II
3'
gen a

gen b gen c
I
~

5000 pares de nucle6tidos


.
1=
gen f gen 9
~II

I
II
3'

5'
son a partir de la otra cadena de DNA.
En la figura se muestra
aproximadamente el 0,2% del
cromosoma de E. coli. (Adaptado de
D.L. Daniels et aI., Science 257: 771-
777,1992.)

Sfntesis de RNA y de protefnas 241


producido moleculas funcionales de mRNA y procedamos a estudiar como estas el aminoacido
OH extreme 3'
moIeculas dirigen la sfntesis de protefnas. se une aqui

extreme 5'
Las moIeculas de RNA de transferencia actuan
como adaptadores que traducen secuencias
de nucle6tidos a secuencias de proteina3
asaT
Todas las celulas contienen un conjunto de moleculas de RNA de transferencia
(tRNA), cada una de la cuales es una pequefia molecula de RNA (la mayorfa de
elIas tienen una longitud de entre 70 y 90 nucleotidos). Los tRNA se unen por
uno de sus extremos a un codon especffico de la moIecula de mRNA y por el otro
aI aminmicido especffico para este codon, y de esta forma permiten que los ami-
noacidos se alineen de acuerdo con la secuencia de nucleotidos del mRNA. Cada nucle6tidos
modificados
tRNA esta disefiado para transportar uno solo de los 20 aminoacidos que se utiIi-
zan para la sfntesis de protefnas: un tRNA que transporta glicina se denomina
tRNAGLY, y asf sucesivamente. Cada uno de los 20 aminoacidos tiene, como mfni-
mo, un tipo de tRNA asignado, mientras que la mayona de aminoacidos dispo- l-----.J
nen de varios tipos de tRNA. Antes de que un aminoacido se incorpore a una ca- anticod6n
dena proteica, se une por su extrema carboxilo al extrema 3' de una molecula Figura 6-8 La estructura en "hoja de
apropiada de tRNA. Esta union cumple dos funciones. La primera y mas impor- trebol" del tRNA. Se trata de una
tante, unir covalentemente cada aminoacido con un tRNA que presenta un anti- visi6n de la molecula mostrada en la
cod6n adecuado -el anticodon es la secuencia de tres nucleotidos complemen- Figura 6-9, despues de desplegarla
taria del codon de tres nucleotidos de la secuencia de mRNA, especffica de este parcialmente. Existen muchas
aminoacido. El apareamiento codon-anticodon permite que cada aminoacido moleculas diferentes de tRNA,
se coloque en una cadena de protefna en crecimiento de acuerdo con 10 que se incluyendo como minima una por
establezca en la secuencia de nucleotidos del mRNA, consiguiendo asf que el co- cada aminoacido diferente. A pesar de
digo genetico se utilice para traducir la secuencia de nucleotidos a secuencia que estas diferentes moleculas de
proteica. Esta es la funcion "adaptadora" esencial de la molecula de tRNA: con tRNA se diferencian en su secuencia de
nucle6tidos, todas presentan los tres
uno de sus extremos unido a un aminoacido y el otro apareado con un codon, el
tallos acabados en asa y un brazo
tRNA convierte secuencias de nucleotidos en secuencia de aminoacidos. aceptor de un aminoacido. La
La segunda funcion de la union del aminoacido consiste en activar el amino- molecula de tRNA de la figura
acido, generando en su extrema carboxflico una union rica en energfa, de forma transporta fenilalanina (Phe), por 10
que pueda reaccionar con el gropo amino del aminoacido siguiente en la secuen- que se denomina tRNAPhe. En todas las
cia formando un enlace peptidico. El proceso de activacion es necesario para la moltkulas de tRNA el aminmicido se
sfntesis proteica ya que los aminoacidos no activados no se pueden afiadir direc- une al residuo A de la secuencia CCA
tamente a la cadena polipeptidica en crecimiento. (Por el contrario, el proceso re- del extrema 3' de la molecula. En
verso, en el cual se hidroliza un enlace peptidico por la adicion de una molecula barras rojas se presentan
de agua es energeticamente favorable y puede ocurrir espontaneamente.) apareamientos de bases
La funcion de una molecula de tRNA depende de su estructura tridimensio- complementarias.
nal, que se halla plegada de forma muy precisa. Algunos tRNA se han cristaliza-
do y por anaIisis de difraccion de rayos X se ha podido determinar su estructura

Figura 6-9 La estructura plegada de


una molecula de tRNA tipica. Dos
visiones de la conformaci6n
tridimensional de la molecula,
determinada por difracci6n de rayos X
N6tese que la moIecula tiene forma de
L, con uno de sus extremos adaptado
para aceptar el aminoacido, yel otro
extrema contiene los tres nucle6tidos
del anticod6n. Cada asa esta coloreada
de acuerdo con la Figura 6-8.

242 Capitulo 6 : Mecanismos geneticos basicos


o

H£N~O/H S

~
/H
H N
I N
H N~O H
H

adici6n a G de dos grupos metilo adici6n a U de dos hidr6genos adici6n a A de un grupo isopentenil substituci6n de un oxfgeno de U
IN, N-dimetil G) (dihidro U) (N'-isopentenil A) por un sulfuro (4-tiouridina)

tridimensional completa. Para plegar una molecula de tRNA se requiere tanto el Figura 6-10 Algunos de los
apareamiento de bases complementarias como interacciones poco habituales nucle6tidos poco usuales
entre bases (vease Figura 3-18). Las secuencias de nucleotidos de las moleculas encontrados en las moleculas de
de tRNA de muchos organismos diferentes revelan que las moleculas de tRNA tRNA. Estos nucle6tidos se producen
por modificaci6n covalente de
pueden formar los bucles y las zonas de bases apareadas necesarias para formar
nucle6tidos normales, despues de
una estructura de "cruce de carreteras en forma de trebol" (Figura 6-8), y que
haberse incorporado a la cadena de
posteriormente esta estructura se pliega adoptando la conformacion en forma RNA. En la mayoria de las moleculas
de L detectada en los amilisis cristalograficos. En la estructura nativa, el amino- de tRNA, a1rededor del 10% de los
acido se une a un extremo de la "L" mientras que el anticodon se localiza en el nucle6tidos estilll modificados (vease
otro extrema (Figura 6-9). Figura 6-8).
Los nucleotidos que forman parte de una cadena de acidos nucleicos com-
pleta (tal y como ocurre con los aminoacidos de las protefnas), pueden ser mo-
dificados covalentemente, modificandose asf la actividad biologica de la mole-
cula de acido nucleico. Modificaciones post-transcripcionales de este tipo son
especialmente comunes en las moleculas de tRNA, las cuales presentan muchos
nucleotidos diferentes modificados (Figura 6-10). Algunas de estas modificacio-
nes de los nucleotidos afectan a la conformacion y apareamiento de bases del
anticodon, facilitando el reconocimiento del codon del mRNA apropiado por la
molecula de tRNA.
Figura 6-11 Activaci6n de los
aminOlicidos. Las dos etapas del
Unas determinadas enzimas acoplan cada aminmicido proceso a traves del que se activa un
con su molecula apropiada de tRNA4 aminoacido (cuya cadena lateral aqui
se indica como R) para la sintesis de
Es la molecula de tRNA, y no el aminoacido que esta lleva unido, la que determi-
proteina, mediante una enzima
na ellugar en el que sera afiadido el aminoacido durante la sfntesis de protefnas. aminoacil-tRNA sintetasa. Como se
Esto fue establecido a traves de un ingenioso experimento en el cual un amino- indica, se utiliza la energia de hidr6lisis
acido (la cistefna) fue transformado qufmicamente en otro aminoacido diferente del ATP para unir, mediante un enlace
de alta energia, cada aminoacido a su
molecula de tRNA. En primer lugar el
R OH aminoacido se activa mediante la
I .p-0
H 2 N-C -c aminoacido uni6n de su grupo carboxilo a un AMP,
I "OH formando una aminodcido adenilado;
H
tRNA
la formaci6n del enlace con el AMP,
que normalmente es una reacci6n
desvaforable, esta favorecida pOI la
hidr6lisis de la molecula de ATP que
R
I .p-0 cede el AMP. Sin abandonar la enzima
H 2 N-C-C,- . sintetasa, el grupo carboxilo unido aI
R
~ ~8denina I 0 AMP es transferido a un grupo
H N-C-C.p-
aminoacido adenilado 2 I " hidroxilo del azucar del extrema 3' de
H 0
la molecula de tRNA. Esta
transferencia une el aminoacido,
mediante un enlace ester activado, aI
tRNA formando la molecula final de
~,adeftina aminoacil-tRNA. La enzima sintetasa
AMP no se muestra en la figura.

Sfntesis de RNA y de protefnas 243


(A) (B)
Figura 6-12 Estructura del enlace
aminoacil
tRNA
aminoacil-tRNA. El extremo carboxilo
del aminoacido forma un enlace ester
con la ribosa. Como la hidrolisis de
este enlace ester esta asociada con una
variacion de energia libre muy
,--- favorable, se dice que un aminoacido
I unido de esta forma esta activado.
I 0 0 (A) Esquema de la estructura.
I ~ / (B) Estructura real correspondiente a
I T o~ / la region recuadrada de (A). Como en
I H-T-R I C
I la Figura 6-11, el "grupo R" del
I NH z I H-C-R aminoacido indica una de las 20
L I I cadenas laterales posibles (vease Panel
NH z aminoacido
2-5, pags. 58 y 59).

(la alanina), y posteriormente fue unido al tRNA especifico de la cisteina. Cuan-


do estas moIeculas de tRNA "hfbridas" se utilizaron para la sintesis de proteinas
en un sistema libre de celulas, en cada uno de los puntos en los que se utilizo
este tRNA se inserto el aminmicido incorrecto. Asi pues, la fidelidad del proceso
de sintesis de proteinas depende de la fidelidad del mecanismo que normal-
mente une especificamente cada uno de los aminoacidos activados con sus mo-
Ieculas de tRNA correspondientes.
iDe que manera una molecula de tRNA acaba unida covalentemente a uno
de los 20 aminoacidos que precisamente es su pareja apropiada? El mecanismo
depende de la actividad de las enzimas denominadas aminoacil-tRNA sinteta-
sas, que acoplan cada aminoacido a su grupo de moleculas de tRNA apropiadas.
Existe una enzima sintetasa diferente para cada aminoacido (20 sintetasas en to-
tal): una de ellas une glicina a todas las moleculas tRNAGly, otra une alanina a to-
das las moIeculas tRNAAla, y asi sucesivamente. La reaccion de acoplamiento que
genera una molecula de amionacil-tRNA esta catalizada en dos etapas, tal como
ilustra la Figura 6-11. En la Figura 6-12 se muestra la estructura del enlace ami-
noacido-RNA.
A pesar de que las moleculas de tRNA actuan como el adaptador final en la
etapa de transformacion de la secuencia de nucleotidos a secuencia de aminoaci-
dos, las enzimas aminoacil-tRNA sintetasas son adaptadores de la misma impor-
tancia para el proceso de decodificacion (Figura 6-13). Asi, el codigo genetico es
traducido por medio de dos conjuntos de adaptadores que actuan secuencial-
mente, cada uno de los cuales empareja una superficie molecular a otra con una
gran especificidad; su accion combinada asocia cada secuencia de tres nucleoti-
dos de la molecuIa de mRNA -cada codon- con su aminoacido determinado (Fi-
gura 6-14).

Los aminoacidos se van afiadiendo al extremo carboxilo terminal


de una cadena polipeptidica en crecimiento
La reaccion fundamental de la sintesis proteica es la formacion de un enlace
peptidico entre el grupo carboxilo del extremo de una cadena polipeptfdica en
crecimiento y el grupo amino libre de un aminoacido. Por consiguiente, una ca-
dena proteica se sintetiza paso a paso desde su extrema amino terminal hasta su Figura 6-13 Reconocimiento de una
molecula de tRNA por su aminoacil-
extremo carboxilo terminal. A 10 largo de todo el proceso, el extremo carboxilo
tRNA sintetasa. Para este tRNA
de la cadena polipeptidica permanece activado por su union covalente a una (tRNAGln), la presencia de
moIecula de tRNA (una molecula de peptidil-tRNA). Este enlace covalente rico determinados nucleotidos tanto del
en energia se rompe en cada ciclo de reacciones, pero inmediatamente es subs- anticodon (en La parte inferior) como
tituido por otro enlace identico con el aminoacido que se acaba de afiadir a la del prazo del tRNA que acepta el
cadena (Figura 6-15). Asi, cada aminoacido que es afiadido lleva consigo la ener- aminoacido permiten que el tRNA sea
gia de activacion necesaria, no para su propia adicion a la cadena sino para la reconocido especificamente por la
del siguiente aminoacido -10 cual constituye un ejemplo de un tipo de polimeri- sintetasa (azul). (Por cortesia de Tom
zacion "por la cabeza" descrito en el Capitulo 2 (Figura 2-36). Steitz.)

244 Capitulo 6 : Mecanismos geneticos basicos


aminoacido
(tript6fano)

tRNA especffico
del tript6fano (tRNATrP)

uni6n del tript6fano el tRNATrp se une


al tRNATrp
al cod6n UGG

RESULTADO NETO: EL TRIPT6FANO ES SELECCIONADO POR SU COD6N


5' 3'
mRNA

El c6digo genetico es degenerado 5 Figura 6-14 El c6digo genetlco se


traduce por medio de dos
En el transcurso de la sfntesis de protefnas, la maquinaria de la traducci6n se des- "adaptadores" asociados
plaza en direcci6n 5'-a-3' a 10 largo de una molecula de mRNA, y lee la secuencia secuencialmente. EI primer adaptador
de nucle6tidos de este mRNA de tres en tres. Como hemos visto, cada aminmici- es la enzima aminoacil-tRNA sintetasa,
do esta especificado por un triplete de nucle6tidos (cod6n) de la molecula de que acopla un aminoacido
mRNA que se aparea con una secuencia de tres nucle6tidos complementaria, del determinado a su tRNA
extremo anticod6n de una molecula de tRNA determinada. Puesto que tan s610 correspondiente; el segundo
uno de las muchos tipos de moleculas de tRNA de una celula puede aparearse adaptador es la moIecula de tRNA
cuyo anticod6n se une a la secuencia
con cada cod6n, el cod6n determina el residuo de aminoacido especffico que
de nucIe6tidos apropiada (cod6n) del
sera afiadido al extremo de la cadena polipeptfdica en crecimiento (Figura 6-16).
mRNA. Un error en cualquiera de estos
El RNA esta compuesto por cuatro tipos de nucle6tidos, por 10 que existen dos procesos hara que el aminoacido
64 posibles secuencias diferentes de tres nucle6tidos (4 x 4 x 4), y la mayorfa de que se incorpora a la protefna sea
ellas se presentan en alglin lugar de la secuencia de la mayorfa de las moleculas err6neo.
de tRNA. Tres de estas 64 secuencias no codifican ninglin aminoacido sino que
determinan el final de una cadena polipeptfdica; reciben el nombre de codones

H 0
H 0 H H 0 o
I II I I II ,f
I II ---.,......---1~ H 2 N- -C N-C-C-N -C
H2 N-C-C
I T
R]
I
R3
I
H
R1

Oft
peptidil tRNA unido al
extremo carboxilo de la
cadena polipeptfdica en molecula de tRNA Iiberada
crecimiento de su uni6n al peptido

nueva molecula de tRNA


unida al extremo carboxilo
Figura 6-15 Incorporaci6n de un aminoacido a una prote{na. de la cadena polipeptfdica
Una cadena polipeptfdica crece por la adici6n progresiva de aminoacidos a en crecimiento
su extrema carboxilo terminal. La formaci6n de cada enlace peptfdico es
energeticamente favorable debido a que el carboxilo terminal de la cadena en
crecimiento ha sido activado mediante su uni6n covalente a una molecula de
tRNA. La uni6n peptidil-tRNA que activa el extrema en crecimiento se
regenera en cada cicIo. Las cadenas laterales de los aminoacidos se han
abreviado como R], R2 , R3 Y R4 • Como referencia, todos los atomos del
segundo aminoacido de la cadena polipeptfdica estan sombreados en gris.

Sintesis de RNA y de prote{nas 245


Figura ll-I (; Decodificaci6n de una molecula de mRNA. Cada aminmicido cadena polipeptfdica en crecimiento
que es aftadido al extrema en crecimiento de una cadena polipeptfdica, es
seleccionado mediante el apareamiento de bases complementarias entre el
anticod6n de la molecula de tRNA que 10 transporta y el cod6n siguiente.de la
cadena de mRNA.

de terminaci6n (stop codonsJ. Por 10 tanto, quedan 61 codones para especificar 50Illliiliiiiil_...........iAI!~
unicamente 20 aminmicidos diferentes. Por esta raz6n, la mayoria de los amino-
acidos estan representados por mas de un cod6n (Figura 6-17) por 10 que se dice
que el c6digo genetico es degenerado. Dos aminoacidos, metionina y tript6fano,
tan s610 tienen un cod6n cada uno. Estos aminoacidos son los menos abundan-
tes de las proteinas. aminoacil
tRNA
La degeneraci6n del c6digo genetico implica 0 que existe mas de un tRNA
para cada aminoacido 0 que una misma molecula de tRNA puede aparearse con
mas de un cod6n. De hecho se producen ambas cosas. Para algunos aminoaci-
dos existe mas de una molecula de tRNA, y algunas moIeculas de tRNA estan
construidas de tal manera que unicamente exigen un apareamiento exacto de
las dos primeras posiciones del cod6n, de forma que pueden tolerar un adapta- 2
ci6n defectuosa (0 balanceo) en la tercera. Este balanceo en el apareamiento de
bases explica por que muchos de los codones alternativos para un mismo ami- /
nmicido se diferencian entre ellos unicamente en el tercer nucle6tido (vease Fi-
gura 6-17). El balanceD estandar de pares de bases hace posible acomodar los 20
aminoacidos a 61 codones con tan s610 31 moleculas diferentes de tRNA; en una •••
III
mitocondria animal, un "balanceo" mayor permite que se produzca sintesis de
proteinas con tan s610 22 moIeculas diferentes de tRNA (vease Capitulo 14).

Los acontecimientos de la sfntesis proteica


estan catalizados sobre el ribosoma6
Las reacciones de la sintesis de proteinas que acabamos de describir necesitan
que una compleja maquinaria catalitica las guie. Por ejemplo, el extrema de la
cadena polipeptfdica por el que se produce el crecimiento debe mantenerse ali-
neado con la moIecula de mRNA para asegurar que cada cod6n sucesivo del
mRNA encaje de forma precisa con el anticod6n de una molecula de tRNA, y no
se salte un nucle6tido, ya que ello cambiaria la pauta de lectura (vease Figura 3-
17). Este y todos los demas acontecimientos de la sintesis de proteinas estan ca-
talizados por los ribosomas, que son grandes complejos de moleculas de RNA y
de proteina. Los ribosomas de procariotas son muy similares a los de eucariotas
en cuanto a disefio y funci6n. Cada uno de ellos esta compuesto por una subuni-
dad pequefia y una subunidad grande, que se mantienen juntas formando un
Figura 6-17 El c6digo genetico. Debajo
complejo de una masa de varios millones de daltons (Figura 6-18). La subunidad
de la abreviatura de tres letras de cada
pequefia se une al mRNA y a las moleculas de tRNA, mientras que la subunidad aminoacido, se presenta la abreviatura
grande cataliza la formaci6n de los enlaces peptidicos. estandar de una letra. Los codones estcin
Mas de la mitad del peso de un ribosoma es RNA, y cada dia es mas evidente escritos con el nucle6tido 5' terminal a la
que el RNA ribos6mico (rRNA) desempefia un papel central en las actividades izquieItla. Observese que la mayona de
cataliticas del ribosoma. A pesar de que la moIecula de rRNA de la subunidad los aminoacidos estan representados por
pequefia del ribosoma tiene un tamafio variable en funci6n del organismo de mas de un codon y que normalmente la
que se trate, su complicado plegamiento esta muy conservado (Figura 6-19); variaci6n reside en el tercer nucle6tido
tambien existen claras homologias entre las moleculas de rRNA de las subunida- (vease tambien Figura 3-16).

AGA UUA AGC


AGG UUG AGU
GCA CGA GGA CUA CCA UCA ACA GUA
GCC CGC GGC AUA CUC CCC UCC ACC GUC UAA
GCG CGG GAC AAC UGC GAA CAA GGG CAC AUC CUG AAA UUC CCG UCG ACG UAC GUG UAG
GCU CGU GAU AAU UGU GAG CAG GGU CAU AUU CUU AAG AUG UUU CCU UCU ACU UGG UAU GUU UGA
Ala Arg Asp Asn Cys Glu Gin Gly His lie Leu Lys Met Phe Pro Ser Thr Trp Tyr Val stop
A R D N C E Q G H L K M F P S T W y V

246 Capitulo 6 : Mecanismos geneticos basicos


T
+
- 25 nm

subunidad subunidad ribosoma


pequeiia grande

Figura 6-18 mribosoma. Modelo tridimensional del ribosoma bacteriano


visto desde dos angulos diferentes. En esta estructura se han determinado las
posiciones de muchas protefnas ribosomales mediante microscopia electr6nica,
tanto para visualizar las posiciones en las que se unen anticuerpos especfficos
como para medir la emisi6n de neutrones de ribosomas que contienen una 0
varias protefnas deuteradas. (A partir de JA. Lake, Ann. Rev. Biochem. 54:507-
530, 1985. © 1985 por Annual Reviews Inc.)

des grandes de los ribosomas de diferentes organismos. Los ribosomas contienen Figura 6-19 EstnIctura del rRNA en la
un elevado mlmero de proteinas (Figura 6-20), pero muchas de elIas tienen una subunidad pequefia. Este modelo del
secuencia muy poco conservada durante la evolucion, e incIuso un mlmero sor- rRNA 16S de E. coli es indicativo del
prendente de elIas no parecen ser esenciales para la funcion del ribosoma. Sin complejo plegamiento que esta en la
base de las actividades cataliticas de los
embargo se ha sugerido que las proteinas ribosomales incrementan la funcion de
RNA del ribosoma. La moIecula de rRNA
los rRNA y que son las moleculas de RNA y no las moIeculas de proteina del ribo- 16S contiene 1540 nucle6tidos, yesta
soma las que catalizan la mayona de las reacciones del ribosoma. plegada en tres dominios: e15' (azul), el
central (raja) y e13' (verde). (Adaptado
EI ribosoma se desplaza, paso a paso, a 10 largo de S. Stem, B. Weiser y H.P. Noller,
]. Mol. Bioi. 204:447-481, 1988)
de la cadena de mRNA7
Un ribosoma contiene tres lugares de union para moleculas de RNA: uno para
mRNA y dos para tRNA. Un lugar, lIamado ellugar de uni6n peptidil-tRNA 0 Iu-
gar P acoge ala moIecula de tRNA que esta unida al extrema de la cadena polipep-
tidica en crecimiento. Otro lugar, lIamado Iugar de uni6n aminoacil-tRNA 0
Iugar A acoge a la molecula de tRNA entrante cargada con un aminoacido. Para
que una molecula de tRNA se una fuertemente a cualquiera de estos dos lugares es
necesario que su anticodon forme los pares de bases adecuados con el codon
complementario de la moIecula de mRNA que esta unida al ribosoma. Los lugares
Ay P estan tan cerca el uno del otro que las dos moIeculas de tRNA se yen forzadas
a aparearse con codones adyacentes de la molecula de mRNA (Figura 6-21).
EI proceso de elongacion de la cadena polipeptidica sobre un ribosoma se
puede considerar como un cicIo de tres etapas discretas (Figura 6-22):
1. En la etapa 1, una molecula de aminoacil-tRNA queda unida allugar A va-
cante del ribosoma (adyacente allugar P, que esta ocupado) mediante la
formacion de pares de bases con los tres nucIeotidos del mRNA (codon)
que estan expuestos en ellugar A.
2. En la etapa 2, el extremo carboxilo de la cadena polipeptidica se desacopla
de la moIecula de tRNA dellugar P y se une a traves de un enlace peptidico
al aminoacido que se halla unido a la molecula de tRNA que se halla en el
lugar A. Esta reaccion central de la sintesis de proteinas (vease Figura 6-15)
esta catalizada por una enzima peptidil transferasa. Recientes experi-
mentos de sintesis proteica con ribosomas han demostrado que esta catali-
sis esta mediada no por una proteina sino por una region especifica de la

Sintesis de RNA y de proteinas 247


708 808

M 2 500 000
M 4200 000

508
/ 308 608
/ 408

M 1 600 000 M 900 000 M 2 800 000 M 1 400 000

/
rRNA 58
\rRNA 238 rRNA 168
/ / \~
rRNA 58 rRNA 288 rRNA5,88
/
rRNA 188

c::::; c::::; c::=; Ǥ


~
120
eJ2?SS ~ 120 160
1900
nucle6tidos 2900 1540 nucle6tidos nucle6tidos
nucle6tidos nucle6tidos
nucle6tidos
4700
nucle6tidos

34 proteinas 21 proteinas -49 proteinas -33 proteinas

molecula mayor de rRNA de la subunidad mayor del ribosoma (vease Figu- Figura 6-20 Comparaci6n de las
ra 3-23). estructuras de los ribosomas de la
celula procariota y de la celula
3. En la etapa 3 el nuevo peptidil-tRNA del lugar A se transloca allugar P eucariota. Normalmente, los
cuando el ribosoma se desplaza a 10 largo de la molecula de mRNA. Esta componentes ribosomales se designan
etapa requiere energfa y esta impulsada por series de cambios conforma- por sus "valores de S", los cuales
cionales de uno de los componentes del ribosoma, mediante la hidr6lisis indican su velocidad de sedimentaci6n
de una molecula de GTP. en una ultracentrffuga. Vease c6mo a
pesar de las diferencias en cuanto a
Como una parte del proceso de translocaci6n de la etapa 3, la molecula libre mlmero y tamafto de sus rRNA y de sus
de tRNA que se ha generado en ellugar P durante la etapa 2 se libera del riboso- protefnas, ambos tipos de ribosomas
rna y vuelve a formar parte del acervo citoplasmcitico de moleculas de tRNA. Asf, tienen una estructura casi identica y
al completarse la etapa 3, ellugar A, que se halla desocupado, puede aceptar una actuan de forma muy similar. Por
ejemplo, a pesar de que los rRNA 18S y
28S del ribosoma eucariota contienen
muchos nucle6tidos extra que no se
encuentran en sus anaIogos
bacterianos, estos nucle6tidos estan
subunidad
grande del peptidil presentes en multiples insertos que al
tRNA ---+.........-.... I----t-- aminoacil
ribosoma tRNA parecer sobresalen como asas, de
subunidad forma que la estructura basica de cada
lugar de pequeiia del rRNA es muy semejante.
uni6n al ribosoma 5' 3'
mRNA
mRNA

Figura 6-21 Los tres lugares principales de uni6n de un ribosoma a


moleculas de RNA. Ala izquierda se presenta un ribosoma vacio y a la
derecha un ribosoma cargado. La representaci6n del ribosoma utilizada en
esta y en las tres figuras siguientes es muy esquemMica. Para una visi6n mas
exacta, veanse Figuras 6-18 y 6-25.

248 Capitulo 6 : Mecanismos geneticos basicos


Figura 6-22 Fase de elongaci6n de la sintesis proteica sobre un ribosoma.
EI cicio de tres etapas representado aqui se repite una y otra vez durante la
sintesis de una cadena de proteina. En la etapa 1, una molecula de aminoacil-
tRNA se une allugar A del ribosoma; en la etapa 2 se forma un nuevo enlace
peptidico; en la etapa 3, el ribosoma se desplaza una distancia de tres
nucle6tidos a 10 largo de la cadena de mRNA, liberando la molecula de tRNA
anterior y "reseteando" el ribosoma, de forma que se puede unir el nuevo
aminoacil-tRNA. Como se indica en la Figura 6-21, ellugar P se ha dibujado a
la izquierda del cromosoma y ellugar A a la derecha.

nueva molecula de tRNA unida al siguiente aminoacido, la cual vuelve de nuevo


a iniciar el ciclo. En condiciones optimas, en una bacteria cada ciclo tarda alre-
dedor de 1/20 de segundo, de forma que la sintesis de una proteina de tamafio
medio de 400 aminoacidos se lleva a cabo en unos 20 segundos. Los ribosomas
se desplazan a 10 largo de una molecula de mRNA en direccion 5'-a-3', la cual
tambien es la direccion de la sintesis del RNA (vease Figura 6-3).
En la mayoria de las celulas, la sintesis de proteinas consume mas cantidad
de energia que cualquier otro proceso biosintetico. Para sintetizar cada uno de
los enlaces peptidicos se utilizan por 10 menos cuatro enlaces fosfato ricos en
energia: dos de estos enlaces fosfato se requieren para cargar cada molecula de
tRNA con su aminoacido (vease Figura 6-11) y los otros dos impulsan las etapas
del ciclo de reacciones que tienen lugar en el ribosoma durante la sintesis pro-
piamente dicha -uno se utiliza en la union del aminoacil-tRNA en la etapa 1
(vease Figura 6-31) y el otro en la traslocacion del ribosoma en la etapa 3.

Cuando se alcanza uno de los tres tipos de codon de terminacion,

....;.a.Iii.GilA
la cadena proteica se libera del ribosoma8
3'
Tres de los 64 codones posibles (UAA, UAG Y UGA) de una molecula de mRNA
son codones de terminacion (stop codons), que finalizan el proceso de la traduc-
cion. Unas proteinas citoplasmciticas denominadasfactores de liberaci6n se unen
directamente a cualquier codon de terminacion que llegue allugar A del riboso-
rna. Esta union modifica la actividad de la peptidil-transferasa, haciendo que
ahora catalice la adicion, al peptidil-tRNA, de una molecula de agua en lugar de la
de un grupo amino libre de un aminoacido. Como consecuencia de esta reaccion
el extremo carboxilo de la cadena polipeptidica en crecimiento queda libre de su
union a una molecula de tRNA. Como normalmente la cadena polipeptidica en
crecimiento se hallaba unida al ribosoma exclusivamente a traves de esta union,
inmediatamente queda libre en el citoplasma. Entonces, el ribosoma libera el
mRNA y se disocia en sus dos subunidades (Figura 6-23), las cuales podran volver
a ensamblarse sobre otra molecula de mRNA, iniciando asi un nuevo proceso de
sintesis mediante el proceso que describiremos a continuacion.

El proceso de iniciacion establece la pauta de lectura


para la sfntesis proteica9
En principio, una secuencia de RNA puede ser decodificada mediante una de las
tres pautas de lectura diferentes posibles, cada una de las cuales determinara
una cadena polipeptidica completamente diferente (vease Figura 3-17). Lo que
determina cual sera la pauta de lectura utilizada realmente es la union del ribo-
soma a la molecula de mRNA. Durante la fase de iniciaci6n de la sintesis protei-
ca, las dos subunidades del ribosoma se unen entre si en el punto exacto del
mRNA en el que ha de empezar la cadena polipeptidica.
El proceso de iniciacion es complicado, y comprende varias etapas cataliza-
das por proteinas denominadas factores de iniciaci6n (IF, de Initiation Fac-
tors), algunos de los cuales esta compuesto, a su vez, por varias cadenas poli-
peptidicas. Debido a la complejidad del proceso, muchos de los detalles de

Sfntesis de RNA y de protefnas 249


Figura 6-23 Fase final de la
smtesis proteica. La uni6n del
factor de liberaci6n a un cod6n de
terminaci6n finaliza la traducci6n;
subunidad ribos6mica
el polipeptido completo se libera y pequefia con faclores

I
el ribosoma se disocia en sus dos de iniciaci6n unidos
subunidades independientes.
--'•
• •iJllII.UyC"G 3' UNION ~L mRNA

r-IN~L
tlnn--__. FACTOR DE
AUG
LA BUSQUEDA LE •

I
PER MITE RECON
L1BERACION
ELCODDN DE
A UN CODON
INICIACIDN UNIE
DE TERMINACION
EL IRNA DE INI

• • •lIIjI.UCyG 3'
5'----111

IRNA
iniciador
en el

5'----11
lugar P

"'--3'
SE UNE UN
AMINOACIL
IRNA (elapa 1)

5'---" "'--3' SE FORMAEL


PRIMER ENLACE
PEPTfDICO (elapa 2)

AUGAACUGGUAGCGAUCG
5' " " " " " " " ' ' ' ' 3'

5'----111 "--3'
etc.

iniciaci6n todavia no estan bien establecidos. Sin embargo, esta claro que cada Figura 6-24 Fase de iniciaci6n de la
ribosoma se ensambla sobre una molecula de mRNA, siguiendo dos etapas; uni- sfntesis proteica. Las etapas 1 y 2 se
camente despues de que la subunidad pequefia del ribosoma unida a los facto- refieren a las de la reacci6n de
res de iniciaci6n encuentre el cod6n de iniciaci6n (AUG, vease a continuaci6n) elongaci6n mostrada en la Figura 6-22.
se podra unir la subunidad mayor del ribosoma.
Antes de que el ribosoma pueda empezar una nueva cadena de proteina, ha
de unir una molecula de aminoacil-tRNA en su lugar P, donde normalmente
unicamente se hallan unidas moleculas de peptidil-tRNA. (Como hemos expli-
cado previamente, durante la etapa 3 del proceso de elongaci6n el peptidil-tRNA
se transloca allugar P). Para este proceso se requiere la participaci6n de una
molecula especial de tRNA. Este tRNA iniciador provee el aminoacido que inicia

250 Capitulo 6 : Mecanismos geneticos basicos


la cadena proteica, y siempre transporta metionina (aminoformil metionina en
bacterias). En eucariotas la moIecula de tRNA iniciadora se ha de cargar en la sub-
unidad pequefia del ribosoma despues de que se haya unido a una molecula de
mRNA. Un importante factor de iniciaci6n llamado factor de iniciacion 2 de euca-
riotas (eIF-2, de Eucaryotic Initiation Factor 2) es necesario para colocar el tRNA
'~\ -~
'f..
iniciador sobre la subunidad pequefia. Una molecula de eIF-2 se une fuertemente
a cada moIecula de tRNA iniciadora en cuanto este tRNA adquiere la metionina, molecula
yen algunas celulas la velocidad de todo el proceso de sfntesis de protefnas esta detRNA
) entrante
controlado por este factor de iniciaci6n (vease Figura 9-82).
Como se describe con mas detalle en la pr6xima secci6n, la subunidad pe-
quefia del ribosoma ayuda a la moIecula de tRNA iniciadora que lleva unida a
encontrar un cod6n especial AUG (el codon de iniciacion) en la moIecula de
mRNA. En cuanto estp ha ocurrido, los diferentes factores de iniciaci6n que pre-
Figura 6-25 Modelo tridimensional
viamente se habfan asociado con la subunidad pequena del ribosoma se liberan,
de un ribosoma bacteriano que se
permitiendo que una subunidad grande de ribosoma se una con la pequefia. De- halla actuando. La subunidad
bido a que la molecula de tRNA iniciador esta unida en ellugar P del ribosoma, pequefia (verde oscuro) y la subunidad
la sfntesis de la cadena proteica puede iniciarse directamente mediante la uni6n grande (verde claro) fonnan un
de una segunda molecula de aminoacil-tRNA allugar A del ribosoma (Figura complejo a traves del cual se va
6-24). De esta forma se ensambla un ribosoma completo y funcional con una ca- deslizando el mRNA. A pesar de que se
dena de mRNA engarzada (Figura 6-25). A continuaci6n se desarrollan las etapas desconocen las vias exactas por las que
posteriores de la fase de elongaci6n de la sfntesis de protefnas, tal como hemos transcurren el mRNA y la proteina
descrito anteriormente (vease Figura 6-22). Como todas las cadenas polipeptfdi- naciente, se sabe que la adici6n de un
cas has sido iniciadas por una moIecula de tRNA iniciadora, todas las protefnas arninoacido tiene lugar en la regi6n
recien sintetizadas tienen una metionina (el derivado aminoformil de la metio- general mostrada, con los tRNA unidos
nina en bacterias) como residuo extremo amino. A menudo, esta metionina es al "bolsillo" formado entre las
subunidades mayor y menor.
eliminada muy poco despues de que se haya incorporado, mediante la acci6n de
(Modificado a partir de lA Lake,
una aminopeptidasa especffica; este proceso de reajuste es importante ya que el Annu. Rev. Biochem. 54:507-530, 1985.
aminoacido colocado ala izquierda del extremo amino puede determinar la vida © 1985 por Annual Reviews Inc.)
media de la protefna en la celula mediante su efecto sobre un sistema de degra-
daci6n dependiente de ubiquitina (vease Figura 5-39).
Evidentemente, ellugar correcto de iniciaci6n sobre la molecula de mRNA
ha de ser seleccionado por la subunidad pequefia en concierto con los factores
de iniciaci6n pero en ausencia de la subunidad grande, por 10 cual probable-
mente los ribosomas se forman a partir de dos subunidades independientes.
Acontinuaci6n consideraremos c6mo se produce este proceso de selecci6n.

7-metilguanosina extremo S' del mRNA Figura 6-26 Estructura de la


HO OH "capucha" ("cap") del extremo 5' de
las moleculas de mRNA eucariotas.
N6tese la poco habitual uni6n 5'-a-5'
de la 7-metilguanosina, cargada
positivamente, y de la metilaci6n del
grupo 2' hidroxilo de la primera ribosa
del RNA. (EI segundo azucar no esta
uni6n
nunca metilado.)
trifosfato
S'-a-S'

Sfntesis de RNA y de protemas 251


Figura 6-27 Comparaci6n entre las
estructuras de las moleculas de RNA
~ mensajero de procarlotas y
p p ~p)ll-.I'llII_. __. _ . _• •_ • •_"~ eucarlotas. A pesar de que ambos
AUG 1 AUG
AUG 1 tipos de mRNA se sintetizan con un
grupo trifosfato en el extremo 5', la
molecula de mRNA eucariota adquiere
rapidamente una capucha en el
extrema 5', que es una parte de la
estructura que la subunidad pequefia
del ribosoma reconoce. Por 10 tanto, la
5' 5' 3'
sintesis proteica empieza en un cod6n
<±)G C!p~ •••~~~~~~~~~~••••••• AAAAA de iniciaci6n cercano al extremo 5' del
AUG mRNA. En los procariotas, por el
5'cap
I contrario, el extrema 5' no tiene
ninglin significado especial. En el
interior de una cadena de mRNA
clave:
pueden existir muchos lugares de
• lugares de uni6n secuencias • secuencias no • codonesde uni6n al ribosoma (denominadas
al ribosoma codificantes codificantes terminaci6n
secuencias Shine-Dalgarno) , cada uno
de los cuales dara lugar a la sintesis de
una proteina diferente.

En celulas eucariotas, normalmente s6lo se sintetiza un tipo


de cadena polipeptidica sobre cada molecula de mRNAIO
Tipicamente, una moIecula de RNA mensajero contiene varias secuencias AUG,
cada una de las cuales puede codificar metionina. En eucariotas, sin .embargo,
normalmente tan solo una de estas secuencias sera reconocida por el tRNA ini-
ciador, actuando asi como codon de iniciacion. lComo puede el ribosoma dis-
tinguir este codon de iniciacion?
Los RNA de eucariotas (a excepcion de los que se sintetizan en mitocondrias
y cloroplastos) son profundamente modificados en el nucleo inmediatamente
despues de su transcripcion (vease Capitulo 8). Dos de estas modificaciones mas
generales son la adicion de una estructura de "capucha" ("cap"), compuesta de
un residuo de 7-metilguanosina unido al trifosfato del extrema 5' (Figura 6-26), y
la adicion de una cadena de unos 200 residuos adenflicos ("poli A") al extrema
3'. Todavfa no esta bien establecido el papel que juega el "poli A" en el proceso
de traduccion (vease Figura 9-87). Sin embargo, se sabe que la estructura en "ca-
pucha" del extrema 5' es esencial para la sintesis de proteinas. Experimentos lle-
vados a cabo con extractos de celulas eucariotas han demostrado que la subuni-
dad pequefia del ribosoma se une primero al extremo 5' de una cadena de
mRNA ayudada por el reconocimiento de la capucha 5' (Figura 6-24). Entonces,
esta subunidad se desplaza a 10 largo de la cadena de mRNA transportando su
molecula de tRNA iniciador en busca de un codon AUG de iniciacion. Aparente-
mente, los requerimientos de un codon de iniciacion no son muy exigentes, ya
que habitualmente la subunidad pequefia selecciona el primer AUG que en-
cuentra; sin embargo, parece que en este proceso de seleccion son importantes
algunos nucleotidos cercanos al AUG. En la mayoria de los RNA de eucariotas en
cuanto se ha seleccionado un codon de iniciacion cercano al extrema 5' ya no se
utilizara como codon de iniciacion ninguno de los otros muchos codones AUG
mas alejados de la cadena. Como resultado de todo esto, normalmente sobre
cada molecula de mRNA tan solo se sintetiza un tipo de cadena polipeptidica
(para excepciones, vease pag. 498).
En las bacterias el mecanismo de seleccion de codones de iniciacion es dife-
rente. Los mRNA de bacteria no tienen estructura en capucha en 5'. En lugar de
ello, presentan una secuencia de iniciacion especifica de mas de 6 nucleotidos
de longitud, que puede presentarse en multiples lugares de la misma molecula
de mRNA. Estas secuencias estan situadas entre cuatro y siete nucleotidos en di-
reccion 5' a partir del AUG, y generan pares de bases con una region especifica

252 Capitulo 6: Mecanismos geneticos basicos


cadena Un polirribosoma.
polipeptidica
Dihujo esquelll<ltico de un
completa
polirribosoma mostrando de que
forma una serie de rihosolllas pueden
traducir simultaneamente la misma
molecula de mRNA.

100 nm

del rRNA en el ribosoma, sefialando el inicio del proceso de sintesis de proteinas


en este codon de iniciacion cercano. Los ribosomas bacterianos, a diferencia de
los ribosomas de eucariotas, se unen directamente a una zona interna de una
rnolecula de mRNA, reconociendo un codon de iniciacion e iniciando una cade-
na polipeptidica. Como resultado de ello, normalmente los RNA mensajeros de
bacteria son policistr6nicos -10 cual significa que codifican multiples proteinas
traducidas por separado a partir de la misma molecula de mRNA. Por el contra-
rio, los mRNA de eucariotas son tipicamente monocistr6nicos, es decir, sobre
cada molecula de mensajero unicamente se traduce una unica especie de cade-
na polipeptidica (vease Figura 6-27).
(A)
100 nm
La union de varios ribosomas a una misma moIecula
de mRNA genera polirribosomas 11
La sintesis completa de una proteina dura entre 20 y 60 segundos de promedio. In-
cluso durante este breve intervalo de tiempo, normalmente tienen lugar multiples
iniciaciones sobre cada molecula de mRNA que esta siendo traducida. En cuanto
un ribosoma ha traducido una secuencia de aminoacidos suficientemente larga
como para dejar libre el camino, un nuevo ribosoma salta sobre el extrema 5' de la
rnoIecula de mRNA. Las moleculas de mRNA como esta, denominadas polirribo-
somas 0 polisomas, estan formadas por varios ribosomas colocados sobre el mis-
rno mRNA y espaciados unicamente unos 80 nucleotidos (Figuras 6-28 y 6-29). Los

Figlll"a (j-29 Electronmicrografias de un polirribosoma tipico de una celula


eucariota. (A) Sublimaci6n profunda; (B) secci6n ultrafina. Generalrnente
el citoplasrna celular esta lieno de polirribosomas como este, algunos de los
cuales se deben hallar libres en el citosol y otms adhefidos a membrana. (8)
(A, cortesia de John Heuser; B, cortesia de George Palade.) 400 nm

Sintesis de RNA y de proteinas 253


polirribosomas son caracterfsticos de las celulas. Pueden ser aislados y separados
de los ribosomas sencillos del citosol mediante lisis celular y ultracentrifugaci6n
(Figura 6-30). El mRNA purificado a partir de estos polirribosomas puede utilizarse
para determinar si la protefna codificada por una secuencia determinada de DNA
(--7ii~"~dir:
polirribosomas
ribosomas
sencillos
esta siendo sintetizada activamente en estas celulas utilizadas para preparar los 80S
polirribosomas. Estas moleculas de mRNA tambien pueden utilizarse como mate- ,---,

t
rial de partida para la preparaci6n de librerfas especializadas de cDNA (como se
discute en el Capitulo 7). t.)
En los eucariotas la envoltura nuclear mantiene separados los procesos de III '0
'"0E lIl~
transcripci6n y de sintesis de protefnas. Sin embargo en los procariotas el RNA mu
C:c:
III Q)Q)
es accesible a los ribosomas en cuanto se sintetiza. Asf, los ribosomas empiezan 0
.0 "i~
Uu
a sintetizar una cadena polipeptidica por el extrema 5' de la molecula de mRNA Q) Q).-
"0:2
"0
naciente y van siguiendo detras de la RNA polimerasa a medida que esta com- 0
Q;
eO.
Q)8.
pleta la cadena de mRNA E Eo:
.~ ." 0
c: c:o.

En los eucariotas, la velocidad general de smtesis de protemas Figura 6-30 Aislamiento de


esta controlada por factores de iniciaci6n12 polirribosomas. Los polirribosomas se
pueden separar de los ribosomas
Como discutiremos en el Capftulo 17, las celulas de un organismo pluricelular sencillos (y de sus subunidades) por
s610 se multiplican cuando se encuentran en un medio en el que son estimula- sedimentaci6n de una
das por factores espedficos de crecimiento. A pesar de que los mecanismos a ultracentrifugaci6n. Este metodo se
traves de los que actuan los factores de crecimiento todavia no estan completa- basa en el hecho de que en un fuerte
mente establecidos, uno de sus mayores efectos ha de ser el incrementar la velo- campo gravitacionallos grandes
cidad de todo el proceso de sfntesis proteica, ya que las celulas duplican su con- agregados moleculares se mueven mas
tenido de proteina antes de dividirse. iQue es 10 que deterrnina la velocidad de rapidamente que los pequefios.
sfntesis de protefnas? Cuando se depriva a celulas eucariotas en cultivo de nu- Generalmente la sedimentaci6n se
trientes, se produce una marcada reducci6n de la velocidad de la iniciaci6n de la realiza a traves de un gradiente de
cadena polipeptidica. Esta reducci6n es el resultado de la inactivaci6n del factor sacarosa para evitar mezclas por
convecci6n. N6tese que la mayona de
de iniciaci6n de la sfntesis eIF-2 (vease Figura 9-82). Los factores de iniciaci6n
las cadenas polipeptidicas en
necesarios para la sfntesis de protefnas son mucho mas numerosos y complejos
crecimiento (linea raja) estan
en eucariotas que en procariotas, a pesar de que al parecer realizan la misma asociadas al polirribosoma.
funci6n basica en ambos casos. Muchos de los componentes adicionales pue-
den se protefnas reguladoras que responden a diferentes factores de crecimien-
to, colaborando en la coordinaci6n del crecimiento y de la proliferaci6n en los
Olganismos pluricelulares. En las bacterias son necesarios controles menos
complejos ya que generalmente crecen todo 10 rapidamente que les permite la
asequibilidad de nutrientes del medio.

La fidelidad de la sintesis de proteinas esta incrementada gracias


ados procesos independientes de correcci6n de galeradas13
El porcentaje de errores en la sfntesis de protefnas puede estimarse siguiendo la
frecuencia de incorporaci6n de un aminoacido en una proteina que normal-
mente carece de dicho aminoacido. Se pueden observar asi porcentajes de error
de alrededor de un aminOlicido incorporado err6neamente pOl cada 104 amino-
acidos incorporados, 10 cual significa que unicamente una de cada 25 moleculas
de protefna de tamafio medio (de unos 400 aminoacidos) deberfa contener un
error. La fidelidad del proceso decodificador depende de la precisi6n de los dos
principales mecanismos de adaptaci6n discutidos anteriormente: la uni6n de
cada aminoacido a su molecula correspondiente de tRNA y el apareamiento de
bases de los codones del mRNA con los anticodones del tRNA (vease Figura 6-
14). No es sorprendente que las celulas hayan desarrollado mecanismos de "co-
rrecci6n de galeradas" 0 "verificaci6n de lectura" (proofreading) que les permi-
tan reducir el numero de errores en estos dos procesos cruciales de la sintesis de
protefnas.
Para disminuir el numero de errores en estos dos procesos, se utilizan dos
mecanismos fundamentalmente diferentes, cada uno de los cuales es represen-
tativo de dos estrategias utilizadas en otros procesos celulares. Ambos suponen

254 Capitulo 6 : Mecanismos geneticos basicos


aminoacil tRNA unido factor de Figura 6-31 La correcci6n cinetica de
~ctO'd' ,'oogoc"" elongaci6n
pruebas selecciona la molecula
cadena
polipeptidica
en crecimiento
~ correcta de tRNA sobre el ribosoma.
En esta visi6n mas detallada de la
t etapa 1 de la fase de elongaci6n de la
sintesis de proteinas, se Hustra c6mo,
elongaci6n en el acontecimiento inicial de uni6n,
de la cadena
(etapas 2 y 3) una molecula de aminoacH-tRNA
unido al factor de elongaci6n se aparea
transitoriamente con el cod6n del
/
RNA mensajero
lugar A. Este apareamiento dispara la
camino de salida de las hidr6lisis de GTP por el factor de
lugar P lugar A mohkulas de tRNA incorrectas
elongaci6n, 10 cual permite que el
factor se disocie de la molecula de
aminoacH-tRNA, la cual ahora puede
el consumo de energfa libre ya que, como se ha discutido en el Capftulo 2, el in- colocarse correctamente en ellugar A y
cremento del orden en la celula tiene un precio. Para mejorar la exactitud de la participar en la elongaci6n de la
union del aminoacido al tRNA se utiliza un mecanismo relativamente sencillo. cadena (vease Figura 6-22). Asi en el
Muchas aminoacH-tRNA sintetasas tienen dos lugares activos diferentes, uno mecanismo de sintesis de proteinas
existe un tiempo de espera entre la
que lleva a cabo la reaccion de carga mostrada anteriormente (Figura 6-11) y el
uni6n de la molecula de aminoacH-
otro que reconoce un amino<icido incorrecto que se halle colocado en una mole- tRNA y su asequibilidad para la sintesis
cula de tRNA, y 10 libera por hidrolisis. El proceso de correccion es costoso ya de proteina. Como resultado de ello,
que, para ser efectivo, tambien ha de liberar una fraccion apreciable de amino- unicamente los tRNA que tienen el
acidos colocados correctamente. En la replicacion del DNA actua un proceso de anticod6n correcto pueden
correccion de galeradas en dos etapas como este (vease Figura 6-42). permanecer apareados al mRNA
Otro proceso mas sutH de "correccion cinetica de pruebas" se utiliza para me- durante un tiempo suficientemente
jorar la fidelidad del apareamiento codon-anticodon. De hecho, antes hemos ofre- largo como para ser afiadidos a la
cido una vision simplificada de este acoplamiento. Cuando las moleculas de tRNA cadena polipeptidica en crecimiento.
se han unido a su aminoacido, forman un complejo con una protefna abundante El factor de elongaci6n, que es
denominada factor de elongaci6n (BF, de Elongation Factor), que se une fuerte- una proteina abundante, se designa
mente al extremo aminoacfdico del tRNA y a una molecula de GTP. Este complejo, como EF-Tu en los procariotas y como
EF-l en eucariotas. En la Figura 5-20 se
y no el tRNA libre, es el que se acopla con el codon apropiado en una moIecula de
Hustra el extraordinario cambio de la
mRNA. El factor de elongacion que se ha unido permite que se produzca un aparea- estructura tridimensional de EF-Tu
miento correcto codon-anticodon pero impide que el aminoacido se incorpore a generado par la hidr6lisis de GTP.
la cadena polipeptfdica en crecimiento. Sin embargo, el reconocimiento inicial del
codon activa al factor de elongacion para que hidrolice el GTP que lleva unido (a
GDP y fosfato inorganico), de forma que ahora el factor puede disociarse del ribo-
soma sin llevarse el tRNA al que estaba unido, y de esta forma permite que se pro-
duzca la sfntesis de la protefna. La participacion del factor de elongacion supone
un ligero retraso entre el apareamiento de bases codon-anticodon y la elongacion
de la cadena polipeptfdica, que Ie proporciona a la moIecula de tRNA unida la
oportunidad de salir del ribosoma. Una molecula de tRNA colocada incorrecta-
mente genera un numero de enlaces de hidrogeno en el apareamiento de bases
codon-anticodon mucho menor que un tRNA colocado correctamente; por ello,
un tRNA incorrecto se une mas debilmente al ribosoma y por tanto se disocia con
mayor facilidad durante este perfodo. Debido a que el retraso introducido por el
factor de elongacion hace que la mayorfa de las moIeculas de tRNA colocadas
incorrectamente abandonen el ribosoma sin ser utilizadas para la sfntesis de pro-
tefnas, este factor incrementa la relacion entre los aminoacidos incorporados
correctamente y los incorporados incorrectamente en la protefna (Figura 6-31).

Muchos inhibidores de la sintesis de proteinas en procariotas


resultan utiles como antibi6ticosl 4
Muchos de los antibioticos mas eficaces utilizados en la medicina moderna
actuan inhibiendo la sfntesis proteica bacteriana. Algunos de estos farmacos
aprovechan las diferencias estructurales y funcionales que existen entre los ribo-
somas de procariotas y de eucariotas, a fin de afectar preferentemente a los ri-
bosomas de procariotas. Esta selectividad permite utilizar algunos de estos com-

Sfntesis de RNA y de protefnas 255


Tabla 6-1 Inhibidores de la sintesis de RNA 0 de la de proteinas

Inhibidor Efectosespecificos
Actuando unicamente sobre procariotas*
Tetraciclina bloquea la uni6n de los aminoacil-tRNA allugar A del ribosoma
Estreptomicina impide la transici6n desde el complejo de iniciaci6n ala
elongaci6n de la cadena por el ribosoma, y provoca errores de
decodificaci6n
Cloranfenicol bloquea la reacci6n de la peptidil transferasa en los ribosomas
(etapa 2 de la Figura 6-22)
Eritromicina bloquea la reacci6n de translocaci6n en los ribosomas (etapa 3
de la Figura 6-22)
Rifamicina bloquea la iniciaci6n de las cadenas de RNA uniendose a la RNA
polimerasa (impide la sintesis de RNA)
Actuando sobre procariotas y sobre eucariotas
Puromicina se une al extremo de la cadena en crecimiento provocando la
liberaci6n prematura de las cadenas polipeptidicas en
formaci6n
Actinomicina D se une al DNA bloqueando el movimiento de la RNA polimerasa
(impide la sintesis de RNA)
Actuando unicamente sobre eucariotas
Cicloheximida bloquea la reacci6n de translocaci6n en los ribosomas (etapa 3
de la Figura 6-22)
Anisomicina bloquea la reacci6n de la peptidil transferasa en los ribosomas
(etapa 2 de la Figura 6-22)
a-Amanitina bloquea la sintesis de mRNA preferentemente por medio de la
uni6n a la RNA polimerasa II
*A menudo, los ribosomas de las mitocondrias (y de los cloroplastos) de eucariotas se parecen
a los de los procariotas en su sensibilidad frente a los inhibidores. Por ello, algunos de estos an-
tibi6ticos pueden tener efectos perjudiciales sobre las mitocondrias de humanos.

puestos en el cuerpo humano a concentraciones relativamente elevadas sin que


resulten demasiado t6xicos. Debido a que los diferentes antibi6ticos se unen a
regiones diferentes de los ribosomas bacterianos, a menudo inhiben pasos dife-
rentes del proceso de sintesis. En la Tabla 6-1 se muestran algunos de los anti-
bi6ticos mas habituales de este grupo, indicandose sus efectos especificos. La ta-
bla tambien presenta otros inhibidores de la sintesis de proteinas utilizados
habitualmente, algunos de los cuales actuan sobre las celulas eucariotas; eviden-
temente estos ultimos no pueden utilizarse como antibi6ticos.
Muchos de los compuestos enumerados en la Tabla 6-1 bloquean especifica-
mente diferentes pasos del proceso que ocurre desde el DNA hasta la proteina,
por 10 que son utiles en estudios bio16gicos. Entre los farmacos utilizados mas ha-
bitualmente en experimentos de este tipo, estan el cloranfenicol, la cicloheximida
y la puromicina, todos los cuales inhiben especificamente la sintesis de proteinas.
En una celula eucariota, por ejemplo, el cloranfenicol unicamente inhibe la sinte-
sis proteica de los ribosomas de las mitocondrias (y de los doroplastos en las
plantas), 10 cual refleja probablemente el origen procariota de estos organulos
(vease Capitulo 14). Por otra parte, la cidoheximida unicamente afecta a los ribo-
somas del citosol. La diferente sensibilidad a estos farmacos del proceso de sinte-
sis de proteina proporciona un poderoso sistema para determinar en que com-
partimiento celular se produce la traducci6n de una proteina determinada. La
puromicina es especialmente interesante ya que es un analogo estructural de una
molecula de tRNA unida a un aminoacido; el ribosoma la confunde con un ami-
noacido autentico y la incorpora covalentemente al extrema carboxilo terminal
de la cadena polipeptidica en crecimiento, causando asi la terminaci6n prematura
y la liberaci6n de este polipeptido (vease Figura 3-23). Como podria esperarse, la
puromicina inhibe todos los tipos de sintesis de proteinas.

256 Capitulo 6 : Mecanismos geneticos basicos


iC6mo evolucion6 el proceso de la sintesis de proteinas?15
Los procesos moleculares relacionados con la sfntesis de protefnas parecen
inexplicablemente complejos. A pesar de que podemos describir muchos de
elIos, no tienen ningtin sentido conceptual respecto a c6mo se producen la
transcripci6n del DNA, la reparaci6n de DNA y la replicaci6n del DNA. Tal como
hemos visto, en los organismos actuales la sfntesis de protefnas se centra en una
maquina ribonucleoproteica muy grande, el ribosoma, que consiste en una serie
de protefnas dispuestas alrededor de un mlcleo de moleculas de rRNA. iPor que
existen toda esta serie de moleculas de rRNA y c6mo lIegaron a desempefiar un
papel tan dominante en la estructura y en la funci6n del ribosoma?
Antes de que se descubriera el mRNA, a principios de los afios 1960, se sos-
pechaba que la gran cantidad de RNA que existe en los ribosomas actuaba como
"mensajero", transportando informaci6n genetica del DNA a las protefnas. Aho-
ra sabemos, sin embargo, que todos los ribosomas de una celula presentan un
juego identico de moIeculas de rRNA, las cuales no desempefian ninguna fun-
ci6n de informaci6n de este tipo. En los ribosomas bacterianos se ha demostra-
do que pequefias regiones de algunos rRNA tienen funciones catalfticas en el
proceso de sfntesis de protefnas. Como hemos mencionado el rRNA mayor de la
subunidad mayor del ribosoma tiene actividad peptidil transferasa; ademas, el
rRNA de la subunidad pequefia del ribosoma forma una pequefia heIice por apa-
reamiento de bases, con la secuencia de iniciaci6n de las moleculas bacterianas
de mRNA, la cual permite colocar el cod6n de iniciaci6n AUG vecino sobre ellu-
gar P. Se forman una gran variedad de interacciones de este tipo entre las mole-
culas de tRNA y los rRNA de bacterias, a pesar de que en estas interacciones par-
ticipan bases del rRNA alejadas en la secuencia de nucle6tidos, 10 cual sugiere
eomplejos conjuntos de interacciones que dependen de la estructura terciaria
de los rRNA.
, La sfntesis de protefnas tambien depende, de una forma fundamental, de
una gran cantidad de protefnas diferentes que se hallan unidas a los rRNA en los
ribosomas (vease Figura 6-20). La complejidad de un proceso que depende de
un mimero tan elevado de componentes diferentes que interactuan entre sf ha
heeho que muchos bi610gos hayan perdido la esperanza de poder lIegar a cono-
eer c6mo se produjo la evoluci6n del proceso de sfntesis de protefnas. Sin em-
bargo, los descubrimientos recientes acerca de las moleculas de RNA con activi-
dad enzimatica han aportado un nuevo punto de vista sobre el proceso. Como
se discute en el Capftulo 1, probablemente las primeras reacciones biol6gicas
utilizaron moleculas de RNA, y no de protefna, como catalizadores. En las celu-
las primitivas, las moleculas de tRNA debieron de generar superficies catalfticas
sobre sf mismas, que les permitieron unirse especfficamente a aminoacidos sin
neeesitar la participaci6n de las enzimas aminoacil-tRNA sintetasas. De forma
parecida, las moleculas de rRNA debieron de ser suficientes por sf solas para
eonstituirse como un "ribosoma" completo, plegandose de formas complicadas
y generando un intrincado conjunto de superficies que guiaron el apareamiento
de los tRNA con los codones del mRNA y catalizaron la polimerizaci6n de los
aminoacidos unidos a los tRNA (vease Figura 1-7). A 10 largo del curso de la
evoluci6n, se han agregado protefnas individuales a esta maquinaria, cada una
de elIas haciendo el proceso un poco mas exacto yeficiente, 0 afiadiendo con-
troles de regulaci6n. Desde este punto de vista la gran cantidad de RNA de los
ribosomas actuales puede ser un remanente de una etapa muy temprana de la
evoluci6n, antes de que las protefnas hubieran lIegado a dominar la catalisis
biol6gica.

Resumen
Antes de que pueda iniciarse la slntesis de una determinada protelna, ha de sinteti-
zarse el mRNA correspondiente mediante el proceso de transcripci6n del DNA. En-
tonees, una subunidad pequena del ribosoma se une a la molecula de mRNA en un

Sfntesis de RNA y de protefnas 257


codOn de iniciacion (AUG) que es reconocido por una molecula determinada de
tRNA. A continuacion una subunidad mayor de ribosoma se une completando el ri-
bosoma e iniciando la fase de elongaciOn de la sfntesis de protefnas. Durante esta
fase, los aminoacil-tRNA, cada uno de los cuales transporta un aminoticido deter-
minado, se unen secuencialmente al codOn apropiado del mRNA a traves de la for-
macion de pares de bases complementarias con el anticodOn del tRNA. Cada uno de
los aminoticidos es aiiadido al extremo carboxilo terminal de la cadena polipeptf-
dica en crecimiento, mediante un cicio de tres etapas secuenciales: uniOn del ami-
noacil-tRNA, formaciOn de un enlace peptfdico, y translocaci6n del ribosoma. El ri-
bosoma progresa codOn a codOn en direccion 5'-a-3' a 10 largo de la motecula de
mRNA, hasta que alcanza uno de los tres tipos de codones de terminaciOn que exis-
ten. Entonces, un factor de liberacion se une al codOn de terminaciOn, con 10 que se
Jinaliza la traduccion y el polipeptido acabado se libera del ribosoma.
Los ribosomas de las celulas procariotas son muy homologos a los de las celu-
las eucariotas, a pesar de que se presentan diferencias substanciales entre ellos en
cuanto al numero y al tamano de sus componentes de rRNA y de protefna. El papel
predominante de los rRNA en la estruetura y funcion de los ribosomas puede refle-
jar el origen ancestral del proceso de sfntesis de protefnas, el cual parece que evolu-
ciono en un ambiente dominado por la catdlisis mediada por los RNA.

Mecanismos de reparaci6n del DNA16


La supervivencia a largo plazo de una especie puede aumentar gracias a cambios
geneticos pero la supervivencia de los individuos requiere estabilidad genetica. El
mantenimiento de esta estabilidad genetica no s6lo requiere que exista un meca-
nismo extremadamente exacto de copia de las secuencias de DNA antes de cada
divisi6n celular, sino que tambien requiere que exista un mecanismo que permita
reparar las numerosas lesiones accidentales del DNA que ocurren continuamen-
teo La mayoria de los cambios espontaneos de este tipo que tienen lugar en el
DNA son transitorios ya que inmediatamente son eliminados mediante un proce-
so de correcci6n denominado reparacion del DNA. Tan s6lo muy de vez en cuan-
do uno de estos procesos de mantenimiento del DNA no se produce 0 fracasa, 10
cual supone la producci6n de un cambio permanente en el DNA. Un cambio de
este tipo se denomina mutaci6n. Si una mutaci6n se produce en una posici6n vi-
tal de la secuencia del DNA puede provocar la muerte del organismo.
Antes de pasar a estudiar estos mecanismos de replicaci6n y de reparaci6n
del DNA, examinaremos brevemente c6mo se van manteniendo las secuencias
de DNA de una generaci6n a la siguiente.

Las secuencias de DNA se mantienen con un elevado


grado de fidelidad 17
La velocidad en que se producen cambios estables en las secuencias de DNA (la
frecuencia de mutacion) s6lo puede estimarse de forma indirecta. Uno de los sis-
temas consiste en comparar la secuencia de aminmicidos de una proteina deter-
minada pero procedente de varias especies distintas. El porcentaje de aminOlici-
dos diferentes se puede comparar con el mlmero estimado de arios transcurridos
desde que las dos especies se separaron de su antepasado comun, tal como se
determina a partir de registros f6sHes. De esta manera se puede calcular el pro-
medio de arios que se necesitan para que un cambio genetico se fije como una
alteraci6n en un aminoacido de una proteina. Debido a que cada uno de los
cambio de este tipo reflejara probablemente la alteraci6n de un solo nucle6tido
en la secuencia del DNA del gen que codifica esta proteina, este valor puede ser
utilizado para estimar la media del numero de arios que han de transcurrir para
que se produzca una mutaci6n estable en el gen.
Calculos como estos siempre subestiman la frecuencia real de mutaci6n, ya
que la mayorfa de las mutaciones deben afectar a la funci6n de la proteina, y de-

258 Capitulo 6 : Mecanismos geneticos basicos


ben desaparecer de la poblaci6n por selecci6n natural. Sin embargo, existe una
familia de proteinas cuya secuencia parece no ser importante, por 10 que los ge-
nes que las codifican pueden acumular mutaciones sin sufrir ningl1n tipo de se-
lecci6n en contra. Estas proteinas son los fibrinopeptidos -fragmentos de 20 re-
siduos de aminoacidos que son eliminados de la proteina fibrin6geno cuando
esta se activa dando lugar a lafibrina, durante el proceso de la coagulaci6n de la
sangre. Dado que la funci6n de los fibrinopeptidos aparentemente no depende
de su secuencia de aminoacidos, pueden tolerar cualquier cambio que se pro-
duzca en su secuencia. EI anaIisis de la secuencia de los fibrinopeptidos indica
que una proteina de tamafio medio de 400 aminoacidos puede verse alterada
aleatoriamente por una variaci6n en un aminoacido cada 200 000 afios. Mas re-
cientemente, la tecnologia de secuenciaci6n del DNA ha hecho posible compa-
rar las secuencias de nucle6tidos del genoma que no codifican para protefna. La
comparaci6n de secuencias de este tipo en varias especies de mamiferos ha per-
mitido obtener caIculos de la frecuencia de mutaci6n durante la evoluci6n, que
estan en estrecho acuerdo con las obtenidas a partir de los estudios de los fibri-
nopeptidos.

Las frecuencias de mutaci6n observadas en celulas proliferativas


son ~onsistentes con los valores evolutivos estimados1 8
La frecuencia de mutaci6n puede ser estimada de manera mas directa, obser-
vando la velocidad a la que aparecen cambios geneticos espontaneos en una
gran poblaci6n de celulas observadas durante un periodo de tiempo relativa-
mente corto. Ello puede llevarse a cabo estimando la frecuencia con la que apa-
recen nuevos mutantes en poblaciones muy grandes de animales (por ejemplo,
colonias de la mosca del vinagre 0 colonias de ratones), 0 estudiando alteracio-
nes en proteinas especificas de celulas que crecen en cultivo. Los valores obteni- '" 200
-0
dos siguiendo ambos tipos de estrategia unicamente son aproximados pero con- '"C.l
cuerdan con una frecuencia de un cambio en un par de bases par cada 109 pares 5c.", 160
de bases, en cada generaci6n celular. Por consiguiente, un gen que codifique ~.g
~ "<3
una proteina de tamafio medio (que contenga unos 103 pares de bases codifi- :c .~ 120
cantes) sufrira una mutaci6n cada 106 generaciones celulares. Este numero es, al E."
'" E
menos aproximadamente, consistente con la frecuencia de mutaci6n estimada ~ 0'"
0 80
-0 0
·0-
descrita antes, segl1n la cual se produce una mutaci6n en un gen de tamafio me-
"'o"
dio cada 200 000 afios. .~ 40

'"
La mayorfa de mutaciones de las protefnas resultan perjudiciales 200 400 600 800 1000
y son eliminadas por selecci6n natural 19 millones de arias desde la divergencia
de las especies
Cuando se representa el numero de aminoacidos diferentes de una determinada
protefna en dos organismos que difieren respecto al tiempo transcurrido desde Figura 6-32 Diferentes protefnas
que estos organismos divergieron durante la evoluci6n, se obtiene una linea ra- evolucionan a velocidades muy
zonablemente recta. Es decir, cuanto mas tiempo haga que los arganismos di- diferentes. Comparaci6n entre las
vergieron, mayor es el numero de diferencias que existen entre sus proteinas. frecuencias de cambio de aminoacidos
Por conveniencia, la pendiente de esta recta se puede expresar en terminos de encontradas en la hemoglobina, en el
"unidad de periodo evolutivo" para esta proteina, es decir, el promedio de tiem- citocromo c y en los fibrinopeptidos.
po necesario para que en una secuencia de 100 residuos de aminoacidos aparez- La hemoglobina y el citocromo c han
ca un cambio de un aminoacido. Cuando se comparan varias protefnas, se ob- variado mucho mas lentamente
serva que cada una de ellas presenta una velocidad de evoluci6n diferente pero durante la evoluci6n que los
fibrinopeptidos. Para determinar los
caracterfstica (Figura 6-32). Puesto que se supone que todos los pares de bases
indices de mlmero de cambios por ano
del DNA deben estar sujetos a la misma frecuencia aproximada de mutaci6n al (como se expresa en la Tabla 6-2), es
azar, estas diferencias en las frecuencias deben reflejar diferencias en la proba- importante destacar que dos
bilidad de que un organismo con una mutaci6n al azar en la proteina de que se organismos que divergieron de un
trata pueda sobrevivir y propagarse. Evidentemente cambios en la secuencia de antepasado comun hace 100 millones
aminmicidos son mucho mas nocivos para algunas proteinas que para otras. A de afios se hallan separados entre si
partir de la Tabla 6-2 podemos estimar que aproximadamente 6 de cada 7 cam- por 200 millones de anos de tiempo
bios al azar de aminoacidos son perjudiciales para la hemoglobina, 29 de cada evolutivo.

Mecanismos de reparaci6n del DNA 259


Tabla 6-2 Frecuencias observadas de cambio de las secuencias de aminOllcidos de
varias proteinas a 10 largo del tiempo evolutivo

Unidad de tiempo evolutivo*


Proteina (en millones de anos)
Fibrinopeptido 0,7
Hemogiobina 5
Citocromo c 21
HistonaH4 500

'La "unidad de tiempo evolutivo" se defme como el tiempo promedio necesario para que apa-
rezca el cambio de un aminOlicido aceptable en la protefna indicada, por cada 100 aminoacidos
de la protefna.

30 10 son para el citocromo c, y pnicticamente todos son contraproducentes


para la histona H4. Puede asumirse que los individuos que fueron portadores de
mutaciones perjudiciales de este tipo fueron eliminados de la poblaci6n por se-
lecci6n natural.

Para que exista la vida tal como la conocemos, es necesario


que se den bajas frecuencias de mutaci6n19
Debido a que la mayoria de las mutaciones son perjudiciales, ninguna especie
puede permitir que se acumulen en grandes cantidades en sus celulas germina-
les. Mas adelante discutiremos por que la frecuencia de mutaci6n observada, a
pesar de ser tan baja, al parecer limita a unas 60 000 el mlmero de proteinas
esenciales que cualquier organismo puede codificar en su linea germinal. Como
extensi6n de este mismo argumento, una frecuencia de mutaci6n diez veces su-
perior limitarfa a un organismo a unas 6000 proteinas esenciales. En este caso, la
evoluci6n probablemente se habria detenido en un organismo no mas complejo
que la mosca del vinagre.
Mientras que las celulas germinales han de estar protegidas contra elevadas
frecuencias de mutaci6n para mantener la especie, las otras celulas de un orga-
nismo pluricelular (sus celulas somdticas) han de estar protegidas de cambios
geneticos para poder salvaguardar el individuo. Los cambios de nucle6tidos en
la celulas som<iticas pueden facilitar el proceso de selecci6n natural que permita
la supervivencia de la celula mas adaptada a expensas del resto del organismo.
En el caso extremo, la proliferaci6n celular descontrolada conocida como cancer
es la causa de aproximadamente el 30% de las muertes que ocurren en Europa y
America. Existen evidencias de que estas muertes son debidas mayoritariamente
a la acumulaci6n de cambios en la secuencia del DNA de las celulas som<iticas
(vease Capitulo 24). Probablemente, un incremento del orden de diez veces de
la frecuencia de mutaci6n causaria un incremento desastroso de la incidencia
de cancer al acelerar la velocidad a la que aparecerian variantes de las celulas
somaticas. Asi pues los eucariotas dependen de la extraordinaria fidelidad con la
que se perpetuan las secllencias de DNA, tanto para la perpetuaci6n de especies
con 60 000 proteinas (estabilidad de las celulas germinales) como para la pre-
venci6n del proceso canceroso resultante de las mutaciones de las celulas soma-
ticas (estabilidad de las celulas som<iticas).

EI hecho de que las frecuencias de mutaci6n sean bajas significa


que los organismos relacionados han de estar formados
esencialmente por las mismas proteinas20
Los humanos, como genero diferenciado de los grandes simios, existen desde
hace tan s610 unos cuantos millones de afios. Por consiguiente cada gen ha teni-

260 Capitulo 6 : Mecanismos geneticos basicos


URACILO

DESAMINACION
por hidr61isis desplazamiento
espontanea (p. ej., tautomerico
citosina a uracilo)

GUANINA

DESPURINACION
por hidr61isis
espontanea (p. ej.,
eliminaci6n de guanina)

do la posibilidad de acumular un numero relativamente reducido de cambios de Figura 6-33 Desaminaci6n y


nuele6tidos, y la mayoria de estos cambios habnin sido eliminados por selecci6n despurlnaci6n. Estas reacciones
natural. AI comparar, por ejemplo, un humano con un mono se observa que las hidroliticas son dos reacciones
molecuIas de citocromo c difieren unicamente en un 1% de sus residuos de ami- qufmicas espontaneas frecuentes, que
nmicidos y las de hemoglobina en un 4%. Una gran parte de nuestra herencia originan graves lesiones del DNA de las
nHulas. La figura s610 muestra un
genetica debi6 de configurarse antes de que apareciera Homo sapiens, durante
ejemplo especffico de cada tipo de
la evoluci6n de los mamiferos (que se inici6 hace unos 300 millones de afios), reacci6n.
o ineluso antes. Debido a que las proteinas de mamiferos tan diferentes como
las ballenas y los hombres son muy similares entre si, los cambios evolutivos
que han dado lugar a estas espectaculares diferencias morfol6gicas entre los
diferentes mamiferos han tenido que producirse con un numero sorprendente-
mente bajo de cambios en los materiales de que estamos formados. Por el con-
trario, se cree que los principales responsables de estas diferencias morfol6gicas
son diferencias en el patr6n temporal y espacial de la expresi6n genica durante
el desarrollo embrionario, que determina el tamafio, la forma y otras caracterfs-
ticas del adulto. En el Capitulo 8 discutiremos los mecanismos que probable-
mente constituyen la base de estos cambios en la expresi6n genica durante la
evoluci6n.

Si no fueran corregidas, las alteraciones espontaneas del DNA


podrian cambiar rapidamente las secuencias del DNA21
EI fisico Erwin Schroedinger sefial6 en 1945 que, fuese cual fuese la naturaleza
quimica del material hereditario (desconocida en aquel momento), un gen tenia
que ser extremadamente pequefio y estar formado de pocos Momos. En caso
contrario, el elevado numero de genes necesarios para generar un organismo no
cabria en el nueleo celular. Por otro lado, y debido a su reducido tamafio, cabia
esperar que un gen sufriera importantes cambios como consecuencia de reac-
dones espontaneas inducidas por colisiones termicas aleatorias con moleculas
del disolvente. Esto planteaba un grave problema, ya que los datos geneticos im-
plican que los genes esten compuestos de una substancia extraordinariamente
estable, en la cuallos cambios espontaneos (mutaciones) se producen con una
frecuencia muy baja.
Este dilema es real. EI DNA sufre cambios importantes debido a fluctuacio-
nes termicas. Actualmente sabemos, por ejemplo, que cada dia se pierden unas

Mecanismos de reparaci6n del DNA 261


-
O-.-CH
z _

--p=o -------p=o -------p=o - - - - - - - p=O 0


/10- /10- /10- /10-
(A)

Figura 6-34 Resumen de las alteraciones espontaneas que requieren


reparaci6n del DNA. (A) Se indican los lugares de cada nucleotido que se
sabe que se modifican por oxidacion espontanea (flechas rajas), ataque
hidrolitico (flechas azules) 0 metilacion descontrolada por el dador de grupos
metilo S-adenosil metionina (flechas verdes); la frecuencia de cada proceso se
indica por el grosor de cada flecha. En la Figura 6-33 se ilustran con mas
detalle los dos tipos de procesos hidroliticos mas frecuentes. (B) Estructura
de un dfmero de timina, un tipo de alteracion introducida en el DNA de
celulas expuestas a radiacion ultravioleta (como la luz solar). Se puede formar
un dfmero similar entre dos bases de pirimidina vecinas cualesquiera
(residuos CoT) del DNA. (A, a partir de T. Lindahl, Nature 362: 709-715, 1993.
© 1993 Macmillan Magazines Ltd.)

I
(B)

5000 bases puricas (adenina y guanina) del DNA de cada celula humana debido
a la destrucci6n termica de enlaces N-glucosidicos entre estas bases y la desoxi-
rribosa (despurinaci6n). An81ogamente, se estima que la desaminaci6n de citosi-
na a uracHo en el DNA se produce a una velocidad de 100 cambios por genoma y
dia (Figura 6-33). Las bases del DNA tambien estan sujetas a cambios debido,
por un lado, ala acci6n de metabolitos reactivos (como las formas reactivas del
oxfgeno) que pueden alterar la capacidad de apareamiento de las bases, y por
otro, a la acci6n de la luz ultravioleta del sol, que puede favorecer la formaci6n
de un enlace covalente entre dos bases de pirimidina en el DNA (formandose,
por ejemplo, un dimero de timina, como el que se muestra en la Figura 6-34B).
Estos son s610 algunos de los muchos cambios que pueden 'ocurrir en nuestro
DNA (Figura 6-34A). Cabria esperar que la mayoria de estos cambios condujesen
ala eliminaci6n de uno 0 mas pares de bases de la cadena hija de DNA despues
de la replicaci6n del DNA, 0 a la substitucion de un par de bases (por ejemplo,
cada desaminaci6n C ~ U transformaria un par de bases C-G en un par de bases
T-A, puesto que el U es muy parecido ala T, y forma un par de bases comple-
mentarias con A). Como hemos visto, una elevada frecuencia de cambios de este
tipo tendria consecuencias desastrosas para los organismos.

262 Canftulo 6 : Mecaoismos e:eneticos bcisicos


Figura 6-35 Reparacion del DNA. Las tres etapas comunes de la mayona de esqueleto de
azucar fosfato
tipos de procesos de reparaci6n del DNA son la escisi6n (etapa 1), resintesis
(etapa 2) y nueva uni6n (etapa 3). En la etapa 1 se elimina la zona alterada; en copia 1 pares de
bases unidas
las etapas 2 y 3 se repone la secuencia de DNA original. La DNA polimerasa ] por un enlace
llena el hueco generado en el proceso de escisi6n (etapa 2) y la DNA ligasa copia 2 de hidr6geno
suelda el extrema del trozo recien sintetizado al resto de la cadena (etapa 3).

I
ALTERACION
EI proceso de la soldadura consiste en la nueva formaci6n del enlace DE LA
fosfodiester rota (vease Figura 6-37). co PIA 1

copia 1

La estabilidad de los genes depende de la reparaci6n del DNA22 copia 2


ELiMINACION
A pesar de los miles de cambios al azar que se producen cada dfa en el DNA de
una celula humana debido a la energfa termica, en una celula promedio s610 se etapa 1
j DE LA REGION
ALTERADA DE
LA COPIA 1
acumulan unos cuantos cambios (mutaciones) estables cada ano. Hoy sabemos
que menos de uno de cada mil cambios accidentales de las bases del DNA pro-
voca una mutaci6n; el resto de los cambios son eliminados, con una eficacia ex-
traordinaria, mediante el proceso de reparaci6n del DNA. Existe una amplia va-
copia 1

copia 2
IIILIII 3' 5'

riedad de mecanismos de reparaci6n, cada uno de ellos catalizados por un LA DNA POLIMERASA

I
SINTETIZA UNA NUEVA
conjunto diferente de enzimas. Casi todos dependen de la existencia de dos co- etapa 2 COPIA 1 SOBRE LA
pias de la informacion genica, una en cada cadena de la doble helice del DNA: si COPIA 2, INTACTA, QUE
la secuencia de una de las cadenas cambia accidentalmente, la informacion no
se pierde irreversiblemente ya que todavia queda una segunda copia de la infor-
maci6n en la secuencia de nucle6tidos de la otra cadena. El proceso basico de la
copia 1

copia 2
DJDDI. TODAVfA SE CONSERVA

reparaci6n del DNA se ilustra esquematicamente en la Figura 6-35. Tal como se LA DNA L1GASA
indica en ella, el proceso supone tres etapas:
1. La porci6n alterada de la cadena de DNA es reconocida y eliminada por
etapa 3
j SUELDA LA
MUESCA

unas enzimas especiales llamadas nucleasas de reparaci6n del DNA, que hi- copia 1
drolizan los enlaces fosfodiester que unen los nucleotidos alterados al resto
de la molecula de DNA. Ello produce un "hueco" en esta region de la helice copia 2

de DNA.
RESULTADO NETO: SE RECUPERAN DOS
2. Otra enzima, la DNA polimerasa. se une al extrema 3'-OH de la cadena COPlAS CORRECTAS

cortada de DNA y va colocando nucleotidos, uno a uno, utilizando la infor-


maci6n "correcta" de la otra cadena (patr6n).
3. El hueco, 0 muesca de la cadena danada desaparece cuando el peptido que
ha sintetizado la DNA polimerasa se suelda gracias a la acci6n de una ter-
cer tipo de enzima, la DNA ligasa, 10 cual completa el proceso de restaura-
ci6n.
Tanto la DNA polimerasa como la DNA ligasa juegan un importantfsimo pa-
pel general en el metabolismo del DNA; ambas actuan, por ejemplo, en los pro-
cesos de la replicacion y de la reparaci6n del DNA. En las Figuras 6-36 y 6-37 se
ilustran las reacciones que catalizan estas dos enzimas.

Las alteraciones del DNA pueden ser eliminadas


por mas de una via23
Los detalles de la etapa de escision en el proceso de reparacion del DNA depen-
den del tipo de alteraci6n de que se trate. Por ejemplo, la despurinacion, que es
con diferencia la lesion mas frecuente de las que tienen lugar en el DNA, produ-
ce un azucar desoxirribosa que ha perdido su base (vease Figura 6-33). Este azu-
car es rapidamente reconocido por la enzima AP endonucleasa, la cual corta el
esqueleto fosfodiester del DNA en ellado 5' dellugar alterado. Despues de la es-
cisi6n de un residuo azucar-fosfato por una enzima fosfodiesterasa, se recupera
la secuencia de DNA inalterada mediante la acci6n de una DNA polimerasa y
una DNA ligasa (vease Figura 6-35).
Una via de reparaci6n relacionada con esta, denominada reparaci6n por
eliminaci6n de bases implica la actuaci6n de una bateria de enzimas diferentes

Mecanismos de reparacion del DNA 263


desoxirribonucleosido
trifosfato HO
~'~P -..... ::;,3'-=-==-=-....5..:. cadena desoxirribonucle6sido
entrante HO p P P _ cebadora trifosfato
entrante
"=-'='I'='I'='~-=t .. - cadena
.-.....................""--".......-...P-. - patron
5' 3'

direcci6n 5' a 3'


de crecimiento jl........, HO P P P P
de la cadena "c----'
p p p p p p

(A) (8)

llamadas DNA glucosilasas. Cada DNA glucosilasa reconoce a un tipo de base de Figura 6-36 La enzima DNA
DNA alterada y cataliza su eliminaci6n hidrolftica. Existen como minima seis ti- polimerasa. (A) Reacci6n catalizada
pos de estas enzimas, entre las que se encuentran las que eliminan C desamina- par la DNA polimerasa. Esta enzima
das, A desaminadas, diferentes tipos de bases alquiladas u oxidadas, bases con cataliza la adici6n de un
desoxirribonucle6tido al extrema 3'-
anillos abiertos y bases en las que un enlace doble carbono-carbono se ha con-
OH de una cadena de polinucle6tidos
vertido accidentalmente en un enlace sencillo carbono-carbono. Como ejemplo
(la cadena cebadora) que se halla
del mecanismo general que actua en todos los casos, en la Figura 6-38A se pre- apareada a una segunda cadena
senta la eliminaci6n de una C desaminada por la uracil DNA glucosilasa. La re- patron. La nueva cadena de DNA crece
acci6n de la DNA glucosilasa produce un azucar desoxirribosa que ha perdido su en direcci6n 5' a 3'. Debido a que cada
base. Dado que este azucar fosfato es el mismo substrato reconocido pOI la AP uno de los desoxirribonucle6tidos
endonucleasa, los pasos siguientes en el proceso de reparaci6n tienen lugar de la trifosfato que van entrando han de
misma forma que para los lugares despurinados. La importancia de la elimina- aparearse con los de la cadena patr6n
ci6n de las bases de DNA desaminadas accidentalmente ha sido demostrada di- para poder ser reconocidos por la
rectamente. En bacterias mutantes que carecen de la enzima uracil DNA gluco- polimerasa, esta cadena determina
silasa, la frecuencia normalmente baja de cambio espontaneo de un par de cual de los cuatro posibles
bases C-G a un par de bases T-A aumenta unas veinte veces. desoxirribonucle6tidos (A, C, GoT)
Las celulas disponen de una via de reparaci6n por eliminaci6n de nucle6ti- sera afiadido en cada momento. Como
en el caso de la RNA polimerasa, la
dos capaz de eliminar casi cualquier tipo de lesi6n del DNA que genere un cam-
reacci6n esta impulsada por una
bio importante en la doble helice del DNA. Entre las "grandes lesiones" se en- variaci6n muy favorable de energia
cuentran las que se generan a traves de la reacci6n covalente de las bases del (vease Figura 6-3). (B) Estructura de
DNA con grandes moleculas de hidrocarbonos (como el compuesto carcin6geno una molecula de DNA polimerasa de
E. coli, deterrninada por cristalograffa
de rayos X. Este dibujo Hustra c6mo, al
5'1 I I I I I I I parecer, actl1a la polimerasa durante la
"jp p
sfntesis del DNA durante el proceso de
pI pi "Tp p
reparaci6n. (B, adaptado de L.S. Beese,
PI "jp Pi "TP p p
enlace V. DerbyshireyT.A. Steitz. Science
fosfodiester P p p p
260;352-355, 1993. © 1993 the MAS.)
roto pi "Tp p
Pl :::IP P
pI "Tp pl: "Tp pI p

3'1 I I 15' I I I I I I I I

Figura 6-37 Reacci6n catalizada por la DNA ligasa. Esta enzima suelda un
enlace fosfodiester roto. Tal como se muestra, la DNA ligasa utiliza una
molecula de ATP para activar el extrema 5' de la muesca (etapa 1) antes de
formar el nuevo enlace (etapa 2). De esta forma, la reacci6n energeticamente
desfavorable de soldadura de la muesca esta desplazada por el proceso
energeticamente favorable de hidr6lisis del ATP. En el sfndrome de Bloom,
una enfermedad humana hereditaria, los individuos presentan una
deficiencia parcial de DNA ligasa y, en consecuencia, son deficitarios en el
proceso de reparaci6n del DNA, 10 cual supone un incremento dramatico de
la incidencia de cancer.

264 Capitulo 6 : Mecanismos geneticos basicos


dimero de pirimidinas
C desaminada I
/ A
GCTUATCC C T A C G G T C T ACT A T G G
5' pares de bases 5' pares de bases
] unidas por enlaces ] unidas por enlaces
3'~~~141l!1~~~11 de hidrogeno 3' de hidrogeno
CGAGTAGG G T A C C

U-1 URACIL DNA


GLUCOSILASA
A
G G T C T ACT A T

GCT ATCC

IIIiIIII
helice de DNA
con una base GAT G C C A GAT GAT A C C

..............
perdida
CGAGTAGG A
C G G T C T ACT A T G
DNA
LA AP ENDONUCLEASA
HELICASA
Y UNA FOSFODIESTERASA
ELiMINAN EL AZUCAR
FOSFATO

II
GCT ATCC C T A

m r
G

JlLlll[
CGAGTAGG
helice de DNA
con un hueco de
un nucleotido
GATGCCAGATGATACC
helice de DNA
con un hueco de
12 nucle6tidos

DNA POLIMERASA DNA POLIMERASA 1


1 YDNA L1GASA Y DNALIGASA

GCT_CATCC C T A C G G T C T ACT A T G G

lIIIIIII
CGAGTAGG GATGCCAGATGATACC

Figura 6-38 Comparaci6n entre los dos principales sistemas de reparaci6n del DNA. (A) Reparaci6n por eliminaci6n de
bases. Este proceso empieza con una DNA glucosilasa. En este caso la enzima uracil DNA glucosilasa elimina una citosina
accidentalmente desaminada. Tras la acci6n de esta glucosilasa (0 otra DNA glucosilasa que reconoce otro tipo de
alteraci6n) el azucar fosfato con la base perdida es eliminado mediante la acci6n secuencial de la AP endonucleasa y de
una fosfodiesterasa, las mismas enzimas que inician la reparaci6n de lugares despurinados. Entonces, el hueco de un
solo nucle6tido es rellenado por la DNA polimerasa y la DNA ligasa. El resultado neto es que el U que se gener6 por una
desaminaci6n accidental ha sido cambiado, recuperandose una C. El nombre de la AP endonucleasa proviene del hecho
de que reconoce cualquier lugar de la helice del DNA que contenga un azucar desoxirribosa cuya base se haya perdido.
Estos lugares pueden aparecer tanto por la perdida de una purina (lugares apurfnicos) como por la perdida de una
pirimidina (lugares apirimidfnicos). (B) Reparaci6n por eliminaci6n de nucle6tidos. Despues de que un complejo
multienzimatico reconozca una gran lesi6n, como un dfmero de pirimidinas (vease Figura 6-34B), se realiza un corte
a cada lado de la lesi6n y una DNA helicasa asociada elimina toda la zona dafiada de la cadena. El complejo
multienzimatico de las bacterias deja el hueco de 12 nucle6tidos que se muestra en la figura; el que se produce en el DNA
de humanos es mas del doble de grande.

benzopireno) 0 con varios dfmeros de pirimidina T-T, T-C YC-C generados por
la accion de la luz solar. En estos casos existe un gran complejo multienzimatico
que "rastrea" el DNA buscando, en lugar de un determinado cambio de una base
por otra, distorsiones de la doble helice. Cuando se detecta una gran lesion el es-
queleto fosfodiester de la cadena anormal que contiene la lesion (un oligonucleo-
tido) es cortado a cada lado de la distorsion y se elimina de la doble helice del
DNA mediante la accion de una enzima DNA helicasa (como se discute mas ade-
lante). A continuacion, se repara el pequeno hueco producido en la cadena del
DNA, mediante los metodos habituales, mediante una DNA polimerasa y una
DNA ligasa (Figura 6-38B).
La importancia de estos procesos de reparacion se refleja en la gran inver-
sion que realizan las celulas en el mantenimiento de enzimas de reparacion del
DNA. Un extenso anaIisis genetico de una levadura sugiere que cada celula con-

Mecanismos de reparaci6n del DNA 265


tiene mas de 50 tipos diferentes de genes que codifican funciones de reparaci6n
del DNA. Se cree que en la especie humana los p£Ocesos de reparaci6n del DNA
son al menos tan complejos como en la levadura. Los individuos que presentan
la anormalidad genetica xeroderma pigmentosum, por ejemplo, son deficitarios
en una gran cantidad de procesos de reparaci6n que, segUn puede comp£Obarse
mediante ancilisis genetico, requieren como minima siete p£Oductos genicos di-
ferentes. Estos individuos desarrollan severas lesiones de piel, como el cancer de
piel, debido ala acumulaci6n de dime£Os de pirimidina en las celulas que se ha-
lIan expuestas al sol.

Las celulas pueden producir enzimas de reparaci6n de DNA


en respuesta a las alteraciones del DNA24
Las celulas han desarrollado varios mecanismos que les permiten sobrevivir en
un mundo agresivo. A menudo, una agresi6n ambiental extrema activa una ba-
terfa de genes cuyos p£Oductos p£Otegen a la celula de los efectos de la agresi6n.
Uno de los mecanismos de este tipo que expresan todas las celulas es la respues-
ta al shock termico, la cUal es evocada por la exposici6n de las celulas a tempera-
turas anormalmente altas; entre las proteinas "de shock termico" ("heat-shock-
proteins") que se inducen se encuentran algunas de las que al parecer colaboran
en la estabilizaci6n y en la reparaci6n de las p£Oteinas celulares parcialmente
desnaturalizadas (vease Figura 5-29).
Muchas celulas presentan tambien mecanismos que les permiten sintetizar
enzimas de reparaci6n del DNA en respuesta a una alteraci6n severa del DNA. El
ejemplo mejor estudiado es la respuesta SOS en E. coli. En esta bacteria, cual-
quier bloqueo de la replicaci6n del DNA genera una senal (al parecer se trata de
un exceso de DNA de una sola cadena) que induce un incremento de la trans-
cripci6n de mas de 15 genes diferentes, muchos de los cuales codifican p£Otei-
nas que actl1an en la reparaci6n del DNA. En primer lugar la senal activa la p£O-
teina RecA de E. coli (vease mas adelante) que destruye una p£Oteina reguladora
de un gen que actua negativamente (un represor), la cual a su vez normalmente
suprime la transcripci6n de la colecci6n completa de genes del SOS. Estudios so-
bre bacterias mutantes deficitarias en diferentes partes de la respuesta indican
que las p£Oteinas que se sintetizan en esta respuesta tienen dos efectos. En pri-
mer lugar, y tal como era de esperar, la inducci6n de enzimas de reparaci6n del
DNA incrementa la supervivencia de la celula. Cuando mutantes deficitarios en
estos factores de la respuesta SOS son tratados con algUn agente que altera el
DNA, como la radiaci6ri ultravioleta, una p£Oporci6n extraordinariamente eleva-
da de ellos mueren. En segundo lugar, incrementa marcadamente el nume£O de
errores que se producen en la copia de las secuencias del DNA por 10 que algu-
nas de las p£Oteinas que se sintetizan en estos momentos aparecen con elevadas
frecuencias de mutaci6n, por 10 que tambien aumenta la variabilidad genetica
de la poblaci6n. Esta parte de la respuesta tiene un pequeno efecto en la super-
vivencia a corto plazo; posiblemente se trata de una ventaja ya que incrementa
las probabilidades de que sobreviva una celula mutante mejor adaptada.
El sistema de reparaci6n del DNA que se activa durante la respuesta SOS no
es el unico sistema reparador de DNA inducible que se conoce. Las bacterias tie-
nen ot£O sistema que se activa especfficamente por la presencia de nucle6tidos
metilados en el DNA, Yexiste como minima un sistema inducible de reparaci6n
del DNA en las celulas de levadura. Tambien se ha descrito que algunas celulas
eucariotas se adaptan a las alteraciones del DNA de una forma similar a la que
hemos descrito para bacterias.

La estructura y las propiedades quimicas de la doble helice


del DNA hacEm que sea facil de reparar25
La doble helice del DNA parece una estructura 6ptima para ser reparada. Como
se discute en el Capitulo 1, se cree que el RNA apareci6 durante la evoluci6n an-

266 Capitulo 6 : Mecanismos geneticos basicos


DESAMINACION DE A DESAMINACION DE G DESAMINACION DE 5-METll C

r
hipoxantina xantina 5-metil citosina timina

(A) (B)

tes que el DNA y es probable que inicialmente el c6digo genetico estuviera escri- Figura 6-39 Desaminacl6n de
to en los cuatro nucle6tidos A, C, G YU. Ello plantea par que se reemplaz61a nucle6tidos de DNA. En cada caso el
U del RNA por la T (que es 5-metil U) del DNA. Hemos visto que la desamina- Momo de oxfgeno afiadido a partir de
ci6n espontanea de C la transfarma en U, pero que este hecho es inofensivo la reacci6n con el agua esta coloreado
gracias a la uracil DNA glucosilasa (Figura 6-38A). Podemos imaginar que cual- en raja. (A) Los productos de
desaminaci6n espontanea de A y
quier enzima de reparaci6n encargada de detectar y eliminar estos accidentes
de G se pueden reconocer como no
no podria distinguir estos nucle6tidos de los nucle6tidos U normales de una naturales cuando ocurren en el DNA,
molecula de DNA que contuviera U. Por ello, no es sorprendente que no se uti- por 10 que son facilmente detectados y
lice U en el DNA. reparados. La desaminaci6n de C a U
Esta linea de argumentaci6n esta corroborada por la observaci6n de que esta ilustrada en la Figura 6-33 y T no
cada posible proceso de desaminaci6n en el DNA produce una base no habitual, tiene grupo amino para desaminar.
la cual, por 10 tanto, puede ser detectada y eliminada directamente mediante (B) En el DNA de vertebrados un
una DNA glucosilasa especifica. La hipoxantina, par ejemplo, es la base purica escaso porcentaje de los nucle6tidos C
mas simple que es capaz de aparearse especificamente con C. Sin embargo la hi- estan metilados, 10 cual contribuye al
poxantina es el producto directo de la desaminaci6n de A. La adici6n de un se- control de la expresi6n genica. Cuando
gundo grupo amino ala hipoxantina genera G, la cual no puede formarse espon- estos 5-metil nucle6tidos C se
taneamente a partir de A por desaminaci6n espontanea y cuyo producto de desaminan accidentalmente, forman
T. Esta T se apareara con una G de la
desaminaci6n es tambien unico (Figura 6-39A).
cadena opuesta, formando un par de
En el DNA de los vertebrados ocurre una situaci6n especial, ya que algunos
bases equivocado.
nucle6tidos C determinados estan metilados en secuencias CG especificas de
genes inactivos 00 cual se discute en el Capitulo 9). Como se ilustra en la Figura
6-39B, la desaminaci6n accidental de estos nucle6tidos C metilados produce el
nucle6tido natural T, el cual forma un apareamiento err6neo con el nucle6tido
G de la otra cadena del DNA. Para colabarar en la protecci6n de estos nucle6ti-
dos C metilados contra estas mutaciones, una DNA glucosilasa especial recono-
ce los nucle6tidos de T en las secuencias TG, eliminando T. Sin embargo, este
mecanismo de reparaci6n del DNA debe ser relativamente ineficiente ya que
los nucle6tidos C metilados son lugares habituales de mutaci6n en el DNA de los
vertebrados. Aunque en el DNA de humanos solamente alrededor del 3% de
los nucle6tidos C estan metilados, las mutaciones en estos nucle6tidos consti-
tuyen aproximadamente una tercera parte de las mutaciones de una sola base
que se han observado en enfermedades hereditarias humanas (vease tambien
Figura 9-71).
Mientras que las propiedades quimicas de las bases aseguran que los proce-
sos de desaminaci6n seran detectados, la reparaci6n exacta -y la respuesta fun-
damental del dilema de Schroedinger- depende de la existencia de diferentes
copias de la informaci6n genetica en las dos cadenas de la doble helice. Tan s610
en el caso muy improbable de que ambas copias se lesionen simultaneamente
en el mismo par de bases, la celula se quedara sin ninguna copia "buena" para
utilizarla como patr6n de la reparaci6n del DNA. Incluso en este caso, se han de-
sarrollado mecanismos que en algunos casos son capaces de reparar la altera-
ci6n. Estos mecanismos de reparaci6n requieren que en la celula se halle pre-
sente una segunda helice de DNA de la misma secuencia, y utilizan mecanismos

Mecanismos de reparaci6n del DNA 267


de recombinaci6n genica para transferir la informaci6n perdida desde una heli-
ce de DNA a la otra -un proceso denominado conversion genica, tal como discu-
tiremos mas adelante.
Unicamente en algunos virus muy pequefios, cuyos genomas tienen unos
pocos cientos de nucle6tidos, la informaci6n genetica es almacenada en DNA de
una sola cadena 0 en moIeculas de RNA. Los tipos de sistemas de reparaci6n que
hemos descrito no pueden actuar en estos casos, y la probabilidad de que en es-
tos virus ocurra un cambio de un nucle6tido es muy elevada. Parece que unica-
mente los organismos cuyos genomas sean muy pequefios pueden permitirse
codificar su informaci6n genetica en estructuras que no sean una doble helice
deDNA.

Resumen
La fidelidad con la que se mantienen las secuencias del DNA en los eucariotas supe-
riores puede ser estimada a partir de las frecuencias de cambio durante la evolu-
cion de las prote£nas no esenciales y de las secuencias de DNA no codificante. Esta
fidelidad es tan elevada que una linea germinal de mamifero, con un genoma de
3 x 1(J9 pares de bases, estd sujeta a una media de tan solo entre lOy 20 cambios
de pares de bases cada ano. Sin embargo resulta inevitable que en una celula tipica
de mamifero los diferentes procesos qu£micos lesionen cada dia miles de nucleoti-
dos del DNA. La informacion genetica se puede almacenar de forma estable en la
secuencias del DNA gracias a que existen numerosos tipos de enzimas de reparacion
que "patrullan" continuamente el DNAy reemplazan los nucleotidos alterados.
El proceso de reparacion del DNA depende de la presencia de una copia de la
informacion genetica en cada cadena de la doble Mlice del DNA. Una lesion acci-
dental de una de las dos cadenas se puede eliminar mediante la accion de una enzi-
ma de reparaci6n, sintetizdndose a continuaci6n la cadena correcta a partir de la
informaci6n de la cadena no alterada. La mayor parte de las alteraciones en las ba-
ses del DNA son eliminadas mediante uno de dos procesos principales. En la repa-
racion por eliminacion de bases una base alterada es eliminada mediante una en-
zima DNA glicosilasa, seguida de la eliminaciOn del azucarfosfato resultante. En la
reparaci6n por eliminaci6n de nucle6tidos, una pequeiia region de la cadena veci-
na a la alteraci6n es eliminada de la helice del DNA, como un oligonucle6tido. En
ambos casos el pequeno "hueco" que queda en la helice de DNA es rellenado me-
diante la acci6n secuencial de una DNA polimerasa y una DNA ligasa.

Mecanismos de replicaci6n del DNA26


Ademas de mantener la integridad de las secuencias del DNA mediante los me-
canismos de reparaci6n del DNA, todos los organismos vivos han de duplicar su
DNA de una forma muy exacta, antes de cadadivisi6n celular. La replicacion del
DNA supone unas velocidades de polimerizaci6n de aproximadamente 500 nu-
cle6tidos por segundo en las bacterias, y de unos 50 nucle6tidos por segundo en
los mamiferos. Evidentemente, las enzimas de replicaci6n han de ser exactas y
nipidas. La rapidez y la exactitud se consiguen mediante un complejo multienzi-
matico de varias proteinas que dirige el proceso y constituye una complicada
"maquina de replicaci6n".

Tal como ocurre para el proceso de reparaci6n del DNA,


el fundamento del proceso de replicaci6n es
el apareamiento de bases27
La utilizaci6n del DNA como patron se refiere al proceso en el que la secuencia
de nucle6tidos del DNA (0 de determinadas zonas del DNA) es copiada median-
te el apareamiento de bases complementarias (A con T 0 con U y G con C), pro-

268 Capitulo 6 : Mecanismos geneticos basicos


duciendo asi una secuencia de acido nucleico (de DNA 0 de RNA) complemen-
taria a la patr6n. El proceso comporta el reconocimiento de cada nucle6tido del
DNA por un nucle6tido complementario no polimerizado y requiere que las dos
cadenas de la helice de DNA se separen por 10 menos un momenta para que los
grupos dadores y aceptores de los enlaces de hidr6geno de cada base queden li-
bres para el apareamiento de las bases. De esta forma se alinean ordenadamente
los nucle6tidos libres adecuados y polimerizan mediante una reacci6n cataliza-
da enzimaticamente, formando una nueva cadena de acido nucleico. En 1957 se
descubri6 la primera de estas enzimas que catalizan la polimerizaci6n de nucle6-
tidos, la DNA polimerasa. Se demostr6 que los substratos de esta enzima son los
desoxirribonucle6sidos trifosfato, los cuales son polimerizados sobre una cade-
na patr6n de DNA. El mecanismo de esta reacci6n es el que se ha descrito en la
Figura 6-36 para la reparaci6n del DNA. Este descubrimiento llev6 al posterior
aislamiento de la RNA polimerasa, de la que se supuso, correctamente, que utili-
zaba ribonucle6sidos trifosfato como substrato.
Durante la replicaci6n del DNA, cada cadena del DNA antiguo actua como
patr6n de la formaci6n de una nueva cadena entera. Dado que cada una de las
dos celulas hijas de una celula que se divide hereda una helice de DNA que
contiene una cadena antigua y otra acabada de sintetizar (vease la Figura 3-13),
se dice que el DNA se replica de manera "semiconservativa" por la DNA poli-
merasa.

La horquilla de replicaci6n del DNA es asimetrica28


AnaIisis autorradiograticos efectuados a principios de los afios 1960 sobre cromo-
somas enteros en replicaci6n marcados con un breve pulso de timidina 3H, un pre-
cursor del DNA, revelaron la existencia de una regi6n concreta de replicaci6n que
se desplaza a 10 largo de la doble helice paterna de DNA. Debido a su estructura en
forma de Y, esta regi6n activa del DNA recibe el nombre de horquilla de replica-
ci6n del DNA. En la horquilla de replicaci6n se sintetiza el DNA de las dos helices
hijas mediante un complejo multienzimatico que contiene la DNA polimerasa.
Inicialmente el mecanismo mas sencillo de replicaci6n del DNA parecia ser el
crecimiento continuo de las dos nuevas cadenas, nucle6tido a nucle6tido, a medi-
da que la horquilla de replicaci6n se desplazaba de un extremo a otro de la molecu-
la del DNA. Pero debido a que en la helice de DNA las dos cadenas se hallan en
orientaci6n antiparalela (vease Figura 3-10 y Panel 3-2, pags. 104-105), este meca-
nismo requeriria que una de las cadenas hijas creciera en direcci6n 5' a 3' y la otra
en direcci6n 3' a 5'. Una horquilla de replicaci6n de este tipo requeriria dos enzi-
mas DNA polimerasa diferentes. Una de ellas polimerizaria en direcci6n 5' a 3', de
forma que cada nucle6tido trifosfato entrante transportara la activaci6n del trifos-
fato necesaria para su propia activaci6n, mientras que la otra enzima deberia des-
plazarse en direcci6n 3' as', actuando segt1n el mecanismo denominado "creci- Figura 6-40 Modelo incorrecto de la
replicaci6n del DNA. A pesar de que el
mecanismo que se indica en la figura
pueda parecer el mecanismo mas
sencillo para la replicaci6n del DNA,
no es el que utiliza la celula. N6tese
que en este esquema las dos cadenas
de DNA hijas crecerfan de forma
continua, utilizando la energfa de
p P 3' hidr6lisis de los fosfatos amarillos para
afiadir el nucle6tido siguiente a cada
P P 5' cadena. Ello requerirfa que las cadenas
pudieran crecer tanto en la direcci6n
azucar 5' a 3' (abajo) yen la direcci6n 3' a 5'

5'~OH3
(arriba). Nunca se ha descubierto la
existencia de uQa enzima que catalice
la polimerizaci6n de nucle6tidos en
trifosfato base direcci6n 3' as'.

Mecanismos de replicaci6n del DNA 269


5' Figura 6-41 Estructura de una
horquilla de replicaci6n del DNA.
Debido a que las dos cadenas de DNA
(coloreadas) se sintetizan en la
direcci6n 5' a 3', el DNA sintetizado
sobre la cadena retrasada es producido
hebra patron
hebra patron conductora en forma de cortas moleculas de DNA,
retrasada denominadas fragmentos de Okazaki.

3' 5' 3' 5'

miento por la cabeza" en el que el extremo de la cadena de DNA que esta creciendo
transporta la activacion del trifosfato necesaria para la adicion del nucleotido si-
guiente. A pesar de que la polimerizacion "por la cabeza" tiene lugar en diversos
procesos bioqufmicos (vease Figura 2-36), no ocurre en la sfntesis del DNA; nunca
se ha encontrado una DNA polimerasa que actue en direccion 3' a 5' (Figura 6-40).
leomo se consigue, pues, la sintesis del DNA en direccion 3' a 5'? La respuesta
fue sugerida por primera vez a finales de los afios 1960 gracias a experirnentos en los
que a una preparacion de bacterias en crecirniento se afiadfa durante breves segun-
dos una preparacion de timidina 3H altamente radiactiva, de forma que unicamente
resultaba marcada radiactivamente la zona de DNA que se acababa de replicar, es
decir, justo detras de la horquilla de replicacion. Este sistema selectivo de marcaje
revelola existencia de zonas de DNA en la horquilla de crecimiento de la bacteria de
entre 1000 y 2000 nucleotidos de longitud, que hoy se conocen con el nombre de
fragmentos de Okazaki. (Mas tarde se describieron intermediarios de replicacion
como estos en eucariotas, pero de una longitud de tan solo entre 100 y 200 nucleoti-
dos.) Se demostro que estos fragmentos de Okazaki se sintetizan Unicamente en di-
reccion 5' a 3', Yque despues de su sfntesis se unen entre sf generando largas cade-
nas de DNA, mediante la enzima DNA ligasa, la misma enzima que rellena y suelda
los "huecos" durante la reparacion del DNA (vease Figura 6-37).
Una horquilla de replicacion tiene una estructura asimetrica. La cadena hija
de DNA que se sintetiza de manera continua recibe el nombre de cadena con-
ductora, y se sintetiza antes que la cadena hija, que se sintetiza de forma discon-
tinua y que recibe el nombre de cadena retrasada. La sfntesis de la cadena retra-
sada es mas lenta debido a que debe esperar a que la cadena conductora
exponga la cadena patron sobre la que se sintetizara cada uno de los fragmentos
de Okazaki (Figura 6-41). La sfntesis de la cadena conductora mediante un me-
canismo discontinuo de "punto hacia atras" significa que para la replicacion del
DNA unicamente se necesita la DNA polimerasa 5' a 3'.

EI elevado grado de fidelidad del mecanismo de replicaci6n


del DNA requiere la existencia de un mecanismo
de "correcci6n de galeradas"29
La fidelidad del proceso de copia durante la replicacion del DNA es tan alta que
solo se produce, aproximadamente, un error en la replicacion de cada 109 pares
de bases, tal como requiere el mantenimiento del genoma de los mamfferos, de
3 x 109 pares de bases de DNA. Esta fidelidad es mucho mas alta que la esperada,

270 Capitulo 6 : Mecanismos geneticos basicos


dado que las parejas estandar de bases complementarias no son las unicas posi- o~

~~
bles. Por ejemplo, pequefios cambios en la geometrfa de la helice permitiran que
se formen dos enlaces de hidr6geno entre G y T en el DNA. Ademas, en el DNA habra C*
cebadora ~)_~Ol-\
normal aparecen transitoriamente formas tautomericas raras de las cuatro bases ~~
T T T T ""- )
del DNA, en proporciones de 1 parte por cada 104 0105 • Estas formas no se apa- 5'_ p OH.-/ ~
rean correctamente a no ser que haya cambios en la geometria de la helice: por ~~O/-(
ejemplo, la escasa forma tautomerica de C se aparea con A en lugar de con G. Si 3'_ P P P P P P P P _
la DNA polimerasa acepta que se formen apareamientos incorrectos de bases A A A A A A A A A
entre un desoxirribonucle6sido trifosfato entrante y el patr6n de DNA, el nucle6- \ una forma tautomerica rara de

I
tido incorrecto sera incorporado en la nueva cadena de DNA, produciendose hebr~ C (C*) se aparea con A y as! se
patron incorpora a la hebra cebadora
una mutaci6n. La elevada fidelidad del proceso de replicaci6n del DNA depende por la DNA polimerasa
de mecanismos de "correcci6n de galeradas" 0 "verificaci6n de lectura" (proof-
T T T T C*
reading mechanism) que elimina errores generados de esta forma. P P P P OH
Un importante proceso de "correcci6n de galeradas" depende de las espe-
dales propiedades de la enzima DNA polimerasa. A diferencia de las RNA poli- p P P P P P P P
merasas, las DNA polimerasas no inician una nueva cadena de nucle6tidos AAA A A A A A A
uniendo entre si dos nucle6tidos trifosfato: necesitan de forma absoluta la pre- ei nipido desplazamiento
sencia de un extrema 3' -OR de una cadena cebadora sobre la que afiadir los nu-
cle6tidos siguientes (vease Figura 6-36). Ademas, las moleculas de DNA que pre-
sentan errores de apareamiento (0 con falta de algl.1n apareamiento) de
nucle6tidos en el extremo 3' -OR de la cadena cebadora no son efectivas como
T
P
T
P
l
tautomerico de C* a citosina
normal (C) destruye su
apareamiento con A
T
P
T (,
P
0'0

cadena patr6n. Las moIeculas de DNA polimerasa son capaces de trabajar con
cadenas de DNA defectuosas de este tipo mediante la utilizaci6n de una subuni- P
A A
dad 0 dominio catalitico que corta cualquier residuo desapareado del final de la
ei extrema 3'·OH no apareado

l
cadena cebadora. El proceso de corte mediante esta actividad correctora exonu- de la hebra cebadora bloquea
cleasa 3' a 5' continua hasta que se ha eliminado un numero de nucle6tidos del su alargamiento posterior
por acci6n de la DNA polimerasa
extrema 3' suficiente como para regenerar un extremo con bases apareadas que
~
pueda cebar la sintesis de DNA. De esta forma, la DNA polimerasa actua como T T T T (, 0'0 ~~O/-(
una enzima "autocorrectora" que va eliminando sus propios errores de polime- P P P P
rizaci6n a medida que avanza por el DNA. La Figura 6-42 Hustra c6mo puede es-
perarse que este proceso de "autocorrecci6n" elimine los errores de aparea-
miento de bases.
El requerimiento de la presencia de un extremo de DNA formado por un
perfecto apareamiento de bases es esencial para que se den las propiedades de
C
rPW=-OH
~
1 1a actividad de la exonucleasa
3' a 5' unida a la DNA polimerasa,
genera un extremo 3'-OH con
bases apareadas en la hebra
"autocorrecci6n" de la DNA polimerasa. Para una enzima de este tipo, aparente- cebadora
mente no es posible iniciar la sintesis en completa ausencia de un cebador sin
-nu- T T T T

---
perder ninguna de sus caracteristicas discriminatorias entre bases apareadas y 0H
desapareadas del extremo 3' -OR en crecimiento. Por el contrario, las enzimas
RNA polimerasas implicadas en la transcripci6n genica no necesitan ser autoco-
rrectoras: los errores en la transcripci6n del RNA no pasan a la generaci6n si- AAA AAAAAA

guiente, y la existencia ocasional de una molecula defectuosa no es relevante. la DNA polimerasa continua el
proceso de adici6n de
Las RNA polimerasas son capaces de iniciar una nueva cadena de polinucle6ti- nucle6tidos al extremo 3'-OH
dos en ausencia de cebador, y se observa una frecuencia de error de aproxima- de la hebra cebadora

damente 1 de cada 10\ tanto en la sintesis del RNA como en los procesos de tra-
ducci6n de las secuencias de mRNA a secuencias de proteina.

8610 la replicaci6n del DNA en direcci6n 5' a 3' permite la


existencia de un eficiente proceso de correcci6n de errores
Probablemente la necesidad de que el proceso sea exacto explica por que la re-
Figura 6-42 "Correcci6n de
plicaci6n del DNA unicamente tiene lugar en la direcci6n 5' a 3' de la cadena. Si
galeradas" 0 "verificaci6n de lectura"
existiera una DNA polimerasa que afiadiera desoxirribonucle6sidos trifosfato de durante la replicaci6n del DNA.
forma que produjera el crecimiento de la cadena en direcci6n 3' a 5', el extremo
5' en crecimiento transportaria el trifosfato activador en lugar de hacerlo el mo-
nonucle6tido entrante. En este caso los errores de polimerizaci6n no serian sim-
plemente eliminados por hidr6lisis ya que la sintesis de un extrema 5' desnudo
terminaria inmediatamente la sintesis de DNA. Por consiguiente resulta mucho
mas facH corregir una base mal apareada que acaba de ser afiadida al extremo 3'

Mecanismos de replicaci6n del DNA 271


que una base que ha side afiadida al extrema 5' de una cadena de DNA. Por 10
tanto, aunque el tipo de mecanisme necesario para la replicacion del DNA que
se muestra en la Figura 6-41 parece a primera vista mucho mas complejo que el ::3'
incorrecto mecanisme de la Figura 6-40, resulta mucho mas exacto porque su-
pone la sintesis de DNA unicamente en direccion 5' a 3'.
DNA primasa

Una enzima especial que polimeriza nucle6tidos sintetiza cortas


moleculas cebadoras de RNA sobre la cadena retrasada30
Para el caso de la cadena conductora unicamente es necesario un cebador espe-
::3'
cial al inicio de la replicacion; en cuanto se ha establecido la horquilla de repli- Figura 6-43 Sintesis del cebador de
cacion, la DNA polimerasa dispone continuamente de un extremo de cadena RNA. Representaci6n esquematica de
con bases apareadas sobre el que sintetizar la nueva cadena. Sin embargo la la reacci6n catalizada por la RNA
DNA polimerasa dellado retrasado de la horquilla completa un corto fragmento primasa, la enzima que sintetiza los
de DNA en tan solo 4 segundos, tras 10 cual ha de empezar a sintetizar otro frag- cebadores de RNA cortos sobre la
mento completamente nuevo en un punto situado mas adelante de la cadena cadena retrasada. A diferencia de la
patron (Figura 6-41). Para generar estas cadenas cebadoras de bases apareadas DNA polimerasa, esta enzima puede
que son necesarias para que actue la DNA polimerasa, se necesita un mecanis- iniciar una nueva cadena
mo especial. El mecanismo incluye una enzima denominada RNA primasa (del polinucleotfdica uniendo entre sf dos
ingles "primer", cebador, 0 tambien enzima generadora de cadenas cebadoras de nucle6sidos trifosfato. La primasa se
detiene despues de la sfntesis de un
RNA) que utiliza ribonucleosidos trifosfato para sintetizar cebadores (primers)
polinucle6tido corto dejando el
de RNA cortos (Figura 6-43). En los eucariotas, estos cebadores tienen aproxima-
extrema 3' de este cebador a
damente 10 nucleotidos de longitud y son sintetizados a intervalos sobre la ca- disposici6n de la DNA polimerasa.
dena retrasada, para despues ser elongados mediante la DNA polimerasa consti-
tuyendo los fragmentos de Okazaki. La sintesis de cada fragmento de Okazaki
acaba cuando esta DNA polimerasa se encuentra con el RNA cebador unido al
extrema 5' del fragmento anterior de DNA. Para producir una cadena continua
de DNA a partir del gran numero de fragmentos sintetizados sobre la cadena re-
trasada, rapidamente actua un sistema especial de reparacion del DNA que eli-
. mina el RNA cebador y 10 substituye por DNA. A continuacion, la ligasa une el
extremo 3' de cada fragmento de DNA al extrema 5' del fragmento anterior,
completando asi el proceso (Figura 6-44).
iPor que se ha de sintetizar un RNA cebador, que luego se tendni que elimi- sintesis de un nuevo
nar, en lugar de utilizar un cebador de DNA que no seria necesario eliminar? El cebador de RNA.
RNA lIevada a cabo par
argumento de que una polimerasa autocorrectora no puede iniciar cadenas de cebador la RNA primasa
novo tambien implica 10 contrario: una enzima capaz de iniciar cadenas de novo
no puede presentar un sistema eficiente de autocorreccion. Por consiguiente,
cualquier enzima que inicie la sintesis de los fragmentos de Okazaki producini,
3'====_=5~'
S I __~3~'~"=5~'_ r
cadena jla DNA polimerasa se une
necesariamente, una copia relativamente incorrecta (con por 10 menos un error retrasada al nuevo cebador de RNA.
patron iniciando un nuevo
cada 105 bases). Incluso aunque la cantidad que se conserva de esta copia en el fragmento de Okazaki
producto final constituye una parte tan pequefia como el 5 % del genoma total
(por ejemplo 10 nucleotidos por cada fragmento de DNA de 200 nucleotidos), el
incremento resultante de la frecuencia general de mutacion seria enorme. Por
3':====_=5~'3~'~.==:_=~5'_ r
S

consiguiente, parece razonable concluir que la utilizacion de moleculas de RNA


como cebador en lugar de moleculas de DNA debio suponer una poderosa ven-
taja, ya que los ribonucleotidos del cebador marcan automaticamente estas se-
cuencias como "copia mala" que debe ser eliminada.
I ia DNA polimerasa acaba
el fragmento de DNA

3':::::_=:::::_:5~'_3'
5'

el viejo cebador de RNA


es eliminado y remplazado
por DNA
j
Figura 6-44 Sintesis de uno de los muchos fragmentos de DNA sobre la
cadena retrasada. En los eucariotas, los cebadores de RNA sobre la cadena
retrasada se presentan a intervalos de unos 200 nucle6tidos, y cada uno de
3' :::::':::::::_:~5~'_
5' 3'
la soldadura de las hendi.dura.s
ellos tiene unos 10 nucle6tidos de longitud. El cebador es eliminado por una mediante la DNA ligasa une
enzima especial de reparaci6n que reconoce una hebra de RNA de una helice
RNAIDNA y la elimina; ello produce una hendidura que es rellenada pOI una
j fragmentos de Okazaki a la,
nueva cadena de DNA en "
crecimiento
DNA polimerasa y una DNA ligasa, como hemos visto para el proceso de
reparaci6n de DNA (vease Figura 6-35). 3':::::::::::_:~5~'
s _r
272 Capitulo 6 : Mecanismos geneticos basicos
Figura 6-45 Ensayo utilizado para medir la actividad de las DNA helicasas. """"""","";""11111111111;111;1""'1111111
Un corto fragmento de DNA se hibrida con una larga cadena de DNA de
cadena sencilla, formando una regi6n de doble helice. A medida que la
helicasa va avanzando por la cadena de DNA de cadena sencilla, la doble
la DNA helicasa
se une
j
helice se va deshaciendo, liberando el fragmento corto de DNA. Esta reacci6n
requiere la presencia tanto de la proteina helicasa como de ATP. El
movimiento de la helicasa esta alimentado energeticamente par la hidr6lisis
del ATP (vease Figura 5-22).

Unas proteinas especiales ayudan a abrir la doble helice del DNA


por delante de la horquilla de replicaci6n31
La doble helice de DNA ha de ir abril~ndose nipidamente por delante de la har-
quilla de replicaci6n, de maneraque los desoxirriboncle6sidos trifosfato entran-
tes puedan aparearse con los de la cadena patr6n. Sin embargo, la doble helice
de DNA es muy estable en condiciones normales: los pares de bases estan tan
bien encajados en su lugar, que para separar las dos cadenas en el tuba de en-
sayo se requieren temperaturas pr6ximas a las de ebullici6n del agua. Por esta
raz6n, para poder copiar una moIecula de DNA, la mayorfa de las DNA polime-
rasas requieren que la cadena patr6n se haya separado de su cadena comple-
"
mentaria. Para abrir la doble helice y poner al descubierto la cadena patr6n del
DNA que sera copiada por la DNA polimerasa, son necesarias unas proteinas
adicionales. Dos tipos de protefnas de replicaci6n contribuyen a este proceso
-las DNA helicasas y las protefnas de uni6n al DNA de una sola hebra.
Las DNA helicasas fueron inicialmente aisladas como protefnas que hidrolizan
AIP cuando se unen a moIeculas de DNA de una sola cadena. Como se describe en
el Capftulo 5, la hidr6lisis de AIP puede hacer variar de forma cfclica la forma de
una molecula proteica, permitiendo a la protefna realizar alglin trabajo mecanico.
Las DNA helicasas utilizan este principio para desplazarse rapidamente a 10 largo
de cadenas de DNA de una sola cadena; cuando encuentran una regi6n de doble
helice, contimlan desplazandose par la misma cadena, desenroUado asf la helice
(Figura 6-45). Previamente hemos descrito como actua una helicasa de reparaci6n
especial en la reparaci6n par eliminaci6n de nucle6tidos (vease Figura 6-38B).
EI desenrollamiento de la helice de DNA patr6n en la horquilla de replica-
cion puede, en principio, estar catalizada par dos DNA helicasas que actuan de
forma concertada, una de elIas desplazandose par la cadena conductara y la otra
desplazandose por la cadena retrasada. Estas dos helicasas deberian desplazarse
en direcciones opuestas a 10 largo de una moIecula de DNA de cadena sencilla, y
par 10 tanto, deberfan ser dos enzimas diferentes. En efecto, ambos tipos de
DNA helicasa existen, pero algunos estudios en bacterias demuestran que la
DNA helicasa que desempefia el papel principal es la de la cadena conductara,
par razones que pronto quedaran aclaradas.
Las proteinas desestabilizadoras de la helice -tambien lIamadas protefnas
de union a DNA de una sola cadena (SSB, de Single Strand DNA-Binding pro-
teins) se unen a cadenas de DNA abiertas, sin recubrir las bases de la cadena, las
cuales, por 10 tanto, quedan disponibles para actuar como patr6n. Estas protef-
nas no son capaces de abrir directamente una larga cadena de DNA, pero cola-
boran con las helicasas estabilizando la confarmaci6n desenrollada de las cade-
nas sencillas. Ademas, su uni6n cooperativa recubre completamente las regiones
de DNA de cadena sencilla de la cadena retrasada previniendo asf la formaci6n
de cortas helices en forma de harquilla que impedirian la actuaci6n de la DNA
polimerasa (Figura 6-46).

Una molecula de DNA polimerasa m6vil se mantiene


unida al DNA mediante un anillo deslizante32
La mayarfa de las DNA polimerasas s610 sintetizan, par sf mismas, cortas cade-
nas de nucle6tidos antes de separarse del DNA patr6n. Esta tendencia a dejar ra-

Mecanismos de replicaci6n del DNA 273


regi6n de una sola Figura 6-46 Efecto de las proteinas
cadena de DNA
patr6n. presentando
que se unen a una sola hebra sobre la
cortas regiones en estructura de DNA de una sola hebra.
...... forma de "h~rquilla" Debido a que cada molecula proteica
por apareamlento
de bases se une preferentemente a otra
molecula que ya se ha unido
mon6meros de proteina ,~ previamente (union cooperativa),
que desestabilizan ~ sobre las cadenas monocatenarias de
lahelice

5'
3' m~",,-
_ " .

.- DNA se forman largas hileras de estas


prote(nas. Esta uni6n cooperativa
provoca un estiramiento de la cadena
patr6n de DNA, facilitando el proceso
de polimerizaci6n. Las "helices en
horquilla" que aparecen en la
molecula de DNA de cadena sencilla se
producen por apareamiento de bases
entre cortas regiones de secuencias
la uni6n cooperativa de la proteina estira la cadena
complementarias dentro de la propia
cadena; son semejantes a las pequefias
helices que se forman en todas las
pidamente la moIecula de DNA permite a la moltkula de DNA polimerasa, que moIeculas de RNA.
acaba de sintetizar un fragmento de Okazaki sobre la hebra retrasada, reciclarse
nipidamente, empezando de nuevo a sintetizar el siguiente fragmento de Okaza-
ki sobre la misma hebra. Sin embargo, esta nipida disociaci6n supondria una di-
ficultad para que la polimerasa sintetizara largas cadenas de DNA en la horquilla
de replicaci6n, si no existiera una proteina accesoria que actua como una abra-
zadera regulada. Esta abrazadera mantiene la polimerasa firmemente unida al Figura 6-47 El anillo deslizante
DNA cuando se desplaza, pero la libera en cuanto la polimerasa separa. regulado que une la DNA polimerasa
iC6mo puede impedir una abrazadera que la polimerasa se disocie sin im- al DNA. (A) Estructura del anillo
pedir al mismo tiempo que la polimerasa se desplace rapidamente a 10 largo de deslizante de E. coli, con una helice de
DNA afiadida para indicar c6mo se
la molecula de DNA? La estructura tridimensional de la proteina abrazadera, de-
coloca la prote(na aIrededor del DNA.
terminada por difracci6n de rayos X, indica que esta proteina forma un amplio En las celulas eucariotas existe una
anillo alrededor de la helice de DNA. Un lado del anillo se une a la DNA polime- prote(na similar. (B) llustraci6n
rasa, y el anillo completo se desliza libremente a medida que la polimerasa se esquematica de c6mo se cree que la
desplaza a 10 largo de la cadena de DNA (Figura 6-47). El ensamblaje de la abra- abrazadera une una moIecula m6vil de
zadera alrededor del DNA requiere hidr6lisis de ATP por proteinas accesorias es- DNA polimerasa aI DNA. (A, de x.-P.
peciales que se unen ala abrazadera y al DNA; se desconoce c6mo se desensam- Kong et aI., Cell 69:425-437, 1992.
bla la abrazadera cuando se separa del DNA. © Cell Press.)

DNA polimerasa

5'"",,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,...

'.«.
3' ..

r-
dos mitades de
la abrazadera
" " ' " deslizante

5'"""""""",,,,,,,,,,,,,,
3'...........................

polimerasa unida
alDNA
(B)
(A)

274 Capitulo 6 : Mecanismos geneticos basicos


Figura 6-48 Protelnas de la
\.~~cadena conductora patr6n horqullla de replicaci6n del DNA,

~
Se ilustran los principales tipos de
proteinas que actl1an en la horquilla de

c~de~a recian
DNA polimerasa sobre la replicaci6n, mostrando sus posiciones
" _ cadena conductora
slntetlzada - \o\,,~ en el DNA.

halice de DNA
padre
el pr6ximo fragmento "
de Okazaki
empezara aqui ~

~ ~NA2ce:b:a:do;r~~; ~~~::
DNA helicasa

DNA primasa
fragmento de Oka~~~i.:/ __
protefnas que se
unen a una sola hebra
cadena retrasada patr6n

DNA polimerasa sobre la cadena retrasada


(acabando de sintetizar un fragmento de Okazaki)

En la horquilla de replicaci6n, una serie de protefuas cooperan


entre sf formando una "maquina de replicaci6n"33
Apesar de que hemos presentado la replicaci6n del DNA como un proceso en el
que participan una serie de protefnas de replicaci6n que actuan independiente-
mente unas de las otras, en realidad muchas de estas protefnas se hallan unidas
entre sf fo.rmando un gran complejo multienzimatico que se desplaza rapida-
mente a 16 largo del DNA. Este complejo puede compararse con una diminuta
maquina de coser compuesta por piezas proteicas y accionada por la hidr6lisis
de moleculas de nucle6sido trifosfato. A pesar de que este complejo de replica-
ci6n s610 se ha caracterizado completamente en la bacteria E. coli y en algunos
de sus virus, el de los eucariotas es muy similar (vease pag. 383).
Las funciones de las subunidades de esta "maquina de replicaci6n" se resu-
men en el diagrama bidimensional de la Figura 6-48 que muestra el complejo
de replicaci6n completo. En la horquilla de replicaci6n actuan dos moleculas de
DNA polimerasa identicas, una en la cadena conductora y la otra en la cadena
retrasada. La helice de DNA se va abriendo mediante la acci6n de la molecula de
DNA polimerasa de la cadena conductora que actua de forma concertada con
una molecula de DNA helicasa que se va desplazando por la cadena retrasada; la
apertura de la helice esta favorecida por moleculas de protefnas desestabilizado-
ras de la doble helice, que se unen de forma cooperativa. Mientras que la mole-
cula de la DNA polimerasa que actua sobre la cadena conductora puede proce-
der de una forma continua, la molecula de DNA polimerasa que actua sobre la
cadena retrasada ha de volver a empezar a intervalos, utilizando como cebador
cortos segmentos de RNA sintetizados por una molecula de RNA primasa.
La eficiencia de replicaci6n aumenta notablemente gracias a la estrecha
asociaci6n de todos estos componentes proteicos. La molecula de primasa se
une directamente a la DNA helicasa, formando una unidad sobre la cadena con-
ductora, denominada prlmo~oma.Alimentado por la DNA helicasa, el primoso-
rna se desplaza con la horqullia y va sintetizando cebadores de RNA a medida de
avanza. De forma similar, la molecula de DNA polimerasa que sintetiza DNA so-
bre la cadena retrasada se desplaza de forma coordinada con el resto de protef-
nas, sintetizando una sucesi6n de fragmentos de Okazaki; para acomodar este
ordenamiento, se cree que la cadena patr6n de DNA se va plegando de nuevo tal
como se indica en la Figura 6-49. Asf pues, las protefnas de replicaci6n se man-
tienen unidas entre sf formando una gran unidad (masa total> 106 daltons) que

Mecanismos de replicaci6n del DNA 275


cadena conductora patr6n Figura 6-49 Una horquilla de
replicaci6n en tres dimensiones.
Visi6n actual de la situaci6n de las
protefnas de replicaci6n sobre la
horquilla de replicaci6n, cuando la
horquilla se desplaza. Se ha
modificado la estructura
bidimensional de la Figura 6-48,
plegando el DNA sobre la cadena
DNA primasa conductora de forma que la molecula
de la DNA polimerasa de la cadena
DNA llelicasa retrasada y la molecula de la DNA

~
polimerasa de la cadena conductora
'(\;\\ '" cadena retrasada formen un complejo enzimatico. Este
\.:~~ patr6n proceso de plegamiento tambien'
cebador
DNA polimerasa sobre :":\.~~ consigue que el extremo 3' de cada

c?de~a :":\.~
la cadena retrasada - : . \.: complejo de Okazaki quede situado
fragmento de (acabando de sintetizar recian cerca dellugar de inicio del siguiimte
Okazaki un fragmento de Okazaki) slntetlzada --- \.:
fragmento de Okazaki (comparese con
la Figura 6-48). Debido a que la DNA
polimerasa de la cadena retrasada se
une a las otras protefnas de
se desplaza nipidamente a 10 largo del DNA, permitiendo la sfntesis de DNA en replicaci6n, puede reutilizarse
las dos direcciones de la horquilla de una forma coordinada y eficiente. continuamente para sintetizar
Esta maquina de replicaci6n de DNA va dejando tras de sf series de frag- fragmentos de Okazaki; de esta forma,
mentos de Okazaki sobre la cadena retrasada, los cuales todavfa contienen en deja facilmente el fragmento de DNA
sus extremos 5' los pequefios trozos de RNA que actuaron como cebadores para que acaba de sintetizar y se desplaza
su sfntesis. Estos trozos de RNA deberein ser eliminados y los fragmentos de DNA hasta el fragmento de cebador de RNA,
deberan ser unidos entre sf mediante enzimas reparadoras de DNA que actua- necesario para que se inicie la sfntesis
rein detnis de la horquilla de replicaci6n (vease Figura 6-44). del nuevo fragmento de DNA. N6tese
que una de las helices de DNA hijas se
dirige hacia la parte inferior derecha,
Un sistema de correcci6n de galeradas que elimina los errores de mientras que la otra 10 hace hacia la
replicaci6n producidos por la maquina de replicaci6n34 parte superior izquierda de la figura.
Las bacterias como E. coli son capaces de dividirse cada 30 minutos, por 10 que
es relativamente sencillo estudiar grandes poblaciones buscando raros mutan-
tes que tengan alterados determinados procesos. Una clase interesante de mu-
tantes son los que contienen los llamados genes mutadores que incrementan de
forma notable la frecuencia de mutaci6n espontanea. No es sorprendente que
estos genes mutadores codifiquen una forma defectuosa de la exonucleasa co-
rrectora de pruebas 3' a 5' (discutida antes), que es una subunidad de la enzima
DNA polimerasa (vease Figura 6-42). Cuando esta protefna es defectuosa, la
DNA polimerasa ya no corrige de forma efectiva y en el DNA se van acumulando
una serie de errores de replicaci6n, que normalmente son eliminados.
EI estudio de otros mutantes de E. coli que presentan proporciones de mu- r

r
taciones anormalmente elevadas ha permitido descubrir otro sistema de lectura error de una
hebra acabada
1
UNION DE PROTEfNAS
CORRECTORAS DE ERRORES
de sintetizar

Figura 6-50 Modelo de la correcci6n de errores de apareamiento en


eucariotas. Las dos protefnas que se muestran estan presentes tanto en
bacterias como en celulas eucariotas: MutS se une especificamente a una
~
MutS MutL
1
EL RASTREO DEL DNA
DETECTA HUECOS EN
LA NUEVA HEBRA DE DNA
pareja de bases err6nea mientras que MutL recorre el DNA vecino buscando
una hendidura. Cuando encuentra una hendidura MutL dispara la
degradaci6n de la cadena cortada, a todo 10 largo de la hendidura. Como en los
eucariotas las hendiduras se encuentran fundamentalmente en las cadenas 1
ELiMINACION DE LA HEBRA
acabadas de replicar, se eliminan selectivamente los errores de replicaci6n. En
las bacterias el mecanismo es el mismo excepto en que en el complejo otra
protefna (MutH) corta las secuencias GATC no metiladas (es decir, acabadas
SfNTESIS REPARADORA
de replicarl. iniciando el proceso que se ilustra aquf. Conocemos el
mecanismo porque estas reacciones se han podido reconstituir en un sistema 1
DE DNA

libre de celulas conteniendo protefnas bacterianas purificadas y DNA.

276 Capitulo 6 : Mecanismos geneticos basicos


de pruebas 0 de verificaci6n de lectura que normalmente elimina errores de re- origen de replicaci6n
II
plicaci6n que no son detectados por el sistema de la exonucleasa. Este sistema
i!i!ii!i!!;III!!!!;I!I!!!!i!!!!!!l!!i!!!!:i:::!'!I!II:iiiiiiililillill,
de correccion de errores de apareamiento (mismatch proofreading) (tambien
denominado sistema de reparaci6n de errores de apareamiento, mismatch repair
system) se diferencia del sistema de reparaci6n del DNA que hemos descrito
APERTU~A
DNA
LOCAL
DE LA HELICE DE
I
previamente en que no depende de la presencia de nucle6tidos anormales en el
DNA que puedan ser reconocidos y eliminados. En lugar de ello, este sistema de-
tecta la distorsi6n sobre el exterior de la helice que resulta de un desajuste entre 11111illllllllllllI111111Iiilliii:iiiiliiC>
bases normales que no son complementarias. Si este sistema de correcci6n de
galeradas reconociera simplemente un error de ajuste en una cadena de DNA SINTESIS DEL RNA
CEBADOR
1
acabada de replicar y eliminara aleatoriamente uno de los dos nucle6tidos que
no encajan, podria cometer el error de "corregir" la cadena patr6n original, de
forma que una de cada dos ocasiones mantendria el error. Para que un sistema III i 'I II 111I1I11i11
de correcci6n de galeradas sea realmente efectivo, ha de ser capaz de distinguir
cmil es el nucle6tido equivocado y eliminarlo de la cadena (el error de replica- LA NUEVA CADENA DE DNA
INICIA LA S[NTESIS DE LA
1
ci6n) de forma especifica. CADENA CONDUCTORA
El sistema de reconocimiento utilizado por el sistema de correcci6n de erro-
res de apareamiento de E. coli depende de la metilaci6n de determinados resi-
",' Ii II'

I
duos A del DNA. Transcurrido un cierto tiempo despues de que A se haya incor-
porado a la cadena de DNA acabada de sintetizar, se afiaden grupos metilo a
todos los residuos A que se encuentren en la secuencia GATe. Debido a que uni- LAS CADENAS CEBADORAS
camente contendnin secuencias GATC no metiladas las cadenas acabadas de DE RNA INICIAN LA SfNTESIS
DE CADENAS ADICIONALES
sintetizar y que se hallen justo detnis de la horquilla de replicaci6n, sera posible DE DNA
distinguir estas cadenas de las originales que se han utilizado como patr6n. ~.Jlililiiliiliiiillliiiiiilj"".'ililillilill"~
Mas recientemente se han descubierto proteinas en eucariotas que son ho- liii"" ~ «,"';:
m610gas en su secuencia de aminoacidos a algunas de las proteinas bacterianas l!\\il\jt!"!!i"~I'I'I}llilllliilllilllll\ll\\i~\ ~'
que catalizan la correcci6n de errores. Como era de esperar, cuando en una ce- • horquilla 1 horquilla 2 •
lula de levadura se eliminan los genes que codifican estas proteinas, la propor-
ci6n de mutaciones puede incrementarse en mas de 100 veces. Sin embargo, 5e generan cl05 horquillas de replicaclon
cornplctas, una de las cuales sn dcSpt<L':il
puede haber algunas diferencias importantes entre los mecanismos de correc- hacia la izquierda con la cadena conc!lJctnrc1
ci6n de errores de bacterias y de eucariotas, ya que el mecanismo para distinguir en la parte superior y la c<-1denA rt.:Hlo:Siic1a
en Ii.! irJlor ior d,c> L:1 fifJ\Hil, y Id utril
la cadena acabada de sintetizar de la cadena patr6n en donde se halle un error que S8 despli:lz;:1 hdCid Id dcrt~ch;:1,
no puede depender de la metilaci6n del DNA como en las bacterias, pues algu- con la cadena CO!lc1uctora en la par1e
inferiur y la cadena retrasach-l (~I-l lil iJdrtc
nos eucariotas, como las levaduras y Drosophila, no metilan ninguna base de su superior
DNA. Se sabe que las cadenas de DNA acabadas de sintetizar estan repletas de
muescas en numerosos lugares, y se ha sugerido que en las celulas eucariotas es- Figura 6-51 Iniciaci6n de la
tas muescas (nicks, roturas de una de las dos cadenas) constituyen la sefial que horquilla de replicaci6n. La figura
ilustra el proceso que participa en la
dirige las correcciones a la cadena adecuada (Figura 6-50).
iniciaci6n de la horquilla de
replicaci6n, en el origen de la
Las horquillas de replicaci6n se inician en el origen replicaci6n (vease tambien Figura
de la replicaci6n35 6-52).

Tanto en las bacterias como en los mamiferos, las horquillas de replicaci6n se ori-
ginan en una estructura denominada burbuja de replicaci6n, una regi6n en la que
las dos cadenas de la helice de DNA se separan una de la otra, actuando como pa-
tr6n para la sintesis de DNA (Figura 6-51). Se ha demostrado que en las bacterias,
en las levaduras y en varios tipos de virus que crecen sobre celulas eucariotas las
burbujas de replicaci6n se generan en secuencias especiales de DNA que reciben
el nombre de origenes de replicacion y que pueden tener una longitud de 300 nu-
cle6tidos. Por razones que no resultan claras, en los cromosomas de mamiferos
resulta muy diffcil caracterizar estos origenes de replicaci6n a nivel molecular.
En el caso de algunos origenes de replicaci6n bien definidos, ha sido posible
reproducir in vitro la reacci6n de la horquilla de replicaci6n. Estos estudios in vitro
revelan que en bacterias y en virus bacterianos, la formaci6n de la horquilla se
produce como se ilustra en la Figura 6-52. Multiples copias de unas prote(nas ini-
ciadoras se unen a lugares especificos del origen de replicaci6n enrollando el DNA
a su alrededor y formando un gran complejo DNA-proteina. Entonces, este com-
plejo une la DNA helicasa y la coloca sobre una zona de DNA de una sola cadena,

Mecanismos de replicaci6n del DNA 277


origen de replicaci6n helice paterna Figura 6-52 Protefnas que inician la
rl-------'---"----'--.:...:....:.----'-----,1 de DNA
repllcaci6n del DNA. 5e indican los
principales tipos de protefnas que

I
UNION DE LA PROTEfNA DE participan en la formaci6n de la
INICIACION AL ORIGEN
DE REPLICACION horquilla de replicaci6n en el origen de
replicaci6n de E. coli y del bacteri6fago
lambda. El conocimiento de los

I
UNION DE LA DNA mecanismos que aqui se indican se
HELICASA A LA obtuvo de estudios in vitro mediante la
PROTEfNA DE INICIACION
utilizaci6n de mezclas de proteinas
altamente purificadas. Las etapas
posteriores generanin la iniciaci6n de
LA HELICASA SE UNE
ALDNA
tres cadenas mas de DNA (vease
J Figura 6-51) mediante un mecanismo
que todavia no esta aclarado. Para la
replicaci6n de E. coli, la proteina de

I iniciaci6n es la proteina dnaA y el


LA HELICASA ABRE LA HELICE Y
UNE LA PRIMASA, FORMANDO EL
PRIMOSOMA primosoma esta compuesto por las
proteinas dnaB (DNA helicasa) y dnaG
(RNA primasa).

I
LA S[NTESIS DEL CEBADOR PERMITE
DNA primasa QUE LA DNA POLIMERASA INICIE LA
PRIMERA CADENA DE DNA

DNA cebador del RNA


polimerasa
I
en una region adyacente ala helice. Tambien se une la DNA primasa formando un
primosoma, el cual se desplaza a partir del origen y genera un cebador de RNA que
inicia la primera cadena de DNA. Rapidamente, las otras proteinas se ensamblan
formando dos complejos proteicos de replicacion que se desplazan a partir de este
origen en direcciones opuestas (vease Figura 6-51); asf, se continua sintetizando
DNA hasta que se ha replicado todo el DNA patron de cada horquilla.
En el Capitulo 8 se discute en detalle la iniciaci6n de la horquilla de replica-
cion en los cromosomas de eucariotas. .

Las DNA topoisomerasas evitan que el DNA se enrede


durante la replicaci6n36
Cuando hemos descrito (de forma incorrecta) la helice de DNA como una "escale-
ra" plana, hemos ignorado el "problema del enrollamiento y empaquetamiento"
que se presenta durante la replicacion del DNA. Cada 10 pares de bases replicadas
en la horquilla corresponden a una vuelta completa del DNA que se replica alrede-
5'
dor del eje de la doble helice. Por consiguiente, para que la horquilla de replica-
cion pueda desplazarse, todo el cromosoma que se halla por delante de la horqui-
lla tendrfa que girar rapidamente (Figura 6-53), 10 cual exigirfa la utilizacion de
cadena de DNA acabada
grandes cantidades de energfa para el caso de los cromosomas largos. Durante la _de sintetizar
replicacion del DNA se utiliza una estrategia altemativa: unas protefnas conocidas 5'
como DNA topoisomerasas forman un "eslab6n giratorio" en la helice del DNA.
Figura 6-53 El "problema del
Puede pensarse que una DNA topoisomerasa es una especie de nucleasa re-
enrollamiento" que aparece durante
versible que se une covalentemente a un fosfato del DNA rompiendo un enlace
el proceso de repllcaci6n del DNA. 5i
fosfodiester de una cadena del DNA. Dado que el enlace covalente que une la to- se trata de una horquilla de replicaci6n
poisomerasa al fosfato del DNA retiene la energfa del enlace fosfodiester roto, la bacteriana que se desplaza a 500
reaccion de rotura es reversible; la nueva formaci6n del enlace fosfodiester es ra- nucle6tidos por segundo, la helice
pida y no requiere ninglin aporte adicional de energfa. En este aspecto el meca- paterna de DNA, anterior a la
nismo de union es diferente al que presenta la enzima DNA ligasa, que hemos horquilla, ha de girar a 50 revoluciones
discutido previamente (vease Figura 6-37). por segundo.

278 Capitulo 6 : Mecanismos geneticos basicos


Figura 6-54 Reacci6n reversible de
formaci6n de una muesca en el DNA,
catallzada por una enzima DNA
topoisomerasa I eucariota. Tal como
se indica, estas enzimas forman un
enlace covalente transitorio con el
DNA, permitiendo asf la libre rotaci6n
alrededor del enlace covalente unido
al fosfato azul.
resultado de ello, la replicaci6n del DNA podrei ocurrir con la rotaci6n de tinica-
mente un corto tramo de helice -la zona que se halla justa por delante de la hor-
quilla. El problema amilogo a este que aparece durante la transcripci6n del DNA,
se resuelve de una forma similar a la descrita.
Un segundo tipo de DNA topoisomerasa (la topoisomerasa II) forma una
uni6n covalente con ambas cadenas de la helice de DNA al mismo tiempo, ge-
GD
r-O
dos dobles helices
de DNA circular
estan entrelazadas

una DNA topoisomerasa


nerando transitoriamente una rotura en las dos cadenas del DNA. Estas enzimas de tipo II se une de
se activan por determinadas zonas del cromosoma en las que dos dobles helices se
cruzan entre sf. Cuando la topoisomerasa se une a un lugar de cruce como este,
(1) rompe una de las dobles helices, de forma reversible, generando una "puer-
ta", (2) hace que la otra doble helice pase a traves de esta rotura, y (3) vuelve a
(J) I
manera covalente
y reversible a las
dos cadenas del
DNA, interrumpiendo
la doble helice verde
y generando una
unir las cadenas de DNA que habfa rota y se separa del DNA. De esta forma, las + "puerta" proteica

DNA topoisomerasas de tipo II pueden separar de forma eficiente dos cfrculos


de DNA entrelazados (Figura 6-55). Esta misma reacci6n evita que se generen los
graves problemas de embrollamiento que, de otra forma, aparecerfan durante la
replicaci6n del DNA. Por ejemplo, se han aislado unas celulas de levadura mu-
la puerta de la topoisomerasa
tantes que producen, en lugar de la topoisomerasa II normal, una versi6n que se se abre y se cierra. dejando
inactiva a 37°C. Cuando las levaduras mutantes se calientan hasta esta tempera- pasar la otra helice de DNA
tura, sus cromosomas se entrelazan de forma que en el proceso de la mitosis no
pueden separarse. La utilidad de la topoisomerasa II para desenmarafiar los cro-
mosomas puede ser facilmente comprendida por cualquiera que haya intentado
deshacer un lio de un hilo de pescar sin la ayuda de unas tijeras.

La replicaci6n del DNA en los eucariotas es basicamente

OO
similar a la de los procariotas37 laS2dObies
helices de
La mayorfa de 10 que conocemos respecto ala replicaci6n del DNA procede de es- DNA circular
. se han separado
tudios sobre sistemas multienzimaticos purificados a partir de bacterias y de bac-
teri6fagos, que son capaces de realizar in vitro la replicaci6n del DNA. El desarro-
llo de estos sistemas en los afios 1970 fue facilitado en gran manera gracias a la
disponibilidad de mutantes en diversos genes de replicaci6n que pudieron utili-
t'-O la reaci6n
inversade

~o~~/~~te
zarse para identificar y purificar las correspondientes protefnas de replicaci6n.
Mucho menos es 10 que se conoce acerca de los detalles de la enzimologfa
de la replicaci6n del DNA en eucariotas, sobre todo debido a 10 diffcil que resulta
obtener mutantes deficientes en procesos de replicaci6n. Sin embargo, los me-
canismos basicos de la replicaci6n del DNA, incluyendo la geometrfa de la hor-
O0 de la
topOisomerasa
restaura una
doble helice
intacta

Figura 6-55 DNA topoisomerasa II.


quilla de replicaci6n y los componentes de la maquina de replicaci6n multipro- Ejemplo de una reaccion de "paso a
teica, son similares en los eucariotas y en los procariotas fvease Figura 8-35). La traves de la helice de DNA", catalizada
principal diferencia estriba en que el DNA eucariota no se replica en forma de por una topoisomerasa de tipo II.
DNA desnudo sino en forma de cromatina, en la cual el DNA esta estrechamente A diferencia de la topoisomerasa de
asociado a unas protefnas denominadas histonas. Tal como se describe en el Ca- tipo I, estas enzimas requieren la
pftulo 8, estas histonas forman unas estructuras parecidas a discos sobre las que hidr6lisis de ATP, yalgunas de elias
se enrolla el DNA eucariota, generando una unidad estructural repetitiva deno- puede introducir en el DNA tension
minada nucleosoma. Los nucleosomas estan distribuidos a 10 largo del DNA, a superhelicoidal (vease pag. 468). En
intervalos de 200 pares de bases, 10 cual puede explicar por que en los eucariotas eucariotas las topoisomerasas de tipo
los fragmentos de Okazaki se sintetizan sobre la cadena retrasada a intervalos de II se hallan exclusivamente en celulas
entre 100 y 200 nucleotidos en lugar de a intervalos de entre 1000 y 2000 nucle6- proliferantes; en parte por esta razon,
se utilizan como populares dianas para
tidos como ocurre en las bacterias. Los nucleosomas tambien pueden actuar
farmacos anticancerosos.
como barreras que frenan ligeramente el movimiento de las moleculas de DNA
polimerasa, 10 cual puede explicar por que las horquillas de replicaci6n se des-
plazan a una decima parte de la velocidad a la que se desplazan las horquillas de
replicaci6n en las bacterias.

Resumen
Una DNA polimerasa autocorrectora cataliza la polimerizacion de nucleotidos en
direcciOn 5' a 3', copiando un patron de DNA con una fldelidad notable. Puesto que
las dos cadenas de una doble helice de DNA son antiparalelas, esta slntesis 5' a 3'

280 Capitulo 6 : Mecanismos gemWcos,basicos

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