Enzimologia

Bioquimica
Mv Daniel Coronil
Enzimas
Las enzimas son sustancias de naturaleza proteica que
catalizan reacciones químicas, siempre que sea
termodinámicamente posible.
Todas las enzimas son proteínas, sin embargo, pueden
estar formadas únicamente por cadenas polipeptídicas o
contener, además, otro grupo no proteico. En este último
caso, la parte proteica recibe el nombre de apoenzima,
mientras que la parte no proteica se denomina grupo
prostético o cofactor.
La estructura de una enzima es similar a la de una proteína
y se describe en cuatro niveles diferentes: estructura
primaria, secundaria, terciaria y cuaternaria.
Enzimas
Los enzimas son los catalizadores de las reacciones biológicas.

Características:

1. Alto poder catalítico, las enzimas aceleran las reacciones

multiplicando su velocidad por un millón de veces.

2 Especificidad. Altamente específicas tanto la reacción que

catalizan como en la selección de las sustancias reaccionantes
(sustratos).
Características generales
Gracias a su carácter proteico, que les
permite adoptar estructura terciaria y
cuaternaria, las enzimas son las únicas
moléculas que pueden adaptarse a la
sustancia o sustrato al cual se unen y
modifican…
Por ser proteínas, son termolábiles
La sustancia sobre la cual actúa una enzima se conoce
como sustrato.
El sustrato se convierte en uno o más productos nuevos.
Las enzimas son reutilizables y cada una puede catalizar
de 100 a 30,000,000 de reacciones /min.
Pero, una enzima particular actúa solo sobre un sustrato
específico.
Cada enzima particular puede controlar solo un tipo de reacción.
Reacción catabólica
Reacción anabólica
Una enzima recibe el nombre del sustrato sobre el cual actúa.
A una parte del nombre del sustrato se le añade el sufijo
–asa. ¿Cuál será el sustrato de una proteasa?
En algunas reacciones, pequeñas moléculas, llamadas
coenzimas, se unen a las enzimas para controlar las
reacciones.
Las coenzimas no son proteínas y no sufren cambios
durante las reacciones.
Algunas vitaminas son coenzimas. B1, B2, B6, K.
Una reacción no ocurrirá si la coenzima no está presente.
 Naturaleza química de las enzimas
1. Casi todas las enzimas son proteínas salvo un pequeño grupo de moléculas de RNA catalítico.

2. Su actividad catalítica depende de la integridad de su conformación proteica nativa.

3. Algunas enzimas requieren para ser activas de componente químicos como:

 Moléculas que se unen de forma débil a la proteína.

 Cofactores: iones inorgánicos como Fe+2, Mg+2, Mn+2 , Zn+2.

 Coenzimas: complejos orgánicos o metalorgánicos.

 Moléculas que se unen covalentemente, denominados grupo protéticos.

4. El enzima completo catalíticamente activo junto con su coenzima y/o iones metálicos se denomina Holoenzima. Se
denomina apoenzima o apoproteína a la parte proteica de la enzima.
DIFERENCIAS ENTRE ENZIMAS Y
CATALIZADORES:
enzimas catalizadores
Química: Proteínas Inorgánicos
Termolabilidad: Sí No
Especificidad: Sí No
Regulación: Sí No
Eficiencia: Alta Baja
Se consumen: No Sí
 Centro activo
Es la región del enzima que se une al sustrato y contiene los residuos
que participan directamente en la producción y ruptura de en laces.
• Estos residuos se denominan grupos catalíticos.

• El centro activo supone una porción relativamente pequeña

del volumen total del enzima.

• El centro activo es una entidad tridimensional.

• Los sustratos se unen a los enzimas por numerosas fuerzas

débiles.

• Los centros activos son hoyos o hendiduras.

• La especificidad del enlace depende de la posición exacta Centro activo

de los átomos del centro activo. Un sustrato debe tener una
forma adecuada para introducirse en el centro.
Modelos de interacción enzima-sustrato
Modelo de la llave y la cerradura:
El centro activo del enzima por si mismo es complementario a la forma del sutrato.

Complejo
+ Enzima-
sustrato
Enzima

Sustrat
o
Complejo
Enzima-
+ sustrato

Enzim
Modelo del ajuste inducido: a
El centro activo tiene una forma complementaria a la del sustrato solamente después de
unirse a él.
A ) modelo de cerradura
B) modelo inbuido
Importancia
¿POR QUÉ LAS ENZIMAS SON
CATALIZADORES TAN EFICACES
Una reacción química en la que, a partir de unas moléculas se obtienen unos
productos diferentes, siempre implica una redistribución de enlaces. La
organización de los átomos que componen los reactivos es distinta de la de los
productos y en las moléculas, los átomos se unen entre sí mediante enlaces.
Cuando, por ejemplo, representamos una reacción como A B C D, estamos
indicando implícitamente un balance de materia, es decir, que los átomos presentes
en A y B se encuentran también en C y D, aunque, evidentemente, están distribuidos
deforma diferente.

Representación esquemática de una reacción química

que pone de manifiesto que en cualquiera de ellas debe
producirse una reorganización de enlaces covalentes.
Cinética enzimática
es el estudio de la tasa o velocidad del cambio de reactantes a productos bajo diferentes
condiciones experimentales. La velocidad de una reacción
se define como el número de moléculas de sustrato que se convierten en producto por
unidad de tiempo en condiciones experimentales constantes. La actividad de una enzima
y su cinética puedes ser influida por diversos factores como: temperatura, pH y la
concentración del sustrato.
La actividad de una enzima se grafica colocando en el eje de las ordenadas el producto
obtenido por unidad de tiempo (velocidad de la reacción) y en el eje de las absisas la
concentración (molar) del sustrato. De acuerdo a la cinética las enzimas pueden dividirse
en dos grandes grupo: a) enzimas no alostéricas y b) enzimas alostéricas.

En 1913, Leonor Michaelis y Maud Menten dedujeron una ecuación que también lleva su
nombre que permite calcular la velocidad de una reacción enzimática para cualquier
concentración de sustrato, utilizando el valor de KM y de la velocidad máxima:

S 
v  v máx 
K M
 S 
La conversión de reactivos en productos en cualquier reacción química está acompañada
de un cambio energético.

En el estado inicial, la energía libre es muy baja.

En el estado de transición, el contenido energético es máximo.

Energía de activación, es la diferencia de energía entre el estado inicial de los reactivos y

el estado de transición
Las velocidades de reacción pueden aumentarse:

Incrementando la temperatura
Disminuirse la energía de activación añadiendo catalizadores
Las enzimas al ser un catalizador disminuye la energía de activación de la reacción para
que de esta manera la velocidad de la reacción sea más rápida.
Enzimas no alostéricas
: Están formadas por una subunidad o cadena polipeptídica y al graficar su
actividad producen una hipérbola, que presenta tres partes:
la primera, es de primer ordenen en donde existe una proporción entre el
sustrato que se agrega y la cantidad del producto que se obtiene,
la segunda es de segundo orden en donde hay un aumento asintótico, no lineal,
en ella la relación entre la concentración del sustrato y el producto decrece,
y una de orden cero, en la que existe una saturación de los sitios activos y no se
obtiene más producto por más sustrato que se agregue, en este punto de la
gráfica se observa una meseta llamada Velocidad máxima (Vmáx).
Km concentración enzimática
: que se refiere a la Constante de Michaelis, de la fórmula de Michaelis-Menten.
La Km se define como la concentración del sustrato en la cual se obtiene la mitad de la
velocidad máxima, se obtiene proyectando sobre el eje de las absisas la mitad de la Vmáx.
La Km es un indicador indirecto de la afinidad que tiene la enzima por su sustrato, esta
afinidad es inversamente proporcional, es decir, valores elevados de Km indican menor
afinidad de la enzima por el sustrato y viceversa.
Las enzimas alostéricas pueden presentar diversos tipos de Inhibición enzimática:
Inhibición competitiva, inhibición no competitiva. Estos tipos de inhibición son ocasionados
por sustancias que disminuyen la actividad de la enzima llamados inhibidores.
La inhibición puede ser reversible o irreversible, en la inhibición irreversible el inhibidor
queda covalentemente unido a la enzima o ligado tan firmemente a él que su disociación
es muy lenta. La inhibición reversible se caracteriza porque existe una rápida disociación
del complejo enzima-inhibidor, este tipo de inhibición puede ser competitiva o no
competitiva.
 Factores que afectan la actividad de los enzimas

pH:
Intervalo de pH en que su actividad es máxima  pH óptimo, a valores superiores o inferiores
de pH su actividad disminuye. Reflejo del ambiente celular

Temperatura:
La temperatura donde la actividad del enzima es máxima se le denomina Tempeartura
óptima,
Factores que afectan la actividad de los
enzimas
Inhibidores

La inhibición de la actividad ezimática por móleculas espeíficas es importante

porque constituye el principal mecanismo de control en los sistemas biológicos.

Inhibición irreversible: El inhibidor queda covalentemente no, unido al enzima

o ligado fuertemente a él que su disociación es muy lenta.

Inhibición reversible: Se caracteriza por la rápida disociación del complejo

Enzima-sustrato.
Inhibiciones reversibles
Inhibición competitiva: La enzima puede unirse al sustrato o al inhibidor, debido
a que los inhibidores competitivos se parecen estructuralmente al sustrato y se
unen al sitio activo de la enzima, es decir, el sustrato y el inhibidor compiten por
ocupar el sitio activo.
La inhibición competitiva puede superarse al aumentar las concentraciones del
sustrato.
ivo
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-1/Kma
-1/ K m
Inhibiciones reversibles
Inhibición no copetitiva:

El inhibidor (no competitivo) se fija en un centro diferente el centro de fijación

del sustrato. Esta inhibición no es contrarrestada mediante concentraciones
crecientes de sustrato.

Inhibición acompetitiva:

El inhibidor se fija a un sitio diferente al del sutrato, fijandose sólo al complejo

enzima –sustrato y nunca al enzima solo.
 Enzimas alostéricas:
son proteínas poliméricas, es decir, formadas por dos o máscadenas o subunidades polipeptídicas, se
caracterizan porque cada subunidad tiene dos sitios topologicamente y funcionalmente distintos: el
sitio activo (sitio isostérico) y el sitio alostérico (de “alos” = otro y “steric”= espacio), que corresponde al
sitio regulador, estás enzimas se denominan heterótropas debido a que el sitio activo y regulador son
diferentes, en las enzimas homótropas el sitio activo es a su vez el sitio regulador, por lo que el
sustrato es simultáneamente el sitio regulador (enzimas no alostéricas).
El sitio alostérico carece de actividad catalítica, pero se une a una molécula efectora o moduladora que
puede inhibir (modulador o efector negativo o inhibidor) o estimular (modulador o efector positivo o
activador) la actividad enzimática, mediante modificaciones en la conformación del sitio activo
haciéndolo menos o más afín al sustrato, respectivamente; cuando ingresa la primera molécula de
sustrato aumenta la afinidad del sitio activo por el sustrato de las otras subunidades, este efecto
dirigido por cambios conformacionales favorables se denomina cooperatividad.
Las enzimas alostéricas muestran una curva sigmoidea en lugar de la hipérbola. Muchas enzimas
alostéricas se encuentran en puntos cruciales de las vías metabólicas, por lo que son enzimas
reguladoras de estas vías y controlan la velocidad de las vías.
Clasificación de las enzimas
Se conocen alrededor de 2000 enzimas.
Existen varias formas de nombrar a una enzima: nombres
sistemáticos o el código de la Comisión Internacional de
Enzimas (IEC).
Según el tipo de reacción que catalizan, las enzimas se
clasifican en seis clases:
1) Oxidorreductasas
2) Transferasas
3) Hidrolasas
4) Liasas
5) Isómerasas
6) Ligasas
Clasificación de los enzimas
Las seis categorías principales de enzimas son las siguientes:
Clase 1: Oxido reductasa. Catalizan reacciones de oxido reducción
Ej. La alcohol :NAD oxidoreductasa cataliza la oxidación de un alcohol a aldehido
Las oxidorreductasas catalizan reacciones redox en las cuales cambia el estado
de oxidación de uno o de más átomos en una molécula.
La oxidación-reducción en sistemas biológicos implica una o dos reacciones de
transferencia de electrones acompañadas del cambio compensatorio de la
cantidad de hidrógeno y de oxígeno en la molécula. Son ejemplos notables las
reacciones redox facilitadas por las deshidrogenasas y por las reductasas. Así,
la deshidrogenasa alcohólica cataliza la oxidación de etanol y de otros alcoholes,
y la reductasa de ribonucleótido cataliza la reducción de ribonucleótidos para
formar desoxinibonucleótidos
Clase 2: Transferasa. Catalizan en las cuales un grupo que contiene C,N,P o S se
transfieren de un sustrato a otro.

2.1 Transaminasa: Transfieren grupos aminos desde un aminoácido a un cetoácido

aceptor
Ej. Aminotrasferasa
Ac. L-glutámico + Ac. Pirúvico  Ac a-cetoglutárico + L-alanina.
2.2. Quinasas: Catalizan reacciones donde se transfiere un grupo fosfato desde el ATP o
nucleósido trifosfato agrupos aceptores alcohol o amino
Ej. Glucoquinasa
ATP + D-Glucosa  ADP + D-Glucosa-6-Fosfato

2.3 Glucosiltransferasas: Catalizan reacciones de transferencia de grupos glucosilos

activado a un glucógeno iniciador.

UDP-Glucosa + Glucógeno iniciador  Glucógeno prolongado + UDP

Clase 3: Hidrolasas. Catalizan reacciones donde el grupo dador se transfiere al agua, la
reacción implica rotura hidrolítica de enlaces C-O, C-N, O-P, C-S
Ej. Rotura del enlace peptídico(Peptidasa)

Clase 4: Liasas. Catalizan reacciones de ruptura de dobles enlaces o formación de dobles

enlaces eliminando grupos
4.1 Descarboxilasas: Eliminan los elementos del CO2 de un  y - cetoácidos

Ej. Piruvato descarboxilasa

4.2 Deshidratasas: Eliminan los elementos de agua en una reacción de deshidratación.
Ej Citrato deshidratasa.
Citrato  cis-Acanitato + H2 O
Clase 5: Isomerasas. Catalizan arreglos moleculares.

5.1 Epimerasas o racemasas. Catalizan inversión en carbonos asimétricos

Las isomerasas catalizan varios tipos de reordenamientos intramoleculares.
Las epimerasas catalizan la inversión de átomos de carbono asimétricos y las
mutasas catalizan la transferencia intramolecular de grupos funcionales
5.2 Mutasas: Catalizan la transferencia intramolecular de un grupo tal como el
fosforilo
Ej. Fosfoglicerato mutasa.
2-Fosfoglicerato  3-fosfoglicerato
Clase 6. Ligasas. Catalizan reacciones de formación de enlaces entre dos
moléculas de sustrato a expensas de la hidrólisis de un enlace fosfato de alta
energía
Ej. Piruvato carboxilasa
 
HCO3- + Piruvato + ATP  Oxalacetato + ADP + Pi
Grupo prostético
Compuestos orgánicos (de naturaleza no proteica) o un ión unido covalentemente a la
enzima y que es necesaria para la acción enzimática.
Coenzima: Molécula orgánica (no proteica) o un ión que se une débilmente a la
enzima (por enlaces e interacciones diferentes a los covalentes) y que es necesaria
para la acción enzimática. Muchas vitaminas (particularmente del complejo B) son
requeridas en pequeñas cantidades en la dieta son precursores de las coenzimas.
Apoenzima o apoproteína: porción proteica de la enzima, es decir aquella que esta
constituida exclusivamente por aminoácidos.
Holoenzima: Corresponde a la composición global de la enzima, es decir, a la
apoenzima más el grupo prostético, o bien la apoenzima más la coenzima, etc. La
holoenzima es la forma activa y completa de la enzima.
Cofactor: Cualquier componente químico adicional a la enzima requerida por esta
para ser activa. Generalmente son uno o más iones inorgánicos (llamados por
algunos autores como activadores) o bien, una molécula orgánica compleja comas
las coenzimas, o bien a derivados vitamínicos. Algunas enzimas requieren de ambos.
Zimógenos: Proenzimas o preenzimas son formas inactivas de la
enzima que requieren de la eliminación de un segmento de la
molécula para dejar al descubierto el sitio activo. La eliminación
del fragmento es por acción de proteasas o bien con un pH
específico

Isoenzimas: Formas alternativas de una misma enzima, que

difieren en la composición de algunos aminoácidos, pero que
catalizan una misma reacción. El ejemplo característico es el de la
deshidrogenada láctica