Gobierno Restaurador

José Antonio 'Pepillo' Salcedo, quien se había autoproclamado presidente

de la República sin la aprobación de la mayoría de los restauradores,
inmediatamente calificó a Santana, que ahora era líder de las fuerzas
españolas, como traidor. Salcedo intentó pedir ayuda a los Estados Unidos,
pero fue rechazada.
España tuvo un momento difícil luchando contra los rebeldes. En el
transcurso de la guerra, perderían más de 33 millones de pesos y sufrirían
más de 10 000 víctimas (en gran parte debido a la fiebre amarilla). Santana,
quien había sido venerado como un excelente estratega militar, se vio
incapaz de romper la resistencia dominicana. En marzo de 1864,
desobedeció deliberadamente las órdenes de concentrar sus fuerzas en
torno a Santo Domingo y fue reprendido y relevado de su cargo por el
Gobernador General José de la Gándara quien mandó a Santana a Cuba
para hacer frente a una corte marcial. Sin embargo, Santana murió
repentinamente antes de que esto ocurriera.
De la Gándara trató de negociar un alto el fuego con los rebeldes. Él y
Salcedo aceptaron discutir los términos de paz, pero en medio de las
negociaciones, Salcedo fue derrocado y asesinado por órdenes de Gaspar
Polanco y con la aprobación de la mayoría de los restauradores. Polanco,
que estaba ya disgustado por los errores militares que Salcedo había
cometido durante la guerra, no aprobó la actitud vacilante de Salcedo frente
a las autoridades españolas, además de su preocupación de que Salcedo
tuviera la intención de retornar al ex presidente anexionista Buenaventura
Báez, a quien los rebeldes odiaban tanto como odiaban a los españoles por
sus acciones antes del golpe de Estado a Santana en julio de 1857. A pesar
de que Báez se había opuesto inicialmente a la anexión española, una vez
vivió en España con un subsidio del gobierno y tuvo el grado honorario de
mariscal de campo en el ejército español. No fue sino hasta el final de la
guerra que él volvió a la República Dominicana.
A pesar de haber tomado medidas positivas en el área económica y
educativa, Polanco fue acusado de establecer un monopolio del tabaco en
nombre de sus amigos y relacionados. Por esta acción arbitraria fue
derrocado de la presidencia por un movimiento que su hermano Juan
Antonio apoyó encabezado por Pimentel, Monción y García, quienes no
aprobaron algunas de sus decisiones. Fue sustituido por Benigno Filomeno
de Rojas y Gregorio Luperón, en enero de 1865. Dándole tregua a la lucha,
la junta provisional organizó una nueva constitución, y cuando se aprobó, el
general Pedro Antonio Pimentel se convirtió en el nuevo presidente el 25 de
marzo de 1865.