Módulo 2, unidad 3: Regulación de la transcripción.

MÓDULO 2, UNIDAD 3: REGULACIÓN DE LA TRANSCRIPCIÓN.

Dr. Julio Escribano
Facultad de Medicina
Universidad de Castilla-La Mancha
Contenidos:

1. Regulación en procariotas: Modelo del operón lac.

1.1. Represión catabólica del operón lac.
1.2. Control positivo de la transcripción.
2. Regulación en eucariotas.
2.1. Control transcripcional.
2.1.1. Control en cis: promotores, intensificadores, silenciadores, aisladores y
elementos de respuesta.
2.1.2. Control en trans: factores de transcripción.

2.2. Co-activadores y co-represores. Control de la estructura de la cromatina.

2.3. Control post-transcripcional: procesamiento alternativo, control de la degradación

de ARNm, poliadenilacion alternativa y corrección de ARN.
3. Bibliografía.

Objetivos:

1. Definir el concepto de operón y explicar la regulación del operón lac, como paradigma
del mecanismo de control de la expresión génica en procariotas.
2. Clasificar los principales mecanismos de regulación de la expresión génica en eucariotas:
transcripcional, post-transcripcional y control por la estructura de la cromatina.
3. Describir los mecanismos cis y trans de regulación de la expresión génica prestando
especial atención a la regulación por hormonas esteroideas
4. Describir el concepto de epigenética, las modificaciones químicas relacionadas con la
epigenética y su relación con el control de la estructura de la cromatina y la expresión
génica.

Aunque el contenido genético de todas las células de un organismo eucariota es el mismo,

no todas ellas expresan los mismos genes. Estas diferencias de expresión determinan, por
ejemplo, que una neurona sea distinta de un hepatocito. Por otra parte, en respuesta a
determinadas condiciones ambientales, los seres vivos son capaces de expresar ciertos genes.
Además, la expresión de algunos genes puede variar en función de la etapa del desarrollo. En esta
lección nos ocuparemos de los mecanismos que regulan la expresión génica. La expresión de los
genes se puede regular en distintos puntos. Si nos centramos en los genes que codifican
proteínas podemos distinguir los siguientes tipos de regulación:

• Transcripcional. Se controla el momento y la frecuencia de la transcripción.

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• Del procesamiento del ARN. Se regula la forma de maduración de los

transcritos primarios.
• Del transporte del ARN. Se actúa seleccionado los ARNm maduros que serán
transportados al citoplasma para ser traducidos.
• Traduccional. Se seleccionan los ARNm que serán traducidos.
• De la degradación del ARN. Cuanto más estable sea un ARNm mayor será la
cantidad de proteínas que pueda sintetizar.
• De la actividad proteica.

En este tema nos ocuparemos principalmente de la regulación de la transcripción. Esta

regulación es efectuada fundamentalmente por la interacción del ADN con proteínas.

1. REGULACIÓN EN PROCARIOTAS: MODELO DEL OPERÓN lac

La regulación de la expresión de los genes de E. coli implicados en el metabolismo de la

lactosa constituye un ejemplo de cómo funcionan los mecanismos de regulación génica, y fue el
primer sistema de regulación de la expresión génica en ser comprendido. Existen tres genes que
intervienen en la degradación de lactosa en glucosa y galactosa: el de la -galactosidasa,
permeasa y transacetilasa, los cuales se denominan Z, Y y A, respectivamente. La -galactosidasa
es la enzima encargada de hidrolizar la lactosa, la permeasa es requerida para introducir la
lactosa en la célula. La galactosa transacetilasa transfiere un grupo acetilo facilitando la hidrólisis
de la lactosa. Los tres genes están contiguos en el cromosoma de E. coli y son transcritos en una
única molécula de ARNm policistrónico. Por tanto, regulando la síntesis de esta única molécula de
ARNm se puede regular coordinadamente la producción de las tres enzimas. Un cuarto gen
denominado I se sitúa cerca de los anteriores y codifica un represor que bloquea la expresión de
los genes Z, Y y A. El represor se une específicamente a una región del ADN, denominada
operador, próxima al comienzo del gen Z y del lugar donde se inicia la transcripción del ARN
policistrónico. Al unirse el represor al ADN impide que la ARN polimerasa inicie la transcripción. El
conjunto de los genes I, Z, Y, A, más el operador, se denomina operón, y constituye una unidad de
expresión coordinada. De manera general podemos definir un operón como una unidad funcional
genómica formada por un conjunto de genes estructurales que se transcriben de manera
conjunta gracias a un único promotor, y otras secuencias reguladoras como el operador, dando
lugar a un ARNm policistrónico. Constituyen una unidad de transcripción y pueden contener
genes reguladores, como en el caso del operón lac. Los operones son típicamente procariotas,
aunque también están presentes en algunos eucariotas.

Estructura de la región promotora del operón lac.

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El represor lac es una molécula con dos sitios de unión. Uno para el operador lac y otro
para la lactosa y algunos compuestos análogos de ésta. Cuando el represor se une a la lactosa o a
ciertos análogos, pierde afinidad por el operador y se suelta, dejando el camino libre a la ARN
polimerasa. La supresión de la represión se denomina inducción, y los compuestos responsables
de ella, tal como la lactosa, se denominan inductores.

(Cooper. The Cell a molecular approach. 2nd Edition. 2000)

La vida media de los ARN de los genes Z, Y y A es corta (de unos tres minutos), lo que
permite que finalice rápidamente la síntesis de las proteínas en ausencia del inductor lactosa.

El operón lac es muy utilizado en ingeniería genética ya que bajo su control se puede
regular en procariotas la expresión de genes foráneos. De esta manera la adición al medio de un
análogo de la lactosa, el IPTG o isopropiltiogalatósido, nos permite inducir la expresión del gen
foráneo. El IPTG no es degradado por la -galactosidasa, por lo que su concentración intracelular
se mantiene constante a lo largo del tiempo permitiendo la inducción estable de la expresión del
gen.

1.1. Represión catabólica del operón lac.

El mecanismo de regulación estudiado anteriormente se denomina de control negativo del

represor lac, ya que normalmente en ausencia del inductor, el represor bloquea la expresión de
las enzimas codificadas por el operón lac. Existe además otro sistema de control del operón lac
relacionado con el hecho de que E. coli puede emplear como fuente de energía, además de
lactosa, glucosa. Si en el medio están presentes los dos azúcares, la síntesis de -galactosidasa no
se induce hasta que toda la glucosa ha sido consumida. La célula se ahorra de este modo tener
que sintetizar toda esta maquinaria metabólica hasta que es estrictamente necesario, ya que la
lactosa se emplea en definitiva como fuente de glucosa, por lo que resulta más económico utilizar
directamente la glucosa como fuente de energía mientras está presente en el medio. La represión
catabólica consiste en que en presencia de glucosa un catabolito de la misma, no bien conocido,

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reprime el operón lac debido a que disminuye la concentración de AMPc, compuesto que como
veremos a continuación tiene un efecto positivo sobre la expresión del operón lac.

1.2. Control positivo de la transcripción.

En el control positivo interviene el AMP cíclico (AMPc) y la denominada proteína activadora

dependiente de catabolito (CAP), que es un factor de transcripción. Concentraciones bajas de
glucosa activan la enzima adenil ciclasa que cataliza la síntesis de AMPc a partir de la hidrólisis de
ATP. Existe por tanto una relación inversa entre las concentraciones de glucosa y AMPc en la
bacteria: cuando la concentración de glucosa es alta, la de AMPc es baja, y viceversa. La elevación
de la concentración de glucosa disminuye la de AMPc a través del catabolito mencionado
anteriormente. Para que se active el operón lac se precisa una elevada concentración de AMPc, el
cual se une a la proteína CAP. El complejo CAP-AMPc favorece la unión de la ARN polimerasa al
promotor lac. En ausencia de lactosa, el represor se une al operador y bloquea la producción de
-galactosidasa, de manera que, aunque no exista glucosa y los niveles de CAP-AMPc sean
elevados la ARN pol no puede transcribir este operón, ahorrándose la célula el esfuerzo de
sintetizar unas enzimas que no van a ser útiles. En presencia de glucosa y lactosa, los niveles de
AMPc son bajos, y por tanto los del complejo CAP-AMPc también lo son, así, aunque el represor
es inactivado por la lactosa, la actividad de la ARN polimerasa es baja sobre este operón. En
ausencia de glucosa y presencia de lactosa, los niveles del complejo CAP-AMPc son elevados,
además, el represor es inactivo con lo que se produce una elevada actividad transcripcional del
operón lac. Este mecanismo de regulación por el complejo CAP-AMPc se denomina control
positivo ya que la transcripción es dependiente de una señal activadora. Los datos disponibles
indican que el complejo CAP-AMPc produce una curvatura de más de 90° en el ADN, lo que
parece facilitar la separación de las hebras, como en el caso de la unión de la TBP a la caja TATA
en el promotor eucariota, aumentando la afinidad de la ARN polimerasa por el promotor. Existen
otros tipos de control de la expresión génica en procariotas, pero no los estudiaremos en este
curso.

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2. REGULACIÓN EN EUCARIOTAS

La regulación de la transcripción en eucariotas se realiza en varios niveles: el grado de

condensación de la cromatina determina si existe o no transcripción, como vimos en el tema
anterior; también se puede regular la intensidad de la transcripción, es decir, el número de
transcritos producidos por unidad de tiempo. Del mismo modo, se puede controlar la
especificidad de la transcripción, es decir, si un determinado gen se expresa o no en un
determinado tejido. El siguiente esquema resume los principales mecanismos de regulación de la
expresión génica en eucariotas.

2.1. CONTROL TRANSCRIPCIONAL.

2.1.1. Control en cis: PROMOTORES, INTENSIFICADORES, AISLADORES,

SILENCIADORES Y ELEMENTOS DE RESPUESTA.

Se denomina control en cis al ejercido por factores que se encuentran situados físicamente en la
misma molécula de ADN que el gen al que regulan. Son secuencias de nucleótidos. Los
reguladores en cis pueden clasificarse en proximales o distales en función de su posición respecto
al origen de la transcripción. Los primeros se sitúan cerca de éste y los segundos lejos. Las distintas
secuencias que forman el promotor son elementos reguladores proximales. Ejemplos de
secuencias reguladoras distales son los intensificadores, silenciadores y aisladores. Como ya
hemos visto, los ARNm en eucariotas son producidos por la ARN polimerasa II, regulada por dos
elementos básicos en cis: promotores y los denominados potenciadores (enhancers). Estos
elementos son reconocidos por factores trans, es decir, factores físicamente no situados en la
misma molécula de ADN que el gen regulado. Los factores trans son proteínas. Los promotores
son los responsables del inicio de la transcripción, mientras que los potenciadores aumentan la
tasa de transcripción de ese promotor. Los promotores se sitúan junto al lugar de iniciación de la
transcripción, mientras que los intensificadores se localizan a grandes distancias de ese punto, en
ocasiones a miles de pares de bases. Además, pueden funcionar en cualquier orientación y aguas
arriba o aguas abajo del promotor al que potencian. Poseen secuencias reconocidas por factores
en trans específicos. Algunos potenciadores son específicos de tejido, actuando solamente en
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algunos tipos celulares. Otros responden a señales externas, como los de los genes de choque
térmico, que se expresan cuando se produce un aumento brusco de la temperatura. Otro ejemplo
lo encontramos en el gen de la metalotioneína, que codifica una proteína desintoxicadora de
metales pesados y que sólo se expresan en presencia de estos metales, gracias a un potenciador
específico.

Los potenciadores regulan positivamente la transcripción de los genes mediante la

formación de bucles que aproximan la secuencia intensificadora y los factores a ella unidos, al
promotor. La interacción de los factores activadores unidos al intensificador, con los factores de
transcripción unidos al promotor aumenta la tasa de transcripción. En la formación de los bucles
interviene la cohesina. La cromatina se organiza en dominios funcionales formados por grandes
bucles establecidos por cohesina y la proteína CTCF. La acción de los potenciadores está limitada
a los genes que se localizan dentro de uno de estos dominios funcionales, como se muestra en la
siguiente figura.

Los potenciadores actúan

sobre los promotores gracias a
la formación de loops del ADN
mantenidos por cohesina. La
acción d los potenciadores se
limita a promotores de genes
localizados dentro de loops
mayores, que delimitan
dominios funcionales,
mantenidos por cohesina y la
proteína CTFC. (Fig. 9.9.
Cooper y Hausman. La Célula.
8ª Edición. 2021. Editorial
Marbán.)

Los silenciadores son secuencias de ADN que reducen la tasa de transcripción. Los
silenciadores se han encontrado en distintas posiciones; cerca del promotor, dentro de intrones y
a cierta distancia aguas arriba de la región promotora.

Los aisladores son regiones del ADN de una longitud de 500 a 3000 pb, que bloquean o
aíslan la propagación de la influencia de efectos positivos (potenciadores) o negativos
(silenciadores) sobre la transcripción. Permiten delimitar regiones de expresión génica en la
cromatina.

Los elementos de respuesta son secuencias reguladoras proximales ya que generalmente

se localizan a una corta distancia del promotor, habitualmente a menos de 1000 pb del origen de
transcripción. Modulan la transcripción como consecuencia de un estímulo externo específico. Se
han identificado muchos de estos elementos que permiten la activación de la transcripción de
determinados genes en respuesta a hormonas específicas, tales como glucocorticoides,
esteroides, o a segundos mensajeros intracelulares como el AMPc.

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 Módulo 2, unidad 3: Regulación de la transcripción.

2.1.2. Control en trans: FACTORES DE TRANSCRIPCIÓN.

Existe una gran diversidad de factores de transcripción que pueden ser divididos en tres
grupos en función de su papel en la transcripción:

1. Factores de transcripción generales.

2. Factores de transcripción específicos de secuencia (de nucleótidos).
3. Co-activadores y co-represores transcripcionales.

El primer grupo incluye un elevado número de proteínas que están implicadas en el

ensamblaje del aparato de transcripción basal, como hemos estudiado en el tema anterior. Los
factores trans son necesarios para que la polimerasa de ARN II inicie la transcripción, formando
con ella un complejo de iniciación. En células de mamíferos se han identificado varias proteínas
que reconocen por ejemplo elementos del promotor proximal como la caja CAAT (CTF), otros
reconocen secuencias del promotor core, como la caja TATA (TFIID). Se forman en el promotor
complejos agrupamientos de proteínas gracias a interacciones específicas e interdependientes,
donde se necesita de la presencia de unos factores para que otros se puedan unir. El resultado
final es la unión de la ARN pol y el inicio de la transcripción.

El segundo grupo está formado por factores que reconocen de manera específica
determinadas secuencias reguladoras localizadas en los promotores y en los potenciadores. Este
grupo de factores de transcripción es responsable de la regulación específica de la transcripción
en respuesta a determinadas señales ambientales o celulares. Estos factores de transcripción
tienen un dominio de unión a ADN y uno o más dominios activadores o represores. Los factores
de transcripción específicos de secuencia actúan a través de varios mecanismos:

1. Activación directa de la transcripción mediante el reclutamiento y unión de factores

generales de la transcripción y de la RNApol II al promotor para formar el complejo de
preiniciación; o induciendo un cambio conformacional o químico (por ejemplo, fosforilación)
de los factores basales de la transcripción, que estimula la actividad enzimática del aparato
basal de la transcripción.
2. Activación indirecta mediante el reclutamiento de co-activadores, como por ejemplo la
histona acetil transferasa, que finalmente remodelan la cromatina para facilitar la
accesibilidad del ADN a factores basales de la transcripción o a otros factores de
transcripción específicos.

Estos mecanismos dependen de interacciones proteína-proteína con el aparato basal de la

transcripción y/o con co-activadores o co-represores. Factores de transcripción importantes de
este segundo grupo y que están implicados en la regulación de la expresión de genes en
respuesta señales extracelulares que no atraviesan la membrana ceular o a las hormonas
esteroides tenemos los dos siguientes, respectivamente:

1. El factor CREB [cAMP Response Element-Binding (protein)] o proteína de unión al elemento de

respuesta a cAMP (AMP cíclico) o CRE (cAMP Response Element)
2. Los receptores de hormonas esteroides.

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Estudiaremos en detalle la estructura y función de estos últimos. Las secuencias reconocidas

por los receptores de esteroides son elementos de respuesta a hormonas o HRE (Hormone
Response Element), como hemos visto anteriormente. Los HRE de los receptores de hormonas
esteroides son secuencias palindrómicas formadas por un par de secuencias de 6 pares de bases
separadas por tres pares de bases. Hay distintos tipos de hormonas esteroides, tales como los
glucocorticoides, ácido retinoico, vitamina D y la hormona tiroxina, que son capaces de regular la
expresión génica.

Estas hormonas son sintetizadas en un tipo celular determinado (por ejemplo las glándulas
sexuales), son transportadas por la sangre hasta la membrana de otras células, donde son
internalizadas pasivamente y se unen a un receptor citoplásmico. El complejo hormona-receptor
es transportado al núcleo donde se une a un HRE específico provocando un aumento de la
transcripción de varios genes. El receptor citoplasmático de glucocorticoides se une a su
secuencia diana en forma de dímero. Esta unión recluta proteínas co-activadoras con actividad
histona acetil transferasa que contribuyen a descompactar la cromatina, como veremos
posteriormente. Cada hormona esteroidea es capaz de activar o reprimir grupos de 50 a 100
genes. Por ello el efecto de los esteroides se manifiesta al cabo de unas horas, ya que ha de
transcurrir tiempo suficiente para la síntesis de nuevos ARNm y nuevas proteínas. Los receptores
citoplasmáticos de esteroides poseen una serie de características comunes:

• Un dominio de unión al DNA.

• Un dominio de unión a la hormona. Su función es impedir que el dominio de unión a
DNA interaccione con el DNA en ausencia de hormona.
• El dominio amino-terminal que no está conservado permite la interacción del
receptor con otros reguladores de la transcripción.

Izquierda. Regulación de la expresión génica por glucocorticoides. El receptor de glucocorticoides es inactivo debido
a la unión de la proteína Hsp90. La unión del glucocorticoide al receptor libre la proteína Hsp90, permitiendo que el
receptor dimerice y se active, dirigiéndose al núcleo donde se une a los elementos de respuesta a glucocorticoides,
activando la transcripción. Derecha. Estructura de receptores distintos receptores de esteroides y secuencias de
nucleótidos de elementos de respuesta a esteroides. GR, receptor de glucocorticoides; ER, receptor de estrógenos;
RAR, receptor de ácido retinoico; TR, receptor de tiroxina; VDR, receptor de vitamina D. Strachan and Read. Human
Molecular Genetics 2. 1999.
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El tercer grupo de factores de transcripción mencionado anteriormente está formado por

co-activadores y co-represores. Estas proteínas se unen a otros factores de transcripción
previamente unidos ADN, y regulan la transcripción alterando la estructura de la cromatina o
interaccionando con la maquinaria transcripcional basal, por tanto, no se unen directamente al
ADN. Entre los co-activadores y co-represores que regulan la estructura de la cromatina se
encuentran proteínas con actividad histona acetiltransferasa (HAT) o con actividad histona
desacetilasa (HDAC), respectivamente. La acción de estas enzimas será estudiada en el siguiente
apartado. Uno de los principales co-activadores de la transcripción es la proteína CBP (CREB
Binding Protein) o proteína de unión al factor de transcripción CREB, anteriormente mencionado,
y que interviene en la regulación de la expresión génica mediada por cAMP. Tiene actividad
histona acetil transferasa y además, actúa integrando una gran cantidad de señales ya que es
capaz de unirse a distintos factores de transcripción.

Factores de transcripción y patología. La expresión de un gen puede perderse no solamente

por mutación en ese gen, sino también por mutaciones en los genes de los factores de
transcripción que controlan su expresión. Se conocen en la actualidad enfermedades hereditarias
debidas a mutaciones en genes de factores de transcripción. A modo de ejemplo podemos citar el
xeroderma pigmentoso, que estudiaremos el próximo curso, que puede estar causado por
mutaciones del gen del factor general de la transcripción TFIIH; la resistencia a estrógenos debida
a mutaciones en el receptor de estrógenos alfa (ERalfa); la resistencia a hormona tiroidea, debida
a mutación del receptor beta de esta hormona (TRbeta), etc.

2.2. Epigenética. Co-activadores y co-represores. Control de la estructura de la

cromatina.

La epigenética estudia modificaciones químicas del ADN y de las histonas que se heredan
mitótica y/o meióticamente. Estas modificaciones químicas afectan a la expresión de los genes,
de forma que determinan la herencia de patrones de expresión génica por parte de la célula
que ha sufrido las modificaciones químicas del ADN, a la siguiente generación celular, sin que
haya cambios en la secuencia de nucleótidos del ADN. Estos cambios representan una capa de
información genética adicional a la propia secuencia de nucleótidos del genoma.
La secuencia de nucleótidos del genoma es esencialmente idéntica en todas las células de un
organismo, sin embargo, las modificaciones epigenéticas son específicas de cada etapa del
desarrollo embrionario y de cada tipo celular, determinando que genes se expresan. Por ejemplo,
las células madre hematopoyéticas de la médula ósea se dividen dando lugar a dos células hijas,
una de las cuales sigue teniendo las propiedades de célula madre hematopoyética, mientras que la
hermana se puede diferenciar en célula progenitora linfoide o mieloide, para dar lugar
respectivamente a linfocitos o al resto de células sanguíneas (glóbulos rojos, diferentes tipos de
glóbulos blancos fagocíticos, o megacariocitos formadores de plaquetas). Tanto las células
progenitoras linfoides como mieloides, tienen la misma secuencia de ADN pero su potencial de
diferenciación es diferente debido a las diferencias epigenéticas existentes entre ellas
(modificaciones postraduccionales de las histonas, tales como metilaciones y acetilaciones, y
metilaciones de citosinas), que se transmiten de generación en generación celular.
Los extremos N-terminales de las histonas, denominados colas, sobresalen del nucleosoma
y pueden unirse a diferentes proteínas, capaces de modificarlas químicamente. Además, estas
regiones son ricas en lisinas, un aminoácido básico por tanto cargado positivamente a pH

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fisiológico. Las colas N-terminales de la histona H4, particularmente la lisina 16, son importantes
para condensar la cromatina formando la fibra de 30 nm. Esta lisina, cargada positivamente,
interactúa con una región negativa localizada entre las histonas H2A-H2B del siguiente
nucleosoma, dando lugar a los nucleosomas apilados de la fibra de 30 nm. Las lisinas de las colas
de las histonas pueden ser metiladas, acetiladas y ubiquitinadas, mientras que la serina y la
treonina pueden ser fosforiladas. La combinación de las distintas modificaciones químicas de las
colas de las histonas en los nucleosomas forma parte de un código que es interpretado o leído
por proteínas que controlan el grado de condensación de la cromatina. Ciertas marcas químicas
son típicas de un tipo u otro de cromatina. Así por ejemplo, en la heterocromatina las lisinas 9 y
27 de la histona H3 suelen estar metiladas (abreviadas como H3K9Me2 y H3K27Me2). Por otra
parte, la acetilación de las lisinas de la H3 suele ser mayor en la eucromatina que en la
heterocromatina, como se indica en la siguiente figura.

Modificaciones químicas de la
histona H3 típicas de la
heterocromatina (H3K9Me3 y
H3K27Me3) y de la eucromatina
(acetilación de lisinas) (Figura 8.28.
Harvey Lodish et al. Molecular Cell Biology,
8th Ed. 2016. W. H. Freeman and
Company).

Las modificaciones químicas son realizadas por proteínas que en general se denominan
writers y son interpretadas por otras proteínas que las reconocen uniéndose a ellas
específicamente, son los denominados readers. Además, otras proteínas, erasers o borradores,
eliminan las modificaciones los movers, que remodelan la cromatina

Proteínas implicadas en el código

de histonas (Owen A. O'Connor et al.
Clin Cancer Res 2014. 20: 5240-5254).

Entre los readers se encuentran proteínas, como el co-represor HP1, que leen el código de
histonas gracias a que contienen el denominado cromodominio, una región de las proteínas que
se une a las colas de histonas cuando están metiladas en ciertas lisinas, produciendo la
condensación de la cromatina como veremos posteriormente. Otros readers contienen
bromodominios que se unen a histonas metiladas.
Tanto los co-activadores como los co-represores son complejos de proteínas que se unen a
otras proteínas que previamente se han unido directamente al ADN. Los activadores se unen
directamente al ADN y recultan al co-activador e igualmente los represores se unen directamente
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al ADN y reclutan al co-represor. Hay dos tipos de co-activadores y co-represores: complejos

modificadores de la cromatina y complejos remodeladores de la cromatina.
Los complejos modificadores de la cromatina son un tipo de writers y están formados por un
conjunto de proteínas que modifican químicamente las histonas (produciendo acetilaciones y
metilaciones entre otras). Entre los complejos modificadores de la cromatina que funcionan
como co-activadores tenemos los complejos de la histona acetiltransferasa (HAT), que
estudiaremos seguidamente y que están formados por esta enzima junto con un conjunto de
distintas subunidades. Otros complejos modificadores añaden grupos químicos a las lisinas de las
histonas, tales como metilo, fosfato, ubiquitina, etc., que son reconocidos por diferentes
proteínas cuya función es modificar la estructura de la cromatina (complejos remodeladores de la
cromatina). Los complejos de la histona deacetilasa (HDAC) serían un ejemplo de eraser. Los
denominados complejos remodeladores de la cromatina o movers, ambién están formados por
un conjunto de proteínas capaces de desempaquetar mediante distintos mecanismos el ADN
alrededor de los nucleosomas, empleando como fuente de energía la hidrólisis del ATP.
Complejos modificadores de la cromatina. Como se ha comentado anteriormente, los
complejos modificadores de la cromatina actúan como co-represores o como co-activadores.
Recordemos que el ADN nuclear está unido a histonas, formando la cromatina. Las regiones del
genoma donde se localizan los genes para poder ser transcritas han de descompactarse
convirtiéndose en eucromatina, ya que de lo contrario la maquinaria enzimática encargada del
proceso no puede acceder al ADN. Por lo tanto, el control de la estructura de la cromatina,
concretamente de su grado de compactación, permite a su vez controlar la expresión génica.
Hemos estudiado cómo los activadores y represores regulan la transcripción interaccionando con
factores de transcripción. Sin embargo, la descondensación de la cromatina no es suficiente para
que el ADN sea accesible a la maquinaria de transcripción. El mayor obstáculo a la transcripción lo
constituye la estrecha unión del ADN a las histonas. Este efecto inhibitorio es eliminado mediante
la acetilación de las histonas. La acetilación reduce la carga positiva de las lisinas localizadas en
las colas del extremo N-terminal de las histonas, debilitando su unión al ADN, y facilitando la
unión de factores de transcripción a las secuencias reguladoras que están en contacto con el ADN
nucleosomal. El proceso de acetilación en residuos de lisina (K) es controlado por proteínas con
actividad HAT (co-activadores, writers), mientras que la eliminación de la acetilación es efectuada
por proteínas con actividad HDAC (co-represores, erasers). Los complejos con actividad HAT son
incorporados a la cromatina para iniciar su acción por activadores que previamente se han unido
a los nucleosomas de las regiones potenciadoras o de otro tipo de secuencias reguladoras
situadas en la proximidad del origen de la transcripción. Una vez reclutados hasta este lugar
inician la acetilación de las histonas, transformando a la cromatina en su forma descompactada o
eucromatina, lo que permite el acceso de otros factores de transcripción a las regiones
reguladoras, hasta incorporar a la RNA pol II, con lo que podría comenzar la transcripción.
Además del efecto directo sobre la interacción de las histonas con el ADN, las histonas acetiladas
son reconocidas por proteínas (readers) a través del bromodominio, entre ellas se encentra el
TFIID, por lo tanto, la acetilación de las histonas también favorece la unión de los factores basales
de la transcripción y con ello la unión de la RNA pol II. Por otra parte, muchas HAT también tienen
bromodominios por lo que se unen a las regiones de histonas acetiladas, propagando la
acetilación en el ADN. El complejo de la histona deacetilasa (eraser) es incorporado a los lugares
de la cromatina donde ha de actuar por interacción con proteínas represoras previamente unidas
al ADN. Como resultado de la desacetilación de las histonas se recupera la carga positiva de las
colas de las histonas, por lo que se unen a las cargas negativas de los grupos fosfato de la
superficie del ADN, dificultando la unión de factores de transcripción a las secuencias reguladoras

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que se encuentran en esa zona con la consiguiente inhibición de la transcripción en esa región del
genoma. Los represores que reclutan a la HDAC se unen a citosinas metiladas, por lo que la
metilación de citosinas es el primer paso para inactivación de la transcripción por las HDAC, como
veremos seguidamente.

La parte izquierda de la figura muestra el proceso de acetilación y desacetilación de las histonas, así como la acción de las
enzimas HAT y HDAC, que es dependiente de la interacción con activadores o represores de la transcripción. La parte
derecha del esquema muestra la incorporación de la HAT a la cromatina por interacción con activadores unidos a una región
potenciadora. La acetilación de las histonas descondensa la cromatina y permite la incorporación del resto de los factores de
transcripción y finalmente de la RAN pol II. (La desacetilacion de histonas por la enzima histona desacetilasa reclutada por un
corepresor favorece la condensación del ADN inactivando la expresión génica (Fig. 9.18. Cooper y Hausman. La Célula. 8ª
Edición. 2021. Editorial Marbán.)
).
Los residuos de citosina se pueden modificar mediante la adición de grupos metilo por
enzimas con actividad ADN metiltransferasa. Algunas proteínas represoras (también son readers)
reconocen las citosinas metiladas a través de los denominados dominios de unión a citosinas
metiladas o MBD (Methyl-CpG Binding Domain). Las ADN metiltransferasas también contienen
este tipo de dominios, lo que facilita que se unan más moléculas de esta enzima a las regiones de
ADN metilado, contribuyendo a la propagación de la metilación en el ADN. Las proteínas con
actividad HDAC (recordemos que son co-represoras) son reclutadas por proteínas represoras que
poseen MDBs, que por tanto se han unido a regiones de citosinas metiladas. Muchos genes
transcripcionalmente inactivos contienen residuos de 5-metilcitosina, formando parte de las
secuencias 5-metil-CpG (la “p” indica el fosfato del enlace fosfodiéster entre citosina y guanina),
en las proximidades de sus promotores. La mayor parte de los genes cuya expresión es específica
de tejido se encuentran metilados, excepto en los tejidos en los que se expresan. Sin embargo,
los genes constitutivos que se expresan en todos o casi todos los tejidos contienen regiones ricas
en CG (islas CG) en la región promotora que no están metiladas. Los patrones de metilación se
heredan de generación en generación celular durante la meiosis ya que las ADN metiltransferasas
metilan las hebras de ADN de nueva síntesis después de la replicación, conservando el patrón de
metilación de las hebras progenitoras. Sin embargo, en las células germinales se eliminan los
patrones de metilación somáticos y los gametos adquieren el patrón de metilación propio de
cada sexo, este fenómeno se denomina impronta (génica o genómica), que controla la expresión
de determinados genes, implicados en el desarrollo embrionario de mamíferos, con expresión
monoalélica, es decir expresan solamente el alelo materno o paterno. El alelo sometido a
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 Módulo 2, unidad 3: Regulación de la transcripción.

impronta (metilado) no se expresa. Existen unos pocos genes con impronta, cuya expresión
depende de si se han heredado de la madre o del padre, implicados en el control del desarrollo
embrionario. Estos genes suelen localizarse agrupados en varios cromosomas, entre ellos el
cromosoma 15. La metilación del ADN permite distinguir entre los alelos materno y paterno de
los genes marcados por la impronta. Se piensa que el proceso de metilación de ADN podría haber
aparecido evolutivamente como un mecanismo de defensa frente a los elementos génicos
móviles que parasitan el genoma. Las alteraciones en el patrón de metilación en el cigoto
originan trastornos del desarrollo embrionario como la mola hidatidiforme o el teratoma
ovárico. Cuando un embrión contiene todo el material genético procedente del padre no hay
desarrollo de tejido embrionario, se produce una hipertrofia de tejido placentario que da lugar a
unas vesículas parecidas a racimos de uvas o mola hidatidiforme. Las molas hidatidiformes suelen
ser el resultado de la fecundación de un óvulo carente de núcleo. El cigoto duplica el núcleo del
espermatozoide para compensar la carencia del pronúcleo femenino. Si por el contrario todo el
material genético del embrión procede de la madre se forman tejidos embrionarios
desordenados sin prácticamente desarrollo placentario, son los denominados teratomas ováricos.
Otro represor importante es la proteína 1 de la heterocromatina (HP1, heterochromatin
protein 1). Posee un cromodominio se une a la cola N-terminal de la H3 cuando está di- o
trimetilada en la lisina 9 (de forma abreviada, H3K9me2/3, donde la H se refiere a histona, K es el
símbolo de una sola letra de la lisina y me2/3 indica dimetilación o trimetilación). Las histonas son
metiladas por acción de histonas metiltransferasas. La proteína HP1 contiene un segundo
dominio llamado cromoshadow (literalmente significa cromosombra), capaz de unirse a otros
dominios similares a él presentes en otras moléculas de HP1. Como consecuencia de ello la
cromatina que contiene histonas H3·di o trimetiladas (H3K9me2/3) se condensa por acción de
HP1. El dominio cromosombra de HP1 también se une a la enzima que metila la lisina 9 de la
histona H3 (H3K9), denominada por tanto H3K9 histona metil transferasa, de manera abreviada
H3K9 HMT y que actúa como un co-represor. El resultado de este proceso es la metilación de la
lisina 9 de los nucleosomas adyacentes a una región de heterocromatina a la que se ha unido
HP1, creando nuevos sitios de unión para HP1, provocando la propagación de la condensación a
lo largo del cromosoma hasta que se encuentra con un elemento regulador, como un aislador,
que detiene la condensación. La siguiente figura ilustra todo este mecanismo de formación de
heterocromatina.
Modelo para la formación de
heterocromatina por la unión de HP1 a la
histona H3 trimetilada en lisina 9. (a) La
proteína HP1 contribuye a la condensación de
la heterocromatina uniéndose a las N-
terminales colas trimetiladas en lisina 9 de la
histona H3, y asociándose posteriormente con
otras moléculas HP1 unidas a histonas. (b) La
condensación de la heterocromatina se
extiende a lo largo del cromosoma porque
HP1 se une a la histona metiltransferasa
(HMT) que metila la lisina 9 de la histona H3,
creando nuevos sitios de unión para HP1 en
nucleosomas vecinos. El proceso de
propagación continúa hasta que un llega a un
elemento regulador como por ejemplo un
aislador (Figura 8.29. Harvey Lodish et al.
Molecular Cell Biology, 8th Ed. 2016. W. H.
Freeman and Company).

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 Módulo 2, unidad 3: Regulación de la transcripción.

Complejos remodeladores de la cromatina.

Estos complejos de proteínas, como se comentó anteriormente, utilizan la energía obtenida

en la hidrólisis del ATP para cambiar los contactos entre las histonas y el ADN, facilitando u
obstruyendo la unión de los factores de transcripción a las secuencias reguladoras del ADN.
Además de en la transcripción actúan en la replicación y en la reparación del ADN. Los complejos
remodeladores de la cromatina no se unen por sí solos al ADN, son reclutados por otros factores
de transcripción para ejercer su acción, activando o reprimiendo la transcripción. Entre estas
proteínas se encuentra la familia SWI/SNF, presente en múltiples organismos, y uno de cuyos
componentes humanos es BRG1 (Brahma-related gene-1), de importancia clínica ya que es el
remodelador de la cromatina que con más frecuencia se encuentra mutado en cáncer. Como
también se ha comentado anteriormente, estos complejos reconocen las modificaciones
químicas de las histonas, producidas por los complejos modificadores de la cromatina, por tanto,
actúan coordinadamente con ellos. Estos complejos pueden exponer regiones reguladoras del
ADN mediar al menos 4 tipos diferentes de cambios en los nucleosomas:

1. Deslizamiento de nucleosomas: la posición del nucleosoma cambia a lo largo del ADN.

2. Eliminación de nucleosomas.
3. Separación entre el ADN y el nucleosoma.
4. Remodelación de los nucleosomas: se cambia el tipo de histonas y con ello la estructura del
nucleosoma, el ADN es más accesible, aunque los nucleosomas permanecen unidos al ADN
sin cambiar de posición. Supone por ejemplo la eliminación de algunas histonas, dando lugar
a dímeros o hexámeros en lugar de octámeros.

El orden en el que son reclutados los distintos factores que regulan la transcripción es
variable y depende de cada gen en concreto. Los complejos remodeladores de la cromatina
trabajan junto con co-activadores como la HAT.

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 Módulo 2, unidad 3: Regulación de la transcripción.

Tipos de remodelación de la cromatina. Los remodeladores (verde) pueden inhibir la transcripción facilitando el
ensamblaje de la cromatina por desplazamiento de octameros de histonas ya unidos al ADN, generando espacio para
la adición de nuevos nucleosomas (a). Alternativamente estos complejos también pueden activar la transcripción
actuando sobre un conjunto de nucleosomas dando lugar a dos resultados: (b) exposición de una secuencia
reguladora (rojo) reconocida por una proteína de unión a ADN (DBP, DNA Binding Protein) o (c) a la alteración de la
composición de los nucleosomas. En el primer caso (b), la secuencia reguladora está inicialmente oculta por el
octámero de histonas, y se hace accesible a los factores de transcripción por deslizamiento de los nucleosomas
(reposicionamiento) o eliminación (eyección) de los nucleosomas de esa región. La separación del ADN del
nucleosoma (unwrapping), también produce el mismo efecto. (c) La modificación de la composición de un
nucleosoma se puede producir por modifica por sustitución o eyección de un dímero de histonas. (Cedric R. Clapier
and Bradley R. Cairns. The Biology of Chromatin Remodeling Complexes. Annu. Rev. Biochem. 2009. 78:273–304).

Papel de las modificaciones epigenéticas en la organización de la cromatina en el núcleo

interfásico.
Las modificaciones epigenéticas participan en la organización de la estructura de la
cromatina en el núcleo interfásico en los denominados territorios cromosómicos donde podemos
distinguir dos compartimentos de cromatina, denominados A y B. Los compartimentos A son
activos y están asociados con las marcas de las histonas típicas de eucromatina (H3K27me3,
H3K46me1 y H3Ac) y sus enzimas catalizadoras, tales como la HDAC. Los compartimentos B se
encuentran cerca de la lámina nuclear y contienen las marcas de histonas típicas de
heterocromatina (H3K27me3) y sus enzimas asociadas. Los compartimentos se organizan además
en los denominados dominios funcionales activos dentro de los que se regulan individualmente los
genes localizados en ellos. Estos dominios están limitados por aisladores y. La siguiente figura
ilustra estas ideas.

Organización de la
cromatina en el núcleo
interfásico.
(Fig. 2.1 Sepehri et al. DNA
methylation and chromatin
modifications. Nutritional
Epigenomics. Edited by
Bradley S. Ferguson. 2019
Elsevier.)

2.3. Control Post-Transcripcional: PROCESAMIENTO ALTERNATIVO, CONTROL DE LA

DEGRADACIÓN DE ARNm Y CORRECIÓN DE ARN.

La regulación de la expresión génica puede ser también controlada a través de la actividad

de la maquinaria de procesado del ARNm (espliceosomas). Así, es posible obtener diferentes
ARNm (diferentes proteínas, más exactamente diferentes variantes de la proteína) a partir del
mismo gen mediante la utilización de diferentes combinaciones de los sitios de splicing presentes
en dicho gen. Este proceso, denominado procesamiento diferencial o splicing alternativo, es
frecuente en eucariotas superiores y proporciona un mecanismo importante para regular la
expresión de un gen en diferentes tejidos, o bien a lo largo del desarrollo. Cuando solamente
existen lugares de procesamiento alternativo en una molécula de ARNm inmaduro, los distintos
15
 Módulo 2, unidad 3: Regulación de la transcripción.

transcritos maduros que se pueden originar a partir de él difieren en la combinación de exones

internos, pero comparten los exones 5′ y 3′ pero diferentes exones internos. Algunos genes
poseen más de una secuencia de poliadenilación (señales de poliadenilación alternativa), que
puede formar parte del último exón o exón 3’. Estos genes producen moléculas de RNAm
maduros en distintos tejidos que se diferencian en el último exón. También existen genes con
promotores alternativos, que se utilizan en diferentes tipos de células. Cada uno de estos
promotores está asociado con un primer exón diferente, de forma que los distintos tipos de
RNAm que puede originar se diferencian en el exón 5’. En el gen de la distrofina encontramos un
ejemplo de promotores alternativos. Este gen es importante porque su pérdida de función
produce una enfermedad grave, distrofia muscular de Duchenne. La siguiente figura ilustra estos
tipos de procesamiento alternativo del RNAm.

Mecanismos implicados en el
procesamiento alternativo del
ARNm. En la parte superior se
muestra la presencia o no en el
ARNm de un exón interno, en este
caso el número 3. En la figura
central se muestra un gen con dos
señales de poliadenilación
alternativa, que puede originar dos
RNAm que se diferencian en el
último exón. El esquema inferior
muestra un gen con promotores
alternativos que da lugar a
moléculas de RNAm que se
diferencian en el primer exón.
(Figura 8.3. Harvey Lodish et al. Molecular
Cell Biology, 8th Ed. 2016. W. H. Freeman
and Company).

Un ejemplo de procesamiento alternativo lo encontramos en el gen de la calcitonina,

formado por 5 exones. Los 5 exones están presentes en el RNAm inmaduro en los dos órganos en
los que se expresa, tiroides e hipotálamo, sin embargo, durante el proceso de maduración en el
tiroides se elimina el exón 5 y en el hipotálamo se elimina el exón 4, uniéndose el exón 3 con el 5.
De esta manera el mismo gen origina dos isoformas distintas de la proteína según el tejido en el

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 Módulo 2, unidad 3: Regulación de la transcripción.

que se expresa, en el tiroides, la calcitonina, encargada del control de la homeostasis del Ca2+, y
en el hipotálamo, el péptido relacionado con la calcitonina que actúa como una molécula trófica
o neuromoduladora. Además, este gen tiene dos sitios de poliadenilación, uno en el exón 4 y otro
en el exón 5, que actúan de manera alternativa dependiendo del exón que aparezca en el ARNm
maduro. Este fenómeno se conoce como poliadenilación alternativa y está presente en muchos
genes.

Procesamiento diferencial
del RNAm del gen de la
calcitonina en tiroides e
hipotálamo. I1, I2, I3 e I4:
intrones 1 a 4. pA1 y pA2:
señales de poliadenilación.
(Figure 8.15. Strachan and Read.
Human Molecular Genetics.
2010. Garland Science).

CONTROL DE LA DEGRADACIÓN DEL ARNm. La concentración de un determinado ARNm dentro

de la célula depende no sólo de su tasa de producción, sino también de su estabilidad. La
velocidad de degradación del ARNm puede ser regulada. Esta degradación del ARNm, en la
mayoría de las células eucariotas, se inicia en el extremo de la cola poli (A), por lo tanto, las colas
de poli (A) juegan un papel muy importante en el control de la estabilidad de los ARNm, ya que
sin ellas se degradan rápidamente por acción de exonucleasas con actividad 3’→5’ (exosoma),
como se comentó anteriormente. La vida media de los ARNm varía desde los 30 minutos hasta 20
horas. Los ARNm inestables, que codifican normalmente proteínas reguladoras, frecuentemente
contienen secuencias específicas cerca del extremo 3’ que actúan como señales para una rápida
degradación.

En otros casos, la estabilidad del ARNm depende de señales extracelulares. Por ejemplo, la
cantidad de receptor de transferrina (proteína de membrana implicada en la captación del hierro)
presente en la membrana plasmática depende de la cantidad de hierro disponible. El RNAm de
esta proteína posee en su extremo 3’ no codificante (3’UTR) una secuencia denominada
elemento de respuesta a hierro o IRE (del inglés, Iron Response Element) que forma una horquilla.
Esta secuencia es reconocida por una proteína denominada proteína de unión al elemento de
respuesta a hierro o IRE-BP (IRE-Binding Protein). En presencia de cantidades adecuadas de
hierro, el ARNm de este receptor es rápidamente degradado por acción de una nucleasa cerca del
extremo 3’. Sin embargo, si la cantidad de hierro disponible es baja, se produce la unión de la IRE-
BP al IRE, evitando su degradación por la nucleasa, e incrementado la síntesis del receptor, lo que
a su vez aumenta la cantidad de hierro incorporada a la célula, como se muestra en la figura.

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 Módulo 2, unidad 3: Regulación de la transcripción.

(Cooper. The Cell a molecular approach. 2nd Edition. 2000)

CORRECCIÓN DEL ARN. Es un proceso mediado por enzimas por el cual se insertan, eliminan o
cambian nucleótidos del ARN. Este fenómeno ha sido observado en mitocondrias de protozoos,
pero cada vez hay más datos que indican que también acontece en células humanas, estando
implicado en el desarrollo de algunas enfermedades. Entre los ARNs humanos que sufren este
proceso está el de la apolipoproteína B que sufre un cambio de C por U cuando es expresado en
el intestino, dando lugar a un codón de terminación prematuro y por tanto a una isoforma de la
proteína de menor tamaño que en el hígado.

BIBLIOGRAFÍA

-Cooper, G. y Hausmann, R.E. La célula. Capítulo 7 (Síntesis y maduración del ARN). 2010. Marban
libros.

-Strachan y Read. Genética Humana. Capítulo 6 (Análisis del DNA y estructura, variación y
expresión génicas). Capítulo 9 (Expresión génica humana). 2005. McGraw-Hill Interamericana.

-Harvey Lodish et al. Chapter 8. Genes, genomics and chromosomes. Molecular Cell Biology, 8th
Ed. 2016. W. H. Freeman and Company.

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