Análisis coalescente

Las secuencias de DNA

• retienen información de la historia evolutiva de la
especie, del tamaño poblacional, de la fragmentación,
de la selección natural
• permiten explorar los procesos evolutivos y
demográficos del pasado
• Basado en la teoría neutral si uno vuelve hacia atrás
en el tiempo los alelos coalescen hacia una simple
secuencia original
• Se grafican como árboles de genes. Refleja la historia
evolutiva de los alelos
Arbol de genes y coalescente
• Bajo la teoría neutral dos alelos
pueden descender del mismo alelo
ancestral en la generación previa con
una probabilidad de coalescencia de
1/2Ne (o 1/Ne para DNA mit)
• Es equivalente a la pérdida de
diversidad genética
Tiempo a la coalescencia Tk = 4Ne/ k(k-1)

Ne = 50
T3 = 33 generaciones
Los tiempos medios se alargan a medida que el
número de linajes se reduce mediante sucesivos Ne = 100
coalescentes. T3 = 67 generaciones
Patrones de coalescencia

(MHC)
 Filogeografía

• Se basa en el coalescente
• DNA mitocondrial
• Tasa de evolución rápida
• Sin recombinación

• Relaciones filogenéticas entre poblaciones

geográficamente separadas
 Coalescente

• Estimar tamaño de población efectivo

• Inferir cambios en el tamaño de la población.
Historia demográfica (N constante, expansión, cuellos
de botella). Análisis mismatch:
Curva: Multimodal: poblaciones equilibrio demográfico
Unimodal: poblaciones en expansión demográfica
• Inferir selección y determinar su forma. Tests de
neutralidad. Tajima y Fu & Li
• Flujo génico hembra
• Migración
• Estimar tiempos de divergencia entre poblaciones
Patrones
filogeográficos
(Avise, 1994)
 Filogeografía en poblaciones de koala
• Divergencia de secuencias de DNA mitocondrial
• Cuello de botella y aislamiento por distancia
Red de haplotipos mitocondriales en búfalos e impalas
(flujo génico hembras). Red de haplotipos

• Distribución al azar
• Distribución agrupada
• Flujo génico sur-norte
• Restricción flujo génico
que refleja aislamiento
Venado de
las pampas
Expansión y aislamiento
Venado de las Pampas