PRÁCTICA No.

BÚSQUEDA DE INHIBIDORES DE LA PROTEASA PRINCIPAL DEL SARS-COV-2

1. Preparación de la práctica

En esta práctica vamos a descargar la estructura de la proteasa principal del SARS-COV-2 y

prepararla para hacer el docking. Como ligandos se van a usar Lopinavir, Ritonavir, Tipranavir, y
Raltegravir que fueron los fármacos que presentaron mejor afinidad en un estudio in silico1.
Además se va a realizar re-docking con el ligando originalmente cristalizado con la proteasa de
acuerdo a lo reportado en el artículo.

2. Proteasa principal del SARS-COV-2 (Blanco)

Descargue del Protein Data Bank la proteasa principal del SARS-COV-2 que usaron en el artículo de
referencia para realizar los estudios de acoplamiento molecular (docking) y dinámica molecular.

Código PDB: 6Y2F

Prepare la proteína para correr el docking en Vina.

3. Inhibidores de proteasas (Ligandos)

En la siguiente tabla inserte la estructura de los anestésicos a estudiar

Nombre Estructura

Lopinavir

1
Kumar, Y.; Singh, H.; Patel, C.N. In silico prediction of potential inhibitors for the main protease of
SARS-CoV-2 using molecular docking and dynamics simulation based drug-repurposing. J. Infect. Public
Health 2020, 13, 1210–1223.
Ritonavir

Tipranavir

Raltegravir

Alpha keto amide

13b

Optimice la geometría de cada compuesto usando Avogadro y prepáralos como ligandos para
correr el docking en Vina.
4. Docking o acoplamiento molecular

Correr el docking para cada uno de los ligandos, hacer el ranking en orden de afinidad para los
cuatro ligandos y compararlos con los resultados que reporta el artículo.

Experimental Estudio

Ritonavir -9.9 −10.6 kcal/mol

lopinavir -10.0

Tipranavir -7.3 −8.7 kcal/mol

Raltegravir -8.7 −8.3 kcal/mol

Alpha keto amide 13b -8.1 -

5. Re-docking

Obtener la estructura del ligando co-cristalizado alpha-keto mide 13b, prepararlo como ligando y
correr el docking en las mismas condiciones del punto anterior.

Ligando Afinidad (kcal/mol)

alpha-keto mide 13b -8.1

6. Análisis de las interacciones usando el Discovery Studio

Con los resultados de la primera pose del docking de cada ligando, prepare el archivo para hacer el
análisis de las interacciones usando el Discovery Studio.

Una vez realizado el análisis, adjunte una captura de pantalla para cada uno de los ligandos y haga
una lista de las interacciones observadas para cada uno.

Ligando Resultados

El lopinavir tiene, enlaces pi alkyl con

Lopinavir MET 165, HIS 41, además de contar con 7
enlaces de tipo van der waals. cuenta
con un enlace pi pi T shaped con LEU
167, tiene dos puentes de hidrógeno uno
en GlU 166 que se une a un nitrógeno en
una cadena del ligando, el otro puente
con THR 25 es con un nitrógeno del
ligando en un anillo que también
contiene un carbonilo, además cuenta
con 7 enlaces tipo van der waals.

El raltegravir tiene tres enlaces de

puente de hidrógeno dos de ellos unidos
a carbonilos del ligando GLN 192 Y ARG
188, otro enlace de puente de hidrógeno
es con un oxígeno de un anillo de cinco
miembros de la estructura HIS 41, tiene
un enlace pi sulfur con CYS 145, 10
enlaces de van der waals, un enlace alkyl
con LEU 27 y pi alkyl con MET 165.

Raltegravir
 El ritonavir cuenta con un enlace de
puente de hidrógeno con un carbonilo de
la estructura y la GLY 148 también tiene
un enlace pi catión, tiene 12 enlaces de
tipo van der waals, don enlaces pi alkyl
MET 165, MET 49

Ritonavir

El tipranavir cuenta con tres enlaces de

hidrógeno con GLY 148, GLU 166, HIS
168, los enlaces HIS 41, MET 49, enlace
pi sigma ASN 142, pi alkyl CYS 14,
Además de tener 9 enlaces de tipo van
der waals, tiene un enlace catiónico con
met 165

Tipranavir
 la alpha keto amide 13b tiene puentes de
hidrógeno con GLN 189, GLU 166, HIS 41,
GLY 143, además cuenta con enlaces pi
alkyl y alkyl y 10 enlaces tipo van der
waals.

7. Análisis visual de las interacciones usando el UCSF-Chimera

Tipranavir

El enlace de puente de hidrógeno con GLU 166

tiene una distancia de 2.265 Ä por lo que
precisamente se trata de un puente de
hidrógeno, la GLU 143 formará un enlace de
más de 3.5 Ä por lo que no se trataría de un
puente de hidrógeno.

Raltegravir

el raltegravir se encontró que los puentes de

hidrógeno en el aminoácido ARG 188 tiene una
distancia de 7,790 Ä que es mayor a la que
debería tener un puente de hidrógeno, los
otros dos enlaces con GLY 192 Y HIS 41 tienen
una distancia menor de 3.5 Ä.
 lopinavir

El ángulo del enlace pi pi t shaped de ángulo

es 15.5 por lo que no se considera un enlace
de este tipo, GLU 166 tiene una distancia de
6.86 Ä por lo que no se considera un enlace de
puente de hidrógeno y El enlace THR 25 si
cuenta con una distancia menor de 3.5 Ä

Ritonavir

La distancia entre los enlaces pi catión

presentes es menor de 6.6 Ä, el enlace de
puente de hidrógeno con GLU 143 tiene una
distancia menor de 3.5 Ä

8. Análisis de resultados y conclusiones

Los ligandos con más actividad encontrada en el experimento es el lopinavir con -9.9 kcal/mol y
ritonavir con -10.0 en el articulo utilizan estos dos ligandos combinando con un resultado de -10.6
kcal/mol , en cuanto a los siguientes ligando en orden de afinidad en el artículo se enlista el
tipranavir con -8.7 , el experimento de docking realizado encontró este con -7.3 kcal/mol, el re
docking realizado al igual que en el articulo encuentra interacciones importantes en los residuos
His164, Glu166, Gly143, His163, Cys145, His41 y Phe140, el lopinavir en el experimento se
encuentra que tiene 2 enlaces de puente de hidrógeno en la glu 166 al igual que en el ligando co
cristalizado sin embargo el puente de hidrógeno con este residuo resultó demasiado largo como
para considerarse puente de hidrógeno, el enlace pi pi t shaped tenía un ángulo menor de 90
grados por lo tanto no se podría considerar el enlace y también es común en los otros fármacos
este residuo tanto para formar enlaces de hidrógeno como otro tipo de enlaces como el pi pi t
shaped, el tipranavir a pesar de mostrar tres puentes de hidrógeno no se encontró una afinidad
alta, aunque el enlace Glu 143 fue demasiado largo como para considerarse puente de hidrógeno.
Estos aminoácidos mencionados en el artículo se informa que estos interactúan con la enzima
mpro, y que la interacción de lopinavir-ritonavir es en los residuos Gln 189, Leu 167, Met 165, Asp
187, Met 49, His 41, Cys 145 y Leu 141, el lopinavir por sí solo como se encontró
experimentalmente tiene formación de enlaces de diferente tipo con estos residuos de
aminoácidos, el artículo igualmente menciona que el mejor ligando es la combinacion de farmacos
ritonavir lopinavir mostraron una afinidad en silico aún mayor que el ligando co cristalizado.

El mejor ligando experimental es el lopinavir tiene una afinidad mayor que los demás ligandos,
además de formar enlaces de puente de hidrógeno, también cuenta con un enlace pi pi t shaped
que son los que le aportan la capacidad de formar una unión estable con el receptor.

Referencias

[1] Kumar Y, Singh H, Patel C. In silico prediction of potential inhibitors for the main protease of
SARS-CoV-2 using molecular docking and dynamics simulation based drug-repurposing. Journal
Of Infection And Public Health 2020;13:1210-1223.