Está en la página 1de 12

Estructura de Macromolculas. Dpto. de Qumica Fsica. Facultad de Ciencias. Universidad de Granada.

4.- INTERACCIONES POR ENLACES O PUENTES DE HIDRGENO.


4.1 Introduccin.
El enlace de hidrgeno fue reconocido como tal por primera vez por Latimer y
Rodebush en 1920. La estructura y propiedades de los biopolmeros as como la del
agua, el disolvente biolgico universal, estn determinadas por este tipo de interaccin.
En general el enlace de hidrgeno es una atraccin inter e intramolecular en la
que participa siempre el H. Un enlace entre un hidrgeno y un tomo electronegativo
como el F, O o N es muy polar, por lo que el hidrgeno es casi un ncleo desnudo, es
decir la densidad electrnica alrededor del ncleo de hidrgeno ser muy pequea; si
adems tenemos en cuenta su reducido tamao la molcula podr acercarse mucho al
tomo electronegativo de una molcula vecina con carga parcial negativa o pares
electrnicos sin compartir (usualmente tomos de F, O o N), por ello, de entre todas las
interacciones electrostticas que no involucran la formacin de iones, aquellas en las
que participa el hidrgeno son las ms fuertes.
Un ejemplo clsico es el enlace de hidrgeno entre molculas de agua que se
ilustra en la siguiente figura:

Figura e.h.1 Izquierda: densidad de carga en la molcula de agua, polarizacin de


los enlaces O-H. Derecha: Enlace de hidrgeno entre dos molculas de agua.
Principales caractersticas de los enlaces de Hidrgeno:
1.- La energa de los enlaces de hidrgeno cae en el intervalo de 4 kJ/mol a 25 kJ/mol,
es decir, son ms dbiles que los enlaces covalentes, pero son mayores que las
interacciones dipolo-dipolo o las fuerzas de dispersin.
2.- En l interviene siempre el H, producindose la interaccin entre un grupo
donador D y uno aceptor A; este ltimo con un par de electrones libres y ambos deben
ser electronegativos:
DH + :A
- +
-

DH
- +

A
-

Representamos el enlace de H por una lnea discontinua para distinguirlo del


enlace covalente.

37

Estructura de Macromolculas. Dpto. de Qumica Fsica. Facultad de Ciencias. Universidad de Granada.

3.- El enlace de hidrgeno tiende a ser lineal, es decir aceptor, hidrgeno y donador
alineados, en cuyo caso la interaccin alcanza la mxima estabilidad.
= 180
D

A
H

El valor del ngulo puede adoptar valores menores de 180, pero conforme el ngulo
disminuye la fuerza de la interaccin tambin disminuye; se estima que una desviacin
de 20 produce una disminucin de la energa del enlace del 10%. Para valores del
ngulo de 90 o menores no hay enlace de hidrgeno.
4.- Los puentes de hidrgeno poseen una longitud de enlace caracterstica, entre 25
y 4 que depende de la geometra y de la distribucin electrnica de lo grupos
moleculares implicados, ver tabla e.h.1. En todos los casos las longitudes de los enlaces
de hidrgeno son superiores a las longitudes caractersticas de los enlaces covalentes y
mas pequeas que las que podemos calcular con los radios de van der Waals.
5.- Los puentes de hidrgeno son predominantemente interacciones electrostticas que
generan un gran carcter dipolar, sin que necesariamente se llegue al estado inico.
Como dijimos anteriormente D y A deben ser electronegativos , as el enlace covalente
D-H debe estar polarizado y polarizado estarn los orbitales no enlazantes del aceptor.
Es decir, el enlace de hidrgeno es bsicamente una interaccin dipolar; no obstante
tiene un cierto carcter covalente pues como hemos visto las longitudes de enlace son
menores que las distancia de van der Waals.
6.- Los enlaces de hidrgenos pueden se inter e intramoleculares. As la formacin de
un puente de hidrgeno entre las molculas de agua y la cadena polipeptidica de una
protena, entre dos cadenas diferentes (subunidades) de una protena, entre un cido
nucleico y una protena, etc. , son ejemplos de puentes de hidrgeno intermoleculares.
La formacin de puentes de hidrgeno en los elementos de estructura secundaria en
protenas, enlaces terciarios en ARNs, etc., son ejemplos de enlaces de hidrgeno
intracatenarios. Adems existen enlaces bifurcados y aceptores compartidos:
R

R
N

R
R
O

R
R

R
R
N

Aceptor compartido

Enlace de Hidrgeno bifurcado

38

Estructura de Macromolculas. Dpto. de Qumica Fsica. Facultad de Ciencias. Universidad de Granada.

El agua juega un papel muy importante como disolvente en los sistemas


biolgicos y presenta un amplio conjunto de propiedades fsicas anmalas. Muchas de
estas propiedades se explican en trminos de la extraordinaria capacidad del agua para
formar puentes de hidrgeno intermoleculares.
Bien conocida es la estructura hexagonal del hielo donde los puentes de
hidrgeno son la interaccin predominante que mantiene ordenadas a las molculas
formando un cristal molecular como se representa en la figura e.h.2.

Figura e.h.2. El hielo hexagonal es la forma normal del hielo. Podemos


considerar que los cristales de hielo consisten en capas apiladas donde la
estructura bsica que forma cada capa es un hexmero en forma de silla (planos
horizontales) o forma de bote (planos verticales). Las seis molculas de agua en el
hexmero forman enlaces de hidrgeno con las dos molculas vecinas, tres de ellas
participan a su vez en enlaces de hidrgeno con la capa inmediata por debajo y
otras tres con la capa por encima.

4.2. El enlace de Hidrgeno en protenas y cidos nuclecos.


En la tabla e.h.1. se muestran los principales tipos de enlace de hidrgeno y sus
longitudes de enlace caractersticas que se dan en los biopolmeros.
Los enlaces de hidrgeno intramoleculares es una de las fuerzas no covalentes
que juegan un papel muy importante en las estructuras de las protenas, especialmente a
nivel de estructura secundaria donde aparecen siguiendo un patrn peridico bien
definido. La periodicidad de estos enlaces en los elementos de estructura secundaria
radica en la repeticin del grupo peptdico a lo largo de la cadena y el doble carcter de
aceptor y donador de este grupo; ver figura e.h.3. As en las hlices se forman
puentes de hidrgeno en los que el oxgeno del grupo carbonilito de un resto i acta de
aceptor y el nitrgeno amida del resto i + 4 acta de donador; ver figura e.h.4. donde
tambin se indica el esquema de formacin de puentes de hidrgeno para las hlices o
310. La figura e.h.5 muestra un modelo de bolas y barras de una hlice donde se
indican los puentes de hidrgeno con lneas de trazo discontinuo.

39

Estructura de Macromolculas. Dpto. de Qumica Fsica. Facultad de Ciencias. Universidad de Granada.

Tabla e.h.1 Principales tipos de enlaces de hidrgeno en biomacromolculas.


Distancia
Donor-Aceptor ()

Tipo
Hidroxilo-Hidroxilo
R

Reduccin respecto
a radios de van der
Waals.

28 01

25%

28 01

20 %

29 01

20 %

29 01

20 %

31 02

15 %

37

10 %

H
Hidroxilo-carbonilo
R

C
R

Amida-carbonilo
R

R
O

R
Amida-hidroxilo
R
N

R
O

R
H
Amida-N imidazolico
R
N

R
Amida-sulfuro
R
N
R

NH

R
S
H

El otro elemento de estructura secundaria donde los enlaces de hidrgeno aparecen con
una distribucin repetitiva o peridica es la lminas , paralela o antiparalela. Como
podemos apreciar en la lmina paralela de la figura e.h.6. los puentes de hidrgeno,
aunque no son la nica fuerza en juego, mantienen unidas las diferentes hebras de la
lmina, formndose entre el oxigeno carbonilico de una hebra, aceptor, y en nitrgeno
amdico de la hebra vecina, donador. Un esquema de formacin de enlaces de hidrgeno
anlogo se produce en las lminas antiparalelas, con los enlaces de hidrgeno ms
paralelos entre s y mas perpendiculares a la direccin de las hebras.

40

Estructura de Macromolculas. Dpto. de Qumica Fsica. Facultad de Ciencias. Universidad de Granada.

O
O

H
C

CH2
O

CH3
H

CH
O

OH

CH

C
CH

OH

NH2

NH2

Ser

Thr
O

CH2

CH

NH2

OH

CH2

C
CH2

CH2
CH2

NH2
CH2

C
OH

CH
NH2

Gln

O
N

Asp

OH

CH

Glu

H
N

CH

CH

NH2

OH

HC

H
N

CH2

CH

NH2

OH

His

H
N

CH2
CH2

CH2
CH2

C
CH

OH

NH2

Lys

Asn

O
CH
HC
H

C
O

N
H

C
CH

CH

NH2

OH

CH

Tyr

H
N

CH2
C

CH2
N

CH2
CH2

CH
HC

C
CH

OH

HC

C
CH

NH2

CH2
C

CH

CH

NH2

OH

N
H

Trp
Arg
Figura e.h.3. Grupos donores (flechas azules) y aceptores ( flechas rojas) para
enlaces de hidrgeno en el grupo peptdico y en las cadenas laterales de los
aminocidos.

41

Estructura de Macromolculas. Dpto. de Qumica Fsica. Facultad de Ciencias. Universidad de Granada.

310

CH3

CH

CH

CH

CH

CH

CH

Figura e.h.4. Esquema de conexin por puentes de hidrgeno de una cadena


polipeptdica para los tres tipos de hlice , o 310.

Figura e.h.5. Hlice y especificacin de los puentes de hidrgeno entre los grupos
amida de los grupos peptdicos, como donadores, y los carbonlicos de los grupos
peptdico como aceptores.

42

Estructura de Macromolculas. Dpto. de Qumica Fsica. Facultad de Ciencias. Universidad de Granada.

Figura e.h.6. Modelo de bolas y barras de una regin de una protena que muestra
cuatro hebras de una lmina paralela donde los enlaces de hidrgeno estn
indicados por lneas de trazo discontinuo.

Adems de los enlaces de hidrgeno asociados al grupo peptdico, tan


importantes para la formacin y estabilidad de los elementos de estructura secundaria,
un buen nmero de cadenas laterales de los aminocidos tienen capacidad de formar
enlaces de hidrgeno; en la figura e.h.3 podemos observar que 11 de los 20 aminocidos
proteicos tienen cadenas laterales con grupos donadores y aceptores. Estos aminocidos
pueden formar puentes de hidrgeno intramoleculares que contribuyan a la estabilidad
de la estructura terciaria de la protena. Pueden intervenir en la interaccin entre una
protena y un ligando, por ejemplo la formacin de enlaces de hidrgeno entre algunos
restos del sitio activo de una enzima y su sustrato o un inhibidor. Tambin pueden
intervenir en la interaccin Macromolcula-Macromolcula, formando puentes de
hidrgeno en las interfacies de unin de dmeros, trmeros, tetrmeros u otros
oligomeros de mayor nmero de subunidades.
Los enlaces de hidrgeno tambin juegan un papel importante en las estructuras
secundadioas de DNA y RNA. Las hlices de polinucleotidos tienen un mnimo de dos
cadenas unidas mediante fuerzas no covalentes entre las que destacan los enlaces de
hidrgeno que se producen entre las bases para formar pares, tripletes, incluso
cuadrupletes. En el ADN genomico de la mayora de las clulas se unen dos cadenas
mediante el apareamiento de dos bases para formar un duplex. El modelo
universalmente aceptado para este duplex, propuesto por Watson y Crick, implica la
formacin de pares de bases dG dC y dA dT, como se ilustra en la figura e.h.7; se
dice que G y C por un lado, y A y T por otro, son bases complementarias.

43

Estructura de Macromolculas. Dpto. de Qumica Fsica. Facultad de Ciencias. Universidad de Granada.

Figura e.h.7. Arriba: Interaccin por enlaces de hidrgeno de las bases Guanina y
Citosina de los nucleotidos GMP y CMP segn el modelo de Watson y Crick.
Abajo: Interaccin por enlaces de hidrgeno de las bases Adenina y Timina de los
nucleotidos AMP y TMP segn el modelo de Watson y Crick.

44

Estructura de Macromolculas. Dpto. de Qumica Fsica. Facultad de Ciencias. Universidad de Granada.

La doble hlice en el ADN existe en tres formas conocidas como A-ADN, BADN y Z-ADN; de stas la forma B es la estructura mas frecuente en ADN mientras
que en ARN la forma mas frecuente es semejante a la forma A-ADN. En la figura
e.h.8. se muestra una representacin de la forma B-ADN indicando los puentes de
hidrgeno entre las bases complementarias.

Figura e.h.8. Forma B de la doble hlice de ADN. Los enlaces de hidrgeno entre
las bases complementarias se indican con lneas de trazo discontinuas.

4.3.- Contribucin de los enlaces de hidrgeno a la estabilidad de las estructuras


plegadas de los biopolmeros.
Una macromolcula biolgica, sea una protena, en estado completamente
desplegado expone gran parte de la superficie molecular, tanto del esqueleto como de
las cadenas laterales. Aquellos grupos capaces de actuar de donador o aceptor de
enlaces de hidrgeno formaran tales enlaces con las molculas de agua, en una alta
proporcin. La razn para explicar esta aseveracin es la abundancia de las molculas
de disolvente y como consecuencia, una mayor probabilidad de choques bimoleculares.
Cuando con la participacin de todas las fuerzas no covalentes se produce el
plegamiento hacia la estructura terciaria promedio, los grupos donadores y aceptores al
ubicarse en un interior predominantemente apolar, con pocas o ninguna molcula de
agua, rompen los enlaces de hidrgeno con las molculas de agua y forman nuevos
entre ellos. Surge entonces la pregunta contribuyen favorablemente la formacin de los
puentes de hidrgeno a la estabilidad global de las estructuras secundarias y terciarias
de los biopolmeros?. Para responder a esta pregunta vamos a analizar un caso de
dimerizacin por puentes de hidrgeno de un compuesto modelo, la N-metilacetamida,
NMA.

45

Estructura de Macromolculas. Dpto. de Qumica Fsica. Facultad de Ciencias. Universidad de Granada.

La NMA se dimeriza formando dos puentes de hidrgeno tal como se representa


en la figura e.h.9. El grado de dimerizacin es funcin de la concentracin y depende de
la capacidad del disolvente para formar puentes de hidrgeno.

Figura e.h.9. Dimerizacin de la N-metilacetamida (NMA) mediante dos puentes de


hidrgeno. ( Figura tomada del texto Principles of Physical Biochemistry de K. E. van
Holde, W. C. Jonson y P. S. Ho. Ed. Prentice may.)
Habr un equilibrio qumico monmero-dmero:
M +M D
El grado de dimerizacin o fraccin de molculas en el estado dimrico ser:
=

n de molculas enforma D
2[D ]
=
[M ] + 2[D]
n molculas totales

Midiendo en tres disolventes diferentes, tetracloruro de carbono, dioxano y


agua, se obtiene una tendencia a la dimerizacin marcadamente diferente, figura e.h.10.
Observamos una asociacin ms fuerte en Cl4C, disolvente con el que la NMA
no puede formar enlaces de hidrgeno. La asociacin ms dbil corresponde al
46

Estructura de Macromolculas. Dpto. de Qumica Fsica. Facultad de Ciencias. Universidad de Granada.

disolvente agua, que acta como un fuerte competidor por el grupo donador y aceptor
del NMA. El dioxano presenta un comportamiento intermedio porque tiene dos
oxgenos con pares de electrones libre que actan como aceptores.
Midiendo la dependencia con la temperatura del grado de dimerizacin en los
tres casos, es posible obtener los parmetros termodinmicos correspondientes a la
formacin del dmero que aparecen en la tabla e.h.2.

Figura e.h.10. Grado de asociacin por dimerizacin de N-metilacetamida (NMA)


en tetracloruro de carbono, dioxano y agua.( figura tomada del texto Biophysical
Chemistry de C. R. Cantor y P. R. Schimmel, Ed. W. H. Freeman and Company)

Tabla e.h.2 Parmetros termodinmicos para la asociacin de


N-metilacetamida a 25 C

El proceso transcurre sin aumento neto del nmero de enlaces de hidrgeno,


forma que si la energa de un enlace de hidrgeno NMA-H2O es similar a
correspondiente a un enlace NMA-NMA, el cambio de entalpa de dimerizacin
agua, H, deber ser nulo. En Cl4C habr una formacin neta de 2 enlaces
hidrgeno y esto da lugar a un H = - 17 kJ.mol-1

47

de
la
en
de

Estructura de Macromolculas. Dpto. de Qumica Fsica. Facultad de Ciencias. Universidad de Granada.

El S en H2O y en Cl4C debe ser <0 porque las molculas de NMA se ordenan
al dimerizarse y del mismo orden de magnitud: -41 o 45 J.mol-1K-1.
El cambio de energa de Gibbs de dimerizacin, G= H-TS, solo presenta
un valor negativo en el Cl4C, es decir el proceso de asociacin solo ser espontneo en
este disolvente completamente apolar.
A la pregunta anterior, contribuyen favorablemente la formacin de los
puentes de hidrgeno a la estabilidad global de las estructuras secundarias y terciarias
de los biopolmeros?, podemos responder en los siguientes trminos:

a)

b)

Cuando los grupos donadores y aceptores estn expuestos al agua el


proceso de formacin de los enlaces de hidrgeno entre donadores y
aceptores compite con el proceso de formacin de enlaces donadoragua y aceptor-agua, estando el agua, como disolvente, en mayor
concentracin que la macromolcula. El proceso no resulta
especialmente favorable, no es espontneo.
Cuando los enlaces de hidrgeno se forman en un entorno hidrofbico,
que excluye a las molculas de agua, es decir, cuando el par donoraceptores aislado de las interacciones competitivas con el agua,
como ocurre en el interior de las protenas globulares compactas, el
proceso es favorable y espontneo.

4.4.-Calculo de la energa de los puentes de hidrgeno.


Como se dijo al estudiar las interacciones de van der Waals, el potencial que
resulta cuando n = 12 y m =10 puede usarse para modelar enlaces de hidrgeno.

W (r )

C12 C10

r 12 r 10

donde aplicando las ecuaciones:

Cn =
obtenemos

m
E m reqn
nm

Cm =

n
Em reqm
nm

C12 = 5Em req12 y C10 = 6 Em req10 .

En la tabla e.h.3 se recopilan los valores de los parmetros de estas ecuaciones


para los tres aceptores N, O y S.
Tabla e.h.4 Parmetros del modelo 12-10 para un enlace de hidrgeno.

48

También podría gustarte